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CN109844536B - 预测对pd-1轴抑制剂的响应 - Google Patents

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CN109844536B CN201780058667.9A CN201780058667A CN109844536B CN 109844536 B CN109844536 B CN 109844536B CN 201780058667 A CN201780058667 A CN 201780058667A CN 109844536 B CN109844536 B CN 109844536B
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Abstract

本发明关注通过测定肿瘤组织样品中树突细胞(DC)的丰度来预测对PD‑1轴抑制剂(诸如抗PD‑L1抗体)的响应的方法。特征在于增强的XCR1,IRF8,BATF3和FLT3的表达的DC的丰度预示对PD‑L1阻断治疗的临床响应。

Description

预测对PD-1轴抑制剂的响应
发明领域
本发明涉及用于预测具有癌症的患者对PD-1轴抑制剂(诸如抗PD-L1抗体)的响应的生物标志物。本文中提供的是通过测定肿瘤组织样品中树突细胞(DC)的丰度来鉴定响应PD-1轴抑制剂的癌症患者的方法。
发明背景
髓样细胞(包括DC和巨噬细胞)在经由引发幼稚T细胞来教育和生成效应细胞来启动适应性免疫响应中是至关紧要的。专门抗原呈递细胞(APC),DC是居于(populate)所有淋巴样器官以及几乎所有非淋巴样器官的骨髓衍生的细胞。外周中感知病原体的成熟DC表达高水平的MHC(I和II类)和共刺激性分子,而且能够迁移至次级淋巴样器官以刺激幼稚T细胞来诱导适应性免疫。
另一方面,许多髓样细胞子集能够浸润肿瘤微环境,而且取决于激活状态,它们提供经由免疫遏制的肿瘤逃逸机制或直接杀肿瘤活性。多种标志物能反应DC和巨噬细胞激活的状态,激活性受体的一个例子是CD40蛋白。激动CD40受体的抗体已经在临床前和临床设置二者中通过激活DC以诱导T细胞浸润入肿瘤和通过极化巨噬细胞以杀伤肿瘤显示抗肿瘤效果(Beatty et al.,2011,Science,331:1612-6)。相反,髓样衍生的抑制细胞(MDSC)已经鉴定为在数种实体癌中通过促进免疫遏制反应在肿瘤微环境中发挥负面作用,如在人黑素瘤中显示的(Gorgun et al.,2013,Blood,121:2975-87)。因此,更加全面地了解免疫遏制性环境如何发生和持续对于指导全能新免疫疗法的成功是至关紧要的。
PD-1是在1992年作为在经历细胞死亡的T细胞杂交瘤中上调的基因发现的免疫球蛋白超家族成员(Ishida et al.,1992,EMBO J,11:3887-95)。PD-1主要在激活的T,B和髓样细胞上找到。1999年Pdcd1-/-小鼠的自身免疫倾向表型揭示PD-1的重要负调节功能(Nishimura et al.,1999,Immunity,11:141-51)。在1999年鉴定PD-1的第一种配体PD-L1(B7-H1)(Dong et al.,1999,Nat Med,5:1365-9),接着在2001年鉴定PD-L2(B7-DC)(Latchman et al.,2001,Nat Immunol,2:261-8)。另一种共刺激性分子,CD80(B7-1)也与PD-L1特异性相互作用(Butte et al.,2007,Immunity,27:111-22)。PD-1含有两个免疫受体基于酪氨酸的基序,它们在受体啮合后磷酸化并募集含Src同源性2域的酪氨酸磷酸酶2。PD-1:PD-L1途径通过降低IL-2的生成来抑制T细胞增殖且限制获得进入细胞周期的T细胞的数目以及它们随后的分裂速率。描述了数种人肿瘤类型中的PD-L1表达的上调,这操纵PD-L1与T细胞上的PD-1相互作用且遏制效应器功能。这些发现导致PD-1阻断在治疗实体瘤中的成功临床应用(Sharma et al.,2015,Cell,161:205-14)。不过,迄今只有微小子集的患者(<30％)受益于此类疗法,其具有仍然未知的机制(Zou et al.,2016,Sci TranslMed,8:328rv4)。
因而,需要用于确定哪些患者特别好地响应用PD-1轴抑制剂诸如抑制PD-L1对PD-1的结合的抗PD-L1抗体的疗法的方法。
发明概述
尽管有关于PD-1在淋巴细胞中的作用的深入研究,然而很少研究揭示PD-1/PD-L1途径对髓样细胞,特别是对DC的分子调节,和这种途径阻断在调节肿瘤免疫中的意义。取决于激活性信号,DC的某些亚群能够通过建立和维持T细胞耐受性来遏制免疫应答(Dhodapkar et al.,2001,J Exp Med,193:233-8；Steinman et al.,2003,Annu RevImmunol,21:685-711；Jonuleit et al.,2001,Trends Immunol,22:394-400)。在肿瘤微环境中找到免疫遏制性DC(Scarlett et al.,2012,J Exp Med,209:495-506)。有趣的是,肿瘤浸润性DC在卵巢癌进展的过程里变成PD-1阳性(Krempski et al.,2011,J Immunol,186:6905-13),而且很可能看来PD-1阻断核因子κB依赖性激活,使得DC成为免疫遏制性的(Karyampudi et al.,2016,Cancer Res,76:239-50)。更早的研究已经指示在体外阻断人DC上的PD-L1增强T细胞免疫(Brown et al.,2003,JImmunol,170:1257-66)。提出了PD-1在体内负调节鼠DC(Krempski et al.,2011；Park et al.,2014,J Leukoc Biol,95:621-9；Yao et al.,2009,Blood,113:5811-8)。鉴于PD-L1结合CD80和PD-1二者(Keir et al.,2008,Annu Rev Immunol,26:677-704),而且DC同时表达所有这三种受体/配体,发明人假设PD-1/PD-L1以受控方式受到调节,因而通过调控DC功能和/或影响下游T细胞谱系发育的其它髓样细胞子集,靶向这种途径的免疫疗法能持有仍然认识不足的作用机制。
本文中提供的是DC是PD-L1阻断的主要靶物(从而能够增强抗肿瘤免疫力)的证据。显示了人DC表达PD-1和PD-L1二者,而且PD-1在激活后受到DC负调节。而且,在人体外设置和在荷肿瘤小鼠二者中,PD-L1阻断直接激活DC,使得它们获取增强的能力来激活T细胞。在肿瘤已经在其中建立的小鼠中消减DC显示受损的对PD-L1阻断治疗的响应,提示DC对PD-L1阻断介导的抗肿瘤免疫力的直接贡献。此外,来自接受抗PD-L1抗体阿特珠单抗治疗的具有肾细胞癌的患者的基线时的肿瘤活检的分析显示具有与DC的发育和功能有关的基因的较高表达的患者具有与那些具有较低表达的相比的显著存活优势。如此,数据支持PD-L1阻断直接靶向DC以增强抗肿瘤免疫力。肿瘤组织中功能性DC的丰度是响应对用PD-1轴抑制剂诸如PD-L1阻断治疗的疗法的更好临床结局的预测因子。
本文中进一步证明在DC成熟后,PD-1表达上调。然而,PD-L1表达升高,这导致PD-L1对DC的表面上的CD80的结合,隔绝CD80和阻止CD80结合CD28进行对T细胞的共刺激。施用PD-L1抗体解除CD80隔绝,从而能够进一步经由CD80/CD28相互作用共刺激抗癌T细胞。这是第一次证明PD-L1/PD-1途径如何在生物学上抑制肿瘤中的DC,及在抗癌T细胞引发和激活中作为免疫检查点发挥功能。
因此,本文中提供的是一种预测具有癌症的患者中对PD-1轴抑制剂的临床响应的方法和一种用于治疗有可能响应PD-1轴抑制剂的具有癌症的患者的包含PD1轴抑制剂的药物组合物。
下面的编号的段落(段)定义本发明的一些实施方案。
1.一种鉴定响应包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法的具有癌症的患者的体外方法,该方法包含测定自具有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中树突细胞(DC)的丰度。
2.段1的方法,其中DC的丰度通过一种或多种选自由XCR1,IRF8,BATF3和FLT3组成的组的基因的表达水平来表征。
3.段2的方法,其中该方法进一步包含比较该一种或多种基因的表达水平与参照水平的步骤,由此升高的表达水平指示对包含PD-1轴抑制剂的疗法的响应。
4.段2或3的方法,其中通过蛋白质表达检测样品中的表达水平。
5.段2或3的方法,其中通过mRNA表达检测样品中的表达水平。
6.段2至5任一项的方法,其中使用选自下组的方法检测表达水平:FACS,Western印迹,ELISA,免疫沉淀,免疫组织化学,免疫荧光,放射免疫测定法,免疫检测方法,质谱术,HPLC,qPCR,RT-qPCR,多重qPCR或RT-qPCR,RNA-seq,微阵列分析,nanostring,SAGE,MassARRAY技术,和FISH,及其组合。
7.段1至6任一项的方法,其中该癌症选自下组:非小细胞肺癌,小细胞肺癌,肾细胞癌,结肠直肠癌,卵巢癌,乳腺癌,胰腺癌,胃癌,膀胱癌,食道癌,间皮瘤,黑素瘤,头和颈癌,甲状腺癌,肉瘤,前列腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,胸腺癌,白血病,淋巴瘤,骨髓瘤,蕈样肉芽肿,梅克尔细胞癌,和其它血液学恶性肿瘤。
8.段1至7任一项的方法,其中该疗法包括PD-1轴抑制剂作为单药疗法。
9.段1至7任一项的方法,其中该疗法进一步包含有效量的选自下组的第二药剂:细胞毒剂,化疗剂,生长抑制剂,放射疗法药剂,和抗血管发生剂,及其组合。
10.段1至9任一项的方法,其中该PD-1轴抑制剂是PD-1结合拮抗剂。
11.段10的方法,其中该PD-1结合拮抗剂抑制PD-1对PD-L1的结合。
12.段10或11的方法,其中该PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。
13.段1至9任一项的方法,其中该PD-1轴抑制剂是PD-L1结合拮抗剂。
14.段13的方法,其中该PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1对PD-1的结合。
15.段13或14的方法,其中PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。
16.段15的方法,其中该抗PD-L1抗体是选自由Fab,Fab’-SH,Fv,scFv,和(Fab’)2片段组成的组的抗体片段。
17.段15或16的方法,其中该抗PD-L1抗体选自由YW243.55.S70,MPDL3280A,MDX-1105,和MEDI4736组成的组。
18.段1至17任一项的方法,其中该肿瘤组织样品是在该用PD-1轴抑制剂的疗法前自该患者获得的样品。
19.一种用于治疗具有癌症的患者的包含PD-1轴抑制剂的药物组合物,其中该患者依照段1至18任一项的方法确定为响应包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法。
在一些实施方案中,本发明涉及一种确定具有癌症的患者是否更加适合通过包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法来治疗的方法,该方法包含测定自具有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中DC的丰度。
在一些实施方案中,本发明涉及一种改善具有癌症的患者中包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法的治疗功效的方法,该方法包含测定自具有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中DC的丰度。
在一些实施方案中,本发明涉及一种治疗具有癌症的患者的方法。该方法包含对具有癌症的患者施用包含有效量的PD-1轴抑制剂的疗法,该方法包含测定自该患者获得的肿瘤组织样品中DC的丰度。
在下文详述中进一步描述这些和其它实施方案。
附图简述
图1显示人DC上PD-1和PD-L1表达的免疫染色。体外生成的DC表达PD-1和PD-L1二者(图1A),而且PD-1和PD-L1的表达概况负相关(图1B)。
图2显示在DC成熟后,PD-1下调而PD-L1上调(图2A和2B)。
图3显示未成熟的DC(iDC),成熟的DC(mDC)和耐受原性DC(tDC)的免疫染色(图3A)和与不同DC一起共培养的T细胞中T细胞群体的流式细胞术测量(图3B)的结果。这些图显示PD-1的表达概况与T细胞刺激能力负相关。
图4显示与抗PD-L1抗体一起预温育的DC获取增强的T细胞刺激能力(图4A),伴有升高的IFN-γ生成(图4B)。
图5显示接受PD-L1抗体的荷肿瘤小鼠显示脾和引流淋巴结(DLN)中与媒介组相比升高的DC频率(图5A-B),而DC(在CD11c+细胞上设门)显示激活/成熟标志物CD86的较高表达(图5C)。
图6A显示一项使用CD11c-DTR小鼠的体内研究的实验设计,其中可以通过在抗PD-L1抗体处理前施用白喉毒素(DT)来消减CD11c+DC。图6B显示抗PD-L1抗体介导的肿瘤生长抑制在通过DT消减DC的小鼠中受损。
图7汇总具有肾细胞癌的患者中对阿特珠单抗的临床响应。
图8显示具有RCC的患者中的Kaplan-Meier存活曲线。与DC发育有关的基因的表达与PD-1轴抑制剂阿特珠单抗所致存活优势有关。
图9汇总与DC有关的基因的列表和对Kaplan-Meier存活曲线的相关响应。
图10显示基于包括基因:IRF8,FLT3,BATF3和XCR1的累积DC基因签名的表达的Kaplan-Meier存活曲线。在具有RCC的患者中较高的DC签名得分与PD-1轴抑制剂阿特珠单抗的临床益处有关。
图11显示在用阿特珠单抗治疗的具有NSCLC的患者中DC相关基因签名与存活有关。
图12显示在用阿特珠单抗治疗的具有NSCLC的PD-L1+患者中DC相关基因签名与存活有关。
发明详述
定义
术语“PD-1轴抑制剂”指一种抑制PD-1轴结合配偶与一种或多种其结合配偶的相互作用,使得消除源自PD-1信号传导轴上的信号传导的T细胞功能障碍(结果是恢复或增强T细胞功能(例如增殖,细胞因子生成,靶细胞杀伤))的分子。如本文中使用的,PD-1轴抑制剂包括PD-1结合拮抗剂和PD-L1结合拮抗剂。
