CN113789387B - 标志物在诊断腹主动脉瘤中的用途 - Google Patents
标志物在诊断腹主动脉瘤中的用途 Download PDFInfo
- Publication number
- CN113789387B CN113789387B CN202111344150.0A CN202111344150A CN113789387B CN 113789387 B CN113789387 B CN 113789387B CN 202111344150 A CN202111344150 A CN 202111344150A CN 113789387 B CN113789387 B CN 113789387B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- biomarker
- expression level
- abdominal aortic
- protein
- aortic aneurysm
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 208000002223 abdominal aortic aneurysm Diseases 0.000 title claims abstract description 72
- 208000007474 aortic aneurysm Diseases 0.000 claims abstract description 70
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 26
- 101710100969 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3 Proteins 0.000 claims abstract description 17
- 102100036462 Delta-like protein 1 Human genes 0.000 claims abstract description 16
- 102100029986 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3 Human genes 0.000 claims abstract description 16
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims abstract description 13
- 101000928537 Homo sapiens Delta-like protein 1 Proteins 0.000 claims abstract description 7
- 101001063370 Homo sapiens Legumain Proteins 0.000 claims abstract description 7
- 102100030985 Legumain Human genes 0.000 claims abstract description 7
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 85
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 claims description 64
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 56
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 42
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 29
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 27
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 10
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 10
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims description 9
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 claims description 8
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 claims description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 6
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 5
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 4
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 claims description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 4
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims description 4
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 claims description 4
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 3
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 3
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 claims description 2
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 claims description 2
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 claims description 2
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 claims description 2
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 claims description 2
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 claims description 2
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 claims description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 2
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 claims description 2
- 238000011532 immunohistochemical staining Methods 0.000 claims description 2
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 claims description 2
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 claims description 2
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims description 2
- 239000000816 peptidomimetic Substances 0.000 claims description 2
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 claims description 2
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 claims description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 2
- 238000001262 western blot Methods 0.000 claims description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 claims 2
- 101150109675 LGMN gene Proteins 0.000 claims 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 claims 1
- 238000011161 development Methods 0.000 claims 1
- 239000003547 immunosorbent Substances 0.000 claims 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 abstract description 9
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 abstract description 9
- 238000001514 detection method Methods 0.000 abstract description 4
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 abstract description 2
- 101710112750 Delta-like protein 1 Proteins 0.000 description 9
- 235000010627 Phaseolus vulgaris Nutrition 0.000 description 9
- 244000046052 Phaseolus vulgaris Species 0.000 description 9
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 9
- 238000002591 computed tomography Methods 0.000 description 9
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 8
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 8
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 6
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 6
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 6
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 6
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 6
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 6
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 5
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 5
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 5
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 5
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 5
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 4
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 4
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 4
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 4
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 4
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 4
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 4
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 4
- 230000008569 process Effects 0.000 description 4
- 238000011160 research Methods 0.000 description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 4
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 4
- 102000004506 Blood Proteins Human genes 0.000 description 3
- 108010017384 Blood Proteins Proteins 0.000 description 3
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K Citrate Chemical compound [O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 3
- 108010047041 Complementarity Determining Regions Proteins 0.000 description 3
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 210000001015 abdomen Anatomy 0.000 description 3
- 230000003187 abdominal effect Effects 0.000 description 3
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 3
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 3
- 239000000463 material Substances 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 2
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 2
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 2
- 108010067060 Immunoglobulin Variable Region Proteins 0.000 description 2
- 102000017727 Immunoglobulin Variable Region Human genes 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000000702 aorta abdominal Anatomy 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 2
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 2
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 2
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 2
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 2
- -1 nucleoside triphosphates Chemical class 0.000 description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 2
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 2
- 239000000047 product Substances 0.000 description 2
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 2
- HVCOBJNICQPDBP-UHFFFAOYSA-N 3-[3-[3,5-dihydroxy-6-methyl-4-(3,4,5-trihydroxy-6-methyloxan-2-yl)oxyoxan-2-yl]oxydecanoyloxy]decanoic acid;hydrate Chemical compound O.OC1C(OC(CC(=O)OC(CCCCCCC)CC(O)=O)CCCCCCC)OC(C)C(O)C1OC1C(O)C(O)C(O)C(C)O1 HVCOBJNICQPDBP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010002329 Aneurysm Diseases 0.000 description 1
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 102000056372 ErbB-3 Receptor Human genes 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- 229930186217 Glycolipid Natural products 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N Phosphorous acid Chemical class OP(O)=O ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 1
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 1
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 1
- 108020004518 RNA Probes Proteins 0.000 description 1
- 239000003391 RNA probe Substances 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 238000000692 Student's t-test Methods 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009557 abdominal ultrasonography Methods 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 210000003103 bodily secretion Anatomy 0.000 description 1
- 150000004657 carbamic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 1
- 229940121657 clinical drug Drugs 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000013170 computed tomography imaging Methods 0.000 description 1
- 238000013211 curve analysis Methods 0.000 description 1
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N dithiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000005538 encapsulation Methods 0.000 description 1
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 1
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000007672 fourth generation sequencing Methods 0.000 description 1
- 230000008014 freezing Effects 0.000 description 1
- 238000007710 freezing Methods 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000010832 independent-sample T-test Methods 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 description 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 238000002552 multiple reaction monitoring Methods 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 208000015122 neurodegenerative disease Diseases 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 1
- 230000008289 pathophysiological mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000002085 persistent effect Effects 0.000 description 1
- 150000008298 phosphoramidates Chemical class 0.000 description 1
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 1
- 102000035123 post-translationally modified proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091005626 post-translationally modified proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000001323 posttranslational effect Effects 0.000 description 1
- 238000004321 preservation Methods 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 238000000751 protein extraction Methods 0.000 description 1
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 1
- 210000002254 renal artery Anatomy 0.000 description 1
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 230000000391 smoking effect Effects 0.000 description 1
- FQENQNTWSFEDLI-UHFFFAOYSA-J sodium diphosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O FQENQNTWSFEDLI-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 1
- 229940048086 sodium pyrophosphate Drugs 0.000 description 1
- 230000000392 somatic effect Effects 0.000 description 1
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 1
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012353 t test Methods 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 235000019818 tetrasodium diphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001577 tetrasodium phosphonato phosphate Substances 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical class CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 238000000108 ultra-filtration Methods 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/573—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for enzymes or isoenzymes
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
- G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
- G01N2333/91—Transferases (2.)
