CN113905749A - 用于治疗免疫检查点抑制剂相关结肠炎的方法和组合物 - Google Patents

Abstract

本文描述了用于治疗对象的免疫检查点抑制剂(ICI)相关结肠炎的方法和组合物，包括向对象施用来自健康捐献者的粪便。本公开的另外方面涉及治疗对象的免疫检查点抑制剂(ICI)相关结肠炎的方法，包括向对象施用包含至少一种分离的或纯化的细菌群体的组合物，所述细菌属于埃希菌属、阿克曼菌属、拟杆菌属、毛螺菌属、布劳特氏菌属、泰泽氏菌属、双歧杆菌属、链球菌属、柯林斯菌属和纺锤链杆菌属中的一种或多于一种。

Description

用于治疗免疫检查点抑制剂相关结肠炎的方法和组合物

相关申请交叉引用

本申请要求2019年1月16日提交的美国临时专利申请第62/793085号的优先权，其全部内容通过整体引用并入本文。

政府支持声明

本发明是在美国国立卫生研究院授予的编号CA219896和HL124112的政府支持下完成的。政府对本发明享有一定的权利。

发明背景

1.技术领域

本发明涉及分子生物学和医学领域。

2.背景技术

免疫治疗已经改变了肿瘤学领域，提高了多种癌症类型患者的长期生存率。用ICI靶向细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(CTLA-4)、程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)和程序性细胞死亡配体1(PD-L1)的治疗与部分患者中增强的T细胞活化和有效的抗肿瘤免疫反应相关，但治疗可能与某些患者中严重免疫相关不良反应(irAE)相关。最常见的毒性之一是ICI相关结肠炎。这可能非常严重，并且与包括炎症性肠病(IBD)的自身免疫病理生理学相关的结肠炎非常相似。ICI相关结肠炎通常用免疫抑制疗法进行治疗，免疫抑制治疗包括皮质类固醇和/或靶向肿瘤坏死因子-α(TNF-α)的药物，所有这些都有显著的副作用。关于ICI诱导性结肠炎最佳管理的建议仍在发展。本领域中需要更有效的治疗和/或减少ICI相关结肠炎副作用的治疗。

发明内容

本文描述了用于治疗对象的免疫检查点抑制剂(ICI)相关结肠炎的方法和组合物，包括向对象施用来自健康供体的粪便。

本公开的另外方面涉及治疗对象的免疫检查点抑制剂(ICI)相关结肠炎的方法，该方法包括向对象施用包含至少一种分离的或纯化的细菌群体的组合物，所述细菌属于埃希菌属、阿克曼菌属、拟杆菌属、毛螺菌属、布劳特氏菌属、泰泽氏菌属(Tyzzerella)、双歧杆菌属、链球菌属、柯林斯菌属(Colinsella)和纺锤链杆菌属(Fusicatenibacter)中的一种或多于一种。

在一些实施方案中，组合物包含至少一种分离的或纯化的细菌群体，细菌属于阿克曼菌属、布劳特氏菌属、双歧杆菌属、拟杆菌属和埃希菌属中的一种或多于一种。在一些实施例中，埃希菌属包含埃希菌属志贺氏菌(Escherichia shigella)。

在一些实施方案中，ICI相关结肠炎包括难治性ICI相关结肠炎。在一些实施方案中，对象已接受抗CTLA-4单一治疗。在一些实施方案中，对象已接受抗PD-1单一治疗。在一些实施方案中，对象已接受抗CTLA-4和抗PD-1联合治疗。在一些实施方案中，结肠炎被归类为2级或更高。在一些实施方案中，对象已接受了ICI相关结肠炎的先前治疗。在一些实施方案中，已确定对象对先前治疗无反应。在一些实施方案中，先前治疗包括类固醇、皮质类固醇、抗TNF-α疗法、抗整合素疗法、英夫利昔单抗、美沙拉嗪和维多珠单抗中的一种或多于一种。在一些实施方案中，类固醇包括甲泼尼龙或泼尼松龙。

在一些实施方案中，已确定对象对静脉注射甲泼尼龙140毫克/天至少5天无反应。在一些实施方案中，已确定对象对静脉注射甲泼尼龙至少或至多50毫克/天、75毫克/天、100毫克/天、110毫克/天、120毫克/天、130毫克/天、140毫克/天、150毫克/天、160毫克/天、170毫克/天、180毫克/天、190毫克/天、200毫克/天、210毫克/天、220毫克/天、230毫克/天、240毫克/天、250毫克/天、260毫克/天、270毫克/天、280毫克/天、290毫克/天、300毫克/天、325毫克/天、350毫克/天、375毫克/天或400毫克/天(或任何可从其中推导出的范围)至少或至多1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天或21天(或任何可从其中推导出的范围)无反应。

在一些实施方案中，已确定对象对至少一剂5mg/kg的英夫利昔单抗无反应或进一步无反应。在一些实施方案中，已确定对象对至少1剂、2剂、3剂、4剂、5剂或6剂(或任何可从其中推导出的范围)每剂至少1mg/kg、2mg/kg、3mg/kg、4mg/kg、5mg/kg、6mg/kg、7mg/kg、8mg/kg、9mg/kg、10mg/kg、11mg/kg、12mg/kg、13mg/kg、14mg/kg、15mg/kg、16mg/kg、17mg/kg、18mg/kg、19mg/kg、20mg/kg、22mg/kg、24mg/kg、26mg/kg、28mg/kg、30mg/kg、32mg/kg、34mg/kg、36mg/kg、38mg/kg或40mg/kg(或任何可从其中推导出的范围)的英夫利昔单抗无反应或进一步无反应。在一些实施方案中，已确定对象对10mg/kg剂量的英夫利昔单抗无反应或进一步无反应。

在一些实施方案中，已确定对象对静脉注射甲泼尼龙110毫克/天至少2天无反应或进一步无反应。在一些实施方案中，已确定对象对静脉注射甲泼尼龙至少25毫克/天、50毫克/天、60毫克/天、70毫克/天、80毫克/天、90毫克/天、100毫克/天、110毫克/天、120毫克/天、130毫克/天或140毫克/天(或任何可从其中推导出的范围)至少1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天或21天(或任何可从其中推导出的范围)无反应或进一步无反应。

在一些实施方案中，方法包括施用至少2剂粪便。在一些实施方案中，方法包括施用至少2剂、3剂、4剂、5剂、6剂、7剂或8剂(或任何可从其中推导出的范围)粪便。在一些实施方案中，两次施用至少相隔30天。在一些实施方案中，两次施用至少相隔2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、31天、32天、33天、34天、35天、36天、37天、38天、39天、40天、41天、42天、43天、44天、45天、46天、47天、48天、49天、50天、51天、52天、53天、54天、55天、56天、57天、58天、59天、60天、61天、62天、63天、64天、65天、66天、67天、68天、69天、70天、71天、72天、73天、74天、75天、76天、77天、78天、79天、80天、81天、82天、83天、84天、85天、86天、87天、88天、89天、90天、91天、92天、93天、94天、95天、96天、97天、98天、99天、100天、110天、120天、130天、140天、150天、160天、170天、180天、190天或200天(或任何可从其中推导出的范围)。

在一些实施方案中，施用包括结肠内施用。在一些实施方案中，施用包括结肠内施用至盲肠。在一些实施方案中，方法还包括施用一种或多于一种治疗。在一些实施方案中，一种或多于一种治疗包括皮质类固醇、抗TNF-α疗法、抗整合素疗法、英夫利昔单抗、美沙拉嗪和维多珠单抗中的一种或多于一种。在一些实施方案中，方法不包括在粪便施用后至多30天后的一种或多于一种另外的治疗。在一些实施方案中，方法不包括在粪便施用后至多10天、15天、20天、25天、30天、35天、40天、45天、50天、55天、60天、65天、70天、75天、80天、85天、90天、95天或100天(或任何可从其中推导出的范围)后的一种或多于一种另外的治疗。在一些实施方案中，方法不包括在粪便施用后30天后施用类固醇。在一些实施方案中，方法不包括在粪便施用后30天后施用类固醇。在一些实施方案中，方法不包括在粪便施用后至多10天、15天、20天、25天、30天、35天、40天、45天、50天、55天、60天、65天、70天、75天、80天、85天、90天、95天或100天(或任何可从其中推导出的范围)后施用类固醇。

在一些实施方案中，健康供体没有癌症或先前没有接受过癌症治疗。在一些实施方案中，健康供体没有结肠炎。在一些实施方案中，对象已诊断出难治性癌症。在一些实施方案中，在施用粪便之前对对象施用免疫检查点抑制剂治疗。在一些实施方案中，对象目前正在接受免疫检查点抑制剂治疗方案。在一些实施方案中，在施用粪便后对对象施用免疫检查点抑制剂治疗。在一些实施方案中，免疫检查点治疗和粪便的施用发生在7天内。在一些实施方案中，免疫检查点治疗和粪便的施用发生在1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、31天、32天、33天、34天、35天、36天、37天、38天、39天、40天、41天、42天、43天、44天、45天、46天、47天、48天、49天、50天、51天、52天、53天、54天、55天、56天、57天、58天、59天、60天、61天、62天、63天、64天、65天、66天、67天、68天、69天、70天、71天、72天、73天、74天、75天、76天、77天、78天、79天、80天、81天、82天、83天、84天、85天、86天、87天、88天、89天、90天、91天、92天、93天、94天、95天、96天、97天、98天、99天或100天(或任何可从其中推导出的范围)内。

在一些实施方案中，粪便以50g的剂量施用。在一些实施方案中，粪便以至少、至多或恰好10g、15g、20g、25g、30g、35g、40g、45g、50g、55g、60g、65g、70g、75g、80g、85g、90g、95g、100g、110g、120g、130g、140g、150g、160g、170g、180g、190g、200g、210g、220g、230g、240g、250g、260g、270g、280g、290g、300g、325g、350g、375g或400g(或任何可从其中推导出的范围)的剂量施用。

在另一方面中，本公开涉及包含至少一种、至少两种或至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少15种或至少20种(或任何可从其中推导出的范围)粪便拟杆菌、粪拟杆菌、肠道拟杆菌、小杆菌、脆弱拟杆菌、吸血弧菌、泰泽氏菌、粪便拟杆菌、Flavonifractor plautii、Dielma fastidiosa、嗜黏蛋白阿克曼菌、罗氏乳杆菌、脆弱拟杆菌、普氏菌、Prevotella shahii Firmicutes、梭菌目、瘤胃球菌科、Alistipes indistinctus、Bacteroides stercorirosoris、Clostridiumlactatifermentans orus、Abyssivirga alkaniphila、Acetatifactor muris、解纤维素醋弧菌、产乙醇醋弧菌、Acholeplasma vituli、德莱无色杆菌(Achromobacter deleyi)、Acidovorax radices、产液阿德勒克罗伊茨菌、嗜黏蛋白阿克曼菌、Alistipesindistinctus、Alistipes obesi、Alistipes putredinis、Alistipes senegalensis、Alistipes timonensis、糖发酵碱杆菌(Alkalibacter saccharofermentans)、巴基碱杆菌(Alkalibaculum bacchi)、粪异芽孢杆菌(Allobaculum stercoricanis)、Anaerobacterium chartisolvens、纤维素厌氧菌(Anaerocolumna cellulosilytica)、运动性厌氧杆菌、Anaerotaenia torta、大肠厌氧菌(Anaerotruncus colihominis)、红斑厌氧菌(Anaerotruncus rubiinfantis)、Anaerovorax odorimutans、产酸拟杆菌、盲肠类杆菌、多氏拟杆菌、Bacteroides faecichinchillae、啮齿类拟杆菌、Bacteroidesstercorirosoris、解木聚糖拟杆菌、肠道巴恩斯氏菌、Beduini massiliensis、假长双歧杆菌、Blautia luti、Breznakia blatticola、Breznakia pachnodae、Butyricicoccuspullicaecorum、穗状丁酸弧菌、香港触酶杆菌(Catabacter hongkongensis)、Christensenella massiliensis、小克里斯滕森氏菌、Christensenella timonensis、耐气梭状芽胞杆菌、阿尔登梭菌(Clostridium aldenense)、碱性纤维素梭菌、天冬酰胺梭菌(Clostridium asparagiforme)、速生梭菌、产纤维二糖梭菌、解纤维梭菌、明黄梭菌、耳蜗形梭菌、鹑梭状芽胞杆菌、Clostridium hylemonae、吲哚梭菌、Clostridium jejuense、乳酸发酵梭菌、薰衣草梭菌、甲基戊糖梭菌、口腔梭菌、Clostridium oryzae、溶纸梭菌、解多糖梭菌、波氏梭菌、解糖梭菌、Clostridium saudiense、闪烁梭菌、溶草梭菌、绿色梭菌、解木聚糖梭菌、Coprobacter secundus、灵巧粪球菌、Culturomica massiliensis、嗜糖废水杆菌、黑枝杆菌(Desulfitobacterium hafniense)、金属还原脱硫杆菌、Desulfosporosinus orientis、脱硫弧菌、简单脱硫弧菌、Dorea formicigenerans、Eisenbergiella massiliensis、Emergencia timonensis、海氏肠球菌、Enterorhabdusmucosicola、鼠肠杆菌(Enterorhabdus muris)、多枝梭菌、Erysipelothrix larvae、弗格森埃希菌、产粪甾醇真杆菌、长下颌真杆菌、反刍真杆菌、惰性真杆菌、多曲真杆菌、凸腹真杆菌、Faecalibaculum rodentium、Flavimarina pacifica、Flavonifractor plautii、弗林氏丁酸杆菌、粪人钩吻杆菌、耐高温纤细杆菌、Harryflintia acetispora、Holdemaniamassiliensis、噬糖厌氧产氢杆菌(Hydrogenoanaerobacterium saccharovorans)、Ihubacter massiliensis、产丁酸肠杆菌(Intestinimonas butyriciproducens)、鼠不规则杆菌(Irregularibacter muris)、Lachnoclostridium pacaense、动物乳杆菌、粪乳杆菌、格氏乳杆菌、人乳杆菌、肠乳杆菌、约氏乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、罗氏乳杆菌(Lactobacillus rogosae)、台湾乳杆菌、胞内劳森菌、鼠长杆菌、Marvinbryantiaformatexigens、Millionella massiliensis、Mucispirillum schaedleri、肠鼠杆菌、Murimonas intestin、Natranaerovirga pectinivora、Neglecta timonensis、内脏臭气杆菌、茂盛欧尔森氏菌、反刍口腔杆菌、缬草杆菌、肉桂乳杆菌、金氏副拟杆菌、香港拟杆菌(Paraeggerthella hongkongensis)、Parasutterella excrementihominis、Parvibactercaecicola、黑色消化球菌、Phocea massiliensis、卡托尼亚卟啉单胞菌、口腔普氏菌、粪普雷沃氏菌、Prevotellamassilia timonensis、瘤胃假丁酸弧菌、Pseudoflavonifractorcapillosus、Pseudoflavonifractor phocaeensis、Raoultibacter timonensis、Rhizobium straminoryzae、粪罗斯拜瑞氏菌、人罗斯拜瑞氏菌、肠道罗斯拜瑞氏菌、Ruminiclostridium thermocellum、查帕西斯瘤胃球菌、粪便瘤胃球菌、生黄瘤胃球菌、活泼瘤胃球菌、Ruthenibacterium lactatiformans、京畿鞘氨醇单胞菌(Sphingomonaskyeonggiensis)、Spiroplasma velocicrescens、白蚁孢杆菌、长口杆菌、少酸链球菌、丹尼尔链球菌、沃氏共养单胞菌、台湾温单胞菌、加利福尼亚丁达尔氏菌、Tindalliatexcoconensis、血尿杆菌(Turicibacter sanguinis)、鼠伤寒杆菌、纳西利斯泰泽菌(Tyzzerella nexilis)、Vallitalea pronyensis和/或噬小球藻吸血弧菌的分离的或纯化的群体的组合物。