术语“PD-1结合拮抗剂”指一种降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-1与一种或多种其结合配偶,诸如PD-L1,PD-L2的相互作用的信号转导的分子。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是一种抑制PD-1与其结合配偶结合的分子。在一个具体的方面,PD-1结合拮抗剂抑制PD-1与PD-L1和/或PD-L2的结合。例如,PD-1结合拮抗剂包括降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-1与PD-L1和/或PD-L2相互作用的信号转导的抗PD-1抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,寡肽和其它分子。在一个实施方案中,PD-1结合拮抗剂降低负共刺激信号,从而使功能障碍T细胞不太有功能障碍(例如增强对抗原识别的效应器应答),所述负共刺激信号经由PD-1由或经由T淋巴细胞上表达的细胞表面蛋白介导的信号传导介导。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体。在一个具体的方面,PD-1结合拮抗剂是本文中描述的MDX-1106。在另一个具体的方面,PD-1结合拮抗剂是本文中描述的Merck3745。
术语“PD-L1结合拮抗剂”指一种降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-L1与一种或多种其结合配偶,诸如PD-1,B7-1的相互作用的信号转导的分子。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抑制PD-L1与其结合配偶结合的分子。在一个具体的方面,PD-L1结合拮抗剂抑制PD-L1与PD-1和/或B7-1的结合。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂包括降低,阻断,抑制,消除或干扰源自PD-L1与一种或多种其结合配偶,诸如PD-1和B7-1的相互作用的信号转导的抗PDL1抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,寡肽和其它分子。在一个实施方案中,PD-L1结合拮抗剂降低负共刺激信号,从而使功能障碍T细胞不太有功能障碍(例如增强对抗原识别的效应器应答),所述负共刺激信号经由PD-L1由或经由T淋巴细胞上表达的细胞表面蛋白介导的信号传导介导。在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一个具体的方面,抗PD-L1抗体是本文中描述的YW243.55.S70。在另一个具体的方面,抗PD-L1抗体是本文中描述的MDX-1105。在仍有另一个具体的方面,抗PDL1抗体是本文中描述的MPDL3280A。
本文中的术语“抗体”以最广义使用,并且涵盖各种抗体结构,包括但不限于单克隆抗体,多克隆抗体,多特异性抗体(例如双特异性抗体),和抗体片段,只要它们展现出期望的抗原结合活性。
术语“抗PD-L1抗体”和“结合PD-L1的抗体”指能够以足够亲和力结合PD-L1,使得该抗体可作为诊断剂和/或治疗剂用于靶向PD-L1的抗体。在一个实施方案中,根据例如通过放射免疫测定法(RIA)的测量,抗PD-L1抗体结合无关的,非PD-L1的蛋白质的程度小于该抗体对PD-L1的结合的约10％。在某些实施方案中,抗PD-L1抗体结合在来自不同物种的PD-L1中保守的PD-L1表位。
“阻断性”抗体或“拮抗性”抗体是抑制或降低其结合的抗原的生物学活性的抗体。优选的阻断性抗体或拮抗性抗体实质性或完全抑制抗原的生物学活性。
“抗体片段”指与完整抗体不同的分子,其包含完整抗体的如下部分,该部分结合完整抗体所结合的抗原。抗体片段的例子包括但不限于Fv,Fab,Fab’,Fab’-SH,F(ab’)2；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；和由抗体片段形成的多特异性抗体。
与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50％或更多的抗体,且相反,参照抗体在竞争测定法中将该抗体对其抗原的结合阻断50％或更多。本文中提供了例示性的竞争测定法。
术语“嵌合”抗体指其中的重和/或轻链的一部分自特定的来源或物种衍生,而重和/或轻链的剩余部分自不同来源或物种衍生的抗体。
术语“全长抗体”,“完整抗体”,和“全抗体”在本文中可互换使用,指与天然抗体结构具有基本上类似的结构或者具有含有如本文中所限定的Fc区的重链的抗体。
如本文中使用的,术语“单克隆抗体”指从一群基本上同质的抗体获得的抗体,即构成群体的各个抗体是相同的和/或结合相同表位,除了例如含有天然存在的突变或在单克隆抗体制备物的生成期间发生的可能的变体抗体外,此类变体一般以极小量存在。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同,单克隆抗体制备物的每个单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。如此,修饰语“单克隆”指示抗体自一群基本上同质的抗体获得的特性,而不应解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如,可以通过多种技术来生成要依照本发明使用的单克隆抗体,包括但不限于杂交瘤方法,重组DNA方法,噬菌体展示方法,和利用含有所有或部分人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法,本文中描述了用于生成单克隆抗体的此类方法和其它例示性方法。
“人抗体”指拥有与由人或人细胞生成的或利用人抗体全集或其它人抗体编码序列自非人来源衍生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的此定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人源化”抗体指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中,人源化抗体会包含至少一个,通常两个基本上整个可变域,其中所有或基本上所有HVR(例如CDR)对应于非人抗体的那些,且所有或基本上所有FR对应于人抗体的那些。任选地,人源化抗体可以至少包含自人抗体衍生的抗体恒定区的一部分。抗体,例如非人抗体的“人源化形式”指已经经历人源化的抗体。
术语“检测”包括任何检测手段,包括直接和间接检测。
如本文中使用的,术语“生物标志物”指可在样品中检测的指示物,例如预测性,诊断性和/或预后性的指示物。生物标志物可以充当由特定的分子,病理学,组织学和/或临床特征表征的特定疾病或病症(例如癌症)亚型的指示物。在一些实施方案中,生物标志物是一种基因。生物标志物包括但不限于,多核苷酸(例如DNA和/或RNA),多核苷酸拷贝数目改变(例如DNA拷贝数),多肽,多肽和多核苷酸修饰(例如翻译后修饰),碳水化合物和/或基于糖脂的分子标志物。
术语“生物标志物签名”,“签名”,“生物标志物表达签名”或“表达签名”在本文中可互换使用,指其表达为指示物,例如预测性,诊断性和/或预后性指示物的一种或一组生物标志物。生物标志物签名可以充当由特定的分子,病理学,组织学和/或临床特征表征的特定疾病或病症(例如癌症)亚型的指示物。在一些实施方案中,生物标志物签名是“基因签名”。术语“基因签名”与“基因表达签名”可互换使用,指其表达为指示物,例如预测性,诊断性和/或预后性指示物的一种或一组多核苷酸。在一些实施方案中,生物标志物签名是“蛋白质签名”。术语“蛋白质签名”与“蛋白质表达签名”可互换使用,指其表达为指示物,例如预测性,诊断性和/或预后性指示物的一种或一组多肽。
生物标志物与个体增加的临床益处有关的“量”或“水平”是生物学样品中的可检测水平。这些可通过本领域技术人员已知的及本文中公开的方法来测量。所评估的生物标志物的表达水平或量可用于确定对治疗的响应。
术语“表达的水平”或“表达水平”一般可互换使用,一般指生物学样品中生物标志物的量。“表达”一般指信息(例如基因编码和/或表观遗传)转化成细胞中存在并运行的结构的过程。因此,如本文中使用的,“表达”可以指转录成多核苷酸,翻译成多肽,或甚至多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)。转录的多核苷酸的,翻译的多肽的,或多核苷酸和/或多肽修饰(例如多肽的翻译后修饰)的片段也应视为表达的,无论它们是源自通过可变剪接生成的转录物或经过降解的转录物,或者是源自多肽的翻译后加工(例如通过蛋白水解)。“表达的基因”包括转录成多核苷酸(如mRNA),然后翻译成多肽的基因,还有转录成RNA但不翻译成多肽的基因(例如转运和核糖体RNA)。
术语“参照水平”在本文中指预定值。如技术人员会领会的,参照水平预先确定和设置为在例如特异性和/或灵敏度方面达到要求。这些要求可以变化,例如在不同管理机构之间。它可以是例如测定法灵敏度或特异性分别要设置成某些限制,例如80％,90％或95％。这些要求也可以在阳性或阴性预测值方面限定。无论如何,基于本发明中给出的教导,总是会有可能到达达到那些要求的参照水平。在一个实施方案中,参照水平是在健康个体中确定的。在一个实施方案中,参照值是在患者所属疾病实体中预先确定的。在某些实施方案中,参照水平可以例如设置为调查的疾病实体中的值的总体分布的25％和75％之间的任何百分位。在其它实施方案中,参照水平可以例如设置为自调查的疾病实体中的值的总体分布确定的中值,三分位或四分位。在一个实施方案中,参照水平设置为自调查的疾病实体中的值的总体分布确定的中值。
在某些实施方案中,术语“升高”或“高于”指高于参照水平的水平。
如本文中使用的,“扩增”一般指生成多拷贝的期望序列的过程。“多拷贝”指至少2个拷贝。“拷贝”不必然意味着与模板序列有完全的序列互补性或同一性。例如,拷贝可以包含核苷酸类似物诸如脱氧肌苷,有意的序列变化(诸如经由包含与模板可杂交但不互补的序列的引物引入的序列变化)和/或扩增期间发生的序列错误。
术语“多重PCR”指出于在单个反应中扩增两种或更多种DNA序列的目的,使用超过一套引物在自单一来源(例如个体)获得的核酸上进行的单个PCR反应。
杂交反应的“严格性”可以由本领域中的普通技术人员容易地确定,而且通常根据探针长度,洗涤温度和盐浓度凭经验计算。一般而言,较长的探针要求较高的温度以正确退火,而较短的探针需要较低的温度。杂交通常依赖于当互补链存在于低于其解链温度的环境中时变性DNA重新退火的能力。探针与可杂交序列之间的期望同源性程度越高,可使用的相对温度也越高。结果,可推出较高相对温度将趋向于使反应条件更为严格,而较低温度也就较不严格。关于杂交反应严格性的其它细节和解释,参见Ausubel et al.,CurrentProtocols in Molecular Biology,Wiley Interscience Publishers,(1995)。
如本文中所定义的,“严格条件”或“高严格条件”可由以下鉴定:(1)对于洗涤采用低离子强度和高温,例如0.015M氯化钠/0.0015M柠檬酸钠/0.1％十二烷基硫酸钠,50℃；(2)在杂交期间使用变性剂,诸如甲酰胺,例如50％(v/v)甲酰胺及0.1％牛血清清蛋白/0.1％Ficoll/0.1％聚乙烯吡咯烷酮/50mM磷酸钠缓冲液pH 6.5及750mM氯化钠,75mM柠檬酸钠,42℃；或(3)在使用50％甲酰胺,5x SSC(0.75M NaCl,0.075M柠檬酸钠),50mM磷酸钠(pH6.8),0.1％焦磷酸钠,5x登哈特(Denhardt)氏溶液,超声处理的鲑精DNA(50μg/ml),0.1％SDS和10％硫酸右旋糖苷的溶液中在42℃过夜杂交,在42℃于0.2x SSC(氯化钠/柠檬酸钠)洗涤10分钟,然后在55℃进行由含有EDTA的0.1x SSC组成的10分钟高严格洗涤。
“中等严格条件”可以如Sambrook et al.,Molecular Cloning:A LaboratoryManual,New York:Cold Spring Harbor Press,1989所描述的来定义,而且包括使用与上文所述那些相比较不太严格的洗涤溶液和杂交条件(例如温度,离子强度和％SDS)。中等严格条件的一个例子是在含:20％甲酰胺,5x SSC(150mM NaCl,15mM柠檬酸三钠),50mM磷酸钠(pH7.6),5x登哈特氏溶液,10％硫酸右旋糖苷和20mg/ml变性的剪切的鲑精DNA的溶液中于37℃温育过夜,然后于约37-50℃在1x SSC中洗涤滤膜。熟练技术人员会认识到如何根据适应诸如探针长度等因素的需要来调节温度,离子强度等。
“聚合酶链式反应”或“PCR”技术在用于本文时一般指其中如1987年7月28日公告的美国专利第4,683,195号中所记载的,扩增微量的核酸,RNA和/或DNA特定片段的流程。通常,需要获知目的区域末端或以外的序列信息,从而可设计寡核苷酸引物；这些引物在序列上将与待扩增模板的相对链相同或相似。两条引物的5’末端核苷酸可与所扩增物质的末端一致。PCR可用于从总基因组DNA和由总细胞RNA转录的cDNA,噬菌体或质粒序列等扩增特定RNA序列,特定DNA序列。一般参见Mullis等,Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.51:263(1987)；Erlich ed.,PCR Technology,Stockton Press,NY,1989。在用于本文时,PCR视为用于扩增核酸测试样品的核酸聚合酶反应方法的一个但非唯一的例子,包括使用已知核酸(DNA或RNA)作为引物并利用核酸聚合酶来扩增或生成特定核酸片段,或者扩增或生成与特定核酸互补的特定核酸片段。
“定量实时聚合酶链式反应”或“qRT-PCR”指PCR的一种形式,其中在PCR反应的每个步骤测量PCR产物的量。这种技术已经记载于多份出版物,包括Cronin等,Am.J.Pathol.164(1):35-42(2004)；Ma等,Cancer Cell.5:607-616(2004)。
术语“微阵列”指可杂交阵列元素,优选多核苷酸探针在基片上的有序排列。
术语“多核苷酸”在以单数或复数使用时一般指任何多聚核糖核苷酸或多聚脱氧核糖核苷酸,可以是未经修饰的RNA或DNA或者是经过修饰的RNA或DNA。如此,例如,本文中所定义的多核苷酸包括但不限于单链和双链DNA,包含单链区和双链区的DNA,单链和双链RNA,及包含单链区和双链区的RNA,包含DNA和RNA的杂合分子,它可以是单链的,或者更典型的是双链的,或者包含单链区和双链区。另外,术语“多核苷酸”在用于本文时指包含RNA或DNA或RNA和DNA二者的三链区。此类区中的链可来自相同分子或来自不同分子。所述区可包含一种或多种分子的整个,但是更典型的是只包含有些分子的一个区。三股螺旋区的分子之一常常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”明确包括cDNA。该术语包括包含一种或多种经修饰碱基的DNA(包括cDNA)和RNA。如此,主链为稳定性或其它原因而修饰的DNA或RNA也是“多核苷酸”该术语在本文中的意图所在。此外,包含罕见碱基诸如肌苷或经修饰碱基诸如氚化碱基的DNA或RNA也包括在本文中所定义的术语“多核苷酸”内。一般而言,术语“多核苷酸”涵盖未修饰多核苷酸的所有化学,酶学和/或代谢修饰形式,以及病毒和细胞,包括简单和复杂细胞的特征性的DNA和RNA的化学形式。
术语“寡核苷酸”指相对较短的多核苷酸,包括但不限于单链脱氧核糖核苷酸,单链或双链核糖核苷酸,RNA:DNA杂合物,及双链DNA。寡核苷酸,诸如单链DNA探针寡核苷酸,常常通过化学方法来合成,例如使用商品化的自动化寡核苷酸合成仪。然而,寡核苷酸可通过多种其它方法来制备,包括体外重组DNA介导的技术和通过DNA在细胞和生物体中的表达。