- G01N2333/912—Transferases (2.) transferring phosphorus containing groups, e.g. kinases (2.7)
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
- G01N2333/914—Hydrolases (3)
- G01N2333/948—Hydrolases (3) acting on peptide bonds (3.4)
- G01N2333/95—Proteinases, i.e. endopeptidases (3.4.21-3.4.99)
- G01N2333/964—Proteinases, i.e. endopeptidases (3.4.21-3.4.99) derived from animal tissue
- G01N2333/96425—Proteinases, i.e. endopeptidases (3.4.21-3.4.99) derived from animal tissue from mammals
- G01N2333/96427—Proteinases, i.e. endopeptidases (3.4.21-3.4.99) derived from animal tissue from mammals in general
- G01N2333/9643—Proteinases, i.e. endopeptidases (3.4.21-3.4.99) derived from animal tissue from mammals in general with EC number
- G01N2333/96466—Cysteine endopeptidases (3.4.22)
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了标志物在诊断腹主动脉瘤中的用途,所述的标志物包括LGMN、ERBB3、DLL1中的一个或多个。本发明诊断腹主动脉瘤的方法简便,抽取受试者少量血液即可完成诊断,减少受试者痛苦,且检测结果准确可靠。
Description
技术领域
本发明属于生物医药领域,具体涉及标志物在诊断腹主动脉瘤中的用途。
背景技术
腹主动脉瘤(abdominal aortic aneurysm, AAA)是一种常见的危及生命的动脉退行性疾病,其定义为腹主动脉段动脉壁三层结构持续性扩张至肾动脉处腹主动脉直径大小的1.5倍以上。AAA为老年人中的常见疾病,在西方国家65岁以上男性中AAA的发病率约为5-10%。AAA的主要并发症是破裂,一旦破裂死亡率可达90%以上,全球每年约有20万人因此死亡。 然而AAA在破裂前通常是无症状的。
大样本研究发现,在65岁以上男性中使用腹部超声筛查AAA,可以降低大约50%AAA相关的死亡率。最新研究表明,通过临床筛查可以降低老年男性AAA相关的死亡率,且在65-74岁年龄段中比75-84岁年龄段更为显著,并且在65-74岁年龄段且有吸烟史的男性中,通过临床筛选,AAA相关的死亡率可有望下降89%。所以,为减少AAA破裂情况的发生,需要对暴露危险因素的人群进行筛查。临床上诊断AAA常见的手段主要有:常规体格检查、X线、腹部超声、CT及MRJ等。但是,无论是超声检查还是CT检查都是属于物理诊断方式,目前研究人员对AAA生物标志物的研究较为关注,希望通过研究可以发现能够筛选、诊断AAA患者的生物标志物。
直径大于5.5 cm的AAA需要开放手术修复或血管内介入治疗,直径小于5.5 cm的无症状AAA推荐保守治疗。目前为止临床上尚无药物可以治疗AAA。AAA生物标志物的鉴定也可能有助于揭示 AAA 可能的病理生理机制并发现潜在的治疗靶点。
发明内容
本发明的目的在于,开发出具有高特异性、敏感性的诊断标志物,其可以实现腹主动脉瘤的快速诊断。
为了实现上述目的,本发明采用了如下技术方案:
本发明第一方面提供了一种用于诊断腹主动脉瘤的组合物,包含用于mRNA或蛋白质水平上测量选自LGMN、ERBB3、DLL1组成的组中一种以上的生物标志物基因的表达量的试剂。
术语“生物标志物”和“标志物”在本文中可互换使用,指基于DNA,RNA,蛋白质,碳水化合物,或糖脂的分子标志物,它们在受试者的或患者的样品中的表达或存在可通过标准方法(或本文中公开的方法)来检测。
在本发明中,术语 “受试者”是指任何动物(例如,哺乳动物) ,包括,但不限于,人类、非人灵长类、犬、猫、啮齿动物等。在本发明的具体实施例中,受试者是人类受试者。
在本发明中,生物标志物例如LGMN(geneID:5641)、ERBB3(geneID:2065)、DLL1(geneID:28514),包括gene及其编码的蛋白及其同源物,突变,和同等型。该术语涵盖全长,未加工的生物标志物,以及源自细胞中加工的任何形式的生物标志物。该术语涵盖生物标志物的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)。其中,LGMN编码的蛋白为人豆荚蛋白(Uniprot ID:Q99538),ERBB3编码的蛋白为受体酪氨酸蛋白激酶 erbB-3(Uniprot ID:P21860),DLL1编码的蛋白为Delta样蛋白1(Uniprot ID:O00548)。
