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CN114717339B - 检测snp位点的试剂在制备试剂盒中的用途 - Google Patents

检测snp位点的试剂在制备试剂盒中的用途 Download PDF

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CN114717339B
CN114717339B CN202110009727.6A CN202110009727A CN114717339B CN 114717339 B CN114717339 B CN 114717339B CN 202110009727 A CN202110009727 A CN 202110009727A CN 114717339 B CN114717339 B CN 114717339B
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Abstract

本发明提供了检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于确定肺炎克雷伯菌的药敏表型，其中，所述SNP位点包括下列至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114位。

Description

检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途
技术领域
本发明涉及生物医药领域，具体地，涉及检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途，更具体地，涉及确定肺炎克雷伯菌药敏表型的方法、试剂盒、用于确定肺炎克雷伯菌药敏表型的分析装置、用于指导用药的设备。
背景技术
肺炎克雷伯菌是一种常见的医院相关病原体，被认为是对人类健康的紧迫威胁，也是抗生素抗性中最令人担忧的病原体之一，其与一些非常重要的耐多药(MDR)病原并称为ESKAPE(屎肠球菌，金黄色葡萄球菌，肺炎克雷伯氏菌，鲍曼不动杆菌，铜绿假单胞菌和肠杆菌属)。
随着抗生素的广泛使用，肺炎克雷伯菌的临床多药耐药率也逐渐上升。不仅对临床常用的二三四代头孢菌素、氨基糖苷及氟喹诺酮类药物呈现较高的耐药率，对治疗超级耐药菌的最后一线碳青霉烯类药物的耐药率也在逐年升高，正在导致临床治疗无药可用的形势；同时，目前临床上鉴定耐药的基本方法主要为基于培养测定细菌最小抑菌浓度，存在培养阳性率低及耗时较长的问题。此外，市面上已有的基于PCR检测的试剂盒主要针对细菌特定的某些酶基因进行检测，存在不能覆盖全部耐药基因的局限性。
因此，开发一种可以实现快速全面检测肺炎克雷伯菌药敏表型的方法非常重要。
发明内容
在本发明的第一方面，本发明提出了检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于确定肺炎克雷伯菌的药敏表型。根据本发明的实施例，所述SNP位点包括下列至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114位。根据本发明的实施例，检测待测菌株基因组中上述SNP位点的碱基，可以高效准确地确定待测菌株是否属于耐药菌株。
在本发明的第二方面，本发明提出了一种确定肺炎克雷伯菌药敏表型的方法。根据本发明的实施例，所述方法包括：(1)确定预定SNP位点的碱基类型，其中，所述预定SNP位点包括选自下列的至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114位；(2)基于所述碱基类型，确定待测菌株的药敏表型。根据本发明实施例的方法，对待测菌株的基因组进行分析，通过上述SNP位点特定的碱基类型，可以确定待测菌株是否属于耐药菌株，并且，可以进一步分析其他特定的SNP位点，进一步确定待测菌株的药物耐药分类，并获取对每种药物耐药率信息，高效便捷，不需要指定特定基因，一次性可以解决多种药物耐药分类，给出耐药信息，指导临床用药。
在本发明的第三方面，本发明提出了一种试剂盒，所述试剂盒用于确定肺炎克雷伯菌的药敏表型，其特征在于，包括引物和/或探针，其中，所述探针和/或引物用于识别和/或扩增下列SNP位点至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114位。根据本发明实施例的试剂盒可以针对上述位点进行检测，进而高效准确地确定待测菌株的进化分支，判断其是否属于耐药菌株。
在本分明的第四方面，本发明提出了一种用于确定肺炎克雷伯菌药敏表型的分析装置。根据本发明的实施例，所述装置包括：SNP位点确定单元，确定预定SNP位点的碱基类型，其中，所述预定SNP位点包括选自下列的至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114位；和药敏表型确定单元，基于所述碱基类型，确定所述待测菌株的药敏表型。根据本发明实施例的分析装置利用在本发明第二方面所提出的方法，对待测菌株的药敏表型进行鉴定，判断待测菌株是否属于耐药菌株。
在本发明的第五方面，本发明提出了一种用于指导用药的设备，所述设备用于确定治疗肺炎克雷伯菌相关疾病的药物。根据本发明的实施例，所述设备包括：本发明第四方面所提出的分析装置；以及药物确定装置，所述药物确定装置基于所述分析装置的结果，确定用于治疗肺炎克雷伯菌的药物。根据本发明实施例的指导用药的设备可以确定患者所感染的肺炎克雷伯菌耐药信息，并根据其对药物的耐药率进行药物选择，有针对性地选择敏感性高的药物，可以快速有效抑制肺炎克雷伯菌，达到快速有效治疗的目的，同时也能避免因使用敏感性低的药物所带来的治疗延误。
本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本发明的实践了解到。
附图说明
本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解，其中：
图1是根据本发明实施例的KP1的系统演化关系及耐药谱信息，其中，耐药谱从内向外分别代表AK/ATM/CFP/CIP/CRO/ETP/GEN/IPM/LVX/SXT/TOB，其中每一个子叶节点代表一个样本，白色代表敏感，黑色代表耐药；
图2是根据本发明实施例的Group1的系统演化关系及耐药谱信息，其中，耐药谱从内向外分别代表AK/ATM/CFP/CIP/CRO/ETP/GEN/IPM/LVX/SXT/TOB，其中每一个子叶节点代表一个样本，白色代表敏感，黑色代表耐药；
图3是根据本发明实施例的确定肺炎克雷伯菌药敏表型的分析装置示意图；
图4是根据本发明实施例的用于指导用药的设备的示意图。
具体实施方式
下面详细描述本发明的实施例，所述实施例的示例在附图中示出，其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的，旨在用于解释本发明，而不能理解为对本发明的限制。