术语“诊断”在本文中用于指对分子或病理学状态,疾病或疾患(例如癌症)的鉴定或分类。例如,“诊断”可以指特定癌症类型的鉴定。“诊断”还可以指特定癌症亚型的分类,例如通过组织病理学标准或分子特征(例如由一种或一组生物标志物(例如特定基因或由所述基因编码的蛋白质)的表达表征的亚型)。
术语“样品”在用于本文时指获得自或衍生自感兴趣的受试者和/或个体的组合物,其包含有待根据例如物理,生化,化学和/或生理特点来表征和/或鉴定的细胞和/或其它分子实体。例如,短语“疾病样品”或其变体指得自感兴趣的受试者的任何样品,预计或已知其包含待表征的细胞和/或分子实体。样品包括但不限于,原代或培养的细胞或细胞系,细胞上清,细胞裂解物,血小板,血清,血浆,玻璃体液,淋巴液,滑液,滤泡液(follicularfluid),精液,羊水,乳,全血,血液衍生的细胞,尿液,脑脊髓液,唾液,痰,泪,汗液,粘液,肿瘤裂解物,和组织培养液(tissue culture medium),组织提取物如匀浆化的组织,肿瘤组织,细胞提取物,及其组合。
“组织样品”或“细胞样品”意指从受试者或个体的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是实体组织如来自新鲜,冷冻和/或保存的器官,组织样品,活组织检查和/或抽吸物；血液或任何血液成分如血浆；体液如脑脊髓液,羊水,腹膜液或间隙液(interstitial fluid)；来自受试者的妊娠或发育中任意时间的细胞。组织样品还可以是原代或培养的细胞或细胞系。任选地,组织或细胞样品自患病的组织/器官获得。组织样品可以含有在自然界中不天然与组织混杂的化合物,如防腐剂,抗凝血剂,缓冲剂,固定剂,营养物,抗生素等。
如本文中使用的,“参照样品”,“参照细胞”,“参照组织”,“对照样品”,“对照细胞”或“对照组织”指用于比较目的的样品,细胞,组织,标准,或水平。在一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞或对照组织自同一受试者或个体的健康和/或无疾病身体部位(例如组织或细胞)获得。例如,临近于患病细胞或组织的健康和/或无疾病细胞或组织(例如临近肿瘤的细胞或组织)。在另一个实施方案中,参照样品自同一受试者或个体的身体的未治疗组织和/或细胞获得。在又一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞或对照组织自不是该受试者或个体的个体的健康和/或无疾病身体部位(例如组织或细胞)获得。在再一个实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞或对照组织自不是该受试者或个体的个体身体的未治疗组织和/或细胞获得。
为本发明目的,组织样品的“切片”意指一块或一片组织样品,例如从组织样品上切下来的一薄片组织或细胞。应当了解,可以制作多片组织样品切片并进行分析,只要理解可以将组织样品的同一切片用于形态学和分子两个水平的分析或者针对多肽和多核苷酸二者进行分析。
“关联”或“联系”意指以任何方式将第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果进行比较。例如,可以将第一分析或方案的结果用于实施第二方案,和/或,可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。就多肽分析或方案的实施方案而言,可以使用多肽表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。就多核苷酸分析或方案的实施方案而言,可以使用多核苷酸表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。
“个体响应”或“响应”可使用指示对个体益处的任何终点评估,包括但不限于:(1)一定程度地抑制疾病进展(例如癌症进展),包括减缓和完全阻滞；(2)缩小肿瘤尺寸；(3)抑制(即减轻,减缓或完全终止)癌细胞浸润入临近周围器官和/或组织；(4)抑制(即减轻,减缓或完全终止)转移；(5)一定程度地减轻与疾病或病症(例如癌症)有关的一种或多种症状；(6)存活(包括总体存活和无进展存活)的长度延长或扩展；和/或(9)治疗后给定时间点的死亡率降低。
患者对药物治疗的“有效响应”或“响应性”及类似用语指对处于疾病或病症(诸如癌症)风险或患有疾病或病症(诸如癌症)的患者给予的临床或治疗好处。在一个实施方案中,此类好处包括如下任何一项或多项:延长存活(包括总体存活和无进展存活)；导致客观响应(包括完全响应或部分响应)；或改善癌症体征或症状。在一个实施方案中,使用生物标志物的存在来鉴定相对于不存在该生物标志物的患者更有可能响应药物治疗的患者。在另一个实施方案中,使用生物标志物的存在来确定患者会具有相对于不存在该生物标志物的患者升高的可能性受益于药物治疗。
“存活”(survival)指患者保持存活,而且包括总体存活(overall survival)和无进展存活(progress free survival)。
“总体存活”指保持一定时期诸如1年,5年等存活的患者,自诊断或治疗时起计算。
“无进展存活”指保持存活且癌症没有进展或恶化的患者。
“延长存活”意味着使接受治疗的患者的总体存活或无进展存活相对于未接受治疗的患者(即相对于未用药物治疗的患者),或相对于不以指定水平表达生物标志物的患者,和/或相对于用已获批准的抗肿瘤剂治疗的患者有延长。
“客观响应”(objective response)指可测量的响应,包括完全响应(CR)或部分响应(PR)。
“完全响应”(complete response)或“CR”指癌症的所有体征响应治疗而消失。这并不总是意味着癌症已经治愈。
“部分响应”(partial response)或“PR”指一处或多处肿瘤或损害的大小或体内癌症的程度响应治疗而减小。
“有效量”指在必需的剂量和时间段上有效实现期望的治疗或预防结果的量。
“治疗有效量”指治疗剂在哺乳动物中治疗或预防疾病或病症的量。在癌症的情况中,治疗有效量的治疗剂可减少癌细胞的数目；缩小原发性肿瘤的尺寸；抑制(即一定程度的减缓,优选阻止)癌细胞浸润入周围器官；抑制(即一定程度的减缓,优选阻止)肿瘤转移；一定程度的抑制肿瘤生长；和/或一定程度的减轻一种或多种与病症有关的症状。根据药物可阻止现有癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度,它可以是细胞抑制性的和/或细胞毒性的。对于癌症疗法,体内功效可以通过例如评估存活持续时间,距疾病进展的时间(TTP),响应率(RR),响应持续时间,和/或生活质量来测量。
术语“癌症”和“癌性的”指向或描述哺乳动物中典型的以不受调节的细胞生长为特征的生理疾患。此定义中包括良性和恶性癌症。“早期癌症”或“早期肿瘤”指非侵入性的或转移性的,或者归为0期,I期,或II期癌症的癌症。癌症的例子包括但不限于癌,淋巴瘤,母细胞瘤(包括髓母细胞瘤和视网膜母细胞瘤),肉瘤(包括脂肪肉瘤和滑膜细胞肉瘤),神经内分泌肿瘤(包括类癌瘤,胃泌素瘤和胰岛细胞癌),间皮瘤,施旺氏细胞瘤(包括听神经瘤),脑膜瘤,腺癌,黑素瘤,和白血病或淋巴样恶性肿瘤。此类癌症的更具体例子包括鳞状细胞癌(例如上皮鳞状细胞癌),肺癌包括小细胞肺癌(SCLC),非小细胞肺癌(NSCLC),肺的腺癌和肺的鳞癌,腹膜癌,肝细胞癌,胃的癌或胃癌包括胃肠癌,胰腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,卵巢癌,肝癌,膀胱癌,肝瘤,乳腺癌(包括转移性乳腺癌),结肠癌,直肠癌,结肠直肠癌,子宫内膜癌或子宫癌,唾液腺癌,肾癌或肾的癌,前列腺癌,外阴癌,甲状腺癌,肝的癌,肛门癌,阴茎癌,梅克尔细胞癌,蕈样肉芽肿,睾丸癌,食管癌,胆管肿瘤,及头和颈癌和造血恶性肿瘤。在一些实施方案中,癌症是三重阴性转移性乳腺癌,包括任何经组织学确认的具有局部复发性或转移性疾病的三重阴性(ER-,PR-,HER2-)乳腺癌(其中局部复发性疾病不适合具有治愈目的的切除术)。
术语“药物配制剂”指其形式容许其中含有的活性成分的生物学活性是有效的,且不含对会施用该配制剂的受试者产生不可接受的毒性的别的成分的制剂。
“药学可接受载体”指药物配制剂中除了活性成分外对受试者无毒的成分。药学可接受载体包括但不限于缓冲剂,赋形剂,稳定剂,或防腐剂。
如本文中使用的,“治疗/处理”(及其语法变型)指试图改变所治疗个体的自然进程的临床干预,可以是为了预防或在临床病理学的进程中进行。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发,缓解症状,削弱疾病的任何直接或间接病理学后果,预防转移,减缓疾病进展的速率,改善或减轻疾病状态,及免除或改善预后。在一些实施方案中,使用抗体来延迟疾病的形成或减缓疾病的进展。
术语“抗癌疗法”指在治疗癌症中有用的疗法。抗癌治疗剂的例子包括但不限于例如化疗剂,生长抑制剂,细胞毒剂,放射疗法中所使用的药剂,抗血管发生剂,凋亡剂,抗微管蛋白剂,和其它治疗癌症的药剂,抗CD20抗体,血小板衍生生长因子抑制剂(例如GleevecTM(甲磺酸伊马替尼(ImatinibMesylate))),COX-2抑制剂(例如塞来考昔(celecoxib)),干扰素,细胞因子,结合一种或多种以下靶物的拮抗剂(例如中和性抗体)(PDGFR-β,BlyS,APRIL,BCMA受体,TRAIL/Apo2),和其它生物活性和有机化学剂,等。本发明还包括它们的组合。
术语“细胞毒剂”在用于本文时指抑制或防止细胞的功能和/或引起细胞破坏的物质。该术语意图包括放射性同位素(例如At211,I131,I125,Y90,Re186,Re188,Sm153,Bi212,P32和Lu的放射性同位素),化疗剂,例如甲氨蝶呤(methotrexate),阿霉素(adriamicin),长春花生物碱类(vinca alkaloids)(长春新碱(vincristine),长春碱(vinblastine),依托泊苷(etoposide)),多柔比星(doxorubicin),美法仑(melphalan),丝裂霉素(mitomycin)C,苯丁酸氮芥(chlorambucil),柔红霉素(daunorubicin)或其它嵌入剂,酶及其片段,诸如溶核酶,抗生素,和毒素,诸如小分子毒素或者细菌,真菌,植物或动物起源的酶活毒素,包括其片段和/或变体；及下文披露的各种抗肿瘤药或抗癌药。下文记载了其它细胞毒剂。杀肿瘤药引起肿瘤细胞的破坏。
“化疗剂”指可用于治疗癌症的化学化合物。化疗剂的实例包括烷化剂类(alkylating agents),诸如塞替派(thiotepa)和环磷酰胺(cyclophosphamide)
Figure BDA0002003935120000161
磺酸烷基酯类(alkyl sulfonates),诸如白消安(busulfan),英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶类(aziridines),诸如苯佐替派(benzodopa),卡波醌(carboquone),美妥替派(meturedopa)和乌瑞替派(uredopa)；乙撑亚胺类(ethylenimines)和甲基蜜胺类(methylamelamines),包括六甲蜜胺(altretamine),三乙撑蜜胺(triethylenemelamine),三乙撑磷酰胺(triethylenephosphoramide),三乙撑硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羟甲蜜胺(trimethylomelamine)；番荔枝内酯类(acetogenin)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；δ-9-四氢大麻酚(tetrahydrocannabinol)(屈大麻酚(dronabinol),
Figure BDA0002003935120000175
)；β-拉帕醌(lapachone)；拉帕醇(lapachol)；秋水仙素类(colchicines)；白桦脂酸(betulinicacid)；喜树碱(camptothecin)(包括合成类似物托泊替康(topotecan)
Figure BDA0002003935120000171
CPT-11(伊立替康(irinotecan),
Figure BDA0002003935120000176
),乙酰喜树碱,东莨菪亭(scopolectin)和9-氨基喜树碱)；苔藓抑素(bryostatin)；callystatin；CC-1065(包括其阿多来新(adozelesin),卡折来新(carzelesin)和比折来新(bizelesin)合成类似物)；鬼臼毒素(podophyllotoxin)；鬼臼酸(podophyllinic acid)；替尼泊苷(teniposide)；隐藻素类(cryptophycins)(特别是隐藻素1和隐藻素8)；多拉司他汀(dolastatin)；duocarmycin(包括合成类似物,KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海绵抑素(spongistatin)；氮芥类(nitrogen mustards),诸如苯丁酸氮芥(chlorambucil),萘氮芥(chlornaphazine),胆磷酰胺(chlorophosphamide),雌莫司汀(estramustine),异环磷酰胺(ifosfamide),双氯乙基甲胺(mechlorethamine),盐酸氧氮芥(mechlorethamine oxide hydrochloride),美法仑(melphalan),新氮芥(novembichin),苯芥胆甾醇(phenesterine),泼尼莫司汀(prednimustine),曲磷胺(trofosfamide),尿嘧啶氮芥(uracil mustard)；亚硝脲类(nitrosoureas),诸如卡莫司汀(carmustine),氯脲菌素(chlorozotocin),福莫司汀(fotemustine),洛莫司汀(lomustine),尼莫司汀(nimustine)和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素类,诸如烯二炔类抗生素(enediyne)(如加利车霉素(calicheamicin),尤其是加利车霉素γ1I和加利车霉素ωI1(参见例如Nicolaou et al.,Angew.Chem Intl.Ed.Engl.,33:183-186(1994))；CDP323,一种口服α-4整联蛋白抑制剂；蒽环类抗生素(dynemicin),包括dynemicin A；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)发色团和相关色蛋白烯二炔类抗生素发色团),阿克拉霉素(aclacinomysin),放线菌素(actinomycin),氨茴霉素(authramycin),偶氮丝氨酸(azaserine),博来霉素(bleomycin),放线菌素C(cactinomycin),carabicin,洋红霉素(carminomycin),嗜癌霉素(carzinophilin),色霉素(chromomycin),放线菌素D(dactinomycin),柔红霉素(daunorubicin),地托比星(detorubicin),6-二氮-5-氧-L-正亮氨酸,多柔比星(doxorubicin)(包括
