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CN116322707A - 用于调节scn2a的化合物和方法 - Google Patents

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CN116322707A
CN116322707A CN202180054048.9A CN202180054048A CN116322707A CN 116322707 A CN116322707 A CN 116322707A CN 202180054048 A CN202180054048 A CN 202180054048A CN 116322707 A CN116322707 A CN 116322707A
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P·贾法尔-内贾德
H-H·布伊
S·M·弗赖尔
F·里戈
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Ionis Pharmaceutical Co ltd
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Abstract

本文提供了用于减少细胞或受试者中SCN2A RNA的量或活性，并且在某些情况下减少细胞或受试者中SCN2A蛋白的量的化合物、方法和药物组合物。此类化合物、方法和药物组合物可用于改善与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍的至少一种症状或标志，所述疾病或障碍诸如例如发育性和癫痫性脑病、智力残疾或自闭症谱系障碍。此类症状和标志包括但不限于癫痫发作、张力减退、感觉统合障碍、运动发育延迟和功能障碍、智力和认知功能障碍、运动和平衡功能障碍、视觉功能障碍、语言和言语延迟、胃肠障碍、神经发育延迟、睡眠问题和癫痫的意外猝死。

Description

用于调节SCN2A的化合物和方法
序列表
本申请与电子格式的序列表一起提交。序列表作为名称为BIOL0373WOSEQ_ST25.txt的文件提供，创建于2021年8月2日，大小为850KB。序列表电子格式的信息通过引用整体并入本文。
技术领域
本文提供了用于减少细胞或受试者中SCN2A RNA的量或活性，并且在某些情况下减少细胞或受试者中SCN2A蛋白的量的化合物、方法和药物组合物。此类化合物、方法和药物组合物可用于改善与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍的至少一种症状或标志，所述疾病或障碍诸如例如发育性和癫痫性脑病、智力残疾或自闭症谱系障碍。此类症状和标志包括但不限于癫痫发作、张力减退、感觉统合障碍、运动发育延迟和功能障碍、智力和认知功能障碍、运动和平衡功能障碍、视觉功能障碍、语言和言语延迟、胃肠障碍、神经发育延迟、睡眠问题和癫痫的意外猝死。
背景技术
人类基因SCN2A编码人类SCN2A蛋白，即电压门控钠通道NaV1.2的α-1亚单位。SCN2A中的突变与多种神经发育和智力疾病和障碍相关，诸如发育性和癫痫性脑病(DEE)，包括早发性癫痫性脑病(EE)、迟发性癫痫性脑病和良性家族性新生儿-婴儿癫痫发作(BFNIS)；SCN2A中的突变也与智力残疾(ID)和/或自闭症谱系障碍(ASD)相关，伴有或不伴有癫痫发作(Wolff， M.，等人，2019，Epilepsia60，S59-S67；Sanders，S.，等人，2018，Trends in Neurosciences41，442-456；Wolff，M.，等人，2017，Brain 140，1316-1336)。DEE包括广泛范围的疾病，包括新生儿和早期婴儿DEE，例如大田原综合征和伴有婴儿游走性局灶性癫痫发作的癫痫(EIMFS)；婴儿和儿童DEE，例如West综合征和Lennon-Gastaut综合征；Dravet综合征；特发性/弥慢性全身性癫痫(IGE/GGE)；颞叶癫痫；肌阵挛站立不能性癫痫(MAE)；婴儿游走性部分性癫痫(MMPSI)；以及家族性偏瘫性偏头痛，伴有或不伴有癫痫(Wolff，M.，等人，2019；Harkin，L.A.，等人，2007，Brain 130，843-852；Escayg，A.，等人，2010，Epilepsia 51，1650-1658；Miller I.O，等人，2007年11月29日[2019年4月18日更新]。载于：Adam MP、Ardinger HH、Pagon RA等人编辑。
Figure BDA0004103790390000011
[互联网]。西雅图(WA)；西雅图华盛顿大学；1993-2020.可查阅：www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1318/)。
与DEE相关的症状和标志包括癫痫发作、张力减退、感觉统合障碍、运动发育延迟和功能障碍、智力和认知功能障碍、运动和平衡功能障碍、视觉功能障碍、语言和言语延迟、胃肠障碍、神经发育延迟、睡眠问题和癫痫的意外猝死。癫痫发作包括局灶性、阵挛性、强直性和全身性强直性和阵挛性癫痫发作，长时间癫痫发作(通常持续超过10分钟)以及频繁癫痫发作(例如，惊厥、肌阵挛、失神、局灶性、迟钝状态和强直性癫痫发作)(Guzzetta，F.，2011，Epilepsia 52：S2，35-38；Anwar等人，2019，Cureus 11，e5006，Wolff等人，2019)。与ID和ASD相关的症状和标志包括运动发育延迟、社交和语言延迟、重复动作、不协调的口腔运动、胃肠障碍、睡眠问题和癫痫发作(Wolff等人，2019)。
目前缺乏可接受的治疗DEE(诸如EE、迟发性EE和BFNIS)以及用于治疗ID和ASD的选择。因此，本文的目的是提供用于治疗此类疾病和障碍的化合物、方法和药物组合物。
发明内容
本文提供了用于减少SCN2A RNA的量或活性的化合物、方法和药物组合物，并且在某些实施方案中，减少细胞或受试者中SCN2A蛋白的表达。在某些实施方案中，受试者患有与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍。在某些实施方案中，电压门控钠通道蛋白是SCN2A。在某些实施方案中，受试者患有与非SCN2A的电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍。在某些实施方案中，受试者患有与SCN1A相关的疾病或障碍。
在某些实施方案中，受试者患有发育性或癫痫性脑病；在某些实施方案中，受试者患有早发性癫痫性脑病；在某些实施方案中，受试者患有迟发性癫痫性脑病；在某些实施方案中，受试者患有良性家族性新生儿-婴儿癫痫发作；在某些实施方案中，受试者具有智力残疾(ID)；在某些实施方案中，受试者患有自闭症谱系障碍((ASD)；在某些实施方案中，受试者患有Dravet综合征发作。在某些实施方案中，可用于减少SCN2A RNA的量或活性的化合物是寡聚化合物。在某些实施方案中，可用于减少SCN2A RNA的量或活性的化合物是修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，可用于减少SCN2A蛋白表达的化合物是寡聚化合物。在某些实施方案中，可用于减少SCN2A蛋白表达的化合物是修饰的寡核苷酸。
还提供了可用于改善发育性或癫痫性脑病诸如EE、迟发性癫痫发作EE和BFNIS；智力残疾；或自闭症谱系障碍的至少一种症状或标志的方法。在某些实施方案中，症状或标志包括癫痫发作、张力减退、感觉统合障碍、运动功能障碍、智力和认知功能障碍、运动和平衡功能障碍、视觉功能障碍、语言和言语延迟、神经发育延迟、癫痫的意外猝死、运动发育延迟、社交和语言发育延迟、重复动作、不协调的口腔运动、胃肠障碍((例如胃食管反流、腹泻、便秘、动力障碍等)和睡眠问题。在某些实施方案中，癫痫发作包括局灶性、阵挛性、强直性和全身性强直性和阵挛性癫痫发作、长时间癫痫发作(通常持续超过10分钟)以及频繁癫痫发作(例如，惊厥、肌阵挛、失神、局灶性、迟钝状态和强直性癫痫发作)。
具体实施方式
应当理解，上面的一般描述和下面的详细描述都仅仅是示例性和说明性的，而不是限制性的。在本文中，除非另有明确说明，单数的使用包括复数。如本文所用，除非另有说明，“或”的使用意指“和/或”。此外，术语“包括(including)”以及其他形式的使用，诸如“包括(includes和included)”不是限制性的。另外，诸如“元件”或“部件”的术语涵盖包含一个单位的元件和部件，以及包含超过一个亚单位的元件和部件，除非另有具体说明。
本文使用的章节标题仅用于组织目的，不应被解释为限制所描述的主题。本申请中引用的所有文献或部分文献包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍、论文以及GenBank、ENSEMBL和NCBI参考序列记录，本文所讨论的部分文献及其全部内容在此明确通过引用并入。
定义
除非提供了具体的定义，否则与本文所述的分析化学、合成有机化学、医学和药物化学有关使用的术语以及程序和技术都是本领域熟知和常用的。在允许的情况下，本公开中通篇提及的所有专利、申请、公开的申请和其他出版物以及其他数据均通过引用以其全文并入本文。
除非另有说明，以下术语具有以下含义：
定义
如本文所用，“2’-脱氧核苷”意指包含2’-H(H)脱氧呋喃糖基糖部分的核苷。在某些实施方案中，2’-脱氧核苷是2’-β-D-脱氧核苷，并且包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，其具有在天然存在的脱氧核糖核酸(DNA)中发现的β-D核糖基构型。在某些实施方案中，2’-脱氧核苷可以包含修饰的核碱基或可以包含RNA核碱基(尿嘧啶)。
如本文所用，“2’-MOE”意指取代呋喃糖基糖部分的2’-OH基团的2’-OCH2CH2OCH3基团。“2'-MOE糖部分”意指具有取代呋喃糖基糖部分的2’-OH基团的2’-OCH2CH2OCH3基团的糖部分。除非另有说明，2’-MOE糖部分呈β-D-核糖基构型。“MOE”意指邻甲氧基乙基。
如本文所用，“2’-MOE核苷”意指包含2’-MOE糖部分的核苷。
如本文所用，“2’-OMe”意指取代呋喃糖基糖部分的2’-OH基团的2’-OCH3基团。“2’-O-甲基糖部分”或“2’-OMe糖部分”意指具有取代呋喃糖基糖部分的2’-OH基团的2’-OCH3基团的糖部分。除非另有说明，2’-OMe糖部分呈-D-核糖基构型。
如本文所用，“2’-OMe核苷”意指包含2’-OMe糖部分的核苷。
如本文所用，“2’-取代的核苷”意指包含2’-取代的糖部分的核苷。如本文所用，关于糖部分的“2’-取代的”意指包含至少一个不是H或OH的2’-取代基基团的糖部分。
如本文所用，“5-甲基胞嘧啶”意指用连接到5位的甲基修饰的胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶是修饰的核碱基。
如本文所用，“施用”意指向受试者提供药剂。
如本文所用，“反义活性”意指归因于反义化合物与其靶核酸的杂交的任何可检测和/或可测量的变化。在某些实施方案中，反义活性是与不存在反义化合物时的靶核酸水平或靶蛋白质水平相比，靶核酸或由这样的靶核酸编码的蛋白质的量或表达的降低或减少。
如本文所用，“反义化合物”意指能够实现至少一种反义活性的寡聚化合物。反义化合物包含反义寡核苷酸和任选的一种或多种附加特征，诸如缀合基团。
如本文所用，“反义试剂”意指反义化合物和任选的一种或多种附加特征，诸如有义化合物。
如本文所用，“有义化合物”意指有义寡核苷酸和任选的一种或多种附加特征，诸如缀合基团。
如本文所用，“反义寡核苷酸”意指寡核苷酸，包括反义化合物的寡核苷酸部分，其能够与靶核酸杂交，并且能够具有至少一种反义活性。反义寡核苷酸包括但不限于反义RNAi寡核苷酸和反义RNase H寡核苷酸。
如本文所用，关于治疗的“改善”意指相对于没有治疗时的相同症状或标志，至少一种症状或标志的改善。在某些实施方案中，改善是症状或标志的严重程度或频率的减少，或者症状或标志的严重程度或频率的延迟发作或进展减缓。在某些实施方案中，症状或标志是癫痫发作、张力减退、感觉统合障碍、运动功能障碍、智力和认知功能障碍、运动和平衡功能障碍、视觉功能障碍、语言和言语延迟、神经发育延迟、癫痫的意外猝死、运动发育延迟、社交和语言发育延迟、重复动作、不协调的口腔运动、胃肠障碍(例如胃食管反流、腹泻、便秘、动力障碍等)或睡眠问题。在某些实施方案中，癫痫发作是局灶性、阵挛性、强直性和全身性强直性和阵挛性癫痫发作、长时间癫痫发作(通常持续超过10分钟)或频繁癫痫发作(例如，惊厥、肌阵挛、失神、局灶性、迟钝状态或强直性癫痫发作)。
如本文所用，“双环糖”或“双环糖部分”意指包含两个环的修饰的糖部分，其中第二个环经由连接第一个环中两个原子的桥形成，从而形成双环结构。在某些实施方案中，双环糖部分的第一个环是呋喃糖基部分。在某些实施方案中，呋喃糖基糖部分是核糖基部分。在某些实施方案中，双环糖部分不包含呋喃糖基部分。
如本文所用，“双环核苷”或“BNA”意指包含双环糖部分的核苷。
如本文所用，“脑脊液”或“CSF”意指充满脑和脊髓周围空间的液体。“人工脑脊液”或“aCSF”意指具有脑脊液某些特性的制备的或制造的液体。
如本文所用，“可切割部分”意指在生理条件下，例如在细胞内、动物或人体内被切割的键或原子基团。
如本文所用，关于寡核苷酸的“互补”意指当寡核苷酸和另一核酸的核碱基序列以相反方向排列时，寡核苷酸或其一个或多个部分的至少70％的核碱基和另一核酸或其一个或多个部分的核碱基能够彼此氢键结合。如本文所用，互补核碱基意指能够彼此形成氢键的核碱基。互补的核碱基对包括腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T)、腺嘌呤(A)和尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G)、5-甲基胞嘧啶(mC)和鸟嘌呤(G)。互补寡核苷酸和/或靶核酸不需要在每个核苷上具有核碱基互补性。当然，某些不匹配是可以容忍的。如本文所用，关于寡核苷酸或其部分的“完全互补”或“100％互补”意指寡核苷酸或其部分与另一寡核苷酸或靶核酸在两个寡核苷酸中较短寡核苷酸的每个核碱基处互补，或者如果寡核苷酸长度相同，则在每个核苷处互补。
如本文所用，“缀合基团”意指直接或间接连接到寡核苷酸上的一组原子。缀合基团包括缀合部分和将缀合部分连接到寡核苷酸上的缀合连接基。
如本文所用，“缀合连接基”意指包含至少一个连接缀合部分和寡核苷酸的键的单键或一组原子。
如本文所用，“缀合部分”意指经由缀合连接基连接到寡核苷酸上的一组原子。
如本文所用，寡核苷酸上下文中的“连续”是指彼此紧邻的核苷、核碱基、糖部分或核苷间键。例如，“连续的核碱基”意指在序列中彼此紧邻的核碱基。
如本文所用，“cEt”意指取代核糖基糖部分的2’OH-基团的4’至2’桥，其中该桥具有式4’-CH(CH3)-O-2’，并且其中该桥的甲基基团处于S构型。“cEt糖部分”是具有取代核糖基糖部分的2'OH-基团的4’至2’桥的双环糖部分，其中该桥具有式4’-CH(CH3)-O-2’，并且其中该桥的甲基基团处于S构型。“cEt”意指受限制的乙基。
如本文所用，“cEt核苷”意指包含cEt修饰的糖部分的核苷。
如本文所用，“手性富集群体”意指具有相同分子式的多个分子，如果特定手性中心是立体无规的，其中群体中在特定手性中心含有特定立体化学构型的分子的数量或百分比大于预计在群体中在相同特定手性中心含有相同特定立体化学构型的分子的数量或百分比。每个分子中具有多个手性中心的手性富集分子群体可以含有一个或多个立体无规手性中心。在某些实施方案中，分子是修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，分子是包含修饰的寡核苷酸的化合物。
如本文所用，关于核苷间键的“手性对照”意指该键处的手性富集特定的立体化学构型。
如本文所用，“脱氧区域”指5个-12个连续核苷酸的区域，其中至少70％的核苷是2’-β-D-脱氧核苷。在某些实施方案中，每种核苷选自2’-β-D-脱氧核苷、双环核苷和2’-取代核苷。在某些实施方案中，脱氧区域支持RNase H活性。在某些实施方案中，脱氧区域是gapmer的间隙或内部区域。
如本文所用，“gapmer”意指包含具有多个核苷的内部区域的修饰的寡核苷酸，所述核苷支持位于具有一种或多种核苷的外部区域之间的RNase H切割，其中包含内部区域的核苷在化学上不同于包含外部区域的一种或多种核苷。内部区域可称为“间隙”，外部区域可称为“侧翼”或“侧翼片段”。在某些实施方案中，内部区域是脱氧区域。内部区域或间隙的位置是指内部区域的核苷顺序，从内部区域的5’末端开始计数。除非另有说明，“gapmer”是指糖基序。在某些实施方案中，间隙的每个核苷是2’-β-D-脱氧核苷。在某些实施方案中，间隙包含在间隙的位置1、2、3、4或5的一个2’-取代的核苷，间隙的核苷的其余部分是2’-β-D-脱氧核苷。如本文所用，术语“MOE gapmcr”指示具有包含2’-β-D-脱氧核苷的间隙和包含2’-MOE核苷的侧翼的gapmer。如本文所用，术语“混合侧翼gapmer”指示具有包含修饰的核苷的侧翼的gapmer，所述修饰的核苷包含至少两种不同的糖修饰。除非另有说明，gapmer可以包含一个或多个修饰的核苷间键和/或修饰的核碱基，并且此类修饰不一定遵循糖修饰的gapmer模式。
如本文所用，“热点区域”是靶核酸上服从寡聚化合物介导的靶核酸的量或活性减少的一系列核碱基。
如本文所用，“杂交”意指互补寡核苷酸和/或核酸的配对或退火。虽然不限于特定的机制，但最常见的杂交机制涉及互补核碱基之间的氢键，可以是Watson-Crick氢键、Hoogsteen氢键或反向Hoogsteen氢键。
如本文所用，“核苷间键”意指寡核苷酸中相邻核苷之间的共价键。如本文所用，“修饰的核苷间键”意指除磷酸二酯核苷间键以外的任何核苷间键。“硫代磷酸酯核苷间键”或“PS核苷间键”是修饰的核苷间键，其中磷酸二酯核苷间键的一个非桥接氧原子被硫原子取代。
如本文所用，“连接基-核苷”意指将寡核苷酸直接或间接连接到缀合部分的核苷。连接基-核苷位于寡聚化合物的缀合连接基内。连接基-核苷不被认为是寡聚化合物的寡核苷酸部分的一部分，即使它们与寡核苷酸相邻。
如本文所用，“LNA”意指锁定的核酸。“LNA糖部分”是具有取代呋喃糖基糖部分的2’OH-基团的4’至2’桥的双环糖部分，其中所述桥具有式4’-CH2-O-2’。“LNA”意指锁定的核酸。在一些实施方案中，呋喃糖基糖部分是核糖基糖部分。如本文所用，“LNA核苷”意指包含LNA糖部分的核苷。
如本文所用，“非双环修饰的糖部分”意指包含不在糖的两个原子之间形成桥以形成第二个环的修饰(诸如取代基)的修饰的糖部分。
如本文所用，“错配”或“非互补”意指当第一和第二寡核苷酸对齐时，第一寡核苷酸的核碱基与第二寡核苷酸或靶核酸的相应核碱基不互补。
如本文所用，“基序”意指寡核苷酸中未修饰和/或修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间键的模式。
如本文所用，“核碱基”是指未修饰的核碱基或修饰的核碱基。如本文所用，“未修饰的核碱基”是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)或鸟嘌呤(G)。如本文所用，“修饰的核碱基”是除了未修饰的A、T、C、U或G之外的能够与至少一个未修饰的核碱基配对的一组原子。“5-甲基胞嘧啶”是修饰的核碱基。通用碱基是修饰的核碱基，可以与五种未修饰的核碱基中的任何一种配对。如本文所用，“核碱基序列”意指靶核酸或寡核苷酸中连续核碱基的顺序，不依赖于任何糖或核苷间键修饰。
如本文所用，“核苷”意指包含核碱基和糖部分的化合物或化合物的片段。核碱基和糖部分各自独立地是未修饰的或修饰的。如本文所用，“修饰的核苷”意指包含修饰的核碱基和/或修饰的糖部分的核苷。修饰的核苷包括缺少核碱基的脱碱基核苷。“连接的核苷”是以连续序列连接的核苷(即在连接的核苷之间不存在另外的核苷)。
如本文所用，“寡聚化合物”意指寡核苷酸和任选的一种或多种附加特征，诸如缀合基团或末端基团。寡聚化合物可以与第二寡聚化合物配对，所述第二寡聚化合物与第一寡聚化合物互补，或者可以是不配对的。“单链寡聚化合物”是不成对的寡聚化合物。术语“寡聚双链体”意指由两种具有互补核碱基序列的寡聚化合物形成的双链体。寡聚双链体的每个寡聚化合物可以被称为“双链寡聚化合物”。
如本文所用，“寡核苷酸”意指经由核苷间键连接的一串连接的核苷，其中每个核苷和核苷间键可以是修饰的或未修饰的。除非另有说明，寡核苷酸由8-50个连接的核苷组成。如本文所用，“修饰的寡核苷酸”意指寡核苷酸，其中至少一个核苷或核苷间键被修饰。如本文所用，“未修饰的寡核苷酸”意指不包含任何核苷修饰或核苷间修饰的寡核苷酸。
如本文所用，“药学上可接受的载体或稀释剂”意指适于向受试者施用的任何物质。某些此类载体使得药物组合物能够被配制成例如片剂、丸剂、糖衣丸、胶囊、液体、凝胶、糖浆、浆液、悬浮液和锭剂，用于受试者口服摄入。在某些实施方案中，药学上可接受的载体或稀释剂是无菌水、无菌盐水、无菌缓冲溶液或无菌人工脑脊液。
如本文所用，“药学上可接受的盐”意指化合物的生理学上和药学上可接受的盐。药学上可接受的盐保留了母体化合物的所需生物活性，并且不会对其产生不希望的毒理作用。
如本文所用，“药物组合物”意指适于向受试者施用的物质混合物。例如，药物组合物可以包含寡聚化合物和无菌水溶液。在某些实施方案中，药物组合物在某些细胞系中的自由摄取测定中显示活性。
如本文所用，“前药”意指体外形式的治疗剂，其在受试者或其细胞内转化为不同的形式。通常，前药在受试者体内的转化通过细胞或组织中存在的酶(例如内源性或病毒酶)或化学品的作用和/或生理条件来促进。
如本文所用，“减少量”、“减少活性”、“降低量”或“降低活性”是指相对于未处理或对照样品中的转录表达或活性，转录表达或活性的减少或阻断，并不一定表示转录表达或活性的完全消除。
如本文所用，“RNA”意指RNA转录物，并包括前体mRNA和成熟mRNA，除非另有说明。
如本文所用，“RNAi化合物”意指至少部分通过RISC或Ago2作用以调节靶核酸和/或靶核酸编码的蛋白质的反义化合物。RNAi化合物包括但不限于双链siRNA、单链RNA(ssRNA)和微RNA，包括微RNA模拟物。在某些实施方案中，RNAi化合物调节靶核酸的量、活性和/或剪接。术语RNAi化合物不包括通过RNase H起作用的反义化合物。
如本文所用，关于寡核苷酸的“自身互补”意指至少部分与自身杂交的寡核苷酸。
如本文所用，“标准体外测定”意指实施例1中描述的测定及其合理变化。
如本文所用，“标准体内测定”意指实施例8中描述的测定及其合理变化。
如本文所用，相同分子式的分子群体的上下文中的“立体无规手性中心”意指具有随机立体化学构型的手性中心。例如，在包含立体无规手性中心的分子群体中，具有立体无规手性中心的(S)构型的分子数量可以但不一定与具有立体无规手性中心的(R)构型的分子数量相同。当手性中心的立体化学构型是合成方法的结果而不是设计以控制立体化学构型时，它被认为是随机的。在某些实施方案中，立体无规手性中心是立体无规硫代磷酸酯核苷间键。
如本文所用，“受试者”意指人类或非人类动物。在某些实施方案中，受试者是人类。
如本文所用，“糖部分”意指未修饰的糖部分或修饰的糖部分。如本文所用，“未修饰的糖部分”意指在RNA中发现的2’-OH(H)β-D-核糖基部分(“未修饰的RNA糖部分”)，或在DNA中发现的2’-H(H)β-D-脱氧核糖基糖部分(“未修饰的DNA糖部分”)。未修饰的糖部分在1’、3’和4’位置各有一个氢，在3’位置有一个氧，在5’位置有两个氢。如本文所用，“修饰的糖部分”或“修饰的糖”意指修饰的呋喃糖基糖部分或糖替代物。
如本文所用，“糖替代物”意指具有除呋喃糖基部分之外的修饰的糖部分，其可以将核碱基连接到另一个基团，诸如核苷间键、缀合基团或寡核苷酸中的末端基团。包含糖替代物的修饰的核苷可以被掺入寡核苷酸中的一个或多个位置，并且此类寡核苷酸能够与互补的寡聚化合物或靶核酸杂交。
如本文所用，“症状或标志”意指指示疾病或障碍的存在或程度的任何身体特征或检测结果。在某些实施方案中，症状对于受试者或检查或测试所述受试者的医学专业人员来说是明显的。在某些实施方案中，在侵入性诊断检测，包括但不限于死后检测中，标志是明显的。在某些实施方案中，标志在脑部MRI扫描上是明显的。
如本文所用，“靶核酸”和“靶RNA”意指反义化合物旨在影响的核酸。靶RNA意指RNA转录物，包括前mRNA和成熟mRNA，除非另有说明。
如本文所用，“靶区域”意指寡聚化合物设计杂交的靶核酸的部分。
如本文所用，“末端基团”意指共价连接到寡核苷酸末端的化学基团或一组原子。
如本文所用，“治疗有效量”意指向受试者提供治疗益处的药剂的量。例如，治疗有效量改善了疾病或障碍的症状或标志。
如本文所用，“治疗”意指通过施用本文所述的寡聚剂或寡聚化合物来改善受试者的疾病或障碍。在某些实施方案中，相对于不进行治疗时的症状，治疗受试者改善了相同的症状。在某些实施方案中，治疗减少了症状的严重程度或频率，或延迟了症状的发作，减缓了症状的进展，或减缓了症状的严重程度或频率。
某些实施方案
本公开提供了以下非限制性编号的实施方案：
实施方案1.一种寡聚化合物，其包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SCN2A核酸的等长部分至少90％互补，并且其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个选自修饰的糖部分和修饰的核苷间键的修饰。
实施方案2.一种寡聚化合物，其包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，并且具有包含SEQ ID NO：16-2531的任何核碱基序列的至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或20个连续核碱基的核碱基序列，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个选自修饰的糖部分和修饰的核苷间键的修饰。
实施方案3.一种寡聚化合物，其包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，并且具有包含SEQ ID NO：2532-2539的任何核碱基序列的至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个或18个连续核碱基的核碱基序列，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个选自修饰的糖部分和修饰的核苷间键的修饰。
实施方案4.如实施方案1至3中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：2的等长部分至少90％互补，并且与SEQ ID NO：1的等长部分不超过50％互补。
实施方案5.一种寡聚化合物，其包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，其中
a)所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个与SEQ ID NO：2的核碱基199863-199905、227493-22755、243124-243204、247823-247921、254142-254177、168911-168945、170026-170061、183519-183562、188630-188668、199912-199962、227419-227450或238173-238192的等长部分互补的连续核碱基，条件是所述修饰的寡核苷酸不包含超过六个LNA核苷；或者
b)所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个与SEQ ID NO：2的核碱基243917-244073、170174-170200、176724-176751、180772-180801、183968-184016、202877-202906、224198-224217、224199-224218或243918-243937的等长部分互补的连续核碱基，
其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个选自修饰的糖部分和修饰的核苷间键的修饰。
实施方案6.一种寡聚化合物，其包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，其中
a)所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含选自SEQ ID NO：336、488、2021、2097、2174、2250、2326、2403、2499、2500、2501、2502、2526；181、259、643、720、796、2504、2505、2506、2507、2508、2509、2510、2511、2512、2513、2514、2521；491、567、644、721、797、2177、2253、2315、2329、2406、2527；29、30、107、108、185、186、263、264、341、342、419、420、1796、1871、1948、2025、2101、2178、2254、2330、2503、2517、2522；1016、1093、1104、1169、1246、1323、1400、1477、1554、1708、1785、1860、1937、2014、1631、2090、2539；18、96、485、561、638、715、791、868、2247、2323、2400；174、1328、1405、1482、1559、1636、1713、1790、1865、1942、2019；20、98、253、332、410、1406、1483、1560、1637、1714、1791、1866、1943；21、411、1407、1484、1561、1638、1715；24、414、871、948、1025、1100；25、337、415、490、566、2099、2176、2252、2328、2405；和182的至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个连续的核碱基；条件是所述修饰的寡核苷酸不包含超过六个LNA核苷；或者
b)其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含选自SEQ ID NO：1090、1166、2484、2485、2487、2493、2496、2497、2498、2533、2534、2535、2537；302、1513、1667、1744、1819、1896、1973；148、226、1364、1441、1518、1595、1672、1749；227、1292、1369、1446、1523、1600、1677、1754、1829；228、1679、1756、1831、1908、1985、2061、2138、2214、2290；1226、1303、1380、1457、1534、1611；2079；2523；和2477的序列的至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个连续的核碱基
其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个选自修饰的糖部分和修饰的核苷间键的修饰。
实施方案7.如实施方案l至6中任一项所述的寡聚化合物，其包含由12个至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，并且具有包含SEQ ID NO：2487、2493、2510或2514中的任一者的至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或20个连续核碱基的核碱基序列。
实施方案8.如实施方案1至6中任一项所述的寡聚化合物，其包含由12个至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，并且具有包含SEQ ID NO：2534的至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个或18个连续核碱基的核碱基序列。
实施方案9.如实施方案1至8中任一项所述的寡聚化合物，其中当在所述修饰的寡核苷酸的整个核碱基序列上测量时，所述修饰的寡核苷酸具有与SEQ ID NO：1或SEQ IDNO：2的核碱基序列至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或100％互补的核碱基序列。
实施方案10.如实施方案9所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸与
SEQ ID NO：2的核碱基序列的基因内区域；
SEQ ID NO：2的核碱基序列的非翻译区域；或者
SEQ ID NO：2的核碱基序列的内含子/外显子连接区域至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或100％互补。
实施方案11.如实施方案1-10中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO：2的核碱基序列的外显子区域不超过50％、不超过60％、不超过70％、不超过80％、不超过90％或不超过95％互补。
实施方案12.如实施方案1至11中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸由10个至25个、10个至30个、10个至50个、12个至20个、12个至25个、12个至30个、12个至50个、13个至20个、13个至25个、13个至30个、13个至50个、14个至20个、14个至25个、14个至30个、14个至50个、15个至20个、15个至25个、15个至30个、15个至50个、16个至18个、16个至20个、16个至25个、16个至30个、16个至50个、17个至20个、17个至25个、17个至30个、17个至50个、18个至20个、18个至25个、18个至30个、18个至50个、19个至20个、19个至25个、19个至30个、19个至50个、20个至25个、20个至30个、20个至50个、21个至25个、21个至30个、21个至50个、22个至25个、22个至30个、22个至50个、23个至25个、23个至30个或23个至50个连接的核苷组成。
实施方案13.如实施方案1至11中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸由17至19个或21至30个连接的核苷组成。
实施方案14.如实施方案1至13中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸由16个、17个、18个、19个或20个连接的核苷组成。
实施方案15.如实施方案14所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成。
实施方案16.如实施方案14所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸由18个连接的核苷组成。
实施方案17.如实施方案1至16中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一种包含修饰的糖部分的修饰的核苷。
实施方案18.如实施方案17所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一种包含双环糖部分的修饰的核苷。
实施方案19.如实施方案18所述的寡聚化合物，其中是双环糖部分包含4’-2’桥，其中4’-2’桥选自-CH2-O-；和-CH(CH3)-O-。
实施方案20.如实施方案17至19中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸不包含超过六个双环糖部分。
实施方案21.如实施方案17所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸不包含双环糖部分。
实施方案22.如实施方案17至20中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸不包含超过六个LNA糖部分。
实施方案23.如实施方案17至21中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸不包含LNA糖部分。
实施方案24.如实施方案17至23中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一种包含非双环修饰的糖部分的修饰的核苷。
实施方案25.如实施方案24所述的寡聚化合物，其中所述非双环修饰的糖部分是2'-MOE糖部分或2’-OMe糖部分。
实施方案26.如实施方案17至25中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一种包含糖替代物的修饰的核苷。
实施方案27.如实施方案26所述的寡聚化合物，其中所述糖替代物是吗啉代、修饰的吗啉代、PNA、THP和F-HNA中的任一者。
实施方案28.如实施方案1至27中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸是gapmer。