需要注意的是，本发明所使用的“SNP位点”是指与肺炎克雷伯菌基因组HS11286有差异的单核苷酸多态性位点。在本发明的第一方面，本发明提出了检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于确定肺炎克雷伯菌的药敏表型，其特征在于，所述SNP位点包括下列至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114位。发明人利用现有的2676株肺炎克雷伯菌的菌株基因组构建耐药系统演化关系，并根据药物的药敏表型实验，找到上述SNP位点，确定耐药信息集中分布菌株簇(Group1)和耐药信息分散分布菌株簇(Group0)的特定碱基类型，从而根据待测菌株的上述SNP位点碱基信息可以高效准确地确定待测菌株是否属于耐药菌株。两个Group特异的位点组合按照218514、4907417、5141114的顺序展示于表1。
表1
根据本发明的实施例，所述SNP位点进一步包括选自表2所列SNP位点的至少之一。例如，49614这个位点碱基为T时，100％为clade1；该位点碱基为C时，100％为clade2；该位点碱基为A时，100％为clade3。根据该位点的碱基情况，即可判定属于不同耐药簇的三个clade中的一个，其余25个位点依次类比。根据26个位点中任一位点的碱基情况，都可以100％地区分耐药簇。
表2
根据本发明的实施例，发明人针对2676株肺炎克雷伯菌的系统演化关系和药敏表型结果，找到3个位点组成的组合以区分有耐药关系的大簇(表1)。大簇分为耐药率高且耐药性样本集中分布的Group1和耐药率低且耐药性样本分散分布的Group0。
根据本发明的实施例，发明人进一步根据系统演化关系和药敏检测结果将Group1中的样本分为具耐药特征的3个分支clade1、clade2、clade3。基于此，从样本基因组中找到一些能够特异区分三个clade的SNP分子标记(表2)。
根据本发明的具体实施例，构建系统演化关系：本发明基于中国某医院耐药菌库自2013年到2018年间收集的2676株肺炎克雷伯菌中耐药性最强的进化分枝KP1样本。首先对所有样本进行全基因组测序，并进行SNP calling，根据得到的SNP矩阵构建其系统演化关系。菌株的耐药和敏感表型获取：对所有样本针对以下药物包括阿卡米星(AK)、氨曲南(ATM)、头孢哌酮(CFP)、环丙沙星(CIP)、头孢曲松(CRO)、厄他培南(ETP)、庆大霉素(GEN)、亚胺培南(IPM)、左氧氟沙星(LVX)、磺胺甲噁唑-甲氧苄啶(SXT)、妥布霉素(TOB)，共11种进行药敏表型实验，鉴定出菌株的耐药和敏感表型。结合样本的系统演化关系和耐药信息，筛选耐药特征明显的大簇，找到3个位点组成的组合以区分有耐药关系的大簇(表1)。大簇分为耐药信息集中分布的Group1和耐药率信息分散分布的Group0(附图1)。根据美国传染病协会(IDSA)的指南，如果某一菌种对某一种药物的耐药率高于20％，则该类药物不推荐用于治疗该菌种引起的疾病。基于该原则，可根据系统演化关系和药敏检测结果将Group1中的样本分为具耐药特征的3个分支clade1、clade2、clade3。基于此，从样本基因组中找到一些能够特异区分三个clade的SNP分子标记。筛选的方式是：基于SNP calling得到的SNPtable，通过python脚本筛选出能够严格区分三个clade的特异位点。例如，该位点在clade1中100％为某一碱基，在clade2上100％为另一碱基，在clade3中100％为另一碱基。发明人一共筛选出了26个重要SNP位点，组成我们的SNP分子标记，用于区分耐药簇(附图2)。3个分支特异SNP maker的鉴定：遍历Group1中所有样本的全基因组SNP位点，筛选出每个clade能够特异区分于其他两个clade的标志性位点。即在该位点上，clade1中的样本100％为某个碱基，在clade2上100％为另一碱基，在clade3中100％为另一碱基。
在本发明的第二方面，本发明提出了一种确定肺炎克雷伯菌药敏表型的方法，其特征在于，包括：(1)确定预定SNP位点的碱基类型，其中，所述预定SNP位点包括选自下列的至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114；和(2)基于所述碱基类型，确定待测菌株的药敏表型。根据本发明实施例的方法可以快速有效鉴定待测肺炎克雷伯菌的菌株是否属于耐药菌株，进而可以对所述菌株做进一步分析研究或者做出更为精准的用药方案。
根据本发明的实施例，利用本发明的方法可以进行药物筛选，例如，利用本发明的方法确定菌株的耐药性及其对某种类型抗生素的耐药率，基于微生物对特定类型抗生素的耐药机理，预判某种待检测新药是否对肺炎克雷伯菌的特定菌株有效。
根据本发明的实施例，当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T A T时，为所述待测菌株具有耐药性的指示。
根据本发明的实施例，当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C C C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示。
根据本发明的实施例，当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T C C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示。
根据本发明的实施例，当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C C T时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示。
根据本发明的实施例，当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C AC时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示。
根据本发明的实施例，当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次T C T时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示。
根据本发明的实施例，当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C AT时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示。
