CN115667510A - 核酸的纯化方法 - Google Patents
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Abstract
提供一种能够简便地纯化核酸,并能够高效地回收的核酸的纯化方法。所述核酸的纯化方法具备:通过使包含核酸的样品与包含金属阳离子的提取溶液接触,而准备包含核酸的提取溶液的工序;通过使包含核酸的提取溶液与阴离子性吸附体(4)接触,而使核酸吸附于阴离子性吸附体(4)的工序;通过使pH5.0以下的清洗液与阴离子性吸附体(4)接触,而对吸附有核酸的阴离子性吸附体(4)进行清洗的工序;以及通过使pH6.0以上的回收液与阴离子性吸附体(4)接触,而使核酸从阴离子性吸附体(4)分离的工序。
Description
技术领域
本发明涉及核酸的纯化方法。
背景技术
目前,作为纯化病毒、细菌、真菌或细胞等样品中包含的RNA或DNA等核酸的方法,已知有向包含来源于样品的核酸的提取液中添加醇等析出试剂使核酸析出,使析出的核酸吸附到固相载体上,在洗去与核酸一同附着到固相载体上的来源于样品的蛋白质等杂质后,用溶出液回收核酸的方法。此时,不只是析出试剂,提取试剂、清洗液中通常也使用乙醇等醇。
例如,下述的专利文献1中,公开了通过使细胞原料与提取溶液接触,而使细胞材料溶解而提取核酸的方法。专利文献1中,提取溶液中使用了乙醇、丁醇等醇。
此外,在下述的专利文献2中,公开了一种通过使结合有核酸的固相与包含构成可以适用于使用了核酸的酶反应的反应液的成分中的至少1种成分的清洗液接触而清洗固相的方法。在专利文献2的实施例中,使用醇作为第二清洗液。
现有技术文献
专利文献
专利文献1:日本特开2018-134093号公报
专利文献2:日本专利第4340298号
发明内容
本发明所要解决的技术问题
然而,在像专利文献1这样,提取溶液包含醇的情况下,在从样品中提取核酸时由于有醇共存,有时无法充分地提取核酸。因此,在从样品中提取核酸后,需要混合用于使核酸析出的醇的工序,存在工序繁杂的问题。
此外,在像专利文献2这样,清洗液包含醇的情况下,在保管清洗液时需要注意醇的挥发、点燃,存在操作性不良的问题。此外,在专利文献2中,为了在之后的工序中不带入醇而设置了3次清洗工序,工序繁杂。
需要说明的是,在不使用醇的情况下,核酸的回收率会降低,存在无法高效地回收核酸的情况。此外,醇以外的核酸纯化中使用的物质也可能在之后的工序中的检查、分析中抑制反应。
本发明的目的在于:提供一种能够简便地纯化核酸,并能够高效地进行回收的核酸的纯化方法。
解决技术问题的技术手段
本发明涉及的核酸的纯化方法具备:通过使包含核酸的样品与包含金属阳离子的提取溶液接触,而准备包含核酸的提取溶液的工序;通过使所述包含核酸的提取溶液与阴离子性吸附体接触,而使所述核酸吸附于阴离子性吸附体的工序;通过使pH5.0以下的清洗液与所述阴离子性吸附体接触,而清洗吸附有所述核酸的阴离子性吸附体的工序;以及通过使pH6.0以上的回收液与所述阴离子性吸附体接触,而从所述阴离子性吸附体中分离所述核酸的工序。
在本发明涉及的核酸的纯化方法的某个特定方案中,所述回收液为不抑制核酸扩增反应的溶液。所述回收液优选为缓冲液。更优选所述缓冲液的浓度为5mmol/L以上,100mmol/L以下。此外,所述回收液也可以为包含核酸扩增用试剂的溶液。
在本发明涉及的核酸的纯化方法的其他特定方案中,所述pH5.0以下的清洗液为选自水、盐酸-氯化钾缓冲液、甘氨酸-盐酸缓冲液、柠檬酸-柠檬酸钠缓冲液、以及柠檬酸-磷酸缓冲液中的至少1种。
在本发明涉及的核酸的纯化方法的另外的特定方案中,所述提取溶液中的金属阳离子的浓度为0.5mol/L以上。
在本发明涉及的核酸的纯化方法的另外的特定方案中,所述金属阳离子为碱金属离子、碱土金属离子、过渡金属离子或12族金属离子。
在本发明涉及的核酸的纯化方法的另外的特定方案中,所述金属阳离子的价数为2价以上。
发明效果
根据本发明,可以提供一种能够简便地纯化核酸,并能够高效地进行回收的核酸的纯化方法。
附图说明
[图1]图1是用于说明本发明的一个实施方式涉及的核酸的纯化方法中,核酸吸附于阴离子性吸附体的状态的示意图。
[图2]图2是表示本发明的一个实施方式涉及的核酸的纯化方法中使用的芯片的示意性俯视图。
[图3]图3是图2中的沿着A-A线的部分的示意性截面图。
[图4]图4是表示清洗液的pH与清洗液中以及回收液中的RNA的比例的关系的图表。
[图5]图5是表示清洗液的pH与RNA的回收率的关系的图表。
[图6]图6是表示添加鼻腔粘液时的清洗液的pH与RNA的回收率的关系的图表。
