CN117904303B - Sorcs1基因甲基化和pax1基因甲基化联合诊断的检测引物探针组在制备宫颈癌诊断产品中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种SORCS1基因甲基化和PAX1基因甲基化联合诊断的检测引物探针组在制备宫颈癌诊断产品中的应用,所述SORCS1基因甲基化和PAX1基因甲基化的引物序列具体表示如下:SORCS1基因的前引物对:SEQ ID NO.1;SORCS1基因的后引物对:SEQ ID NO.2;PAX1基因的前引物对:SEQ ID NO.4;PAX1基因的后引物对:SEQ ID NO.5。本发明选出与宫颈癌及癌前病变相关的基因,并通过检测基因特定的甲基化位点,科学地选取甲基化区间,很好地预测宫颈病变的程度。且选取的2个基因形成功能互补,其具有对宫颈癌及宫颈癌前高度病变有很好的灵敏度和特异度的特点。
Description
技术领域
本发明涉及宫颈良恶性病变的检测技术领域,尤其涉及一种SORCS1基因甲基化和PAX1基因甲基化联合诊断的检测引物探针组在制备宫颈癌诊断产品中的应用。
背景技术
子宫颈癌是女性中第四大常见癌症,占女性癌症死亡人数的7.5%。目前,宫颈癌的诊疗流程是高危型人乳头瘤病毒(hrHPV)初筛,在经过hrHPV初筛为阳性妇女中,再将其采用细胞学进行分流管理。其中:
(Ⅰ)细胞学检测靠主观判读,需要专门培训大量的医生,人为干扰因素大,结果不一致比例高,还有大量的意义不明确的结果(ASCUS),给临床医生带来困扰。且虽然hrHPV检测对宫颈病变的检出非常敏感,但鉴于大多数感染,约90%在两年内自动清除,特异性不太理想,导致女性罹癌恐慌,甚至因个人原因导致过度医疗。
(Ⅱ)阴道镜检查是宫颈部位放大后对图像的解释,其敏感性在40%-80%之间,对于宫颈管的隐匿病变难以发现,阴道医师取样还影响最终的病理结果,由于医师无法准确判断宫颈病变最严重的部位,可能导致漏诊。
(Ⅲ)活结是诊断宫颈癌及癌前病变的金标准,但它是有创的,hrHPV更加容易通过创口进入基底膜细胞,增加宫颈癌发生的风险。另外,病理结主要还是靠形态学,无法判断病变的潜在风险。
发明内容
本发明的目的在于提供一种基因甲基化生物标志物作为标本对hrHPV阳性患者分流的检查,以识别极少数hrhpv阳性的患宫颈高级别疾病的妇女,从而达到依靠分子自动化检测而不是依赖形态学特征(如细胞学、组织病理学)的检测,消除对专业技术的需求的同时达到临床所需效果。
本发明提供了SORCS1基因甲基化和PAX1基因甲基化联合诊断的检测引物探针组在制备宫颈癌诊断产品中的应用,所述SORCS1基因甲基化和PAX1基因甲基化的引物序列具体表示如下:
SORCS1基因的前引物对:SEQ ID NO.1;
SORCS1基因的后引物对:SEQ ID NO.2;
PAX1基因的前引物对:SEQ ID NO.4;
PAX1基因的后引物对:SEQ ID NO.5。
进一步的,还包括用于检测SORCS1基因的探针序列以及用于检测PAX1基因的探针序列,所述探针序列具体表示如下:
SORCS1基因的探针:SEQ ID NO.3;
PAX1基因的探针:SEQ ID NO.6。
进一步的,还包括一对参照标志物COL2A1基因对应的一组引物序列,具体表示如下:
COL2A1基因的前引物对:SEQ ID NO.7;
COL2A1基因的后引物对:SEQ ID NO.8;
COL2A1基因的探针:SEQ ID NO.9。
进一步的,在对宫颈良恶性病变的生物标志物进行检测过程中,对基因甲基化诊断宫颈癌的结果判读的方式如下:
用ΔCp值反应特定基因靶区域的甲基化水平,其ΔCp值为:
ΔCp(SORCS1)= Cp(SORCS1)- Cp(COL2A1),ΔCp(PAX1)= Cp(PAX1)- Cp(COL2A1)。
其中,COL2A1为内控基因。
进一步的,在对宫颈良恶性病变的生物标志物进行检测过程中,以区分病变的约登指数最大为原则对SORCS1甲基化和PAX1甲基化进行以下等级划分:
。
进一步的,在对宫颈良恶性病变的生物标志物进行检测过程中,对宫颈良恶性病变预测判读的方式如下:
。
与现有技术相比,本发明具有以下有益效果:
本发明选出与宫颈癌及癌前病变相关的基因(SORCS1基因和PAX1基因),并通过检测基因特定的甲基化位点,科学地选取甲基化区间,很好地预测宫颈病变的程度。且选取的2个基因形成功能互补,其具有对宫颈癌(鳞癌和腺癌)及宫颈癌前高度病变有很好的灵敏度和特异度的特点。
除了上面所描述的目的、特征和优点之外,本发明还有其它的目的、特征和优点。下面将参照图,对本发明作进一步详细的说明。
附图说明
构成本申请的一部分的附图用来提供对本发明的进一步理解,本发明的示意性实施例及其说明用于解释本发明,并不构成对本发明的不当限定。在附图中:
图1(A)是本发明实施例中ORCS1甲基化ΔCp在样本中不同病变的分布示意图;
图1(B)是本发明实施例中PAX1甲基化ΔCp在样本中不同病变的分布示意图;
图2(A)是本发明实施例中SORCS1甲基化水平分等级后各等级预测百分比示意图;
图2(B)是本发明实施例中PAX1甲基化水平分等级后各等级预测百分比示意图;
图3(A)是本发明实施例中SORCS1甲基化测试鉴定宫颈上皮内瘤变CIN2+的受试者工作曲线ROC 的面积(AUC)示意图;
图3(B)是本发明实施例中SORCS1甲基化测试鉴定宫颈上皮内瘤变CIN3+的受试者工作曲线ROC 的面积(AUC)示意图;
图3(C)是本发明实施例中PAX1甲基化测试鉴定宫颈上皮内瘤变CIN2+的受试者工作曲线ROC 的面积(AUC)示意图;
图3(D)是本发明实施例中PAX1甲基化测试鉴定宫颈上皮内瘤变CIN3+的受试者工作曲线ROC 的面积(AUC)示意图。
其中,为临界值,/>为灵敏度,/>为特异度。
具体实施方式
以下是本发明的具体实施例并结合附图,对本发明的技术方案作进一步的描述,但本发明并不限于这些实施例。
除非另有定义,本文所使用的所有的技术和科学术语与本发明的技术领域技术人员通常理解的含义相同。本文中在本发明说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的,不是旨在于限制本发明。
实施例1:
本发明提供的用于宫颈癌早期筛查诊断(具体包括用于对宫颈癌及癌前高度病变CIN2/CIN3的筛查诊断)的生物标志物,所述标志物至少包括SORCS1基因和PAX1基因至少一个靶区域内甲基化的核苷酸序列以及至少包括内控基因COL2A1的一个靶区域内甲基化的核苷酸序列。其中,ORCS1基因、PAX1基因、内控基因COL2A1中的染色体位置如表1所示。
表1 SORCS1基因、PAX1基因、内控基因COL2A1中的染色体位置
具体的,针对上述目标基因进行PCR扩增的引物探针设计:
将用于检测上述目标基因的试剂分为用于检测SORCS1基因的第一试剂、用于检测PAX1基因的第二试剂以及用于检测内控基因COL2A1的第三试剂;其中:
第一试剂为适用于采用PCR法检测SORCS1基因甲基化的试剂,第一试剂检测的靶区域为选自chr10:108924300-108924805的部分区域;
第二试剂为适用于采用PCR法检测PAX1基因甲基化的试剂,第二试剂检测的靶区域选自chr20:21694472-21694870的部分区域;
第三试剂为适用于采用PCR法检测COL2A1基因甲基化的试剂,第三试剂检测的靶区域选自chr12:48366748-48398285的部分区域。
第一试剂包括第一引物对和第一探针,检测上述靶区域第一引物对和第一探针的序列见表2所示;第二试剂包括第二引物对和第二探针,检测上述靶区域第二引物对和第二探针的序列见表3所示;第三试剂包括第三引物对和第三探针,检测上述靶区域第三引物对和第三探针的序列见表4所示。
表2 检测SORCS1基因甲基化的第一引物对和第一探针的核苷酸序列
注:表中所展示的探针序列未进行荧光基团标记和淬灭基团标记。
具体的,SORCS1(chr10:108924300-108924805)选自UCSC Genome Browser onHuman (GRCh37/hg19),>h hg19_dna range=chr10:108924300-108924805 trand=+中的DNA链:
CAGCGGAGAGAGGGGTCCCAGAACGAAGGTGGCGGCACGAGCTCTGCGCTGGCGGCTGTGGGGGGCCGGCGCTCAGGACCCCAACTCCATCCAAGTTGCGCCGCGGTGGGGGCGGGCGGAGGCGGCGCCGGGCAGGTGGCGGCCGCTTGCCCGGGCTGGGCTTGTGCCGAGCGCGGGTCCGGACGGAGCGAGCCGCCGCCGCGCGGGGGTGGAGCTGAGCTGAAGTCACTGGCGGAGCGGGCGCGGGCGCTGGCGGGCGACGCGGGAGGGAGGGCAGGCGCTGCCGGGACTCCGGGCGCCGCGTCCCGCGGCCGAGCTGCGCTGCGCACCGGGTCTCCGGGCGCTGGAGGCGCCGCCGGCGACCTCCCCTCGGCCTCGCAGGCGCTGCCGCCGCCTCTCCCCGCCGCCCACTCTGCGCCCCCGCGGCCGCGGGTCCCGGCGCTGAGTCCGCGCACCCTGCCCGCGGGGGCGGTCGACCCCGGGCTCCCGGAGCAGTCGATGTGTCG
该DNA序列进行重亚硫酸盐转换(未甲基化的C转换为T,甲基化的C保持不变),得到转换后的DNA链:
TAGCGGAGAGAGGGGTTTTAGAACGAAGGTGGCGGTACGAGTTTTGCGTTGGCGGTTGTGGGGGGTCGGCGTTTAGGATTTTAATTTTATTTAAGTTGCGTCGCGGTGGGGGCGGGCGGAGGCGGCGTCGGGTAGGTGGCGGTCGTTTGTTCGGGTTGGGTTTGTGTCGAGCGCGGGTTCGGACGGAGCGAGTCGTCGTCGCGCGGGGGTGGAGTTGAGTTGAAGTTATTGGCGGAGCGGGCGCGGGCGTTGGCGGGCGACGCGGGAGGGAGGGTAGGCGTTGTCGGGATTTCGGGCGTCGCGTTTCGCGGTCGAGTTGCGTTGCGTATCGGGTTTTCGGGCGTTGGAGGCGTCGTCGGCGATTTTTTTTCGGTTTC GTAGGCGTTGTCGTCGTTTTTTTTCGTCGTTTATTTTGCGTTTTCGCGGTCGCGGGTTTCGGCGTTGAGTTCGCGTATTTTGTTCGCGGGGGCGGTCGATTTCGGGTTTTCGGAGTAGTCGATGTGTCG
该转换后DNA链序列中下划线部分即为最终所得到的SORCS1(chr10:108924300-108924805)的引物探针序列位置,检测10个甲基化位点。
表3 检测PAX1基因甲基化的第二引物对和第二探针的核苷酸序列
注:表中所展示的探针序列未进行荧光基团标记和淬灭基团标记。
具体的,PAX1(chr20:21694472-21694870)选自UCSC Genome Browser on Human(GRCh37/hg19),>hg19_dna range=chr20:21694472-21694870 strand=+ 中的DNA链:
GCGCATCTGGATCCCCGGACCTCGTGGGCACAACGTAGTCTGCCGCTCACTTAAAGCGCAACTGCCTCCTACGTCGGAGGAATCCAGGCCGCTCCAGGGAAATCTCTGGTGGCTCATTTCCCGCAAGATTTCCCCCTGCCCACAGCGAGCTCCGAGCCGCGGGTGTCAGCGGACTCGACGCATTGGCTGCTCTTCGCACTTGTGCGGGCGCCTGGGGTTTGGAAAGGGTGAGGGTCCGCGCAACGTTAGAGTCCTGTTCCCTTCTGCGGAAGTCGCCATCAGACCTGAAACCTTCCCAGCCCTCTGCGCCCTTCACTTCCTTTACTGAGCAGGTGGTGAGGGGGTTGGACGGCAACGGGAATTGCACCTGGCCAGCGGTCAGTGTTTGCAAATGGCCTT
该DNA序列进行重亚硫酸盐转换(未甲基化的C转换为T,甲基化的C保持不变),得到转换后的DNA链:
GCGTATTTGGATTTTCGGATTTCGTGGGTATAACGTAGTTTGTCGTTTATTTAAAGCGTAATTGTTTTTTACGTCGGAGGAATTTAGGTCGTTTTAGGGAAATTTTTGGTGGTTTATTTTTCGTAAGATTTTTTTTTGTTTATAGCGAGTTTCGAGTCGCGGGTGTTAGCGGATTCGACGTATTGGTTGTTTTTCGTATTTGTGCGGGCGTTTGGGGTTTGGAAAGGGTGAGGGTTCGCGTAACGTTAGAGTTTTGTTTTTTTTTGCGGAAGTCGTTATTAGATTTGAAATTTTTTTAGTTTTTTGCGTTTTTTATTTTTTTTATTGAGTAGGTGGTGAGGGGGTTGGACGGTAACGGGAATTGTATTTGGTTAGCGGTTAGTGTTTGTAAATGGTTTT