根据本发明的实施例，当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T AC时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示。
根据本发明的实施例，当按照上述标准判定所述待测菌株具有耐药性时，其分类为Group1，当按照上述标准判定所述待测菌株不具有耐药性时，其分类为Group0。
根据本发明的实施例，Group0耐药率相对较低且耐药性样本在系统演化关系中分布散乱，当待测菌株判定为Group0时，可以进行传统药敏实验以确定其耐药性。
根据本发明的实施例，当待测菌株判定为Group1时，可以进一步根据表2所示SNP位点的碱基类型进一步确定其进化分支(clade1、clade2、clade3)。根据本发明的实施例，当所述49614位点的碱基为T时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为A时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，利用表2中的任一位点或任意位点组合，均可以判断待检测样本的进化分支归属，判定其为clade1、clade2或clade3，发明人通过大量的研究发现，4839205位点最为精确灵敏，可以准确区分待检测样本的进化分支，进而判断其耐药属性。当所述4839205位点的碱基为T时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为A时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述155494位点的碱基为A时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述283083位点的碱基为T时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为G时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述449376位点的碱基为T时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为G时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述495369位点的碱基为A时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述573182位点的碱基为T时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为A时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述573299位点的碱基为G时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述577551位点的碱基为A时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述775891位点的碱基为C时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为G时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为A时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述1075460位点的碱基为A时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为G时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述1116497位点的碱基为T时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为A时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述1177312位点的碱基为T时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为G时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述1222291位点的碱基为C时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为G时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述1284861位点的碱基为T时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为A时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为G时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述1580566位点的碱基为A时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为G时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述1662442位点的碱基为C时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为A时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述2055657位点的碱基为C时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为G时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述3989835位点的碱基为G时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为A时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述4088637位点的碱基为G时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为A时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述4150905位点的碱基为G时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述4494702位点的碱基为G时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