[图7]图7是表示在实施例3中在使用pH2的氯化钾-盐酸缓冲液作为清洗液的情况下的PCR循环数与荧光强度的关系的图。
[图8]图8是表示在实施例6中在使用pH2的水作为清洗液的情况下的PCR循环数与荧光强度的关系的图。
[图9]图9是表示金属阳离子的种类与RNA的回收率的关系的图表。
具体实施方式
以下,将通过一边参照附图,一边对本发明的具体实施方式进行说明,来阐述本发明。
在本发明涉及的核酸的纯化方法中,首先,通过使包含核酸的样品与包含金属阳离子的提取溶液接触,而准备包含核酸的提取溶液(提取工序)。接下来,通过使包含核酸的提取溶液与阴离子性吸附体接触,而使核酸吸附于阴离子性吸附体(核酸吸附工序)。接下来,通过使pH5.0以下的清洗液与阴离子性吸附体接触,而对吸附有核酸的阴离子性吸附体进行清洗(清洗工序)。接下来,通过使pH6.0以上的回收液与阴离子性吸附体接触,而使核酸从阴离子性吸附体分离(核酸回收工序)。
根据本发明的核酸的纯化方法,能够简便地纯化核酸,并能够高效地进行回收。就该理由而言,可以作以下的说明。
在本发明中,提取工序中使用的提取溶液包含金属阳离子。因此,在包含核酸的样品与提取溶液接触时,带负电荷的核酸会与金属阳离子离子键合。如果使这样的提取核酸后的提取溶液与阴离子性吸附体接触,则会如图1所示,金属阳离子会与阴离子性吸附体离子键合。由此,能够使核酸通过金属阳离子而吸附至阴离子性吸附体。
如此,在本发明中,可以通过金属阳离子容易地使核酸吸附于阴离子性吸附体。由于即使添加金属阳离子到核酸提取溶液中也不会阻碍核酸的提取,因此可以不用像以往的使用醇的方法那样在核酸提取后设置进一步添加溶液的工序。因此,不需要繁杂的工序。
此外,本发明即使不使用醇,也能够使核酸吸附至阴离子性吸附体,操作性也很优异。并且,如果为了使核酸析出而大量添加醇,则提取核酸后的提取溶液的体积会增加、核酸的浓度会下降,与之相对在本发明中的使用了金属阳离子的核酸纯化中,不伴随提取溶液的体积增加(核酸浓度不下降),因此能够提高核酸的回收率。由此,能够通过一次纯化处理获得充分量的核酸,因此也能够提高之后的工序中的分析、检查的灵敏度。
当然,在将包含大量金属阳离子的溶液用于之后的工序中的核酸扩增工序的情况下,可能会抑制核酸扩增。因此,在清洗工序中,需要将与核酸一同与阴离子性吸附体结合的多余的金属阳离子洗去。然而,在使用不含醇的溶液作为清洗液的情况下,可能会出现核酸与金属阳离子一同脱离阴离子性吸附体的情况。
在本发明中,通过使用pH5.0以下的清洗液,而能够在使结合于阴离子性吸附体的核酸不脱离的情况下,将多余的金属阳离子洗去。因此,能够高效地回收核酸,并且在之后的工序中,不易因为金属阳离子而抑制核酸扩增,能够提高分析、检查的精度。此外,由于不使用醇,能够1次就可靠地进行清洗,因此操作性优异,并且能够简便地纯化核酸。此外,在本发明中,使用pH6.0以上的回收液,由于这一点,也能够高效地回收核酸,并且在之后的工序中,不易由于金属阳离子而抑制核酸扩增,能够提高分析、检查的精度。
以下,将对各工序更详细地进行说明。
(提取工序)
在提取工序中,使包含核酸的样品与提取溶液接触。由此提取样品中的核酸,得到包含核酸的提取溶液。
作为包含核酸的样品,例如,可以举出包含DNA、RNA等核酸的生物样品。作为这样的生物样品,例如,可以举出细胞、血液、组织液、尿、粪便等。此外,作为所述包含核酸的样品,例如,也可以是土壤、海水、河水等包含环境中的核酸的样品,无特别限定。
作为提取溶液,例如,可以使用包含蛋白质变性剂、金属阳离子和极性溶剂的溶液。极性溶剂优选以50%以上的含量包含在提取溶液中。
蛋白质变性剂是具有通过与蛋白质相互作用,而使蛋白质的高级结构崩坏的作用的物质。作为蛋白质变性剂,例如,可以使用表面活性剂、还原剂、或胍衍生物、硫脲、尿素、或这些的盐等。作为表面活性剂,例如,可以使用十二烷基硫酸钠(SDS)、聚氧乙烯山梨糖醇酐单月桂酸酯(Tween20)等。作为还原剂,例如,可以使用2-巯基乙醇,二硫苏糖醇(DTT)等。此外,作为所述盐,例如,可以使用盐酸胍等盐。这些蛋白质变性剂可以单独使用1种,也可以组合使用多种。
提取溶液中的蛋白质变性剂的浓度无特别限定,优选为2mol/L以上,更优选为4mol/L以上,进一步优选为8mol/L以上,优选为10mol/L以下。通过使蛋白质变性剂的浓度在所述范围内,能够进一步可靠地提取核酸。需要说明的是,在具有2种以上蛋白质变性剂的情况下,优选合计的浓度在所述范围内。
作为金属阳离子,无特别限定,例如,可以使用碱金属离子、碱土金属离子、过渡金属离子或12族金属离子。