Figure BDA0002003935120000177
吗啉代多柔比星,氰基吗啉代多柔比星,2-吡咯代多柔比星,盐酸多柔比星脂质体注射剂
Figure BDA0002003935120000174
脂质体多柔比星TLC D-99
Figure BDA0002003935120000172
PEG化脂质体多柔比星
Figure BDA0002003935120000173
和脱氧多柔比星),表柔比星(epirubicin),依索比星(esorubicin),伊达比星(idarubicin),麻西罗霉素(marcellomycin),丝裂霉素类(mitomycins)诸如丝裂霉素C,霉酚酸(mycophenolic acid),诺拉霉素(nogalamycin),橄榄霉素(olivomycin),培洛霉素(peplomycin),泊非霉素(porfiromycin),嘌呤霉素(puromycin),三铁阿霉素(quelamycin),罗多比星(rodorubicin),链黑菌素(streptonigrin),链佐星(streptozocin),杀结核菌素(tubercidin),乌苯美司(ubenimex),净司他丁(zinostatin),佐柔比星(zorubicin)；抗代谢物类,诸如甲氨蝶呤,吉西他滨(gemcitabine)
Figure BDA0002003935120000181
替加氟(tegafur)
Figure BDA0002003935120000183
卡培他滨(capecitabine)
Figure BDA0002003935120000182
埃坡霉素(epothilone)和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物,诸如二甲叶酸(denopterin),甲氨蝶呤,蝶酰三谷氨酸(pteropterin),三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤类似物,诸如氟达拉滨(fludarabine),6-巯基嘌呤(mercaptopurine),硫咪嘌呤(thiamiprine),硫鸟嘌呤(thioguanine)；嘧啶类似物,诸如安西他滨(ancitabine),阿扎胞苷(azacitidine),6-氮尿苷,卡莫氟(carmofur),阿糖胞苷(cytarabine),双脱氧尿苷(dideoxyuridine),去氧氟尿苷(doxifluridine),依诺他滨(enocitabine),氟尿苷(floxuridine)；雄激素类,诸如卡鲁睾酮(calusterone),丙酸屈他雄酮(dromostanolonepropionate),表硫雄醇(epitiostanol),美雄烷(mepitiostane),睾内酯(testolactone)；抗肾上腺类,诸如氨鲁米特(aminoglutethimide),米托坦(mitotane),曲洛司坦(trilostane)；叶酸补充剂,诸如亚叶酸(frolinic acid)；醋葡醛内酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamide glycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinic acid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfornithine；依利醋铵(elliptinium acetate)；epothilone；依托格鲁(etoglucid)；硝酸镓；羟脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼达明(lonidainine)；美登木素生物碱类(maytansinoids),诸如美登素(maytansine)和安丝菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌达醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；
Figure BDA0002003935120000184
多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,OR)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲兰(sizofiran)；螺旋锗(spirogermanium)；细交链孢菌酮酸(tenuazonic acid)；三亚胺醌(triaziquone)；2,2’,2”-三氯三乙胺；单端孢菌素类(trichothecenes)(尤其是T-2毒素,疣孢菌素(verracurin)A,杆孢菌素(roridin)A和蛇行菌素(anguidine))；乌拉坦(urethan)；长春地辛(vindesine)
Figure BDA0002003935120000191
达卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴卫矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“Ara-C”)；塞替派(thiotepa)；类紫杉醇(taxoid),例如帕利他塞(paclitaxel)
Figure BDA0002003935120000199
清蛋白改造的纳米颗粒剂型帕利他塞(ABRAXANETM)和多西他塞(docetaxel)
Figure BDA0002003935120000192
苯丁酸氮芥(chloranbucil)；6-硫鸟嘌呤(thioguanine)；巯基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；铂剂,诸如顺铂(cisplatin),奥沙利铂(oxaliplatin)(例如
Figure BDA0002003935120000196
)和卡铂(carboplatin)；长春药类(vincas),其阻止微管蛋白聚合形成微管,包括长春碱(vinblastine)
Figure BDA0002003935120000198
长春新碱(vincristine)
Figure BDA0002003935120000193
长春地辛(vindesine)
Figure BDA0002003935120000194
Figure BDA0002003935120000195
和长春瑞滨(vinorelbine)
Figure BDA0002003935120000197
依托泊苷(etoposide)(VP-16)；异环磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；亚叶酸(leucovorin)；能灭瘤(novantrone)；依达曲沙(edatrexate)；道诺霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；伊本膦酸盐(ibandronate)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类维A酸(retinoids),诸如维A酸(retinoic acid),包括贝沙罗汀(bexarotene)
Figure BDA00020039351200001910
二膦酸盐类(bisphosphonates),诸如氯膦酸盐(clodronate)(例如
Figure BDA00020039351200001911
或
Figure BDA00020039351200001912
),依替膦酸钠(etidronate)
Figure BDA00020039351200001913
NE-58095,唑来膦酸/唑来膦酸盐(zoledronic acid/zoledronate)
Figure BDA00020039351200001914
阿伦膦酸盐(alendronate)
Figure BDA00020039351200001925
帕米膦酸盐(pamidronate)
Figure BDA00020039351200001915
替鲁膦酸盐(tiludronate)
Figure BDA00020039351200001924
或利塞膦酸盐(risedronate)
Figure BDA00020039351200001916
以及曲沙他滨(troxacitabine)(1,3-二氧戊环核苷胞嘧啶类似物)；反义寡核苷酸,特别是抑制牵涉异常细胞增殖的信号传导途经中的基因表达的反义寡核苷酸,诸如例如PKC-α,Raf,H-Ras和表皮生长因子受体(EGF-R)；疫苗,诸如
Figure BDA00020039351200001922
疫苗和基因疗法疫苗,例如
Figure BDA00020039351200001917
疫苗,
Figure BDA00020039351200001923
疫苗和
Figure BDA00020039351200001919
疫苗；拓扑异构酶1抑制剂(例如
Figure BDA00020039351200001921
)；rmRH(例如
Figure BDA00020039351200001918
)；BAY439006(sorafenib；Bayer)；SU-11248(sunitinib,
Figure BDA00020039351200001920
Pfizer)；哌立福辛(perifosine),COX-2抑制剂(如塞来考昔(celecoxib)或艾托考昔(etoricoxib)),蛋白体抑制剂(例如PS341)；bortezomib
Figure BDA00020039351200002014
CCI-779；tipifarnib(R11577)；orafenib,ABT510；Bcl-2抑制剂,诸如oblimersen sodium
Figure BDA00020039351200002013
pixantrone；EGFR抑制剂(见下文定义)；酪氨酸激酶抑制剂(见下文定义)；丝氨酸-苏氨酸激酶抑制剂,诸如雷帕霉素(rapamycin)(sirolimus,
Figure BDA00020039351200002012
)；法尼基转移酶抑制剂,诸如lonafarnib(SCH 6636,SARASARTM)；及任何上述各项的药学可接受盐,酸或衍生物；以及两种或更多种上述各项的组合,诸如CHOP(环磷酰胺,多柔比星,长春新碱和泼尼松龙联合疗法的缩写)和FOLFOX(奥沙利铂(ELOXATINTM)联合5-FU和亚叶酸的治疗方案的缩写)。
如本文中定义的化疗剂包括起调节,降低,阻断或抑制可促进癌生长的激素效果作用的“抗激素剂”或“内分泌治疗剂”类。它们自身可以是激素,包括但不限于:具有混合的激动剂/拮抗剂概况的抗雌激素类,包括他莫昔芬(tamoxifen)
Figure BDA00020039351200002010
4-羟基他莫昔芬,托瑞米芬(toremifene)
Figure BDA00020039351200002011
艾多昔芬(idoxifene),屈洛昔芬(droloxifene),雷洛昔芬(raloxifene)
Figure BDA0002003935120000209
曲沃昔芬(trioxifene),那洛昔芬(keoxifene),和选择性雌激素受体调节剂类(SERM),诸如SERM3；没有激动剂特性的纯的抗雌激素类,诸如氟维司群(fulvestrant)
Figure BDA0002003935120000208
和EM800(此类药剂可阻断雌激素受体(ER)二聚化,抑制DNA结合,提高ER周转,和/或遏制ER水平)；芳香酶抑制剂类,包括类固醇芳香酶抑制剂类,诸如福美坦(formestane)和依西美坦(exemestane)
Figure BDA0002003935120000205
和非类固醇芳香酶抑制剂类,诸如阿那曲唑(anastrazole)
Figure BDA0002003935120000204
来曲唑(letrozole)
Figure BDA0002003935120000206
和氨鲁米特(aminoglutethimide),和其它芳香酶抑制剂类,包括伏氯唑(vorozole)
Figure BDA0002003935120000203
醋酸甲地孕酮(megestrol acetate)
Figure BDA0002003935120000207
法倔唑(fadrozole)和4(5)-咪唑；促黄体生成激素释放激素激动剂类,包括亮丙瑞林(leuprolide)(
Figure BDA0002003935120000201
和
Figure BDA0002003935120000202
),戈舍瑞林(goserelin),布舍瑞林(buserelin)和曲普瑞林(tripterelin)；性类固醇类(sex steroids),包括妊娠素类(progestine),诸如醋酸甲地孕酮(megestrol acetate)和醋酸甲羟孕酮(medroxyprogesterone acetate),雌激素类,诸如二乙基己烯雌酚(diethylstilbestrol)和普雷马林(premarin),和雄激素类/类视黄酸类,诸如氟甲睾酮(fluoxymesterone),所有反式视黄酸(transretionic acid)和芬维A胺(fenretinide)；奥那司酮(onapristone)；抗孕酮类；雌激素受体下调剂类(ERD)；抗雄激素类,诸如氟他米特(flutamide),尼鲁米特(nilutamide)和比卡米特(bicalutamide)；及任何上述物质的药剂学可接受的盐,酸或衍生物；以及两种或多种上述物质的组合。
“生长抑制剂”在用于本文时指抑制细胞(例如在体外或在体内其生长依赖于PD-L1表达的细胞)生长的化合物或组合物。生长抑制剂的例子包括阻断细胞周期行进(处于S期以外的位置)的药剂,诸如诱导G1停滞和M期停滞的药剂。经典的M期阻断剂包括长春药类(vincas)(长春新碱(vincristine)和长春碱(vinblastine)),紫杉烷类(taxanes),和拓扑异构酶II抑制剂诸如多柔比星(doxorubicin),表柔比星(epirubicin),柔红霉素(daunorubicin),依托泊苷(etoposide)和博来霉素(bleomycin)。那些阻滞G1的药剂也溢出进入S期停滞,例如DNA烷化剂类诸如他莫昔芬(tamoxifen),泼尼松(prednisone),达卡巴嗪(dacarbazine),双氯乙基甲胺(mechlorethamine),顺铂(cisplatin),甲氨蝶呤(methotrexate),5-氟尿嘧啶(5-fluorouracil)和ara-C。更多信息可参见The MolecularBasis of Cancer,Mendelsohn and Israel,eds.,Chapter 1,entitled"Cell cycleregulation,oncogenes,and antineoplastic drugs"by Murakami et al.(WB Saunders:Philadelphia,1995),尤其是第13页。紫杉烷类(帕利他赛(paclitaxel)和多西他赛(docetaxel))是衍生自紫杉树的抗癌药。衍生自欧洲紫杉的多西他赛(