术语“样品”是指体液样品,分离的细胞的样品或来自组织或器官的样品。体液样品可以通过公知的技术获得,并且包括,血液、尿液、淋巴液、痰液、腹水、支气管灌洗液或任意其他身体分泌物或其衍生物的样品。组织或器官样品可以从任意组织或器官获得,例如,通过组织活检获得。分离的细胞可以通过分离技术,如离心或细胞分选,从体液或组织或器官获得,例如,细胞、组织或器官样品可以从表达或产生生物标记的这些细胞、组织或器官获得。样品可以是冷冻的、新鲜的、固定的(例如,福尔马林固定的)、离心的和/或包埋的(例如,石蜡包埋的)等。当然,在评估样品中标记的量之前,细胞样品可以进行多种公知的收集后制备和存储技术(例如,核酸和/或蛋白提取,固定,保存,冷冻,超滤,浓缩,蒸发,离心等)。同样地,组织活检样品也可以进行收集后制备和存储技术,例如,固定。样品可以在治疗之前、治疗过程中或治疗后采集。样品可以从怀疑患有或诊断患有腹主动脉瘤并且因此可能需要治疗的患者采集,或者从不被怀疑患有任何病症的正常个体采集。在本发明的具体实施例中,所述的样品为血液。
进一步,所述的用于mRNA水平上测量生物标志物基因的表达量的试剂包括通过聚合酶链反应、实时荧光定量逆转录多聚酶链反应、逆转录聚合酶链反应、竞争性聚合酶链反应、核酸酶保护分析、原位杂交法、核酸微阵列、RNA印迹或DNA芯片的方法中的任何一种来检测生物标志物基因的表达量的试剂。
进一步,所述的用于mRNA水平上测量生物标志物基因的表达量的试剂包括特异性识别上述生物标志物的核酸序列全长或其片段的引物对、探针或引物对和探针。
在本发明中,术语“引物”是指短核酸序列,其具有短的游离3羟基(free3hydroxyl group)的核酸序列,能够与互补的模板(template)形成碱基对(base pair),其充当用于模板链复制的起点。引物可以在适当的缓冲液及温度下,在用于聚合反应(即,DNA聚合酶或逆转录酶)的试剂及不同的4种核苷三磷酸的存在下诱发DNA合成。
在本发明中,术语“探针”是指对应于能够特异性结合mRNA的数个碱基至数百个碱基的核酸片段,例如RNA或DNA等。由于被标记,因而可以确认是否存在特定的mRNA。探针能够以寡核苷酸(oligonucleotide)探针、单链DNA(single stranded DNA)探针、双链DNA(double stranded DNA)探针、RNA探针等形式制造。在本发明中,利用与上述生物标志物基因互补的探针进行杂交,并且可通过是否杂交来诊断上述基因的表达水平。可以基于本技术领域中公知的技术来更改用于合适探针的选择及杂交条件,在本发明中,对此没有特别限制。
本发明的引物或探针可以使用亚磷酰胺固相载体方法或其他公知的方法化学合成。这种核酸序列可以利用本领域中公知的多种手段来进行变形。这种变形的非限制性例包括甲基化、封装、天然核苷酸的一种以上的同源物的取代以及核苷酸之间的变形,例如,变形为不带电的连接体(例:膦酸甲酯、磷酸三酯、氨基磷酸酯、氨基甲酸酯等)或带电的连接体(例:硫代磷酸酯,二硫代磷酸酯等)。
在本发明中,可通过优化步骤在一系列过程中确定使探针与cDNA分子杂交的合适条件。该步骤由本领域普通技术人员通过一系列过程进行,以建立用于在研究室中使用的协议。例如,温度、成分浓度、杂交及洗涤时间、缓冲液成分及其pH以及离子强度等条件取决于探针的长度、GC量及靶核苷酸序列等各种因素。用于杂交的详细条件可从“JosephSambrook,et al.,Molecular Cloning,A Laboratory Manual,Cold SpringHarborLaboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(2001);以及M.L.M.Anderson,NucleicAcidHybridization,Springer-Verlag New York Inc.N.Y.(1999)”中确认。例如,在上述严格条件中的高严格条件是指在65℃下在0.5M NaHPO4、7%十二烷基硫酸钠(SDS,sodium dodecyl sulfate)、1mM EDTA中进行杂交,并且在68℃下在0.1×标准柠檬酸盐水(SSC,standard saline citrate)/0.1%十二烷基硫酸钠中进行洗涤。或者,高严格条件是指在48℃下在6×标准柠檬酸盐水/0.05%焦磷酸钠中进行洗涤。低严格条件是指例如在42℃下在0.2×标准柠檬酸盐水/0.1%十二烷基硫酸钠中进行洗涤。
进一步,所述的用于蛋白质水平上测量生物标志物基因的表达量的试剂包括通过多重邻位延伸分析、酶联免疫吸附、放射免疫测定、夹心分析、蛋白质印迹、免疫沉淀、免疫组织化学染色、荧光免疫测定、酶底物显色、抗原抗体聚集、荧光激活细胞分选、质谱分析、多重反应监测测定、采用一组多重胺特异性稳定同位素试剂的测定或蛋白质芯片测量所述生物标志物基因的表达量的试剂。
进一步,所述的用于蛋白质水平上测量生物标志物基因的表达量的试剂包括特异性识别上述生物标志物的蛋白质全长或其片段的抗体、抗体片段、适体、高亲和性多聚体或拟肽。