作为碱金属离子,可以举出钾离子、钠离子、锂离子、铷离子、铯离子、钫离子等。
作为碱土金属离子,可以举出钙离子、镁离子、铍离子、锶离子、钡离子、镭离子等。
作为过渡金属离子,可以举出锰离子、铁离子、钴离子、镍离子、铜离子等。
作为12族金属离子,可以举出锌离子、镉离子、汞离子等。
这些金属阳离子可以单独使用1种,也可以组合使用多种。
金属阳离子的价数优选为2价以上。作为2价以上的金属阳离子,例如,可以举出钙离子、镁离子。在使用2价以上的金属阳离子的情况下,能够更高效率地回收核酸。
提取溶液中的金属阳离子的浓度优选为0.5mol/L以上,更优选为1mol/L以上,进一步优选为2mol/L以上。金属阳离子的浓度如果为所述下限值以上,则能够更高效率地回收核酸。金属阳离子的浓度的上限值无特别限定,例如,可以设为6mol/L。
作为极性溶剂,无特别限定,例如,可以使用水、二甲基亚砜(DMSO)、N,N-二甲基甲酰胺(DMF)、二甲基乙酰胺(DMA)、甲氧基丙醇、聚乙二醇、戊二醇、丙二醇、氨基乙醇,二乙醇胺等。这些极性溶剂可以单独使用1种,也可以组合使用多种。需要说明的是,提取溶液中也可以不包含极性溶剂。此外,提取溶液中也可以包含极性溶剂以外的溶剂。当然,从进一步可靠地提取核酸的观点出发,优选提取溶液中包含水等极性溶剂。
提取溶液可以进一步包含共沉淀剂。作为共沉淀剂,例如,可以举出tRNA、聚腺嘌呤、丙烯酰胺类聚合物、糖原等。在所述提取溶液进一步包含共沉淀剂的情况下,能够更高效地使核酸吸附于阴离子性吸附体。
(核酸吸附工序)
在核酸吸附工序中,通过使包含核酸的提取溶液与阴离子性吸附体接触,而使核酸吸附于阴离子性吸附体。
阴离子性吸附体是用于担载核酸的担载体。阴离子性吸附体的形态无特别限定,例如,可以以膜、过滤器、板、管、纤维状等形态使用。阴离子性吸附体的形状优选为纤维、粒子或多孔质。
作为阴离子性吸附体,无特别限定,例如,可以由硅化合物类、磷酸盐矿物类、硅酸盐矿物类或铝硅酸盐矿物类等构成。作为硅化合物类,例如,可以举出二氧化硅、玻璃等。作为磷酸盐矿物类,可以举出羟基磷灰石等。作为硅酸盐矿物类,可以举出滑石、蒙脱土等。作为铝硅酸盐矿物类,可以举出沸石等。它们可以单独使用1种,也可以组合使用多种。
作为阴离子性吸附体,优选为二氧化硅纤维、玻璃纤维,更优选为二氧化硅纤维。在本实施方式中,使用二氧化硅纤维作为阴离子性吸附体。当然,阴离子性吸附体可以是二氧化硅粒子,也可以是二氧化硅的多孔质体。
(清洗工序)
在清洗工序中,通过使在核酸吸附工序中吸附有核酸的阴离子性吸附体与pH5.0以下的清洗液接触,而对吸附有核酸的阴离子性吸附体进行清洗。
作为pH5.0以下的清洗液,例如,可以举出水、盐酸-氯化钾缓冲液、甘氨酸-盐酸缓冲液、柠檬酸-柠檬酸钠缓冲液、或柠檬酸-磷酸缓冲液等。它们可以单独使用,也可以组合使用多种。
清洗液的pH为5.0以下,优选为4.0以下。清洗液的pH如果在所述上限值以下,则能够在不使结合于阴离子性吸附体的核酸脱离的前提下,进一步可靠地将多余的金属离子除去,能够使之后工序中的核酸扩增更不易受到抑制。此外,由于清洗液中没有使用会抑制核酸扩增反应的醇,因此在核酸扩增反应前不需要除去醇的操作,能够进一步简便地纯化核酸。
此外,清洗液的pH的下限值例如可以设为2.0。
(核酸回收工序)
接下来,通过使在清洗工序中清洗了的阴离子性吸附体与回收液接触,使核酸从阴离子性吸附体分离,回收核酸。
回收液优选为不抑制核酸扩增反应的溶液。在该情况下,能够使之后工序中的分析、检查的精度进一步提高。此外,回收液的pH为6.0以上,优选为7.0以上,更优选为8.0以上。在该情况下,能够更高效率地回收核酸。回收液的pH的上限值无特别限定,例如,可以设为9.0。
作为回收液,可以使用缓冲液、核酸扩增用试剂等。
作为缓冲液,可以使用三羟甲基氨基甲烷(Tris)、N-三(羟甲基)甲基-2-氨基乙磺酸(TES)、三(羟甲基)甲基甘氨酸(tricine)、PIPES、ACES、MOPSO、BES、MOPS、HEPES、TAPSO、POPSO、HEPSO、EPPS、Bicine、TAPS、磷酸缓冲液等。
作为核酸扩增用试剂,可以使用TaqPath 1-Step Multiplex MasterMix、TaqManGene Expression Master Mix、TaqMan Fast Advanced MasterMix Mix、TaqPath qPCRMaster Mix、CG、TaqMan Fast Virus 1-Step Master Mix(ThermoFisher公司制)等。