Figure BDA0002003935120000212
Rhone-Poulenc Rorer)是帕利他赛(
Figure BDA0002003935120000211
Bristol-Myers Squibb)的半合成类似物。帕利他赛和多西他赛促进由微管蛋白二聚体装配成微管并通过防止解聚使微管稳定,导致对细胞中有丝分裂的抑制。
“放射疗法”指使用定向伽马射线或贝塔射线来诱发对细胞的足够损伤,以限制细胞正常发挥功能的能力或全然破坏细胞。应当领会,本领域知道许多方式来确定治疗的剂量和持续时间。典型的治疗作为一次施用来给予,而典型的剂量范围为每天10-200个单位(戈瑞(Gray))。
“个体”或“受试者”指哺乳动物。哺乳动物包括但不限于驯养动物(例如牛,绵羊,猫,犬,和马),灵长类(例如人和非人灵长类诸如猴),家兔,和啮齿类(例如小鼠和大鼠)。在某些实施方案中,个体或受试者是人。
术语“并行”在本文中用于指施用两种或更多种治疗剂,其中至少部分施用在时间上交叠。因而,并行施用包括如下的剂量给药方案,一种或多种药剂的施用中断后继续施用一种或多种其它药剂。
“降低或抑制”指引起20％,30％,40％,50％,60％,70％,75％,80％,85％,90％,95％,或更大的总体降低的能力。降低或抑制可以指所治疗的病症的症状,转移的存在或大小,或原发性肿瘤的大小。
应当理解,单数形式“一个”,“一种”和“所述/该”包括复数提及物,除非另外指示。
树突细胞标志物
在本发明中发现自具有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中DC的丰度(即肿瘤浸润性DC)(更加优选地具有交叉呈递能力的功能性DC)预示对PD-1轴抑制剂的响应。DC的丰度可以通过检测与具有交叉呈递特性的DC的发育,激活或成熟有关的标志物的表达水平来测定。那些标志物包括XCR1,IRF8,BATF3,FLT3。这些标志物可以作为个别标志物分开考虑,或作为累积标志物表达,即累积DC基因得分(DC得分)以两种或更多种标志物的组考虑。可以通过任何适宜的现有技术数学方法组合两种或更多种标志物的表达水平以获得DC得分。在一个实施方案中,DC得分可以基于由XCR1,IRF8,BATF3,和FLT3组成的基因的表达水平来获得。
在一个实施方案中,使用本发明的生物标志物来预测具有肾细胞癌的患者对PD-1轴抑制剂诸如抗PD-L1抗体阿特珠单抗的响应。在另一个实施方案中,使用本发明的生物标志物来预测具有非小细胞肺癌(NSCLC)的患者对PD-1轴抑制剂诸如抗PD-L1抗体阿特珠单抗的响应。依照本发明的实施方案,本发明的预测价值在PD-L1阳性患者中和在具有鳞状NSCLC的患者中较高。因此,在一个实施方案中,使用本发明的生物标志物来预测PD-L1阳性患者(更加具体地具有NSCLC的PD-L1阳性患者)对PD-1轴抑制剂诸如抗PD-L1抗体阿特珠单抗的响应。在另一个实施方案中,使用本发明的生物标志物来预测具有鳞状NSCLC的患者对PD-1轴抑制剂诸如抗PD-L1抗体阿特珠单抗的响应。
供本发明中使用的例示性PD-1轴抑制剂
举例而言,PD-1轴抑制剂包括PD-1结合拮抗剂和PD-L1结合拮抗剂。“PD-1”的备选名称包括CD279和SLEB2。“PD-L1”的备选名称包括B7-H1,B7-4,CD274,和B7-H。在一些实施方案中,PD-1和PD-L1是人PD-1和PD-L1。
在一些实施方案中,该PD-1结合拮抗剂是抑制PD-1对它的配体结合配偶的结合的分子。在一个具体的方面,该PD-1配体结合配偶是PD-L1和/或PDL2。在另一个实施方案中,PDL1结合拮抗剂是抑制PD-L1对它的结合配偶的结合的分子。在一个具体的方面,PD-L1结合配偶是PD-1和/或B7-1。该拮抗剂可以是抗体,其抗原结合片段,免疫粘附素,融合蛋白,或寡肽。
在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是抗PD-1抗体(例如人抗体,人源化抗体,或嵌合抗体)。在一些实施方案中,抗PD-1抗体选自下组:纳武单抗(nivolumab)和派姆单抗(pembrolizumab)。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是免疫粘附素(例如包含与恒定区(例如免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PD-L1或PD-L2的胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素)。在一些实施方案中,PD-1结合拮抗剂是AMP-224。纳武单抗,又称为MDX-1106-04,MDX-1106,ONO-4538,BMS-936558,和
Figure BDA0002003935120000231
是一种在WO2006/121168中描述的抗PD-1抗体。派姆单抗,又称为MK-3475,Merck 3475,lambrolizumab,
Figure BDA0002003935120000232
和SCH-900475,是一种在WO2009/114335中描述的抗PD-1抗体。AMP-224,又称为B7-DCIg,是一种在WO2010/027827和WO2011/066342中描述的PD-L2-Fc融合可溶性受体。
在一些实施方案中,PD-L1结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一些实施方案中,抗PDL1结合拮抗剂选自下组:YW243.55.S70,MPDL3280A,MDX-1105,和MEDI4736。MDX-1105,又称为BMS-936559,是一种在WO2007/005874中描述的抗PDL1抗体。抗体YW243.55.S70是一种在WO2010/077634A1中描述的抗PDL1。MEDI4736是一种在WO2011/066389和US2013/034559中描述的抗PDL1抗体。
对本发明的方法有用的抗PD-L1抗体的例子及其制备方法记载于PCT专利申请WO2010/077634A1和美国专利No.8,217,149,通过援引将每一篇收入本文,就像完整列出一样。
在一些实施方案中,该抗PD-L1抗体是阿特珠单抗(CAS注册号:1422185-06-5)。阿特珠单抗(Genentech),也称作MPDL3280A,是一种抗PD-L1抗体。
阿特珠单抗包含:
(a)分别是GFTFSDSWIH(SEQ ID NO:1),AWISPYGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO:2)和RHWPGGFDY(SEQ ID NO:3)的HVR-H1,HVR-H2,和HVR-H3序列,和
(b)分别是RASQDVSTAVA(SEQ ID NO:4),SASFLYS(SEQ ID NO:5)和QQYLYHPAT(SEQID NO:6)的HVR-L1,HVR-L2,和HVR-L3序列。
阿特珠单抗包含重链和轻链序列,其中:
(a)该重链可变区序列包含氨基酸序列:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO:7),且
(b)该轻链可变区序列包含氨基酸序列:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKR(SEQ ID NO:8)。
阿特珠单抗包含重链和轻链序列,其中:
(a)该重链包含氨基酸序列:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWIHWVRQAPGKGLEWVAWISPYGGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARRHWPGGFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(SEQ ID NO:9),且
(b)该轻链包含氨基酸序列:
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYHPATFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ IDNO:10)。
在一些实施方案中,PD-1轴结合拮抗剂是抗PD-L1抗体。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体能够抑制PD-L1和PD-1之间和/或PD-L1和B7-1之间的结合。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体为单克隆抗体。在一些实施方案中,抗PD-L1抗体为选自下组的抗体片段:Fab,Fab'-SH,Fv,scFv,和(Fab')2片段。在一些实施方案中,抗PDL1抗体为人源化抗体。在一些实施方案中,抗PDL1抗体为人抗体。
抗体或其抗原结合片段可以使用本领域已知方法来制备,例如通过包括下述的工艺:在适合于生成此类抗体或片段的条件下培养以适合于表达的形式含有编码任何先前所述抗PD-L1,抗PD-1,或抗PD-L2抗体或抗原结合片段的核酸的宿主细胞,并回收抗体或片段。
在本文中的任何实施方案中,分离的抗PDL1抗体能结合人PDL1(例如UniProtKB/Swiss-Prot登录号Q9NZQ7.1中所示人PDL1)或其变体。
在仍有又一个实施方案中,本发明提供组合物,其包含本文中提供的抗PD-L1,抗PD-1,或抗PD-L2抗体或其抗原结合片段和至少一种药学可接受载剂。在一些实施方案中,对个体施用的抗PD-L1,抗PD-1,或抗PD-L2抗体或其抗原结合片段是包含一种或多种药学可接受载体的组合物。
在一些实施方案中,本文所述抗PD-L1抗体在配制剂中,该配制剂包含量为约60mg/mL的抗体,浓度为约20mM的组氨酸乙酸酯,浓度为约120mM的蔗糖,和浓度为0.04％(w/v)的聚山梨酯(例如聚山梨酯20),而且该配制剂具有约5.8的pH。在一些实施方案中,本文所述抗PD-L1抗体在配制剂中,该配制剂包含量为约125mg/mL的抗体,浓度为约20mM的组氨酸乙酸酯,浓度为约240mM的蔗糖,和浓度为0.02％(w/v)的聚山梨酯(例如聚山梨酯20),而且该配制剂具有约5.5的pH。
供本发明中使用的测定法
在一些实施方案中,使用选自下组的方法检测样品中的生物标志物:FACS,Western印迹,ELISA,免疫沉淀,免疫组织化学,免疫荧光,放射免疫测定法,免疫检测方法,质谱术,qPCR,RT-qPCR,多重qPCR或RT-qPCR,RNA-seq,微阵列分析,nanostring,SAGE,MassARRAY技术,和FISH,及其组合。在一些实施方案中,通过蛋白质表达检测样品中的生物标志物。在一些实施方案中,通过免疫组织化学(IHC)测定蛋白质表达。
在一些实施方案中,通过mRNA表达检测样品中的生物标志物。在一些实施方案中,使用qPCR,rtPCR,RNA-seq,多重qPCR或RT-qPCR,微阵列分析,nanostring,SAGE,MassARRAY技术,或FISH测定mRNA表达。
在一些实施方案中,该样品是肿瘤组织样品。在一些实施方案中,该肿瘤组织样品包含肿瘤细胞,肿瘤浸润性免疫细胞,基质细胞或其任何组合。
在一些实施方案中,样品是在PD-L1轴抑制剂治疗之前获得的。在一些实施方案中,组织样品是福尔马林固定和石蜡包埋的,存档的,新鲜的或冷冻的。
可通过许多方法学来分析样品中各种生物标志物的存在和/或表达水平/量,其中许多是本领域中已知且熟练技术人员理解的,包括但不限于免疫组织化学(“IHC”),Western印迹分析,免疫沉淀,分子结合测定法,ELISA,ELIFA,荧光激活细胞分选(“FACS”),MassARRAY,蛋白组学,基于血液的定量测定法(如例如血清ELISA),生化酶活性测定法,原位杂交,Southern分析,Northern分析,全基因组测序,聚合酶链式反应(“PCR”)(包括定量实时PCR(“qRT-PCR”)和其他扩增类型检测方法,如例如分支的DNA,SISBA,TMA等),RNA-Seq,FISH,微阵列分析,基因表达概况分析,和/或基因表达系列分析(“SAGE”),以及可通过蛋白质,基因和/或组织阵列分析实施的许多种测定法中的任一种。用于评估基因和基因产物状态的典型方案见于例如Ausubel et al.,eds.,1995,Current Protocols InMolecular Biology,Units 2(Northern Blotting),4(Southern Blotting),15(Immunoblotting)和18(PCR Analysis)。还可使用多重免疫测定法如那些可从RulesBased Medicine或Meso Scale Discovery(“MSD”)获得的。
在一个实施方案中,所述样品是临床样品。在另一个实施方案中,所述样品用在诊断性测定法中。在一些实施方案中,所述样品从原发性或转移性肿瘤获得。经常使用组织活检来获得肿瘤组织的代表性的片/块。
在某些实施方案中,参照样品,参照组织,对照样品,或对照组织是来自同一受试者或个体的单一样品或组合的多重样品,其在不同于获得测试样品时的一个或多个时间点获得。在某些实施方案中,参照样品,参照组织,对照样品,或对照组织是来自一个或多个并非该受试者或个体的健康个体的组合的多重样品。在某些实施方案中,参照样品,参照组织,对照样品,或对照组织是来自患有疾病或病症(例如癌症)的,并非该受试者或个体的一个或多个个体的组合的多重样品。
在一些实施方案中,样品为肿瘤组织样品(例如活检组织)。在一些实施方案中,组织样品为肺组织。在一些实施方案中,组织样品为肾组织。在一些实施方案中,组织样品为皮肤组织。在一些实施方案中,组织样品为胰腺组织。在一些实施方案中,组织样品为胃组织。在一些实施方案中,组织样品为膀胱组织。在一些实施方案中,组织样品为食道组织。在一些实施方案中,组织样品为间皮组织。在一些实施方案中,组织样品为乳腺组织。在一些实施方案中,组织样品为甲状腺组织。在一些实施方案中,组织样品为结肠直肠组织。在一些实施方案中,组织样品为头和颈组织。在一些实施方案中,组织样品为骨肉瘤组织。在一些实施方案中,组织样品为前列腺组织。在一些实施方案中,组织样品为卵巢组织,HCC(肝),血细胞,淋巴结,骨/骨髓。
治疗方法
提供的是用于治疗个体中癌症的方法,该方法包括:测定来自该个体的肿瘤组织样品中DC的丰度,并将有效量的PD-1轴抑制剂施用于该个体。
在一些实施方案中,与DC的发育有关的生物标志物的升高的表达指示在用该PD-L1轴抑制剂治疗该个体时该个体更有可能具有升高的临床益处的个体。在一些实施方案中,该升高的临床益处包含下面的一项或多项的相对升高:总体存活(OS),无进展存活(PFS),完全响应(CR),部分响应(PR)和其组合。
可以在疗法中单独或与其它药剂组合使用本文中描述的PD-1轴抑制剂。例如,可以与至少一种别的治疗剂共施用本文中描述的PD-1轴抑制剂。在某些实施方案中,别的治疗剂是化疗剂。
上文记载的此类组合疗法涵盖组合施用(其中两种或更多种治疗剂包含在同一配制剂或分开的配制剂中),和分开施用(在该情况中拮抗剂可以在别的治疗剂和/或佐剂施用之前,同时,和/或之后施用)。本文中描述的PD-1轴抑制剂还可以与放射疗法组合使用。