在一些实施方案中，癌症是皮肤癌。在一些实施方案中，癌症是基底细胞皮肤癌、鳞状细胞皮肤癌、黑色素瘤、隆凸性皮肤纤维肉瘤、梅克尔细胞癌、卡波西肉瘤、角化棘皮瘤、梭形细胞瘤、皮脂腺癌、微囊肿性附属器癌、乳腺佩吉特病、非典型纤维黄瘤、平滑肌肉瘤或血管肉瘤。在一些实施方案中，癌症是黑色素瘤。在一些实施方案中，黑色素瘤是转移性黑色素瘤、恶性雀斑样痣、恶性雀斑样痣黑色素瘤、浅表扩散性黑色素瘤、结节性黑色素瘤、肢端雀斑样痣黑色素瘤、皮肤黑色素瘤或结缔组织增生性黑色素瘤。在一些实施方案中，癌症包括皮肤黑色素瘤。

在一些实施方案中，癌症包括复发性癌症。在一些实施方案中，癌症包括复发性转移癌。在一些实施方案中，癌症包括原发肿瘤区域中癌症的复发。在一些实施方案中，癌症包括转移癌。在一些实施方案中，癌症包括III期或IV期癌症。在一些实施方案中，癌症包括I期或II期癌症。在一些实施方案中，癌症不包括I期或II期癌症。

在一些实施方案中，方法进一步包括施用至少一种另外的抗癌治疗。在一些实施方案中，至少一种另外的抗癌治疗是手术治疗、化学治疗、放射治疗、激素治疗、免疫治疗、小分子治疗、受体激酶抑制剂治疗、抗血管生成治疗、细胞因子治疗、冷冻治疗或生物治疗。在一些实施方案中，另外的抗癌治疗包括本文所述的癌症治疗。

在一些实施方案中，治疗、微生物组合物或粪便通过瘤内、动脉内、静脉内、血管内、胸膜内、腹膜内、气管内、鞘内、肌内、内窥镜下、病灶内、经皮、皮下、局部、立体定向、口服或通过直接注射或灌注施用。在一些实施方案中，施用的途径是本文所述的途径。

在一些实施方案中，施用粪便或微生物组合物降低CD8+T细胞密度或CD8+细胞毒性T淋巴细胞。在一些实施方案中，施用粪便或微生物组合物降低至少2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％或70％(或任何可从其中推导出的范围)的CD8+T细胞密度或CD8+细胞毒性T淋巴细胞。在一些实施方案中，施用粪便或微生物组合物增加CD4+FoxP3+。在一些实施方案中，施用粪便或微生物组合物增加至少2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％或70％(或任何可从其中推导出的范围)的CD4+FoxP3+。

在一些实施方案中，纯化的细菌群体包含来自至少两个属或种的细菌，并且其中两种细菌的比例为1：1。在一些实施方案中，纯化的细菌群体包含来自至少、至多或恰好1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、14个、16个、20个、30个、40个或50个(或任何可从其中推导出的范围)不同的科、属或种的细菌。在一些实施方案中，组合物中存在的一个科、属或种的细菌与另一科、属或种的细菌比率至少、至多或恰好为1：1、1：2、1：3、1：4、1：5、1：6、1：7、1：8、1：9、1：10、1：20、1：25、1：30、1：35、1：40、1：45、1：50、1：55、1：60、1：65、1：70、1：75、1：80、1：85、1：90、1：95、1：100、1：150、1：200、1：250、1：300、1：350、1：400、1：450、1：500、1：600、1：700、1：800、1：900、1：1000、1：1500、1：2000、1：2500、1：3000、1：3500、1：4000、1：4500、1：5000、1：1550、1：6000、1：6500、1：7000、1：7500、1：8000、1：8500、1：9000、1：9500、1：10000、1：1200、1：14000、1：16000、1：18000、1：20000、1：30000、1：40000、1：60000、1：70000、1：80000、1：90000或1：100000(或任何可从其中推导出的范围)。

在一些实施方案中，组合物提供至少、至多或恰好1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20的α多样性。计算α多样性的方法是本领域已知的。例如，可以使用逆辛普森指数估计样本的分类α多样性。在一些实施方案中，组合物以有效量施用。在一些实施方案中，有效量包括在对象中提供至少、至多或恰好1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20(或任何可从其中推导出的范围)的α多样性的量。

在一些实施方案中，属于埃希菌、阿克曼菌、拟杆菌、毛螺菌、布劳特氏菌、泰泽氏菌、双歧杆菌、链球菌、柯林斯菌和/或纺锤链杆菌属或种的细菌以至少、至多或恰好1x10³、1x10⁴、1x10⁵、1x10⁶、1x10⁷、1x10⁸、1x10⁹、1x10¹⁰、1x10¹¹、1x10¹²、1x10¹³、1x10¹⁴、1x10¹⁵或1x10¹⁶个细胞或CFU(或任何可从其中推导出的范围)的量施用。在一些实施方案中，施用的细菌总量至少、至多或恰好是1x10³、1x10⁴、1x10⁵、1x10⁶、1x10⁷、1x10⁸、1x10⁹、1x10¹⁰、1x10¹¹、1x10¹²、1x10¹³、1x10¹⁴、1x10¹⁵或1x10¹⁶个细胞或CFU(或任何可从其中推导出的范围)。在一些实施方案中，特定数量的细菌，例如特定种的细菌的量可以是至少、至多或恰好1x10³、1x10⁴、1x10⁵、1x10⁶、1x10⁷、1x10⁸、1x10⁹、1x10¹⁰、1x10¹¹、1x10¹²、1x10¹³、1x10¹⁴、1x10¹⁵或1x10¹⁶个细胞或CFU(或任何可从其中推导出的范围)。在一些实施方案中，组合物可含有至少、至多、或恰好1x10³、1x10⁴、1x10⁵、1x10⁶、1x10⁷、1x10⁸、1x10⁹、1x10¹⁰、1x10¹¹、1x10¹²、1x10¹³、1x10¹⁴、1x10¹⁵或1x10¹⁶个细胞或CFU(或任何可从其中推导出的范围)的来自本文所述门、科、属或种的细菌。在一些实施方案中，组合物可包含少于至少、至多或恰好1x10⁶、1x10⁵、1x10⁴、1x10³或1x10²个细胞或CFU(或任何可从其中推导出的范围)的来自本文所述门、科、属或种的细菌。

在一些实施方案中，方法还包括施用抗生素。在一些实施方案中，抗生素可以是广谱抗生素。在一些实施方案中，施用至少1种、2种、3种、4种或5种抗生素的混合物。在一些实施方案中，抗生素包括氨苄青霉素、链霉素和粘菌素，以及它们的组合。在一些实施方案中，在包含至少一种分离的或纯化的细菌群体的组合物之前施用抗生素。在一些实施方案中，抗生素与包含至少一种分离的或纯化的细菌群体的组合物同时施用。在一些实施方案中，在微生物组合物之前或之后至少或至多1小时、2小时、3小时、4小时、5小时、6小时、7小时、8小时、9小时、10小时、12小时或24小时或1天、2天、3天、4天、5天或6天或1周、2周、3周、4周、5周或6周(或任何可从其中推导出的范围)施用抗生素。

本公开的组合物可排除本文所述的一种或多于一种细菌属或种，或可包含少于1x10⁶、1x10⁵、1x10⁴、1x10³或1x10²个细胞或CFU(或任何可从其中推导出的范围)的本文所述的一种或多于一种细菌。

在一些实施方案中，每个细菌群体以至少10^3CFU的浓度存在于组合物中。在一些实施方案中，组合物是活细菌产品或活生物治疗产品。在一些实施方案中，本公开的组合物，例如包含微生物群体或粪便的组合物被冻干、冷冻干燥或冷冻。在一些实施方案中，组合物被配制用于口服递送。在一些实施方案中，配制用于口服递送的组合物是片剂或胶囊。在一些实施方案中，片剂或胶囊包含耐酸肠溶包衣。在一些实施方案中，组合物被配制通过结肠镜、经鼻胃管乙状结肠镜或灌肠用于直肠施用。在一些实施方案中，组合物能够重新配制以用于最终递送，包括液体、悬浮液、凝胶、凝胶片、半固体、片剂、小药囊、锭剂、胶囊，或作为肠内制剂。在一些实施方案中，组合物被配制为用于多次施用。在一些实施方案中，组合物还包含药学上可接受的赋形剂。

如本文所用，术语“或”和“和/或”用于描述多个组分相互组合或排斥。例如，“x、y和/或z”可以指单独“x”、单独“y”、单独“z”、“x、y和z”、“(x和y)或z”、“x或(y和z)”或“x或y或z”。特别地可以预期，x、y或z可以从实施方案中具体排除。

在整个说明书中，术语“约”根据其在细胞和分子生物学领域中的平常和普通含义使用，以表示数值包括用于确定该数值的装置或方法的误差的标准偏差。

术语“包含”与“包括”、“含有”或“特征在于”同义，是包含性的或开放式的，并且不排除其他的、未叙述的要素或方法步骤。短语“由......组成”不包括未指定的任何元素、步骤或成分。短语“基本上由......组成”将所描述的主题的范围限制为指定的材料或步骤，和不实质影响其基本和新颖特征的材料或步骤。可以设想，在术语“包含”的上下文中描述的实施方案也可以在术语“由......组成”或“基本上由......组成”的上下文中实现。

特别考虑到的是，关于本发明的一个实施方案讨论的任何限制可以适用于本发明的任何其他实施方案。此外，本发明的任何组合物可用于本发明的任何方法，并且本发明的任何方法可用于制备或利用本发明的任何组合物。在实施例中阐述的实施方案的方面也是可以在不同实施例中的其他地方或本申请的其他地方讨论的实施方案的上下文中可以实施的，例如在发明内容、具体实施方式、权利要求和附图说明中。

通过以下详细描述，本发明的其他目的、特征和优点将变得显而易见。然而，应该理解，虽然详细说明和具体实施例指示了本发明的优选实施方式，其仅以示例的方式给出，因为在本发明的精神和范围内的各种改变和修改对于本领域技术人员通过该详细描述将是显而易见的。

附图说明

以下附图构成了本说明书的一部分，并且被包括在本说明书内以进一步说明本发明的一些方面。通过参考这些附图中的一个或多于一个，结合在本文呈现的具体实施方案的详细描述，可以更好地理解本发明。

图1A-F。整个临床过程中结肠黏膜浸润的内窥镜变化和特征。患者1。a.全结肠镜检查评估结肠黏膜的变化。临近诊断时(第1行)，存在多个大溃疡和弥漫性炎症渗出物(仅在结肠的远端40cm，且近端结肠外观正常)，并且使用类固醇和生物免疫抑制剂(类固醇+两剂英夫利昔单抗+一剂维多珠单抗)治疗数月后仍然存在(第2行)。FMT后大约1个月(第3行)，结肠黏膜显示出大体正常的血管系统、轻微斑片状红斑，且先前溃疡几乎完全愈合。黄色箭头指向溃疡性病变。该患者进行了全结肠镜评估，全结肠镜评估检查了结肠的每个部分(升结肠、横结肠、降结肠和乙状结肠，以及直肠)。每个时间点进行一次内窥镜检查。鉴于内窥镜数据收集的定性性质和无法提供真实的统计分析，发明人选择包括来自相同结肠镜评估的多张其他代表性照片(图6A)。b.FMT之前和之后结肠/直肠粘膜活检的IHC分析。在每个时间点对每个患者对整个内窥镜活检标本的单个代表性载玻片进行染色。来自另外的时间点的代表性载玻片包括在图7A和图7C中。免疫细胞亚群(CD8红色方块、CD4蓝色圆圈、FOXP3黑色三角形)密度随时间变化的分析，基于表达这些标志物的细胞的总密度，表示为与基线相比的倍数变化(绝对密度如图8A所示)。时间点包括诊断的时间、FMT之前、类固醇和生物免疫抑制之后以及FMT之后。FMT的日期用垂直虚线表示并且指定为第0天。这些数据表示每个样本(每个时间点每名患者的单张载玻片)四个ROI的平均细胞密度，每个ROI测量500×500μm²，总共约1mm²。发明人报告了每mm² IHC阳性细胞的平均数除以基线时每mm²IHC阳性细胞数的平均数。患者2。d.全结肠镜检查评估结肠黏膜的变化。临近诊断时(第1行)，存在多个大溃疡和炎性渗出物(遍及整个结肠)，并且在使用类固醇和生物免疫抑制剂(类固醇+两剂英夫利昔单抗+四剂维多珠单抗)治疗失败后仍然存在(第2行)。第一次FMT后有明显改善(第3行)，但残留溃疡仍然存在。第二次FMT(第4行)后，发明人注意到所有溃疡性病变几乎完全消退。再次进行全内窥镜检查，每个时间点一次。来自结肠镜评估的另外的代表性照片在图6B中显示。e.在第一次FMT之前和第一次FMT之后结肠/直肠粘膜活检的免疫组织化学分析。对于每个时间点的每名患者，内窥镜活检标本的单个代表性载玻片被染色。来自另外的时间点的代表性载玻片包括在图7B和图7F中。免疫细胞亚群(CD8红色方块、CD4蓝色圆圈、FOXP3黑色三角形)密度随时间变化的分析，基于表达这些标志物的细胞的总密度，表示为与基线相比的倍数变化(绝对密度在图8B中展示)。这些数据表示每个样本(每个时间点每名患者的单张载玻片)四个ROI的平均细胞密度，每个ROI测量500×500μm²，总共约1mm²。发明人报告了每mm² IHC阳性细胞的平均数除以基线时每mm²IHC阳性细胞数的平均数。第一次FMT(第0天)和第二次FMT(第67天)的日期由垂直虚线表示。

图2A-E。通过16S深度测序对患者和供体肠道细菌进行微生物组分析。在FMT前后的指定时间点对患者的粪便微生物组以及来自FMT供体的样本进行纵向采样。每个样本获得了3380到42776个序列(平均10003个)。a.评估了患者和FMT供体样本的α多样性，稀化到3000个序列后通过逆辛普森指数和观察到的OTU总数进行量化。b.使用未加权的UniFrac距离的主坐标分析(PCoA)，在空间中绘制来自a的微生物组样本，更相似的样本所在位置更靠近。c.来自a中样本的细菌16S序列按来源分类(患者基线独有、供体独有、患者基线和供体中均存在，或患者基线和供体中均不存在)。d.序列在纲水平按分类法分类。e.前十个不同的十个细菌属的丰度随时间的变化。

图3。代表患者1临床过程的时间线。关键时间点包括免疫治疗的时间、结肠炎的诊断时间、使用包括类固醇(最初以2mg/kg IV给药以及随后数月内缓慢减少)和包括英夫利昔单抗和维多珠单抗的其他免疫抑制剂的传统药物治疗的时间长度、FMT的时间。我们还标示了进行内窥镜检查并显示图像的时间(**)。在指定时间(##)进行活检以进行免疫组织化学分析。我们还标示了收集粪便材料用于分析肠道微生物组的时间点。在时间线下方是患者在整个时间过程中针对各种临床适应症接受的不同抗生素治疗的大致日期和持续时间。

图4。代表患者2临床过程的时间线。关键时间点包括免疫治疗的时间、结肠炎的诊断时间、使用包括类固醇(最初以2mg/kg IV给药以及随后数月内缓慢减少)和包括英夫利昔单抗和维多珠单抗的其他免疫抑制剂的传统药物治疗的时间长度，以及第一次FMT和第二次FMT时间。我们将第一次FMT的时间设置为第0天，并报告与此关键时间点相关的其他日期。我们还标示了进行内窥镜检查并显示图像的时间(**)。在##标记的时间进行活检以进行免疫组织化学分析。我们还标示了收集粪便材料用于分析肠道微生物组的时间点。在时间线下方是患者在整个时间过程中针对各种临床适应症接受的不同抗生素治疗的大致日期和持续时间。此外，我们标示了在此时间段内施用其他化学治疗药物的时间。