它们可以单独使用1种,也可以组合使用多种。
缓冲液的pH为6.0以上,优选为7.0以上,更优选为8.0以上。在该情况下,能够更高效率地回收核酸。缓冲液的pH的上限值无特别限定,例如,可以设为9.0。
缓冲液的浓度优选为5mmol/L以上,更优选为10mmol/L以上,优选为100mmol/L以下,更优选为50mmol/L以下,进一步优选为30mmol/L以下。缓冲液的浓度如果在所述范围内,则能够更高效率地回收核酸。
以下,将举出更为具体的实施方式。
(第1实施方式)
图2是表示本发明的第1实施方式涉及的核酸的纯化方法中使用的芯片的示意性俯视图。此外,图3是表示图2的沿着A-A线的部分的示意性截面图。
如图2以及图3所示,芯片1具有输送流体的流路2。流路2的中途设置有回收部3。因此,流路2具有设置于回收部3上游侧的上游侧流路2a、以及设置于回收部3下游侧的下游侧流路2b。此外,回收部3中,配置有用于吸附、纯化核酸的阴离子性吸附体4。
芯片1是用于检查、分析的芯片。芯片1无特别限定,在本实施方式中,如图3所示,具有板状的基板5、以及覆盖部件6。基板5具有主面5a。在基板5的主面5a侧设置有凹部5b。凹部5b以向基板5的主面5a侧开口的方式设置。
构成基板5的材料无特别限定,例如,可以使用合成树脂、橡胶、金属等。作为合成树脂,无特别限定,优选为热塑性树脂。其中,作为热塑性树脂,例如,可以使用环烯烃聚合物、环烯烃共聚物、聚碳酸酯、聚甲基丙烯酸甲酯、或聚丙烯等。它们可以单独使用1种,也可以组合使用多种。
基板5优选包含所述热塑性树脂的成型体。作为成型方法,无特别限定,可以使用公知的成型方法。作为成型方法,例如,可以举出射出成型、射出压缩成型、气体辅助法射出成型、挤出成型、多层挤出成型、旋转成形、热压成型、吹塑成形、或发泡成形等方法。其中,优选为射出成型。
基板5也可以通过将多片合成树脂的片叠层而形成。基板5也可以由基底片、以及设置于基底片上的具有贯通孔的基板主体而构成。
基板5的主面5a上设置有覆盖部件6。覆盖部件6以封闭基板5的凹部5b的方式设置。回收部3通过覆盖部件6封闭基板5的凹部5b而构成。需要说明的是,在本实施方式中,上游侧流路2a以及下游侧流路2b也同样通过覆盖部件6封闭基板5的凹部5b而构成。
覆盖部件6例如可以由树脂膜等具有可挠性的材料构成。作为树脂膜,例如,可以使用环烯烃聚合物、环烯烃共聚物、聚碳酸酯、聚甲基丙烯酸甲酯、或聚丙烯等热塑性树脂。
此外,覆盖部件6也可以由弹性部件构成。作为弹性部件,无特别限定,优选为弹性体。需要说明的是,本发明中,基板5与覆盖部件6可以一体性地构成。
基板5内设置有输送流体的所述流路2。此处,流路2为微流路。流路2也可以不是微流路,而是截面积比微流路大的流路。当然,优选为微流路。由此,能够通过微量的样品进行各种各样的分析。
此处,微流路是指,在流体输送时,产生微观效果的微细流路。在这样的微流路中,液体强烈地受到表面张力的影响,表现出与在通常的大尺寸的流路中流动液体不同的运动。
就微流路的横截面形状以及大小而言,只要是产生所述微观效果的流路就无特别限定。例如,在微流路中流通流体时,在使用泵、重力的情况下,从使流路阻力降低的观点出发,如果微流路的横截面形状近似于长方形(包括正方形),则短边的尺寸优选为20μm以上,更优选为50μm以上,进一步优选为100μm以上。从使用了芯片1的微流体装置的进一步的小型化的观点出发,短边的尺寸优选为5mm以下,更优选为1mm以下,进一步优选为500μm以下。
此外,在微流路的横截面形状近似于圆形的情况下,直径(椭圆的情况下为短径)优选为20μm以上,更优选为50μm以上,进一步优选为100μm以上。从所述微流体装置的进一步的小型化的观点出发,直径(椭圆的情况下为短径)优选为5mm以下,更优选为1mm以下,进一步优选为500μm以下。
在本实施方式中,使用这样的芯片1,实施所述本发明涉及的核酸的纯化方法。
具体而言,从芯片1中的注入口7a,将所述核酸的提取工序中的核酸提取后的提取溶液注入上游侧流路2a,输送至回收部3。由此,使核酸吸附于回收部3中的阴离子性吸附体4。
接下来,将pH为5.0以下的清洗液输送至回收部3。由此,对吸附有核酸的阴离子性吸附体4进行清洗。接下来,将回收液输送至回收部3,在使核酸从阴离子性吸附体4上分离的同时,向下游侧流路2b侧输送,从回收口7b回收核酸。
在本实施方式的核酸的纯化方法中,能够通过金属阳离子容易地使核酸吸附于阴离子性吸附体4。金属阳离子即使在核酸提取前添加至提取溶液中也不会抑制核酸的提取,因此与可以不设置像以往的使用醇的方法那样在提取后添加醇的工序。因此,不需要繁杂的工序。