可以通过任何合适的手段,包括胃肠外,肺内,和鼻内,及若期望用于局部治疗的话,损伤内施用来施用本文中描述的PD-1轴抑制剂(例如抗体,结合多肽,和/或小分子)(及任何别的治疗剂)。胃肠外输注包括肌肉内,静脉内,动脉内,腹膜内,或皮下施用。部分根据施用是短暂的还是长期的,给药可以通过任何合适的路径,例如通过注射,诸如静脉内或皮下注射进行。本文中涵盖各种给药日程表,包括但不限于单次施用或在多个时间点里的多次施用,推注施用,和脉冲输注。
本文中描述的PD-1轴抑制剂(例如抗体,结合多肽,和/或小分子)可以一种符合良好的医学实践的方式配制,确定剂量及施用。在此背景中考虑的因素包括在治疗的特定病症,在治疗的特定哺乳动物,个体患者的临床状态,病症原因,药剂递送部位,施用方法,施用日程以及其它为从业医生所知的因素。PD-1轴抑制剂无需但可任选地与一种或多种目前用于预防或治疗所述病症的药剂一起配制。这类其它药剂的有效量取决于配方中所存在的PD-1轴抑制剂的量,病症或治疗的类型,以及其它上述讨论的因素。这些药剂通常以相同的剂量使用并具有本文中所描述的施用途径,或以约1-99％的本文所描述的剂量使用,或以任何剂量并通过任何途径使用,所述剂量和途径是凭经验确定的/经临床测定合适的。
为了预防或治疗疾病,本文中描述的PD-1轴抑制剂(当单独或与一种或多种其它别的治疗剂联合使用时)的合适剂量应取决于所要治疗的疾病的类型,疾病的严重性和病程,施用PD-1轴抑制剂是出于预防还是治疗目的,之前的治疗,患者的临床史和对PD-1轴抑制剂的响应,以及主治医师的斟酌决定。PD-1轴抑制剂适合于在一次或一系列的治疗中给予患者。一个典型的日剂量可在约1μg/kg-100mg/kg或更多的范围内,取决于上文所述因素。对于在数天或更长时间内的重复施用,根据状况,治疗一般将持续直至发生期望的对疾病症状的抑制。这类剂量可间歇施用,如每周或每三周施用,例如使得患者接受约2-约20剂,或例如约6剂的PD-1轴抑制剂。可施用初始较高的负荷剂量,接着施用一个或多个较低的剂量。例示性的给药方案包括施用。然而,可使用其它给药方案。通过常规技术和测定法易于监测该治疗的进展。
在一些实施方案中,以约0.3-30mg/kg的剂量施用PD-1轴抑制剂(例如抗PD-L1抗体)。在一些实施方案中,以约0.3mg/kg,0.5mg/kg,1mg/kg,2mg/kg,4mg/kg,8mg/kg,15mg/kg,20mg/kg,或30mg/kg任一的剂量施用PD-1轴抑制剂(例如抗PD-L1抗体)。在一些实施方案中,在21天周期中以约2mg/kg,4mg/kg,8mg/kg,15mg/kg,或30mg/kg任一的剂量施用PD-L1轴结合拮抗剂(例如抗PD-L1抗体)。理解的是,任何上述配制剂或治疗方法可使用免疫缀合物代替或补充PD-1轴抑制剂来进行。
通过将具有期望纯度的此类抗体与一种或多种任选的药学可接受载体(Remington’s Pharmaceutical Sciences第16版,Osol,A.编(1980))混合以冻干配制剂或水性溶液形式制备如本文中所描述的PD-1轴抑制剂的药物配制剂。在一些实施方案中,PD-1轴抑制剂是结合小分子,抗体,结合多肽,和/或多核苷酸。一般地,药学可接受载体在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的,而且包括但不限于缓冲剂,诸如磷酸盐,柠檬酸盐,和其它有机酸；抗氧化剂,包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化己烷双胺；苯扎氯铵,苄索氯铵；酚,丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烃基酯,诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质,诸如血清清蛋白,明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物,诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸,诸如甘氨酸,谷氨酰胺,天冬酰胺,组氨酸,精氨酸或赖氨酸；单糖,二糖和其它碳水化合物,包括葡萄糖,甘露糖或糊精；螯合剂,诸如EDTA；糖类,诸如蔗糖,甘露醇,海藻糖或山梨醇；成盐相反离子,诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂,诸如聚乙二醇(PEG)。本文中的例示性的药学可接受载体进一步包含间质药物分散剂诸如可溶性中性活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP),例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白,诸如rHuPH20(
Figure BDA0002003935120000291
Baxter International,Inc.)。某些例示性的sHASEGP和使用方法,包括rHuPH20记载于美国专利公开文本No.2005/0260186和2006/0104968。在一个实施方案中,将sHASEGP与一种或多种别的糖胺聚糖酶诸如软骨素酶组合。
例示性的冻干配制剂记载于美国专利No.6,267,958。水性抗体配制剂包括那些记载于美国专利No.6,171,586和WO2006/044908的,后一种配制剂包含组氨酸-乙酸盐缓冲液。
本文中的配制剂还可含有超过一种所治疗具体适应症所必需的活性组分,优选那些活性互补且彼此没有不利影响的组分。此类活性组分适于以有效用于所需目的的量而组合存在。
活性成分可包载于例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中(例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊),在胶状药物投递系统中(例如脂质体,清蛋白微球体,微乳剂,纳米颗粒和纳米胶囊),或在粗滴乳状液中。此类技术披露于Remington’s Pharmaceutical Sciences,第16版,Osol,A.编(1980)。
可以制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适的例子包括含有PD-L1轴结合拮抗剂的固体疏水性聚合物的半透性基质,该基质为成形商品形式,例如膜,或微胶囊。
用于体内施用的配制剂一般是无菌的。无菌性可容易地实现,例如通过穿过无菌滤膜过滤。
诊断试剂盒,测定法和制品
本文中提供的是包含一种或多种用于测定来自具有疾病或病症的个体的样品中生物标志物的存在的试剂的诊断试剂盒。
本文中还提供的是用于鉴定具有疾病或病症的个体来接受PD-L1轴抑制剂的测定法,该方法包括:测定来自该个体的肿瘤组织样品中DC的丰度,并基于DC的丰度推荐PD-1轴抑制剂。
本文中还提供的是制品,其包含包装在一起的PD-L1轴抑制剂(例如抗PD-L1抗体)和包装插页,该PD-L1轴抑制剂在药学可接受载体中,该包装插页指示该PD-L1轴抑制剂(例如抗PD-L1抗体)用于基于DC的丰度或涉及DC发育的生物标志物的表达水平来治疗具有疾病或病症的患者。治疗方法包括本文中公开的任何治疗方法。进一步提供的是用于制造制品的方法,包括在包装中组合药物组合物和包装插页,该药物组合物包含PD-1轴抑制剂(例如抗PD-L1抗体),该包装插页指示该药物组合物用于基于DC的丰度或涉及DC发育的生物标志物的表达水平治疗具有疾病或病症的患者。
所述制品包括容器和容器上或伴随容器的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶(bottles),管形瓶(vials),注射器(syringes),等。所述容器可以用多种材料诸如玻璃或塑料制成。所述容器容纳或装有包含癌症药物作为活性剂的组合物,并可以具有无菌出入口(例如该容器可以是具有可被皮下注射针头刺穿的塞子的静脉内溶液袋或管形瓶)。
所述制品可以进一步包括第二容器,该容器装有药学可接受的稀释缓冲剂,诸如抑菌性注射用水(BWFI),磷酸盐缓冲盐水,林格氏(Ringer)溶液,和右旋糖溶液。制品还可包括从商业和使用者观点看有需要的其它材料,包括其它缓冲剂,稀释剂,滤器,针头,和注射器。
本发明的制品还包括信息,例如以包装插页的形式,指示所述组合物用于基于本文中生物标志物的表达水平,治疗癌症。所述插页或标签可采取任何形式,诸如纸或在电子介质上,诸如磁记录介质(例如软盘)或CD-ROM。所述标签或插页还可包括关于所述试剂盒或制品中药物组合物和剂量形式的其它信息。
通过参考下面的非限制性附图和实施例进一步描述本发明。
实施例
实施例1:在人DC上PD-1和PD-L1负相关
为了解决在人DC上PD-1和它的配体的潜在调节,使用经典方法生成单核细胞衍生的DC。简言之,使用Ficoll-PaqueTMPlus(GE Healthcare,#17-1440-03)密度梯度自来自健康人供体的血沉棕黄层(Blutspende,Schlieren)分离外周血单个核细胞(PBMC)。收集PBMC的环并通过离心(5’,763g；5’,600g)用PBS清洗两次。使用10mL用无菌水以1X稀释的BDPharm LyseTM(BD Biosciences,#555899)进行裂解并于室温温育1.5分钟。通过离心(8’,135g)用磷酸盐缓冲盐水1X(PBS；
Figure BDA0002003935120000311
by live technologiesTM,#20012-019)进行两次清洗。使用细胞计数器(Beckman coulter)评估细胞数和质量。使用分开的无关供体进行每项独立实验。使用人单核细胞富集试剂盒(StemCell,#19059)在MACs缓冲液(1450mLAutomacsTM漂洗液,Miltenyi#130-091-222；和75mL MACS BSA储液,Miltenyi#130-091-376)中依照制造商的说明书通过负选择自新鲜PBMC分离单核细胞。使用细胞计数器(Beckman coulter)检查纯度,单核细胞常规>95％纯。
于37℃在2mL培养基(RPMI 1640(1X)Glutamax；10％热灭活胎牛血清(FBS)和1％青霉素-链霉素,均来自
Figure BDA0002003935120000312
)中以1.5x106个细胞/孔在6孔板中接种单核细胞并温育2小时(37℃,5％CO2气氛)。温育2小时之后,通过塑料贴壁再进行一次选择；去除培养基并添加2mL/孔新鲜的补充有10μg/mL重组人白介素-4和粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(IL-4和GM-CSF；R&D Systems,#204-IL；#215-GM)的培养基。于37℃在具有5％CO2的气氛中温育板。在第2天,于37℃添加200μL/孔补充有100μg/mL(10X)重组人IL-4和GM-CSF的培养基。在第4天,于37℃添加1mL补充有30μg/mL(3X)重组人IL-4和GM-CSF的培养基。培养5天之后,在体外单核细胞衍生的DC完全分化。然后用抗PD-1-PE-Cy7和抗PD-L1-APC抗体(BioLegend；#329917,#329707)对细胞染色,并通过流式细胞术(BD)进行测量。
我们观察到人DC表达PD-1和PD-L1二者(图1A),PD-1和PD-L1的表达概况负相关(R2＝0.907)(图1B)。在DC通过脂多糖的LPS(LPS,10ng/mL Sigma-Aldrich,#L4516)成熟后,PD-1下调,而PD-L1上调(图2),这促使我们假设PD-1是DC上的功能性负调节物。为了检验这一点,通过在IL-4和GM-CSF以外以0.39μg/mL的终浓度添加地塞米松(Sigma,#D2915),我们遵循一种方案生成了耐受原性DC(tDC,在刺激T细胞增殖方面受损的一个子集)(vanKooten et al.,2011,Methods Mol Biol,677:149-59)。为了头对头比较,自相同供体的单核细胞平行生成未成熟的DC(iDC),成熟的DC(mDC)和tDC。关于PD-1,PD-L1,PD-L2和CD80的表达对细胞染色。与其它DC相比,tDC显示最高的PD-1水平和最低的PD-L1水平(图3A)。PD-L2和CD80表达具有与PD-L1表达相同的样式(图3A)。
为了确认PD-1表达与它们的T细胞刺激的功能性的关联,通过与自冷冻PBMC(来自一名与体外生成单核细胞衍生的DC不同的供体)分离的同种异基因总T细胞的共培养实施一种混合淋巴细胞反应。使用人泛T细胞分离试剂盒(Miltenyi Biotec,#130-096-535)遵循制造商的说明书通过负选择进行T细胞的分离。总T细胞常规>95％纯。在PBS中以1x107个细胞/mL重悬浮T细胞。避光每107个T细胞添加1mL在PBS中的5nM羧基荧光素琥珀酰亚胺基酯(CFSE增殖染料,eBioscience,#65-0850-84)并于37℃在热浴中温育7分钟。添加10mL冷RPMI并在通过离心(6’,475g)来清洗之后,在台盼蓝着色稀释1至2之后使用自动化细胞计数器CountessTM测定CFSE染色的T细胞的细胞数。于37℃在96孔板中接种含有150,000个T细胞的100μL/孔培养基并于37℃在具有5％CO2的气氛中温育。以下面的T细胞:DC比将100μL/孔DC(或激活的mDC)添加至CFSE染色的T细胞:1:30,1:150和1:750。对于每一种条件,准备一式两份或一式三份的孔。于37℃在具有5％CO2的气氛中温育共培养物。5天之后,将板离心(7’,600g),将上清液保存于-80℃,通过流式细胞术为了T细胞增殖分析(CFSE稀释)进行染色。图3B中呈现的数据指示PD-1-mDC能够刺激T细胞增殖,而PD-1+tDC未能激活T细胞。如此,PD-1的表达概况与它们的T细胞刺激能力负相关。
我们接下来研究PD-1抑制对DC的直接影响。用抗PD-1单抗或抗PD-L1单抗处理的iDC导致共刺激性分子诸如CD80,CD86,CD83和CD40的上调。我们然后检验PD-L1的阻断性抗体是否会直接激活DC以获取增强的T细胞刺激能力。在有或没有阻断性PD-L1抗体(10μg/mL,在Roche内部生成,#7569)的情况下,或在一些情况中,在有10μg/mL同种型对照抗体(在Roche内部生成；#4852)的情况下,将iDC预激活过夜18小时,并广泛清洗,之后在混合淋巴细胞反应中与同种异基因T细胞一起共培养另外5天。收获上清液用于通过ELISA(R&DSystems,#DY285)测量IFN-γ,并收获T细胞用于通过流式细胞术测量增殖。我们观察到与PD-L1抗体一起预温育的DC获取增强的T细胞刺激能力(图4A),伴有激活的T细胞的升高的IFN-γ生成(图4B)。这显示基于PD-L1/PD-1阻断的癌症疗法能直接靶向DC以潜在促进T细胞引发和/或再刺激。