图5A-B。结肠炎的严重程度。在整个临床过程中绘制了(a)患者1和(b)患者2的各种疾病严重程度的度量，包括全身性类固醇的每日剂量(蓝线)、腹泻等级(红色方块)和结肠炎(黑色三角形)，结肠炎由CTCAE版本4和内窥镜严重程度评分(浅蓝色菱形)评估，该评分包括红斑/糜烂的出现、溃疡的出现以及数量(≥2)、大小(≥1cm)和深度(≥2mm)的粘膜溃疡(每个特征计1分)。垂直虚线表示FMT的日期。内窥镜评分标准是根据机构的专业知识创建的。还记录了免疫抑制剂的给药时间。

图6A-B。来自结肠镜检查的其他内窥镜图像。(a)对于患者1，在临近诊断时间(第1行)、使用类固醇和生物免疫抑制剂(类固醇+2剂英夫利昔单抗+1剂维多珠单抗)治疗失败后(第2行)和FMT后大约一个月(第3行)的结肠和直肠图像。溃疡和炎症弥散分布于结肠的远端40cm。根据全结肠内窥镜检查，近端结肠的其余部分外观正常。(b)对于患者2，在临近诊断时间(第1行)、使用类固醇和生物免疫抑制剂(类固醇+2剂英夫利昔单抗+4剂维多珠单抗)治疗失败后(第2行)，第一次FMT后约5周(第3行)以及第二次FMT后约3个月(第4行)的结肠和直肠图像。黄色箭头指向溃疡性病变。溃疡和炎症呈斑片状分布遍及整个结肠。每张照片代表结肠和直肠的唯一部分。重要的是要注意，在随后的行中彼此正下方的照片不一定与结肠或直肠内的完全相同的位置相关。在每个时间点进行一次内窥镜检查。

图7A-B。结肠黏膜免疫组织化学分析。(a)对于患者1，来自在每个临床相关的时间点，包括诊断、用类固醇和2剂英夫利昔单抗治疗失败后、另外一剂维多珠单抗后和FMT后的时间，进行的多次内窥镜活检的代表性载玻片。(b)对于患者2，来自诊断、使用类固醇和生物免疫抑制治疗失败、第一次FMT后和第二次FMT后多次活检的代表性载玻片。如图所示是每个H&E染色以及T淋巴细胞常见的各个标志物的染色：CD8、CD4和FoxP3。FMT1的日期视为第0天。对于这两名患者，每个时间点对整个内窥镜活检标本的单个代表性载玻片进行染色。对于每个样本，我们分析了4个感兴趣区域(ROI)。每个ROI测量0.5mm×0.5mm(总共约1.00mm²)。

图8A-B。结肠黏膜免疫组织化学分析的定量。(a)对于患者1，在诊断时、用类固醇和2剂英夫利昔单抗进行初始治疗期间、在另外一剂维多珠单抗治疗之后以及FMT之后，不同免疫细胞的绝对密度(细胞/mm²)。垂直虚线表示FMT的时间(第0天)。(b)对于患者2，在诊断时、用类固醇和生物免疫抑制治疗失败后、FMT1后和第二次FMT后不同免疫细胞的绝对密度(细胞/mm²)。对于这两名患者，每个时间点对代表整个内窥镜活检标本的单个载玻片进行染色。这些数据代表来自每个样本4个感兴趣区域的平均(+/-标准偏差)细胞密度，每个ROI测量500μm×500μm。垂直虚线表示每名患者的FMT时间。FMT1的日期视为第0天。

图9。CD4和FoxP3的共定位。代表性的多重IHC显示不同的CD8+(红色)和CD4+(黄色)淋巴细胞群以及CD4+和FoxP3在可能代表T调节淋巴细胞的多个细胞中的共定位(绿色)。细胞核的DAPI染色为蓝色。这代表来自患者2的FMT1后的活检。每名患者至少两个时间点的多次重复(2次或更多)显示出相似的结果。

具体实施方式

I.定义

如本文所用，术语“抗体”是指免疫球蛋白、保持特异性结合能力的免疫球蛋白衍生物，以及具有与免疫球蛋白结合域同源或大致同源的结合域的蛋白质。这些蛋白质可以来源于天然来源，或部分或整体合成制备。抗体可以是单克隆的或多克隆的。抗体可以是任何类型免疫球蛋白的成员，包括任何类型人类免疫球蛋白：IgG、IgM、IgA、IgD和IgE。与本文所述的方法和组合物一起使用的抗体通常是IgG的衍生物。术语抗体还指结合抗原的抗体片段。此类抗体片段的实例包含但不限于Fab、Fab’、F(ab’)2、scFv、Fv、dsFv双抗体和Fd片段。抗体片段可以采用任何方法产生。例如，抗体片段可以通过酶促法或化学法使完整抗体断裂产生，它可以采用编码部分抗体序列的基因重组产生，或它可以全部或部分合成产生。抗体片段可以任选是单链抗体片段。或者，片段可以包含连接在一起的多条链，例如通过二硫键连接。片段还可以任选是多分子复合物。功能抗体片段保留了以与完整抗体相当的亲和力结合其同源抗原的能力。

如本文所用的术语“单克隆抗体”是指从基本上均质的抗体的群体中获得的抗体，例如，构成群体的各个抗体除了可能少量存在的可能突变(例如自然发生的突变)之外是相同的。因此，修饰语“单克隆”表明抗体的特性不是离散抗体的混合物。在某些实施方案中，此类单克隆抗体通常包括包含结合靶标的多肽序列的抗体，其中结合靶标的多肽序列是通过包括从多个多肽序列中选择单个结合靶标的多肽序列的方法获得的。例如，选择方法可以是从多个克隆，例如杂交瘤克隆、噬菌体克隆或重组DNA克隆的池中选择独特的克隆。应当理解的是，所选择的结合靶标的序列可经进一步改变，例如以提高对靶标的亲和力、以人源化结合靶标的序列、以提高其在细胞培养中的生产、以降低其体内免疫原性、以创建多特异性抗体等，并且包含经改变的结合靶标的序列的抗体也是本公开的单克隆抗体。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂不同，单克隆抗体制剂的每种单克隆抗体针对抗原上的单个决定簇。除其特异性外，单克隆抗体制剂的优势在于它们通常不受其他免疫球蛋白的污染。

短语“药物组合物”或“药学上可接受的组合物”是指包括视情况而定当向动物如人施用时不产生副作用、过敏或其他不良反应的分子实体和组合物。根据本公开，包含抗体或另外的活性成分的药物组合物的制剂将是本领域技术人员已知的。此外，对于动物(例如人)施用，应该理解，制剂应满足FDA生物标准局要求的无菌性、致热原性、一般安全性和纯度标准。

如本文所用，“药学上可接受的载体”包括任何和所有含水溶剂(例如，水、醇/水溶液、盐水溶液、非经肠载体，如氯化钠，和林格氏葡萄糖)、非含水溶剂(例如，丙二醇、聚乙二醇、植物油和可注射的有机酯，如油酸乙酯)、分散介质、包衣、表面活性剂、抗氧化剂、防腐剂(例如，抗细菌或抗真菌剂、抗氧化剂、螯合剂和惰性气体)、等渗剂、吸收延迟剂、盐、药物、药物稳定剂、凝胶、黏合剂、赋形剂、崩解剂、润滑剂、甜味剂、调味剂、染料、流体和营养补充剂，类似材料及其组合，如本领域普通技术人员已知的。药物组合物中的各种成分的pH和精确浓度可以根据熟知的参数进行调节。

术语“单位剂量”或“剂量”是指适用于对象中的物理上离散的单位，每个单位含有预定量的治疗性组合物，所述预定量经计算产生与其施用(即，合适的途径和治疗方案)相关的本文讨论的期望响应。根据治疗次数和单位剂量，待施用的量取决于所期望的效果。施用于患者或对象的本发明的组合物的实际剂量量可通过物理和生理因素来确定，例如对象的体重、年龄、健康状况和性别、被治疗疾病的类型、疾病渗透程度、先前或同时的治疗干预、患者的特发病、施用途径以及特定治疗物质的效力、稳定性和毒性。例如，剂量还可包括每次施用约1μg/kg/体重至约1000mg/kg/体重(所述范围包括干预剂量)或高于1000mg/kg/体重，以及其中可推论出的任何特定剂量。在从本文中所列数字可推论出的范围的非限制性实例中，可施用约5μg/kg/体重至约100mg/kg/体重、约5μg/kg/体重至约500mg/kg/体重等。在任何事件下，负责施用的从业者将确定组合物中活性成分的浓度和个体对象的合适剂量。

细菌的“群体”可以指包含单一菌种或不同菌种的混合物的细菌组合。

术语“免疫检查点”是指免疫系统的组分，其向免疫系统的组件提供抑制信号以调节免疫反应。已知的免疫检查点蛋白包括CTLA-4、PD-1及其配体PD-L1和PD-L2，以及LAG-3、BTLA、B7H3、B7H4、TIM3、KIR。在本领域中，涉及LAG3、BTLA、B7H3、B7H4、TIM3和KIR的途径被认为构成类似于CTLA-4和PD-1依赖性途径的免疫检查点途径(参见例如Pardoll，2012，Nature Rev Cancer 12：252-264；Mellman等人，2011，Nature 480：480-489)。

术语“抑制剂”是指阻断或降低蛋白质的一种或多于一种功能的有机或无机的分子、蛋白质、多肽、抗体、小分子、碳水化合物或核酸。抑制剂可以是通过与蛋白质直接相互作用而起作用的直接抑制剂，或可以不与蛋白质直接相互作用但仍抑制蛋白质的一种或多于一种功能的间接抑制剂。

“免疫检查点抑制剂”是指抑制免疫检查点蛋白的功能的任何化合物。抑制包括功能降低和完全阻断。特别地，免疫检查点蛋白为人免疫检查点蛋白。因此，免疫检查点蛋白抑制剂特别地是人免疫检查点蛋白抑制剂。

“对象”和“患者”是指人或非人，例如灵长类动物、哺乳动物和脊椎动物。在特定的实施方案中，对象是人。

如本文所用，当涉及疾病、病症或医疗状况时，术语“治疗”或“改善”是指对状况的治疗性治疗，其中目的是逆转、缓解、改善、抑制、减缓或停止症状或状况的发展或严重程度。术语“治疗”包括减轻或改善状况的至少一种不良反应或症状。如果一种或多于一种症状或临床标志物减少，治疗通常是“有效的”。或者，如果状况的发展减少或停止，则治疗是“有效的”。也就是说，“治疗”不仅包括症状或标志物的改善，还包括停止或至少减缓预期在没有治疗时的症状的发展或恶化。有益或期望的临床结果包括但不限于减轻一种或多于一种症状、降低缺乏程度、稳定(即不恶化)肿瘤或恶性疾病的状态、延迟或减缓肿瘤生长和/或转移以及与没有治疗时预期的相对寿命延长。

“肠道微生物群”或“肠道微生物组”表示生活在对象肠道中的微生物(及其基因组)的群体。

术语“α多样性”是样品内多样性的度量，且是指样品内所有微生物群的分布和集合模式，并计算为每个样品的标量值。“β多样性”是用于样品间多样性的术语，并且涉及样品彼此间的比较，其提供每个样本对之间的距离或不相似性的度量。

术语“相对量”，也可称为“相对丰度”，定义为生物样品中特定分类水平(从门到种)的细菌数量占该水平的细菌总数的百分比。例如，通过测量样品中存在的归于这些细菌的16S rRNA基因序列的百分比来评估相对丰度。可以通过本领域技术人员已知的任何合适的技术来测量，如特定细菌16S rRNA基因标志物的454焦磷酸测序或特定基因的定量PCR。

术语“分离的”包括(1)与最初生产时与其相关的至少一些成分分离(无论是在自然界还是在实验环境中)，和/或(2)由人工生产、制备、纯化和/或制造的细菌或其他实体或物质。分离的细菌可以与至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％或高于约90％的最初与其相关的其他成分分离。在一些实施方案中，分离的细菌高于约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或超过约99％纯。如本文中所用，如果物质基本上不含其他成分，则该物质是“纯的”。

术语“纯化”和“纯化的”是指与最初生产或产生时(例如，无论是在自然界还是在实验环境中)或在其初始生产后的任何时间中与其相关的至少一些成分分离的细菌或其他材料。如果细菌或细菌群体在生产时或生产后分离，例如从含有细菌或细菌群体的材料或环境中分离，则认为细菌或细菌群体是纯化的，并且纯化的细菌或细菌群体可以含有最高约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或高于约90％的其他材料，并且仍被认为是“分离的”。在一些实施方案中，纯化的细菌和细菌群体高于约80％、约85％、约90％、约91％、约92％、约93％、约94％、约95％、约96％、约97％、约98％、约99％或高于约99％纯。在本文提供的细菌组合物的情况下，组合物中存在的一种或多于一种细菌类型可以独立地从含有所述细菌类型的材料或环境中产生和/或存在的一种或多于一种其他细菌中纯化。细菌组合物及其细菌成分通常从残余生境产物中纯化。

术语“减小”、“降低的”、“降低”、“减少”或“抑制”在本文中一般都用于表示减少统计学显著的量。然而，为避免疑义，“减小”、“降低的”、“降低”、“减少”或“抑制”表示与参考水平相比减少至少10％，例如与参考水平相比减少至少约20％、或至少约30％、或至少约40％、或至少约50％、或至少约60％、或至少约70％、或至少约80％、或至少约90％或最高并包括减少100％(即，与参考样品相比是零)，或与参考水平相比10％-100％之间的任何减少。

术语“增加的”、“增加”、“增强”或“激活”在本文中一般都用于表示增加统计学显著的量；为避免任何疑义，术语“增加的”、“增加”、“增强”或“激活”表示与参考水平相比增加至少10％，例如与参考水平相比增加至少约20％、或至少约30％、或至少约40％、或至少约50％、或至少约60％、或至少约70％、或至少约80％、或至少约90％或最高并包含增加100％，或与参考水平相比10％-100％之间的任何增加，或与参考水平相比增加至少约2倍、或至少约3倍、或至少约4倍、或至少约5倍或至少约10倍，或2倍至10倍之间或高于10倍的任何增加。

如本说明书和所附权利要求中所使用的，单数形式的不定冠词和定冠词包括复数提及物，除非上下文中另外清楚地规定。因此，例如，对“一种方法”的提及包括一种或多于一种方法，和/或在本文所述类型的步骤和/或本领域技术人员在阅读该公开内容之后将变得显而易见的步骤。

如本文中所用，关于指定成分的“基本上不含”在本文中用于表示指定成分中没有被有目的地配制到组合物中，和/或仅作为污染物存在或以痕量存在。由组合物的任何无意污染产生的指定成分的总量因此远远低于0.01％。最优选的是组合物中用标准分析方法无法检测到指定成分的量。

短语“有效量”或“治疗有效量”或“足够量”表示足以产生所期望的结果的药物或药剂的剂量。期望的结果可以是肿瘤大小的减少，癌细胞生长速率的降低，转移的减少，肿瘤或肿瘤免疫浸润中CD8+T淋巴细胞的增加，肿瘤中CD45+、CD3+/CD20+/CD56+、CD68+和/或HLA-DR+细胞的增加，肿瘤免疫浸润中CD3、CD8、PD1、FoxP3、颗粒酶B和/或PD-L1表达的增加，肿瘤免疫浸润中RORγT表达的降低，体循环或外周血中效应CD4+、CD8+T细胞、单核细胞和/或髓样树突状细胞的增加，对象的体循环或外周血中B细胞、调节T细胞和/或髓系来源抑制性细胞的减少，或以上的任意组合。