为A时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述5101801位点的碱基为G时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为A时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述5123449位点的碱基为C时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为G时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述5128843位点的碱基为C时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为G时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为A时，该菌株样本归类到clade3。
根据本发明的实施例，当所述5154735位点的碱基为A时，该菌株样本归类到clade1；当该位点碱基为T时，该菌株样本归类到clade2；当该位点碱基为C时，该菌株样本归类到clade3。
需要注意的是，发明人在构建分类时，根据系统演化关系和药敏检测结果将Group1中的样本分为具耐药特征的3个分支clade1、clade2、clade3，表2所示SNP位点及其对应的碱基为区分三个分支特异性的SNP分子标记。
根据本发明的实施例，在步骤(2)后，进一步包括基于表2对所述待测菌株进行耐药率判断。根据clade的分类可以判定该待测菌株针对11种药物的耐药情况，如表3所示。
表3：每个clade针对每种药的耐药率
根据本发明的实施例，分类为clade1的菌株耐药率较高，平均耐药率约为85％，分类为clade2的菌株耐药率较低，平均耐药率约为5％，分类为clade3的菌株耐药率次高，平均耐药率约为60％。具体每种药物的耐药率仍需依据表三逐一判别。在本发明的第三方面，本发明提出了一种试剂盒，所述试剂盒用于确定肺炎克雷伯菌的药敏表型，其特征在于，包括引物和/或探针，其中，所述探针和/或引物用于识别和/或扩增下列SNP位点至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114位。根据本发明的实施例，使用试剂盒等获得待测菌株上述的SNP位点，即可区分待测菌株所在的分支，并可通过分类判定其耐药情况。
根据本发明的实施例，所述试剂盒进一步包括可以识别表2所列SNP位点至少之一的探针。
根据本发明的实施例，上述探针还可以进一步包括荧光基团，特异性探针与特定的SNP位点结合可发出荧光，进而确定待测菌株的上述SNP位点的碱基类型，从而判断其耐药信息。上述探针还可以用于目标捕获测序，特异性获取待测菌株上述SNP位点的序列信息，进而判断待测菌株的耐药信息。
根据本发明的实施例，所述试剂盒进一步包括可以扩增表2所列SNP位点至少之一的引物。所述引物可以特异性扩增所述SNP位点，利用测序技术获取其序列信息，进而判断待测菌株的耐药信息。
需要注意的是，本发明所提到的“测序”或“测序技术”指获得核酸序列的方法，并不受特别限制，可以为sanger测序、高通量测序、二代测序、单分子测序等。
在本发明的第四方面，本发明提出了一种用于确定肺炎克雷伯菌药敏表型的分析装置。根据本发明的实施例，如图3所述，所述分析装置包括：
SNP位点确定单元100，确定预定SNP位点的碱基类型，其中，所述预定SNP位点包括选自下列的至少之一：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位、第5141114；和药敏表型确定单元200，所述药敏表型确定单元200和所述SNP位点确定单元100相连，基于所述碱基类型，确定所述待测菌株的药敏表型。
根据本发明的实施例，如图3所示，所述装置进一步包括：耐药率确定单元300，基于表2对所述待测菌株进行耐药率判断。
根据本发明的实施例，所述分析装置依据本发明第二方面所提出的方法进行设计，其生物学原理与本发明第二方面所提出的方法相同，在此不再赘述。
在本发明的第五方面，本发明提出了一种用于指导用药的设备，所述设备用于确定治疗肺炎克雷伯菌相关疾病的药物。根据本发明的实施例，如图4所示，所述设备包括：在本发明第四方面所提出的分析装置1000；以及药物确定装置2000，所述药物确定装置2000与所述分析装置1000相连，所述药物确定装置基于所述分析装置的结果，确定用于治疗肺炎克雷伯菌的药物。
下面参考具体实施例，对本发明进行描述，需要说明的是，这些实施例仅仅是描述性的，而不以任何方式限制本发明。
实施例
(1)在获得待测肺炎克雷伯菌样本后，对其进行全基因组测序，并以肺炎克雷伯菌基因组HS11286(Genebank Accession:NC_016845)为参考进行SNP calling。
(2)根据SNP calling的结果，基于参考序列HS11286的3个位点(218514、4907417、5141114)，可以区分耐药率高且耐药性样本集中分布的Group1和耐药率低且耐药性样本分散分布的Group0，两个Group特异的位点组合按照218514、4907417、5141114的顺序展示于表1。基于表1中位点顺序(218514、4907417、5141114)的位点组合，可区分Group1和Group0。例如：若当该样本的基因组在位点218514、4907417、5141114上依次为T、A、T则可将该样本归类于Group1。因为Group0耐药率相对较低且耐药性样本在系统演化关系中分布散乱，所以建议对分类为Group0的样本进行传统药敏实验以确定其耐药性。分类为Group1的样本则可继续根据SNP分子标记进行分类。
(3)在Group1的样本中，基于参考序列HS11286上的以下位点，可以将Group1分为3个clade。如表2所示。例如：若已判定为Group1的样本在位点49614上为“T”或者符合表2中其他clade1的特异SNP分子标记情况，则可以将该样本归类到clade1。Clade2和clade3的分类方法以此类推。
(4)根据clade的分类可以判定该样本针对11种药物的耐药情况。样本耐药情况统计于表3。
根据美国传染病协会(IDSA)的指南，若某一抗生素对某一菌种的耐药率大于20％，则该类抗生素不能用于治疗由该菌种引起的疾病。基于1064个样本的统计结果，clade1的菌株耐药率较高，平均耐药率约为85％，分类为clade2的菌株耐药率较低，平均耐药率约为5％，分类为clade3的菌株耐药率次高，平均耐药率约为60％。