PD-L1结合CD80和PD-1二者。然而,PD-L1/B7.1相互作用具有比CD80/CD28相互作用高三倍的亲和力。为了了解PD-L1/PD-1和PD-L1/CD80间的复杂相互作用,我们使用共焦成像来评估它们在DC的表面上的定位。PD-1+iDC表达低水平的CD80,它不与PD-1共定位。与之对比,PD-1-mDC获取较高的PD-L1和CD80表达。有趣的是,CD80现在与PD-L1共定位,提示mDC中的PD-L1表达结合且隔绝CD80。如此,我们想问这些分子多大程度牵涉DC-T细胞免疫学突触的形成。CD28和PD-1均在DC和T细胞的交叉点处极化成免疫学突触。这提示PD-1和CD28在TCR信号传导期间参与免疫学突触。这与PD-1信号传导导致T细胞上的CD28脱磷酸化的最新发现一致。然而,mDC上的PD-L1和CD80均与突触中的PD-1和/或CD28没有相互作用或相互作用很少。这再次很可能是由于PD-L1/CD80相互作用与CD80/CD28相互作用相比较高的结合亲和力。
mDC衍生的CD80和T细胞相关CD28之间缺乏强相互作用促使我们进一步质疑通过PD-L1阻断性抗体破坏PD-L1/CD80相互作用是否能促进CD80的释放,使之对CD28可用,导致T细胞的共刺激。确实,mDC与抗PD-L1单抗一起预温育实现DC和T细胞的接触处CD80和CD28的强相互作用。与之对比,不干扰PD-L1对CD80的结合的抗PD-1单抗显示对CD80极化没有影响。这些数据强烈支持抗PD-L1单抗可能对DC激活T细胞的能力具有两种截然不同影响:1)阻断PD-1+iDC上PD-L1介导的PD-1信号传导以促进成熟；2)自成熟的DC上的B7.1解离PD-L1,释放B7.1以结合CD28进行共刺激。
实施例2:荷肿瘤小鼠响应PD-L1阻断对DC的要求
为了确认上述体外发现的生理学相关性,我们在体内动物模型中测试抗PD-L1活性。我们首先建立C57BL/6J雌性小鼠的常位肿瘤模型,其中将PanC02-H7(最初自德克萨斯大学M.D.Anderson癌症中心获得的小鼠胰腺癌细胞,在MTA下)(1x105个细胞)注射入胰腺。7天后,静脉内(i.v.)施用抗PD-L1抗体(10mg/kg,鼠IgG1,克隆6E11,Genentech),并在处理之后3天收获小鼠。我们分析脾和引流淋巴结中的CD11c+F4/80-DC,并且发现接受抗PD-L1抗体的小鼠显示与媒介组相比升高的DC频率(图5A-B)。而且,DC(在CD11c+细胞上设门)显示激活/成熟标志物CD86的较高表达(图5C)。这些数据提示抗PD-L1抗体在体内直接激活DC。
为了进一步研究DC通过PD-L1阻断在介导抗肿瘤免疫力中的贡献,我们自Jackson实验室获得CD11c-DTR小鼠(B6.FVB-Tg(Itgax-DTR/EGFP)57Lan/J,目录号004509)。CD11c-DTR小鼠是在cd11c启动子下表达的高亲和力人白喉毒素(DT)受体的转基因BALB/c小鼠(Jung et al.,2002,Immunity,17:211-20),因此能通过施用DT来有效消减DC。在研究第0天给小鼠皮下(s.c.)注射RPMI培养基中的0.2x106个MC38细胞(自ATCC获得的结肠直肠癌细胞系)。当肿瘤在第6天可触知时,用100ng DT(Sigma-Aldrich)处理小鼠或留置不处理。在第7天,将抗PD-L1抗体(10mg/kg,鼠IgG1,克隆6E11,Genentech)给予小鼠,继以每周注射(图6A)。单独的DT处理不影响这些小鼠中的肿瘤生长(图6B)。抗PD-L1抗体处理延迟肿瘤生长,而且在8/10只小鼠中根除肿瘤,而在消减了DC的小鼠中抗PD-L1抗体功效显著受损,因为只有5/9只小鼠在研究结束时无肿瘤(图6B)。我们的数据支持PD-L1抗体实现它的最大抗肿瘤功效需要DC的概念。
实施例3:DC基因转录物预示用阿特珠单抗治疗的具有肾细胞癌的患者治疗中的临床益处
我们假设具有DC丰度的患者可能响应PD-L1阻断,导致接受治疗的患者中的有益效果。我们在一项I期临床试验(NCT01375842)(http://www.clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT01375842？term＝NCT01375842&rank＝1)中分析56名接受阿特珠单抗的具有肾细胞癌的患者。这项研究受到Roche基团成员Genentech Inc.资助,提供研究药物。方案和它的修改得到相关机构审查委员会或伦理委员会批准,而且所有参与者提供知情同意书。这项研究依照赫尔辛基宣言和国际协调会议优秀临床实践指南进行。总共分析56名患者。基于“最好的经过调查人员确认的总体响应”,我们观察到6名响应者(CR＝1；PR＝5)和47名非响应者(PD＝21；SD＝26)以及3名没有已知信息的患者(图7)。
将基线时的肿瘤标本存档并取出用于通过RNA测序(RNA-Seq)实施的基因表达概况分析。基于文献(Merad,ann rev immunol 2013),我们选择由XCR1,IRF8,BATF3和FLT3组成的一组基因,它们与具有交叉呈递专门化的人树突细胞发育有关。将每种选定基因在整个队列间的log2RPKM表达值以中间表达水平分成较高表达者(+)和较低/无表达者(-)。使用内部R脚本,将两个定义的亚组针对Kaplan-Meier存活曲线绘图。图8显示每一种单基因表达样式与存活优势有关。具有较高表达对较低/无表达的患者之间的中间存活分开至少15.6个月或更长(图9)。
由于数种与人树突细胞发育有联系的基因与存活优势有关,我们调查多种牵涉人DC发育和功能的基因的影响,这通过定义反映这些标志物基因的累积表达的累积DC基因得分(DC得分)来进行。首先通过z得分将每种基因的表达标准化:
Figure BDA0002003935120000351
其中μ和σ是在整个队列中或在选定亚组中评估的。在标准化步骤之后,这些标准化z得分值在每名患者内的基因间取平均。RCC队列针对患者的性别以及初始诊断的阶段进行修正。基于这样的分析,我们观察到具有较高DC得分的患者显示卓越的存活优势,没有达到中间存活,而较低/无表达组具有约18个月的中间存活(HR＝0.38,和p＝0.03)(图10)。
实施例4:DC基因转录物预示用阿特珠单抗治疗的具有NSCLC的患者中的临床益处
在实施例3以外,我们分析193名具有非小细胞肺癌(NSCLC)的患者,他们先前治疗过,然后在一项II期临床试验POPLAR中接受阿特珠单抗或多西他赛。这项研究在ClinicalTrials.gov注册,编号NCT01903993。POPLAR是一项多中心,随机化,开放标签II期试验,在欧洲和北美洲的13个国家间的61个学术医学中心和社区肿瘤实践中心进行。研究完全依照优秀临床实践指南和赫尔辛基宣言进行。自每个地点的独立的伦理委员会获得方案(和修改)批准(Fehrenbacher L,et al.,Lancet 2016)。在那些具有鳞状或非鳞状NSCLC的患者中,96人接受多西他赛,92人接受阿特珠单抗,而剩下5人留置不治疗(表1)。
表1:POPLAR研究中的患者信息
治疗 鳞状 非鳞状 合计
多西他赛 36 60 96
阿特珠单抗 34 58 92
未治疗 1 4 5
将基线时的肿瘤标本存档并取出用于通过RNA测序(RNA-Seq)实施的基因表达概况分析。基于文献(Merad M.et al.,Ann.Rev.Immunol.2013),我们选择由XCR1,IRF8,BATF3,和FLT3组成的一组基因,它们与具有交叉呈递专门化的人树突细胞表型和发育有关。将每种选定基因在整个队列间的标准化读数计数以中间表达水平分成较高表达者(+)和较低/无表达者(-)。使用内部R脚本,将两个定义的亚组针对Kaplan-Meier存活曲线绘图。另外,使用Cox回归分析来计算基于阳性和阴性基因表达划分的两个患者组之间的危害比(HR)。
我们还调查多种牵涉人DC发育和功能的基因(XCR1,BATF3,FLT3,和IRF8)的影响,这通过定义反映这些标志物基因的累积表达的累积DC基因得分(DC得分)来进行。首先通过z得分将每种基因的表达标准化:
Figure BDA0002003935120000361
其中μ和σ是在整个队列中或在选定亚组中评估的。在标准化步骤之后,这些标准化z得分值在每名患者内的基因间取平均。队列针对患者的吸烟状态,ECOG和性别进行修正。然后将得分针对Kaplan-Meier存活曲线绘图。
结果
XCR1基因表达样式与阿特珠单抗的存活优势有关。具有较高表达对较低/无表达的患者之间的中间总体存活(OS)分开约7个月(mOS＝8.6对15.5个月),均具有通过Cox回归分析得到的0.6的统计学显著危害比(HR)(p＝0.077)。与之对比,XCR1表达与接受多西他赛的患者中的存活没有相关性。
DC相关基因签名与用阿特珠单抗治疗的患者中的存活有关,如基于包括基因:XCR1,IRF8,FLT3,和BATF3的累积DC基因签名的表达Kaplan-Meier存活曲线显示的(图11)。较高的DC签名得分与具有NSCLC的患者中PD-1轴抑制剂阿特珠单抗的临床益处有关(HR＝0.54,p＝0.04)。具有较高表达对较低/无表达的患者之间的中间OS分开7.9个月(8.5对16.4)。
DC相关基因签名与用阿特珠单抗治疗的PD-L1+患者中的存活有关,如基于PD-L1呈阳性的患者中的累积DC基因得分的表达的Kaplan-Meier存活曲线中显示的(图12)。累积DC基因得分中包括的是XCR1,IRF8,FLT3,和BATF3。用VENTANA SP142 PD-L1免疫组织化学测定法(Ventana Medical Systems,Tucson,AZ,USA)对肿瘤细胞和肿瘤浸润性免疫细胞前瞻性评估PD-L1表达(Fehrenbacher L,et al.,Lancet 2016)。作为肿瘤面积的百分比作为表达PD-L1的总肿瘤细胞和肿瘤浸润性免疫细胞的百分比对PD-L1的表达打分(作为PD-L1表达性肿瘤细胞的百分比对肿瘤细胞打分:TC3≥50％,TC2≥5％且<50％,TC1≥1％且<5％,而TC0<1％；作为肿瘤面积的百分比对肿瘤浸润性免疫细胞打分:IC3≥50％,IC2≥5％且<50％,IC1≥1％且<5％,而IC0<1％)。我们考虑PD-L1+患者作为TC3,TC2,IC3,和IC2分组。在PD-L1+患者中观察到DC签名得分和PD-1轴抑制剂阿特珠单抗的临床益处的强相关性(HR＝0.25,p＝0.03)。在具有较高DC基因得分的患者中没有达到中间OS,而在具有较低/无表达的患者中具有8.4个月的中间OS。与之对比,DC基因表达与接受多西他赛的PD-L1+患者中的存活没有相关性。
序列表
<110> 豪夫迈·罗氏有限公司（F. HOFFMANN-LA ROCHE AG）
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<160> 10
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 10
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HVR-H1
<400> 1
Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser Trp Ile His
1               5                   10
<210> 2
<211> 18
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HVR-H2
<400> 2
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
1               5                   10                  15
Lys Gly
<210> 3
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HVR-H3
<400> 3
Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr
1               5
<210> 4
<211> 11
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HVR-L1
<400> 4
Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala Val Ala
1               5                   10
<210> 5
<211> 7
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HVR-L2
<400> 5
Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser
1               5
<210> 6
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HVR-L3
<400> 6
Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala Thr
1               5
<210> 7
<211> 118
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VH
<400> 7
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1               5                   10                  15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
            20                  25                  30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
        35                  40                  45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
    50                  55                  60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65                  70                  75                  80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
                85                  90                  95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
            100                 105                 110
Leu Val Thr Val Ser Ser
        115
<210> 8
<211> 108
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> VL
<400> 8
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1               5                   10                  15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