此外,由于本发明即使不使用醇,也能够使核酸吸附于阴离子性吸附体4,因此操作性也优异。进一步而言,如果为了使核酸析出而大量添加醇,则核酸提取后的提取溶液的体积会增加,核酸的浓度会下降,而与之相对,在本发明中的使用了金属阳离子的核酸纯化中,并不伴随提取溶液的体积增加(核酸浓度不下降),因此,能够提高核酸的回收率。由此,能够通过一次纯化处理获得充分量的核酸,因此能够提高之后的工序中的分析、检查的灵敏度。
当然,在将包含大量金属阳离子的溶液用于之后的工序中的核酸扩增工序中的情况下,也有可能抑制核酸扩增。因此在清洗工序中,需要将与核酸一同结合于阴离子性吸附体的多余的金属阳离子洗去。然而,如果使用不含醇的溶液作为清洗液,则可能会出现核酸和金属阳离子一同从阴离子性吸附体脱离的情况。
在本发明中,通过使用pH5.0以下的清洗液,而能够在使结合于阴离子性吸附体的核酸不脱离的前提下,将多余的金属阳离子洗去。因此,之后的工序中,不易由于金属阳离子而抑制核酸扩增,能够提高分析、检查的精度。此外,由于不使用醇,能够1次就可靠地进行清洗,操作性优异,并且能够简便地纯化核酸。
(第2实施方式)
在第2实施方式中,使用容器实施所述本发明涉及的核酸的纯化方法。
具体而言,首先,在聚丙烯等塑料制的容器中,配置用于吸附核酸并回收的阴离子性吸附体。向该容器中注入所述核酸的提取工序中的核酸提取后的提取溶液,与阴离子性吸附体搅拌,使核酸吸附于阴离子性吸附体。作为搅拌方法,无特别限定,例如,可以使用涡旋混合器、超声波等进行。
接下来,将容器内的溶液取出后,注入清洗液,进行搅拌。由此,对吸附有核酸的阴离子性吸附体进行清洗。接下来,将清洗液取出后,注入回收液,进行搅拌。由此,能够使核酸从阴离子性吸附体分离。最后,将回收液取出,回收分离了的核酸。
在第2实施方式中,提取溶液也包含金属阳离子。因此,在将包含核酸的样品添加至提取溶液中时,带负电荷的核酸与金属阳离子离子键合。如果将提取这样的离子键合有金属阳离子的核酸后的混合液与阴离子性吸附体接触,则金属阳离子会与阴离子性吸附体离子键合。由此,能够使核酸通过金属阳离子吸附至阴离子性吸附体。
如此,在本实施方式的纯化方法中,能够通过金属阳离子容易地使核酸吸附于阴离子性吸附体。金属阳离子即使在核酸提取前添加至提取溶液中也不会抑制核酸的提取,因此可以不设置像以往的使用醇的方法那样在提取后添加醇的工序。因此,不需要繁杂的工序。
此外,本发明即使不使用醇,也能够使核酸吸附于阴离子性吸附体,因此操作性也优异。进一步而言,如果为了使核酸析出而大量添加醇,则核酸提取后的提取溶液的体积会增加,核酸的浓度会下降,而与之相对,在本发明中的使用了金属阳离子的核酸纯化中,并不伴随提取溶液的体积增加(核酸浓度不下降),因此,能够提高核酸的回收率。由此,能够通过一次纯化处理获得充分量的核酸,因此能够提高之后的工序中的分析、检查的灵敏度。
当然,在将包含大量金属阳离子的溶液用于之后的工序中的核酸扩增工序中的情况下,也有可能抑制核酸扩增。因此在清洗工序中,需要将与核酸一同结合于阴离子性吸附体的多余的金属阳离子洗去。然而,如果使用不含醇的溶液作为清洗液,则可能会出现核酸和金属阳离子一同从阴离子性吸附体脱离的情况。
在本发明中,通过使用pH5.0以下的清洗液,而能够在使结合于阴离子性吸附体的核酸不脱离的前提下,将多余的金属阳离子洗去。因此,之后的工序中,不易由于金属阳离子而抑制核酸扩增,能够提高分析、检查的精度。此外,由于即使不使用醇,也能够1次就可靠地进行清洗,因此操作性优异,能够简便地纯化核酸。
以下,通过举出本发明的具体实施例以及比较例,对本发明进行说明。需要说明的是,本发明不限于以下的实施例。
(实施例1~2以及比较例1~4)
实施例1~2以及比较例1~4中,以以下的方式制作了图2以及图3所示的芯片1。
作为构成基板5的材料,使用环烯烃聚合物,通过将其射出成型,制作了具有凹部5b的基板5。此外,在覆盖部件6中,使用密封胶带,通过以密封胶带封闭基板5的凹部5b而制作了芯片1。需要说明的是,回收部3中,作为阴离子性吸附体4,配置了二氧化硅纤维(2mmφ,厚度0.8mm)。此外,流路2的宽度设为0.8mm,深度设为0.8mm。
使用这样的芯片1,以以下的方式对回收率进行了测定。
首先,将包含核酸(RNA)的样品(病毒;30000拷贝)1μL添加至提取溶液(包含尿素4mol/L、盐酸胍4mol/L、氯化钙2mol/L、Tris-HCl缓冲液(pH7.0)的水溶液)150μL中,提取核酸。