II.检查点抑制剂和组合治疗

在提供的方法、组合物或试剂盒的任一种的一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是小分子抑制剂。在提供的方法、组合物或试剂盒的任一种的一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是抑制免疫检查点通路的多肽。在提供的方法、组合物或试剂盒的任一种的一些实施方案中，抑制剂是融合蛋白。在提供的方法、组合物或试剂盒的任一种的一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗体。在提供的方法、组合物或试剂盒的任一种的一些实施方案中，抗体是单克隆抗体。

A.PD-1、PDL1和PDL2抑制剂

PD-1可在T细胞遇到感染或肿瘤的肿瘤微环境中发挥作用。活化的T细胞上调PD-1并继续在外周组织中对其进行表达。细胞因子例如IFN-γ诱导上皮细胞和肿瘤细胞上PDL1的表达。PDL2在巨噬细胞和树突细胞上表达。PD-1的主要作用是在免疫应答过程中限制外周中效应T细胞的活性并防止对组织的过度损害。本公开内容的抑制剂可阻断PD-1的一种或多于一种功能和/或PDL1活性。

“PD-1”的替代名称包括CD279和SLEB2。“PDL1”的替代名称包括B7-H1、B7-4、CD274和B7-H。“PDL2”的替代名称包括B7-DC、Btdc和CD273。在一些实施方案中，PD-1、PDL1和PDL2是人PD-1、PDL1和PDL2。

在一些实施方案中，PD-1抑制剂是抑制PD-1与其配体结合配偶体的结合的分子。在一个具体方面中，PD-1配体结合配偶体是PDL1和/或PDL2。在另一个实施方案中，PDL1抑制剂是抑制PDL1与其结合配偶体结合的分子。在一个具体方面中，PDL1结合配偶体是PD-1和/或B7-1。在另一个实施方案中，PDL2抑制剂是抑制PDL2与其结合配偶体结合的分子。在一个具体方面中，PDL2结合配偶体是PD-1。抑制剂可以是抗体、其抗原结合片段、免疫黏附素、融合蛋白或寡肽。示例性抗体描述于美国专利No.8,735,553、No.8,354,509和No.8,008,449，其全部通过引用并入本文。用于本文提供的方法和组合物中的其他PD-1抑制剂是本领域已知的，例如描述于美国专利申请第US2014/0294898、US2014/022021和US2011/0008369号中，其全部通过引用并入本文。

在一些实施方案中，PD-1抑制剂是抗PD-1抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)。在一些实施方案中，抗PD-1抗体选自：纳武单抗(nivolumab)、派姆单抗(pembrolizumab)和匹地利珠单抗(pidilizumab)。在一些实施方案中，PD-1抑制剂是免疫黏附素(例如，包含与恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PDL1或PDL2的胞外部分或PD-1结合部分的免疫黏附素)。在一些实施方案中，PDL1抑制剂包括AMP-224。纳武单抗，也称为MDX-1106-04、MDX-1106、ONO-4538、BMS-936558和

是描述于WO2006/121168中的抗PD-1抗体。派姆单抗，也称为MK-3475、Merck 3475、帕博利珠单抗(lambrolizumab)、

和SCH-900475，是描述于WO2009/114335中的抗PD-1抗体。匹地利珠单抗，也称为CT-011、hBAT或hBAT-1，是描述于WO2009/101611中的抗PD-1抗体。AMP-224，也称为B7-DCIg，是描述于WO2010/027827和WO2011/066342中的PDL2-Fc融合可溶性受体。另外的PD-1抑制剂包括MEDI0680，也称为AMP-514和REGN2810。

在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是PDL1抑制剂，例如度伐利尤单抗(Durvalumab)，也被称为MEDI4736；阿替利珠单抗(atezolizumab)，也被称为MPDL3280A；阿维单抗(avelumab)，也被称为MSB00010118C、MDX-1105、BMS-936559或其组合。在某些方面中，免疫检查点抑制剂是PDL2抑制剂，例如rHIgM12B7。

在一些实施方案中，本文所述的抗体(例如抗PD-1抗体、抗PDL1抗体或抗PDL2抗体)还包含人或鼠恒定区。在更进一步的方面中，人恒定区选自IgG1、IgG2、IgG2、IgG3和IgG4。在更进一步的具体方面中，人恒定区是IgG1。在更进一步的方面中，鼠恒定区选自IgGl、IgG2A、IgG2B和IgG3。在更进一步的具体方面中，抗体具有降低的或最小的效应因子功能。在更进一步的具体方面中，最小的效应因子功能源于原核细胞的产生。在更进一步的具体方面中，最小的效应因子功能源自“无效应因子Fc突变”或α-糖基化。

在一些实施方案中，抑制剂包含纳武单抗、派姆单抗或匹地利珠单抗的重链和轻链CDR或VR。因此，在一个实施方案中，抑制剂包含纳武单抗、派姆单抗或匹地利珠单抗的VH区的CDR1、CDR2和CDR3结构域，以及纳武单抗、派姆单抗或匹地利珠单抗的VL区的CDR1、CDR2和CDR3结构域。在另一个实施方案中，抗体与上述抗体竞争结合和/或结合PD-1、PDL1或PDL2上的相同表位。在另一个实施方案中，抗体与上述抗体具有至少约70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％或99％(或任何可从其中推导出的范围)的可变区氨基酸序列同一性。

因此，本文使用的抗体可包括α-糖基化。抗体的糖基化通常是N-连接或O-连接。N-连接是指糖类部分连接到天冬酰胺残基的侧链。三肽序列天冬酰胺-X-丝氨酸和天冬酰胺-X-苏氨酸(其中X是除脯氨酸之外的任何氨基酸)是糖类部分与天冬酰胺侧链酶促连接的识别序列。因此，多肽中这些三肽序列中任一个的存在产生可能的糖基化位点。O-连接的糖基化是指将N-乙酰半乳糖胺、半乳糖或木糖中的一种连接到含羟基氨基酸，最常见的是丝氨酸或苏氨酸，尽管也可以使用5-羟基脯氨酸或5-羟基赖氨酸。从抗体中去除糖基化位点可方便地通过改变氨基酸序列来完成，从而去除上述三肽序列之一(对于N-连接的糖基化位点)。可以通过将糖基化位点内的天冬酰胺、丝氨酸或苏氨酸残基替换为另一个氨基酸残基(例如甘氨酸、丙氨酸或保守性替换)来进行改变。

可以使用本领域已知的方法制备抗体或其抗原结合片段，例如，通过一种包括在适于产生此类抗体或片段的条件下以适于表达的形式培养含有编码任何先前描述的抗PDLl、抗PD-1或抗PDL2抗体或抗原结合片段的核酸的宿主细胞，并回收抗体或片段的方法。

B.CTLA-4、B7-1和B7-2

在本文提供的方法中可靶向的另一免疫检查点是细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA-4)，也称为CD152。人CTLA-4的完整cDNA序列具有Genbank登录号L15006。CTLA-4见于T细胞的表面上，并且当与抗原呈递细胞表面上的B7-1(CD80)或B7-2(CD86)结合时充当“关闭”开关。CTLA-4是免疫球蛋白超家族的成员，其在辅助性T细胞的表面上表达并向T细胞传递抑制信号。CTLA-4与T细胞共刺激蛋白CD28类似，并且两种分子均与抗原呈递细胞上的B7-1和B7-2结合。CTLA-4向T细胞传递抑制信号，而CD28传递刺激信号。胞内CTLA-4也见于调节性T细胞中并且对其功能可能是重要的。通过T细胞受体和CD28的T细胞活化导致CTLA-4(B7分子的抑制性受体)的表达提高。本公开的抑制剂可阻断CTLA-4、B7-1和/或B7-2活性的一种或多于一种功能。在一些实施方案中，抑制剂阻断CTLA-4和B7-1的相互作用。在一些实施方案中，抑制剂阻断CTLA-4和B7-2的相互作用。

在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗CTLA-4抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)、其抗原结合片段、免疫黏附素、融合蛋白或寡肽。

适用于本方法中的抗人CTLA-4抗体(或来源于其的VH和/或VL结构域)可使用本领域公知的方法来产生。或者，可使用本领域公认的抗CTLA-4抗体。例如，公开于以下中的抗CTLA-4抗体可用于本文公开的方法中：US 8,119,129、WO 01/14424、WO 98/42752；WO 00/37504(CP675,206，也称为曲美木单抗(tremelimumab)；原名替西木单抗(ticilimumab))、美国专利No.6,207,156；Hurwitz等人，1998。每个上述出版物的教导在此通过引用并入。也可使用与这些本领域公认的抗体中任一个竞争结合CTLA-4的抗体。例如，描述于国际专利申请No.WO2001/014424、WO2000/037504和美国专利No.8,017,114中的人源化CTLA-4抗体；所有均通过引用并入本文。

在本公开的方法和组合物中可用作检查点抑制剂的另外的抗CTLA-4抗体是伊匹单抗(ipilimumab)(也称为10D1、MDX-010、MDX-101和

)或者其抗原结合片段和变体(参见，例如WO01/14424)。

在一些实施方案中，抑制剂包含曲美木单抗或伊匹单抗的重链和轻链CDR或VR。因此，在一个实施方案中，抑制剂包含曲美木单抗或伊匹单抗的VH区的CDR1、CDR2和CDR3结构域，以及曲美木单抗或伊匹单抗的VL区的CDR1、CDR2和CDR3结构域。在另一个实施方案中，抗体与上述抗体竞争结合和/或与之结合PD-1、B7-1或B7-2上相同的表位。在另一个实施方案中，抗体与上述抗体具有至少约70％、75％、80％、85％、90％、95％、97％或99％(或任何可从其中推导出的范围)的可变区氨基酸序列同一性。

用于调节CTLA-4的其他分子包括可溶性CTLA-4配体和受体，例如如美国专利US5844905、US5885796和国际专利申请WO1995001994和WO1998042752中所描述的；全部以引用方式并入本文，以及如美国专利US8329867中所述的免疫粘附素，其以引用方式并入本文。

III.微生物调节剂

本公开的实施方案涉及用于治疗结肠炎的微生物调节剂组合物以及特别是用于调节已经接受或将接受联合免疫检查点抑制剂治疗的对象的微生物组的方法。

本公开还提供了包含如上所述的一种或多于一种微生物培养物的药物组合物。因此细菌种类作为活细菌存在于剂型中，无论是干燥的、冻干的还是孢子形式。这可以优选地适合于合适的施用；例如，以片剂或粉末形式，可能具有肠溶包衣，用于口服治疗。

在特别的方面中，组合物配制用于口服施用。可以使用可咀嚼制剂、溶解制剂、包封/包衣制剂、多层锭剂(以分离活性成分和/或活性成分和赋形剂)、缓释/定时释放制剂或本领域技术人员已知的其它合适制剂来实现口服施用。尽管本文使用“片剂”一词，但制剂可以采用通常由其他术语提及的各种物理形式，如锭剂、丸剂、胶囊等。

尽管本公开的组合物优选配制成用于口服施用，然而，可以采用其他施用途径，包括但不限于皮下施用、肌内施用、皮内施用、透皮施用、眼内施用、腹膜内施用、粘膜施用、阴道施用、直肠施用和静脉内施用。

本公开组合物的所需剂量可以以一天中适当间隔施用的多个(例如，两个、三个、四个、五个、六个或多于六个)亚剂量呈现。

在一个方面中，所公开的组合物可以制成胶囊。胶囊(即载体)可以是从各种物质，例如明胶、纤维素、糖类等形成的中空的、通常是圆柱状的胶囊。

在另一个方面中，所公开的组合物可以制成栓剂。栓剂可以包括但不限于细菌和一种或多于一种载体，如聚乙二醇、阿拉伯树胶、乙酰化单甘油酯、巴西棕榈蜡、醋酸邻苯二甲酸纤维素、玉米淀粉、邻苯二甲酸二丁酯、多库酯钠、明胶、甘油、氧化铁、高岭土、乳糖、硬脂酸镁、对羟基苯甲酸甲酯、药用釉料、聚维酮、对羟基苯甲酸丙酯、苯甲酸钠、失水山梨醇单油酸酯、蔗糖、滑石、二氧化钛、白蜡和着色剂。

在一些方面中，所公开的微生物调节剂组合物可以制成片剂。片剂可以包括细菌和一种或多于一种制片剂(即，载体)，如磷酸氢钙、硬脂酸、交联羧甲基纤维素、二氧化硅、纤维素和纤维素包衣。可以使用直接压制方法来形成片剂，尽管本领域技术人员将理解各种技术可以用于形成片剂。

在其他方面中，所公开的微生物调节剂组合物可以形成食品或饮料，或者，形成食品或饮料的添加剂，其中将适当量的细菌加入食品或饮料中以使该食品或饮料成为载体。

本公开的微生物调节剂组合物可进一步包含本领域已知的一种或多于一种益生元，例如乳糖醇、菊粉或其组合。

在一些实施方案中，微生物调节剂组合物可以进一步包含有效刺激对象胃肠道中存在的梭菌目细菌生长的食物或营养补充剂。在一些实施方案中，营养补充剂由与健康人肠道微生物组相关的细菌产生。

IV.另外的治疗

本公开的当前方法和组合物可包括本领域已知和/或本文所述的一种或多于一种另外的疗法。在一些实施方案中，另外的治疗包括另外的癌症治疗。此类治疗的实例在本文中描述。

A.免疫治疗

在一些实施方案中，另外的治疗包括进一步的癌症免疫治疗。癌症免疫治疗(有时称为免疫肿瘤学，缩写IO)是利用免疫系统来治疗癌症。可将免疫治疗分类为主动治疗、被动治疗或混合(主动和被动)治疗。这些方法利用了以下事实：癌细胞通常在其表面上具有可被免疫系统检测到的分子，称为肿瘤相关抗原(TAA)；它们通常是蛋白质或其他大分子(例如糖类)。主动免疫治疗引导免疫系统通过靶向TAA攻击肿瘤细胞。被动免疫治疗增强现有的抗肿瘤应答，并包括使用单克隆抗体、淋巴细胞和细胞因子。免疫治疗是本领域已知的，一些免疫治疗描述如下。

2.共刺激分子抑制剂

在一些实施方案中，免疫治疗包括共刺激分子的抑制剂。在一些实施方案中，抑制剂包括B7-1(CD80)、B7-2(CD86)、CD28、ICOS、OX40(TNFRSF4)、4-1BB(CD137；TNFRSF9)、CD40L(CD40LG)、GITR(TNFRSF18)的抑制剂及其组合。抑制剂包括抑制性抗体、多肽、化合物和核酸。

3.树突细胞治疗

树突细胞治疗通过使树突细胞将肿瘤抗原呈递给淋巴细胞来引发抗肿瘤应答，使其活化并杀伤呈递抗原的其他细胞。树突细胞是哺乳动物免疫系统中的抗原呈递细胞(APC)。在癌症治疗中，它们有助于靶向癌症抗原。基于树突细胞的细胞癌治疗的一个实例是sipuleucel-T。

诱导树突细胞呈递肿瘤抗原的一种方法是通过用自体肿瘤裂解物或短肽(对应于癌细胞上蛋白质抗原的小部分蛋白质)进行疫苗接种。这些肽通常以与佐剂(高免疫原性物质)组合来提供，以提高免疫和抗肿瘤应答。其他佐剂包括吸引和/或活化树突细胞的蛋白质或其他化学物质，例如粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)。

树突细胞也可通过使肿瘤细胞表达GM-CSF在体内被活化。这可通过对肿瘤细胞进行遗传改造以产生GM-CSF来实现，或通过用表达GM-CSF的溶瘤病毒感染肿瘤细胞来实现。