该转换后DNA链序列中下划线部分即为最终所得到的PAX1(chr20:21694472-21694870)的引物探针序列位置,检测7个甲基化位点。
表4 检测内控基因COL2A1甲基化的第三引物对和第三探针的核苷酸序列
注:表中所展示的探针序列未进行荧光基团标记和淬灭基团标记。
实施例2:
本发明提供的试剂盒用于宫颈癌早期筛查诊断ORCS1基因、PAX1基因、内控基因COL2A1的检测试验方法,其包括如下步骤:
一、样本DNA提取
采用手工磁珠法提取宫颈脱落细胞样本 DNA ,对提取的DNA进行质量监控,DNA总量在 1ug-10ug之间,OD260/280在1.9-2.0之间,DNA 电泳凝胶在提示得率、纯度比较好,可以进行下一步测试。
二、DNA重亚硫酸盐转化
采用重亚硫酸盐转化试剂盒即甲基化检测样本前处理试剂盒(湖南宏雅基因技术有限公司湘长械备 20200131 号)作为 DNA 重亚硫酸盐转化试剂,对提取的 DNA进行重亚硫酸盐转化,DNA 中未甲基化的胞嘧啶(C)转变为尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶(C)不变,得到重亚硫酸盐转化后的 DNA(B-DNA)。
三、甲基化特异荧光定量PCR扩增
3.1、配置荧光定量PCR反应体系,见表5。SORCS1、PAX1、COL2A1的探针采用不同的荧光基团,既可以在同一反应体系中可进行检测,也可以分开单独检测。
表5 PCR反应体系(25ul/人份)
注:DNA为重亚硫酸盐转化后样本DNA,或阴性/阳性质控品。
3.2 、PCR反应
本发明巧妙设计SORCS1、PAX1、COL2A1的引物探针,PCR反应最佳温度相当接近,在同一反应体系中引物之间互不干扰。可按表6程序参数在LC482Ⅱ荧光定量PCR仪器进行PCR反应。
表6 PCR上机程序参数
四、基因甲基化结果判读
4.1、质量控制合格:内控基因COL2A1呈S型扩增且LC480测试的Cp≤q为在控。
4.2、用ΔCp值反映特定基因靶区域的甲基化水平。
ΔCp(SORCS1)= Cp(SORCS1)- Cp(COL2A1);
ΔCp(PAX1)= Cp(PAX1)- Cp(COL2A1);
4.3、宫颈病变预测判读
基因甲基化水平为ΔCp 值,ΔCp 值越小甲基化程度越高,反之亦然。本发明依据临床样本数据,以区分病变的约登指数最大为原则,为SORCS1、PAX1甲基化分成5个等级,分别为:1.轻微甲基化、2.低度甲基化、3.中度甲基化、4.高度甲基化、5.超高甲基化。每一个等级的取值范围见表7。
表7 基因甲基化水平等级划分表
4.4、基因甲基化结果判读
基因甲基化水平在病理学正常、CIN1、CIN2、CIN3、宫颈癌患者的脱落细胞中分布不一样,临床以检出CIN2+为目的,那么本发明以临床敏感度和特异度同等重要,尽可能检出多的CIN2+为原则,为SORCS1、PAX1甲基化选取最佳临界值。临界值的取值范围见表8。
表8 基因甲基化结果判读
实验例1:
选取病理结果已知患者的宫颈脱落细胞样本291例,其中149例正常,67例CIN1,40例CIN2,23例CIN3,12例宫颈癌。宫颈癌中8例鳞癌,4例腺癌。根据实施例2,进行样本DNA提取、DNA 重亚硫酸盐转化和甲基化特异荧光定量 PCR 扩增,得到SORCS1和PAX1甲基化结果的ΔCp值。SORCS1和PAX1的ΔCp在样本中不同病变的分布参见图 1(A)和图 1(B)所示,NS:P>0.05,无显著差异;*:0.01<P<0.05;**:0.001<P<0.01;***:P<0.001。