如本文所用,术语 “抗体” 是指免疫球蛋白分子,其通过至少一个抗原结合位点识别并特异性结合靶标,诸如蛋白质、多肽、肽、碳水化合物、多核苷酸、脂质或前述的组合。如本文所用,该术语涵盖完整的多克隆抗体、完整的单克隆抗体、单链抗体、抗体片段(诸如Fab、Fab ′ 、F(ab ')2和Fv片段)、单链Fv(scFv)抗体、多特异性抗体(诸如双特异性抗体)、单特异性抗体、单价抗体、嵌合抗体、人源化抗体、人抗体、包含抗体的抗原结合位点的融合蛋白,以及包含抗原结合位点的任何其他修饰的免疫球蛋白分子,只要该抗体表现出所需的生物结合活性。抗体可以是五种主要类别的免疫球蛋白中的任一种:IgA、IgD、IgE、IgG和IgM,或其亚类(同种型)(例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)。不同类别的免疫球蛋白具有不同的和熟知的亚单位结构和三维构型。抗体可以是裸露的或与其他分子缀合,包括但不限于毒素和放射性同位素。
术语 “抗体片段” 是指完整抗体的一部分并且是指完整抗体的抗原决定可变区。抗体片段的示例包括,但不限于,Fab、Fab ′、F(ab ')2和Fv片段、线性抗体、单链抗体和由抗体片段形成的多特异性抗体。如本文所用, “抗体片段” 包含至少一个抗原结合位点或表位结合位点。术语抗体的 “可变区” 是指单独或组合的抗体轻链的可变区或抗体重链的可变区。重链或轻链的可变区通常由四个框架区(FR)组成,其由三个互补决定区(CDR)连接,也称为“高变区” 。每条链中的CDR通过框架区紧密邻近地结合在一起,并且有助于抗体的抗原结合位点的形成。
术语 “单克隆抗体” 是指参与单一抗原决定簇或表位的高特异性识别和结合的均质抗体群。这与通常包括针对多种不同抗原决定簇的不同抗体的混合物的多克隆抗体形成对比。术语 “单克隆抗体” 涵盖完整的和全长的单克隆抗体以及抗体片段(例如,Fab、Fab ′、F(ab ')2、Fv)、单链(scFv)抗体、包含抗体部分的融合蛋白和包含抗原结合位点的任何其他修饰的免疫球蛋白分子。
本发明第二方面提供了本发明第一方面所述的组合物在制备诊断腹主动脉瘤的工具中的应用。
进一步,所述的工具包括芯片、试剂盒、试纸或高通量测序平台。
其中,所述芯片包括基因芯片、蛋白质芯片;所述基因芯片包括固相载体以及固定在固相载体的寡核苷酸探针,所述寡核苷酸探针包括用于检测所述生物标志物基因转录水平的针对生物标志物基因的寡核苷酸探针;所述蛋白质芯片包括固相载体以及固定在固相载体的所述生物标志物编码蛋白的特异性抗体;所述基因芯片可用于检测包括所述生物标志物基因在内的多个基因(例如,与腹主动脉瘤相关的多个基因)的表达水平。所述蛋白质芯片可用于检测包括所述生物标志物编码蛋白在内的多个蛋白质(例如与腹主动脉瘤相关的多个蛋白质)的表达水平。通过将多个与腹主动脉瘤的生物标志物同时检测,可大大提高腹主动脉瘤诊断的准确率。在本发明的具体实施例中,所述的芯片为蛋白质芯片。
本发明提供了用于诊断受试者中的腹主动脉瘤的试剂盒,该试剂盒用于确定生物标志物的水平(其中序列任选地包含尿嘧啶以代替所公开的胸腺嘧啶中的一种、多于一种或全部)及其组合。试剂盒可以包括适于选择性检测来源于受试者的样品中用于诊断腹主动脉瘤的生物标志物或生物标志物组的存在的材料和试剂。例如,在一个实施方案中,该试剂盒可以包括与生物标志物特异性杂交的试剂。这类试剂可以是适于检测生物标志物的形式的核酸分子,例如,探针或引物。该试剂盒可以包括用于进行测定以检测一种或多种生物标志物的试剂,例如,可以用于在qPCR反应中检测一种或多种生物标志物的试剂。该试剂盒同样可以包括用于检测一种或多种生物标志物的抗体。
在进一步的实施方案中,试剂盒可以含有标记或产品插页形式的合适操作参数的说明书。例如,说明书可以包括关于如何收集样品,如何确定样品中一种或多种生物标志物的水平,或如何将样品中一种或多种生物标志物的水平与受试者的腹主动脉瘤状态相关联的信息或指导。
在另一个实施方案中,试剂盒可以含有一个或多个容器,其具有生物标志物样品,以用作参比标准,合适的对照,或用于测定的校准以检测测试样品中的生物标志物。
术语“高通量测序平台”是指Illumina,LifeTechnologies,Roche等目前采用的所谓的平行化合成测序或连接测序平台,高通量测序方法还可包括纳米孔测序方法诸如由Oxford Nanopore Technologies商业化的,电子检测方法诸如由Life Technologies商业化的Ion Torrent技术以及基于单分子荧光的方法,例如由Pacific Biosciences商业化的。
本发明第三方面提供了一种筛选治疗腹主动脉瘤的药物的方法,所述的方法包括:
1)在测试组中,向待测对象施用待测试药物,检测测试组中来源于所述对象的样品中生物标志物的表达水平V1;在对照组中,向待测对象施用空白对照,检测对照组中来源于所述对象的样品中生物标志物的表达水平V2;
2)比较上一步骤检测得到的水平V1和水平V2,从而确定所述测试化合物是否是治疗腹主动脉瘤的候选药物;
所述的生物标志物选自LGMN、ERBB3、DLL1中的一个或多个。