实施方案29.如实施方案1至28中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由1至6个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由6至10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由1至6个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案30.如实施方案1至28中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由1至6个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由6至10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由1至6个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含修饰的糖部分，并且每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案31.如实施方案29所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由5个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由5个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案32.如实施方案30所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由5个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由5个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案33.如实施方案29所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由6个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由4个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案34.如实施方案30所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由6个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由4个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案35.如实施方案29所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由4个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由6个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案36.如实施方案30所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由4个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由6个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案37.如实施方案29所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由4个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由8个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由6个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案38.如实施方案30所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由4个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由8个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由6个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案39.如实施方案29所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由6个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由8个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由4个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2'-MOE修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案40.如实施方案30所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由6个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由8个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由4个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2'-MOE修饰的糖部分，每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案41.如实施方案29所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由5个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由8个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由5个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2'-MOE修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案42.如实施方案30所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由5个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由8个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由5个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2'-MOE修饰的糖部分，每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
实施方案43.如实施方案29或实施方案30所述的寡聚化合物，其中所述5’-区域或所述3’-区域包含至少一种双环核苷。
实施方案44.如实施方案29或实施方案30所述的寡聚化合物，其中所述5’-区域或所述3’-区域包含至少一种不是双环核苷的核苷。
实施方案45.如实施方案29或实施方案30所述的寡聚化合物，其中所述5’-区域或所述3’-区域包含至少一种不是LNA核苷的核苷。
实施方案46.如实施方案1至45中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个修饰的核苷间键。
实施方案47.如实施方案46所述的寡聚化合物，其中至少一个修饰的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。
实施方案48.如实施方案46或实施方案47的寡聚化合物，其中每个核苷间键是修饰的核苷间键。
实施方案49.如实施方案48所述的寡聚化合物，其中每个核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。
实施方案50.如实施方案46至47中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间键是磷酸二酯核苷间键。
实施方案51.如实施方案1至46中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的每个核苷间键独立地选自磷酸二酯键或硫代磷酸酯核苷间键。
实施方案52.如实施方案1至47或50至51中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个或至少18个核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。
实施方案53.如实施方案46的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的核苷间键基序选自soooossssssssssooss、sooooossssssssssoss、sooossssssssssoooss、soosssssssssoooss、soooosssssssssoss和sooosssssssssooss，
其中s＝硫代磷酸酯核苷间键，o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案54.如实施方案1至53中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一种修饰的核碱基。
实施方案55.如实施方案54所述的寡聚化合物，其中所述修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。
实施方案56.如实施方案1至55中任一项所述的寡聚化合物，其中当根据标准体外测定施用时，所述寡聚化合物能够将SCN2A RNA的量体外减少至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％。
实施方案57.一种寡聚化合物，其包含根据以下化学符号的修饰的寡核苷酸：Ges mCeoAeoTeoAeoAdsTds mCds mCds mCdsAdsTdsTdsAdsTdsAeo mCeoAesAesAe(SEQ ID NO：2493)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案58.一种寡聚化合物，其包含根据以下化学符号的修饰的寡核苷酸：mCe sAeo mCeoGeoAeo mCeoAdsTdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTdsAeo mCesAes mCe(SEQ ID NO：2514)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案59.一种寡聚化合物，其包含根据以下化学符号的修饰的寡核苷酸：mCes mCeoAeo mCeoGeoAeo mCdsAdsTdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTeoAes mCesAe(SEQ ID NO：2510)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案60.一种寡聚化合物，其包含根据以下化学符号的修饰的寡核苷酸：Tes mCeoTeoGeo mCeoAeoTdsGdsTdsAdsAds mCds mCdsTdsTdsTdsAeoTesAes mCe(SEQ ID NO：2487)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案61.一种寡聚化合物，其包含根据以下化学符号的修饰的寡核苷酸：Ges mCeoAeoTeoAeoAeoTds mCds mCds mCdsAdsTdsTdsAdsTdsAds mCeoAesAesAe(SEQ ID NO：2493)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案62.一种寡聚化合物，其包含根据以下化学符号的修饰的寡核苷酸：GTmCesTeoGeo mCeoAesTdsGdsTdsAdsAds mCds mCdsTdsTeoTeoAesTesAe(SEQ ID NO：2534)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案63.如实施方案1至62中任一项所述的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物是单链寡聚化合物。
实施方案64.如实施方案1至63中任一项所述的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物的修饰的寡核苷酸是盐，并且其中所述盐是钠盐或钾盐。
实施方案65.如实施方案1至64中任一项所述的寡聚化合物，其由修饰的寡核苷酸组成。
实施方案66.如实施方案1至62中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸是RNAi化合物。
实施方案67.如实施方案1至66中任一项所述的寡聚化合物，其进一步包含缀合基团。
实施方案68.如实施方案67所述的寡聚化合物，其中所述缀合基团包含缀合部分和缀合连接基。
实施方案69.如实施方案68所述的寡聚化合物，其中所述缀合基团包含GalNAc簇，所述GalNAc簇包含1-3个GalNAc配体。
实施方案70.如实施方案68所述的寡聚化合物，其中所述缀合连接基由单键组成。
实施方案71.如实施方案68所述的寡聚化合物，其中所述缀合连接基是可切割的。
实施方案72.如实施方案68所述的寡聚化合物，其中所述缀合连接基包含1个至3个连接基-核苷。
实施方案73.如实施方案67至72中任一项所述的寡聚化合物，其中所述缀合基团在修饰的寡核苷酸的5’-末端连接至修饰的寡核苷酸。
实施方案74.如实施方案67至72中任一项所述的寡聚化合物，其中所述缀合基团在修饰的寡核苷酸的3’-末端连接至修饰的寡核苷酸。
实施方案75.如实施方案1至74中任一项所述的寡聚化合物，其进一步包含末端基团。
实施方案76.如实施方案1至71或73至75中任一项所述的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物不包含连接基-核苷。
实施方案77.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0004103790390000181
(SEQ ID NO：2493)或其盐。
实施方案78.如实施方案77所述的修饰的寡核苷酸，其是钠盐或钾盐。
实施方案79.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0004103790390000191
(SEQ ID NO：2493)。
实施方案80.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0004103790390000201
(SEQ ID NO：2514)或其盐。
实施方案81.如实施方案80所述的修饰的寡核苷酸，其是钠盐或钾盐。
实施方案82.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0004103790390000211
(SEQ ID NO：2514)。
实施方案83.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0004103790390000221
(SEQ ID NO：2510)或其盐。
实施方案84.如实施方案83所述的修饰的寡核苷酸，其是钠盐或钾盐。
实施方案85.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0004103790390000231
(SEQ ID NO：2510)。
实施方案86.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0004103790390000241
(SEQ ID NO：2487)或其盐。
实施方案87.如实施方案86所述的修饰的寡核苷酸，其是钠盐或钾盐。
实施方案88.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0004103790390000251
(SEQ ID NO：2487)。
实施方案89.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0004103790390000261
(SEQ ID NO：2493)或其盐。
实施方案90.如实施方案89所述的修饰的寡核苷酸，其是钠盐或钾盐。
实施方案91.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0004103790390000271
(SEQ ID NO：2493)。
实施方案92.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0004103790390000281
(SEQ ID NO：2534)或其盐。
实施方案93.如实施方案92所述的修饰的寡核苷酸，其是钠盐或钾盐。
实施方案94.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure BDA0004103790390000291
(SEQ ID NO：2534)。
实施方案95.如实施方案1至76中任一项所述的寡聚化合物或如实施方案77-94中任一项所述的修饰的寡核苷酸的手性富集群体，其中所述群体富集包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰的寡核苷酸。
实施方案96.如实施方案95所述的手性富集群体，其中所述群体富集包含至少一个具有(Sp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰的寡核苷酸。
实施方案97.如实施方案95所述的手性富集群体，其中所述群体富集包含至少一个具有(Rp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰的寡核苷酸。
实施方案98.如实施方案95所述的手性富集群体，其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键上具有特定的、独立选择的立体化学构型的修饰的寡核苷酸。
实施方案99.如实施方案98所述的手性富集群体，其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键上具有(Sp)构型的修饰的寡核苷酸或在每个硫代磷酸酯核苷间键上具有(Rp)构型的修饰的寡核苷酸。
实施方案100.如实施方案98所述的手性富集群体，其中所述群体富集在一个特定的硫代磷酸酯核苷间键上具有(Rp)构型和在每个剩余的硫代磷酸酯核苷间键上具有(Sp)构型的修饰的寡核苷酸。
实施方案101.如实施方案98所述的手性富集群体，其中所述群体富集在Sp、Sp和Rp构型中在5’至3’方向上具有至少3个连续硫代磷酸酯核苷间键的修饰的寡核苷酸。
实施方案102.如实施方案1至76中任一项所述的寡聚化合物或实施方案77-94中任一项所述的修饰的寡核苷酸的群体，其中所述修饰的寡核苷酸的所有硫代磷酸酯核苷间键都是立体无规的。
实施方案103.一种寡聚双链体，其包含第一寡聚化合物和包含第二修饰的寡核苷酸的第二寡聚化合物，其中所述第一寡聚化合物是如实施方案1-76中任一项所述的寡聚化合物。
实施方案104.如实施方案103所述的寡聚双链体，其中所述第二寡聚化合物包含由8至80个连接的核苷组成的第二修饰的寡核苷酸，并且其中第二修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含至少8个核碱基的互补区域，其与第一修饰的寡核苷酸的等长部分至少90％互补。
实施方案105.一种包含反义化合物的反义试剂，其中所述反义化合物是如实施方案1-76中任一项所述的寡聚化合物或如实施方案77-94中任一项所述的修饰的寡核苷酸。
实施方案106.如实施方案103所述的反义试剂，其中所述反义试剂是如实施方案103或实施方案104所述的寡聚双链体。
实施方案107.如实施方案105或实施方案106所述的反义试剂，其中所述反义试剂是：
i.能够通过激活RNase H减少SCN2A核酸的量的RNase H试剂；或
ii.能够通过激活RISC/Ago2减少SCN2A核酸的量的RNAi试剂。
实施方案108.一种药物组合物，其包含如实施方案1至76中任一项所述的寡聚化合物、如实施方案77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如实施方案95至102中任一项所述的群体、如实施方案103或实施方案104所述的寡聚双链体、或如实施方案105至107中任一项所述的反义试剂以及药学上可接受的稀释剂或载体。
实施方案109.如实施方案108所述的药物组合物，其包含药学上可接受的稀释剂，并且其中所述药学上可接受的稀释剂是人工CSF(aCSF)或磷酸盐缓冲盐水(PBS)。
实施方案110.如实施方案109所述的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由所述寡聚化合物、所述修饰的寡核苷酸、所述群体、所述寡聚双链体或所述反义试剂、和aCSF组成。
实施方案111.如实施方案109所述的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由所述寡聚化合物、所述修饰的寡核苷酸、所述群体、所述寡聚双链体或所述反义试剂和PBS组成。
实施方案112.一种药物组合物，其包含如实施方案77-94中任一项所述的修饰的寡核苷酸和药学上可接受的稀释剂。
实施方案113.如实施方案112所述的药物组合物，其中所述药学上可接受的稀释剂是人工脑脊液(aCSF)或磷酸盐缓冲盐水(PBS)。
实施方案114.如实施方案113所述的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由修饰的寡核苷酸和aCSF组成。
实施方案115.如实施方案113所述的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由修饰的寡核苷酸和PBS组成。
实施方案116.一种方法，所述方法包括向受试者施用如实施方案1至76中任一项所述的寡聚化合物、如实施方案77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如实施方案95至102中任一项所述的群体、如实施方案103或实施方案104所述的寡聚双链体、如实施方案105至107中任一项所述的反义试剂、或如实施方案108至115中任一项所述的药物组合物。
实施方案117.一种治疗与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍的方法，所述方法包括向患有与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍或处于发生与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍的风险中的受试者施用治疗有效量的如实施方案1至76中任一项所述的寡聚化合物、如实施方案77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如实施方案95至102中任一项所述的群体、如实施方案103或实施方案104中所述的寡聚双链体、如实施方案105至107中任一项所述的反义试剂或如实施方案108至115中任一项所述的药物组合物，从而治疗与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍。
实施方案118.一种减少患有与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍或处于发生与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍的风险中的受试者的CSF中SCN2A蛋白的量的方法，治疗有效量的如实施方案1至76中任一项所述的寡聚化合物、如实施方案77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如实施方案95至102中任一项所述的群体、如实施方案103或实施方案104中所述的寡聚双链体、如实施方案105至107中任一项所述的反义试剂或如实施方案108至115中任一项所述的药物组合物，从而减少CSF中SCN2A蛋白的量。
实施方案119.如实施方案117或实施方案118所述的方法，其中所述疾病或障碍是神经发育疾病。
实施方案120.如实施方案117或实施方案118所述的方法，其中所述疾病或障碍与SCN1A或SCN2A相关。
实施方案121.一种治疗与SCN2A相关的疾病或障碍的方法，所述方法包括向患有SCN2A相关的疾病或障碍或处于发生SCN2A相关的疾病或障碍的风险中的受试者施用治疗有效量的如实施方案1至76中任一项所述的寡聚化合物、如实施方案77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如实施方案95至102中任一项所述的群体、如实施方案103或实施方案104中任一项所述的寡聚双链体、如实施方案105至107中任一项所述的反义试剂或如实施方案108至115中任一项所述的药物组合物，从而治疗与SCN2A相关的疾病或障碍。
实施方案122.如实施方案121所述的方法，其中所述与SCN2A相关的疾病或障碍是发育性和癫痫性脑病、智力残疾或自闭症谱系障碍。
实施方案123.如实施方案122所述的方法，其中所述发育性和癫痫性脑病是早发性癫痫性脑病(EE)、晚发性癫痫性脑病或良性家族性新生儿-婴儿癫痫发作中的任一种。
实施方案124.如实施方案121所述的方法，其中所述与SCN2A相关的疾病或障碍是大田原综合征、伴有婴儿游走性局灶性癫痫发作的癫痫、West综合征、Lennon-Gastaut综合征；Dravet综合征；特发性/弥慢性全身性癫痫、颞叶癫痫、肌阵挛站立不能性癫痫、婴儿游走性部分性癫痫或家族性偏瘫性偏头痛中的任一种。
实施方案125.如实施方案118至120中任一项所述的方法，其中所述疾病或障碍与SCN1A相关。
实施方案126.如实施方案125所述的方法，其中与SCN1A相关的疾病或障碍是发育性和癫痫性脑病。
实施方案127.如实施方案125或实施方案126所述的方法，其中所述发育性和癫痫性脑病是Dravet综合征。
实施方案128.如实施方案126或实施方案127所述的方法，其中所述发育性和癫痫性脑病是大田原综合征、伴有婴儿游走性局灶性癫痫发作的癫痫、West综合征、Lennon-Gastaut综合征；Dravet综合征；特发性/弥慢性全身性癫痫、颞叶癫痫、肌阵挛站立不能性癫痫、婴儿游走性部分性癫痫或家族性偏瘫性偏头痛中的任一种。
实施方案129.如实施方案117至128中任一项所述的方法，其中所述疾病或障碍的至少一种症状或标志改善。
实施方案130.如实施方案129所述的方法，其中所述症状或标志是癫痫发作。
实施方案131.如实施方案130中任一项所述的方法，其中所述癫痫发作是局灶性、阵挛性、强直性、全身性强直性和阵挛性、惊厥性、肌阵挛性、失神或迟钝状态中的任一者。
实施方案132.如实施方案130所述的方法，其中所述癫痫发作是局灶性、阵挛性、强直性或全身性强直性中的任一者。
实施方案133.如实施方案129所述的方法，其中所述症状或标志是癫痫发作、张力减退、感觉统合障碍、运动功能障碍、智力和认知功能障碍、运动和平衡功能障碍、视觉功能障碍、语言和言语延迟、胃肠障碍、神经发育延迟或癫痫的意外猝死中的任一者。
实施方案134.如实施方案129所述的方法，其中所述症状或标志是运动发育延迟、社交和语言发育延迟、重复动作、不协调的口腔运动、胃肠障碍、睡眠问题或癫痫发作中的任一者。
实施方案135.如实施方案130至134中任一项所述的方法，其中所述癫痫发作频繁或持续时间长。
实施方案136.如实施方案116至135中任一项所述的方法，其中施用修饰的寡核苷酸减少受试者的癫痫发作、感觉统合障碍、运动功能障碍、智力和认知功能障碍、运动和平衡功能障碍、视觉功能障碍、语言和言语延迟、胃肠障碍、神经发育延迟、运动发育延迟、社交发育延迟、重复动作、不协调的口腔运动或睡眠问题，或延迟死亡。
实施方案137.如实施方案116至136中任一项所述的方法，其中将所述寡聚化合物、所述修饰的寡核苷酸、所述群体、所述寡聚双链体、所述反义试剂或所述药物组合物施用至中枢神经系统或全身性施用。
实施方案138.如实施方案116至136中任一项所述的方法，其中将所述寡聚化合物、所述修饰的寡核苷酸、所述群体、所述寡聚双链体、所述反义试剂或所述药物组合物施用至中枢神经系统和全身性施用。
实施方案139.如实施方案111至131中任一项所述的方法，其中将所述寡聚化合物、所述修饰的寡核苷酸、所述群体、所述寡聚双链体、所述反义试剂或所述药物组合物通过鞘内、全身、皮下或肌内的任一者施用。
实施方案140.如实施方案116至139中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。
实施方案141.一种减少细胞中SCN2A RNA的量的方法，所述方法包括使细胞与如实施方案1至76中任一项所述的寡聚化合物、如实施方案77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如实施方案95至102中任一项所述的群体、如实施方案103或实施方案104所述的寡聚双链体、如实施方案105至107中任一项所述的反义试剂或如实施方案108至115中任一项所述的药物组合物接触，从而减少细胞中SCN2A RNA的量。
实施方案142.一种减少细胞中SCN2A蛋白的量的方法，所述方法包括使细胞与如实施方案1至76中任一项所述的寡聚化合物、如实施方案77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如实施方案95至102中任一项所述的群体、如实施方案103或实施方案104所述的寡聚双链体、如实施方案105至107中任一项所述的反义试剂或如实施方案108至115中任一项所述的药物组合物接触，从而减少细胞中SCN2A蛋白的量。
实施方案143.如实施方案141或实施方案142所述的方法，其中所述细胞是皮质细胞、海马细胞或脊髓细胞。
实施方案144.如实施方案141至143中任一项所述的方法，其中所述细胞在动物体内。
实施方案145.如实施方案141至144中任一项所述的方法，其中所述细胞是人细胞。
实施方案146.如实施方案1至76中任一项所述的寡聚化合物、如实施方案77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如实施方案95至102中任一项所述的群体、如实施方案103或实施方案104所述的寡聚双链体、如实施方案105至107中任一项所述的反义试剂或如实施方案108至115中任一项所述的药物组合物用于减少细胞中SCN2A表达的用途。
实施方案147.如实施方案146所述的用途，其中所述细胞中SCN2A RNA的水平减少。
实施方案148.如实施方案146或实施方案147所述的用途，其中所述细胞中SCN2A蛋白的水平减少。
实施方案149.如实施方案146至148中任一项所述的用途，其中所述细胞是皮质细胞、海马细胞或脊髓细胞。
I.某些寡核苷酸
在某些实施方案中，本文提供了包含寡核苷酸的寡聚化合物，其由连接的核苷组成。寡核苷酸可以是未修饰的寡核苷酸((RNA或DNA)或者可以是修饰的寡核苷酸。相对于未修饰的RNA或DNA，修饰的寡核苷酸包含至少一个修饰。也就是说，修饰的寡核苷酸包含至少一个修饰的核苷(包含修饰的糖部分和/或修饰的核碱基)和/或至少一个修饰的核苷间键。
A.某些修饰的核苷
修饰的核苷包含修饰的糖部分或修饰的核碱基或修饰的糖部分和修饰的核碱基两者。
1.某些糖部分
在某些实施方案中，修饰的糖部分是非双环修饰的糖部分。在某些实施方案中，修饰的糖部分是双环或三环糖部分。在某些实施方案中，修饰的糖部分是糖替代物。此类糖替代物可以包含一个或多个对应于其他类型的修饰的糖部分的取代的取代。
在某些实施方案中，修饰的糖部分是非双环修饰的糖部分，其包含具有一个或多个取代基基团的呋喃糖基环，其中没有一个取代基桥接呋喃糖基环的两个原子以形成双环结构。此类非桥接取代基可以在呋喃糖基的任何位置，包括但不限于2’、4’和/或5’位置的取代基。在某些实施方案中，非双环修饰糖部分的一个或多个非桥接取代基是支链的。适用于非双环修饰的糖部分的2’-取代基基团的实例包括但不限于：2'-F、2′-OCH3(“OMe”或“O-甲基”)和2′-O(CH2)2OCH3(“MOE”或“O-甲氧基乙基”)。在某些实施方案中，2’-取代基基团选自：卤素、烯丙基、氨基、叠氮基、SH、CN、OCN、CF3、OCF3、O-C1-C10烷氧基、O-C1-C10取代的烷氧基、O-C1-C10烷基、O-C1-C10取代的烷基、S-烷基、N(Rm)-烷基、O-烯基、S-烯基、N(Rm)-烯基、O-炔基、S-炔基、N(Rm)-炔基、O-亚烷基-O-烷基、炔基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基、O-芳烷基、O(CH2)2SCH3，O(CH2)2ON(Rm)(Rn)或OCH2C(＝O)-N(Rm)(Rn)，其中Rm和Rn各自独立地是H、氨基保护基团或者取代的或未取代的C1-C10烷基、和2’-取代的基团，其描述于Cook等人，U.S.6,531,584；Cook等人，U.S.5,859,221；和Cook等人，U.S.6,005,087。这些2’-取代基基团的某些实施方案可以进一步被一个或多个独立选自以下的取代基取代：羟基、氨基、烷氧基、羧基、苄基、苯基、硝基(NO2)、硫醇、硫代烷氧基、硫代烷基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。适用于非双环修饰的糖部分的4’-取代基基团的实例包括但不限于烷氧基(例如甲氧基)、烷基、以及在Manoharan等人的WO 2015/106128中描述的那些。适用于非双环修饰的糖部分的5’-取代基基团的实例包括但不限于：5’-甲基(R或S)、5’-乙烯基和5’-甲氧基。在某些实施方案中，非双环修饰的糖部分包含超过一个非桥接糖取代基，例如2’-F-5’-甲基糖部分和修饰的糖部分以及修饰的核苷，描述于Migawa等人的WO 2008/101157和Rajeev等人的US2013/0203836中。
在某些实施方案中，2’-取代的非双环修饰的核苷包含糖部分，该糖部分包含选自以下的非桥接2’-取代基基团：F、NH2、N3、OCF3、OCH3、O(CH2)3NH2、CH2CH＝CH2、OCH2CH＝CH2、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和N-取代的乙酰胺(OCH2C(＝O)-N(Rm)(Rn))，其中Rm和Rn各自独立地是H、氨基保护基团或取代的或未取代的C1-C10烷基。
在某些实施方案中，2’-取代的非双环修饰的核苷包含糖部分，该糖部分包含选自以下的非桥接2’-取代基基团：F、OCF3、OCH3、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(CH3)2、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和OCH2C(＝O)-N(H)CH3(“NMA”)。
在某些实施方案中，2’-取代的非双环修饰的核苷包含糖部分，该糖部分包含选自以下的非桥接2’-取代基基团：F、OCH3和OCH2CH2OCH3。
在某些实施方案中，修饰的呋喃糖基糖部分和掺入此类修饰的呋喃糖基糖部分的核苷由异构构型进一步定义。例如，除了天然存在的β-D-脱氧核糖基构型之外，2’-脱氧呋喃糖基糖部分可以有七种异构构型。此类修饰的糖部分描述在例如WO 2019/157531中，该文献通过引用并入本文。相对于2’-脱氧呋喃糖基糖部分，2’-修饰的糖部分在2’-位置具有另外的立体中心；因此，此类糖部分总共有十六种可能的异构构型。除非另有说明，本文所述的2’-修饰的糖部分是β-D-核糖基异构构型。
某些修饰的糖部分包含桥接呋喃糖基环的两个原子以形成第二环的取代基，产生双环糖部分。包含此类双环糖部分的核苷被称为双环核苷(BNA)、锁定核苷或构象限制性核苷酸(CRN)。美国专利公开号2013/0190383；和PCT公开WO 2013/036868中描述了某些此类化合物。在某些此类实施方案中，双环糖部分包含4’和2’呋喃糖环原子之间的桥。在某些此类实施方案中，呋喃糖环是核糖环。此类4’至2’桥接糖取代基的实例包括但不限于：4′-CH2-2′、4′-(CH2)2-2′、4′-(CH2)3-2′、4′-CH2-O-2′(“LNA”)、4′-CH2-S-2′、4′-(CH2)2-O-2′(“ENA”)、4′-CH(CH3)-O-2′(当处于S构型时称为“限制性乙基”或“cEt”)、4’-CH2-O-CH2-2’、4’-CH2-N(R)-2’、4′-CH(CH2OCH3)-O-2′(“限制性MOE”或“cMOE”)及其类似物((参见例如Seth等人，U.S.7,399,845，Bhat等人，U.S.7,569,686，Swayze等人，U.S.7,741,457和Swayze等人，U.S.8,022,193)、4′-C(CH3)(CH3)-O-2′及其类似物(参见例如Seth等人，U.S.8,278,283)、4′-CH2-N(OCH3)-2′及其类似物(参见例如Prakash等人，U.S.8,278,425)、4′-CH2-O-N(CH3)-2′(参见例如Allerson等人，U.S.7,696,345和Allerson等人，U.S.8,124,745)、4′-CH2-C(H)(CH3)-2(参见例如Zhou，等人，J.Org.Chem.，2009，74，118-134)、4′-CH2-C(＝CH2)-2′及其类似物(参见例如，Seth等人，U.S.8,278,426)、4’-C(RaRb)-N(R)-O-2’、4’-C(RaRb)-O-N(R)-2’、4′-CH2-O-N(R)-2′和4′-CH2-N(R)-O-2′，其中R、Ra和Rb各自独立地是H、保护基团、或C1-C12烷基(参见例如Imanishi等人，U.S.7,427,672)。在某些实施方案中，此类4’至2’桥独立地包含1至4个独立选自以下的连接基团：-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(Ra)＝C(Rb)-、-C(Ra)＝N-、-C(＝NRa)-、-C(＝O)-、-C(＝S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(＝O)x-和-N(Ra)-；