            20                  25                  30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
        35                  40                  45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
    50                  55                  60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65                  70                  75                  80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
                85                  90                  95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg
            100                 105
<210> 9
<211> 447
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HC
<400> 9
Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly
1               5                   10                  15
Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Asp Ser
            20                  25                  30
Trp Ile His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
        35                  40                  45
Ala Trp Ile Ser Pro Tyr Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val
    50                  55                  60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr Ser Lys Asn Thr Ala Tyr
65                  70                  75                  80
Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys
                85                  90                  95
Ala Arg Arg His Trp Pro Gly Gly Phe Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr
            100                 105                 110
Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro
        115                 120                 125
Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly
    130                 135                 140
Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn
145                 150                 155                 160
Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln
                165                 170                 175
Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser
            180                 185                 190
Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser
        195                 200                 205
Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Asp Lys Thr
    210                 215                 220
His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly Gly Pro Ser
225                 230                 235                 240
Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg
                245                 250                 255
Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro
            260                 265                 270
Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala
        275                 280                 285
Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Ala Ser Thr Tyr Arg Val Val
    290                 295                 300
Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr
305                 310                 315                 320
Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr
                325                 330                 335
Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu
            340                 345                 350
Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys
        355                 360                 365
Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser
    370                 375                 380
Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp
385                 390                 395                 400
Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser
                405                 410                 415
Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala
            420                 425                 430
Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly
        435                 440                 445
<210> 10
<211> 214
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LC
<400> 10
Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly
1               5                   10                  15
Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
            20                  25                  30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Lys Ala Pro Lys Leu Leu Ile
        35                  40                  45
Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
    50                  55                  60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro
65                  70                  75                  80
Glu Asp Phe Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Tyr Leu Tyr His Pro Ala
                85                  90                  95
Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala
            100                 105                 110
Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly
        115                 120                 125
Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala
    130                 135                 140
Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln
145                 150                 155                 160
Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser
                165                 170                 175
Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr
            180                 185                 190
Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser
        195                 200                 205
Phe Asn Arg Gly Glu Cys
    210

Claims (24)

1.测定下述基因的存在的试剂制备供一种鉴定响应包含有效量的抗PD-L1抗体作为单药疗法的疗法的具有选自由非小细胞肺癌和肾细胞癌组成的组的癌症的患者的体外方法使用的试剂盒的用途, 该方法包含测定自具有癌症的患者获得的肿瘤组织样品中树突细胞(DC)的丰度, 其中DC的丰度通过由XCR1, IRF8, BATF3和FLT3组成的基因的表达水平来表征, 并比较该基因的表达水平与参照水平, 由此升高的表达水平指示对该疗法的响应,其中该抗PD-L1抗体是阿特珠单抗。
2.权利要求1的用途, 其中通过蛋白质表达检测样品中的表达水平。
3.权利要求2的用途, 其中使用FACS检测表达水平。
4.权利要求2的用途, 其中使用Western印迹检测表达水平。
5.权利要求2的用途, 其中使用ELISA检测表达水平。
6.权利要求2的用途, 其中使用免疫沉淀检测表达水平。
7.权利要求2的用途, 其中使用免疫组织化学检测表达水平。
8.权利要求2的用途, 其中使用免疫荧光检测表达水平。
9.权利要求2的用途, 其中使用放射免疫测定法检测表达水平。
10.权利要求2的用途, 其中使用免疫检测方法检测表达水平。
11.权利要求2的用途, 其中使用质谱术检测表达水平。
12.权利要求2的用途, 其中使用HPLC检测表达水平。
13.权利要求1的用途, 其中通过mRNA表达检测样品中的表达水平。
14.权利要求13的用途, 其中使用qPCR检测表达水平。
15.权利要求13的用途, 其中使用RT-qPCR检测表达水平。
16.权利要求13的用途, 其中使用多重qPCR检测表达水平。
17.权利要求13的用途, 其中使用多重RT-qPCR检测表达水平。
18.权利要求13的用途, 其中使用RNA-seq检测表达水平。
19.权利要求13的用途, 其中使用微阵列分析检测表达水平。
20.权利要求13的用途, 其中使用nanostring检测表达水平。
21.权利要求13的用途, 其中使用SAGE检测表达水平。
22.权利要求13的用途, 其中使用MassARRAY技术检测表达水平。
23.权利要求13的用途, 其中使用FISH检测表达水平。
24.权利要求1至23任一项的用途, 其中该肿瘤组织样品是在用抗PD-L1抗体的该疗法前自该患者获得的。
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