SORCS1甲基化分等级时,取a1=14.77,a2=10.26,a3=6.42,a4=4.66,分成5个等级,分别为:1.SORCS1轻微甲基化(ΔCp>14.77)、2. SORCS1低度甲基化(10.26<ΔCp≤14.77)、3. SORCS1中度甲基化(6.42<ΔCp≤10.26)、4. SORCS1高度甲基化(4.66<ΔCp≤6.42)、5. SORCS1超高甲基化(ΔCp≤4.66)。SORCS1甲基化水平分等级后,各等级预测的病变数量及百分比参见表9和图2(A)。根据ΔCp 所在的区间,可预判宫颈病变的可能性。SORCS1甲基化在6.42<ΔCp≤10.26时,在本实验例的样本中,68.9%的可能性为CIN2。SORCS1甲基化在ΔCp>14.77时, 患者大概率为正常,存在1.6%的可能性为CIN1。
PAX1甲基化分等级时,取b1=16.96,a2=11.99,a3=8.98,a4=4.57,分成5个等级,分别为:1.PAX1轻微甲基化(ΔCp>16.96)、2. PAX1低度甲基化(11.99<ΔCp≤16.96)、3.PAX1中度甲基化(8.98<ΔCp≤11.99)、4. PAX1高度甲基化(4.57<ΔCp≤8.98)、5. PAX1超高甲基化(ΔCp≤4.57)。PAX1甲基化水平分等级后,各等级预测病变数量及百分比参见表10和图2(B)。PAX1甲基化ΔCp>16.96时,在本实验例的样本中,100%的为正常。
表9 宫颈不同病变程度在SORCS1甲基化区间的数量和比例
表10 宫颈不同病变程度在PAX1甲基化区间的数量和比例
本发明的引物探针试剂对CIN2+和CIN3+的鉴定能力参见图 3(A)-图 3(D)所示(其中:AUC 表示为受试者工作曲线下面积),分析如下:
SORCS1(chr10:108924300-108924805)甲基化测试鉴定宫颈上皮内瘤变CIN2+的受试者工作曲线ROC 的面积(AUC)为0.944。
SORCS1(chr10:108924300-108924805)甲基化测试鉴定宫颈上皮内瘤变CIN3+的受试者工作曲线ROC 的面积(AUC)为0.904。
PAX1(chr20:21694472-21694870)甲基化测试鉴定宫颈上皮内瘤变CIN2+的受试者工作曲线ROC 的面积(AUC)为0.968。
PAX1(chr20:21694472-21694870)甲基化测试鉴定宫颈上皮内瘤变CIN3+的受试者工作曲线ROC 的面积(AUC)为0.974。
本实验例中,SORCS1和PAX1甲基化的临界值分别取k1=10.26,k2=11.84。针对CIN2+(CIN2、CIN3和宫颈癌)和CIN3+(CIN3和宫颈癌)的临床性能参加表11。SORCS1甲基化检测CIN2+的敏感度为89.3%,特异度为92.6%,阳性预测值为80.7%,阴性预测值为96.2%;PAX1甲基化检测CIN2+的敏感度为96.0%,特异度为94.4%,阳性预测值为85.7%,阴性预测值为98.6%;SORCS1甲基化检测CIN3+的敏感度为82.9%,特异度为78.9%,阳性预测值为34.9%,阴性预测值为97.1%;PAX1甲基化检测CIN3+的敏感度为91.7%,特异度为80.5%,阳性预测值为40.5%,阴性预测值为99.5%。
表11 SORCS1和PAX1甲基化诊断CIN2+和CIN3+的临床性能
SORCS1和PAX1甲基化可联合诊断,针对CIN2+和CIN3+A的临床性能参见表12。当SORCS1和PAX1甲基化任一基因阳性判读为阳性时,对CIN2+的敏感度有提升,为97.3%,特别是对CIN3+检测的敏感度达到100%。当SORCS1和PAX1甲基化两个基因阳性判读为阳性时,提高了特异性,特别是对CIN2+检测的特异性为94.9%。
表12 PAX1和SORCS1甲基化联合诊断CIN2+和CIN3+的临床性能
本实验例中8例鳞癌,PAX1甲基化对8例鳞癌全部检出,SORCS1甲基化检出5例。本实验例中4例腺癌,SORCS1甲基化对4例腺癌全部检出,PAX1甲基化检出3例。SORCS1和PAX1基因甲基的联合,在功能上互补,最大效率检出宫颈癌,参见表13。
表13 PAX1和SORCS1甲基化在宫颈鳞癌和腺癌中的分布及判读
本发明相对于现有技术具有的优势包括:
筛选出与宫颈良恶性病变高度相关的SROCS1和PAX1基因甲基化标记物,并采用科学的方法将SROCS1和PAX1基因甲基化水平分成等级,以及为检出宫颈病变CIN2+设定SROCS1和PAX1基因甲基化的判读标准。SROCS1和PAX1基因甲基化水平能够很好的预判宫颈病变程度。根据SROCS1和PAX1基因甲基化的判读判读标准能够对CIN2、CIN3、宫颈癌有优于现有手段的准确性,两基因联合形成功能互补,提高宫颈癌鳞癌和腺癌的检出率。本发明为宫颈癌的筛查和诊断提供一种自动化检测、并能给出客观反映宫颈良恶性病变的结果。