其中：
x是0、1或2；
n是1、2、3或4；
Ra和Rb各自独立的是H、保护基团、羟基、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、杂环基团、取代的杂环基团、杂芳基、取代的杂芳基、C5-C7脂环基团、取代的C5-C7脂环基团、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(＝O)-H)、取代的酰基、CN、磺酰基(S(＝O)2-J1)、或亚硫酰基(S(＝O)-J1)；并且
J1和J2各自独立的是H、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、酰基(C(＝O)-H)、取代的酰基、杂环基团、取代的杂环基团、C1-C12氨烷基、取代的C1-C12氨烷基、或保护基团。
另外的双环糖部分是本领域已知的，参见例如：Freier等人，Nucleic AcidsResearch，1997，25(22)，4429-4443，Albaek等人，J.Org.Chem.，2006，71，7731-7740，Singh等人，Chem.Commun.，1998，4，455-456；Koshkin等人，Tetrahedron，1998，54，3607-3630；Wahlestedt等人，Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.，2000，97，5633-5638；Kumar等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.，1998，8，2219-2222；Singh等人，J.Org.Chem.，1998，63，10035-10039；Srivastava等人，J.Am.Chem.Soc.，2007，129，8362-8379；Elayadi等人，Curr.Opinion Invens.Drugs，2001，2，558-561；Braasch等人，Chem.Biol.，2001，8，1-7；Orum等人，Curr.Opinion Mol.Ther.，2001，3，239-243；Wengel等人，U.S.7,053,207，Imanishi等人，U.S.6,268,490，Imanishi等人U.S.6,770,748，Imanishi等人，U.S.RE44,779；Wengel等人，U.S.6,794,499，Wengel等人，U.S.6,670,461；Wengel等人，U.S.7,034,133，Wengel等人，U.S.8,080,644；Wengel等人，U.S.8,034,909；Wengel等人，U.S.8,153,365；Wengel等人，U.S.7,572,582；and Ramasamy等人，U.S.6,525,191，Torsten等人，WO2004/106356，Wengel等人，WO 1999/014226；Seth等人,WO 2007/134181；Seth等人，U.S.7,547,684；Seth等人，U.S.7,666,854；Seth等人，U.S.8,088,746；Seth等人，U.S.7,750,131；Seth等人，U.S.8,030,467；Seth等人，U.S.8,268,980；Seth等人，U.S.8,546,556；Seth等人，U.S.8,530,640；Migawa等人，U.S.9,012,421；Seth等人，U.S.8,501,805；Allerson等人，US2008/0039618；and Migawa等人，US2015/0191727。
在某些实施方案中，双环糖部分和掺入此类双环糖部分的核苷由异构构型进一步定义。例如，LNA核苷(本文所述)可以是α-L构型或β-D构型。
Figure BDA0004103790390000371
α-L-亚甲氧基(4’-CH2-O-2’)或α-L-LNA双环核苷已被掺入显示反义活性的寡核苷酸中(Frieden等人，Nucleic Acids Research，2003，21，6365-6372)。在本文中，双环核苷的一般描述包括两种异构构型。当本文的示例性实施方案中鉴定了特定双环核苷(例如LNA或cEt)的位置，除非另有说明，否则它们呈β-D构型。
在某些实施方案中，修饰的糖部分包含一个或多个非桥接糖取代基和一个或多个桥接糖取代基(例如，5’-取代的和4’-2’桥接糖)。
在某些实施方案中，修饰的糖部分是糖替代物。在某些这样的实施方案中，糖部分的氧原子被例如硫、碳或氮原子取代。在某些此类实施方案中，此类修饰的糖部分还包含本文所述的桥接和/或非桥接取代基。例如，某些糖替代物包含4’-硫原子和在2’-位置(参见，例如Bhat等人，U.S.7,875,733和Bhat等人，U.S.7,939,677)和/或5’位置的取代。
在某些实施方案中，糖替代物包含具有除5个原子以外的原子的环。例如，在某些实施方案中，糖替代物包含六元四氢吡喃(“THP”)。此类四氢吡喃可以被进一步修饰或取代。包含此类修饰的四氢吡喃的核苷包括但不限于己糖醇核酸(“HNA”)、阿尼醇(anitol)核酸(“ANA”)、甘露醇核酸(“MNA”)(参见例如Leumann，CJ.Bioorg.&Med.Chem.2002，10，841-854)，氟HNA：
Figure BDA0004103790390000372
(“F-HNA”，参见例如Swayze等人，U.S.8,088,904；Swayze等人，U.S.8,440,803；Swayze等人，U.S.8,796,437；和Swayze等人，U.S.9,005,906；F-HNA也可称为F-THP或3’-氟四氢吡喃)，以及包含具有下式的另外的修饰的THP化合物的核苷：
Figure BDA0004103790390000381
其中，独立地，对于每种修饰的THP核苷：
Bx是核碱基部分；
T3和T4各自独立地是将修饰的THP核苷连接到寡核苷酸剩余部分的核苷间连接基团，或者T3和T4中的一个是将修饰的THP核苷连接到寡核苷酸剩余部分的核苷间连接基团，T3和T4中的另一个是H、羟基保护基团、连接的缀合基团、或5′或3′末端基团；
q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各自独立地是H、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基；并且
R1和R2各自独立地选自：氢、卤素、取代或未取代的烷氧基、NJ1J2、SJ1、N3、OC(＝X)J1、OC(＝X)NJ1J2、NJ3C(＝X)NJ1J2和CN，其中X是O、S或NJ1，并且J1、J2和J3各自独立地是H或C1-C6烷基。
在某些实施方案中，提供了修饰的THP核苷，其中q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各自是H。在某些实施方案中，q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7不是H。在某些实施方案中，q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7中的至少一个是甲基。在某些实施方案中，提供了修饰的THP核苷，其中R1和R2中的一个是F。在某些实施方案中，R1是F且R2是H，在某些实施方案中，R1是甲氧基且R2是H，且在某些实施方案中，R1是甲氧基乙氧基且R2是H。
在某些实施方案中，糖替代物包含具有超过5个原子和超过一个杂原子的环。例如，已经报道了包含吗啉代糖部分的核苷及其在寡核苷酸中的用途(参见例如Braasch等人，Biochemistry，2002，41，4503-4510和Summerton等人，U.S.5,698,685；Summerton等人，U.S.5,166,315；Summerton等人，U.S.5,185,444；和Summerton等人，U.S.5,034,506)。如本文所用，术语“吗啉代”意指具有以下结构的糖替代物：
Figure BDA0004103790390000382
在某些实施方案中，吗啉代可以被修饰，例如通过添加或改变上述吗啉代结构的各种取代基基团。此类糖替代物在本文中被称为“修饰的吗啉代”。
在某些实施方案中，糖替代物包含无环部分。包含此类无环糖替代物的核苷和寡核苷酸的实例包括但不限于：肽核酸(“PNA”)、无环丁基核酸(参见例如Kumar等人，Org.Biomol.Chem.，2013，11，5853-5865)，以及描述于Manoharan等人的WO2011/133876的核苷和寡核苷酸。
许多其他双环和三环糖和糖替代环系统是本领域已知的，可用于修饰的核苷。
2.某些修饰的核碱基
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含未修饰的核碱基的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含修饰的核碱基的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或多个不包含核碱基的核苷，称为脱碱基核苷。
在某些实施方案中，修饰的核碱基选自：5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶、烷基或炔基取代的嘧啶、烷基取代的嘌呤和N-2、N-6和O-6取代的嘌呤。在某些实施方案中，修饰的核碱基选自：2-氨基丙基腺嘌呤、5-羟基甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、6-N-甲基鸟嘌呤、6-N-甲基腺嘌呤、2-丙基腺嘌呤、2-硫代尿嘧啶、2-硫代胸腺嘧啶和2-硫代胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH3)尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、6-偶氮胞嘧啶、6-偶氮胸腺嘧啶、5-核糖酰尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫代尿嘧啶、8-卤代、8-氨基、8-硫醇、8-硫代烷基、8-羟基、8-氮杂和其他8-取代的嘌呤、5-卤代(特别是5-溴、5-三氟甲基、5-卤代尿嘧啶、和5-卤代胞嘧啶)、7-甲基鸟嘌呤、7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-氨基腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、7-脱氮腺嘌呤、3-脱氮鸟嘌呤、3-脱氮腺嘌呤、6-N-苯甲酰基腺嘌呤、2-N-异丁酰基鸟嘌呤、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基尿嘧啶、5-甲基4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基4-N-苯甲酰基尿嘧啶、通用碱基、疏水碱基、混杂碱基、大小扩增的碱基和氟化碱基。进一步修饰的核碱基包括三环嘧啶，诸如1，3-二氮杂吩噁嗪-2-酮、1，3-二氮杂吩噻嗪-2-酮和9-(2-氨基乙氧基)-1，3-二氮杂吩噁嗪-2-酮(G形夹)。修饰的核碱基还可以包括嘌呤或嘧啶碱基被其他杂环取代的那些，例如7-脱氮-腺嘌呤、7-脱氮鸟苷、2-氨基吡啶和2-吡啶酮。另外的核碱基包括在Merigan等人的U.S.3,687,808中公开的那些，在The Concise EncyclopediaOf Polymer Science And Engineering，Kroschwitz，J.I.，Ed.，John Wiley&Sons，1990，858-859；Englisch等人，Angewandte Chemie，国际版，1991，30，613；Sanghvi，Y.S.，，Antisense Research and Applications第15章，Crooke，S.T.和Lebleu，B.编辑，CRC出版社，1993，273-288中公开的那些；以及在Antisense Drug Technology第6章和第15章，Crooke S.T.编辑，CRC出版社，2008，第163-166页和第442-443页中公开的那些。
教导制备某些上述修饰的核碱基以及其他修饰的核碱基的出版物包括但不限于Manoharan等人，US2003/0158403；Manoharan等人，US2003/0175906；Dinh等人，U.S.4,845,205；Spielvogel等人，U.S.5,130,302；Rogers等人，U.S.5,134,066；Bischofberger等人，U.S.5,175,273；Urdea等人，U.S.5,367,066；Benner等人，U.S.5,432,272；Matteucci等人，U.S.5,434,257；Gmeiner等人，U.S.5,457,187；Cook等人，U.S.5,459,255；Froehler等人，U.S.5,484,908；Matteucci等人，U.S.5,502,177；Hawkins等人，U.S.5,525,711；Haralambidis等人，U.S.5,552,540；Cook等人，U.S.5,587,469；Froehler等人，U.S.5,594,121；Switzer等人，U.S.5,596,091；Cook等人，U.S.5,614,617；Froehler等人，U.S.5,645,985；Cook等人，U.S.5,681,941；Cook等人，U.S.5,811,534；Cook等人，U.S.5,750,692；Cook等人，U.S.5,948,903；Cook等人，U.S.5,587,470；Cook等人，U.S.5,457,191；Matteucci等人，U.S.5,763,588；Froehler等人，U.S.5,830,653；Cook等人，U.S.5,808,027；Cook等人，6,166,199；和Matteucci等人，U.S.6,005,096。
3.某些修饰的核苷间键
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核苷可以使用任何核苷间键连接在一起。核苷间连接基团的两个主要类别由磷原子的存在与否来定义。代表性的含磷核苷间键包括但不限于磷酸二酯，其含有磷酸二酯键(“P(O2)＝O”)(也称为未修饰或天然存在的键)、磷酸三酯、甲基膦酸酯、氨基磷酸酯、硫代磷酸酯(“P(O2)＝S”)和二硫代磷酸酯(“HS-P＝S”)。代表性的不含磷的核苷间连接基团包括但不限于亚甲基甲基亚氨基(-CH2-N(CH3)-O-CH2)、硫代二酯、硫代氨基甲酸酯(-O-C(＝O)(NH)-S-)；硅氧烷(-O-SiH2-O-)；和N，N′-二甲基肼(-CH2-N(CH3)-N(CH3)-)。与天然存在的磷酸二酯核苷间键相比，修饰的核苷间键可用于改变，通常增加寡核苷酸的核酸酶抗性。在某些实施方案中，具有手性原子的核苷间键可以制备为外消旋混合物，或单独的对映异构体。含磷和不含磷的核苷间键的制备方法是本领域技术人员熟知的。
具有手性中心的代表性核苷间键包括但不限于烷基膦酸酯和硫代磷酸酯。包含具有手性中心的核苷间键的修饰的寡核苷酸可以制备成包含立体无规核苷间键的修饰的寡核苷酸的群体，或包含特定立体化学构型的硫代磷酸酯核苷间键的修饰的寡核苷酸的群体。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸群体包含硫代磷酸酯核苷间键，其中所有硫代磷酸酯核苷间键都是立体无规的。此类修饰的寡核苷酸可以使用合成方法产生，该方法导致随机选择每个硫代磷酸酯核苷间键的立体化学构型。然而，正如本领域技术人员所熟知的，每个单个寡核苷酸分子的每个单个硫代磷酸酯都具有确定的立体构型。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的群体的富集在特定的独立选择的立体化学构型中包含一个或多个特定的硫代磷酸酯核苷间键的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯核苷间键的特定构型存在于群体中至少65％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯核苷间键的特定构型存在于群体中至少70％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯核苷间键的特定构型存在于群体中至少80％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯核苷间键的特定构型存在于群体中至少90％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯核苷间键的特定构型存在于群体中至少99％的分子中。可以使用本领域己知的合成方法，例如，描述于Oka等人，JACS 2003，125，8307，Wan等人Nuc.Acid.Res.，2014，42，13456和WO2017/015555中的方法产生修饰的寡核苷酸的此类手性富集群体。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸群体富集在(Sp)构型中具有至少一个指示的硫代磷酸酯的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸群体富集在(Rp)构型中具有至少一个硫代磷酸酯的修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，包含(Rp)和/或(Sp)硫代磷酸酯的修饰的寡核苷酸分别包含一个或多个下式，其中“B”表示核碱基：
Figure BDA0004103790390000411
除非另有说明，本文所述的修饰的寡核苷酸的手性核苷间键可以是立体无规的或呈特定的立体化学构型。
中性核苷间键包括但不限于磷酸三酯、甲基膦酸酯、MMI(3′-CH2-N(CH3)-O-5′)、酰胺-3(3′-CH2-C(＝O)-N(H)-5′)、酰胺-4(3′-CH2-N(H)-C(＝O)-5′)、甲缩醛(3′-O-CH2-O-5′)、甲氧基丙基(MOP)和硫甲缩醛(3′-S-CH2-O-5′)。其他中性核苷间键包括包含硅氧烷(二烷基硅氧烷)、羧酸酯、羧酰胺、硫化物、磺酸酯和酰胺的非离子键(参见例如：Carbohydrate Modifications in Antisense Research；Y.S.Sanghvi和P.D.Cook编辑，ACS Symposium系列580；第3章和第4章，第40-65章)。其他中性核苷间键包括包含混合的N、O、S和CH2组成部分的非离子键。
B.某些基序
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含修饰的糖部分的修饰的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或多个包含修饰的核碱基的修饰的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或多个修饰的核苷间键。在此类实施方案中，修饰的寡核苷酸的修饰的、未修饰的和不同修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间键定义了模式或基序。在某些实施方案中，糖部分、核碱基和核苷间键的模式彼此独立。因此，修饰的寡核苷酸可以通过其糖基序、核碱基基序和/或核苷间键基序来描述(如本文所用，核碱基基序描述独立于核碱基序列的核碱基的修饰)。
1.某些糖基序
在某些实施方案中，寡核苷酸包含一种或多种类型的修饰的糖和/或未修饰的糖部分，它们以确定的模式或糖基序沿着寡核苷酸或其部分排列。在某些情况下，此类糖基序包括但不限于本文讨论的任何糖修饰。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸具有gapmer基序，其由两个外部区域或“侧翼”和一个中心或内部区域或“间隙”定义。Gapmer基序的三个区域(5’-侧翼、间隙和3’-侧翼)形成核苷的连续序列，其中每个侧翼的核苷的至少一些糖部分不同于间隙的核苷的至少一些糖部分。具体而言，至少最靠近间隙的每个侧翼的核苷的糖部分(5’-侧翼的3’-最末端核苷和3’-侧翼的5’-最末端核苷)不同于相邻间隙核苷的糖部分，因此限定了侧翼和间隙之间的边界(即侧翼/间隙连接)。在某些实施方案中，间隙内的糖部分彼此相同。在某些实施方案中，间隙包括一个或多个核苷，其糖部分不同于间隙的一个或多个其他核苷的糖部分。在某些实施方案中，两个侧翼的糖基序彼此相同(对称gapmer）。在某些实施方案中，5’-侧翼的糖基序不同于3’-侧翼的糖基序(不对称gapmer)。
在某些实施方案中，gapmer的侧翼包含1个-6个核苷。在某些实施方案中，gapmer的每个侧翼的每个核苷包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，gapmer的每个侧翼的至少一个核苷包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，gapmer的每个侧翼的至少两个核苷包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，gapmer的每个侧翼的至少三个核苷包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，gapmer的每个侧翼的至少四个核苷包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，gapmer的每个侧翼的至少五个核苷包含修饰的糖部分。
在某些实施方案中，gapmer的间隙包含7个-12个核苷。在某些实施方案中，gapmer的间隙的每个核苷包含2’-脱氧核糖基糖部分。在某些实施方案中，gapmer的间隙的至少六个核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。在某些实施方案中，gapmer的间隙的每个核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。在某些实施方案中，gapmer的间隙的至少一个核苷包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，gapmer的间隙的至少一个核苷包含2’-OMe糖部分。
在某些实施方案中，gapmer是脱氧gapmer。在某些实施方案中，每个侧翼/间隙连接的间隙侧上的核苷包含2’-脱氧核糖基糖部分，并且每个侧翼/间隙连接的翼侧上的核苷包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，gapmer的间隙的至少六个核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。在某些实施方案中，gapmer的间隙的每个核苷包含2’-脱氧核糖基糖部分。在某些实施方案中，gapmer的每个侧翼的每个核苷包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，间隙的一个核苷包含修饰的糖部分，间隙的每个剩余核苷包含2’-脱氧核糖基糖部分。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含具有完全修饰的糖基序的部分或由具有完全修饰的糖基序的部分组成。在此类实施方案中，修饰的寡核苷酸的完全修饰部分的每个核苷包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，整个修饰的寡核苷酸的每个核苷包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含具有完全修饰的糖基序的部分或由具有完全修饰的糖基序的部分组成，其中完全修饰部分中的每个核苷包含相同的修饰的糖部分，在本文中称为均匀修饰的糖基序。在某些实施方案中，完全修饰的寡核苷酸是均匀修饰的寡核苷酸。在某些实施方案中，均匀修饰的寡核苷酸的每个核苷包含相同的2’-修饰。
在本文中，可以使用符号[5’-侧翼中的核苷数量]-[间隙中的核苷数量]-[3’-侧翼中的核苷数量]来提供gapmer的三个区域的长度(核苷数量)。因此，5-10-5gapmer由每个侧翼中的5个连接的核苷和间隙中的10个连接的核苷组成。当这种命名法之后是特定的修饰时，该修饰是每个侧翼的每个糖部分中的修饰，并且间隙核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。因此，5-10-5 MOE gapmer由5’-侧翼中的5个连接的2’-MOE核苷、间隙中的10个连接的2’-β-D-脱氧核苷和3’-侧翼中的5个连接的2’-MOE核苷组成。3-10-3 cEt gapmer由5’-侧翼中的3个连接的cEt核苷、间隙中的10个连接的2’-β-D-脱氧核苷和3’-侧翼中的3个连接的cEt核苷组成。5-8-5 gapmer由5’-侧翼中的5个连接的核苷(其包含修饰的糖部分)、间隙中的8个连接的2’-β-D-脱氧核苷和3’-侧翼中的5个连接的核苷(其包含修饰的糖部分)组成。混合的侧翼gapmer在5’-和/或3’-侧翼中具有至少两个不同的修饰的糖部分。5-8-5或5-8-4混合的侧翼gapmer在5’-和/或3’-侧翼中具有至少两个不同的修饰的糖部分。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是5-10-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是4-10-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是6-10-4 MOEgapmer。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是4-8-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是6-8-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是5-8-5 MOEgapmer。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是X-Y-Z MOE gapmer，其中X和Z独立地选自1、2、3、4、5、6或7个连接的2’-MOE核苷，Y选自7、8、9、10或11个连接的脱氧核苷。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸具有以下糖基序(5’至3’)：eeeeedyddddddddeeeee、eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、eeeeddddddddddeeeeee、eeeeddddddddeeeeee、eeeeeeddddddddeeee或eeeeeddddddddeeeee，其中‘d’代表2’-脱氧核糖基糖部分，‘e’代表2’-MOE糖部分，且‘y’代表2’-OMe糖部分。
2.某些核碱基基序
在某些实施方案中，寡核苷酸包含以确定的模式或基序沿寡核苷酸或其部分排列的修饰和/或未修饰的核碱基。在某些实施方案中，每个核碱基被修饰。在某些实施方案中，没有一个核碱基被修饰。在某些实施方案中，每个嘌呤或每个嘧啶被修饰。在某些实施方案中，每个腺嘌呤被修饰。在某些实施方案中，每个鸟嘌呤被修饰。在某些实施方案中，每个胸腺嘧啶被修饰。在某些实施方案中，每个尿嘧啶被修饰。在某些实施方案中，每个胞嘧啶被修饰。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸中的一些或所有胞嘧啶核碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，所有胞嘧啶核碱基都是5-甲基胞嘧啶，修饰的寡核苷酸的所有其他核碱基都是未修饰的核碱基。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一组修饰的核碱基。在某些此类实施方案中，阻断位于寡核苷酸的3’末端。在某些实施方案中，阻断位于寡核苷酸3’末端的3个核苷内。在某些实施方案中，阻断位于寡核苷酸的5’末端。在某些实施方案中，阻断位于寡核苷酸5’末端的3个核苷内。
在某些实施方案中，具有gapmer基序的寡核苷酸包含核苷，所述核苷包含修饰的核碱基。在某些此类实施方案中，一个包含修饰的核碱基的核苷位于具有gapmer基序的寡核苷酸的中心间隙中。在某些此类实施方案中，核苷的糖部分是2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。在某些实施方案中，修饰的核碱基选自：2-硫代嘧啶和5-丙炔嘧啶。
3.某些核苷间键基序
在某些实施方案中，寡核苷酸包含修饰的和/或未修饰的核苷间键，它们以确定的模式或基序沿着寡核苷酸或其部分排列。在某些实施方案中，每个核苷间连接基团是磷酸二酯核苷间键((P＝O)。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的每个核苷间连接基团是硫代磷酸酯核苷间键((P＝S)。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的每个核苷间键独立地选自硫代磷酸酯核苷间键和磷酸二酯核苷间键。在某些实施方案中，每个硫代磷酸酯核苷间键独立地选自立体无规硫代磷酸酯、(Sp）硫代磷酸酯和(Rp)硫代磷酸酯。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的糖基序是gapmer，间隙内的核苷间键都被修饰。在某些此类实施方案中，侧翼中的一些或所有核苷间键是未修饰的磷酸二酯核苷间键。在某些实施方案中，末端核苷间键被修饰。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的糖基序是gapmer，并且核苷间键基序在至少一个侧翼中包含至少一个磷酸二酯核苷间键，其中至少一个磷酸二酯核苷间键不是末端核苷间键，并且剩余的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。在某些此类实施方案中，所有的硫代磷酸酯核苷间键都是立体无规的。在某些实施方案中，侧翼中所有的硫代磷酸酯核苷间键都是(Sp）硫代磷酸酯，并且间隙包含至少一个Sp、Sp、Rp基序。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的群体富集包含此类核苷间键基序的修饰的寡核苷酸。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸具有sooosssssssssssssss、soooossssssssssooss、sooooossssssssssoss、sooossssssssssoooss、soosssssssssoooss、soooosssssssssoss或sooosssssssssooss的核苷间键基序(5’到3’)，其中每个“S”代表硫代磷酸酯核苷间键，每个“o”代表磷酸二酯核苷间键。
C.某些长度
有可能增加或降低寡核苷酸的长度而不消除活性。例如在Woolf等人(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：7305-7309，1992)中测试了一系列长度为13-25个核碱基的寡核苷酸在卵母细胞注射模型中诱导靶核酸切割的能力。长度为25个核碱基、在寡核苷酸末端附近具有8或11个错配碱基的寡核苷酸能够指导靶核酸的特异性切割，尽管其程度低于不含错配的寡核苷酸。类似地，使用13个核碱基寡核苷酸，包括具有1或3个错配的寡核苷酸，实现了靶特异性切割。
在某些实施方案中，寡核苷酸(包括修饰的寡核苷酸1可以具有多种长度范围中的任一者。在某些实施方案中，寡核苷酸由X到Y连接的核苷组成，其中X代表该范围内最少数量的核苷，Y代表该范围内最大数量的核苷。在某些此类实施方案中，X和Y各自独立地选自8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49和50；条件是X≤Y。例如，在某些实施方案中，寡核苷酸由12个至13个、12个至14个、12个至15个、12个至16个、12个至17个、12个至18个、12个至19个、12个至20个、12个至21个、12个至22个、12个至23个、12个至24个、12个至25个、12个至26个、12个至27个、12个至28个、12个至29个、12个至30个、13个至14个、13个至15个、13个至16个、13个至17个、13个至18个、13个至19个、13个至20个、13个至21个、13个至22个、13个至23个、13个至24个、13个至25个、13个至26个、13个至27个、13个至28个、13个至29个、13个至30个、14个至15个、14个至16个、14个至17个、14个至18个、14个至19个、14个至20个、14个至21个、14个至22个、14个至23个、14个至24个、14个至25个、14个至26个、14个至27个、14个至28个、14个至29个、14个至30个、15个至16个、15个至17个、15个至18个、15个至19个、15个至20个、15个至21个、15个至22个、15个至23个、15个至24个、15个至25个、15个至26个、15个至27个、15个至28个、15个至29个、15个至30个、16个至17个、16个至18个、16个至19个、16个至20个、16个至21个、16个至22个、16个至23个、16个至24个、16个至25个、16个至26个、16个至27个、16个至28个、16个至29个、16个至30个、17个至18个、17个至19个、17个至20个、17个至21个、17个至22个、17个至23个、17个至24个、17个至25个、17个至26个、17个至27个、17个至28个、17个至29个、17个至30个、18个至19个、18个至20个、18个至21个、18个至22个、18个至23个、18个至24个、18个至25个、18个至26个、18个至27个、18个至28个、18个至29个、18个至30个、19个至20个、19个至21个、19个至22个、19个至23个、19个至24个、19个至25个、19个至26个、19个至29个、19个至28个、19个至29个、19个至30个、20个至21个、20个至22个、20个至23个、20个至24个、20个至25个、20个至26个、20个至27个、20个至28个、20个至29个、20个至30个、21个至22个、21个至23个、21个至24个、21个至25个、21个至26个、21个至27个、21个至28个、21个至29个、21个至30个、22个至23个、22个至24个、22个至25个、22个至26个、22个至27个、22个至28个、22个至29个、22个至30个、23个至24个、23个至25个、23个至26个、23个至27个、23个至28个、23个至29个、23个至30个、24个至25个、24个至26个、24个至27个、24个至28个、24个至29个、24个至30个、25个至26个、25个至27个、25个至28个、25个至29个、25个至30个、26个至27个、26个至28个、26个至29个、26个至30个、27个至28个、27个至29个、27个至30个、28个至29个、28个至30个、或29个至30个连接的核苷组成。
D.某些修饰的寡核苷酸
在某些实施方案中，上述修饰(糖、核碱基、核苷间键)被整合到修饰的寡核苷酸中。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的特征在于它们的修饰基序和总长度。在某些实施方案中，此类参数彼此独立。因此，除非另有说明，具有gapmer糖基序的寡核苷酸的每个核苷间键可以是修饰的或未修饰的，并且可以遵循或不遵循糖修饰的gapmer修饰模式。例如，糖gapmer侧翼区域内的核苷间键可以彼此相同或不同，并且也可以与糖基序间隙区域的核苷间键相同或不同。同样，此类糖gapmer寡核苷酸可以包含一个或多个独立于糖修饰的gapmer模式的修饰的核碱基。除非另有说明，所有修饰都独立于核碱基序列。
E.某些修饰的寡核苷酸群体
其中群体的所有修饰的寡核苷酸具有相同分子式的修饰的寡核苷酸的群体可以是立体无规群体或手性富集群体。在立体无规群体中所有修饰的寡核苷酸的所有手性中心都是立体无规的。在手性富集的群体中，至少一个特定的手性中心在群体的修饰的寡核苷酸中不是立体无规的。在某些实施方案中，手性富集群体的修饰的寡核苷酸富集β-D核糖基糖部分，并且所有硫代磷酸酯核苷间键都是立体无规的。在某些实施方案中，手性富集群体的修饰的寡核苷酸富集β-D核糖基糖部分和特定立体化学构型中的至少一个特定硫代磷酸酯核苷间键。
F.核碱基序列
在某些实施方案中，通过寡核苷酸(未修饰或修饰的寡核苷酸)的核碱基序列进一步描述寡核苷酸。在某些实施方案中，寡核苷酸具有与第二寡核苷酸或鉴定的参考核酸(诸如靶核酸)互补的核碱基序列。在某些此类实施方案中，寡核苷酸的一部分具有与第二寡核苷酸或已鉴定的参考核酸(诸如靶核酸)互补的核碱基序列。在某些实施方案中，寡核苷酸的一部分或全长的核碱基序列与第二寡核苷酸或核酸(诸如靶核酸)至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或100％互补。
II.某些寡聚化合物
在某些实施方案中，本文提供了寡聚化合物，其由寡核苷酸(修饰的或未修饰的)和任选的一个或多个缀合基团和/或末端基团组成。缀合基团由一个或多个缀合部分和将缀合部分连接到寡核苷酸上的缀合连接基组成。缀合基团可以连接到寡核苷酸的任一端或两端和/或任何内部位置。在某些实施方案中，缀合基团连接到修饰的寡核苷酸的核苷的2’-位置。在某些实施方案中，连接到寡核苷酸任一端或两端的缀合基团是末端基团。在某些此类实施方案中，缀合基团或末端基团连接在寡核苷酸的3’和/或5’末端。在某些此类实施方案中，缀合基团(或末端基团)连接在寡核苷酸的3’末端。在某些实施方案中，缀合基团连接在寡核苷酸的3’末端附近。在某些实施方案中，缀合基团(或末端基团)连接在寡核苷酸的5’末端。在某些实施方案中，缀合基团连接在寡核苷酸的5’末端附近。
末端基团的实例包括但不限于缀合基团、封端基团、磷酸部分、保护基团、脱碱基核苷、修饰或未修饰的核苷，以及两个或多个独立修饰的或未修饰的核苷。
A.某些缀合基团.