另一策略是从患者的血液中去除树突细胞并在体外活化。树突细胞在存在肿瘤抗原的情况下被活化，其中肿瘤抗原可以是单一肿瘤特异性肽/蛋白质或肿瘤细胞裂解物(分解肿瘤细胞的溶液)。这些细胞(和任选的佐剂)被输注并引发免疫应答。

树突细胞治疗包括使用与树突细胞表面上的受体结合的抗体。抗原可添加至抗体并可诱导树突细胞成熟并提供对肿瘤的免疫。树突细胞受体如TLR3、TLR7、TLR8或CD40已被用作抗体靶标。

4.CAR-T细胞治疗

嵌合抗原受体(CAR，也称为嵌合免疫受体、嵌合T细胞受体或人工T细胞受体)是改造的受体，其将新的特异性与免疫细胞结合以靶向癌细胞。通常，这些受体将单克隆抗体的特异性移植到T细胞上。受体称为嵌合体，因为它们融合了来自不同来源的部分。CAR-T细胞治疗是指将这种转化细胞用于癌症治疗的治疗。

CAR-T细胞设计的基本原理涉及结合了抗原结合功能和T细胞活化功能的重组受体。CAR-T细胞的一般前提是人工生成靶向癌细胞上发现的标志物的T细胞。科学家可以将T细胞从人中移出，对其进行基因改造，然后将其放回患者体内，以使其攻击癌细胞。一旦T细胞被改造成CAR-T细胞，它就可以充当“活的药物”。CAR-T细胞在细胞外配体识别结构域与细胞内信号传导分子之间建立链接，从而激活T细胞。细胞外配体识别结构域通常是单链可变片段(scFv)。CAR-T细胞治疗安全性的重要方面是如何确保仅靶向癌肿瘤细胞，而不靶向正常细胞。CAR-T细胞的特异性由所靶向分子的选择确定。

示例性的CAR-T治疗包括Tisagenlecleucel(Kymriah)和Axicabtageneciloleucel(Yescarta)。在一些实施方案中，CAR-T治疗靶向CD19。

5.细胞因子治疗

细胞因子是由在肿瘤内存在的许多类型的细胞产生的蛋白质。它们可调节免疫应答。肿瘤经常运用它们来生长并降低免疫应答。这些免疫调节作用使得它们被用作引发免疫应答的药物。两种常用的细胞因子是干扰素和白介素。

干扰素由免疫系统产生。它们通常参与抗病毒反应，但对于癌症也有用途。它们分为三组：I型(IFNα和IFNβ)、II型(IFNγ)和III型(IFNλ)。

白介素具有一系列免疫系统作用。IL-2是示例性的白介素细胞因子治疗。

6.过继性T细胞治疗

过继性T细胞治疗是通过输注T细胞(过继性细胞转移)的被动免疫形式。它们存在于血液和组织中，并且通常当发现外来病原体时活化。具体地，它们会在当T细胞的表面受体遇到在其表面抗原上显示出部分外来蛋白质的细胞时活化。这些可以是感染的细胞，或是抗原呈递细胞(APC)。它们存在于正常组织中和肿瘤组织中，被称为肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)。它们在存在APC，例如呈递肿瘤抗原的树突细胞的情况下被活化。尽管这些细胞可攻击肿瘤，但肿瘤内的环境具有高度免疫抑制作用，这阻止免疫介导的肿瘤死亡。

已经开发了产生和获得肿瘤靶向T细胞的多种方式。对肿瘤抗原具有特异性的T细胞(TIL)可从肿瘤样品中除去，或从血液过滤。随后的活化和培养离体进行，并将所得物进行再输注。活化可通过基因治疗或通过将T细胞暴露于肿瘤抗原来进行。

B.溶瘤病毒

在一些实施方案中，另外的治疗包含溶瘤病毒。溶瘤病毒是优先感染并杀伤癌细胞的病毒。当感染的癌细胞被溶瘤作用破坏时，它们释放出新的感染性病毒颗粒或病毒粒子来帮助破坏剩余的肿瘤。溶瘤病毒被认为是不仅造成肿瘤细胞的直接破坏，而且还刺激宿主的抗肿瘤免疫应答以进行长期的免疫治疗。

C.多糖

在一些实施方案中，另外的治疗包含多糖。见于蘑菇中的某些化合物，主要是多糖，可上调免疫系统并可具有抗癌特性。例如，β-葡聚糖，如香菇多糖，在实验室研究中已显示出刺激巨噬细胞、NK细胞、T细胞和免疫系统细胞因子，并在临床试验中已经作为免疫佐剂进行了研究。

D.新生抗原

在一些实施方案中，另外的治疗包括施用新生抗原。许多肿瘤表达突变。这些突变潜在地产生新的可靶向抗原(新生抗原)以用于T细胞免疫治疗。如使用RNA测序数据所确定的，在具有高突变负荷的肿瘤中，癌症病变中CD8+T细胞的存在更高。许多人肿瘤中，与自然杀伤细胞和T细胞的细胞溶解活性相关的转录水平与突变负荷呈正相关。

E.化学治疗

在一些实施方案中，另外的治疗包括化学治疗。合适的化学治疗剂类别包括：(a)烷化剂，例如氮芥类(例如，二氯甲基二乙胺、环磷酰胺、异环磷酰胺、美法仑、苯丁酸氮芥)、乙撑亚胺和甲基三聚氰胺类(例如，六甲基三聚氰胺、噻替派)、烷基磺酸酯类(例如白消安)、亚硝基脲类(例如，卡莫司汀、洛莫司汀、氯脲菌素、链脲菌素)和三嗪类(例如，达卡巴嗪)；(b)抗代谢物，例如叶酸类似物(例如，甲氨蝶呤)、嘧啶类似物(例如，5-氟尿嘧啶、氟尿苷、阿糖胞苷、氮尿苷)以及嘌呤类似物和相关物质(例如，6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、喷司他丁)；(c)天然产物，例如长春花生物碱(例如，长春花碱、长春新碱)、表鬼臼毒素(例如，依托泊苷、替尼泊苷)、抗生素(例如，放线菌素D、柔红霉素、阿霉素、博来霉素、普卡霉素和米托蒽醌)、酶(例如，L-天冬酰胺酶)和生物反应调节剂(例如，干扰素-α)；和(d)其他药剂，例如铂配位复合物(例如，顺铂、卡铂)、经取代脲(例如，羟基脲)、甲基肼衍生物(例如，丙卡巴肼)和肾上腺皮质抑制剂(例如，紫杉醇和米托坦)。在一些实施方案中，顺铂是特别合适的化学治疗剂。

顺铂已经被广泛用于治疗癌症，例如转移性睾丸或卵巢癌、晚期膀胱癌、头颈癌、宫颈癌、肺癌或其他肿瘤。顺铂不经口吸收并因此必须通过其他途径例如静脉内、皮下、瘤内或腹膜内注射来递送。顺铂可单独使用或与其他试剂组合使用，在某些实施方案中，预期在临床应用中使用的有效量包括：约15mg/m²至约20mg/m²，每三周施用5天，总共三个疗程。在一些实施方案中，与包含与编码治疗性多肽的多核苷酸可操作地连接的Egr-1启动子的构建体联合时，递送至细胞和/或对象的顺铂的量少于单独使用顺铂时递送的量。

其他合适的化学治疗剂包括抗微管剂，例如紫杉醇(“泰素”)和盐酸阿霉素(“多柔比星”)。确定通过腺病毒载体递送的Egr-1启动子/TNFα构建体与阿霉素的组合在克服对化学治疗和/或TNF-α的耐药性方面是有效的，这表明构建体与阿霉素的联合治疗克服了对阿霉素和TNF-α二者的耐药性。

阿霉素吸收差，并且优选静脉内施用。在某些实施方案中，对于成人，合适的静脉内剂量包括：约60mg/m²至约75mg/m²，间隔约21天，或者约25mg/m²至约30mg/m²，连续2或3天，间隔约3周至约4周，或者约20mg/m²，每周一次。在年长患者中，当存在先前化学治疗或肿瘤性骨髓浸润导致的先前骨髓抑制，或当药物与其他骨髓生成抑制药物联合时，应使用最低剂量。

氮芥类是可用于本公开方法中的另一合适的化学治疗剂。氮芥类可包括但不限于二氯甲基二乙胺(HN2)、环磷酰胺和/或异环磷酰胺、美法仑(L-苯丙氨酸氮芥)和苯丁酸氮芥。环磷酰胺(

可从Mead Johnson获得，

可从Adria获得)是另一种合适的化学治疗剂。对于成人，合适的经口剂量包括例如约1mg/kg/天至约5mg/kg/天，静脉内剂量包括，例如，最初在约2天至约5天的时间内以约40mg/kg至约50mg/kg的剂量分次施用，或者约每7天至约10天约10mg/kg至约15mg/kg，或者约3mg/kg至约5mg/kg每周两次，或者约1.5mg/kg/天至约3mg/kg/天。由于不利的胃肠道作用，因此优选静脉内途径。药物有时也通过肌肉注射、渗透或进入体腔施用。

另外的合适的化学治疗剂包括嘧啶类似物，例如阿糖胞苷(胞嘧啶阿拉伯糖苷)、5-氟尿嘧啶(氟尿嘧啶；5-FU)和氟尿苷(氟尿嘧啶脱氧核苷；FudR)。5-FU可以约7.5mg/m²至约1000mg/m²之间的任何剂量施用于对象。此外，5-FU给药方案可以是多种时间段，例如长至六周，或由本公开所属领域的普通技术人员确定。

另一种合适的化学治疗剂吉西他滨二磷酸酯(

Eli Lilly&Co.，“吉西他滨”)被推荐用于治疗晚期和转移性胰腺癌，并且因此在本公开中对于这些癌症是可用的。

递送至患者的化学治疗剂的量可以是可变的。在一个合适的实施方案中，当化学治疗剂与构建体一起施用时，化学治疗剂可以以使癌症在宿主中停止或消退的有效量来施用。在另一些实施方案中，化学治疗剂的施用量可以比化学治疗剂的化学治疗有效量小2倍至10000倍。例如，化学治疗剂可以以比化学治疗剂的化学治疗有效量小约20倍、小约500倍或甚至小约5000倍的量来施用。本公开的化学治疗剂可在体内测试以获得与构建体组合所期望的治疗活性，以及确定有效量。例如，此类化合物在人体试验之前可在合适的动物模型系统中测试，包括但不限于大鼠、小鼠、鸡、牛、猴、兔等。如实施例中所述，还可使用体外测试来确定合适的组合和剂量。

F.放射治疗

在一些实施方案中，另外的治疗或先前的治疗包括辐射，例如电离辐射。如本文所用，“电离辐射”表示包括具有足够能量或可通过核相互作用产生足够能量以产生电离(电子的得到或失去)的粒子或光子的辐射。一个示例性和优选的电离辐射是x辐射。用于将x辐射递送至靶组织或细胞的手段是本领域公知的。

在一些实施方案中，电离辐射的量大于20Gy并且以一剂施用。在一些实施方案中，电离辐射的量为18Gy并且以三剂施用。在一些实施方案中，电离辐射的量至少、至多或正好是2Gy、4Gy、6Gy、8Gy、10Gy、15Gy、16Gy、17Gy、18Gy、19Gy、20Gy、21Gy、22Gy、23Gy、24Gy、25Gy、26Gy、27Gy、18Gy、19Gy、30Gy、31Gy、32Gy、33Gy、34Gy、35Gy、36Gy、37Gy、38Gy、39Gy、40Gy、41Gy、42Gy、43Gy、44Gy、45Gy、46Gy、47Gy、48Gy、49Gy或40Gy(或任何可从其中推导出的范围)。在一些实施方案中，电离辐射以至少、至多或正好1剂、2剂、3剂、4剂、5剂、6剂、7剂、8剂、9剂或10剂(或任何可从其中推导出的范围)施用。当施用多于一剂时，剂量可相隔约1小时、4小时、8小时、12小时或24小时，或者1天、2天、3天、4天、5天、6天、7天或8天，或者1周、2周、3周、4周、5周、6周、7周、8周、9周、10周、12周、14周或16周，或任何可从其中推导出的范围。

在一些实施方案中，IR的量可表示为IR的总剂量，其然后以分次剂量施用。例如，在一些实施方案中，总剂量是50Gy，以每次5Gy的10次分次剂量施用。在一些实施方案中，总剂量为50Gy至90Gy，以每次2Gy至3Gy的20次至60次分次剂量施用。在一些实施方案中，IR的总剂量至少、至多或大约为20Gy、21Gy、22Gy、23Gy、24Gy、25Gy、26Gy、27Gy、28Gy、29Gy、30Gy、31Gy、32Gy、33Gy、34Gy、35Gy、36Gy、37Gy、38Gy、39Gy、40Gy、41Gy、42Gy、43Gy、44Gy、45Gy、46Gy、47Gy、48Gy、49Gy、50Gy、51Gy、52Gy、53Gy、54Gy、55Gy、56Gy、57Gy、58Gy、59Gy、60Gy、61Gy、62Gy、63Gy、64Gy、65Gy、66Gy、67Gy、68Gy、69Gy、70Gy、71Gy、72Gy、73Gy、74Gy、75Gy、76Gy、77Gy、78Gy、79Gy、80Gy、81Gy、82Gy、83Gy、84Gy、85Gy、86Gy、87Gy、88Gy、89Gy、90Gy、91Gy、92Gy、93Gy、94Gy、95Gy、96Gy、97Gy、98Gy、99Gy、100Gy、101Gy、102Gy、103Gy、104Gy、105Gy、106Gy、107Gy、108Gy、109Gy、110Gy、111Gy、112Gy、113Gy、114Gy、115Gy、116Gy、117Gy、118Gy、119Gy、120Gy、125Gy、130Gy、135Gy、140Gy或150Gy(或任何可从其中推导出的范围)。在一些实施方案中，总剂量以至少、至多或正好1Gy、2Gy、3Gy、4Gy、5Gy、6Gy、7Gy、8Gy、9Gy、10Gy、12Gy、14Gy、15Gy、20Gy、25Gy、30Gy、35Gy、40Gy、45Gy或50Gy(或任何可从其中推导出的范围)的分次剂量施用。在一些实施方案中，施用至少、至多或正好2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次、10次、11次、12次、13次、14次、15次、16次、17次、18次、19次、20次、21次、22次、23次、24次、25次、26次、27次、28次、29次、30次、31次、32次、33次、34次、35次、36次、37次、38次、39次、40次、41次、42次、43次、44次、45次、46次、47次、48次、49次、50次、51次、52次、53次、54次、55次、56次、57次、58次、59次、60次、61次、62次、63次、64次、65次、66次、67次、68次、69次、70次、71次、72次、73次、74次、75次、76次、77次、78次、79次、80次、81次、82次、83次、84次、85次、86次、87次、88次、89次、90次、91次、92次、93次、94次、95次、96次、97次、98次、99次或100次(或任何可从其中推导出的范围)分次剂量。在一些实施方案中，每天施用至少、至多或正好1次、2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次、10次、11次或12次(或任何可从其中推导出的范围)分次剂量。在一些实施方案中，每周施用至少、至多或正好1次、2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次、10次、11次、12次、13次、14次、15次、16次、17次、18次、19次、20次、21次、22次、23次、24次、25次、26次、27次、28次、29次或30次(或任何可从其中推导出的范围)分次剂量。

G.手术

约60％患有癌症的人将经受一些类型的手术，其包括预防性、诊断性或阶段性、治疗性和姑息性手术。治疗性手术包括切除术，其中将所有或部分的癌组织物理地去除、切离和/或破坏，并且可与其他治疗，例如本实施方案的治疗、化学治疗、放射治疗、激素治疗、基因治疗、免疫治疗和/或替代治疗联合使用。肿瘤切除是指物理去除至少部分的肿瘤。除肿瘤切除术之外，通过手术的治疗包括激光手术、冷冻手术、电外科手术和显微控制的手术(莫氏手术)。