接下来,通过将核酸提取后的提取溶液从上游侧流路2a向回收部3输送,使核酸吸附至回收部3的二氧化硅纤维。
接下来,将清洗液400μL输送至回收部3,对担载有核酸的二氧化硅纤维进行清洗,并回收了输送后的清洗液。将回收液(10mmol/L,Tris-HCl缓冲液(pH8.0))21μL输送至回收部3,使担载在回收部3的核酸(RNA)分离,并进行了回收。
需要说明的是,在实施例1中,作为清洗液,使用了pH4.0的水。在实施例2中,使用了pH5.0的水。在比较例1中,使用了浓度为10mmol/L,pH6.0的缓冲液(Tris)。在比较例2中,使用了浓度为10mmol/L,pH7.0的缓冲液(Tris)。在比较例3中,使用了浓度为10mmol/L,pH8.0的缓冲液(Tris)。此外,在比较例4中,使用了浓度为10mmol/L,pH9.0的缓冲液(Tris)。
接下来,对回收的清洗液中以及回收液中的RNA的比例进行了评价。首先,将输送后的清洗液中的RNA用QIAamp 96Virus QIAcube HT Kit(QIAGEN公司制)以及QIAcube HT系统(QIAGEN公司制)进行了纯化(纯化清洗液)。接着,使用从清洗液中纯化的RNA溶液或回收溶液2μL和引物、TaqPath 1-Step Multiplex MasterMix(Thermofisher公司制),调制了RT-PCR反应溶液。此外作为标准,还调制了加入有对相同的病毒用QIAGEN公司制,QIAampViral RNA Mini Kit进行了提取·纯化的溶液2μL的RT-PCR反应溶液(核酸浓度为50000·5000·500copies/μL3个水准)。接下来,使用热循环仪“CFX96(BIO RAD公司)”将从回收液中调制的RT-PCR反应溶液以及标准RT-PCR反应溶液扩增。扩增是在50℃-30秒下进行逆转录反应后,在95℃-20秒下进行初期变性,以95℃-3秒、60℃-5秒进行45次PCR循环。扩增后,根据CFX96依照标准而自动计算得到的核酸量,通过以下的计算式算出RNA回收率(核酸回收率)。为了确保之后的步骤的基于核酸扩增的分析精度,核酸回收率优选为5%以上。结果如图4所示。
核酸回收率(%)={(CFX96算出的核酸量×回收液量/2)×100}/30000
如图4所示,可以看出,在pH为5.0以下的实施例1~2中,与pH大于5.0的比较例1~4相比,能够抑制RNA向清洗液中流出,能够以良好的回收率回收核酸。需要说明的是,在比较例1~4中,考虑到金属阳离子带来的影响,以不添加钠离子等金属阳离子的方式,不用水,而使用缓冲液对pH进行了调整。
(实施例3~6)
在实施例3中,除了使用了浓度为10mmol/L,pH2.0的盐酸-氯化钾缓冲液作为清洗液之外,以与实施例1同样的方式回收了核酸。在实施例4中,除了使用了浓度为10mmol/L,pH2.0以及pH3.0的甘氨酸-盐酸缓冲液作为清洗液之外,以与实施例1同样的方式回收了核酸。在实施例5中,除了使用了浓度为10mmol/L,pH3.0以及pH4.0的柠檬酸-柠檬酸钠缓冲液作为清洗液之外,以与实施例1同样的方式回收了核酸。此外,在实施例6中,除了使用了pH2.0、pH3.0以及pH4.0的水(水-HCl)作为清洗液之外,以与实施例1同样的方式回收了核酸。接着,以与实施例1同样的方式算出回收至回收液中的RNA的回收率。结果如图5所示。
从图5可以看出,在实施例3~6中,能够以良好的回收率回收RNA。
此外,对于各样品,求出了PCR循环数与荧光强度的关系。
图7是表示实施例3中在使用了pH2.0的盐酸-氯化钾缓冲液作为清洗液的情况下的PCR循环数与荧光强度的关系的图。此外,图8是表示实施例6中在使用pH2.0的水作为清洗液的情况下的PCR循环数与荧光强度的关系的图。
从图7与图8的比较可以看出,在使用pH2.0的氯化钾-盐酸缓冲液作为清洗液的情况下,与使用pH2.0的水作为清洗液的情况相比,荧光强度以及Ct值(扩增曲线的快速上升开始的循环数)几乎相等。由此,可以看出,在使用pH2.0的盐酸-氯化钾缓冲液作为清洗液的情况下,核酸扩增反应也不会被抑制。以同样的方式,求得了各实施例中的Ct值。结果如下述的表1所示。需要说明的是,下述的表1中的回收率以及Ct值是以N=3的方式测定的3次的平均值。此外,就水而言,还一并显示了使用pH5.0的水作为清洗液的结果。此外,为了进行比较,使用pH6.0的缓冲液(Tris-HCl)作为清洗液的结果也作为比较例5而显示。
[表1]