在某些实施方案中，寡核苷酸共价连接到一个或多个缀合基团上。在某些实施方案中，缀合基团修饰所连接的寡核苷酸的一种或多种性质，包括但不限于药效学、药代动力学、稳定性、结合、吸收、组织分布、细胞分布、细胞摄取、电荷和清除。在某些实施方案中，缀合基团赋予连接的寡核苷酸(例如荧光团或报告基团)新的性质，使得能够检测寡核苷酸。某些缀合基团和缀合部分先前已有描述，例如：胆固醇部分(Letsinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，1989，86，6553-6556)、胆酸(Manoharan等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.，1994，4，1053-1060)、硫醚例如己基-S-三苯甲硫醇(Manoharan等人，Ann.N.Y.Acad.Sci.，1992，660，306-309；Manoharan等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.，1993，3，2765-2770)、巯基胆固醇(Oberhauser等人，Nucl.Acids Res.，1992，20，533-538)、脂肪链例如十二烷二醇或十一烷基残基(Saison-Behmoaras等人，EMBO J.，1991，10，1111-1118；Kabanov等人，FEBS Lett.，1990，259，327-330；Svinarchuk等人，Biochimie，1993，75，49-54)、磷脂例如二-十六烷基-rac-丙三醇或三乙基铵1，2-二-O-十六烷基-rac-丙三氧基-3-H-膦酸酯(Manoharan等人，Tetrahedron Lett.，1995，36，3651-3654；Shea等人，Nucl.Acids Res.，1990，18，3777-3783)、聚胺或聚乙二醇链(Manoharan等人，Nucleosides&Nucleotides，1995，14，969-973)或金刚烷乙酸棕榈基部分(Mishra等人，Biochim.Biophys.Acta，1995，1264，229-237)、硬脂胺或己基氨基-羰基-羟胆固醇部分(Crooke等人，J.Pharmacol.Exp.Ther.，1996，277，923-937)、生育酚基团(Nishina等人，Molecular Therapy Nucleic Acids，2015，4，e220；和Nishina等人，Molecular Therapy，2008，16，734-740)、或N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)簇(例如，WO2014/179620)。
在某些实施方案中，缀合基团可以选自C22烷基、C20烷基、C16烷基、C10烷基、C21烷基、C19烷基、C18烷基、C15烷基、C14烷基、C13烷基、C12烷基、C11烷基、C9烷基、C8烷基、C7烷基、C6烷基、C5烷基、C22烯基、C20烯基、C16烯基、C10烯基、C21烯基、C19烯基、C18烯基、C15烯基、C14烯基、C13烯基、C12烯基、C11烯基、C9烯基、C8烯基、C7烯基、C6烯基或C5烯基。
在某些实施方案中，缀合基团可以选自C22烷基、C20烷基、C16烷基、C10烷基、C21烷基、C19烷基、C18烷基、C15烷基、C14烷基、C13烷基、C12烷基、C11烷基、C9烷基、C8烷基、C7烷基、C6烷基和C5烷基中的任一者，其中烷基链具有一个或多个不饱和键。
1.缀合部分
缀合部分包括但不限于嵌入剂、报告分子、聚胺、聚酰胺、肽、碳水化合物、维生素部分、聚乙二醇、硫醚、聚醚、胆固醇、硫代胆固醇、胆酸部分、叶酸、脂类、亲脂性基团、磷脂、生物素、吩嗪、菲啶、蒽醌、金刚烷、吖啶、荧光素、罗丹明、香豆素、荧光团和染料。
在某些实施方案中，缀合物部分包含活性药物，例如阿司匹林、华法林、保泰松、布洛芬、舒洛芬、芬布芬、酮洛芬、(S)-(+)-普拉洛芬、卡洛芬、丹酰基肌氨酸、2，3，5-三碘苯甲酸、芬戈莫德、氟芬那酸、亚叶酸、苯并噻二叠氮、氯噻嗪、氮杂卓、消炎痛、巴比妥酸盐、头孢菌素、磺胺药物、抗糖尿病药、抗菌药或抗生素。
2.缀合连接基
缀合部分通过缀合连接基连接到寡核苷酸上。在某些寡聚化合物中，缀合连接基是单化学键(即缀合部分通过单键直接连接到寡核苷酸上)。在某些寡聚化合物中，缀合部分经由包含一个或多个缀合连接基部分的更复杂的缀合连接基连接到寡核苷酸上，所述缀合连接基部分是构成缀合连接基的亚单位。在某些实施方案中，缀合连接基包含链结构(诸如烃基链)或重复单元的寡聚物(诸如乙二醇、核苷或氨基酸单元)。
在某些实施方案中，缀合连接基包含一个或多个选自烷基、氨基、氧代、酰胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚和羟基氨基的基团。在某些此类实施方案中，缀合连接基包含选自烷基、氨基、氧代、酰胺和醚基团的基团。在某些实施方案中，缀合连接基包含选自烷基和酰胺基团的基团。在某些实施方案中，缀合连接基包含选自烷基和醚团的基团。在某些实施方案中，缀合连接基包含至少一个磷部分。在某些实施方案中，缀合连接基包含至少一个磷酸盐基团。在某些实施方案中，缀合连接基包括至少一个中性连接基团。
在某些实施方案中，缀合连接基(包括上述缀合连接基)是双功能连接部分，例如本领域已知用于将缀合基团连接至母体化合物的那些，诸如本文提供的寡核苷酸。通常，双官能连接部分包含至少两个官能团。选择官能团中的一个与母体化合物上的特定位点结合，并选择另一个官能团与缀合基团结合。双官能连接部分中使用的官能团的实例包括但不限于用于与亲核基团反应的亲电体和用于与亲电子基团反应的亲核体。在某些实施方案中，双官能连接部分包含一个或多个选自氨基、羟基、羧酸、硫醇、烷基、烯基和炔基的基团。
缀合连接基的实例包括但不限于吡咯烷、8-氨基-3,6-二氧杂辛酸(ADO)、琥珀酰亚胺基4-(N-马来酰亚胺甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)和6-氨基己酸(AHEX或AHA)。其他缀合连接基包括但不限于取代的或未取代的C1-C10烷基、取代或未取代的C2-C10烯基或取代或未取代的C2-C10炔基，其中优选的取代基基团的非限制性列表包括羟基、氨基、烷氧基、羧基、苄基、苯基、硝基、硫醇、硫代烷氧基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。
在某些实施方案中，缀合连接基包含1个-10个连接基-核苷。在某些实施方案中，缀合连接基包含2个-5个连接基-核苷。在某些实施方案中，缀合连接基恰好包含3个连接基-核苷。在某些实施方案中，缀合连接基包含TCA基序。在某些实施方案中，此类连接基-核苷是修饰的核苷。在某些实施方案中，此类连接基-核苷包含修饰的糖部分。在某些实施方案中，连接基-核苷是未修饰的。在某些实施方案中，连接基-核苷包含任选保护的杂环碱基，其选自嘌呤、取代的嘌呤、嘧啶或取代的嘧啶。在某些实施方案中，可切割部分是选自尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基-5-甲基胞嘧啶、腺嘌呤、6-N-苯甲酰基腺嘌呤、鸟嘌呤和2-N-异丁酰基鸟嘌呤的核苷。通常希望连接基-核苷在到达靶组织后从寡聚化合物上切割下来。因此，连接基-核苷通常相互连接，并通过可切割的键与寡聚化合物的剩余部分连接。在某些实施方案中，此类可切割的键是磷酸二酯键。
这里，连接基-核苷不被认为是寡核苷酸的一部分。因此，在寡聚化合物包含由特定数量或范围的连接的核苷和/或与参考核酸的特定百分比互补组成的寡核苷酸，并且寡聚化合物还包含缀合基团(其包含缀合连接基(其包含连接基-核苷))的实施方案中，这些连接基-核苷不计入寡核苷酸的长度，并且不用于确定寡核苷酸与参考核酸的互补百分比。例如，寡聚化合物可以包含(1)由8-30个核苷组成的修饰的寡核苷酸和(2)包含1-10个与修饰的寡核苷酸的核苷相邻的连接基-核苷的缀合基团。这样的寡聚化合物中连续连接的核苷总数超过30个。可替代的，寡聚化合物可以包含由8-30个核苷组成的修饰的寡核苷酸，且不包含缀合基团。这样的寡聚化合物中连续连接的核苷总数不超过30个。除非另有说明，缀合连接基包含不超过10个连接基-核苷。在某些实施方案中，缀合连接基包含不超过5个连接基-核苷。在某些实施方案中，缀合连接基包含不超过3个连接基-核苷。在某些实施方案中，缀合连接基包含不超过2个连接基-核苷。在某些实施方案中，缀合连接基包含不超过1个连接基-核苷。
在某些实施方案中，希望从寡核苷酸上切割出缀合基团。例如，在某些情况下，包含特定缀合部分的寡聚化合物被特定细胞类型更好地吸收，但是一旦寡聚化合物被吸收，就需要将缀合基团切割以释放非缀合或亲代寡核苷酸。因此，某些缀合连接基可以包含一个或多个可切割部分。在某些实施方案中，可切割部分是可切割的键。在某些实施方案中，可切割部分是包含至少一个可切割的键的一组原子。在某些实施方案中，可切割部分包含具有一个、两个、三个、四个或多于四个可切割的键的一组原子。在某些实施方案中，可切割部分在细胞或亚细胞区室诸如溶酶体内被选择性切割。在某些实施方案中，可切割部分被内源酶诸如核酸酶选择性切割。
在某些实施方案中，可切割的键选自：酰胺、酯、醚、磷酸二酯的一种或两种酯、磷酸酯、氨基甲酸酯或二硫化物。在某些实施方案中，可切割的键是磷酸二酯的一种或两种酯。在某些实施方案中，可切割部分包含磷酸酯或磷酸二酯。在某些实施方案中，可切割部分是寡核苷酸和缀合部分或缀合基团之间的磷酸酯或磷酸二酯键。
在某些实施方案中，可切割部分包含一个或多个连接基-核苷或由一个或多个连接基-核苷组成。在某些此类实施方案中，一个或多个连接基-核苷通过可切割的键相互连接和/或连接到寡聚化合物的剩余部分。在某些实施方案中，此类可切割的键是未修饰的磷酸二酯键。在某些实施方案中，可切割部分是2’-脱氧核苷，其通过磷酸二酯核苷间键连接到寡核苷酸的3’或5’末端核苷，并通过磷酸酯或硫代磷酸酯核苷间键共价连接到缀合连接基的剩余部分或缀合部分。在某些此类实施方案中，可切割部分是2’-脱氧腺苷。
3.细胞靶向部分
在某些实施方案中，缀合基团包含细胞靶向部分。在某些实施方案中，缀合基团具有通式：
Figure BDA0004103790390000491
其中n为1至约3，当n为1时m为0，当n为2或更大时m为1，j为1或0，且k为1或0。
在某些实施方案中，n是1，j是1且k是0。在某些实施方案中，n是1，j是0且k是1。在某些实施方案中，n是1，j是1且k是1。在某些实施方案中，n是2，j是1且k是0。在某些实施方案中，n是2，j是0且k是1。在某些实施方案中，n是2，j是1且k是1。在某些实施方案中，n是3，j是1且k是0。在某些实施方案中，n是3，j是0且k是1。在某些实施方案中，n是3，j是1且k是1。
在某些实施方案中，缀合基团包含具有至少一个束缚配体的细胞靶向部分。在某些实施方案中，细胞靶向部分包含共价连接至分支基团的两个束缚配体。在某些实施方案中，细胞靶向部分包含共价连接至分支基团的三个束缚配体。
B.某些末端基团
在某些实施方案中，寡聚化合物包含一个或多个末端基团。在某些此类实施方案中，寡聚化合物包含稳定的5’-磷酸酯。稳定的5’-磷酸酯包括但不限于5’-膦酸酯(包括但不限于5’-乙烯基膦酸酯)。在某些实施方案中，末端基团包含一个或多个脱碱基核苷和/或反向核苷。在某些实施方案中，末端基团包含一个或多个2’-连接的核苷。在某些此类实施方案中，2’-连接的核苷是脱碱基核苷。
III.寡聚双链体
在某些实施方案中，本文所述的寡聚化合物包含寡核苷酸，其具有与靶核酸的核碱基序列互补的核碱基序列。在某些实施方案中，寡聚化合物与第二寡聚化合物配对以形成寡聚双链体。此类寡聚双链体包含具有与靶核酸互补的部分的第一寡聚化合物和具有与第一寡聚化合物互补的部分的第二寡聚化合物。在某些实施方案中，寡聚双链体的第一寡聚化合物包含或由以下组成：((1)修饰的或未修饰的寡核苷酸和任选的缀合基团，和(2)第二修饰的或未修饰的寡核苷酸和任选的缀合基团。寡聚双链体的任一种或两种寡聚化合物可以包含缀合基团。寡聚双链体的每个寡聚化合物的寡核苷酸可以包括非互补的突出核苷。
IV.反义活性
在某些实施方案中，寡聚化合物和寡聚双链体能够与靶核酸杂交，产生至少一种反义活性；此类寡聚化合物和寡聚双链体是反义化合物。在某些实施方案中，当反义化合物在标准细胞测定中将靶核酸的量或活性减少25％或更多时，所述反义化合物具有反义活性。在某些实施方案中，反义化合物选择性地影响一种或多种靶核酸。此类反义化合物包含与一种或多种靶核酸杂交，产生一种或多种期望的反义活性，以及不与一种或多种非靶核酸杂交，或者不以产生显著的不期望的反义活性的方式与一种或多种非靶核酸杂交的核碱基序列。
在某些反义活性中，反义化合物与靶核酸的杂交导致切割靶核酸的蛋白质的募集。例如，某些反义化合物导致RNase H介导的靶核酸的切割。RNase H是切割RNA：DNA双链体的RNA链的细胞核酸内切酶。这种RNA：DNA双链体中的DNA不必是未修饰的DNA。在某些实施方案中，本文描述了足够“DNA样”以引发RNase H活性的反义化合物。在某些实施方案中，gapmer的间隙中的一个或多个非DNA样核苷是容许的。
在某些反义活性中，反义化合物或反义化合物的一部分被加载到RNA诱导的沉默复合物(RISC)中，最终导致靶核酸的切割。例如，某些反义化合物导致靶核酸被AGO蛋白质切割。加载到RISC中的反义化合物是RNAi化合物。RNAi化合物可以是双链的(siRNA)或单链的(ssRNA)。
在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸的杂交不会导致切割该靶核酸的蛋白质的募集。在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸的杂交导致靶核酸剪接的改变。在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸的杂交导致靶核酸与蛋白质或其他核酸之间结合相互作用的抑制。在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸的杂交导致靶核酸翻译的改变。
可以直接或间接观察到反义活性。在某些实施方案中，反义活性的观察或检测涉及观察或检测靶核酸或由该靶核酸编码的蛋白质的量的变化、核酸或蛋白质的剪接变体的比例的变化和/或细胞或受试者的表型变化。
V.某些靶核酸
在某些实施方案中，寡聚化合物包含寡核苷酸或由其组成，所述寡核苷酸包含与靶核酸互补的部分。在某些实施方案中，靶核酸是内源RNA分子。在某些实施方案中，靶核酸编码蛋白质。在某些此类实施方案中，靶核酸选自：成熟mRNA和前mRNA，包括内含子、外显子和非翻译区。在某些实施方案中，靶核酸是成熟mRNA。在某些实施方案中，靶核酸是前mRNA。在某些实施方案中，靶区域完全在内含子内。在某些实施方案中，靶区域跨越内含子/外显子连接。在某些实施方案中，靶区域至少50％在内含子内。
A.与靶核酸的互补性/错配
有可能引入错配碱基而不消除活性。例如，Gautschi等人(J.Natl.CancerInst.93：463-471，2001年3月)证明了与bcl-2mRNA具有100％互补性并与bcl-xL mRNA具有3个错配的寡核苷酸在体外和体内减少bc1-2和bcl-xL表达的能力。此外，该寡核苷酸在体内表现出有效的抗肿瘤活性。Maher和Dolnick(Nuc.Acid.Res.16：3341-3358，1988)测试了一系列串联的14个核碱基的寡核苷酸，以及分别包含两个或三个串联寡核苷酸的序列的28个和42个核碱基的寡核苷酸在兔网织红细胞测定中抑制人DHFR翻译的能力。三种14个核碱基的寡核苷酸的每一种单独能够抑制翻译，尽管水平比28个或42个核碱基的寡核苷酸更适中。
在某些实施方案中，寡核苷酸在整个寡核苷酸长度上与靶核酸互补。在某些实施方案中，寡核苷酸与靶核酸99％、95％、90％、85％或80％互补。在某些实施方案中，寡核苷酸在整个寡核苷酸长度上与靶核酸至少80％互补，并且包含与靶核酸100％互补或完全互补的部分。在某些实施方案中，完全互补部分的长度为6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24个核碱基。
在某些实施方案中，寡核苷酸包含一个或多个相对于靶核酸错配的核碱基。在某些实施方案中，针对靶的反义活性通过这样的错配而减少，但针对非靶的活性减少的量更大。因此，在某些实施方案中，寡核苷酸的选择性得到了改善。在某些实施方案中，错配被特异性地定位在具有gapmer基序的寡核苷酸内。在某些实施方案中，错配位于间隙区域的5’末端的位置1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或11处。在某些实施方案中，错配位于从5’侧翼区域或3’侧翼区域的5’末端的位置1、2、3、4、5或6处。
B.SCN2A
在某些实施方案中，寡聚化合物包含与靶核酸互补的寡核苷酸，或由与靶核酸互补的寡核苷酸组成，其中靶核酸是SCN2A核酸。在某些实施方案中，SCN2A核酸具有SEQ IDNO：1(GENBANK登录号NM_001040142.2)或SEQ ID NO：2(GENBANK登录号NC_000002.12，从核苷酸165127001截短至165395000)中所述的序列。
在某些实施方案中，将细胞与互补于SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2的寡聚化合物接触减少了细胞中SCN2A RNA的量，并且在某些实施方案中减少了细胞中SCN1A蛋白的量。在某些实施方案中，将细胞与互补于SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2的修饰的寡核苷酸接触减少了细胞中SCN2A RNA的量，并且在某些实施方案中减少了细胞中SCN2A蛋白的量。在某些实施方案中，细胞是体外细胞。在某些实施方案中，细胞在受试者中。在某些实施方案中，寡聚化合物由修饰的寡核苷酸组成。在某些实施方案中，将受试者中的细胞与互补于SEQ IDNO：1或SEQ ID NO：2的寡聚化合物接触改善了与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍的一种或多种症状或标志。在某些实施方案中，电压门控钠通道蛋白是SCN2A。在某些实施方案中，受试者患有与非SCN2A的电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍。在某些实施方案中，受试者患有与SCN1A相关的疾病或障碍。在某些实施方案中，疾病或障碍是发育性或癫痫性脑病，诸如早发性癫痫性脑病、迟发性癫痫性或脑病、良性家族性新生儿-婴儿癫痫发作；在某些实施方案中，疾病或障碍是智力残疾或自闭症谱系障碍；在某些实施方案中，疾病或障碍是Dravet综合征。
在某些实施方案中，症状或标志是癫痫发作、张力减退、感觉统合障碍、运动功能障碍、智力和认知功能障碍、运动和平衡功能障碍、视觉功能障碍、语言和言语延迟、胃肠障碍(例如胃食管反流、腹泻、便秘、动力障碍等)、神经发育延迟、癫痫的意外猝死、运动发育延迟、社交和语言发育延迟、重复动作、不协调的口腔运动和睡眠问题中的任一者。在某些实施方案中，癫痫发作是局灶性、阵挛性、强直性和全身性强直性和阵挛性癫痫发作、长时间癫痫发作(通常持续超过10分钟)以及频繁癫痫发作(例如，惊厥、肌阵挛、失神、局灶性、迟钝状态和强直性癫痫发作)中的任一者。
在某些实施方案中，在标准体外测定中，与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2互补的寡聚化合物能够在体外将SCN2A RNA的可检测量减少至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％。在某些实施方案中，在标准体外测定中，与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2互补的寡聚化合物能够在体外将SCN2A蛋白的可检测量减少至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％。在某些实施方案中，当根据标准体内测定施用时，与SEQ ID NO：1或SEQID NO：2互补的寡聚化合物能够在体内将SCN2A RNA的可检测量减少至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％。在某些实施方案中，当根据标准体内测定施用时，与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2互补的寡聚化合物能够在体内将SCN2A蛋白的可检测量减少至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1或SEQ IDNO：2互补的寡聚化合物能够将受试者CSF中SCN2A RNA的可检测量减少至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2互补的寡聚化合物能够将受试者CSF中SCN2A蛋白的可检测量减少至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％。
在某些实施方案中，寡聚化合物不包含双环糖部分。在某些实施方案中，寡聚化合物不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个双环糖部分。在某些实施方案中，寡聚化合物包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是双环核苷的核苷。在某些实施方案中，寡聚化合物不包含LNA糖部分。在某些实施方案中，寡聚化合物不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个LNA糖部分。在某些实施方案中，寡聚化合物包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是LNA核苷的核苷。
某些组织中的某些靶核酸
在某些实施方案中，寡聚化合物包含寡核苷酸或由寡核苷酸组成，所述寡核苷酸包含与靶核酸互补的部分，其中靶核酸在药理学相关组织中表达。在某些实施方案中，药理学相关组织是包含中枢神经系统的细胞和组织。此类组织包括皮层、海马和脊髓。
VI.某些药物组合物
在某些实施方案中，本文描述了包含一种或多种寡聚化合物的药物组合物。在某些实施方案中，一种或多种寡聚化合物各自由修饰的寡核苷酸组成。在某些实施方案中，药物组合物包含药学上可接受的稀释剂或载体。在某些实施方案中，药物组合物包含无菌盐溶液和一种或多种寡聚化合物，或由以上组成。在某些实施方案中，无菌盐水是药品级盐水。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和无菌水，或由以上组成。在某些实施方案中，无菌水是药品级水。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和磷酸盐缓冲盐水(PBS)，或由以上组成。在某些实施方案中，无菌PBS是药品级PBS。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和人工脑脊液(“人工CSF”或“aCSF”)，或由以上组成。在某些实施方案中，人工脑脊液是药品级的。
在某些实施方案中，药物组合物包含修饰的寡核苷酸和人工脑脊液。在某些实施方案中，药物组合物由修饰的寡核苷酸和人工脑脊液组成。在某些实施方案中，药物组合物基本上由修饰的寡核苷酸和人工脑脊液组成。在某些实施方案中，人工脑脊液是药品级的。
在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和一种或多种赋形剂。在某些实施方案中，赋形剂选自水、盐溶液、醇、聚乙二醇、明胶、乳糖、淀粉酶、硬脂酸镁、滑石、硅酸、粘性石蜡、羟甲基纤维素和聚乙烯吡咯烷酮。
在某些实施方案中，寡聚化合物可以与药学上可接受的活性和/或惰性物质混合，用于制备药物组合物或配制品。用于配制药物组合物的组合物和方法取决于许多标准，包括但不限于施用途径、疾病程度或施用剂量。
在某些实施方案中，包含寡聚化合物的药物组合物涵盖寡聚化合物的任何药学上可接受的盐、寡聚化合物的酯或此类酯的盐。在某些实施方案中，包含含有一种或多种寡核苷酸的寡聚化合物的药物组合物在向包括人在内的受试者施用后，能够(直接或间接)提供生物活性代谢物或其残余物。因此，例如，本公开还涉及寡聚化合物的药学上可接受的盐、前药、此类前药的药学上可接受的盐和其他生物等效物。合适的药学上可接受的盐包括但不限于钠盐和钾盐。在某些实施方案中，前药包含一个或多个与寡核苷酸连接的缀合基团，其中缀合基团被体内内源核酸酶切割。
脂质部分已经以多种方法用于核酸疗法。在某些这样的方法中，将核酸(诸如寡聚化合物）引入到由阳离子脂质和中性脂质的混合物制成的预制脂质体或脂质复合物中。在某些方法中，在没有中性脂质存在的情况下，形成具有单或多阳离子脂质的DNA复合物。在某些实施方案中，选择脂质部分以增加药剂向特定细胞或组织的分布。在某些实施方案中，选择脂质部分以增加药剂向脂肪组织的分布。在某些实施方案中，选择脂质部分以增加药剂向肌肉组织的分布。
在某些实施方案中，药物组合物包含递送系统。递送系统的实例包括但不限于脂质体和乳剂。某些递送系统可用于制备某些药物组合物，包括包含疏水性化合物的药物组合物。在某些实施方案中，使用某些有机溶剂诸如二甲亚砜。
在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种组织特异性递送分子，其被设计用于将包含本文提供的寡聚化合物的一种或多种药剂递送至特定组织或细胞类型。例如，在某些实施方案中，药物组合物包括用组织特异性抗体包被的脂质体。
在某些实施方案中，药物组合物包含助溶剂系统。某些此类共溶剂系统包括例如苯甲醇、非极性表面活性剂、水混溶性有机聚合物和水相。在某些实施方案中，此类共溶剂系统用于疏水性化合物。这种共溶剂系统的非限制性实例是VPD共溶剂系统，其是包含3％w/v苯甲醇、8％w/v非极性表面活性剂Polysorbate 80TM和65％w/v聚乙二醇300的无水乙醇溶液。此类共溶剂系统的比例可以变化很大，而不会显著改变它们的溶解度和毒性特征。此外，助溶剂成分的特性可以不同：例如，可以使用其他表面活性剂代替Polysorbate 80TM；聚乙二醇的级分大小可以变化；其他生物相容性聚合物可以代替聚乙二醇，例如聚乙烯吡咯烷酮；以及其他糖或多糖可以代替葡萄糖。
在某些实施方案中，制备用于口服施用的药物组合物。在某些实施方案中，制备用于口腔含化施用的药物组合物。在某些实施方案中，制备用于通过注射(例如，静脉内、皮下、肌内、鞘内(IT)、脑室内(ICV)、神经内、神经周等)施用的药物组合物。在某些此类实施方案中，药物组合物包含载体，并配制在水溶液(诸如水或生理学相容的缓冲液，诸如Hanks溶液、Ringer溶液或生理盐水缓冲液)中。在某些实施方案中，包括其他成分((例如，有助于溶解或用作防腐剂的成分)。在某些实施方案中，使用合适的液体载体、悬浮剂等制备可注射的悬浮液。某些注射用药物组合物以单位剂量形式存在，例如在安瓿或多剂量容器中。某些用于注射的药物组合物是在油性或水性载体中的悬浮液、溶液或乳液，并且可以含有配方制剂，诸如悬浮剂、稳定剂和/或分散剂。适用于注射用药物组合物的某些溶剂包括但不限于亲脂性溶剂和脂肪油(诸如芝麻油)合成脂肪酸酯(诸如油酸乙酯或甘油三酯和脂质体)。
在某些条件下，本文公开的某些化合物充当酸。尽管此类化合物可以以质子化(游离酸)形式，或离子化和与阳离子(盐)形式结合的形式绘制或描述，但此类化合物的水溶液在此类形式中处于平衡状态。例如，水溶液中寡核苷酸的磷酸键以游离酸、阴离子和盐的形式平衡存在。除非另有说明，本文描述的化合物旨在包括所有此类形式。此外，某些寡核苷酸具有一些此类键，每个都处于平衡状态。因此，溶液中的寡核苷酸在平衡状态下以多种形式存在于多个位置。术语“寡核苷酸”旨在包括所有此类形式。绘制的结构必须描绘单一的形式。然而，除非另有说明，此类附图同样旨在包括相应的形式。在本文中，描述化合物的游离酸的结构，后跟术语“或其盐”明确地包括可以完全或部分质子化/去质子化/与阳离子结合的所有此类形式。在某些情况下，鉴定一种或多种特定的阳离子。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸或寡聚化合物在含钠的水溶液中。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸或寡聚化合物在含钾的水溶液中。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸或寡聚化合物在PBS中。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸或寡聚化合物在水中。在某些此类实施方案中，用NaOH和/或HC1调节溶液的pH以达到所需的pH。
本文描述了某些特定的剂量。剂量可以以剂量单位的形式。为了清楚起见，修饰的寡核苷酸或寡聚化合物的剂量(或剂量单位)(以毫克计)表示修饰的寡核苷酸或寡聚化合物的游离酸形式的质量。如上所述，在水溶液中，游离酸与阴离子和盐形式平衡。然而，为了计算剂量，假设修饰的寡核苷酸或寡聚化合物以无溶剂、无乙酸钠、无水、游离酸的形式存在。例如，当修饰的寡核苷酸或寡聚化合物在包含钠的溶液((例如盐水)中时，该修饰的寡核苷酸或寡聚化合物可以部分或完全去质子化并与Na+离子结合。然而，质子的质量仍然计入剂量的重量，而Na+离子的质量不计入剂量的重量。因此，例如，10mg化合物编号1348259的剂量或剂量单位等于重量10mg的完全质子化分子的数量。这相当于10.59mg的无溶剂、无乙酸钠的无水钠化化合物编号1348259。当寡聚化合物包含缀合基团时，在计算这样的寡聚化合物的剂量时包括缀合基团的质量。如果缀合基团也具有酸，为了计算剂量，同样假设缀合基团完全质子化。
VII.某些化合物
1.化合物编号1348259
在某些实施方案中，化合物编号1348259的特征在于具有GCATAATCCCATTATACAAA(SEQ ID NO：2493)的序列(从5’至3’)的5-10-5 MOE gapmer，其中核苷1-5和16-20(从5’至3’)中的每一个是2’-MOE核苷，并且核苷6-15中的每一个是2’-β-D-脱氧核苷，其中核苷2至3、3至4、4至5、5至6、16至17和17至18之间的核苷间键是磷酸二酯核苷间键，核苷1至2、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19和19至20之间的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键，并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物编号1348259由以下化学符号表示：Ges mCeoAeoTeoAeoAd sTds mCds mCds mCdsAdsTdsTdsAdsTdsAeo mCeoAesAesAe(SEQ ID NO：2493)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
在某些实施方案中，化合物编号1348259由以下化学结构表示：
Figure BDA0004103790390000571
(SEQ ID NO：2493)。
结构1.化合物编号1348259
在某些实施方案中，化合物编号1348259的钠盐由以下化学结构表示：
Figure BDA0004103790390000581
(SEQ ID NO：2493)。
结构2.化合物编号1348259的钠盐
2.化合物编号1348289
在某些实施方案中，化合物编号1348289的特征在于具有CACGACATATTTTTCTACAC(SEQ ID NO：2514)的序列(从5’至3’)的6-10-4 MOE gapmer，其中核苷1-6和17-20((从5’至3’)中的每一个是2'-MOE核苷，并且核苷7-16中的每一个是2’-β-D-脱氧核苷，其中核苷2至3、3至4、4至5、5至6、6至7和17至1 8之间的核苷间键是磷酸二酯核苷间键，核苷1至2、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、16至17、18至19和19至20之间的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键，并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物编号1348289由以下化学符号表示：mCesAeo mCeoGeoAeo mCe oAdsTdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTdsAeo mCesAes mCe(SEQ ID NO：2514)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
在某些实施方案中，化合物编号1348289由以下化学结构表示：
Figure BDA0004103790390000591
(SEQ ID NO：2514)。
结构3.化合物编号1348289
在某些实施方案中，化合物编号1348289的钠盐由以下化学结构表示：
Figure BDA0004103790390000601
(SEQ ID NO：2514)。
结构4.化合物编号1348289的钠盐
3.化合物编号1348290
在某些实施方案中，化合物编号1348290的特征在于具有CCACGACATATTTTTCTACA(SEQ ID NO：2510)的序列(从5’至3’)的6-10-4 MOEgapmer，其中核苷1-6和17-20(从5’至3’)中的每一个是2'-MOE核苷，并且核苷7-16中的每一个是2’-β-D-脱氧核苷，其中核苷2至3、3至4、4至5、5至6、6至7和17至1 8之间的核苷间键是磷酸二酯核苷间键，核苷1至2、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、16至17、18至19和19至20之间的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键，并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物编号1348290由以下化学符号表示：mCes mCeoAeo mCeoGe oAeo mCdsAdsTdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTeoAes mCesAe(SEQ ID NO：2510)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
在某些实施方案中，化合物编号1348290由以下化学结构表示：
Figure BDA0004103790390000611
(SEQ ID NO：2510)。
结构5：化合物编号1348290
在某些实施方案中，化合物编号1348290的钠盐由以下化学结构表示：
Figure BDA0004103790390000621
(SEQ ID NO：2510)
结构6：化合物编号1348290的钠盐
4.化合物编号1348331
在某些实施方案中，化合物编号1348331的特征在于具有TCTGCATGTAACCTTTATAC(SEQ ID NO：2487)的序列(从5’至3’)的6-10-4 MOE gapmer，其中核苷1-6和17-20(从5’至3’)中的每一个是2’-MOE核苷，并且核苷7-16中的每一个是2’-β-D-脱氧核苷，其中核苷2至3、3至4、4至5、5至6、6至7和17至1 8之间的核苷间键是磷酸二酯核苷间键，核苷1至2、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、16至17、18至19和19至20之间的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键，并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物编号1348331由以下化学符号表示：Tes mCeoTeoGeo mCeoAe oTdsGdsTdsAdsAds mCds mCdsTdsTdsTdsAeoTesAes mCe(SEQ ID NO：2487)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
在某些实施方案中，化合物编号1348331由以下化学结构表示：
Figure BDA0004103790390000631
(SEQ ID NO：2487)。
结构7：化合物编号1348331
在某些实施方案中，化合物编号1348331的钠盐由以下化学结构表示：
Figure BDA0004103790390000641
(SEQ ID NO：2487)
结构8：化合物编号1348331的钠盐
5.化合物编号1348347
在某些实施方案中，化合物编号1348347的特征在于具有GCATAATCCCATTATACAAA(SEQ ID NO：2493)的序列(从5’至3’)的6-10-4 MOE gapmer，其中核苷1-6和17-20(从5’至3’)中的每一个是2’-MOE核苷，并且核苷7-16中的每一个是2’-β-D-脱氧核苷，其中核苷2至3、3至4、4至5、5至6、6至7和17至18之间的核苷间键是磷酸二酯核苷间键，核苷1至2、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、16至17、18至19和19至20之间的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键，并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物编号1348347由以下化学符号表示：Ges mCeoAeoTeoAeoAe oTds mCds mCds mCdsAdsTdsTdsAdsTdsAds mCeoAesAesAe(SEQ ID NO：2493)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
在某些实施方案中，化合物编号1348347由以下化学结构表示：
Figure BDA0004103790390000651
(SEQ ID NO：2493)。
结构9：化合物编号1348347
在某些实施方案中，化合物编号1348347的钠盐由以下化学结构表示：
Figure BDA0004103790390000661
(SEQ ID NO：2493)
结构10：化合物编号1348347的钠盐
6.化合物编号1348937
在某些实施方案中，化合物编号1348937的特征在于具有CTGCATGTAACCTTTATA(SEQ ID NO：2534)的序列(从5’至3’)的5-8-5 MOE gapmer，其中核苷1-5和14-18((从5’至3’)中的每一个是2’-MOE核苷，并且核苷6-13中的每一个是2’-β-D-脱氧核苷，其中核苷2至3、3至4、4至5、14至15和15至16之间的核苷间键是磷酸二酯核苷间键，核苷1至2、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、16至17和17至18之间的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键，并且其中每个胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物编号1348937由以下化学符号表示：mCesTeoGeo mCeoAesTd sGdsTdsAdsAds mCds mCdsTdsTeoTeoAesTesAe
(SEQ ID NO：2534)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
在某些实施方案中，化合物编号1348937由以下化学结构表示：
Figure BDA0004103790390000671
(SEQ ID NO：2534)。
结构11：化合物编号1348937
在某些实施方案中，化合物编号1348937的钠盐由以下化学结构表示：
Figure BDA0004103790390000681
(SEQ ID NO：2534)
结构12：化合物编号1348937的钠盐
VIII.某些热点区域
在某些实施方案中，以下指定范围内的核碱基包含SCN2A核酸的热点区域。在某些实施方案中，与SCN2A核酸热点区域内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体外测定中实现了SCN2A RNA体外减少平均69.9％或更多。在某些实施方案中，与SCN2A核酸的热点区域内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2A RNA体内减少平均59％或更多。
1.SEO ID NO：1的核碱基2306-2367或SEQ ID NO：2的核碱基199863-199905
在某些实施方案中，SEQ ID NO：1的核碱基2306-2367或SEQ ID NO：2的核碱基199863-199905包含热点区域。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核碱基2306-2367或SEQ ID NO：2的核碱基199863-199905内的等长部分互补。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为20个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为18个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为16、17、18、19、20、21或22个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由17-19或21-30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是gapmer。
在某些实施方案中，gapmer是5-10-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-10-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-10-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-8-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-8-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是5-8-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer以从5’到3’的顺序具有的糖基序：eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、eeeeddddddddddeeeeee、eeeeddddddddeeeeee、eeeeeeddddddddeeee或eeeeeddddddddeeeee，其中‘d’代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，‘e’代表2’-MOE糖部分。在某些实施方案中，gapmer在间隙中包含2’-取代的核苷。在某些实施方案中，2’-取代的核苷包含2’-OMe糖部分。在某些实施方案中，2’-取代的核苷位于间隙的位置2(5’至3’)。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是双环核苷的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是LNA核苷的核苷。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键和磷酸二酯核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键以从5’到3’的顺序排列。在某些实施方案中，修饰的核苷酸具有soooossssssssssooss、sooooossssssssssoss、sooossssssssssoooss、soosssssssssoooss、soooosssssssssoss或sooosssssssssooss的核苷间键基序(从5’到3’)，其中每个“s”代表硫代磷酸酯核苷间键，每个“o”代表磷酸二酯核苷间键。
SEQ ID NO：336、488、2021、2097、2174、2250、2326、2403、2499、2500、2501、2502和2526的核碱基序列与SEQ ID NO：1的核碱基2306-2367或SEQ ID NO：2的核碱基199863-199905内的等长部分互补。