在切除部分或全部癌性细胞、组织或肿瘤之后，可在体内形成腔。治疗可通过灌注、直接注射或在该区域局部施加另外的抗癌治疗来完成。这种治疗可例如每1天、2天、3天、4天、5天、6天或7天，或者每1周、2周、3周、4周和5周，或者每1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或12个月重复进行。这些治疗也可具有多种剂量。

H.其他制剂

考虑可将其他制剂与本实施方案的某些方面组合使用以提高治疗的治疗效力。这些另外的制剂包括影响细胞表面受体和GAP连接的上调的制剂、细胞抑制剂和分化剂、细胞黏附抑制剂、提高过度增殖细胞对凋亡诱导剂的敏感性的制剂，或其他生物制剂。通过提高GAP连接数而提高胞间信号传导将提高对邻近过度增殖细胞群的抗过度增殖作用。在另一些实施方案中，细胞抑制剂或分化剂可与本实施方案的某些方面组合使用以提高治疗的抗过度增殖效力。考虑了细胞黏附抑制剂以提高本实施方案的效力。细胞黏附抑制剂的一些实例是黏着斑激酶(FAK)抑制剂和洛伐他汀。还考虑了可将提高过度增殖细胞对凋亡的敏感性的其他药剂，例如抗体c225，与本实施方案的某些方面组合使用以提高治疗效力。

V.治疗组合物的施用

本公开的方法包括施用治疗剂的组合和/或施用治疗剂，例如粪便，以及治疗方案，例如类固醇治疗或抗整合素治疗。可以以本领域已知的任何合适方式施用治疗。例如，可以依次(在不同时间)或同时(在相同的时间)施用所述治疗。在一些实施方案中，治疗是在单独组成的。在一些实施方案中，治疗是在相同的组合物中。

可以采用多种治疗组合，例如，一种治疗称为“A”和另一种治疗称为“B”：

A/B/A B/A/B B/B/A A/A/B A/B/B B/A/A A/B/B/B B/A/B/B

B/B/B/A B/B/A/B A/A/B/B A/B/A/B A/B/B/A B/B/A/A

B/A/B/A B/A/A/B A/A/A/B B/A/A/A A/B/A/A A/A/B/A

可以通过相同的施用途径或通过不同的施用途径施用本公开的治疗，例如来自健康对象的粪便。在一些实施方案中，治疗通过结肠内、静脉内、肌内、皮下、局部、口服、经皮、腹膜内、眶内、通过植入、吸入、鞘内、心室内或鼻内施用。在一些实施方案中，微生物调节剂静脉内、肌内、皮下、局部、口服、经皮、腹膜内、眶内、通过植入、吸入、鞘内、心室内或鼻内施用。

例如，施用于人的实施方案的微生物调节剂组合物的至少一个分离的或纯化的细菌群体中的每一个或者分离的或纯化的细菌群体中至少2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个或15个分离的或纯化的细菌群体中的每一个的治疗有效量或足够量是至少约1×10e3个菌落形成单位(CFU)的细菌或至少约1×10⁴CFU、1×10⁵CFU、1×10⁶CFU、1×10⁷CFU、1×10⁸CFU、1×10⁹CFU、1×10¹⁰CFU、1×10¹¹CFU、1×10¹²CFU、1×10¹³CFU、1×10¹⁴CFU、1×10¹⁵CFU(或任何可从其中推导出的范围)。在一些实施方案中，单剂量将含有特定细菌(例如，本文描述的特定细菌或种、属或科)的至少、至多或正好1×10⁴CFU、1×10⁵CFU、1×10⁶CFU、1×10⁷CFU、1×10⁸CFU、1×10⁹CFU、1×10¹⁰CFU、1×10¹¹CFU、1×10¹²CFU、1×10¹³CFU、1×10¹⁴CFU、1×10¹⁵CFU或大于1×10¹⁵CFU(或任何可从其中推导出的范围)的细菌量。在一些实施方案中，单剂量将含有至少、至多或正好1×10⁴CFU、1×10⁵CFU、1×10⁶CFU、1×10⁷CFU、1×10⁸CFU、1×10⁹CFU、1×10¹⁰CFU、1×10¹¹CFU、1×10¹²CFU、1×10¹³CFU、1×10¹⁴CFU、1×10¹⁵CFU或大于1×10¹⁵CFU(或任何可从其中推导出的范围)的总细菌。在具体实施方案中，细菌以孢子形式或孢子化细菌提供。在特定实施方案中，每个分离的或纯化的细菌群体，例如每个个种、亚种或菌株的孢子浓度至少、至多或正好为每克组合物或每次施用剂量1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵或大于1×10¹⁵(或任何可从其中推导出的范围)的活细菌孢子。在一些实施方案中，组合物包含或方法包括施用至少、至多或正好1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、20个、25个、30个、40个或50个(或任何可从其中推导出的范围)不同细菌种、不同细菌属或不同细菌科。

在一些实施方案中，施用于人的实施方案中的微生物调节剂组合物的至少一个分离的或纯化的细菌群体中的每一个或至少2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个或15个分离的或纯化的细菌群体中的每一个的治疗有效量或足够量是至少约1×10³个细菌的细胞，或至少约1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵个细胞(或任何可从其中推导出的范围)。在一些实施方案中，单剂量将含有特定细菌(例如，本文描述的特定细菌或种、属或科)的至少、至多或正好1×10⁴个、1×10⁵个、1×10⁶个、1×10⁷个、1×10⁸个、1×10⁹个、1×10¹⁰个、1×10¹¹个、1×10¹²个、1×10¹³个、1×10¹⁴个、1×10¹⁵个或大于1×10¹⁵个细胞(或任何可从其中推导出的范围)的细菌量。在一些实施方案中，单剂量将含有至少、至多或正好1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵或大于1×10¹⁵个细胞(或任何可从其中推导出的范围)的总细菌。在具体实施方案中，细菌以孢子形式或孢子化细菌提供。在特定实施方案中，每个分离的或纯化的细菌群体，例如每个个种、亚种或菌株的孢子浓度至少、至多或正好为每克组合物或每个施用剂量1×10⁴、1×10⁵、1×10⁶、1×10⁷、1×10⁸、1×10⁹、1×10¹⁰、1×10¹¹、1×10¹²、1×10¹³、1×10¹⁴、1×10¹⁵或大于1×10¹⁵(或任何可从其中推导出的范围)的活细菌孢子。在一些实施方案中，组合物包含或方法包括施用至少、至多或正好1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、11个、12个、13个、14个、15个、20个、25个、30个、40个或50个(或任何可从其中推导出的范围)不同细菌种、不同细菌属或不同细菌科。

治疗可以包括多种“单位剂量”。单位剂量定义为含有预定量的治疗组合物。待施用的量以及具体的途径和配方在临床领域的技术人员确定的能力范围内。单位剂量不必作为单次注射施用，而可以包括在设定的时间段内连续输注。在一些实施方案中，单位剂量包括单次施用剂量。

根据治疗次数和单位剂量，待施用的量取决于所期望的治疗效果。有效量应理解为是指达到特定效果所需的量。在某些实施方案的操作中，预期10mg/kg至200mg/kg范围内的剂量可影响这些制剂的保护能力。因此，预期剂量包括约0.1、0.5、1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195和200、300、400、500、1000μg/kg、mg/kg、μg/天或mg/天的剂量或任何可从其中推导出的范围。此外，这些剂量可以在一天中多次施用，和/或在数天、数周或数月内施用。

在一些实施方案中，无论是通过一次或多次的施用，施用于人的治疗组合物的治疗有效量或足够量在约0.01mg/kg至约50mg/kg患者体重的范围内。在一些实施方案中，例如每天使用的治疗剂为约0.01mg/kg至约45mg/kg、约0.01mg/kg至约40mg/kg、约0.01mg/kg至约35mg/kg、约0.01mg/kg至约30mg/kg、约0.01mg/kg至约25mg/kg、约0.01mg/kg至约20mg/kg、约0.01mg/kg至约15mg/kg、约0.01mg/kg至约10mg/kg、约0.01mg/kg至约5mg/kg或约0.01mg/kg至约1mg/kg。在一些实施方案中，治疗剂以15mg/kg施用。然而，可以使用其他剂量方案。在一个实施方案中，在21天周期的第1天，将本文所述的治疗剂以约100mg、约200mg、约300mg、约400mg、约500mg、约600mg、约700mg、约800mg、约900mg、约1000mg、约1100mg、约1200mg、约1300mg或约1400mg施用于对象。该剂量可以以单剂量或以多剂量(例如，2或3个剂量)施用，例如输液。该治疗的进展容易通过常规技术监测。

在一些实施方案中，药物组合物的有效量是可以提供约1μM至150μM的血液水平的剂量。在另一个实施方案中，有效量提供的血液水平为约4μM至100μM；或约1μM至100μM；或约1μM至50μM；或约1μM至40μM；或约1μM至30μM；或约1μM至20μM；或约1μM至10μM；或约10μM至150μM；或约10μM至100μM；或约10μM至50μM；或约25μM至150μM；或约25μM至100μM；或约25μM至50μM；或约50μM至150μM；或约50μM至100μM(或任何可从其中推导出的范围)。在其他实施方案中，剂量可以提供由向对象施用治疗剂得到的以下的制剂的血液水平：大约、至少约或至多约1μM、2μM、3μM、4μM、5μM、6μM、7μM、8μM、9μM、10μM、11μM、12μM、13μM、14μM、15μM、16μM、17μM、18μM、19μM、20μM、21μM、22μM、23μM、24μM、25μM、26μM、27μM、28μM、29μM、30μM、31μM、32μM、33μM、34μM、35μM、36μM、37μM、38μM、39μM、40μM、41μM、42μM、43μM、44μM、45μM、46μM、47μM、48μM、49μM、50μM、51μM、52μM、53μM、54μM、55μM、56μM、57μM、58μM、59μM、60μM、61μM、62μM、63μM、64μM、65μM、66μM、67μM、68μM、69μM、70μM、71μM、72μM、73μM、74μM、75μM、76μM、77μM、78μM、79μM、80μM、81μM、82μM、83μM、84μM、85μM、86μM、87μM、88μM、89μM、90μM、91μM、92μM、93μM、94μM、95μM、96μM、97μM、98μM、99μM或100μM或任何可从其中推导出的范围。在某些实施方案中，向对象施用的治疗剂在体内被代谢为代谢的治疗剂，在这种情况下，血液水平可以指代谢的治疗剂的量。或者，在治疗剂不被对象代谢的情况下，本文讨论的血液水平可以指未代谢的治疗剂。

治疗组合物的精确量还取决于从业者的判断，并且是每个个体所特有的。影响剂量的因素包括患者的身体和临床状态、施用途径、预期的治疗目标(缓解症状还是治愈)、特定治疗性物质的效力、稳定性和毒性，以及对象可能正在接受的其他治疗。

本领域技术人员将理解并意识到，可以将μg/kg体重或mg/kg体重的剂量单位转换并以μg/ml或mM(血液水平)的相当浓度单位表示，例如4μM至100μM。还应理解吸收是物种和器官/组织依赖性的。与吸收和浓度测量相关的适用的换算因数和生理假设是众所周知的，并且将允许本领域技术人员将一种浓度量度转换为另一种，并对本文所述的剂量、功效和结果做出合理的比较和结论。

VI.治疗方法

本文提供了通过将治疗组合物，例如包含来自健康对象的粪便的组合物，施用到已经或目前正在接受免疫检查点治疗的对象来治疗或延迟结肠炎进展的方法。

在一些实施方案中，治疗导致个体在治疗停止后持续反应。在一些实施方案中，个体患有癌症或患有结肠炎，其对一种或多于一种抗癌治疗具有耐药性(已证明具有耐药性)。在一些实施方案中，对治疗的耐药性包括复发性或难治性结肠炎。

术语“治疗”或“处理”是指对哺乳动物中疾病的任何治疗，其包括：(i)预防疾病，即通过在诱发疾病之前施用保护的组合物使疾病的临床症状不发展；(ii)阻抑疾病，即通过在诱发事件后但在该疾病的临床症状出现或再次出现之前施用保护的组合物使疾病的临床症状不发展；(iii)抑制疾病，即通过在其最初出现后施用保护的组合物来阻止临床症状的发展；和/或(iv)减缓疾病，即通过在其最初出现之后施用保护的组合物使临床症状消退。在一些实施方案中，治疗可以排除疾病的预防。

在某些方面，可以进行进一步的癌症或转移检查或筛查，或进一步的诊断，例如对比增强计算机断层扫描(CT)、正电子发射断层扫描CT(PET-CT)和磁共振成像(MRI)以对确定具有某些肠道微生物组组成的患者测定癌症或癌症转移。

VII.测定微生物组组成的方法

在一些实施方案中，方法涉及获得微生物组谱。在一些实施方案中，获得微生物组谱包括以下步骤或有序步骤：i)获得获自对象(例如人类对象)的样品，ii)从样品中分离一种或多于一种细菌种，iii)从至少一种细菌种分离一种或多于一种核酸，iv)将分离的核酸测序，和v)将测序的核酸与参考核酸序列进行比较。当进行需要基因分型的方法时，可以使用任何基因分型分析。例如，可以通过对16S或23S核糖体亚基测序或通过与宏转录组相关的宏基因组鸟枪法DNA测序来完成。

测定微生物组组成的方法可包括一种或多于一种微生物学方法，例如测序、二代测序、蛋白质印迹、比较基因组杂交、PCR、ELISA等。

VIII.试剂盒

本公开的某些方面还包括用于执行本公开的方法的试剂盒，例如结肠炎的检测、诊断或治疗，和/或微生物的检测和定性或定量表征。此类试剂盒可以由现有的材料和试剂制备。例如，此类试剂盒可包含以下材料中的任何一种或多于一种：酶、反应管、缓冲剂、洗涤剂、引物、探针、抗体。在一个优选的实施方案中，这些试剂盒允许从业者获得血液、眼泪、精液、唾液、尿液、组织、血清、粪便、痰、脑脊液和细胞裂解液上清液中的肿瘤细胞样品。在另一个优选的实施方案中，这些试剂盒包括进行RNA提取、RT-PCR和凝胶电泳所需的装置。试剂盒中还可以包括执行检测的说明。

在一个特定方面中，这些试剂盒可包含多种用于评估或鉴定微生物的试剂，其中试剂盒装在容器中。试剂盒还可包括用于使用试剂盒以评估序列的说明、用于转换和/或分析序列数据以产生预后的方法。用于测量生物标志物表达的试剂盒中的试剂可包括用于qRT-PCR的多个PCR探针和/或引物和/或用于评估生物标志物表达的多个抗体或其片段。在另一个实施方案中，试剂盒中用于测量生物标志物表达的试剂可包含与本发明的生物标志物的mRNA互补的多核苷酸阵列。还可以包括用于将表达数据转换为表达值和用于分析表达值以生成预测存活率或预后的分数的可能方法。

试剂盒可包括带有标签的容器。合适的容器包括例如瓶子、小瓶和试管。容器可由多种材料制成，例如玻璃或塑料。容器可容纳组合物，该组合物包括可用于预后或非预后应用的探针，例如如上所述。容器上的标签可以表明组合物用于特定的预后或非预后应用，并且也可以表明用于体内或体外使用，例如如上所述。试剂盒可包含上述容器和一个或多个其他容器，容器包含从商业和用户角度看所需的材料，包括缓冲剂、稀释剂、过滤器、针头、注射器和带有使用说明的包装说明书。

其他试剂盒实施方案涉及包含本公开的治疗组合物的试剂盒。试剂盒可用于本公开的治疗方法并包含使用说明。

IX.实施例

包括下列实施例以证明本发明的优选实施方案。本领域技术人员应当理解下面的实施例中公开的技术代表了本发明人发现的在实施本发明时运行良好的技术，因此可以被认为构成实施本发明的优选模式。然而，本领域技术人员应当理解，根据本公开，在不偏离本发明的精神和范围的前提下，在公开的具体实施方案中可以做出许多改变并仍然获得类似的或相似的结果。