本发明第四方面提供了生物标志物在构建腹主动脉瘤的诊断装置中的用途,所述的诊断装置包括诊断指标输入模块和腹主动脉瘤状态评估模块;其中,
所述诊断指标输入模块至少用于执行以下操作:获取受试体生物标志物表达水平,所述生物标志物包括LGMN、ERBB3、DLL1中的一个或多个;
所述腹主动脉瘤状态评估模块至少用于执行以下操作:将所述诊断指标输入模块获取的生物标志物表达水平输入诊断模型得出得分值;将所获得的得分值与预先设定的诊断模型的截断值比较,输出受试体腹主动脉瘤状态的评估结果;
所述腹主动脉瘤状态包括诊断模型预先设定的腹主动脉瘤相关状态。
术语 “表达的水平” 或 “表达水平” 一般可互换使用,通常指生物样品中多核苷酸或氨基酸产物或蛋白质的量。 “表达” 通常指基因编码的信息转化为在细胞中存在和运转的结构的过程。因此,本文所用的基因的 “表达” 指转录为多核苷酸、翻译为蛋白质、或甚至蛋白质的翻译后修饰。转录的多核苷酸、翻译的蛋白质或翻译后修饰的蛋白质的片段也视为表达的,无论它们是源自通过选择性剪接产生的转录物或降解的转录物,还是源自蛋白质的翻译后加工(例如,通过蛋白水解)。
本发明第五方面提供了一种用于诊断受试者是否患有腹主动脉瘤的方法,包括步骤:
1)获得受试者或对照的血液样本,
2)确定所述受试者的血液样本中以下的蛋白的表达水平:人豆荚蛋白、受体酪氨酸蛋白激酶 erbB-3和/或Delta样蛋白1;
3)将受试者中所述蛋白的表达水平和对照中所述蛋白的表达水平进行比较;
4)确定所述受试者是否患有腹主动脉瘤、或评价患有腹主动脉瘤的风险。
如本文中在诸如 “A和/或B” 的短语中使用的术语 “和/或” 旨在包括A和B两者;A或B;A(单独) ;以及B(单独)。同样地,在诸如 “A、B和/或C ” 的短语中使用的术语 “和/或” 旨在涵盖以下实施方案的每一个:A、B和C;A、B或C;A或C;A或B;B或C;A和C;A和B;B和C;A(单独) ;B(单独);以及C(单独)。
在具体的实施方案中,和对照中的蛋白水平相比较,人豆荚蛋白的表达水平升高,指示所述受试者患腹主动脉瘤。
在具体的实施方案中,和对照中的蛋白水平相比较,选自以下的蛋白的表达水平降低,指示所述受试者患腹主动脉瘤:受体酪氨酸蛋白激酶erbB-3、Delta样蛋白1。
附图说明
图1是CT检查结果图,其中,图1A是对腹主动脉瘤患者进行CT检查结果图,图1B是对健康受试者的腹部进行CT检查结果图;
图2是单个标志物诊断腹主动脉瘤的ROC曲线图,其中,图2A是人豆荚蛋白诊断腹主动脉瘤的ROC曲线图,图2B是受体酪氨酸蛋白激酶erbB-3诊断腹主动脉瘤的ROC曲线图,图2C是Delta样蛋白1诊断腹主动脉瘤的ROC曲线图;
图3是人豆荚蛋白、受体酪氨酸蛋白激酶erbB-3、Delta样蛋白1组合诊断腹主动脉瘤的ROC曲线图。
具体实施方式
下面将通过下述非限制性实施例进一步说明本公开。本领域技术人员公知,在不悖离本公开精神的情况下,可以对本公开做出许多修改,这样的修改也落入本公开的范围。如无特别说明,所使用的实验材料均可从商业公司获取。
实施例1.患者腹部CT(电子计算机断层扫描)检查
所有受试者均通过腹部CT检查,确定是否患有腹主动脉瘤。检查结果如下:
1. CT影像学改变
对腹主动脉瘤患者(图1A)和对照(图1B)的腹部进行CT检查,结果显示腹主动脉瘤患者腹主动脉明显扩张。
实施例2. 腹主动脉瘤患者的血液收集及分析
1. 实验目的
获取腹主动脉瘤患者的血浆样品;与对照血浆蛋白表达进行比较。对照为无腹主动脉瘤的健康受试者。
2. 材料与试剂
(1)蛋白芯片:
使用美国RayBiotech 公司的GSH-CAA-440芯片检测受试者血液中的440种蛋白因子。
3. 实验方法
(1)样本收集流程:使用EDTA抗凝的采血管收集腹主动脉瘤患者和对照的血液样品,4度条件下2 000 g离心15min,吸取上清-80℃冰箱保存。
(2)实验过程:抗体芯片室温封闭1小时后,每孔加入60μL三倍稀释的血浆,4℃孵育过夜。彻底洗涤后,加入生物素标记的抗体2小时,再次洗涤。然后,加入80μL Cy3-结合链霉亲和素,然后在室温下孵育1小时。再次洗涤之后,使用微阵列扫描仪(InnoScan 300,InnoScan 300,法国)在Cy3 的适当波长下扫描信号,并使用 Q-Analyzer 软件(RayBiotech,Peachtree Corners,Georgia,USA)分析荧光强度数据。
(3)数据分析:来自阵列扫描仪的原始数据以图像(.tif 文件)和点强度(Excel.xls 文件;微软,西雅图,华盛顿州)的形式提供,并使用 RayBiotech 软件通过背景去除和芯片间标准化进行处理。进一步分析归一化数据,将不同组中的DEP定义为相对于对照组的倍数变化>1.5或<0.667的蛋白质(P值<0.05(t检验)和荧光值>150)。
4. 蛋白鉴定结果:
收集22例确诊的腹主动脉瘤患者血浆样品,通过蛋白芯片检测440个因子的表达情况。
与10例未患腹主动脉瘤的对照样品比对,筛选出变化倍数在1.5倍以上且独立样本t检验p < 0.05的差异蛋白作为诊断标志物。结果显示,腹主动脉瘤患者共筛选出差异蛋白37个,10个蛋白升高,27个蛋白降低。本发明所涉及标志物表达情况如表1所示。