化合物ID：909979、1248427、1248428、1248429、1248430、1248431、1248432、1248433、1348279、1348282、1348286、1348297、1348328、1348343、1348358、1348360、1348361、1348362、1348364、1348365、1348366、1348367、1348378和1348380的核碱基序列与SEQ ID NO：1的核碱基2306-2367或SEQ ID NO：2的核碱基199863-199905内的等长部分互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基2306-2367或SEQ ID NO：2的核碱基199863-199905内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体外测定中实现了SCN2A RNA体外减少至少53％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基2306-2367或SEQ ID NO：2的核碱基199863-199905内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体外测定中实现了SCN2A RNA体外减少平均69.9％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基2306-2367或SEQ ID NO：2的核碱基199863-199905内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2A RNA体内减少平均77.1％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基2306-2367或SEQ ID NO：2的核碱基199863-199905内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2A RNA体内减少平均63.2％。
2.SEQ ID NO：1的核碱基3499-3557或SEQ ID NO：2的核碱基227493-227551
在某些实施方案中，SEQ ID NO：1的核碱基3499-3557或SEQ ID NO：2的核碱基227493-227551包含热点区域。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核碱基3499-3557或SEQ ID NO：2的核碱基227493-227551内的等长部分互补。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为20个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为18个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为16、17、18、19、20、21或22个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由17-19或21-30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是gapmer。
在某些实施方案中，gapmer是5-10-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-10-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-10-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-8-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-8-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是5-8-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer以从5’到3’的顺序具有的糖基序：eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、eeeeddddddddddeeeeee、eeeeddddddddeeeeee、eeeeeeddddddddeeee或eeeeeddddddddeeeee，其中‘d’代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，‘e’代表2'-MOE糖部分。在某些实施方案中，gapmer在间隙中包含2’-取代的核苷。在某些实施方案中，2’-取代的核苷包含2’-OMe糖部分。在某些实施方案中，2’-取代的核苷位于间隙的位置2(5’至3’)。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是双环核苷的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是LNA核苷的核苷。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键和磷酸二酯核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键以从5’到3’的顺序排列。在某些实施方案中，修饰的核苷酸具有soooossssssssssooss、sooooossssssssssoss、sooossssssssssoooss、soosssssssssoooss、soooosssssssssoss或sooosssssssssooss的核苷间键基序(从5’到3’)，其中每个“s”代表硫代磷酸酯核苷间键，每个“o”代表磷酸二酯核苷间键。
SEQ ID NO：181、259、643、720、796、2504、2505、2506、2507、2508、2509、2510、2511、2512、2513、2514和2521的核碱基序列与SEQ ID NO：1的核碱基3499-3557或SEQ IDNO：2的核碱基227493-227551内的等长部分互补。
化合物ID：909989、909990、1248487、1248488、1248489、1348289、1348290、1348291、1348292、1348295、1348298、1348302、1348303、1348304、1348306、1348307、1348369、1348370、1348371、1348373、1348374、1348375、1348376、1348377、1348381、1348382、1348383、1348384、1348385、1348386、1348387、1348405、1348411、1348423、1348439、1348440、1348441、1348442、1348443、1348444、1348446、1348447和1348456的核碱基序列与SEQ ID NO：1的核碱基3499-3557或SEQ ID NO：2的核碱基227493-227551内的等长部分互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基3499-3557或SEQ ID NO：2的核碱基227493-227551内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2A RNA体外减少至少75％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基3499-3557或SEQ ID NO：2的核碱基227493-227551内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体外测定中实现了SCN2A RNA体外减少平均81.6％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基3499-3557或SEQ ID NO：2的核碱基227493-227551内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2A RNA体内减少平均76.6％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基3499-3557或SEQ ID NO：2的核碱基227493-227551内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2A RNA体内减少平均67.2％。
3.SEQ ID NO：2的核碱基243124-243204
在某些实施方案中，SEQ ID NO：2的核碱基243124-243204包含热点区域。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：2的核碱基243124-243204内的等长部分互补。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为20个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为18个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为16、17、18、19、20、21或22个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由17-19或21-30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是gapmer。
在某些实施方案中，gapmer是5-10-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-10-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-10-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-8-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-8-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是5-8-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer以从5’到3’的顺序具有的糖基序：eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、eeeeddddddddddeeeeee、eeeeddddddddeeeeee、eeeeeeddddddddeeee或eeeeeddddddddeeeee，其中‘d’代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，‘e’代表2’-MOE糖部分。在某些实施方案中，gapmer在间隙中包含2’-取代的核苷。在某些实施方案中，2’-取代的核苷包含2’-OMe糖部分。在某些实施方案中，2’-取代的核苷位于间隙的位置2(5’至3’)。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是双环核苷的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是LNA核苷的核苷。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键和磷酸二酯核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键以从5’到3’的顺序排列。在某些实施方案中，修饰的核苷酸具有soooossssssssssooss、sooooossssssssssoss、sooossssssssssoooss、soosssssssssoooss、soooosssssssssoss或sooosssssssssooss的核苷间键基序(从5’到3’)，其中每个“s”代表硫代磷酸酯核苷间键，每个“o”代表磷酸二酯核苷间键。
SEQ ID NO：491、567、644、721、797、2177、2253、2315、2329、2406和2527的核碱基序列与SEQ ID NO：2的核碱基243124-243204内的等长部分互补。
化合物ID：1248507、1248508、1248509、1248510、1248511、1248512、1248513、1248514、1248515、1250138、1348299、1348379、1348388和1348397的核碱基序列与SEQ IDNO：2的核碱基243124-243204内的等长部分互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO：2的核碱基243124-243204内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体外测定中实现了SCN2A RNA体外减少至少51％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：2的核碱基243124-243204内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体外测定中实现了SCN2A RNA体外减少平均71.4％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：2的核碱基243124-243204内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2ARNA体内减少平均61.3％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：2的核碱基243124-243204内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2A RNA体内减少平均61.5％。
4.SEQ ID NO：2的核碱基243917-244073
在某些实施方案中，SEQ ID NO：2的核碱基243917-244073包含热点区域。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：2的核碱基243917-244073内的等长部分互补。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为20个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为18个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为16、17、18、19、20、21或22个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由17-19或21-30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是gapmer。
在某些实施方案中，gapmer是5-10-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-10-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-10-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-8-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-8-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是5-8-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer以从5’到3’的顺序具有的糖基序：eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、eeeeddddddddddeeeeee、eeeeddddddddeeeeee、eeeeeeddddddddeeee或eeeeeddddddddeeeee，其中‘d’代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，‘e’代表2’-MOE糖部分。在某些实施方案中，gapmer在间隙中包含2’-取代的核苷。在某些实施方案中，2’-取代的核苷包含2’-OMe糖部分。在某些实施方案中，2’-取代的核苷位于间隙的位置2(5’至3’)。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是双环核苷的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是LNA核苷的核苷。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键和磷酸二酯核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键以从5’到3’的顺序排列。在某些实施方案中，修饰的核苷酸具有soooossssssssssooss、sooooossssssssssoss、sooossssssssssoooss、soosssssssssoooss、soooosssssssssoss或sooosssssssssooss的核苷间键基序(从5’到3’)，其中每个“s”代表硫代磷酸酯核苷间键，每个“o”代表磷酸二酯核苷间键。
SEQ ID NO：1090、1166、2484、2485、2487、2493、2496、2497、2498、2533、2534、2535和2537的核碱基序列与SEQ ID NO：2的核碱基243917-244073内的等长部分互补。
化合物ID：1250148、1250149、1348250、1348251、1348253、1348259、1348265、1348266、1348267、1348331、1348332、1348333、1348338、1348342、1348344、1348345、1348347、1348419、1348420、1348421、1348427、1348428、1348435、1348436、1348437、1348920、1348922、1348923、1348925、1348927、1348928、1348929、1348931、1348934、1348935、1348937和1348938的核碱基序列与SEQ ID NO：2的核碱基243917-244073内的等长部分互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO：2的核碱基243917-244073内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体外测定中实现了SCN2A RNA体外减少至少80％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：2的核碱基243917-244073内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体外测定中实现了SCN2A RNA体外减少平均80.5％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：2的核碱基243917-244073内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2ARNA体内减少平均67.7％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：2的核碱基243917-244073内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2A RNA体内减少平均62.1％。
5.SEQ ID NO：1的核碱基4389-4487或SEQ ID NO：2的核碱基247823-247921
在某些实施方案中，SEQ ID NO：1的核碱基4389-4487或SEQ ID NO：2的核碱基247823-247921包含热点区域。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1的核碱基4389-4487或SEQ ID NO：2的核碱基247823-247921内的等长部分互补。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为20个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为18个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为16、17、18、19、20、21或22个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由17-19或21-30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是gapmer。
在某些实施方案中，gapmer是5-10-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-10-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-10-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-8-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-8-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是5-8-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer以从5’到3’的顺序具有的糖基序：eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、eeeeddddddddddeeeeee、eeeeddddddddeeeeee、eeeeeeddddddddeeee或eeeeeddddddddeeeee，其中‘d’代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，‘e’代表2'-MOE糖部分。在某些实施方案中，gapmer在间隙中包含2’-取代的核苷。在某些实施方案中，2’-取代的核苷包含2’-OMe糖部分。在某些实施方案中，2’-取代的核苷位于间隙的位置2((5’至3’)。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是双环核苷的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是LNA核苷的核苷。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键和磷酸二酯核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键以从5’到3’的顺序排列。在某些实施方案中，修饰的核苷酸具有soooossssssssssooss、sooooossssssssssoss、sooossssssssssoooss、soosssssssssoooss、soooosssssssssoss或sooosssssssooss的核苷间键基序((从5’到3’)，其中每个“s”代表硫代磷酸酯核苷间键，每个“o”代表磷酸二酯核苷间键。
SEQ ID NO：29、30、107、108、185、186、263、264、341、342、419、420、1796、1871、1948、2025、2101、2178、2254、2330、2503、2517和2522的核碱基序列与SEQ ID NO：1的核碱基4389-4487或SEQ ID NO：2的核碱基247823-247921内的等长部分互补。
化合物ID：910009、910010、910011、910012、910013、910014、910015、910016、910017、910018、910019、910020、1248528、1248529、1248530、1248531、1248532、1248533、1248534、1248535、1348269、1348270、1348271、1348275、1348277、1348348、1348353、1348355、1348356、1348396和1348450的核碱基序列与SEQ ID NO：1的核碱基4389-4487或SEQ ID NO：2的核碱基247823-247921内的等长部分互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基4389-4487或SEQ ID NO：2的核碱基247823-247921内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体外测定中实现了SCN2A RNA体外减少至少27％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基4389-4487或SEQ ID NO：2的核碱基247823-247921内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体外测定中实现了SCN2A RNA体外减少平均71.1％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基4389-4487或SEQ ID NO：2的核碱基247823-247921内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2A RNA体内减少平均63.4％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基4389-4487或SEQ ID NO：2的核碱基247823-247921内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2A RNA体内减少平均59.1％。
6.SEQ ID NO：1的核碱基4774-4809或SEQ ID NO：2的核碱基254142-254177
在某些实施方案中，SEQ ID NO：1的核碱基4774-4809或SEQ ID NO：2的核碱基254142-254177包含热点区域。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与SEQ IDNO：1的核碱基4774-4809或SEQ ID NO：2的核碱基254142-254177内的等长部分互补。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为20个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为18个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为16、17、18、19、20、21或22个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由17-19或21-30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是gapmer。
在某些实施方案中，gapmer是5-10-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-10-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-10-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-8-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-8-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是5-8-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer以从5’到3’的顺序具有的糖基序：eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、eeeeddddddddddeeeeee、eeeeddddddddeeeeee、eeeeeeddddddddeeee或eeeeeddddddddeeeee，其中‘d’代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，‘e’代表2’-MOE糖部分。在某些实施方案中，gapmer在间隙中包含2’-取代的核苷。在某些实施方案中，2’-取代的核苷包含2’-OMe糖部分。在某些实施方案中，2’-取代的核苷位于间隙的位置2(5’至3’)。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是双环核苷的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是LNA核苷的核苷。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键和磷酸二酯核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键以从5’到3’的顺序排列。在某些实施方案中，修饰的核苷酸具有soooosssssssssooss、sooooossssssssssoss、sooossssssssssoooss、soosssssssssoooss、soooosssssssssoss或sooosssssssssooss的核苷间键基序(从5’到3’)，其中每个“s”代表硫代磷酸酯核苷间键，每个“o”代表磷酸二酯核苷间键。
SEQ ID NO：1016、1093、1104、1169、1246、1323、1400、1477、1554、1708、1785、1860、1937、2014、1631、2090和2539的核碱基序列与SEQ ID NO：1的核碱基4774-4809或SEQID NO：2的核碱基254142-254177内的等长部分互补。
化合物ID：1248544、1250225、1250226、1250227、1250228、1250229、1250230、1250231、1250232、1250233、1250234、1250235、1250236、1250237、1250238、1250239、1348936和1348939的核碱基序列与SEQ ID NO：1的核碱基4774-4809或SEQ ID NO：2的核碱基254142-254177内的等长部分互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基4774-4809或SEQ ID NO：2的核碱基254142-254177内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体外测定中实现了SCN2A RNA体外减少至少51％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基4774-4809或SEQ ID NO：2的核碱基254142-254177内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体外测定中实现了SCN2A RNA体外减少平均89％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基4774-4809或SEQ ID NO：2的核碱基254142-254177内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2A RNA体内减少平均74.8％。在某些实施方案中，与SEQ ID NO：1的核碱基4774-4809或SEQ ID NO：2的核碱基254142-254177内的等长部分互补的修饰的寡核苷酸在标准体内测定中实现了SCN2A RNA体内减少平均67.8％。
7.其他热点区域
在某些实施方案中，下表中描述的范围包括热点区域。每个热点区域以“起始位点SEQ ID NO：2”栏中鉴定的SEQ ID NO：2的核碱基开始，以“终止位点SEQ ID NO：2”栏中鉴定的SEQ ID NO：2的核碱基结束。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸与热点区域1-17中的任一者内的等长部分互补，如下表所定义。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为20个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为18个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸长度为16、17、18、19、20、21或22个核碱基。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸由17-19或21-30个连接的核苷组成。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸是gapmer。
在某些实施方案中，gapmer是5-10-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-10-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-10-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是4-8-6 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是6-8-4 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer是5-8-5 MOE gapmer。在某些实施方案中，gapmer以从5’到3’的顺序具有的糖基序：eeeeeddddddddddeeeee、eeeeeeddddddddddeeee、eeeeddddddddddeeeeee、eeeeddddddddeeeeee、eeeeeeddddddddeeee或eeeeeddddddddeeeee，其中‘d’代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，‘e’代表2’-MOE糖部分。在某些实施方案中，gapmer在间隙中包含2’-取代的核苷。在某些实施方案中，2’-取代的核苷包含2’-OMe糖部分。在某些实施方案中，2’-取代的核苷位于间隙的位置2(5’至3’)。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个双环糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是双环核苷的核苷。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸不包含多于一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个或九个LNA糖部分。在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸包含一个或两个侧翼片段，该侧翼片段包含不是LNA核苷的核苷。
在某些实施方案中，修饰的寡核苷酸的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键和磷酸二酯核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键以从5’到3’的顺序排列。在某些实施方案中，修饰的核苷酸具有soooossssssssssooss、sooooossssssssssoss、sooossssssssssoooss、soosssssssssoooss、soooosssssssssoss或sooosssssssssooss的核苷间键基序(从5’到3’)，其中每个“s”代表硫代磷酸酯核苷间键，每个“o”代表磷酸二酯核苷间键。
下表中“范围内的化合物ID”栏中列出的化合物的核碱基序列与指定热点区域内的SEQ ID NO：2互补。下表中“范围内的SEQ ID NO”栏中列出的寡核苷酸的核碱基序列与指定热点区域内的靶序列SEQ ID NO：2互补。
在某些实施方案中，与热点区域内的核碱基互补的修饰的寡核苷酸在如下表所示的标准体外测定中达到体外SCN2A RNA至少“最小体外减少百分比”(相对于未处理的对照细胞的最小减少百分比)。在某些实施方案中，与热点区域内的核碱基互补的修饰的寡核苷酸在如下表所示的标准体外测定中达到体外SCN2A RNA“平均体外减少百分比”(相对于未处理的对照细胞的平均减少百分比)的平均值。在某些实施方案中，与热点区域内的核碱基互补的修饰的寡核苷酸在如下表所示的标准体外测定中达到体外SCN2A RNA最大“最大体外减少百分比”(相对于未处理的对照细胞的最大减少百分比)。在某些实施方案中，与热点区域内的核碱基互补的修饰的寡核苷酸在如下表所示的皮质组织中标准体内测定中达到体内SCN2A RNA“平均体内皮质减少百分比”的平均值。在某些实施方案中，与热点区域内的核碱基互补的修饰的寡核苷酸在如下表所示的皮质脊髓组织中标准体内测定中达到体内SCN2A RNA“平均体内脊髓减少百分比”的平均值。“n.d.”表示在该范围内没有可用的化合物的体内数据。在其他情况下，平均体内减少包括任何给定热点化合物的子集，因为不是所有的化合物都进行体内测试。
表1
SCN2A热点
Figure BDA0004103790390000781
Figure BDA0004103790390000791
Figure BDA0004103790390000801
Figure BDA0004103790390000811
IX.某些对比化合物
在本说明书的实施例4中描述的实验中，选择对比化合物1506060作为对比化合物。先前在WO2020/041348(通过引用并入本文)中描述的对比化合物1506060是4-8-4 LNAgapmer，具有序列(从5’至3’)TGGGTCTCTTAGCTTT(SEQ ID NO：2540)，其中中央间隙片段由八个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’和3’侧翼片段各由四个LNA修饰的核苷组成，每个核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。
在某些实施方案中，本文所述的化合物相对于对比化合物1506060更可耐受。
例如，如本文所述(参见实施例4)，对比化合物1506060在小鼠中的3小时FOB为6.00，而化合物1348290、1348331和1348347在小鼠中的3小时FOB均为0.00，化合物1348259、1348289和1348937在小鼠中的3小时FOB均为0或1.00。因此，在本测定中，本文所述的某些化合物比对比化合物1506060更可耐受。
非限制性公开并通过引用并入
本文列出的文献和专利出版物的每一者都通过引用以其整体并入。
虽然本文所述的某些化合物、成分和方法已经按照某些实施方案
进行了具体描述，但下面的实例仅为了说明
本文所述的化合物，并不旨在对其进行限制。在本申请中引用的每个参考文献，GenBank登记号等均通过引用以其全部内容并入本文。
尽管本文档随附的序列表根据需要将每个序列标识为“RNA”或“DNA”，但实际上，这些序列可以用化学修饰的任何组合进行修饰。本领域技术人员很容易理解，在某些情况下，描述修饰的寡核苷酸的“RNA”或“DNA”的名称是任意的。例如，包含含有2’-OH糖部分和胸腺嘧啶碱基的核苷的寡核苷酸可以被描述为具有修饰的糖(2’-OH取代DNA的一个2’-H)的DNA或具有修饰的碱基(胸腺嘧啶(甲基化尿嘧啶)取代RNA的尿嘧啶)的RNA。因此，本文提供的核酸序列，包括但不限于序列表中的那些，它们旨在涵盖含有天然或修饰的RNA和/或DNA的任何组合的核酸，包括但不限于具有修饰的核碱基的此类核酸。作为进一步的实例而非限制，具有核碱基序列“ATCGATCG”的寡聚化合物涵盖任何具有此类核碱基序列的寡聚化合物，无论是修饰的还是未修饰的，包括但不限于包含RNA碱基的此类化合物，诸如具有序列“AUCGAUCG”的化合物和具有一些DNA碱基和一些RNA碱基(诸如“AUCGATCG”)的化合物，以及具有其他修饰的核碱基(诸如“ATmCGAUCG”，其中mC表示在位置5处包含甲基的胞嘧啶碱基)的寡聚化合物。
本文所述的某些化合物(例如，修饰的寡核苷酸)具有一个或多个不对称中心，因此产生对映异构体、非对映异构体和其他立体异构构型，根据绝对立体化学，所述构型可定义为(R)或(S)，定义为α或β(诸如糖异头物)，或者定义为(D)或(L)(诸如氨基酸等)。本文提供的被描绘或描述为具有某些立体异构构型的化合物仅包括指定的化合物。除非另有说明，本文提供的用未定义的立体化学绘制或描述的化合物包括所有此类可能的异构体，包括它们的立体无规和光学纯的形式。同样，除非另有说明，本文化合物的所有顺式和反式异构体和互变异构体形式也包括在内。本文所述的寡聚化合物包括手性纯的或富集的混合物以及外消旋混合物。例如，具有多个硫代磷酸酯核苷间键的寡聚化合物包括此类化合物，其中硫代磷酸酯核苷间键的手性是受控的或随机的。除非另有说明，本文描述的化合物旨在包括相应的盐形式。
本文描述的化合物包括其中一个或多个原子被所示元素的非放射性同位素或放射性同位素替代的变体。例如，包含氢原子的本文的化合物涵盖1H氢原子中每一个的所有可能的氘取代。本文化合物涵盖的同位素取代包括但不限于：或取代1H的2H或3H，取代12C的13C或14C，取代14N的15N，取代16O的17O或18O和取代32S的33S、34S、35S或36S。在某些实施方案中，非放射性同位素取代可赋予寡聚化合物新的性质，其有益于用作治疗或研究工具。在某些实施方案中，放射性同位素取代可使化合物适用于研究或诊断目的，诸如成像。
实施例
以下实施例说明了本公开的某些实施方案，但不是限制性的。此外，在提供特定实施方案的情况下，发明人已经考虑了那些特定实施方案的一般应用。例如，具有特定基序的寡核苷酸的公开为具有相同或相似基序的另外的寡核苷酸提供了合理的支持。并且例如，当特定的高亲和力修饰出现在特定位置时，在相同位置的其他高亲和力修饰被认为是合适的，除非另有说明。
实施例1：5-10-5 MOE gapmer修饰的寡核苷酸在体外对人SCN2A RNA的作用，单剂量
设计了与人SCN2A核酸互补的修饰的寡核苷酸，并在体外测试了它们对SCN2A RNA单剂量作用。在一系列具有相似培养条件的实验中测试了修饰的寡核苷酸。
下表中的修饰的寡核苷酸是具有混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer。Gapmer长度为20个核苷，其中中央间隙片段由十个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’和3’侧翼片段各自由五个2’-MOE修饰的核苷组成。Gapmer的糖基序是(从5’至3’)：eeeeeddddddddddeeeee；其中‘d’表示2’-β-D-脱氧核糖基糖，且‘e’表示2’-MOE糖部分。Gapmer的核苷间键基序是(从5’到3’)：soooossssssssssooss；其中每个“o”代表磷酸二酯核苷间键，每个“s”代表硫代磷酸酯核苷间键。每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
“起始位点”表示在靶核酸序列中修饰的寡核苷酸与之互补的5’-最末端的核苷。“终止位点”表示在靶核酸序列中修饰的寡核苷酸与之互补的3’-最末端的核苷。下表中列出的每种修饰的寡核苷酸与人SCN2A mRNA(在本文中命名为SEQ ID NO：1(GENBANK登录号NM_001040142.2))或人SCN2A基因组序列(在本文中命名为SEQ ID NO：2((GENBANK登录号NC_000002.12，从核苷酸165127001截短至165395000)，或两者100％互补。‘N/A’表示修饰的寡核苷酸与特定的靶核酸序列不是100％互补的。
将培养的SH-SY5Y细胞用浓度为4000或5000nM的修饰的寡核苷酸以20，000个细胞/孔的密度进行电穿孔。在约24小时的处理期后，从细胞中分离总RNA，并通过定量实时RTPCR测量SCN2A RNA水平。通过人引物探针组RTS36041(正向序列CCTTGAACCTGAAGCCTGTT，在本文中命名为SEQ ID NO：10；反向序列CGAACCAATTGTGCTCCACTA，在本文中命名为SEQ IDNO：11；探针序列TTCCACCAGAGTTTCCCTTTGCCT，在本文中命名为SEQ ID NO：12)测量SCN2ARNA水平。SCN2A RNA水平被标准化为总RNA含量，如通过
Figure BDA0004103790390000831
测量的。SCN2A RNA的减少在下表中表示为SCN2A RNA量相对于未处理的对照细胞中的量的百分比(％对照)。每个表格代表来自单个测定板的结果。标有
Figure BDA0004103790390000832
的值表示修饰的寡核苷酸与引物探针组的扩增子区域互补。可以使用另外的测定来测量与扩增子区域互补的修饰的寡核苷酸的效力和功效。
表2
SH-SY5Y细胞中具有5000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390000841
Figure BDA0004103790390000851
表3
SH-SY5Y细胞中具有5000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2ARNA
Figure BDA0004103790390000861
Figure BDA0004103790390000871
Figure BDA0004103790390000881
表4
SH-SY5Y细胞中具有5000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390000882
Figure BDA0004103790390000891
Figure BDA0004103790390000901
表5
SH-SY5Y细胞中具有5000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390000902
Figure BDA0004103790390000911
Figure BDA0004103790390000921
表6
SH-SY5Y细胞中具有5000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390000922
Figure BDA0004103790390000931
Figure BDA0004103790390000941
表7
SH-SY5Y细胞中具有5000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390000942
Figure BDA0004103790390000951
Figure BDA0004103790390000961
表8
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390000962
Figure BDA0004103790390000971
Figure BDA0004103790390000981
表9
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390000982
Figure BDA0004103790390000991
Figure BDA0004103790390001001
表10
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001002
Figure BDA0004103790390001011
Figure BDA0004103790390001021
表11
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001022
Figure BDA0004103790390001031
Figure BDA0004103790390001041
表12
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001042
Figure BDA0004103790390001051
Figure BDA0004103790390001061
表13
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001062
Figure BDA0004103790390001071
Figure BDA0004103790390001081
表14
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001082
Figure BDA0004103790390001091
Figure BDA0004103790390001101
表15
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001102
Figure BDA0004103790390001111
Figure BDA0004103790390001121
表16
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001122
Figure BDA0004103790390001131
Figure BDA0004103790390001141
表17
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001142
Figure BDA0004103790390001151
Figure BDA0004103790390001161
表18
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001162
Figure BDA0004103790390001171
Figure BDA0004103790390001181
表19
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001182
Figure BDA0004103790390001191
Figure BDA0004103790390001201
表20
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001211
Figure BDA0004103790390001221
表21
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001231
Figure BDA0004103790390001241
Figure BDA0004103790390001251
表22
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001252
Figure BDA0004103790390001261
Figure BDA0004103790390001271
表23
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001272
Figure BDA0004103790390001281
Figure BDA0004103790390001291
表24
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001292
Figure BDA0004103790390001301
Figure BDA0004103790390001311
表25
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001312
Figure BDA0004103790390001321
Figure BDA0004103790390001331
表26
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOEgapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001332
Figure BDA0004103790390001341
Figure BDA0004103790390001351
表27
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001352
Figure BDA0004103790390001361
Figure BDA0004103790390001371
表28
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001372
Figure BDA0004103790390001381
Figure BDA0004103790390001391
表29
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001392
Figure BDA0004103790390001401
Figure BDA0004103790390001411
表30
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001412
Figure BDA0004103790390001421
Figure BDA0004103790390001431
表31
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001432
Figure BDA0004103790390001441
Figure BDA0004103790390001451
表32
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001452
Figure BDA0004103790390001461
Figure BDA0004103790390001471
表33
SH-SY5Y细胞中具有4000nM浓度的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer减少SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001472
Figure BDA0004103790390001481
Figure BDA0004103790390001491
实施例2：修饰的寡核苷酸在体外对人SCN2A RNA的作用，多剂量
在SH-SY5Y细胞中以不同剂量测试了选自上述实施例1的修饰的寡核苷酸。将密度为20,000个细胞/孔的培养的SH-SY5Y细胞使用电穿孔用各种浓度的修饰的寡核苷酸进行处理，如下表所示。在约24小时的处理期后，从细胞中分离总RNA，并通过定量实时RTPCR测量SCN2A RNA水平。人SCN2A引物-探针组RTS36041(在本文实施例1中描述)用于如上所述测量RNA水平。SCN2A RNA水平被标准化为总RNA含量，如通过
Figure BDA0004103790390001492
测量的。SCN2ARNA的减少在下表中表示为SCN2A RNA相对于未处理的对照细胞中的量的百分比(％对照)。
每种修饰的寡核苷酸的半最大抑制浓度(IC50)使用Excel中数据的对数/线性图的线性回归来计算。
表34
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001501
表35
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001502
Figure BDA0004103790390001511
表36
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001512
表37
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001513
Figure BDA0004103790390001521
表38
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001522
表39
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001523
Figure BDA0004103790390001531
表40
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001532
表41
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001541
表42
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001542
Figure BDA0004103790390001551
表43
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001552
表44
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001553
Figure BDA0004103790390001561
表45
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001562
表46
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001563
Figure BDA0004103790390001571
表47
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001572
表48
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001581
表49
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001582
Figure BDA0004103790390001591
表50
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001592
实施例3：与人SCN2A核酸互补的MOE gapmer修饰的寡核苷酸的设计
如下表所述，设计了与人SCN2A核酸互补的修饰的寡核苷酸。下表中的“起始位点”表示在靶核酸序列中修饰的寡核苷酸与之互补的5’-最末端的核苷。“终止位点”表示在靶核酸序列中修饰的寡核苷酸与之互补的3’-最末端的核苷。下表中列出的每种修饰的寡核苷酸与SEQ ID NO：1(GENBANK登录号NM_001040142.2)或SEQ ID NO：2(GENBANK登录号NC_000002.12，从核苷酸165127001截短至165395000)，或两者100％互补。‘N/A’表示修饰的寡核苷酸与特定的靶核酸序列不是100％互补的。
表51中的修饰的寡核苷酸是5-10-5 MOE Gapmer。Gapmer长度为20个核苷，其中中央间隙片段由十个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’和3’侧翼片段各自由五个2’-MOE核苷组成。Gapmer的糖基序是(从5’至3’)：eeeeeddddddddddeeeee；其中‘d’表示2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，且‘e’表示2’-MOE糖部分。Gapmer具有核苷间键基序(从5’至3’)：soooossssssssssooss；其中每个“s”表示硫代磷酸酯核苷间键，且每个“o”表示磷酸二酯核苷间键。每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表51
具有与人SCN2A互补的混合PO/PS核苷间键的5-10-5 MOE gapmer
Figure BDA0004103790390001601
Figure BDA0004103790390001611
下表52中的修饰的寡核苷酸是6-10-4 MOE Gapmer。Gapmer长度为20个核苷，其中中心间隙片段由十个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’侧翼片段由六个2'-MOE核苷组成，且3’侧翼片段由四个2'-MOE核苷组成。Gapmer的糖基序是(从5’至3’)：eeeeeeddddddddddeeee；其中‘d’表示2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，且‘e’表示2’-MOE糖部分。Gapmer具有核苷间键基序(从5’至3’)：sooooossssssssssoss；其中每个“s”表示硫代磷酸酯核苷间键，且每个“o”表示磷酸二酯核苷间键。每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表52
具有与人SCN2A互补的混合PO/PS核苷间键的6-10-4 MOE gapmer
Figure BDA0004103790390001612
Figure BDA0004103790390001621
下表53中的修饰的寡核苷酸是4-10-6 MOE gapmer。Gapmer长度为20个核苷，其中中心间隙片段由十个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’侧翼片段由四个2'-MOE核苷组成，且3’侧翼片段由六个2’-MOE核苷组成。Gapmer的糖基序是(从5’至3’)：eeeeddddddddddeeeeee；其中‘d’表示2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，且‘e’表示2'-MOE糖部分。Gapmer具有核苷间键基序(从5’至3’)：sooossssssssssoooss；其中每个“s”表示硫代磷酸酯核苷间键，且每个“o”表示磷酸二酯核苷间键。每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表53具有与人SCN2A互补的混合PO/PS核苷间键的4-10-6 MOE gapmer
Figure BDA0004103790390001631
Figure BDA0004103790390001641
下表54中的修饰的寡核苷酸是4-8-6 MOE gapmer。Gapmer长度为18个核苷，其中中心间隙片段由八个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’侧翼片段由四个2'-MOE核苷组成，且3’侧翼片段由六个2’-MOE核苷组成。Gapmer的糖基序是(从5’至3’)：eeeeddddddddeeeeee；其中‘d’表示2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，且‘e’表示2'-MOE糖部分。Gapmer具有核苷间键基序(从5’至3’)：soosssssssssoooss；其中每个“s”表示硫代磷酸酯核苷间键，且每个“o”表示磷酸二酯核苷间键。每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表54
具有与人SCN2A互补的混合PO/PS核苷间键的4-8-6 MOE gapmer
Figure BDA0004103790390001642
Figure BDA0004103790390001651
下表55中的修饰的寡核苷酸是6-8-4 MOE gapmer。Gapmer长度为18个核苷，其中中心间隙片段由八个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’侧翼片段由六个2’-MOE核苷组成，且3’侧翼片段由四个2’-MOE核苷组成。Gapmer的糖基序是(从5’至3’)：eeeeeeddddddddeeee；其中‘d’表示2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，且‘e’表示2'-MOE糖部分。Gapmer具有核苷间键基序(从5’至3’)：soooosssssssssoss；其中每个“s”表示硫代磷酸酯核苷间键，且每个“o”表示磷酸二酯核苷间键。每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表55
具有与人SCN2A互补的混合PO/PS核苷间键的6-8-4 MOE gapmer
Figure BDA0004103790390001652
下表56中的修饰的寡核苷酸是5-8-5 MOE gapmer。Gapmer长度为18个核苷，其中中心间隙片段由八个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’侧翼片段由五个2’-MOE核苷组成，且3’侧翼片段由五个2'-MOE核苷组成。Gapmer的糖基序是(从5’至3’)：eeeeeddddddddeeeee；其中‘d’表示2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，且‘e’表示2'-MOE糖部分。Gapmer具有核苷间键基序(从5’至3’)：sooosssssssssooss；其中每个“s”表示硫代磷酸酯核苷间键，且每个“o”表示磷酸二酯核苷间键。每个胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表56
具有与人SCN2A互补的混合PO/PS核苷间键的5-8-5 MOE gapmer
Figure BDA0004103790390001653
Figure BDA0004103790390001661
实施例4：与人SCN2A互补的修饰的寡核苷酸在野生型小鼠中的耐受性，3小时研究
在野生型雌性C57/B16小鼠中测试上述修饰的寡核苷酸，以评估寡核苷酸的耐受性。另外，还测试了对比化合物1506060。每只野生型雌性C57/B16小鼠接受700μg的单次ICV剂量的修饰的寡核苷酸，如下表所列。每个治疗组由3只小鼠组成。一组4只小鼠接受PBS作为每个实验的阴性对照(在下面单独的表中确定)。注射后3小时，根据七个不同的标准对小鼠进行评估。标准是(1)小鼠是有活力的、警觉的和有反应的；(2)小鼠在没有刺激的情况下站立或弯腰；(3)小鼠在没有刺激的情况下表现出任何运动；(4)小鼠在被提起后表现出向前运动；(5)小鼠在被提起后表现出任何运动；(6)小鼠对捏尾有反应；(7)有规律的呼吸。对于7项标准中的每一项，如果小鼠符合标准，则给予0分，如果不符合标准，则给予1分(功能观察组合得分或FOB)。在评估了所有7个标准后，将每只小鼠的分数相加，并在每个治疗组内进行平均。
表57
700μg剂量下小鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001662
Figure BDA0004103790390001671
表58
700μg剂量下小鼠的耐受性得分
化合物ID 3小时FOB
PBS 0.00
1248429 1.00
1249990 1.00
1250148 0.00
1250225 0.00
表59
700μg剂量下小鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001672
Figure BDA0004103790390001681
表60
700μg剂量下小鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001682
Figure BDA0004103790390001691
表61
700μg剂量下小鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001692
Figure BDA0004103790390001701
表62700μg剂量下小鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001702
Figure BDA0004103790390001711
表63
700μg剂量下小鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001712
Figure BDA0004103790390001721
表64
700μg剂量下小鼠的耐受性得分
化合物ID 3小时FOB
PBS 0.00
1348447 0.00
表65
700μg剂量下小鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001731
表66
700μg剂量下小鼠的耐受性得分
化合物编号 3小时FOB
PBS 0.00
1506060 6.00
实施例5：与人SCN2A互补的修饰的寡核苷酸在大鼠中的耐受性，3mg剂量
在大鼠中测试上述修饰的寡核苷酸，以评估寡核苷酸的耐受性。每只SpragueDawley大鼠接受3mg的单次鞘内(IT)剂量的下表中列出的修饰的寡核苷酸。每个治疗组由3-4只大鼠组成。一组4只大鼠接受PBS作为每个实验的阴性对照(在下面单独的表中确定)。注射后3小时，评估每只大鼠7个不同身体部分的活动。这7个身体部分是(1)大鼠的尾巴；(2)大鼠的躯干前部；(3)大鼠的后肢；(4)大鼠的后爪；(5)大鼠的前爪；(6)大鼠的躯干后部；((7)老鼠的头。对于7个不同的身体部位中的每一个，如果身体部位在活动，则给每只大鼠子分数0分，如果身体部位麻痹，则给1分(功能观察组合得分或FOB)。在对7个身体部位的每一个进行评估后，对每只大鼠的子分数求和，然后对每组进行平均。例如，如果大鼠的尾巴、头和所有其他被评估的身体部分在3mg IT剂量后3小时还在活动，那么它的总分将是0。如果另一只大鼠在3mg IT剂量后3小时不活动其尾巴，但所有其他被评估的身体部分都在活动，则它将得到1分。对每个治疗组的分数进行平均，并显示在下表中。标有符号
Figure BDA0004103790390001733
的值表示组中有3只或更少动物的组。
表67
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001732
表68
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
化合物ID 3小时FOB
PBS 0.00
910009 1.00
1248427 0.00
1248428 1.00
1248431 0.67
1248488 1.33
1248531 0.33
1249989 1.33
1348240 0.33
1348241 0.00
1348242 0.00
1348243 3.00
1348244 1.67
1348245 0.67
1348248 0.33
1348250 3.00
1348251 2.33
1348252 0.33
1348253 1.67
1348254 0.00
1348255 0.33
1348256 1.00
1348257 0.33
1348258 1.00
1348259 0.67
1348263 0.00
表69
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001741
Figure BDA0004103790390001751
表70
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
化合物ID 3小时FOB
PBS 0.00
1348297 0.33
1348298 1.33
1348299 1.33
1348300 2.33
1348302 0.00
1348303 0.00
1348304 0.33
表71
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
化合物ID 3小时FOB
PBS 0.00
1348306 0.67
1348307 3.00
1348308 0.00
1348309 1.00
1348310 0.67
1348311 2.00
1348312 2.00
1348313 2.00
表72
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001752
Figure BDA0004103790390001761
表733mg剂量下大鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001762
Figure BDA0004103790390001771
表74
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
化合物ID 3小时FOB
PBS 0.25
1348348 0.67
1348350 1.33
1348353 1.67
1348355 0.00
1348356 0.00
1348358 0.00
1348360 2.00
1348361 2.67
1348362 2.00
1348364 2.67
1348365 1.33
1348366 1.00
1348367 1.67
1348369 0.33
1348370 0.33
1348371 0.67
1348373 3.00
1348374 3.33
1348375 0.67
1348392 0.33
表75
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001772
Figure BDA0004103790390001781
表763mg剂量下大鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001782
Figure BDA0004103790390001791
表77
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
化合物ID 3小时FOB
PBS 0.25
1348315 1.67
1348403 2.00
1348404 1.00
1348405 2.33
1348406 4.00
1348407 0.33
1348408 0.00
1348410 2.00
1348411 2.00
1348412 0.00
1348413 0.67
表78
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
化合物ID 3小时FOB
PBS 0.00
1348414 3.00
1348415 2.00
1348416 0.67
1348417 0.67
1348418 0.00
1348419 0.00
1348420 2.00
1348421 2.00
1348422 1.33
1348423 3.00
表79
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
化合物ID 3小时FOB
PBS 0.00
1348439 2.67
1348440 0.33
1348441 1.00
1348442 0.00
1348443 1.00
表80
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
化合物ID 3小时FOB
PBS 0.00
1348444 0.00
1348445 3.00
1348446 0.00
1348447 0.67
表81
3mg剂量下大鼠的耐受性得分
Figure BDA0004103790390001801
实施例6：修饰的寡核苷酸在体外对人SCN2A RNA的作用，多剂量
在SH-SY5Y细胞中以不同剂量测试了选自上述实施例的修饰的寡核苷酸。将密度为20,000个细胞/孔的培养的SH-SY5Y细胞使用电穿孔用各种浓度的修饰的寡核苷酸进行处理，如下表所示。在约24小时的处理期后，从细胞中分离总RNA，并通过定量实时RTPCR测量SCN2A RNA水平。人SCN2A引物-探针组RTS36041(如上所述)用于测量RNA水平。SCN2A RNA水平被标准化为总RNA含量，如通过GAPDH测量的。使用人引物探针组RTS104(正向序列GAAGGTGAAGGTCGGAGTC，在本文中命名为SEQ ID NO：7；反向序列GAAGATGGTGATGGGATTTC，在本文中命名为SEQ ID NO：8；探针序列CAAGCTTCCCGTTCTCAGCC，在本文中命名为SEQ ID NO：9)测量GAPDH水平。SCN2A RNA的减少在下表中表示为SCN2A RNA相对于未处理的对照细胞中的量的百分比(％对照)。每个单独实验的结果分别列于下表中。
每种修饰的寡核苷酸的半最大抑制浓度(IC50)使用Excel中数据的对数/线性图的线性回归来计算。
表82
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001811
表83
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001812
Figure BDA0004103790390001821
表84
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001822
表85
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001823
表86
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001831
表87
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001832
实施例7：修饰的寡核苷酸在体外对人SCN2A RNA的作用，多剂量
在SH-SY5Y细胞中以不同剂量测试了选自上述实施例的修饰的寡核苷酸。将密度为35,000个细胞/孔的培养的SH-SY5Y细胞使用电穿孔用各种浓度的修饰的寡核苷酸进行处理，如下表所示。在约24小时的处理期后，从细胞中分离总RNA，并通过定量实时RTPCR测量SCN2A RNA水平。人SCN2A引物-探针组RTS36041(如上所述)用于测量RNA水平。SCN2A RNA水平被标准化为总RNA含量，如通过GAPDH测量的。使用人引物探针组RTS104(正向序列GAAGGTGAAGGTCGGAGTC，在本文中命名为SEQ ID NO：7；反向序列GAAGATGGTGATGGGATTTC，在本文中命名为SEQ ID NO：8；探针序列CAAGCTTCCCGTTCTCAGCC，在本文中命名为SEQ ID NO：9)测量GAPDH水平。SCN2A RNA的减少在下表中表示为SCN2A RNA相对于未处理的对照细胞中的量的百分比(％对照)。
在Graphpad Prism中，使用log(抑制剂)相对于标准化应答-可变斜率曲线拟合，计算每种修饰的寡核苷酸的半最大抑制浓度(IC50)。
表88
修饰的寡核苷酸剂量依赖性减少SH-SY5Y细胞中人SCN2A RNA
Figure BDA0004103790390001841
实施例8：修饰的寡核苷酸对转基因小鼠中的人SCN2A的作用
在人SCN2A转基因小鼠模型中测试了上述修饰的寡核苷酸。在C57B1/6背景中产生表达人SCN2A转录物的转基因小鼠。转基因小鼠可以从商业和学术研究机构制备和获得；表达人类神经病学基因的转基因小鼠的实例参见例如Heintz等人，2002，NaturereviewsNeuroscience2，861-870。
治疗
将人SCN2A转基因小鼠分成每组2只小鼠的组。每只小鼠接受单次ICV 350μg剂量的修饰的寡核苷酸。一组4只小鼠接受PBS作为阴性对照。
RNA分析
治疗后两周，处死小鼠，从皮质脑组织和脊髓提取RNA，使用人引物探针组RTS36041(在以上实施例1中描述)用于定量实时RTPCR分析以测量SCN2A RNA的量。结果以人SCN2ARNA相对于PBS处理动物的量的百分比表示，标准化为小鼠GAPDHRNA(％对照)。使用引物探针组mGapdh_LTS00102(正向序列GGCAAATTCAACGGCACAGT，在本文中命名为SEQ IDNO：13；反向序列GGGTCTCGCTCCTGGAAGAT，在本文中命名为SEQ ID NO：14；探针序列AAGGCCGAGAATGGGAAGCTTGTCATC，在本文中命名为SEQ ID NO：15)扩增鼠GAPDH RNA。
如下表所示，与PBS对照相比，用修饰的寡核苷酸处理导致SCN2A RNA减少。
表89
转基因小鼠中人SCN2A RNA的减少
Figure BDA0004103790390001842
Figure BDA0004103790390001851
Figure BDA0004103790390001861
Figure BDA0004103790390001862
表示只有1个PCR值的组表90转基因小鼠中人SCN2A RNA的减少
Figure BDA0004103790390001863
Figure BDA0004103790390001871
Figure BDA0004103790390001881
Figure BDA0004103790390001882
表示只有1个PCR值的组表91转基因小鼠中人SCN2A RNA的减少
Figure BDA0004103790390001891
Figure BDA0004103790390001901
表92
转基因小鼠中人SCN2A RNA的减少
Figure BDA0004103790390001911
表93
转基因小鼠中人SCN2A RNA的减少
Figure BDA0004103790390001921
Figure BDA0004103790390001931
实施例9：与人SCN2A RNA互补的修饰的寡核苷酸在转基因小鼠中的效力
在人SCN2A转基因小鼠中测试了上述修饰的寡核苷酸(如上所述)。
治疗
将人SCN2A转基因小鼠分成每组4只小鼠的组。每只小鼠接受单次ICV剂量的修饰的寡核苷酸，剂量如下表所示。一组8只小鼠接受PBS作为阴性对照。
RNA分析
治疗后两周，处死小鼠，从皮质和脊髓提取RNA，使用引物探针组RTS36041(在本文实施例1中描述)对SCN2A的RNA表达进行定量实时RTPCR分析。结果以人SCN2A RNA相对于PBS处理动物的量的百分比表示，标准化为小鼠GAPDH RNA。使用引物探针组mGapdh_LTS00102扩增小鼠GAPDH(如上所述)。使用GraphPad Prism 7软件(GraphPad Software，圣地亚哥，加利福尼亚州)计算每种修饰的寡核苷酸的半数最大有效剂量(ED50)。ED50值由剂量和个体动物SCN2A RNA水平使用定制方程Motulsky计算：激动剂相对于反应-可变斜率(四个参数)Y＝Bottom+(Top-Bottom)/(1+(10^logEC50/X)^HillSlope)，有以下限制：bottom＞数据集中的最低值，以便在ASOs之间进行比较(皮质和脊髓分别为4.5和9.4)，top＝100，HillSlope＜-1且＞-2。
如下表所示，与PBS对照相比，用修饰的寡核苷酸处理导致SCN2A RNA的剂量反应性减少。
表94
转基因小鼠中人SCN2A RNA的减少
Figure BDA0004103790390001941
Figure BDA0004103790390001951

Claims (149)

1.一种寡聚化合物，其包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SCN2A核酸的等长部分至少90％互补，并且其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个选自修饰的糖部分和修饰的核苷间键的修饰。
2.一种寡聚化合物，其包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，并且具有包含SEQ ID NO：16-2531的任何核碱基序列的至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或20个连续核碱基的核碱基序列，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个选自修饰的糖部分和修饰的核苷间键的修饰。
3.一种寡聚化合物，其包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，并且具有包含SEQ ID NO：2532-2539的任何核碱基序列的至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个或18个连续核碱基的核碱基序列，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个选自修饰的糖部分和修饰的核苷间键的修饰。
4.如权利要求1至3中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸与SEQ IDNO：2的等长部分至少90％互补，并且与SEQ ID NO：1的等长部分不超过50％互补。
5.一种寡聚化合物，其包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，其中
a)所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个与SEQ ID NO：2的核碱基199863-199905、227493-22755、243124-243204、247823-247921、254142-254177、168911-168945、170026-170061、183519-183562、188630-188668、199912-199962、227419-227450或238173-238192的等长部分互补的连续核碱基，条件是所述修饰的寡核苷酸不包含超过六个LNA核苷；或者
b)所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个与SEQ ID NO：2的核碱基243917-244073、170174-170200、176724-176751、180772-180801、183968-184016、202877-202906、224198-224217、224199-224218或243918-243937的等长部分互补的连续核碱基，
其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个选自修饰的糖部分和修饰的核苷间键的修饰。
6.一种寡聚化合物，其包含由12至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，其中
a)所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含选自SEQ ID NO：336、488、2021、2097、2174、2250、2326、2403、2499、2500、2501、2502、2526；181、259、643、720、796、2504、2505、2506、2507、2508、2509、2510、2511、2512、2513、2514、2521；491、567、644、721、797、2177、2253、2315、2329、2406、2527；29、30、107、108、185、186、263、264、341、342、419、420、1796、1871、1948、2025、2101、2178、2254、2330、2503、2517、2522；1016、1093、1104、1169、1246、1323、1400、1477、1554、1708、1785、1860、1937、2014、1631、2090、2539；18、96、485、561、638、715、791、868、2247、2323、2400；174、1328、1405、1482、1559、1636、1713、1790、1865、1942、2019；20、98、253、332、410、1406、1483、1560、1637、1714、1791、1866、1943；21、411、1407、1484、1561、1638、1715；24、414、871、948、1025、1100；25、337、415、490、566、2099、2176、2252、2328、2405；和182的至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个连续的核碱基；条件是所述修饰的寡核苷酸不包含超过六个LNA核苷；或者
b)其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含选自SEQ ID NO：1090、1166、2484、2485、2487、2493、2496、2497、2498、2533、2534、2535、2537；302、1513、1667、1744、1819、1896、1973；148、226、1364、1441、1518、1595、1672、1749；227、1292、1369、1446、1523、1600、1677、1754、1829；228、1679、1756、1831、1908、1985、2061、2138、2214、2290；1226、1303、1380、1457、1534、1611；2079；2523；和2477的序列的至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个连续的核碱基
其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个选自修饰的糖部分和修饰的核苷间键的修饰。
7.如权利要求1至6中任一项所述的寡聚化合物，其包含由12个至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，并且具有包含SEQ ID NO：2487、2493、2510或2514中的任一者的至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或20个连续核碱基的核碱基序列。
8.如权利要求1至6中任一项所述的寡聚化合物，其包含由12个至30个连接的核苷组成的修饰的寡核苷酸，并且具有包含SEQ ID NO：2534的至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个或18个连续核碱基的核碱基序列。
9.如权利要求1至8中任一项所述的寡聚化合物，其中当在所述修饰的寡核苷酸的整个核碱基序列上测量时，所述修饰的寡核苷酸具有与SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2的核碱基序列至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或100％互补的核碱基序列。
10.如权利要求9所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸与
SEQ ID NO：2的核碱基序列的基因内区域；
SEQ ID NO：2的核碱基序列的非翻译区域；或者
SEQ ID NO：2的核碱基序列的内含子/外显子连接区域至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或100％互补。
11.如权利要求1至10中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO：2的核碱基序列的外显子区域不超过50％、不超过60％、不超过70％、不超过80％、不超过90％或不超过95％互补。
12.如权利要求1至11中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸由10个至25个、10个至30个、10个至50个、12个至20个、12个至25个、12个至30个、12个至50个、13个至20个、13个至25个、13个至30个、13个至50个、14个至20个、14个至25个、14个至30个、14个至50个、15个至20个、15个至25个、15个至30个、15个至50个、16个至18个、16个至20个、16个至25个、16个至30个、16个至50个、17个至20个、17个至25个、17个至30个、17个至50个、18个至20个、18个至25个、18个至30个、18个至50个、19个至20个、19个至25个、19个至30个、19个至50个、20个至25个、20个至30个、20个至50个、21个至25个、21个至30个、21个至50个、22个至25个、22个至30个、22个至50个、23个至25个、23个至30个或23个至50个连接的核苷组成。
13.如权利要求1至11中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸由17至19个或21至30个连接的核苷组成。
14.如权利要求1至13中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸由16个、17个、18个、19个或20个连接的核苷组成。
15.如权利要求14所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸由20个连接的核苷组成。
16.如权利要求14所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸由18个连接的核苷组成。
17.如权利要求1至16中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一种包含修饰的糖部分的修饰的核苷。
18.如权利要求17所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一种包含双环糖部分的修饰的核苷。
19.如权利要求18所述的寡聚化合物，其中是双环糖部分包含4’-2’桥，其中4’-2’桥选目-CH2-O-；和-CH(CH3)-O-。
20.如权利要求17至19中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸不包含超过六个双环糖部分。
21.如权利要求17所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸不包含双环糖部分。
22.如权利要求17至20中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸不包含超过六个LNA糖部分。
23.如权利要求17至21中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸不包含LNA糖部分。
24.如权利要求17至23中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一种包含非双环修饰的糖部分的修饰的核苷。
25.如权利要求24所述的寡聚化合物，其中所述非双环修饰的糖部分是2’-MOE糖部分或2’-OMe糖部分。
26.如权利要求17至25中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一种包含糖替代物的修饰的核苷。
27.如权利要求26所述的寡聚化合物，其中所述糖替代物是吗啉代、修饰的吗啉代、PNA、THP和F-HNA中的任一者。
28.如权利要求1至27中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸是gapmer。
29.如权利要求1至28中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由1至6个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由6至10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由1至6个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
30.如权利要求1至28中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由1至6个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由6至10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由1至6个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含修饰的糖部分，并且每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
31.如权利要求29所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由5个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由5个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
32.如权利要求30所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由5个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由5个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
33.如权利要求29所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由6个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由4个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
34.如权利要求30所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由6个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由4个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
35.如权利要求29所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由4个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由6个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
36.如权利要求30所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由4个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由10个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由6个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
37.如权利要求29所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由4个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由8个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由6个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
38.如权利要求30所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由4个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由8个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由6个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
39.如权利要求29所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由6个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由8个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由4个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
40.如权利要求30所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由6个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由8个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由4个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
41.如权利要求29所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由5个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由8个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由5个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，并且至少六个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
42.如权利要求30所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含：
由5个连接的5’-区域核苷组成的5’-区域；
由8个连接的中心区域核苷组成的中心区域；和
由5个连接的3’-区域核苷组成的3’-区域；其中
每个所述5’-区域核苷和每个所述3’-区域核苷包含2’-MOE修饰的糖部分，每个所述中心区域核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖部分。
43.如权利要求29或权利要求30所述的寡聚化合物，其中所述5’-区域或所述3’-区域包含至少一种双环核苷。
44.如权利要求29或权利要求30所述的寡聚化合物，其中所述5’-区域或所述3’-区域包含至少一种不是双环核苷的核苷。
45.如权利要求29或权利要求30所述的寡聚化合物，其中所述5’-区域或所述3’-区域包含至少一种不是LNA核苷的核苷。
46.如权利要求1至45中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一个修饰的核苷间键。
47.如权利要求46所述的寡聚化合物，其中至少一个修饰的核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。
48.如权利要求46或权利要求47的寡聚化合物，其中每个核苷间键是修饰的核苷间键。
49.如权利要求48所述的寡聚化合物，其中每个核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。
50.如权利要求46至47中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的至少一个核苷间键是磷酸二酯核苷间键。
51.如权利要求1至46中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的每一个核苷间键独立地选自磷酸二酯键或硫代磷酸酯核苷间键。
52.如权利要求1至47或50至51中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个或至少18个核苷间键是硫代磷酸酯核苷间键。
53.如权利要求46的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸的核苷间键基序选自soooossssssssssooss、sooooossssssssssoss、sooossssssssssoooss、soosssssssssoooss、soooossssssssoss和sooosssssssssooss，
其中s＝硫代磷酸酯核苷间键，o＝磷酸二酯核苷间键。
54.如权利要求1至53中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸包含至少一种修饰的核碱基。
55.如权利要求54所述的寡聚化合物，其中所述修饰的核碱基是5-甲基胞嘧啶。
56.如权利要求1至55中任一项所述的寡聚化合物，其中当根据标准体外测定施用时，所述寡聚化合物能够将SCN2A RNA的量体外减少至少50％、至少60％、至少70％、至少80％或至少90％。
57.一种寡聚化合物，其包含根据以下化学符号的修饰的寡核苷酸：Ges mCeoAeoTeoAeoAd sTds mCds mCds mCdsAdsTdsTdsAdsTdsAeo mCeoAesAesAe(SEQ ID NO：2493)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
58.一种寡聚化合物，其包含根据以下化学符号的修饰的寡核苷酸：mCesAeo mCeoGeoAeo mCe oAdsTdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTdsAeo mCesAes mCe(SEQ ID NO：2514)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
59.一种寡聚化合物，其包含根据以下化学符号的修饰的寡核苷酸：mCes mCeoAeo mCeoGeoAeo mCdsAdsTdsAdsTdsTdsTdsTdsTds mCdsTeoAes mCesAe(SEQ ID NO：2510)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
60.一种寡聚化合物，其包含根据以下化学符号的修饰的寡核苷酸：Tes mCeoTeoGeo mCeoAe oTdsGdsTdsAdsAds mCds mCdsTdsTdsTdsAeoTesAes mCe(SEQ ID NO：2487)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE糖部分，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
61.一种寡聚化合物，其包含根据以下化学符号的修饰的寡核苷酸：Ges mCeoAeoTeoAeoAe oTds mCds mCds mCdsAdsTdsTdsAdsTdsAds mCeoAesAesAe(SEQ ID NO：2493)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE糖部分，
d＝2’-β—D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
62.一种寡聚化合物，其包含根据以下化学符号的修饰的寡核苷酸：GTmCesTeoGeo mCeoAe sTdsGdsTdsAdsAds mCds mCdsTdsTeoTeoAesTesAe(SEQ ID NO：2534)，其中：
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE糖部分，
d＝2’--D-脱氧核糖基糖部分，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，以及
o＝磷酸二酯核苷间键。
63.如权利要求1至62中任一项所述的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物是单链寡聚化合物。
64.如权利要求1至63中任一项所述的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物的修饰的寡核苷酸是盐，并且其中所述盐是钠盐或钾盐。
65.如权利要求1至64中任一项所述的寡聚化合物，其由修饰的寡核苷酸组成。
66.如权利要求1至62中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰的寡核苷酸是RNAi化合物。
67.如权利要求1至66中任一项所述的寡聚化合物，其进一步包含缀合基团。
68.如权利要求67所述的寡聚化合物，其中所述缀合基团包含缀合部分和缀合连接基。
69.如权利要求68所述的寡聚化合物，其中所述缀合基团包含GalNAc簇，所述GalNAc簇包含1-3个GalNAc配体。
70.如权利要求68所述的寡聚化合物，其中所述缀合连接基由单键组成。
71.如权利要求68所述的寡聚化合物，其中所述缀合连接基是可切割的。
72.如权利要求68所述的寡聚化合物，其中所述缀合连接基包含1个至3个连接基-核苷。
73.如权利要求67至72中任一项所述的寡聚化合物，其中所述缀合基团在修饰的寡核苷酸的5’-末端连接至修饰的寡核苷酸。
74.如权利要求67至72中任一项所述的寡聚化合物，其中所述缀合基团在修饰的寡核苷酸的3’-末端连接至修饰的寡核苷酸。
75.如权利要求1至74中任一项所述的寡聚化合物，其进一步包含末端基团。
76.如权利要求1至71或73至75中任一项所述的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物不包含连接基-核苷。
77.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure FDA0004103790370000101
(SEQ ID NO：2493)或其盐。
78.如权利要求77所述的修饰的寡核苷酸，其是钠盐或钾盐。
79.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure FDA0004103790370000111
(SEQ ID NO：2493)。
80.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure FDA0004103790370000121
(SEQ ID NO：2514)或其盐。
81.如权利要求80所述的修饰的寡核苷酸，其是钠盐或钾盐。
82.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure FDA0004103790370000131
(SEQ ID NO：2514)。
83.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure FDA0004103790370000141
(SEQ ID NO：2510)或其盐。
84.如权利要求83所述的修饰的寡核苷酸，其是钠盐或钾盐。
85.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure FDA0004103790370000151
(SEQ ID NO：2510)。
86.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure FDA0004103790370000161
(SEQ ID NO：2487)或其盐。
87.如权利要求86所述的修饰的寡核苷酸，其是钠盐或钾盐。
88.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure FDA0004103790370000171
(SEQ ID NO：2487)。
89.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure FDA0004103790370000181
(SEQ ID NO：2493)或其盐。
90.如权利要求89所述的修饰的寡核苷酸，其是钠盐或钾盐。
91.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure FDA0004103790370000191
(SEQ ID NO：2493)。
92.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure FDA0004103790370000201
(SEQ ID NO：2534)或其盐。
93.如权利要求92所述的修饰的寡核苷酸，其是钠盐或钾盐。
94.一种根据以下化学结构的修饰的寡核苷酸：
Figure FDA0004103790370000211
(SEQ ID NO：2534)。
95.如权利要求1至76中任一项所述的寡聚化合物或如权利要求77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸的手性富集群体，其中所述群体富集包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰的寡核苷酸。
96.如权利要求95所述的手性富集群体，其中所述群体富集包含至少一个具有(Sp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰的寡核苷酸。
97.如权利要求95所述的手性富集群体，其中所述群体富集包含至少一个具有(Rp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰的寡核苷酸。
98.如权利要求95所述的手性富集群体，其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键上具有特定的、独立选择的立体化学构型的修饰的寡核苷酸。
99.如权利要求98所述的手性富集群体，其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键上具有(Sp)构型的修饰的寡核苷酸或在每个硫代磷酸酯核苷间键上具有(Rp)构型的修饰的寡核苷酸。
100.如权利要求98所述的手性富集群体，其中所述群体富集在一个特定的硫代磷酸酯核苷间键上具有(Rp)构型和在每个剩余的硫代磷酸酯核苷间键上具有(Sp)构型的修饰的寡核苷酸。
101.如权利要求98所述的手性富集群体，其中所述群体富集在Sp、Sp和Rp构型中在5’至3’方向上具有至少3个连续硫代磷酸酯核苷间键的修饰的寡核苷酸。
102.如权利要求1至76中任一项所述的寡聚化合物或权利要求77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸的群体，其中所述修饰的寡核苷酸的所有硫代磷酸酯核苷间键都是立体无规的。
103.一种寡聚双链体，其包含第一寡聚化合物和包含第二修饰的寡核苷酸的第二寡聚化合物，其中所述第一寡聚化合物是如权利要求1至76中任一项所述的寡聚化合物。
104.如权利要求103所述的寡聚双链体，其中所述第二寡聚化合物包含由8至80个连接的核苷组成的第二修饰的寡核苷酸，并且其中第二修饰的寡核苷酸的核碱基序列包含至少8个核碱基的互补区域，其与第一修饰的寡核苷酸的等长部分至少90％互补。
105.一种包含反义化合物的反义试剂，其中所述反义化合物是如权利要求1至76中任一项所述的寡聚化合物或如权利要求77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸。
106.如权利要求105所述的反义试剂，其中所述反义试剂是如权利要求103或权利要求104所述的寡聚双链体。
107.如权利要求105或权利要求106所述的反义试剂，其中所述反义试剂是：
i.能够通过激活RNase H减少SCN2A核酸的量的RNase H试剂；或
ii.能够通过激活RISC/Ago2减少SCN2A核酸的量的RNAi试剂。
108.一种药物组合物，其包含如权利要求1至76中任一项所述的寡聚化合物、如权利要求77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如权利要求95至102中任一项所述的群体、如权利要求103或权利要求104所述的寡聚双链体、或如权利要求105至107中任一项所述的反义试剂以及药学上可接受的稀释剂或载体。
109.如权利要求108所述的药物组合物，其包含药学上可接受的稀释剂，并且其中所述药学上可接受的稀释剂是人工脑脊液(aCSF)或磷酸盐缓冲盐水(PBS)。
110.如权利要求109所述的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由所述寡聚化合物、所述修饰的寡核苷酸、所述群体、所述寡聚双链体或所述反义试剂、和aCSF组成。
111.如权利要求109所述的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由所述寡聚化合物、所述修饰的寡核苷酸、所述群体、所述寡聚双链体或所述反义试剂和PBS组成。
112.一种药物组合物，其包含如权利要求77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸和药学上可接受的稀释剂。
113.如权利要求112所述的药物组合物，其中所述药学上可接受的稀释剂是人工脑脊液(aCSF)或磷酸盐缓冲盐水(PBS)。
114.如权利要求113所述的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由修饰的寡核苷酸和aCSF组成。
115.如权利要求113所述的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由修饰的寡核苷酸和PBS组成。
116.一种方法，所述方法包括向受试者施用如权利要求1至76中任一项所述的寡聚化合物、如权利要求77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如权利要求95至102中任一项所述的群体、如权利要求103或实施方案104所述的寡聚双链体、如权利要求105至107中任一项所述的反义试剂或如权利要求108至115中任一项所述的药物组合物。
117.一种治疗与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍的方法，所述方法包括向患有与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍或处于发生与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍的风险中的受试者施用治疗有效量的如权利要求1至76中任一项所述的寡聚化合物、如权利要求77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如权利要求95至102中任一项所述的群体、如权利要求103或权利要求104所述的寡聚双链体、如权利要求105至107中任一项所述的反义试剂、或如权利要求108至115中任一项所述的药物组合物，从而治疗与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍。
118.一种减少患有电压门控钠通道蛋白相关疾病或障碍或处于发生与电压门控钠通道蛋白相关的疾病或障碍的风险中的受试者的CSF中SCN2A蛋白的量的方法，治疗有效量的如权利要求1至76中任一项所述的寡聚化合物、如权利要求77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如权利要求95至102中任一项所述的群体、如权利要求103或权利要求104中所述的寡聚双链体、如权利要求105至107中任一项所述的反义试剂或权利要求108至115中任一项所述的药物组合物，从而减少CSF中SCN2A蛋白的量。
119.如权利要求117或权利要求118所述的方法，其中所述疾病或障碍是神经发育疾病。
120.如权利要求117或权利要求118所述的方法，其中所述疾病或障碍与SCN1A或SCN2A相关。
121.一种治疗与SCN2A相关的疾病或障碍的方法，所述方法包括向患有SCN2A相关的疾病或障碍或处于发生SCN2A相关的疾病或障碍的风险中的受试者施用治疗有效量的如权利要求1至76中任一项所述的寡聚化合物、如权利要求77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如权利要求95至102中任一项所述的群体、如权利要求103或权利要求104中任一项所述的寡聚双链体、如权利要求105至107中任一项所述的反义试剂或如权利要求108至115中任一项所述的药物组合物，从而治疗与SCN2A相关的疾病或障碍。
122.如权利要求121所述的方法，其中所述与SCN2A相关的疾病或障碍是发育性和癫痫性脑病、智力残疾或自闭症谱系障碍。
123.如权利要求122所述的方法，其中所述发育性和癫痫性脑病是早发性癫痫性脑病(EE)、晚发性癫痫性脑病或良性家族性新生儿-婴儿癫痫发作中的任一种。
124.如权利要求121所述的方法，其中所述与SCN2A相关的疾病或障碍是大田原综合征、伴有婴儿游走性局灶性癫痫发作的癫痫、West综合征、Lennon-Gastaut综合征；Dravet综合征；特发性/弥慢性全身性癫痫、颞叶癫痫、肌阵挛站立不能性癫痫、婴儿游走性部分性癫痫或家族性偏瘫性偏头痛中的任一种。
125.如权利要求118至120中任一项所述的方法，其中所述疾病或障碍与SCN1A相关。
126.如权利要求125所述的方法，其中与SCN1A相关的疾病或障碍是发育性和癫痫性脑病。
127.如权利要求125或权利要求126所述的方法，其中所述发育性和癫痫性脑病是Dravet综合征。
128.如权利要求126或权利要求127所述的方法，其中所述发育性和癫痫性脑病是大田原综合征、伴有婴儿游走性局灶性癫痫发作的癫痫、West综合征、Lennon-Gastaut综合征；Dravet综合征；特发性/弥慢性全身性癫痫、颞叶癫痫、肌阵挛站立不能性癫痫、婴儿游走性部分性癫痫或家族性偏瘫性偏头痛中的任一种。
129.如权利要求117至128中任一项所述的方法，其中所述疾病或障碍的至少一种症状或标志改善。
130.如权利要求129所述的方法，其中所述症状或标志是癫痫发作。
131.如权利要求130中任一项所述的方法，其中所述癫痫发作是局灶性、阵挛性、强直性、全身性强直性和阵挛性、惊厥性、肌阵挛性、失神或迟钝状态中的任一者。
132.如权利要求130所述的方法，其中所述癫痫发作是局灶性、阵挛性、强直性或全身性强直性中的任一者。
133.如权利要求129所述的方法，其中所述症状或标志是癫痫发作、张力减退、感觉统合障碍、运动功能障碍、智力和认知功能障碍、运动和平衡功能障碍、视觉功能障碍、语言和言语延迟、胃肠障碍、神经发育延迟或癫痫的意外猝死中的任一者。
134.如权利要求129所述的方法，其中所述症状或标志是运动发育延迟、社交和语言发育延迟、重复动作、不协调的口腔运动、胃肠障碍、睡眠问题或癫痫发作中的任一者。
135.如权利要求130至134中任一项所述的方法，其中所述癫痫发作频繁或持续时间长。
136.如权利要求116至135中任一项所述的方法，其中施用修饰的寡核苷酸减少受试者的癫痫发作、感觉统合障碍、运动功能障碍、智力和认知功能障碍、运动和平衡功能障碍、视觉功能障碍、语言和言语延迟、胃肠障碍、神经发育延迟、运动发育延迟、社交发育延迟、重复动作、不协调的口腔运动或睡眠问题、张力减退、眼球震颤、视神经萎缩、呼吸窘迫、运动延迟、认知功能障碍、言语功能障碍、痉挛、共济失调、癫痫发作或舞蹈症运动，或延迟死亡。
137.如权利要求116至136中任一项所述的方法，其中将所述寡聚化合物、所述修饰的寡核苷酸、所述群体、所述寡聚双链体、所述反义试剂或所述药物组合物施用至中枢神经系统或全身性施用。
138.如权利要求116至136中任一项所述的方法，其中将所述寡聚化合物、所述修饰的寡核苷酸、所述群体、所述寡聚双链体、所述反义试剂或所述药物组合物施用至中枢神经系统和全身性施用。
139.如权利要求116至131中任一项所述的方法，其中将所述寡聚化合物、所述修饰的寡核苷酸、所述群体、所述寡聚双链体、所述反义试剂或所述药物组合物通过鞘内、全身、皮下或肌内的任一者施用。
140.如权利要求116至139中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。
141.一种减少细胞中SCN2A RNA的量的方法，所述方法包括使细胞与如权利要求1至76中任一项所述的寡聚化合物、如权利要求77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如权利要求95至102中任一项所述的群体、如权利要求103或权利要求104所述的寡聚双链体、如权利要求105至107中任一项所述的反义试剂或如权利要求108至115中任一项所述的药物组合物接触，从而减少细胞中SCN2A RNA的量。
142.一种减少细胞中SCN2A蛋白的量的方法，所述方法包括使细胞与如权利要求1至76中任一项所述的寡聚化合物、如权利要求77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如权利要求95至102中任一项所述的群体、如权利要求103或权利要求104所述的寡聚双链体、如权利要求105至107中任一项所述的反义试剂或如权利要求108至115中任一项所述的药物组合物接触，从而减少细胞中SCN2A蛋白的量。
143.如权利要求141或权利要求142所述的方法，其中所述细胞是皮质细胞、海马细胞或脊髓细胞。
144.如权利要求141至143中任一项所述的方法，其中所述细胞在动物体内。
145.如权利要求141至144中任一项所述的方法，其中所述细胞是人细胞。
146.如权利要求1至76中任一项所述的寡聚化合物、如权利要求77至94中任一项所述的修饰的寡核苷酸、如权利要求95至102中任一项所述的群体、如权利要求103或权利要求104所述的寡聚双链体、如权利要求105至107中任一项所述的反义试剂或如权利要求108至115中任一项所述的药物组合物用于减少细胞中SCN2A表达的用途。
147.如权利要求146所述的用途，其中所述细胞中SCN2A RNA的水平减少。
148.如权利要求146或权利要求147所述的用途，其中所述细胞中SCN2A蛋白的水平减少。
149.如权利要求146至148中任一项所述的用途，其中所述细胞是皮质细胞、海马细胞或脊髓细胞。
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Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20240026353A1 (en) 2020-08-07 2024-01-25 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating scn2a
AU2023244348A1 (en) * 2022-03-28 2024-10-10 Praxis Precision Medicines, Inc. Methods of using oligomeric compounds to treat scn2a-related disorders
WO2024068997A2 (en) * 2022-09-30 2024-04-04 Contera Pharma A/S Antisense oligonucleotides for the treatment of canavan disease
WO2025059511A1 (en) * 2023-09-15 2025-03-20 Praxis Precision Medicines, Inc. Elsunersen / prax-222 for use in the treatment of scn2a-related disorders

Family Cites Families (171)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3687808A (en) 1969-08-14 1972-08-29 Univ Leland Stanford Junior Synthetic polynucleotides
US4500707A (en) 1980-02-29 1985-02-19 University Patents, Inc. Nucleosides useful in the preparation of polynucleotides
US5132418A (en) 1980-02-29 1992-07-21 University Patents, Inc. Process for preparing polynucleotides
US4469863A (en) 1980-11-12 1984-09-04 Ts O Paul O P Nonionic nucleic acid alkyl and aryl phosphonates and processes for manufacture and use thereof
US4415732A (en) 1981-03-27 1983-11-15 University Patents, Inc. Phosphoramidite compounds and processes
US4973679A (en) 1981-03-27 1990-11-27 University Patents, Inc. Process for oligonucleo tide synthesis using phosphormidite intermediates
US5023243A (en) 1981-10-23 1991-06-11 Molecular Biosystems, Inc. Oligonucleotide therapeutic agent and method of making same
US4476301A (en) 1982-04-29 1984-10-09 Centre National De La Recherche Scientifique Oligonucleotides, a process for preparing the same and their application as mediators of the action of interferon
DE3329892A1 (de) 1983-08-18 1985-03-07 Köster, Hubert, Prof. Dr., 2000 Hamburg Verfahren zur herstellung von oligonucleotiden
US5118800A (en) 1983-12-20 1992-06-02 California Institute Of Technology Oligonucleotides possessing a primary amino group in the terminal nucleotide
USRE34036E (en) 1984-06-06 1992-08-18 National Research Development Corporation Data transmission using a transparent tone-in band system
US5550111A (en) 1984-07-11 1996-08-27 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education Dual action 2',5'-oligoadenylate antiviral derivatives and uses thereof
FR2567892B1 (fr) 1984-07-19 1989-02-17 Centre Nat Rech Scient Nouveaux oligonucleotides, leur procede de preparation et leurs applications comme mediateurs dans le developpement des effets des interferons
US5367066A (en) 1984-10-16 1994-11-22 Chiron Corporation Oligonucleotides with selectably cleavable and/or abasic sites
FR2575751B1 (fr) 1985-01-08 1987-04-03 Pasteur Institut Nouveaux nucleosides de derives de l'adenosine, leur preparation et leurs applications biologiques
US5506337A (en) 1985-03-15 1996-04-09 Antivirals Inc. Morpholino-subunit combinatorial library and method
US5034506A (en) 1985-03-15 1991-07-23 Anti-Gene Development Group Uncharged morpholino-based polymers having achiral intersubunit linkages
US5235033A (en) 1985-03-15 1993-08-10 Anti-Gene Development Group Alpha-morpholino ribonucleoside derivatives and polymers thereof
US5166315A (en) 1989-12-20 1992-11-24 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5405938A (en) 1989-12-20 1995-04-11 Anti-Gene Development Group Sequence-specific binding polymers for duplex nucleic acids
US5185444A (en) 1985-03-15 1993-02-09 Anti-Gene Deveopment Group Uncharged morpolino-based polymers having phosphorous containing chiral intersubunit linkages
EP0260032B1 (en) 1986-09-08 1994-01-26 Ajinomoto Co., Inc. Compounds for the cleavage at a specific position of RNA, oligomers employed for the formation of said compounds, and starting materials for the synthesis of said oligomers
US5276019A (en) 1987-03-25 1994-01-04 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
US5264423A (en) 1987-03-25 1993-11-23 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Inhibitors for replication of retroviruses and for the expression of oncogene products
AU598946B2 (en) 1987-06-24 1990-07-05 Howard Florey Institute Of Experimental Physiology And Medicine Nucleoside derivatives
US4924624A (en) 1987-10-22 1990-05-15 Temple University-Of The Commonwealth System Of Higher Education 2,',5'-phosphorothioate oligoadenylates and plant antiviral uses thereof
US5188897A (en) 1987-10-22 1993-02-23 Temple University Of The Commonwealth System Of Higher Education Encapsulated 2',5'-phosphorothioate oligoadenylates
DE3855864T2 (de) 1987-11-30 1997-09-25 Univ Iowa Res Found Durch modifikationen an der 3'-terminalen phosphodiesterbindung stabilisierte dna moleküle, ihre verwendung als nukleinsäuresonden sowie als therapeutische mittel zur hemmung der expression spezifischer zielgene
US5403711A (en) 1987-11-30 1995-04-04 University Of Iowa Research Foundation Nucleic acid hybridization and amplification method for detection of specific sequences in which a complementary labeled nucleic acid probe is cleaved
WO1989009221A1 (en) 1988-03-25 1989-10-05 University Of Virginia Alumni Patents Foundation Oligonucleotide n-alkylphosphoramidates
US5278302A (en) 1988-05-26 1994-01-11 University Patents, Inc. Polynucleotide phosphorodithioates
US5216141A (en) 1988-06-06 1993-06-01 Benner Steven A Oligonucleotide analogs containing sulfur linkages
US5175273A (en) 1988-07-01 1992-12-29 Genentech, Inc. Nucleic acid intercalating agents
US5194599A (en) 1988-09-23 1993-03-16 Gilead Sciences, Inc. Hydrogen phosphonodithioate compositions
US5256775A (en) 1989-06-05 1993-10-26 Gilead Sciences, Inc. Exonuclease-resistant oligonucleotides
US5134066A (en) 1989-08-29 1992-07-28 Monsanto Company Improved probes using nucleosides containing 3-dezauracil analogs
US5591722A (en) 1989-09-15 1997-01-07 Southern Research Institute 2'-deoxy-4'-thioribonucleosides and their antiviral activity
US5399676A (en) 1989-10-23 1995-03-21 Gilead Sciences Oligonucleotides with inverted polarity
US5721218A (en) 1989-10-23 1998-02-24 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides with inverted polarity
US5264562A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs with novel linkages
US5264564A (en) 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences Oligonucleotide analogs with novel linkages
JPH05504552A (ja) 1989-10-24 1993-07-15 ギリアド　サイエンシズ，インコーポレイテッド ２’位が改変されたオリゴヌクレオチド
US5177198A (en) 1989-11-30 1993-01-05 University Of N.C. At Chapel Hill Process for preparing oligoribonucleoside and oligodeoxyribonucleoside boranophosphates
US5130302A (en) 1989-12-20 1992-07-14 Boron Bilogicals, Inc. Boronated nucleoside, nucleotide and oligonucleotide compounds, compositions and methods for using same
US5459255A (en) 1990-01-11 1995-10-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-2 substituted purines
US5623065A (en) 1990-08-13 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Gapped 2' modified oligonucleotides
US5670633A (en) 1990-01-11 1997-09-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Sugar modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
US5587470A (en) 1990-01-11 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. 3-deazapurines
US5587361A (en) 1991-10-15 1996-12-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides having phosphorothioate linkages of high chiral purity
US7101993B1 (en) 1990-01-11 2006-09-05 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides containing 2′-O-modified purines
US5457191A (en) 1990-01-11 1995-10-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. 3-deazapurines
US5646265A (en) 1990-01-11 1997-07-08 Isis Pharmceuticals, Inc. Process for the preparation of 2'-O-alkyl purine phosphoramidites
US5859221A (en) 1990-01-11 1999-01-12 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified oligonucleotides
US6005087A (en) 1995-06-06 1999-12-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-modified oligonucleotides
US5681941A (en) 1990-01-11 1997-10-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted purines and oligonucleotide cross-linking
US5220007A (en) 1990-02-15 1993-06-15 The Worcester Foundation For Experimental Biology Method of site-specific alteration of RNA and production of encoded polypeptides
US5149797A (en) 1990-02-15 1992-09-22 The Worcester Foundation For Experimental Biology Method of site-specific alteration of rna and production of encoded polypeptides
US5321131A (en) 1990-03-08 1994-06-14 Hybridon, Inc. Site-specific functionalization of oligodeoxynucleotides for non-radioactive labelling
US5470967A (en) 1990-04-10 1995-11-28 The Dupont Merck Pharmaceutical Company Oligonucleotide analogs with sulfamate linkages
GB9009980D0 (en) 1990-05-03 1990-06-27 Amersham Int Plc Phosphoramidite derivatives,their preparation and the use thereof in the incorporation of reporter groups on synthetic oligonucleotides
ES2116977T3 (es) 1990-05-11 1998-08-01 Microprobe Corp Soportes solidos para ensayos de hibridacion de acidos nucleicos y metodos para inmovilizar oligonucleotidos de modo covalente.
US5223618A (en) 1990-08-13 1993-06-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5386023A (en) 1990-07-27 1995-01-31 Isis Pharmaceuticals Backbone modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through reductive coupling
US5610289A (en) 1990-07-27 1997-03-11 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogues
US5541307A (en) 1990-07-27 1996-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs and solid phase synthesis thereof
US5378825A (en) 1990-07-27 1995-01-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. Backbone modified oligonucleotide analogs
US5489677A (en) 1990-07-27 1996-02-06 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleoside linkages containing adjacent oxygen and nitrogen atoms
ATE154246T1 (de) 1990-07-27 1997-06-15 Isis Pharmaceuticals Inc Nuklease resistente, pyrimidin modifizierte oligonukleotide, die die gen-expression detektieren und modulieren
US5608046A (en) 1990-07-27 1997-03-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Conjugated 4'-desmethyl nucleoside analog compounds
US5677437A (en) 1990-07-27 1997-10-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
US5618704A (en) 1990-07-27 1997-04-08 Isis Pharmacueticals, Inc. Backbone-modified oligonucleotide analogs and preparation thereof through radical coupling
US5602240A (en) 1990-07-27 1997-02-11 Ciba Geigy Ag. Backbone modified oligonucleotide analogs
US5623070A (en) 1990-07-27 1997-04-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
ATE131827T1 (de) 1990-08-03 1996-01-15 Sterling Winthrop Inc Verbindungen und verfahren zur unterdrückung der genexpression
US5177196A (en) 1990-08-16 1993-01-05 Microprobe Corporation Oligo (α-arabinofuranosyl nucleotides) and α-arabinofuranosyl precursors thereof
US5214134A (en) 1990-09-12 1993-05-25 Sterling Winthrop Inc. Process of linking nucleosides with a siloxane bridge
US5561225A (en) 1990-09-19 1996-10-01 Southern Research Institute Polynucleotide analogs containing sulfonate and sulfonamide internucleoside linkages
CA2092002A1 (en) 1990-09-20 1992-03-21 Mark Matteucci Modified internucleoside linkages
US5432272A (en) 1990-10-09 1995-07-11 Benner; Steven A. Method for incorporating into a DNA or RNA oligonucleotide using nucleotides bearing heterocyclic bases
US6582908B2 (en) 1990-12-06 2003-06-24 Affymetrix, Inc. Oligonucleotides
US5948903A (en) 1991-01-11 1999-09-07 Isis Pharmaceuticals, Inc. Synthesis of 3-deazapurines
US5672697A (en) 1991-02-08 1997-09-30 Gilead Sciences, Inc. Nucleoside 5'-methylene phosphonates
US7015315B1 (en) 1991-12-24 2006-03-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Gapped oligonucleotides
US5571799A (en) 1991-08-12 1996-11-05 Basco, Ltd. (2'-5') oligoadenylate analogues useful as inhibitors of host-v5.-graft response
EP0538194B1 (de) 1991-10-17 1997-06-04 Novartis AG Bicyclische Nukleoside, Oligonukleotide, Verfahren zu deren Herstellung und Zwischenprodukte
US5594121A (en) 1991-11-07 1997-01-14 Gilead Sciences, Inc. Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified purines
TW393513B (en) 1991-11-26 2000-06-11 Isis Pharmaceuticals Inc Enhanced triple-helix and double-helix formation with oligomers containing modified pyrimidines
DE637965T1 (de) 1991-11-26 1995-12-14 Gilead Sciences Inc Gesteigerte bildung von triple- und doppelhelices aus oligomeren mit modifizierten pyrimidinen.
US5484908A (en) 1991-11-26 1996-01-16 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotides containing 5-propynyl pyrimidines
US5792608A (en) 1991-12-12 1998-08-11 Gilead Sciences, Inc. Nuclease stable and binding competent oligomers and methods for their use
US5359044A (en) 1991-12-13 1994-10-25 Isis Pharmaceuticals Cyclobutyl oligonucleotide surrogates
US5700922A (en) 1991-12-24 1997-12-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. PNA-DNA-PNA chimeric macromolecules
FR2687679B1 (fr) 1992-02-05 1994-10-28 Centre Nat Rech Scient Oligothionucleotides.
US5633360A (en) 1992-04-14 1997-05-27 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs capable of passive cell membrane permeation
US5434257A (en) 1992-06-01 1995-07-18 Gilead Sciences, Inc. Binding compentent oligomers containing unsaturated 3',5' and 2',5' linkages
EP0577558A2 (de) 1992-07-01 1994-01-05 Ciba-Geigy Ag Carbocyclische Nukleoside mit bicyclischen Ringen, Oligonukleotide daraus, Verfahren zu deren Herstellung, deren Verwendung und Zwischenproduckte
US5652355A (en) 1992-07-23 1997-07-29 Worcester Foundation For Experimental Biology Hybrid oligonucleotide phosphorothioates
US5476925A (en) 1993-02-01 1995-12-19 Northwestern University Oligodeoxyribonucleotides including 3'-aminonucleoside-phosphoramidate linkages and terminal 3'-amino groups
GB9304620D0 (en) 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Compounds
GB9304618D0 (en) 1993-03-06 1993-04-21 Ciba Geigy Ag Chemical compounds
EP0691968B1 (en) 1993-03-30 1997-07-16 Sanofi Acyclic nucleoside analogs and oligonucleotide sequences containing them
WO1994022891A1 (en) 1993-03-31 1994-10-13 Sterling Winthrop Inc. Oligonucleotides with amide linkages replacing phosphodiester linkages
US5502177A (en) 1993-09-17 1996-03-26 Gilead Sciences, Inc. Pyrimidine derivatives for labeled binding partners
US5801154A (en) 1993-10-18 1998-09-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense oligonucleotide modulation of multidrug resistance-associated protein
US5457187A (en) 1993-12-08 1995-10-10 Board Of Regents University Of Nebraska Oligonucleotides containing 5-fluorouracil
KR100386337B1 (ko) 1993-12-09 2004-03-24 토마스 제퍼슨 대학교 진핵세포에서부위-특이적돌연변이를위한화합물과그방법
US5446137B1 (en) 1993-12-09 1998-10-06 Behringwerke Ag Oligonucleotides containing 4'-substituted nucleotides
US5519134A (en) 1994-01-11 1996-05-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Pyrrolidine-containing monomers and oligomers
US5596091A (en) 1994-03-18 1997-01-21 The Regents Of The University Of California Antisense oligonucleotides comprising 5-aminoalkyl pyrimidine nucleotides
US5627053A (en) 1994-03-29 1997-05-06 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. 2'deoxy-2'-alkylnucleotide containing nucleic acid
US5625050A (en) 1994-03-31 1997-04-29 Amgen Inc. Modified oligonucleotides and intermediates useful in nucleic acid therapeutics
US5646269A (en) 1994-04-28 1997-07-08 Gilead Sciences, Inc. Method for oligonucleotide analog synthesis
US5525711A (en) 1994-05-18 1996-06-11 The United States Of America As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services Pteridine nucleotide analogs as fluorescent DNA probes
US5597909A (en) 1994-08-25 1997-01-28 Chiron Corporation Polynucleotide reagents containing modified deoxyribose moieties, and associated methods of synthesis and use
US5652356A (en) 1995-08-17 1997-07-29 Hybridon, Inc. Inverted chimeric and hybrid oligonucleotides
CA2238379A1 (en) 1995-11-22 1997-06-12 The Johns-Hopkins University Ligands to enhance cellular uptake of biomolecules
US6770748B2 (en) 1997-03-07 2004-08-03 Takeshi Imanishi Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogue
USRE44779E1 (en) 1997-03-07 2014-02-25 Santaris Pharma A/S Bicyclonucleoside and oligonucleotide analogues
US7572582B2 (en) 1997-09-12 2009-08-11 Exiqon A/S Oligonucleotide analogues
US20030228597A1 (en) 1998-04-13 2003-12-11 Cowsert Lex M. Identification of genetic targets for modulation by oligonucleotides and generation of oligonucleotides for gene modulation
US6300319B1 (en) 1998-06-16 2001-10-09 Isis Pharmaceuticals, Inc. Targeted oligonucleotide conjugates
US6043352A (en) 1998-08-07 2000-03-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. 2'-O-Dimethylaminoethyloxyethyl-modified oligonucleotides
KR100782896B1 (ko) 1999-05-04 2007-12-06 엑시콘 에이/에스 Ｌ-리보-ｌｎａ 유사체
US6525191B1 (en) 1999-05-11 2003-02-25 Kanda S. Ramasamy Conformationally constrained L-nucleosides
WO2001038564A2 (en) 1999-11-26 2001-05-31 Mcgill University Loci for idiopathic generalized epilepsy, mutations thereof and method using same to assess, diagnose, prognose or treat epilepsy
US7491805B2 (en) 2001-05-18 2009-02-17 Sirna Therapeutics, Inc. Conjugates and compositions for cellular delivery
US6426220B1 (en) 2000-10-30 2002-07-30 Isis Pharmaceuticals, Inc. Antisense modulation of calreticulin expression
JP2004536027A (ja) 2000-12-01 2004-12-02 ジョーンズ・ホプキンス・ユニーバーシティー グリコシル化／ガラクトシル化ペプチドの接合体、二官能性リンカー、およびヌクレオチドのモノマー／ポリマー、および関連する組成物および使用方法
US20030175906A1 (en) 2001-07-03 2003-09-18 Muthiah Manoharan Nuclease resistant chimeric oligonucleotides
US20030158403A1 (en) 2001-07-03 2003-08-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Nuclease resistant chimeric oligonucleotides
AU2003235635A1 (en) 2002-01-17 2003-07-30 Evotec Neurosciences Gmbh Diagnostic and therapeutic use of the voltage-gated ion channel scn2a for neurodegenerative diseases
BR0313455A (pt) 2002-08-14 2007-07-31 Pharmacia Corp modulação "antisense" da expressão de nav1.3
WO2004044136A2 (en) 2002-11-05 2004-05-27 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compositions comprising alternating 2’-modified nucleosides for use in gene modulation
CA2504694C (en) 2002-11-05 2013-10-01 Isis Pharmaceuticals, Inc. Polycyclic sugar surrogate-containing oligomeric compounds and compositions for use in gene modulation
US8090542B2 (en) 2002-11-14 2012-01-03 Dharmacon Inc. Functional and hyperfunctional siRNA
US7723509B2 (en) 2003-04-17 2010-05-25 Alnylam Pharmaceuticals IRNA agents with biocleavable tethers
ATE555118T1 (de) 2003-08-28 2012-05-15 Takeshi Imanishi Neue synthetische nukleidsäuren vom typ mit quervernetzter n-o-bindung
WO2005027962A1 (en) 2003-09-18 2005-03-31 Isis Pharmaceuticals, Inc. 4’-thionucleosides and oligomeric compounds
AU2005248147A1 (en) 2004-05-11 2005-12-08 Alphagen Co., Ltd. Polynucleotides for causing RNA interference and method for inhibiting gene expression using the same
US20060148740A1 (en) 2005-01-05 2006-07-06 Prosensa B.V. Mannose-6-phosphate receptor mediated gene transfer into muscle cells
EP1984381B1 (en) 2006-01-27 2010-09-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. 6-modified bicyclic nucleic acid analogs
US7569686B1 (en) 2006-01-27 2009-08-04 Isis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for synthesis of bicyclic nucleic acid analogs
US7547684B2 (en) 2006-05-11 2009-06-16 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5′-modified bicyclic nucleic acid analogs
US7666854B2 (en) 2006-05-11 2010-02-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bis-modified bicyclic nucleic acid analogs
ES2377327T5 (es) 2006-10-18 2020-04-28 Ionis Pharmaceuticals Inc Compuestos antisentido
EP2125852B1 (en) 2007-02-15 2016-04-06 Ionis Pharmaceuticals, Inc. 5'-substituted-2'-f modified nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
AU2008260277C1 (en) 2007-05-30 2014-04-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. N-substituted-aminomethylene bridged bicyclic nucleic acid analogs
ES2386492T3 (es) 2007-06-08 2012-08-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos carbocíclicos
EP2176280B2 (en) 2007-07-05 2015-06-24 Isis Pharmaceuticals, Inc. 6-disubstituted bicyclic nucleic acid analogs
WO2009023855A2 (en) 2007-08-15 2009-02-19 Isis Pharmaceuticals, Inc. Tetrahydropyran nucleic acid analogs
WO2009067647A1 (en) 2007-11-21 2009-05-28 Isis Pharmaceuticals, Inc. Carbocyclic alpha-l-bicyclic nucleic acid analogs
US20090247608A1 (en) 2007-12-04 2009-10-01 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Targeting Lipids
US8530640B2 (en) 2008-02-07 2013-09-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexitol nucleic acid analogs
DK2356129T3 (da) 2008-09-24 2013-05-13 Isis Pharmaceuticals Inc Substituerede alpha-L-bicykliske nukleosider
WO2011017521A2 (en) 2009-08-06 2011-02-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
WO2011133876A2 (en) 2010-04-22 2011-10-27 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Oligonucleotides comprising acyclic and abasic nucleosides and analogs
AU2011302152B2 (en) 2010-09-15 2015-06-11 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Modified iRNA agents
WO2012109395A1 (en) 2011-02-08 2012-08-16 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleotides and uses thereof
DK2751270T3 (en) 2011-08-29 2018-10-29 Ionis Pharmaceuticals Inc OLIGOMER-CONJUGATE COMPLEXES AND THEIR USE
EP3336189A1 (en) 2012-04-20 2018-06-20 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleotides and uses thereof
WO2014059353A2 (en) 2012-10-11 2014-04-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleosides and uses thereof
SI2920304T1 (sl) 2012-11-15 2019-06-28 Roche Innovation Center Copenhagen A/S Oligonukleotidni konjugati
BR112015027369B1 (pt) 2013-05-01 2021-06-08 Ionis Pharmaceuticals, Inc compostos compreendendo um oligonucleotídeo modificado e um grupo de conjugado, composição compreendendo os referidos compostos e usos dos mesmos
EP3183347A4 (en) 2015-10-17 2018-04-18 Lifesplice Pharma LLC Splice modulating oligonucleotides and methods of use thereof
EP3443001A4 (en) * 2016-04-11 2020-04-29 Obsidian Therapeutics, Inc. REGULATED BIOCIRCUIT SYSTEMS
KR20250025519A (ko) * 2017-10-23 2025-02-21 스톡 테라퓨틱스, 인크. 넌센스 매개 rna 분해 기반 병태 및 질환 치료를 위한 안티센스 올리고머
EP3740500A4 (en) * 2018-01-17 2022-01-19 The Florey Institute of Neuroscience and Mental Health COMPOSITIONS AND METHODS TO INCREASE EXPRESSION OF SCN2A
BR112021003224A2 (pt) * 2018-08-20 2021-07-20 Rogcon, Inc. oligonucleotídeos antissentido direcionados a scn2a para o tratamento de encefalopatias por scn1a
US20220090087A1 (en) * 2019-01-23 2022-03-24 The Florey Institute Of Neuroscience And Mental Health Antisense oligonucleotides targeting scn2a retained introns
US20220228146A1 (en) 2019-05-06 2022-07-21 The Children's Hospital Of Philadelphia Micro-rna site blocking oligonucleotides for the treatment of epileptic encephalopathy and neurodevelopmental disorders
US20240026353A1 (en) 2020-08-07 2024-01-25 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Compounds and methods for modulating scn2a

Also Published As

Publication number Publication date
ECSP23008455A (es) 2023-05-31
AU2021320384A1 (en) 2023-02-16
US20240102012A1 (en) 2024-03-28
CL2023000393A1 (es) 2023-09-15
MX2023001486A (es) 2023-03-27
CL2024000541A1 (es) 2024-08-30
US20240026353A1 (en) 2024-01-25
PE20231567A1 (es) 2023-10-04
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