实施例1 粪便微生物群移植治疗难治性免疫检查点抑制剂相关结肠炎

发明人报告了第一个用粪便微生物群移植成功治疗免疫检查点抑制剂(ICI)相关结肠炎的病例系列，重建了肠道微生物组并且结肠粘膜内调节性T细胞的比例相对增加。这些初步数据提供了调节肠道微生物组可以消除ICI相关结肠炎的证据。

发明人试图确定用来自健康供体的FMT治疗对难治性ICI相关结肠炎患者的影响，并在2017年6月至2018年1月期间招募了两名患者参加该治疗方案(CIND17-0036、CIND17-0058)。两位患者的临床过程在图3-5中进一步详细说明。第一位患者是一名50岁女性，患有对标准化学治疗无效的高级别转移性尿路上皮癌，她参加了CTLA-4和PD-1联合阻断试验(NCT1928394)。治疗开始后两周，她因CTCAE≥2级腹泻/结肠炎住院。包括用于常见胃肠道病原体的基于PCR的多重检测的感染性检查为阴性，并且结肠镜检查显示内窥镜类似于溃疡性结肠炎的严重结肠炎(图1A和图5A和图6A)。她接受了全身皮质类固醇，随后接受了两剂抗TNF-α药物(英夫利昔单抗)以及一剂抗整合素治疗(维多珠单抗)，但她的症状持续存在。然后她通过结肠镜接受了单剂FMT(50g供体粪便)。第二名招募的患者是一名78岁男性，患有对化学治疗和激素治疗无效的前列腺癌，他在临床试验(NCT02113657)的背景下接受了两剂伊匹单抗。治疗开始后三个月，他因发烧和CTCAE≥2级腹泻/结肠炎住院。尽管具有克罗恩氏结肠炎样表现，感染性病因被排除，且结肠镜检查证实了ICI相关结肠炎的诊断(图1D、图5B和图6B)。尽管全身使用皮质类固醇、英夫利昔单抗和维多珠单抗，他的症状仍然存在。他接受了两剂FMT。所有三种FMT产品来源于在三个不同时间点收集的单个健康无关供体。

两名患者在FMT治疗后临床症状完全消失，最终恢复正常的固体日常排便且没有进一步出血(图5)。在第一名患者中，两周内逐渐完全消退并且她在7天内停用类固醇(图5A)，而第二名患者胃肠道症状部分改善，但在后续结肠镜检查中有持续性溃疡和反复腹痛。他在第二次FMT治疗后完全恢复(图5B)。

内窥镜评估表明，临近ICI相关结肠炎诊断的时间，两名患者中均有明显的粘膜炎症和溃疡，全身性皮质类固醇、抗TNF和抗整合素药物后无实质性改善。FMT后，内窥镜评估明显改善，且炎症减少和溃疡消退(图1A、图1D和图6)。在第一个患者中，结肠黏膜中免疫浸润的分析表明，在FMT之前有密集的炎性浸润以及高密度的CD8+细胞毒性T淋巴细胞和低密度的CD4+FoxP3+T细胞(图1B、图1C、图7A和图8A)，其与来自自身免疫性结肠炎报告的结果一致。FMT后，CD8+T细胞密度大幅降低并伴随CD4+FoxP3+增加(图1B、图1C、图7A和图8A)，从而提供了一种可能机制，通过该机制FMT可以消除ICI相关毒性。在第二位患者中，FMT后分析的所有T细胞亚型密度均下降，但CD4+T细胞群相对于CD8+T细胞群存活，且CD4+和FoxP3+细胞继续存活(图1E、图1F、图7B、图8B和图9)。

内窥镜评估表明，临近ICI相关结肠炎诊断的时间，两名患者中均有明显的粘膜炎症和溃疡，全身性皮质类固醇、抗TNF和抗整合素药物后无实质性改善。FMT后，内窥镜评估明显改善，且炎症减少和溃疡消退(图1A、图1D和图6)。在第一个患者中，结肠黏膜中免疫浸润的分析表明，在FMT之前有密集的炎性浸润以及高密度的CD8+细胞毒性T淋巴细胞和低密度的CD4+FoxP3+T细胞(图1B、图1C、图7A和图8A)，其与来自自身免疫性结肠炎报告的结果一致。FMT后，CD8+T细胞密度大幅降低并伴随CD4+FoxP3+增加(图1B、图1C、图7A和图8A)，从而提供了一种可能机制，通过该机制FMT可以消除ICI相关毒性。在第二位患者中，FMT后分析的所有T细胞亚型密度均下降，但CD4+T细胞群相对于CD8+T细胞群存活，且CD4+和FoxP3+细胞继续存活(图1E、图1F、图7B、图8B和图9)。

发明人接下来评估了这些患者中结肠炎时存在的细菌类群以及FMT治疗后肠道微生物组的成分变化。两名患者结肠炎时存在的细菌类群完全不同，第一名患者中以梭状芽孢杆菌为主并且明显不存在对ICI相关结肠炎和IBD具有保护的细菌，分别如拟杆菌纲和疣微菌纲，第二名患者中以丙型变形菌纲(埃希菌为主)为主，这通常见于肠道紊乱状态。第一名患者进行FMT后，供体FMT衍生的细菌立即有效地定植于肠道，近75％的序列单独归因于FMT供体微生物组和明显更高的阿克曼菌丰度(图2D和图2E)。FMT后第7周，阿克曼菌现在只占她微生物组的一小部分，并且梭状芽孢杆菌进一步扩增，且梭状芽孢杆菌大部分来源于患者(图2D，左和图2E，左)。值得注意的是，患者在FMT后还表现出双歧杆菌的扩增，最近有报道称其在小鼠模型中消除了ICI相关毒性(图2D，左和图2E，左)。在第二名患者中，FMT后布劳特氏菌和双歧杆菌种的丰度显著增加，这与肠道炎症减少有关(图2D，右和图2E，右)。除此之外，在他的第一次FMT后，他的潜在致病性埃希菌的丰度减少，潜在有益的拟杆菌增加(图2D，右和图2E，右)。在他的第二次FMT后，他具有更高的埃希菌的丰度并且最终减少的拟杆菌；然而他的胃肠道症状稳定持续改善(图2D，右和图2E，右)。

总之，这些病例提供了具有令人振奋的新证据，表明通过FMT调节肠道微生物组与显著和快速改善难治性ICI相关结肠炎相关，并对可能的机制进行了早期了解。

A.方法

供体选择粪便库由德克萨斯大学公共卫生学院机构审查委员会HSC-SPH-15-0991处理。经过适当筛选后(表1和表2)一位匿名供体提供了本研究中采用的粪便。

1.供体粪便制备

在排出后4小时内处理来自捐献者的≥150g的单个粪便样本，在总体积1500ml0.85％NaCl(1:10)中稀释，在无菌袋中的StomacherR 80Master(Seward实验室系统)中混合，并且然后在生物安全柜内的漏斗(均已灭菌)中通过湿润的五层无菌纱布过滤。冷冻等分样品储存在-80℃并在制备6个月内使用。FMT当天，溶解250ml冷冻产品并包装到五个50ml无菌注射器中。重新溶解后，产品保持在4℃并在4h内使用。

2.FMT递送

作为标准程序，受体在MD Anderson内窥镜检查室进行了结肠镜检查，然后进行了整夜结肠清洁预处理方案。一旦内窥镜到达盲肠，50g/250ml的液体供体粪便由预装的注射器通过内窥镜的水道递送到盲肠。在从内窥镜检查室出来前，手术后受体卧床休息1h。指导患者在FMT手术后恢复他们的日常生活，包括饮食。

3.患者临床病史

患者1是一名50岁女性，患有转移至肺和脊柱的高级别转移性尿路上皮癌，对标准化学治疗方案无效。她参加了伊匹单抗和纳武单抗联合阻断试验(NCT1928394)。治疗开始后两周，她因临床诊断为CTCAE(不良事件通用术语标准)≥2级腹泻/结肠炎(血性腹泻)住院，且排除感染性病因后经内窥镜确诊。尽管对结肠炎进行了标准治疗，但她的症状仍然存在。这包括在长期住院期间进行3个月的持续全身性皮质类固醇治疗和两剂抗TNF-α药物(英夫利昔单抗)。随后内窥镜检查获得的组织学显示巨细胞病毒免疫组织化学呈阳性；她成功接受了伐昔洛韦(valcyclovir)治疗，并且后续内镜活检消退。作为三线治疗，给予一剂抗整合素抗体(维多珠单抗)没有进一步改善。作为体恤治疗(CIND17-0036，IRB PA18-0372)，她通过结肠镜接受了单剂FMT(50g供体粪便)。患者临床好转。然而，她最终在FMT后3个月死于原发性癌症的发展。患者2是一名78岁男性，患有转移到骨的前列腺癌，对化学治疗和激素治疗无效，他在临床试验(NCT02113657)中接受了两剂伊匹单抗。治疗开始后3个月，他因发热和临床诊断CTCAE≥2级腹泻/结肠炎(腹泻、直肠出血和腹痛)入院，且排除感染性病因后经内窥镜确诊。他对结肠炎的标准治疗表现出不完全的临床、内窥镜和组织学改善，结肠炎的标准治疗包括共5个月的免疫抑制剂(全身性皮质类固醇、两剂英夫利昔单抗和四剂维多珠单抗)。作为体恤治疗(CIND17-0058，IRB PA18-0372)，他接受了FMT治疗(也是通过结肠镜递送50g供体粪便)，这在短期内改善了他的症状；然而，多发性结肠溃疡持续存在并伴有残留腹痛。2个月后，他在相同的CIND17-0058下接受了第二剂FMT(通过结肠镜递送50g供体粪便)。尽管此后他接受了另外的癌症治疗，到目前为止他已经7个月没有症状。

4.微生物组分析的方法

对FMT前和FMT后第10天和第53天收集的患者样本以及从FMT供体收集的样本进行微生物组分析。使用QIAamp DNA粪便试剂盒(Qiagen)从粪便样本中提取细菌基因组DNA，并增加了玻珠打浆溶胞步骤。如前所述，基因组16S核糖体-RNA V4可变区在Illumina MiSeq平台上被扩增和测序。每个样本获得3380到42776个序列(平均10003个)。

VSEARCH被用于分析核苷酸序列。双端读段被合并，去复制，并按长度和大小排序。然后使用UNOISE算法(可在万维网atbiorxiv.org/content/early/2016/10/15/081257上获得)对序列进行纠错和嵌合体过滤，以生成OTU的初步列表。在QIIME26中，使用Mothur方法和Silva数据库版本128(可在万维网databasecommons.org/database.jsp？db_id＝238上获得)对OTU和假定嵌合体进行分类。此外，被UNOISE算法拒绝的与数据库条目满分匹配的序列被恢复以生成OTU的最终列表。使用VSEARCH生成OTU表，并用QIIME确定样品之间的UniFrac距离。为了评估逆辛普森多样性得分，首先使用QIIME将样本序列稀化到低于具有最少序列数(3000)的样本序列数。此外，使用主坐标分析(PCoA)来说明研究患者和供体样本之间在两个维度PC1和PC2中的未加权的UniFrac距离，以构建显示样本之间最大变化的正交坐标。

5.免疫组织化学的方法

由福尔马林固定石蜡包埋的肠道组织制备切片(4μm厚)。然后使用Leica Bond RX自动载玻片染色机(Leica Biosystems)对载玻片染色，对CD3(1:100，Dako)、CD8(1:100，Thermo Scientific)和FoxP3(1:50，BioLegend)染色，并用苏木精复染。然后使用自动Aperio载玻片扫描仪(Leica)扫描染色的载玻片，并使用默认“Nuclear v9”算法的改进版本量化肿瘤区域中免疫浸润的密度，并表示为每mm²的阳性计数。

对于每个免疫组织化学(IHC)标记物，发明人评估了单个5mm切片。对于自动图像分析，从每个样本每个标记物的每个5mm切片中手动选择四个感兴趣区域(ROI)。四个ROI中的每一个测量为0.5*0.5mm²，并且每个时间点绘制的IHC+细胞密度表示四个ROI每mm²的平均值。免疫细胞的绝对密度提供了方差(标准偏差)的度量。

6.多重免疫荧光分析和多光谱分析的方法

对于多重染色，发明人对以下标志物遵循Opal方案染色方法：CD4(1:25，CM153BK，Biocare)，使用荧光素AF-647完成后续显色；使用AF-488对FoxP3显色(1:50)；CD8(1:200，M7103，Dako)，使用AF-594显色(1:50)；颗粒酶B(1:100，PA0291，Leica Microsystems)，使用AF-555显色(1:50)。随后使用DAPI(1:2000)显色细胞核。所有切片均使用VectashieldHardset895封片剂盖片。

先前描述了多光谱分析详细的方法。每个单独染色的切片(CD4/AF-647、CD8/AF-594、FoxP3/AF-488、GrB/AF-555和DAPI)都用于建立多光谱分析所需的荧光团光谱库。在荧光条件下使用Vectra载玻片扫描仪(PerkinElmer)扫描载玻片。对于每个标记物，随后将每个病例的平均荧光强度确定为基点，从该基点可以将阳性响应确定为阳性阈值。

7.感染原的粪便分析的方法

进行实时PCR方法以检测来自以下22种病原体的核酸的存在：腺病毒F40/41、星状病毒、艰难梭菌、弯曲杆菌、隐孢子虫、环孢子虫、大肠杆菌O157、肠聚集性大肠杆菌、肠侵袭性大肠杆菌、溶组织内阿米巴、肠致病性大肠杆菌、肠产毒性大肠杆菌、兰伯氏贾第毛虫、诺如病毒GI/GII、类志贺邻单胞菌、轮状病毒A、沙门氏菌、札幌病毒(I、II、IV和V)、产志贺毒素大肠杆菌、弧菌、霍乱弧菌、小肠结肠炎耶尔森菌。大多数试剂的培养或艰难梭菌ELISA都证实了阳性结果。

8.ICI相关结肠炎的内窥镜评分的方法

两名患者都接受了全结肠镜评估，检查了结肠的每个部分(升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠和直肠)。鉴于内窥镜数据收集的定性性质和无法提供真实的统计分析，来自同一结肠镜评估的其他多张代表性照片被包括在内。

使用了针对ICI相关结肠炎的内窥镜严重程度评分，该评分包括红斑和溃疡的存在以及粘膜溃疡的数量和深度。内窥镜评分由五个特征组成，以下每个各得一分：(a)红斑和糜烂；(b)任何溃疡；(c)数量多于两个的溃疡；(d)表面积大于1cm的溃疡；(e)深度超过2mm的溃疡。

9.数据的统计处理与分析

对于包括内窥镜检查的定性数据，发明人已经包括了如上所述的多张代表性照片。对于IHC，发明人从每名患者的每个时间点选择单张载玻片进行染色，但已包括每名患者的多个时间点。然后使用自动Aperio载玻片扫描仪(Leica)扫描染色的载玻片，并使用默认“Nuclear v9”算法的改进版本量化肿瘤区域中免疫浸润的密度，并表示为每mm²的阳性计数。对于每个IHC标记物，发明人评估了单个5mm切片。对于自动图像分析，从每个样本每个标记物的每个5mm切片中手动选择四个ROI。四个ROI中的每一个经测量为0.5×0.5mm²，并且分别绘制了IHC+细胞密度图。

时间点表示四个ROI每mm²的平均值。免疫细胞的绝对密度提供了方差(标准偏差)的度量。对于多重IHC，发明人的目标不是量化每个样品内不同细胞类型的数量，而是证明CD4和FoxP3的共定位。因此，发明人从患者中选择了一张有代表性的载玻片并且评估了多个(>2个时间点)。关于粪便分析，分析了每个时间点每个患者的单个样本。如上所述，每个样本获得了3380到42776个序列(平均10003个)。