表1. 腹主动脉瘤患者和对照差异表达的血液蛋白标志物
实施例3. 血液蛋白质标记物在AAA诊断中的应用
为进一步证实所筛选的蛋白标志物在AAA诊断中的灵敏度与特异性,针对表1中的蛋白,采用市售抗体,本发明绘制了上述标志物在区分腹主动脉瘤患者和健康对照的ROC曲线。具体步骤如下:收集了20例腹主动脉瘤患者和10例健康对照受试者的血浆样本,两组性别和年龄匹配,采用盲法,使用ELISA法测试样本中的蛋白表达水平。经ROC曲线分析,表1中的人豆荚蛋白的AUC值为0.861,灵敏度为68.18%、特异性为90%;受体酪氨酸蛋白激酶erbB-3的AUC值为0.832,灵敏度为54.55%、特异性为100%;Delta样蛋白1的AUC值为0.795,灵敏度为77.27%、特异性为80%(如图2所示)。将这三个蛋白两两组合的AUC值如下:人豆荚蛋白和受体酪氨酸蛋白激酶erbB-3组合的AUC值为0.908、人豆荚蛋白和Delta样蛋白1组合的AUC值为0.939、受体酪氨酸蛋白激酶 erbB-3和Delta样蛋白1组合的AUC值为0.848。而将三个蛋白人豆荚蛋白、受体酪氨酸蛋白激酶 erbB-3、Delta样蛋白1组合使用时对腹主动脉瘤的诊断具有良好的诊断效果,ROC曲线下面积AUC值为0.948,灵敏度100%、特异性90%(如图3所示)。
上结合附图详细描述了本申请的优选实施方式,但是,本申请并不限于上述实施方式中的具体细节,在本申请的技术构思范围内,可以对本申请的技术方案进行多种简单变型,这些简单变型均属于本申请的保护范围。
另外需要说明的是,在上述具体实施方式中所描述的各个具体技术特征,在不矛盾的情况下,可以通过任何合适的方式进行组合,为了避免不必要的重复,本申请对各种可能的组合方式不再另行说明。
此外,本申请的各种不同的实施方式之间也可以进行任意组合,只要其不违背本申请的思想,其同样应当视为本申请所公开的内容。
Claims (12)
1.一种组合物在制备诊断腹主动脉瘤的工具中的应用,其特征在于,所述的组合物包含用于mRNA或蛋白质水平上测量选自ERBB3、DLL1组成的组中一种以上的生物标志物基因的表达量的试剂。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述的组合物还包含用于mRNA或蛋白质水平上测量LGMN基因的表达量的试剂。
3.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述的用于mRNA水平上测量生物标志物基因的表达量的试剂包括通过聚合酶链反应、核酸酶保护分析、原位杂交法、核酸微阵列、RNA印迹或DNA芯片的方法中的任何一种来检测生物标志物基因的表达量的试剂。
4.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述的用于mRNA水平上测量生物标志物基因的表达量的试剂包括通过实时荧光定量逆转录多聚酶链反应、逆转录聚合酶链反应、竞争性聚合酶链反应的方法中的任何一种来检测生物标志物基因的表达量的试剂。
5.根据权利要求3或4所述的应用,其特征在于,所述的用于mRNA水平上测量生物标志物基因的表达量的试剂包括特异性识别上述生物标志物的核酸序列全长或其片段的引物对、探针或引物对和探针。
6.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述的用于蛋白质水平上测量生物标志物基因的表达量的试剂包括通过多重邻位延伸分析、酶联免疫吸附、放射免疫测定、夹心分析、蛋白质印迹、免疫沉淀、免疫组织化学染色、荧光免疫测定、酶底物显色、抗原抗体聚集、荧光激活细胞分选、质谱分析、采用一组多重胺特异性稳定同位素试剂的测定或蛋白质芯片测量所述生物标志物基因的表达量的试剂。
7.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述的用于蛋白质水平上测量生物标志物基因的表达量的试剂包括通过多重反应监测测定测量所述生物标志物基因的表达量的试剂。
8.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,所述的用于蛋白质水平上测量生物标志物基因的表达量的试剂包括特异性识别上述生物标志物的蛋白质全长或其片段的抗体、抗体片段、适体、高亲和性多聚体或拟肽。
9.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述的工具包括芯片、试剂盒、试纸或高通量测序平台。
10.根据权利要求9所述的应用,其特征在于,所述的芯片为蛋白质芯片。
11.生物标志物在构建腹主动脉瘤的诊断装置中的用途,其特征在于,所述的诊断装置包括诊断指标输入模块和腹主动脉瘤状态评估模块;其中,
所述诊断指标输入模块至少用于执行以下操作:获取受试体生物标志物表达水平,所述生物标志物包括ERBB3、DLL1中的一个或多个;
所述腹主动脉瘤状态评估模块至少用于执行以下操作:将所述诊断指标输入模块获取的生物标志物表达水平输入诊断模型得出得分值;将所获得的得分值与预先设定的诊断模型的截断值比较,输出受试体腹主动脉瘤状态的评估结果;