根据应用场景，若需要对某一种药进行耐药率判定，则可基于表3进一步分析。例如：对于AK(阿米卡星)，clade2和3的耐药率较低，归为敏感性，clade1作为耐药谱显示的耐药程度最高的clade来说，其耐药率相对其他药来说也偏低；对于ATM(氨曲南)，只有clade2较为敏感，clade3已经超过耐药阈值归为耐药，clade1耐药率超过90％，耐药率极高；对于SXT(磺胺甲噁唑-甲氧苄啶)，clade2依然显示敏感，clade1和clade3均显示一定程度的耐药。
在本说明书的描述中，参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不必须针对的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。此外，在不相互矛盾的情况下，本领域的技术人员可以将本说明书中描述的不同实施例或示例以及不同实施例或示例的特征进行结合和组合。
尽管上面已经示出和描述了本发明的实施例，可以理解的是，上述实施例是示例性的，不能理解为对本发明的限制，本领域的普通技术人员在本发明的范围内可以对上述实施例进行变化、修改、替换和变型。

Claims (8)

1.检测SNP位点的试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于确定肺炎克雷伯菌的药敏表型，其特征在于，所述SNP位点包括下列：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位和第5141114位，
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T A T时，为所述待测菌株具有耐药性的指示，
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C C C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T C C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C C T时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C A C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次T C T时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C A T时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T A C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示。
2.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，所述SNP位点进一步包括选自表2所列SNP位点的至少之一；
表2
。
3.一种非疾病诊断用途的确定肺炎克雷伯菌药敏表型的方法，其特征在于，包括：
(1)确定预定SNP位点的碱基类型，其中，所述预定SNP位点包括下列：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位和第5141114位；和
(2)基于所述碱基类型，确定待测菌株的药敏表型；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T A T时，为所述待测菌株具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C C C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T C C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C C T时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C A C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次T C T时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C A T时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T A C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述SNP位点进一步包括选自表2所列SNP位点的至少之一；
表2
。
5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，在步骤(2)后，进一步包括基于表2对所述待测菌株进行耐药率判断；
表2
。
6.一种用于确定肺炎克雷伯菌药敏表型的分析装置，其特征在于，包括：
SNP位点确定单元，确定预定SNP位点的碱基类型，其中，所述预定SNP位点包括下列：以肺炎克雷伯菌基因组HS11286为参考基因组，第218514位、第4907417位和第5141114位；
药敏表型确定单元，基于所述碱基类型，确定所述待测菌株的药敏表型；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T A T时，为所述待测菌株具有耐药性的指示,
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C C C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T C C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C C T时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C A C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次T C T时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为C A T时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示；
当所述218514、4907417、5141114位点的碱基依次为T A C时，为所述待测菌株不具有耐药性的指示。
7.根据权利要求6所述的装置，其特征在于，进一步包括：
耐药率确定单元，基于表2对所述待测菌株进行耐药率判断；
表2
。
8.一种用于指导用药的设备，所述设备用于确定治疗肺炎克雷伯菌相关疾病的药物，其特征在于，包括：
权利要求6或7所述的分析装置；以及
药物确定装置，所述药物确定装置基于所述分析装置的结果，确定用于治疗肺炎克雷伯菌的药物。
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