表1：供体筛选测试

剂	材料	接受标准
			乙型肝炎核心抗体	血液	阴性
乙型肝炎表面抗原	血液	阴性
			丙型肝炎病毒抗体	血液	阴性
甲型肝炎病毒IgM	血液	阴性
			HIV-1和HIV-2抗体	血液	阴性
抗HTLV I/II	血液	阴性
			梅毒血清学检测	血液	阴性
艰难梭菌毒素A/B	粪便	阴性
			志贺菌属	粪便	阴性
沙门氏菌属	粪便	阴性
			弯曲杆菌属	粪便	阴性
产志贺毒素大肠杆菌	粪便	阴性
			耐甲氧西林金黄色葡萄球菌	粪便	阴性
耐万古霉素肠球菌属	粪便	阴性
			耐碳青霉烯肠杆菌科	粪便	阴性
产超广谱β-内酰胺酶大肠杆菌	粪便	阴性
			气单胞菌属	粪便	阴性
邻单胞菌属	粪便	阴性
			耶尔森氏菌属	粪便	阴性
弧菌属	粪便	阴性
			隐孢子虫	粪便	阴性
溶组织内阿米巴	粪便	阴性
			环孢子虫	粪便	阴性
等孢子球虫属	粪便	阴性
			轮状病毒	粪便	阴性
腺病毒	粪便	阴性
			诺如病毒	粪便	阴性
兰伯氏贾第毛虫，EIA	粪便	阴性
			幽门螺杆菌EIA	粪便	阴性

表2：供体筛选测试

***

根据本公开，完全可以制备并实施在此公开并要求保护的所有方法，而无须进一步实验。虽然已经就优选的实施方案描述本发明的组合物和方法，但是对本领域的技术人员来说，显而易见的是，在不偏离本发明的观点、精神和范围的情况下可以对本文所述的方法及方法的各个步骤或方法的各个步骤间的顺序作出改变。更特别地，显而易见的是，化学上和生理上都相关的某些试剂可以取代在本文中所述的试剂，而可以达到相同或相似的结果。所有此类对于本领域技术人员而言显而易见的类似取代和修改被认为落入由所附的权利要求定义的本发明的精神、范围和观点之中。

参考文献

以下参考文献为本文所述的内容提供了示范性操作或其它详细补充，通过引用明确并入本文。

1.Michot，J.M.et al.Eur.J.Cancer 54，139-148(2016).

2.Cramer，P.&Bresalier，R.S.Curr.Gastroenterol.Rep.19，3(2017).

3.Chen，J.H.，Pezhouh，M.K.，Lauwers，G.Y.&Masia，R.Am.J.Surg.Pathol.41，643-654(2017).

4.Dadu，R.，Zobniw，C.&Diab，A.Cancer J.22，121-129(2016).

5.Bertrand，A.，Kostine，M.，Barnetche，T.，Truchetet，M.E.&Schaeverbeke，T.BMC Med.13，211(2015).

6.Horvat，T.Z.et al.J.Clin.Oncol.33，3193-3198(2015).

7.Beck，K.E.et al.J.Clin.Oncol.24，2283-2289(2006).

8.Johnston，R.L.，Lutzky，J.，Chodhry，A.&Barkin，J.S.Dig.Dis.Sci.54，2538-2540(2009).

9.Minor，D.R.，Chin，K.&Kashani-Sabet，M.Cancer Biother.Radiopharm.24，321-325(2009).

10.Borody，T.J.&Khoruts，A.Nat.Rev.Gastroenterol.Hepatol.9，88-96(2011).

11.Gopalakrishnan，V.et al.Science 359，97-103(2018).1

12.Matson，V.et al.Science 359，104-108(2018).

13.Routy，B.et al.Science 359，91-97(2018).

14.Dubin，K.et al.Nat.Commun.7，10391(2016).1

15.Vetizou，M.et al.Science 350，1079-1084(2015).

16.Chaput，N.et al.Ann.Oncol.28，1368-1379(2017).

17.Wang，F.，Yin，Q.，Chen，L.&Davis，M.M.Proc.Natl Acad.Sci.USA 115，157-161(2018).

18.Kappeler，A.&Mueller，C.Histol.Histopathol.15，167-172(2000).

19.Nancey，S.et al.Gastroenterology 131，485-496(2006).

20.Png，C.W.et al.Am.J.Gastroenterol.105，2420-2428(2010).

21.Litvak，Y.，Byndloss，M.X.，Tsolis，R.M.&Baumler，A.J.Curr.Opin.Microbiol.39，1-6(2017).

22.Jenq，R.R.et al.Biol.Blood Marrow Transplant.21，1373-1383(2015).

23.van Nood，E.et al.N.Engl.J.Med.368，407-415(2013).

24.Caporaso，J.G.et al.ISME J.6，1621-1624(2012)

25.Rognes，T.，Flouri，T.，Nichols，B.，Quince，C.&Mahe，F.PeerJ4，e2584(2016).

26.Caporaso，J.G.et al.Nat.Methods 7，335-336(2010).

27.Schloss，P.D.et al.Appl.Environ.Microbiol.75，7537-7541(2009).

28.Lozupone，C.，Lladser，M.E.，Knights，D.，Stombaugh，J.&Knight，R.ISMEJ.5，169-172(2011).

29.Stack，E.C.，Wang，C.，Roman，K.A.&Hoyt，C.C.Methods 70，46-58(2014).

30.Abu-Sbeih，H.et al.J.Immunother.Cancer 6，1-11(2018).

Claims (82)

1.一种用于治疗对象中免疫检查点抑制剂(ICI)相关结肠炎的方法，其包括向对象施用来自健康供体的粪便。

2.根据权利要求1所述的方法，其中ICI相关结肠炎包括难治性ICI相关结肠炎。

3.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中对象已接受抗CTLA-4单一治疗。

4.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中对象已接受抗PD-1单一治疗。

5.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中对象已接受抗CTLA-4和抗PD-1联合治疗。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中结肠炎被归类为2级或高于2级。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中对象已接受ICI相关结肠炎的先前治疗。

8.根据权利要求7所述的方法，其中已确定对象对先前治疗无反应。

9.根据权利要求7或8所述的方法，其中先前治疗包括类固醇、皮质类固醇、抗TNF-α治疗、抗整合素治疗、英夫利昔单抗、美沙拉嗪和维多珠单抗中的一种或多于一种。

10.根据权利要求9所述的方法，其中类固醇包括甲泼尼龙或泼尼松龙。

11.根据权利要求10所述的方法，其中已确定对象对静脉注射甲泼尼龙140mg/天至少5天无反应。

12.根据权利要求8-11中任一项所述的方法，其中已确定对象对至少一剂5mg/kg的英夫利昔单抗无反应或进一步无反应。

13.根据权利要求8-12中任一项所述的方法，其中已确定对象对静脉注射甲泼尼龙110mg/天至少2天无反应或进一步无反应。

14.根据权利要求8-13中任一项所述的方法，其中已经确定对象对10mg/kg的剂量的英夫利昔单抗无反应或进一步无反应。

15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，其中方法包括施用至少2剂粪便。

16.根据权利要求15所述的方法，其中两次施用至少相隔30天。

17.根据权利要求1-16中任一项所述的方法，其中施用包括结肠内施用。

18.根据权利要求17所述的方法，其中施用包括结肠内施用至盲肠。

19.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中方法还包括施用一种或多于一种治疗。

20.根据权利要求19所述的方法，其中一种或多于一种治疗包括皮质类固醇、抗TNF-α治疗、抗整合素治疗、英夫利昔单抗、美沙拉嗪和维多珠单抗中的一种或多于一种。

21.根据权利要求中任一项所述的方法，其中方法不包括在粪便施用后至多30天后的一种或多于一种另外的治疗。

22.根据权利要求21所述的方法，其中方法不包括在粪便施用后30天后施用类固醇。

23.根据权利要求1-22中任一项所述的方法，其中健康供体没有癌症或先前没有接受过癌症治疗。

24.根据权利要求1-23中任一项所述的方法，其中健康供体没有结肠炎。

25.根据权利要求1-24中任一项所述的方法，其中对象已诊断出难治性癌症。

26.根据权利要求1-25中任一项所述的方法，其中对象在施用粪便之前已施用免疫检查点抑制剂治疗。

27.根据权利要求1-26中任一项所述的方法，其中对象目前正在接受免疫检查点抑制剂治疗方案。

28.根据权利要求26所述的方法，其中免疫检查点治疗和粪便的施用发生在7天内。

29.根据权利要求1-28中任一项所述的方法，其中粪便以50g的剂量施用。

30.根据权利要求1-29中任一项所述的方法，其中施用使CD8+T细胞密度或CD8+细胞毒性T淋巴细胞降低。

31.根据权利要求1-30中任一项所述的方法，其中施用使CD4+FoxP3+T细胞增加。

32.一种治疗对象的免疫检查点抑制剂(ICI)相关结肠炎的方法，其包括向对象施用包含至少一种分离的或纯化的细菌群体的组合物，所述细菌属于埃希菌属、阿克曼菌属、拟杆菌属、毛螺菌属、布劳特氏菌属、泰泽氏菌属、双歧杆菌属、链球菌属、柯林斯菌属和纺锤链杆菌属中的一种或多于一种。

33.根据权利要求32所述的方法，其中组合物包含至少一种分离的或纯化的细菌群体，所述细菌属于阿克曼菌属、布劳特氏菌属、双歧杆菌属、拟杆菌属和埃希菌属中的一种或多于一种。

34.根据权利要求33所述的方法，其中埃希菌包括埃希菌属志贺氏菌。

35.根据权利要求32-34中任一项所述的方法，其中ICI相关结肠炎包括难治性ICI相关结肠炎。

36.根据权利要求32-35中任一项所述的方法，其中对象已接受抗CTLA-4单一治疗。

37.根据权利要求32-35中任一项所述的方法，其中对象已接受抗PD-1单一治疗。

38.根据权利要求32-35中任一项所述的方法，其中对象已接受抗CTLA-4和抗PD-1联合治疗。

39.根据权利要求32-38中任一项所述的方法，其中结肠炎被归类为2级或高于2级。

40.根据权利要求32-39中任一项所述的方法，其中对象已接受ICI相关结肠炎的先前治疗。

41.根据权利要求40所述的方法，其中已确定对象对先前治疗无反应。

42.根据权利要求40或41所述的方法，其中先前治疗包括类固醇、皮质类固醇、抗TNF-α治疗、抗整合素治疗、英夫利昔单抗、美沙拉嗪和维多珠单抗中的一种或多于一种。

43.根据权利要求42所述的方法，其中类固醇包括甲泼尼龙或泼尼松龙。

44.根据权利要求43所述的方法，其中已确定对象对静脉注射甲泼尼龙140mg/天至少5天无反应。

45.根据权利要求41-44中任一项所述的方法，其中已确定对象对至少一剂5mg/kg的英夫利昔单抗无反应或进一步无反应。

46.根据权利要求41-45中任一项所述的方法，其中已确定对象对静脉注射甲泼尼龙110mg/天至少2天无反应或进一步无反应。

47.根据权利要求41-46中任一项所述的方法，其中已确定对象对10mg/kg的剂量的英夫利昔单抗无反应或进一步无反应。

48.根据权利要求32-47中任一项所述的方法，其中方法包括施用至少2剂粪便。

49.根据权利要求48所述的方法，其中两次施用至少相隔30天。

50.根据权利要求32-49中任一项所述的方法，其中施用包括结肠内施用。

51.根据权利要求50所述的方法，其中施用包括结肠内施用至盲肠。

52.根据权利要求32-49中任一项所述的方法，其中施用包括口服施用并且组合物配制用于口服递送。

53.根据权利要求52所述的方法，其中配制用于口服递送的组合物是片剂或胶囊。

54.根据权利要求53所述的方法，其中片剂或胶囊包含耐酸肠溶包衣。

55.根据权利要求32-54中任一项所述的方法，其中方法还包括施用一种或多于一种治疗。

56.根据权利要求55所述的方法，其中一种或多于一种治疗包括皮质类固醇、抗TNF-α疗法、抗整合素疗法、英夫利昔单抗、美沙拉嗪和维多珠单抗中的一种或多于一种。

57.根据权利要求中任一项所述的方法，其中方法不包括在粪便施用后至多30天后的一种或多于一种另外的治疗。

58.根据权利要求57所述的方法，其中方法不包括在粪便施用后30天后施用类固醇。

59.根据权利要求32-58中任一项所述的方法，其中健康供体没有癌症或先前没有接受过癌症治疗。

60.根据权利要求32-59中任一项所述的方法，其中健康供体没有结肠炎。

61.根据权利要求32-60中任一项所述的方法，其中对象已诊断出难治性癌症。

62.根据权利要求32-61中任一项所述的方法，其中对象在施用粪便之前已施用免疫检查点抑制剂治疗。

63.根据权利要求32-62中任一项所述的方法，其中对象目前正在接受免疫检查点抑制剂治疗方案。

64.根据权利要求62所述的方法，其中免疫检查点治疗和粪便的施用发生在7天内。

65.根据权利要求32-64中任一项所述的方法，其中粪便以50g的剂量施用。

66.根据权利要求32-65中任一项所述的方法，其中施用使CD8+T细胞密度或CD8+细胞毒性T淋巴细胞降低。

67.根据权利要求32-66中任一项所述的方法，其中施用使CD4+FoxP3+T细胞增加。

68.一种包含至少一种分离的或纯化的细菌群体的组合物，细菌属于埃希菌属、阿克曼菌属、拟杆菌属、毛螺菌属、布劳特氏菌属、泰泽氏菌属、双歧杆菌属、链球菌属、柯林斯菌属和纺锤链杆菌属中的一种或多于一种。

69.一种包含至少两种分离的或纯化的细菌群体的组合物，细菌属于埃希菌属、阿克曼菌属、拟杆菌属、毛螺菌属、布劳特氏菌属、泰泽氏菌属、双歧杆菌属、链球菌属、柯林斯菌属和纺锤链杆菌属中的一种或多于一种。

70.根据权利要求68或69所述的组合物，其中每种细菌群体以至少10^3CFU的浓度存在于组合物中。

71.根据权利要求68-70中任一项所述的组合物，其中组合物是活细菌产品或活生物治疗产品。

72.根据权利要求68-71中任一项所述的组合物，其中细菌被冻干、冷冻干燥或冷冻。

73.根据权利要求68-72中任一项所述的组合物，其中组合物配制用于口服递送。

74.根据权利要求73所述的组合物，其中配制用于口服递送的组合物是片剂或胶囊。

75.根据权利要求74所述的组合物，其中片剂或胶囊包含耐酸肠溶包衣。

76.根据权利要求68-72中任一项所述的组合物，其中包含至少一种分离的或纯化的细菌群体或至少两种分离的或纯化的细菌群体的组合物被配制通过结肠镜、经鼻胃管乙状结肠镜或灌肠用于直肠施用。

77.根据权利要求68-76中任一项所述的组合物，其中组合物能够重新配制以用于最终递送，包括液体、悬浮液、凝胶、凝胶片、半固体、片剂、小药囊、锭剂、胶囊，或作为肠内制剂。

78.根据权利要求68-77中任一项所述的组合物，其中组合物配制为多次施用。

79.根据权利要求68-78中任一项所述的组合物，其中组合物还包含药学上可接受的赋形剂。

80.根据权利要求68-79中任一项所述的组合物，其中纯化的细菌群体包含来自至少两个属或种的细菌，并且其中两种细菌的比例为1：1。

81.根据权利要求68-80中任一项所述的组合物，其中组合物包含至少2种不同的细菌的种或属。

82.根据权利要求68-81中任一项所述的组合物，其中组合物在施用于对象后提供至少5的α多样性。

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