所述腹主动脉瘤状态包括诊断模型预先设定的腹主动脉瘤相关状态。
12.根据权利要求11所述的用途,其特征在于,所述的生物标志物还包括LGMN。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202111344150.0A CN113789387B (zh) | 2021-11-15 | 2021-11-15 | 标志物在诊断腹主动脉瘤中的用途 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202111344150.0A CN113789387B (zh) | 2021-11-15 | 2021-11-15 | 标志物在诊断腹主动脉瘤中的用途 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN113789387A CN113789387A (zh) | 2021-12-14 |
CN113789387B true CN113789387B (zh) | 2022-02-22 |
Family
ID=78955130
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202111344150.0A Active CN113789387B (zh) | 2021-11-15 | 2021-11-15 | 标志物在诊断腹主动脉瘤中的用途 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN113789387B (zh) |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2008054612A2 (en) * | 2006-10-06 | 2008-05-08 | The Scripps Research Institute | Dna composition for eliciting an immune response against tumor-associated macrophages |
CN107012256A (zh) * | 2017-06-02 | 2017-08-04 | 北京泱深生物信息技术有限公司 | 腹主动脉瘤诊治标志物 |
CN109453187A (zh) * | 2018-09-27 | 2019-03-12 | 天津医科大学 | 具有双重酶敏感特性的抗体核酸药物偶联物及其制备方法和应用 |
CN111197088A (zh) * | 2020-03-28 | 2020-05-26 | 中国医学科学院北京协和医院 | Adamtsl3作为腹主动脉瘤诊治标志物的应用 |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP1053009B1 (en) * | 1998-02-04 | 2004-09-22 | Genentech, Inc. | Use of heregulin as an epithelial cell growth factor |
CN105506065A (zh) * | 2014-09-25 | 2016-04-20 | 上海人类基因组研究中心 | 肝癌基因检测方法、检测试剂盒及其应用 |
CN111323598A (zh) * | 2019-05-07 | 2020-06-23 | 北京益微生物科技有限公司 | 检测细胞胞外囊泡的膜蛋白的方法 |
-
2021
- 2021-11-15 CN CN202111344150.0A patent/CN113789387B/zh active Active
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2008054612A2 (en) * | 2006-10-06 | 2008-05-08 | The Scripps Research Institute | Dna composition for eliciting an immune response against tumor-associated macrophages |
CN107012256A (zh) * | 2017-06-02 | 2017-08-04 | 北京泱深生物信息技术有限公司 | 腹主动脉瘤诊治标志物 |
CN109453187A (zh) * | 2018-09-27 | 2019-03-12 | 天津医科大学 | 具有双重酶敏感特性的抗体核酸药物偶联物及其制备方法和应用 |
CN111197088A (zh) * | 2020-03-28 | 2020-05-26 | 中国医学科学院北京协和医院 | Adamtsl3作为腹主动脉瘤诊治标志物的应用 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
"GDS2838 / 201212_at";NCBI;《NCBI GEO Profile》;20070726;第3-4页 * |