如表1所示,可以看出,在实施例3~6中,核酸回收率为5%以上,能够良好地回收核酸。此外,在实施例3~6中,Ct值小于38.0,未观察到Ct值的显著增加,可以看出核酸扩增反应不易受到抑制。另一方面,在比较例5中,可以看出,核酸回收率小于5%,核酸回收率不充分。此外,可以看出,在比较例5中,随着回收率的降低,Ct值变为38.0以上,核酸扩增反应延迟。
此外,将包含核酸(RNA)的样品(病毒;30000拷贝)1μL添加至悬浮有鼻腔粘液的提取溶液(包含尿素4mol/L、盐酸胍4mol/L、氯化钙2mol/L、Tris-HCl缓冲液(pH7.0)的水溶液)150μL中,同样地求得RNA回收率。结果如图6所示。可以看出,在实施例3~6中,在使用包含鼻腔粘液的样品的情况下,RNA回收率良好。
(实施例7~22以及比较例6)
在实施例7~22以及比较例6中,作为清洗液,使用了浓度为10mmol/L,pH2.0的盐酸-氯化钾缓冲液。此外,在实施例7~13中,作为回收液,使用了具有下述表2所示的pH,下述表2所示的浓度的三羟甲基氨基甲烷(Tris)。在实施例14~17中,作为回收液,使用了具有下述表2所示的pH,下述表2所示的浓度的N-三(羟甲基)甲基-2-氨基乙磺酸(TES)。在实施例18~21中,作为回收液,使用了具有下述表2所示的pH,下述表2所示的浓度的三(羟甲基)甲基甘氨酸(Tricine)。在实施例22中,作为回收液,使用了4倍稀释的TaqPath 1-StepMultiplex MasterMix(ThermoFisher公司制,1×Master Mix,pH8.0)。在比较例6中,作为回收液,使用了pH5.0,浓度为10mmol/L(10mM)的三羟甲基氨基甲烷(Tris)。就其它的点而言,以与实施例3同样的方式,求得了RNA回收率以及Ct值。结果如下述表2所示。需要说明的是,下述表2中的回收率以及Ct值是以N=3的方式测定的3次的平均值。
[表2]
回收液组成 | 回收液pH | 回收率 | Ct值 | |
实施例7 | 10mM Tris | 6.0 | 9.8% | 36.27 |
实施例8 | 10mM Tris | 7.0 | 45.4% | 33.54 |
实施例9 | 10mM Tris | 8.0 | 75.4% | 32.50 |
实施例10 | 10mM Tris | 9.0 | 75.0% | 32.44 |
实施例11 | 5mM Tris | 8.0 | 68.4% | 32.75 |
实施例12 | 50mM Tris | 8.0 | 74.5% | 32.53 |
实施例13 | 100mM Tris | 8.0 | 71.0% | 32.61 |
实施例14 | 5mM TES | 8.0 | 80.2% | 32.30 |
实施例15 | 10mM TES | 8.0 | 73.2% | 32.56 |
实施例16 | 50mM TES | 8.0 | 84.4% | 32.31 |
实施例17 | 100mM TES | 8.0 | 79.4% | 32.46 |
实施例18 | 5mM Tricine | 8.0 | 76.7% | 32.48 |
实施例19 | 10mM Tricine | 8.0 | 69.5% | 32.68 |
实施例20 | 50mM Tricine | 8.0 | 84.4% | 32.29 |
实施例21 | 100mM Tricine | 8.0 | 63.5% | 32.84 |
实施例22 | TaqPath | 8.1 | 75.3% | 32.51 |
比较例6 | 10mM Tris | 5.0 | 0.0% | 未犷增 |
如表2所示,可以看出,在实施例7~22中,都能够以良好的核酸回收率回收核酸。此外,在实施例7~22中,Ct值小于38.0,未观察到Ct值的显著增加,可以看出核酸扩增反应不易受到抑制。另一方面,在比较例6中,核酸回收率小于5%,可以看出核酸回收率不充分。此外,在比较例6中,随着未能回收核酸,也未能确认到核酸扩增反应。
(实施例23~29)
在实施例23~29中,作为清洗液,使用了浓度为10mmol/L,pH2.0的盐酸-氯化钾缓冲液。此外,在实施例23~29中,作为回收液,使用了pH8.0,浓度为10mmol/L(10mM)的三羟甲基氨基甲烷(Tris)。此外,在实施例23~29中,使用了下述表3所示的金属阳离子。结果如下述表3所示。需要说明的是,下述表3中的回收率以及Ct值是以N=3的方式测定的3次的平均值。
[表3]
清洗液组成 | 清洗液pH | 回收液组成 | 回收液pH | 金属阳离子 | 回收率 | Ct值 | |
实施例23 | 10mM KCl | 2.0 | 10mM Tris | 8.0 | LiCl | 5.4% | 33.19 |
实施例24 | 10mM KCl | 2.0 | 10mM Tris | 8.0 | NaCl | 45.4% | 29.83 |
实施例25 | 10mM KCl | 2.0 | 10mM Tris | 8.0 | KCl | 30.7% | 30.46 |
实施例26 | 10mM KCl | 2.0 | 10mM Tris | 8.0 | RbCl | 31.2% | 30.38 |
实施例27 | 10mM KCl | 2.0 | 10mM Tris | 8.0 | CaCl<sub>2</sub> | 56.2% | 30.38 |
实施例28 | 10mM KCl | 2.0 | 10mM Tris | 8.0 | MgCl<sub>2</sub> | 67.8% | 29.17 |
实施例29 | 10mM KCl | 2.0 | 10mM Tris | 8.0 | SrCl<sub>2</sub> | 73.7% | 29.00 |
如表3所示,在使用2价的CaCl2、MgCl2、SrCl2作为金属阳离子的情况下,能够以良好的回收率回收核酸。
(参考例)
在参考例中,对使用NaCl(钠离子)、CaCl2(钙离子)、MgCl2(镁离子)、KCl(钾离子)、LiCl(锂离子)以及RbCl(铷离子)作为金属阳离子(RNA吸附用金属阳离子)的情况的RNA回收率进行了比较探讨。
就回收率的测定而言,使用与实施例1相同的芯片1,以以下的方式进行。
首先,将包含核酸(RNA)的样品(病毒;5000拷贝)1μL添加至核酸提取液(包含金属阳离子2mol/L、50mmol/LTris-HCl缓冲液(pH8.0)的水溶液)60μL中,提取核酸。
接下来,通过将核酸提取后的混合液从上游侧流路2a输送至回收部3,使核酸吸附至回收部3的二氧化硅纤维。
接下来,将清洗液200μL输送至回收部3,对担载有核酸的二氧化硅纤维进行清洗。接着,通过加热器以80℃、3分钟的条件对回收部3进行加热,使清洗液干燥。需要说明的是,就清洗而言,进行了使用1.8mol/L的胍硫氰酸盐、40%乙醇、30mmo/L的Tris-HCl(pH7.0)的清洗、以及使用了包含90%乙醇的清洗液的清洗这2次。除去清洗液后,将回收液(1×Master Mix)28μL输送至回收部3,使担载于回收部3的核酸(RNA)分离,并回收。
结果如图9所示的。从图9可以看出,在使用2价的CaCl2以及MgCl2作为金属阳离子的情况下,回收率进一步提高。
符号说明
1...芯片
2...流路
2a...上游侧流路
2b...下游侧流路
3...回收部
4...阴离子性吸附体
5...基板
5a...主面
5b...凹部
6...覆盖部件
7a...注入口
7b...回收口。
Claims (9)
1.一种核酸的纯化方法,其具备:
通过使包含核酸的样品与包含金属阳离子的提取溶液接触,而准备包含核酸的提取溶液的工序;
通过使所述包含核酸的提取溶液与阴离子性吸附体接触,而使所述核酸吸附于阴离子性吸附体的工序;
通过使pH5.0以下的清洗液与所述阴离子性吸附体接触,而清洗吸附有所述核酸的阴离子性吸附体的工序;以及
通过使pH6.0以上的回收液与所述阴离子性吸附体接触,而从所述阴离子性吸附体中分离所述核酸的工序。
2.根据权利要求1所述的核酸的纯化方法,其中,
所述回收液为不抑制核酸扩增反应的溶液。
3.根据权利要求1或2所述的核酸的纯化方法,其中,
所述回收液为缓冲液。
4.根据权利要求3所述的核酸的纯化方法,其中,
所述缓冲液的浓度为5mmol/L以上100mmol/L以下。
5.根据权利要求1或2所述的核酸的纯化方法,其中,
所述回收液为包含核酸扩增用试剂的溶液。
6.根据权利要求1~5中任一项所述的核酸的纯化方法,其中,
所述pH5.0以下的清洗液为选自水、盐酸-氯化钾缓冲液、甘氨酸-盐酸缓冲液、柠檬酸-柠檬酸钠缓冲液以及柠檬酸-磷酸缓冲液中的至少1种。
7.根据权利要求1~6中任一项所述的核酸的纯化方法,其中,
所述提取溶液中的所述金属阳离子的浓度为0.5mol/L以上。
8.根据权利要求1~7中任一项所述的核酸的纯化方法,其中,
所述金属阳离子为碱金属离子、碱土金属离子、过渡金属离子或12族金属离子。
9.根据权利要求1~8中任一项所述的核酸的纯化方法,其中,
所述金属阳离子的价数为2价以上。
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