以上所述仅为本发明的优选实施例而已,并不用于限制本发明,对于本领域的技术人员来说,本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (6)
1.一种SORCS1基因甲基化和PAX1基因甲基化联合诊断的检测引物探针组在制备宫颈癌诊断产品中的应用,其特征在于,所述SORCS1基因甲基化和PAX1基因甲基化的引物序列具体表示如下:
SORCS1基因的前引物对:SEQ ID NO.1;
SORCS1基因的后引物对:SEQ ID NO.2;
PAX1基因的前引物对:SEQ ID NO.4;
PAX1基因的后引物对:SEQ ID NO.5。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述引物探针组还包括用于检测SORCS1基因的探针序列以及用于检测PAX1基因的探针序列,所述探针序列具体表示如下:
SORCS1基因的探针:SEQ ID NO.3;
PAX1基因的探针:SEQ ID NO.6。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述引物探针组还包括一对参照标志物COL2A1基因对应的一组引物序列,具体表示如下:
COL2A1基因的前引物对:SEQ ID NO.7;
COL2A1基因的后引物对:SEQ ID NO.8;
COL2A1基因的探针:SEQ ID NO.9。
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,在对宫颈良恶性病变的生物标志物进行检测过程中,对基因甲基化诊断宫颈癌的结果判读的方式如下:
用ΔCp值反应特定基因靶区域的甲基化水平,其ΔCp值为:
ΔCp(SORCS1)= Cp(SORCS1)- Cp(COL2A1),ΔCp(PAX1)= Cp(PAX1)- Cp(COL2A1);
其中,COL2A1为内控基因。
5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于,在对宫颈良恶性病变的生物标志物进行检测过程中,以区分病变的约登指数最大为原则对SORCS1甲基化和PAX1甲基化进行以下等级划分:
。
6.根据权利要求5所述的应用,其特征在于,在对宫颈良恶性病变的生物标志物进行检测过程中,对宫颈良恶性病变预测判读的方式如下:
。
Priority Applications (1)
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Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
Genome-wide DNA methylation assay reveals novel candidate biomarker genes in cervical cancer;Sanja A Farkas等;Epigenetics;20130912;第8卷(第11期);摘要,表2-4,第1215页右栏,第1218页左栏 * |
Performance of DNA methylation analysis in the detection of high-grade cervical intraepithelial neoplasia or worse (CIN3+): a cross-sectional study;Yuxiang Liu等;Infect Agent Cancer;20231129;第18卷(第1期);摘要,第3页第2段,图2 * |
Quantitative DNA methylation analysis detects cervical intraepithelial neoplasms type 3 and worse;Hung-Cheng Lai等;Cancer;20100915;第116卷(第18期);摘要、第4267页左栏第1段-第4268页左栏第1段 * |
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