"Multidetector CT in abdominal aortic aneurysm treated with endovascular repair: are unenhanced and delayed phase enhanced images effective for endoleak detection?";Roberto Iezzi等;《Radiology》;20061231;第241卷(第3期);第915-921页 * |
"应用基因表达谱芯片研究人腹主动脉瘤细胞周期和细胞凋亡相关基因";郑月宏等;《中华外科杂志》;20021130;第40卷(第11期);第817-819页 * |
"腹主动脉瘤信号传导相关基因的研究";郑月宏等;《中华普通外科杂志》;20021130;第17卷(第11期);第668-670页 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN113789387A (zh) | 2021-12-14 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US20110251097A1 (en) | Diagnostic kit of colon cancer using colon cancer related marker and diagnostic method thereof | |
JP6401702B2 (ja) | 炎症性肝疾患の診断のための方法および組成物 | |
US20210310080A1 (en) | Composition for diagnosing cancer using potassium channel proteins | |
CN112345755B (zh) | 乳腺癌的生物标志物及其应用 | |
US20140271621A1 (en) | Methods of prognosis and diagnosis of pancreatic cancer | |
US20230083393A1 (en) | Multiple biomarkers for diagnosing lung cancer and use thereof | |
KR101478826B1 (ko) | 신규한 대장암 진단용 마커 및 이를 이용한 대장암 진단 키트 | |
JP6847972B2 (ja) | 大腸がん診断用組成物と診断マーカー検出方法 | |
KR101343916B1 (ko) | 폐암의 림프절 미세전이 진단용 마커, 상기 마커에 대한프라이머를 포함하는 키트, 상기 마커 또는 상기 마커에대한 항체를 포함하는 마이크로어레이, 및 폐암의 림프절미세전이 여부를 진단하는 방법 | |
KR101388711B1 (ko) | 암 진단 마커로서의 보체 c9 | |
WO2016072464A1 (ja) | デオキシハイプシン・シンターゼ遺伝子を指標として用いる動脈硬化及びがんの検出方法 | |
JP6361943B2 (ja) | 補体因子bタンパク質に特異的に結合する抗体及び糖鎖抗原19−9タンパク質に特異的に結合する抗体を含む膵臓癌診断用キット | |
US20100041167A1 (en) | Drug for diagnosing large intestinal cancer and/or polyp, observing postoperative course and monitoring recurrence | |
CN112334487B (zh) | 用于诊断和治疗癌症的组合物和方法 | |
CN113789387B (zh) | 标志物在诊断腹主动脉瘤中的用途 | |
JP2007192557A (ja) | C型肝炎患者の肝疾患の重篤化をモニターする方法および肝癌の診断方法 | |
JP7006926B2 (ja) | 高安動脈炎の診断方法、診断マーカー及び診断キット | |
KR101289454B1 (ko) | 소세포폐암 및 비소세포폐암 진단 마커로서의 보체 c9 | |
KR101878974B1 (ko) | 신장암 진단용 조성물과 진단 마커 검출 방법 | |
KR102136747B1 (ko) | 장형 위암의 예후 진단 마커 | |
KR102018209B1 (ko) | 위암 진단용 조성물 및 상기 조성물을 이용한 위암 진단 방법 | |
KR100768943B1 (ko) | 자궁암을 진단하기 위한 마커인 sybl1과 tm9sf1,이들을 포함하는 키트 및 상기 마커를 이용한 자궁암 예측방법 | |
CN114174827A (zh) | 用于诊断结直肠癌的方法 | |
KR102350228B1 (ko) | 신장이식 후 t세포 매개성 거부반응의 진단 또는 예측을 위한 소변 엑소좀 바이오마커 | |
JP2025518766A (ja) | 胃癌発病可能性の予測のためのバイオマーカー及びその用途 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |