CN108864232A - 修饰的核苷或核苷酸 - Google Patents
修饰的核苷或核苷酸 Download PDFInfo
- Publication number
- CN108864232A CN108864232A CN201810612398.2A CN201810612398A CN108864232A CN 108864232 A CN108864232 A CN 108864232A CN 201810612398 A CN201810612398 A CN 201810612398A CN 108864232 A CN108864232 A CN 108864232A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- modification
- nucleotide
- nucleic acid
- acid molecule
- alkyl
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 title claims abstract description 131
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 title claims abstract description 124
- 238000012986 modification Methods 0.000 title claims abstract description 95
- 230000004048 modification Effects 0.000 title claims abstract description 93
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 title claims abstract description 77
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 title claims description 35
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 50
- 230000004224 protection Effects 0.000 claims abstract description 24
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 claims abstract description 20
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims abstract description 7
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims description 53
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 claims description 53
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims description 47
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 claims description 47
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 41
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 40
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 38
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 38
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 37
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 claims description 26
- 125000001072 heteroaryl group Chemical group 0.000 claims description 24
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 21
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 21
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 21
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 17
- 150000002431 hydrogen Chemical class 0.000 claims description 15
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 13
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 claims description 13
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 claims description 13
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 13
- 125000003710 aryl alkyl group Chemical group 0.000 claims description 13
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 claims description 10
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 claims description 10
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 claims description 9
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical group [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 9
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 9
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 claims description 8
- 150000001720 carbohydrates Chemical group 0.000 claims description 8
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims description 8
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 claims description 6
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims description 6
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 claims description 5
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims description 5
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 claims description 3
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims description 3
- 241000218636 Thuja Species 0.000 claims description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 3
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 claims description 2
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 3
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 abstract description 36
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 abstract description 5
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 79
- 239000002585 base Substances 0.000 description 79
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 78
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 72
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 48
- -1 nucleoside phosphoramidites Chemical class 0.000 description 48
- 235000019439 ethyl acetate Nutrition 0.000 description 39
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 39
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 31
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 description 25
- 239000003208 petroleum Substances 0.000 description 23
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 19
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical compound [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 17
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L magnesium sulphate Substances [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 17
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 239000010410 layer Substances 0.000 description 16
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 16
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 238000005336 cracking Methods 0.000 description 15
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- XYFCBTPGUUZFHI-UHFFFAOYSA-N Phosphine Chemical compound P XYFCBTPGUUZFHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 14
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 13
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 13
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 12
- 229910052943 magnesium sulfate Inorganic materials 0.000 description 12
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 12
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 12
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 12
- 229960001866 silicon dioxide Drugs 0.000 description 12
- 239000012043 crude product Substances 0.000 description 11
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 11
- VUWZPRWSIVNGKG-UHFFFAOYSA-N fluoromethane Chemical compound F[CH2] VUWZPRWSIVNGKG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 10
- 239000006260 foam Substances 0.000 description 10
- 239000012044 organic layer Substances 0.000 description 10
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 10
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 9
- 150000001721 carbon Chemical group 0.000 description 9
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 9
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 9
- 239000000047 product Substances 0.000 description 9
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 9
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 9
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 description 8
- 125000000304 alkynyl group Chemical group 0.000 description 8
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 8
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 8
- 150000003254 radicals Chemical class 0.000 description 8
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 8
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran Substances C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 238000005160 1H NMR spectroscopy Methods 0.000 description 7
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 239000005864 Sulphur Substances 0.000 description 7
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 7
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 7
- 229910000073 phosphorus hydride Inorganic materials 0.000 description 7
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 7
- 238000004293 19F NMR spectroscopy Methods 0.000 description 6
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 6
- 125000000392 cycloalkenyl group Chemical group 0.000 description 6
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 6
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 6
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 6
- 230000008569 process Effects 0.000 description 6
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 6
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 6
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 6
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 6
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 125000001118 alkylidene group Chemical group 0.000 description 5
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 5
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 description 5
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 5
- 239000000463 material Substances 0.000 description 5
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 5
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 5
- 238000011160 research Methods 0.000 description 5
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 5
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 5
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 5
- OIVLITBTBDPEFK-UHFFFAOYSA-N 5,6-dihydrouracil Chemical compound O=C1CCNC(=O)N1 OIVLITBTBDPEFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- IAZDPXIOMUYVGZ-WFGJKAKNSA-N Dimethyl sulfoxide Chemical compound [2H]C([2H])([2H])S(=O)C([2H])([2H])[2H] IAZDPXIOMUYVGZ-WFGJKAKNSA-N 0.000 description 4
- UFWIBTONFRDIAS-UHFFFAOYSA-N Naphthalene Chemical compound C1=CC=CC2=CC=CC=C21 UFWIBTONFRDIAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N Palladium Chemical compound [Pd] KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- SMWDFEZZVXVKRB-UHFFFAOYSA-N Quinoline Chemical compound N1=CC=CC2=CC=CC=C21 SMWDFEZZVXVKRB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 125000000852 azido group Chemical group *N=[N+]=[N-] 0.000 description 4
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 4
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 4
- HGCIXCUEYOPUTN-UHFFFAOYSA-N cyclohexene Chemical compound C1CCC=CC1 HGCIXCUEYOPUTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000005034 decoration Methods 0.000 description 4
- JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N dichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)Cl JXTHNDFMNIQAHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 4
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 4
- 238000002866 fluorescence resonance energy transfer Methods 0.000 description 4
- 238000007306 functionalization reaction Methods 0.000 description 4
- 229930182470 glycoside Natural products 0.000 description 4
- 150000002338 glycosides Chemical class 0.000 description 4
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000005842 heteroatom Chemical group 0.000 description 4
- 150000002430 hydrocarbons Chemical group 0.000 description 4
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 4
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 4
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 4
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 4
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 description 4
- 239000013558 reference substance Substances 0.000 description 4
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 4
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 4
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 4
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 4
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 3
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical compound [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N Acetone Chemical compound CC(C)=O CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-N Adenosine triphosphate Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O ZKHQWZAMYRWXGA-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 3
- UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N Benzene Chemical compound C1=CC=CC=C1 UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 0 C[C@@](C1)O[C@](COC)C1OC(*)CF Chemical compound C[C@@](C1)O[C@](COC)C1OC(*)CF 0.000 description 3
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- BZLVMXJERCGZMT-UHFFFAOYSA-N Methyl tert-butyl ether Chemical compound COC(C)(C)C BZLVMXJERCGZMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 239000003513 alkali Substances 0.000 description 3
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 3
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 3
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 description 3
- 125000001584 benzyloxycarbonyl group Chemical group C(=O)(OCC1=CC=CC=C1)* 0.000 description 3
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 description 3
- VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N dithiothreitol Chemical compound SC[C@@H](O)[C@H](O)CS VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 3
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 3
- 125000004446 heteroarylalkyl group Chemical group 0.000 description 3
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 3
- 239000011630 iodine Substances 0.000 description 3
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 3
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 3
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 3
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 3
- 230000000269 nucleophilic effect Effects 0.000 description 3
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 3
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 3
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 3
- 125000003367 polycyclic group Chemical group 0.000 description 3
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 3
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 3
- PXIPVTKHYLBLMZ-UHFFFAOYSA-N sodium azide Substances [Na+].[N-]=[N+]=[N-] PXIPVTKHYLBLMZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M tetrabutylammonium fluoride Chemical compound [F-].CCCC[N+](CCCC)(CCCC)CCCC FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- LBUJPTNKIBCYBY-UHFFFAOYSA-N 1,2,3,4-tetrahydroquinoline Chemical compound C1=CC=C2CCCNC2=C1 LBUJPTNKIBCYBY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FCEHBMOGCRZNNI-UHFFFAOYSA-N 1-benzothiophene Chemical compound C1=CC=C2SC=CC2=C1 FCEHBMOGCRZNNI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RKMGAJGJIURJSJ-UHFFFAOYSA-N 2,2,6,6-tetramethylpiperidine Chemical compound CC1(C)CCCC(C)(C)N1 RKMGAJGJIURJSJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FZWGECJQACGGTI-UHFFFAOYSA-N 2-amino-7-methyl-1,7-dihydro-6H-purin-6-one Chemical compound NC1=NC(O)=C2N(C)C=NC2=N1 FZWGECJQACGGTI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZRNSSRODJSSVEJ-UHFFFAOYSA-N 2-methylpentacosane Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(C)C ZRNSSRODJSSVEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BSKHPKMHTQYZBB-UHFFFAOYSA-N 2-methylpyridine Chemical compound CC1=CC=CC=N1 BSKHPKMHTQYZBB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000003903 2-propenyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])=C([H])[H] 0.000 description 2
- PHIYHIOQVWTXII-UHFFFAOYSA-N 3-amino-1-phenylpropan-1-ol Chemical compound NCCC(O)C1=CC=CC=C1 PHIYHIOQVWTXII-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NHQDETIJWKXCTC-UHFFFAOYSA-N 3-chloroperbenzoic acid Chemical compound OOC(=O)C1=CC=CC(Cl)=C1 NHQDETIJWKXCTC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FTOAOBMCPZCFFF-UHFFFAOYSA-N 5,5-diethylbarbituric acid Chemical compound CCC1(CC)C(=O)NC(=O)NC1=O FTOAOBMCPZCFFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 9H-xanthine Chemical compound O=C1NC(=O)NC2=C1NC=N2 LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 2
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 2
- XTHFKEDIFFGKHM-UHFFFAOYSA-N Dimethoxyethane Chemical compound COCCOC XTHFKEDIFFGKHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OAKJQQAXSVQMHS-UHFFFAOYSA-N Hydrazine Chemical compound NN OAKJQQAXSVQMHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LSDPWZHWYPCBBB-UHFFFAOYSA-N Methanethiol Chemical compound SC LSDPWZHWYPCBBB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YNAVUWVOSKDBBP-UHFFFAOYSA-N Morpholine Chemical compound C1COCCN1 YNAVUWVOSKDBBP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KWYHDKDOAIKMQN-UHFFFAOYSA-N N,N,N',N'-tetramethylethylenediamine Chemical compound CN(C)CCN(C)C KWYHDKDOAIKMQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N Nickel Chemical compound [Ni] PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- GLUUGHFHXGJENI-UHFFFAOYSA-N Piperazine Chemical compound C1CNCCN1 GLUUGHFHXGJENI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KYQCOXFCLRTKLS-UHFFFAOYSA-N Pyrazine Chemical compound C1=CN=CC=N1 KYQCOXFCLRTKLS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BUGBHKTXTAQXES-UHFFFAOYSA-N Selenium Chemical compound [Se] BUGBHKTXTAQXES-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YTPLMLYBLZKORZ-UHFFFAOYSA-N Thiophene Chemical compound C=1C=CSC=1 YTPLMLYBLZKORZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 2
- DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N acridine Chemical compound C1=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3N=C21 DZBUGLKDJFMEHC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 2
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000003851 azoles Chemical class 0.000 description 2
- RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N caffeine Chemical compound CN1C(=O)N(C)C(=O)C2=C1N=CN2C RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002837 carbocyclic group Chemical group 0.000 description 2
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 2
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 2
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 2
- 239000011248 coating agent Substances 0.000 description 2
- 238000000576 coating method Methods 0.000 description 2
- 230000006837 decompression Effects 0.000 description 2
- RAFNCPHFRHZCPS-UHFFFAOYSA-N di(imidazol-1-yl)methanethione Chemical compound C1=CN=CN1C(=S)N1C=CN=C1 RAFNCPHFRHZCPS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960005215 dichloroacetic acid Drugs 0.000 description 2
- 239000005546 dideoxynucleotide Substances 0.000 description 2
- CSJLBAMHHLJAAS-UHFFFAOYSA-N diethylaminosulfur trifluoride Chemical compound CCN(CC)S(F)(F)F CSJLBAMHHLJAAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000001028 difluoromethyl group Chemical group [H]C(F)(F)* 0.000 description 2
- 150000002148 esters Chemical class 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 238000005227 gel permeation chromatography Methods 0.000 description 2
- 125000005843 halogen group Chemical group 0.000 description 2
- 125000000959 isobutyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 239000002808 molecular sieve Substances 0.000 description 2
- NBVXSUQYWXRMNV-UHFFFAOYSA-N monofluoromethane Natural products FC NBVXSUQYWXRMNV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SYSQUGFVNFXIIT-UHFFFAOYSA-N n-[4-(1,3-benzoxazol-2-yl)phenyl]-4-nitrobenzenesulfonamide Chemical class C1=CC([N+](=O)[O-])=CC=C1S(=O)(=O)NC1=CC=C(C=2OC3=CC=CC=C3N=2)C=C1 SYSQUGFVNFXIIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000000449 nitro group Chemical group [O-][N+](*)=O 0.000 description 2
- 230000001590 oxidative effect Effects 0.000 description 2
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 2
- 125000004430 oxygen atom Chemical group O* 0.000 description 2
- 239000005022 packaging material Substances 0.000 description 2
- 229910052763 palladium Inorganic materials 0.000 description 2
- 150000002972 pentoses Chemical group 0.000 description 2
- RDBMUARQWLPMNW-UHFFFAOYSA-N phosphanylmethanol Chemical class OCP RDBMUARQWLPMNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 2
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 2
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 2
- 235000019394 potassium persulphate Nutrition 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 125000001436 propyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 238000010926 purge Methods 0.000 description 2
- 150000003217 pyrazoles Chemical class 0.000 description 2
- BBEAQIROQSPTKN-UHFFFAOYSA-N pyrene Chemical compound C1=CC=C2C=CC3=CC=CC4=CC=C1C2=C43 BBEAQIROQSPTKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HNJBEVLQSNELDL-UHFFFAOYSA-N pyrrolidin-2-one Chemical compound O=C1CCCN1 HNJBEVLQSNELDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XSCHRSMBECNVNS-UHFFFAOYSA-N quinoxaline Chemical compound N1=CC=NC2=CC=CC=C21 XSCHRSMBECNVNS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 2
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 2
- 229910052711 selenium Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011669 selenium Substances 0.000 description 2
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 2
- KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N succinimide Chemical compound O=C1CCC(=O)N1 KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 2
- ILMRJRBKQSSXGY-UHFFFAOYSA-N tert-butyl(dimethyl)silicon Chemical compound C[Si](C)C(C)(C)C ILMRJRBKQSSXGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000005931 tert-butyloxycarbonyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(OC(*)=O)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- YAPQBXQYLJRXSA-UHFFFAOYSA-N theobromine Chemical compound CN1C(=O)NC(=O)C2=C1N=CN2C YAPQBXQYLJRXSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002813 thiocarbonyl group Chemical group *C(*)=S 0.000 description 2
- BRNULMACUQOKMR-UHFFFAOYSA-N thiomorpholine Chemical compound C1CSCCN1 BRNULMACUQOKMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZGYICYBLPGRURT-UHFFFAOYSA-N tri(propan-2-yl)silicon Chemical compound CC(C)[Si](C(C)C)C(C)C ZGYICYBLPGRURT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RODBEKUWCLMBSW-FGZHOGPDSA-M (3r,5r)-7-[1-cyclohexyl-4-(4-fluorophenyl)-2-propan-2-ylpyrrol-3-yl]-3,5-dihydroxyheptanoate Chemical compound CC(C)C1=C(CC[C@@H](O)C[C@@H](O)CC([O-])=O)C(C=2C=CC(F)=CC=2)=CN1C1CCCCC1 RODBEKUWCLMBSW-FGZHOGPDSA-M 0.000 description 1
- UGUHFDPGDQDVGX-UHFFFAOYSA-N 1,2,3-thiadiazole Chemical class C1=CSN=N1 UGUHFDPGDQDVGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JYEUMXHLPRZUAT-UHFFFAOYSA-N 1,2,3-triazine Chemical compound C1=CN=NN=C1 JYEUMXHLPRZUAT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BBVIDBNAYOIXOE-UHFFFAOYSA-N 1,2,4-oxadiazole Chemical compound C=1N=CON=1 BBVIDBNAYOIXOE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YGTAZGSLCXNBQL-UHFFFAOYSA-N 1,2,4-thiadiazole Chemical class C=1N=CSN=1 YGTAZGSLCXNBQL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DXBHBZVCASKNBY-UHFFFAOYSA-N 1,2-Benz(a)anthracene Chemical compound C1=CC=C2C3=CC4=CC=CC=C4C=C3C=CC2=C1 DXBHBZVCASKNBY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KTZQTRPPVKQPFO-UHFFFAOYSA-N 1,2-benzoxazole Chemical compound C1=CC=C2C=NOC2=C1 KTZQTRPPVKQPFO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000005530 1,2-dioxolanes Chemical class 0.000 description 1
- LKLLNYWECKEQIB-UHFFFAOYSA-N 1,3,5-triazinane Chemical compound C1NCNCN1 LKLLNYWECKEQIB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BGJSXRVXTHVRSN-UHFFFAOYSA-N 1,3,5-trioxane Chemical compound C1OCOCO1 BGJSXRVXTHVRSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BCMCBBGGLRIHSE-UHFFFAOYSA-N 1,3-benzoxazole Chemical compound C1=CC=C2OC=NC2=C1 BCMCBBGGLRIHSE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SILNNFMWIMZVEQ-UHFFFAOYSA-N 1,3-dihydrobenzimidazol-2-one Chemical compound C1=CC=C2NC(O)=NC2=C1 SILNNFMWIMZVEQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VDFVNEFVBPFDSB-UHFFFAOYSA-N 1,3-dioxane Chemical compound C1COCOC1 VDFVNEFVBPFDSB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WNXJIVFYUVYPPR-UHFFFAOYSA-N 1,3-dioxolane Chemical class C1COCO1 WNXJIVFYUVYPPR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000006091 1,3-dioxolane group Chemical class 0.000 description 1
- IVJFXSLMUSQZMC-UHFFFAOYSA-N 1,3-dithiole Chemical compound C1SC=CS1 IVJFXSLMUSQZMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QVFHFKPGBODJJB-UHFFFAOYSA-N 1,3-oxathiane Chemical compound C1COCSC1 QVFHFKPGBODJJB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WJJSZTJGFCFNKI-UHFFFAOYSA-N 1,3-oxathiolane Chemical compound C1CSCO1 WJJSZTJGFCFNKI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OGYGFUAIIOPWQD-UHFFFAOYSA-N 1,3-thiazolidine Chemical compound C1CSCN1 OGYGFUAIIOPWQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 1,4-Dioxane Chemical compound C1COCCO1 RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JBYHSSAVUBIJMK-UHFFFAOYSA-N 1,4-oxathiane Chemical compound C1CSCCO1 JBYHSSAVUBIJMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CPRVXMQHLPTWLY-UHFFFAOYSA-N 1,4-oxathiine Chemical compound O1C=CSC=C1 CPRVXMQHLPTWLY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VPFPJNIUXFBWAB-UHFFFAOYSA-N 1-(2-fluoroethylsulfanyl)-4-methoxybenzene Chemical compound COC1=CC=C(SCCF)C=C1 VPFPJNIUXFBWAB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UZASMYQTKALYAA-UHFFFAOYSA-N 1-benzothiophene 1H-pyrrole Chemical class N1C=CC=C1.S1C=CC2=C1C=CC=C2 UZASMYQTKALYAA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 1-beta-D-Xylofuranosyl-NH-Cytosine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CUCJJMLDIUSNPU-UHFFFAOYSA-N 1-oxidopiperidin-1-ium Chemical compound [O-][NH+]1CCCCC1 CUCJJMLDIUSNPU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HYZJCKYKOHLVJF-UHFFFAOYSA-N 1H-benzimidazole Chemical compound C1=CC=C2NC=NC2=C1 HYZJCKYKOHLVJF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BAXOFTOLAUCFNW-UHFFFAOYSA-N 1H-indazole Chemical compound C1=CC=C2C=NNC2=C1 BAXOFTOLAUCFNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UFBJCMHMOXMLKC-UHFFFAOYSA-N 2,4-dinitrophenol Chemical compound OC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1[N+]([O-])=O UFBJCMHMOXMLKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IZXIZTKNFFYFOF-UHFFFAOYSA-N 2-Oxazolidone Chemical compound O=C1NCCO1 IZXIZTKNFFYFOF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IMSODMZESSGVBE-UHFFFAOYSA-N 2-Oxazoline Chemical compound C1CN=CO1 IMSODMZESSGVBE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001731 2-cyanoethyl group Chemical group [H]C([H])(*)C([H])([H])C#N 0.000 description 1
- BCHZICNRHXRCHY-UHFFFAOYSA-N 2h-oxazine Chemical compound N1OC=CC=C1 BCHZICNRHXRCHY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QCHPKSFMDHPSNR-UHFFFAOYSA-N 3-aminoisobutyric acid Chemical compound NCC(C)C(O)=O QCHPKSFMDHPSNR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WEQPBCSPRXFQQS-UHFFFAOYSA-N 4,5-dihydro-1,2-oxazole Chemical compound C1CC=NO1 WEQPBCSPRXFQQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JOOXCMJARBKPKM-UHFFFAOYSA-M 4-oxopentanoate Chemical compound CC(=O)CCC([O-])=O JOOXCMJARBKPKM-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- VRJHQPZVIGNGMX-UHFFFAOYSA-N 4-piperidinone Chemical class O=C1CCNCC1 VRJHQPZVIGNGMX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OMPJBNCRMGITSC-UHFFFAOYSA-N Benzoylperoxide Chemical compound C=1C=CC=CC=1C(=O)OOC(=O)C1=CC=CC=C1 OMPJBNCRMGITSC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N Bromine atom Chemical compound [Br] WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 1
- KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M Carbamate Chemical compound NC([O-])=O KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N Carbon dioxide Chemical compound O=C=O CURLTUGMZLYLDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N Chlorine atom Chemical compound [Cl] ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PQMOXTJVIYEOQL-UHFFFAOYSA-N Cumarin Natural products CC(C)=CCC1=C(O)C(C(=O)C(C)CC)=C(O)C2=C1OC(=O)C=C2CCC PQMOXTJVIYEOQL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 1
- 241000555268 Dendroides Species 0.000 description 1
- ROSDSFDQCJNGOL-UHFFFAOYSA-N Dimethylamine Chemical compound CNC ROSDSFDQCJNGOL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IAYPIBMASNFSPL-UHFFFAOYSA-N Ethylene oxide Chemical compound C1CO1 IAYPIBMASNFSPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JNCMHMUGTWEVOZ-UHFFFAOYSA-N F[CH]F Chemical compound F[CH]F JNCMHMUGTWEVOZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KRHYYFGTRYWZRS-UHFFFAOYSA-M Fluoride anion Chemical compound [F-] KRHYYFGTRYWZRS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N Fluorine Chemical compound FF PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WRYCSMQKUKOKBP-UHFFFAOYSA-N Imidazolidine Chemical compound C1CNCN1 WRYCSMQKUKOKBP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LPHGQDQBBGAPDZ-UHFFFAOYSA-N Isocaffeine Natural products CN1C(=O)N(C)C(=O)C2=C1N(C)C=N2 LPHGQDQBBGAPDZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000015511 Liquidambar orientalis Nutrition 0.000 description 1
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 1
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 1
- PEEHTFAAVSWFBL-UHFFFAOYSA-N Maleimide Chemical compound O=C1NC(=O)C=C1 PEEHTFAAVSWFBL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FSOGIJPGPZWNGO-UHFFFAOYSA-N Meomammein Natural products CCC(C)C(=O)C1=C(O)C(CC=C(C)C)=C(O)C2=C1OC(=O)C=C2CCC FSOGIJPGPZWNGO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZKGNPQKYVKXMGJ-UHFFFAOYSA-N N,N-dimethylacetamide Chemical compound CN(C)C(C)=O.CN(C)C(C)=O ZKGNPQKYVKXMGJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NQTADLQHYWFPDB-UHFFFAOYSA-N N-Hydroxysuccinimide Chemical compound ON1C(=O)CCC1=O NQTADLQHYWFPDB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 240000001439 Opuntia Species 0.000 description 1
- 240000007594 Oryza sativa Species 0.000 description 1
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 description 1
- WYNCHZVNFNFDNH-UHFFFAOYSA-N Oxazolidine Chemical compound C1COCN1 WYNCHZVNFNFDNH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000131316 Panax pseudoginseng Species 0.000 description 1
- 235000005035 Panax pseudoginseng ssp. pseudoginseng Nutrition 0.000 description 1
- 235000003140 Panax quinquefolius Nutrition 0.000 description 1
- TZRXHJWUDPFEEY-UHFFFAOYSA-N Pentaerythritol Tetranitrate Chemical compound [O-][N+](=O)OCC(CO[N+]([O-])=O)(CO[N+]([O-])=O)CO[N+]([O-])=O TZRXHJWUDPFEEY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PCNDJXKNXGMECE-UHFFFAOYSA-N Phenazine Natural products C1=CC=CC2=NC3=CC=CC=C3N=C21 PCNDJXKNXGMECE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N Phosphorous acid Chemical group OP(O)=O ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 125000005631 S-sulfonamido group Chemical group 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N Silver Chemical compound [Ag] BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 239000004870 Styrax Substances 0.000 description 1
- 244000028419 Styrax benzoin Species 0.000 description 1
- 235000000126 Styrax benzoin Nutrition 0.000 description 1
- 102000004523 Sulfate Adenylyltransferase Human genes 0.000 description 1
- 108010022348 Sulfate adenylyltransferase Proteins 0.000 description 1
- FZWLAAWBMGSTSO-UHFFFAOYSA-N Thiazole Chemical compound C1=CSC=N1 FZWLAAWBMGSTSO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LEHOTFFKMJEONL-UHFFFAOYSA-N Uric Acid Chemical compound N1C(=O)NC(=O)C2=C1NC(=O)N2 LEHOTFFKMJEONL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- TVWHNULVHGKJHS-UHFFFAOYSA-N Uric acid Natural products N1C(=O)NC(=O)C2NC(=O)NC21 TVWHNULVHGKJHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000489523 Veratrum Species 0.000 description 1
- JCAQMQLAHNGVPY-UUOKFMHZSA-N [(2r,3s,4r,5r)-3,4-dihydroxy-5-(2,2,4-trioxo-1h-imidazo[4,5-c][1,2,6]thiadiazin-7-yl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](COP(O)(O)=O)O[C@H]1N1C(NS(=O)(=O)NC2=O)=C2N=C1 JCAQMQLAHNGVPY-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 1
- LIQLLTGUOSHGKY-UHFFFAOYSA-N [B].[F] Chemical compound [B].[F] LIQLLTGUOSHGKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OBNDGIHQAIXEAO-UHFFFAOYSA-N [O].[Si] Chemical compound [O].[Si] OBNDGIHQAIXEAO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SORGEQQSQGNZFI-UHFFFAOYSA-N [azido(phenoxy)phosphoryl]oxybenzene Chemical compound C=1C=CC=CC=1OP(=O)(N=[N+]=[N-])OC1=CC=CC=C1 SORGEQQSQGNZFI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DHKHKXVYLBGOIT-UHFFFAOYSA-N acetaldehyde Diethyl Acetal Natural products CCOC(C)OCC DHKHKXVYLBGOIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 1
- 150000001299 aldehydes Chemical class 0.000 description 1
- 125000004450 alkenylene group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004414 alkyl thio group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004419 alkynylene group Chemical group 0.000 description 1
- 239000004410 anthocyanin Substances 0.000 description 1
- 229930002877 anthocyanin Natural products 0.000 description 1
- 235000010208 anthocyanin Nutrition 0.000 description 1
- 150000004636 anthocyanins Chemical class 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 125000005110 aryl thio group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004104 aryloxy group Chemical group 0.000 description 1
- 150000001540 azides Chemical class 0.000 description 1
- 150000001545 azulenes Chemical class 0.000 description 1
- 229960002319 barbital Drugs 0.000 description 1
- 238000005815 base catalysis Methods 0.000 description 1
- QVZZPLDJERFENQ-NKTUOASPSA-N bassianolide Chemical compound CC(C)C[C@@H]1N(C)C(=O)[C@@H](C(C)C)OC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@@H](C(C)C)OC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@@H](C(C)C)OC(=O)[C@H](CC(C)C)N(C)C(=O)[C@@H](C(C)C)OC1=O QVZZPLDJERFENQ-NKTUOASPSA-N 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 125000005605 benzo group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 125000001743 benzylic group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002619 bicyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 125000005340 bisphosphate group Chemical group 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N bromine Substances BrBr GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052794 bromium Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000000484 butyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 229960001948 caffeine Drugs 0.000 description 1
- VJEONQKOZGKCAK-UHFFFAOYSA-N caffeine Natural products CN1C(=O)N(C)C(=O)C2=C1C=CN2C VJEONQKOZGKCAK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 1
- 235000011089 carbon dioxide Nutrition 0.000 description 1
- 125000002915 carbonyl group Chemical group [*:2]C([*:1])=O 0.000 description 1
- 150000001732 carboxylic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 238000009903 catalytic hydrogenation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 239000003638 chemical reducing agent Substances 0.000 description 1
- 239000000460 chlorine Substances 0.000 description 1
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 description 1
- GKIRPKYJQBWNGO-OCEACIFDSA-N clomifene Chemical compound C1=CC(OCCN(CC)CC)=CC=C1C(\C=1C=CC=CC=1)=C(\Cl)C1=CC=CC=C1 GKIRPKYJQBWNGO-OCEACIFDSA-N 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- ZYGHJZDHTFUPRJ-UHFFFAOYSA-N coumarin Chemical compound C1=CC=C2OC(=O)C=CC2=C1 ZYGHJZDHTFUPRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 1
- 150000001924 cycloalkanes Chemical class 0.000 description 1
- 125000001995 cyclobutyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])(*)C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000113 cyclohexyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000640 cyclooctyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000001559 cyclopropyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C1([H])* 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N cytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N 0.000 description 1
- 238000004163 cytometry Methods 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 125000001295 dansyl group Chemical group [H]C1=C([H])C(N(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H])=C2C([H])=C([H])C([H])=C(C2=C1[H])S(*)(=O)=O 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- JAZCSWFKVAHBLR-UHFFFAOYSA-N dihydrogen phosphate;phenylazanium Chemical compound OP(O)(O)=O.NC1=CC=CC=C1 JAZCSWFKVAHBLR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002147 dimethylamino group Chemical group [H]C([H])([H])N(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-K dioxido-sulfanylidene-sulfido-$l^{5}-phosphane Chemical compound [O-]P([O-])([S-])=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- JMQGGPRJQOQKRT-UHFFFAOYSA-N diphenyl hydrogen phosphate;azide Chemical compound [N-]=[N+]=[N-].C=1C=CC=CC=1OP(=O)(O)OC1=CC=CC=C1 JMQGGPRJQOQKRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 1
- CETRZFQIITUQQL-UHFFFAOYSA-N dmso dimethylsulfoxide Chemical compound CS(C)=O.CS(C)=O CETRZFQIITUQQL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 230000005670 electromagnetic radiation Effects 0.000 description 1
- 230000009881 electrostatic interaction Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 238000006911 enzymatic reaction Methods 0.000 description 1
- OJCSPXHYDFONPU-UHFFFAOYSA-N etoac etoac Chemical compound CCOC(C)=O.CCOC(C)=O OJCSPXHYDFONPU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GVEPBJHOBDJJJI-UHFFFAOYSA-N fluoranthrene Natural products C1=CC(C2=CC=CC=C22)=C3C2=CC=CC3=C1 GVEPBJHOBDJJJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000005519 fluorenylmethyloxycarbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001506 fluorescence spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 239000011737 fluorine Substances 0.000 description 1
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000003205 fragrance Substances 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- 150000002240 furans Chemical class 0.000 description 1
- JKFAIQOWCVVSKC-UHFFFAOYSA-N furazan Chemical compound C=1C=NON=1 JKFAIQOWCVVSKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000005251 gamma ray Effects 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 235000008434 ginseng Nutrition 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052737 gold Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010931 gold Substances 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 125000004051 hexyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 150000001469 hydantoins Chemical class 0.000 description 1
- ZMZDMBWJUHKJPS-UHFFFAOYSA-N hydrogen thiocyanate Natural products SC#N ZMZDMBWJUHKJPS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000002460 imidazoles Chemical class 0.000 description 1
- MTNDZQHUAFNZQY-UHFFFAOYSA-N imidazoline Chemical compound C1CN=CN1 MTNDZQHUAFNZQY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003949 imides Chemical class 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 150000002473 indoazoles Chemical class 0.000 description 1
- 150000002475 indoles Chemical class 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 238000003402 intramolecular cyclocondensation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- SYJRVVFAAIUVDH-UHFFFAOYSA-N ipa isopropanol Chemical compound CC(C)O.CC(C)O SYJRVVFAAIUVDH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IQPQWNKOIGAROB-UHFFFAOYSA-N isocyanate group Chemical group [N-]=C=O IQPQWNKOIGAROB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001261 isocyanato group Chemical group *N=C=O 0.000 description 1
- 125000003253 isopropoxy group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(O*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- AWJUIBRHMBBTKR-UHFFFAOYSA-N isoquinoline Chemical compound C1=NC=CC2=CC=CC=C21 AWJUIBRHMBBTKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZLTPDFXIESTBQG-UHFFFAOYSA-N isothiazole Chemical compound C=1C=NSC=1 ZLTPDFXIESTBQG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001810 isothiocyanato group Chemical group *N=C=S 0.000 description 1
- CTAPFRYPJLPFDF-UHFFFAOYSA-N isoxazole Chemical compound C=1C=NOC=1 CTAPFRYPJLPFDF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 150000003951 lactams Chemical class 0.000 description 1
- 150000002596 lactones Chemical class 0.000 description 1
- 229940058352 levulinate Drugs 0.000 description 1
- 238000004895 liquid chromatography mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 238000002514 liquid chromatography mass spectrum Methods 0.000 description 1
- OVEHNNQXLPJPPL-UHFFFAOYSA-N lithium;n-propan-2-ylpropan-2-amine Chemical compound [Li].CC(C)NC(C)C OVEHNNQXLPJPPL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- BCVXHSPFUWZLGQ-UHFFFAOYSA-N mecn acetonitrile Chemical compound CC#N.CC#N BCVXHSPFUWZLGQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- COTNUBDHGSIOTA-UHFFFAOYSA-N meoh methanol Chemical compound OC.OC COTNUBDHGSIOTA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QSHDDOUJBYECFT-UHFFFAOYSA-N mercury Chemical compound [Hg] QSHDDOUJBYECFT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052753 mercury Inorganic materials 0.000 description 1
- LULAYUGMBFYYEX-UHFFFAOYSA-N metachloroperbenzoic acid Natural products OC(=O)C1=CC=CC(Cl)=C1 LULAYUGMBFYYEX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GDOPTJXRTPNYNR-UHFFFAOYSA-N methyl-cyclopentane Natural products CC1CCCC1 GDOPTJXRTPNYNR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000325 methylidene group Chemical group [H]C([H])=* 0.000 description 1
- 125000004170 methylsulfonyl group Chemical group [H]C([H])([H])S(*)(=O)=O 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- LVCDXCQFSONNDO-UHFFFAOYSA-N n-benzylhydroxylamine Chemical compound ONCC1=CC=CC=C1 LVCDXCQFSONNDO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001326 naphthylalkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229910052759 nickel Inorganic materials 0.000 description 1
- ODUCDPQEXGNKDN-UHFFFAOYSA-N nitroxyl Chemical compound O=N ODUCDPQEXGNKDN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000006574 non-aromatic ring group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001293 nucleolytic effect Effects 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- WCPAKWJPBJAGKN-UHFFFAOYSA-N oxadiazole Chemical compound C1=CON=N1 WCPAKWJPBJAGKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007800 oxidant agent Substances 0.000 description 1
- HXNFUBHNUDHIGC-UHFFFAOYSA-N oxypurinol Chemical compound O=C1NC(=O)N=C2NNC=C21 HXNFUBHNUDHIGC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YTZKOQUCBOVLHL-UHFFFAOYSA-N p-methylisopropylbenzene Natural products CC(C)(C)C1=CC=CC=C1 YTZKOQUCBOVLHL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LCCNCVORNKJIRZ-UHFFFAOYSA-N parathion Chemical compound CCOP(=S)(OCC)OC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 LCCNCVORNKJIRZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 1
- 230000000737 periodic effect Effects 0.000 description 1
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- UYWQUFXKFGHYNT-UHFFFAOYSA-N phenylmethyl ester of formic acid Natural products O=COCC1=CC=CC=C1 UYWQUFXKFGHYNT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-L phosphoramidate Chemical compound NP([O-])([O-])=O PTMHPRAIXMAOOB-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- LFSXCDWNBUNEEM-UHFFFAOYSA-N phthalazine Chemical class C1=NN=CC2=CC=CC=C21 LFSXCDWNBUNEEM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JTHRRMFZHSDGNJ-UHFFFAOYSA-N piperazine-2,3-dione Chemical compound O=C1NCCNC1=O JTHRRMFZHSDGNJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003053 piperidines Chemical class 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- USHAGKDGDHPEEY-UHFFFAOYSA-L potassium persulfate Chemical compound [K+].[K+].[O-]S(=O)(=O)OOS([O-])(=O)=O USHAGKDGDHPEEY-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 230000001376 precipitating effect Effects 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- CPNGPNLZQNNVQM-UHFFFAOYSA-N pteridine Chemical compound N1=CN=CC2=NC=CN=C21 CPNGPNLZQNNVQM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IGFXRKMLLMBKSA-UHFFFAOYSA-N purine Chemical compound N1=C[N]C2=NC=NC2=C1 IGFXRKMLLMBKSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- USPWKWBDZOARPV-UHFFFAOYSA-N pyrazolidine Chemical compound C1CNNC1 USPWKWBDZOARPV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PBMFSQRYOILNGV-UHFFFAOYSA-N pyridazine Chemical compound C1=CC=NN=C1 PBMFSQRYOILNGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003233 pyrroles Chemical class 0.000 description 1
- QFYXSLAAXZTRLG-UHFFFAOYSA-N pyrrolidine-2,3-dione Chemical class O=C1CCNC1=O QFYXSLAAXZTRLG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003235 pyrrolidines Chemical class 0.000 description 1
- 150000004040 pyrrolidinones Chemical class 0.000 description 1
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 description 1
- JWVCLYRUEFBMGU-UHFFFAOYSA-N quinazoline Chemical compound N1=CN=CC2=CC=CC=C21 JWVCLYRUEFBMGU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000006894 reductive elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000548 ribosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 description 1
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 description 1
- 230000000630 rising effect Effects 0.000 description 1
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 description 1
- 239000012047 saturated solution Substances 0.000 description 1
- 125000002914 sec-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 229910052709 silver Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000004332 silver Substances 0.000 description 1
- AKHNMLFCWUSKQB-UHFFFAOYSA-L sodium thiosulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=S AKHNMLFCWUSKQB-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-N sodium;hydron;carbonate Chemical compound [Na+].OC(O)=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 1
- 238000012430 stability testing Methods 0.000 description 1
- 238000010025 steaming Methods 0.000 description 1
- 239000004575 stone Substances 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 125000000547 substituted alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229960002317 succinimide Drugs 0.000 description 1
- 125000000446 sulfanediyl group Chemical group *S* 0.000 description 1
- 125000000475 sulfinyl group Chemical group [*:2]S([*:1])=O 0.000 description 1
- 125000000472 sulfonyl group Chemical group *S(*)(=O)=O 0.000 description 1
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 description 1
- 125000004213 tert-butoxy group Chemical group [H]C([H])([H])C(O*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- WHRNULOCNSKMGB-UHFFFAOYSA-N tetrahydrofuran thf Chemical compound C1CCOC1.C1CCOC1 WHRNULOCNSKMGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003831 tetrazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N texas red Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC(S(Cl)(=O)=O)=CC=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WROMPOXWARCANT-UHFFFAOYSA-N tfa trifluoroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(F)(F)F.OC(=O)C(F)(F)F WROMPOXWARCANT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960004559 theobromine Drugs 0.000 description 1
- 150000004867 thiadiazoles Chemical class 0.000 description 1
- CBDKQYKMCICBOF-UHFFFAOYSA-N thiazoline Chemical compound C1CN=CS1 CBDKQYKMCICBOF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000858 thiocyanato group Chemical group *SC#N 0.000 description 1
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 1
- 229930192474 thiophene Natural products 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 1
- 150000003852 triazoles Chemical class 0.000 description 1
- 125000002221 trityl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1C([*])(C1=C(C(=C(C(=C1[H])[H])[H])[H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- 229940116269 uric acid Drugs 0.000 description 1
- 239000011800 void material Substances 0.000 description 1
- 229940075420 xanthine Drugs 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
- C07H19/073—Pyrimidine radicals with 2-deoxyribosyl as the saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
- C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/14—Pyrrolo-pyrimidine radicals
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
- C07H19/173—Purine radicals with 2-deoxyribosyl as the saccharide radical
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/16—Purine radicals
- C07H19/20—Purine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本文描述的某些实施方案涉及具有新的3’‑羟基保护基的修饰的核苷酸和核苷分子。所述3’‑羟基保护基形成与3’‑碳原子共价连接的结构‑O‑C(R)2N3，其中R如权利要求书中所定义。本文也提供了制备这类修饰的核苷酸和核苷分子的方法，以及使用这类修饰的核苷酸和核苷分子通过合成方法进行测序的方法。
Description
本申请是申请日为2013年3月15日、发明名称为“修饰的核苷或核苷酸”的第201380076386.8号中国专利申请的分案申请。
背景
发明领域
本文描述的一些实施方案涉及包含3’-羟基保护基的修饰的核苷酸或核苷以及它们在多核苷酸测序方法中的应用。本文所述的某些实施方案涉及制备3’-羟基被保护的核苷酸或核苷的方法。
相关技术描述
通过改进用于表征分子或其生物反应的技术，在某种程度上使得对分子的研究有所进展。特别是核酸DNA和RNA的研究已受益于开发用于序列分析和杂交事件研究的技术。
改进核酸研究的技术中的一个实例是开发固定化核酸的制备阵列。这些阵列代表性地由固定至固相载体材料上的高密度多核苷酸矩阵构成。见，例如，Fodor等人,TrendsBiotech.12:19-26,1994，该文献描述了使用化学敏感的玻璃表面来组装核酸的方法，该玻璃表面由遮盖物(mask)保护但在限定的区域被暴露以允许附接适当修饰的核苷亚磷酰胺。还可以通过将已知的多核苷酸在预定位置处“点样”至固相载体上的技术来制造制备阵列(例如，Stimpson等人,Proc.Natl.Acad.Sci.92:6379-6383,1995)。
一种测定与阵列结合的核酸的核苷酸序列的方法被称作“合成法测序”或“SBS”。理想化地，这种测定DNA序列的技术需要受控地(即，一次一个)并入相对于正被测序的核酸的正确的互补核苷酸。因为每个核苷酸残基被逐个测序，因此，这允许通过在多次循环中加入核苷酸来精确测序，从而防止发生一系列不受控制的并入。使用附着于被并入的核苷酸的合适的标记来读取该被并入的核苷酸，然后除去该标记部分并随后进行下一轮测序。
为保证仅发生单个并入，向加入至生长链上的每个标记的核苷酸中加入结构修饰(“保护基”)以确保只有一个核苷酸被并入。在已加入具有保护基的核苷酸之后，然后在不干扰正被测序的DNA的完整性的反应条件下，将所述保护基除去。然后，随着并入下一个经保护的标记的核苷酸，所述测序循环能够继续进行。
为适用于DNA测序，核苷酸以及更通常为三磷酸核苷通常需要3’-羟基保护基，以防止用于将其并入至多核苷酸链内的聚合酶在加入所述核苷酸上的碱基时继续复制。对能够加至核苷酸上且依然合适的基团的类型有很多限制。所述保护基应防止另外的核苷酸分子被加入至多核苷酸链中，且同时在不破坏该多核苷酸链的情况下易于从糖部分中除去。此外，修饰的核苷酸需要耐受聚合酶或用于将该修饰的核苷酸并入多核苷酸链内的其他适合的酶。因此，理想的保护基表现出长期的稳定性，可高效地被聚合酶并入，阻止核苷酸二次并入或进一步并入，并且具有在不破坏多核苷酸结构的温和条件下被除去的能力，优选地在水性条件下被除去。
先前已描述了可逆的保护基。例如，Metzker等人，(Nucleic Acids Research,22(20):4259-4267,1994)公开了八种3’-修饰的2-脱氧核糖核苷5’-三磷酸酯(3’-修饰的dNTP)的合成和应用，并在两组DNA模板测定中对并入活性进行了测试。WO 2002/029003描述了一种测序方法，其可能包括在聚合酶反应中使用烯丙基保护基对DNA生长链上的3’-OH基团加帽。
另外、我们先前在国际申请公开No.WO2004/018497中报导了开发了许多可逆保护基和在DNA相容的条件下将它们脱保护的方法，由此通过参考的方式将其全部内容并入本文。
概述
本文描述的某些实施方案涉及修饰的核苷酸或核苷分子，其包含嘌呤或嘧啶碱基和核糖或脱氧核糖的糖部分，所述糖部分具有可除去的3’-羟基保护基，形成与3’-碳原子共价连接的结构-O-C(R)2N3，其中
R选自氢、-C(R1)m(R2)n、-C(＝O)OR3、C(＝O)NR4R5、-C(R6)2O(CH2)pNR7R8和-C(R9)2O-Ph-C(＝O)NR10R11；
R1和R2各自独立地选自氢、任选取代的烷基或卤素；
R3选自氢或任选取代的烷基；
R4和R5各自独立地选自氢、任选取代的烷基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、或任选取代的芳烷基；
R6和R9各自选自氢、任选取代的烷基或卤素；
R7、R8、R10和R11各自独立地选自氢、任选取代的烷基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、或任选取代的芳烷基；
m为0-3的整数；以及
n为0-3的整数；条件是m+n的总和等于3；以及
p为0-6的整数；条件是R1和R2不能均为卤素；以及至少一个R不为氢。
本文描述的某些实施方案涉及制备在测序反应中与目标单链多核苷酸互补的生长多核苷酸的方法，包括将本文所述的修饰的核苷酸分子并入所述生长的互补多核苷酸，其中所述修饰的核苷酸的并入防止了任何后续的核苷酸引入所述生长的互补多核苷酸中。
本文描述的某些实施方案涉及测定目标单链多核苷酸的序列的方法，包括监测互补核苷酸的顺序并入，其中至少一个并入的互补核苷酸是本文描述的修饰的核苷酸分子；以及检测所述修饰的核苷酸分子的特性。在某些实施方案中，通过末端转移酶、末端聚合酶或逆转录酶来完成修饰的核苷酸分子的并入。
本文描述的某些实施方案涉及试剂盒，其包含多个本文描述的修饰的核苷酸或核苷分子和包装材料。在某些实施方案中，通过检测与碱基连接的可检测标记来测定所述修饰的核苷酸的特性。在某些这类实施方案中，在引入下一个互补核苷酸之前，将3’-羟基保护基和可检测标记除去。在某些这类实施方案中，3’-羟基保护基和可检测标记在单步的化学反应中除去。
附图的简要说明
图1A示例性说明了多种3’-OH保护基。
图1B示例性说明了多种3’-OH保护基的热稳定性。
图2A示例性说明了三种不同3’-OH保护基的脱保护速率曲线。
图2B显示了三种不同3’-OH保护基的脱保护完成一半的时间(deprotection halftime)的图表。
图3显示了多种具有热稳定的3’-OH保护基的修饰的核苷酸的定相(phasing)值和预定相(prephasing)值，并与标准的保护基比较。
图4A显示了并入混合物(IMX)中Mono-F ffNs-A-异构体的2×400bp测序数据。
图4B显示了并入混合物(IMX)中Mono-F ffNs-B-异构体的2×400bp测序数据。
发明详述
一个实施方案为包含3’-OH保护基的修饰的核苷酸或核苷。在一个实施方案中，所述3’-OH保护基为单氟甲基取代的叠氮基甲基保护基。在另一个实施方案中，所述3’-OH保护基为C-酰氨基取代的叠氮基甲基保护基。另一个实施方案涉及具有二氟甲基取代的叠氮基甲基3’-OH保护基的修饰的核苷酸。
定义
除非另外定义，本文使用的所有技术术语和科学术语具有与本领域普通技术人员所通常理解含义相同的含义。使用术语“包括”以及该术语的其他形式并非限制。使用术语“具有”以及该术语的其他形式并非限制。如本说明书中所使用的，不论在过渡短语中还是在权利要求书中，术语“包含”应解释为具有开放性的含义。即，以上术语应与短语“至少含有”或“至少包括”同义地进行解释。例如，当在方法的上下文中使用时，术语“包含”意味着该方法至少包括已叙述的步骤，但可以包括另外的步骤。当在化合物、组合物、或装置的上下文中使用时，术语“包含”意味着该化合物、组合物或装置至少包括已叙述的特征或组分，但可以包括另外的特征或组分。
如本文中使用的，常见的有机缩略语的定义如下：
Ac 乙酰基
Ac2O 乙酸酐
aq. 水性/水相
Bn 苄基
Bz 苯甲酰基
BOC或Boc 叔丁氧羰基
Bu 正丁基
cat. 催化的
Cbz 苄氧羰基
℃ 摄氏温度
dATP 脱氧三磷酸腺苷
dCTP 脱氧三磷酸胞苷
dGTP 脱氧三磷酸鸟苷
dTTP 脱氧三磷酸胸苷
ddNTP 双脱氧核苷酸
DBU 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯
DCA 二氯乙酸
DCE 1,2-二氯乙烷
DCM 二氯甲烷
DIEA 二异丙基乙胺
DMA 二甲基乙酰胺
DME 乙二醇二甲醚
DMF N,N’-二甲基甲酰胺
DMSO 二甲亚砜
DPPA 叠氮磷酸二苯酯
Et 乙基
EtOAc 乙酸乙酯
ffN 全功能核苷酸(fully functional nucleotide)
g 克
GPC 凝胶渗透色谱法
h或hr 小时
iPr 异丙基
KPi pH 7.0的10mM磷酸钾缓冲液
KPS 过硫酸钾
IPA 异丙醇
IMX 并入混合物(Incorporation mix)
LCMS 液相色谱法-质谱
LDA 二异丙基氨基锂
m或min 分钟
mCPBA 间氯过氧苯甲酸
MeOH 甲醇
MeCN 乙腈
Mono-F -CH2F
Mono-F ffN 修饰的核苷酸，其在叠氮基甲基3’-OH保护基的亚甲基位具有-CH2F取代的
mL 毫升
MTBE 甲基叔丁基醚
NaN3 叠氮化钠
NHS N-羟基琥珀酰亚胺
PG 保护基
Ph 苯基
ppt 沉淀
rt 室温
SBS 合成法测序
TEA 三乙胺
TEMPO (2,2,6,6-四甲基哌啶-1-基)氧化物
TCDI 1,1’-硫羰基二咪唑
Tert,t 叔
TFA 三氟乙酸
THF 四氢呋喃
TEMED 四甲基乙二胺
μL 微升
如本文中使用的，术语“阵列”指与一个或多个基质相连的不同的探针分子的群体，以至于该不同的探针分子能够根据相对位置而彼此区别开。阵列可以包括不同的探针分子，它们各自位于基质上不同的可寻址位置。可选地或另外地，阵列可以包括各自带有不同的探针分子的相互分离的基质，其中不同的探针分子可以根据基质所附着的表面上的基质的位置来识别，或根据基质在液体中的位置来识别。其中相互分离的基质位于表面上的示例性阵列包括但不限于：例如美国专利No.6,355,431B1、US 2002/0102578和PCT公开第WO 00/63437号中所描述的那些阵列，包括在孔内的珠。可用于本发明以区分在液体阵列中的珠，例如使用微流体装置，例如荧光激活细胞分选仪(FACS)的示例性模式描述于例如美国专利No.6,524,793中。可以在本发明中使用的阵列的实例还包括但不限于：美国专利No.5,429,807、5,436,327、5,561,071、5,583,211、5,658,734、5,837,858、5,874,219、5,919,523、6,136,269、6,287,768、6,287,776、6,288,220、6,297,006、6,291,193、6,346,413、6,416,949、6,482,591、6,514,751和6,610,482中所描述的阵列，以及WO 93/17126、WO95/11995、WO 95/35505、EP 742 287和EP 799 897中所描述的阵列。
如本文中使用的，术语“共价连接的”或“共价键合的”指形成化学键合，其特征为在原子间共享电子对。例如，共价连接的聚合物涂层指与基质的功能化表面形成化学键的聚合物涂层，相对于经由其他方式例如粘附或静电相互作用连接至所述表面。可以理解与表面共价连接的聚合物也能够通过除共价连接以外的其它方式键合。
如本文中使用的，任何“R”基团，例如但不限于：R2、R3、R4、R5、R6、R7和R8，代表能够与指定的原子连接的取代基。R基团可以是取代的也可以是未取代的。如果将两个“R”基团描述为“合在一起”，则所述R基团与和它们所连接的原子一起能够形成环烷基、芳基、杂芳基或杂环。例如但不限于：如果指明R2和R3，或者R2、R3或R4，与和其相连的原子“合在一起”或“连接在一起”，则意味着它们相互共价键合以形成环，其实例如下文所述：
每当描述基团为“任选取代的”时，该基团可以为未取代的，或者被一个或多个指明的取代基取代。同样的，当描述基团为“未取代的或取代的”时，如果是取代的，则取代基可选自一个或多个指明的取代基。如果没有指明取代基，则意味着指明的“任选取代的”或“取代的”基团可以单独地且独立地被一个或多个基团取代，所述基团单独地且独立地选自官能团，其包括但不限于：烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基、环炔基、芳基、杂芳基、杂脂环基、芳烷基、杂芳烷基、(杂脂环基)烷基、羟基、被保护的羟基、烃氧基、芳氧基、酰基、巯基、烷硫基、芳硫基、氰基、卤素、硫代羰基、O-氨基甲酰基、N-氨甲酰基、O-硫代氨基甲酰基、N-硫代氨基甲酰基、C-酰氨基、N-酰氨基、S-磺酰氨基、N-磺酰氨基、C-羧基、被保护的C-羧基、O-羧基、异氰酸基(isocyanato)、硫代氰酸基(thiocyanato)、异硫代氰酸基(isothiocyanato)、硝基、甲硅烷基、氧硫基、亚磺酰基、磺酰基、卤代烷基、卤代烃氧基、三卤代甲磺酰基、三卤代甲磺酰氨基、氨基、单取代的氨基、二取代的氨基及其被保护的衍生物。
如本文中使用的，“烷基”指直链或支链的烃链，其包括完全饱和的(无双键或三键)的烃基。在某些实施方案中，所述烷基可以具有1-20个碳原子(每当其在本文中出现时，如“1-20”的数值范围是指给定范围内的包括端点在内的每个整数；例如，“1-20个碳原子”意味着烷基可以由1个碳原子、2个碳原子、3个碳原子等组成，直到并包括20个碳原子，然而本定义也涵盖了未指定数值范围的术语“烷基”的出现)。所述烷基也可以是具有约7个-约10个碳原子的中等大小的烷基。所述烷基也可以是具有1-6个碳原子的低级烷基。化合物的烷基可以被指定为“C1-C4的烷基”或类似的指定。仅举例说明，“C1-C4的烷基”表示烷基链中存在一到四个碳原子，即所述烷基链选自甲基、乙基、丙基、异丙基、正丁基、异丁基、仲丁基和叔丁基。典型的烷基包括但绝不限于甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、异丁基、叔丁基、戊基和己基。所述烷基可以是取代的或未取代的。
如本文中使用的，“烯基”指在直链或支链的烃链中含有一个或多个双键的烃基基团。烯基可以是未取代的或取代的。
如本文中使用的，“炔基”指在直链或支链的烃链中含有一个或多个三键的烃基基团。炔基可以是未取代的或取代的。
如本文中使用的，“环烷基”指完全饱和的(无双键或三键)单环或多环的烃环系统。当由两个或更多个环组成时，所述环可以以稠合的形式结合在一起。环烷基可以在环中含有3-10个原子。在某些实施方案中，环烷基可以在环中含有3-8个原子。环烷基可以是未取代的或取代的。典型的环烷基包括但绝不限于环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基和环辛基。
如本文中使用的，“芳基”指碳环(全部为碳)的单环或多环芳香环系统(包括，例如，稠环、桥环或螺环系统，其中两个碳环共享化学键，例如，一个或多个芳环带有一个或多个芳环或非芳环)，其具有遍及至少一个环的完全离域的π电子系统。芳基中的碳原子数可变。例如，在某些实施方案中，所述芳基可以为C6-C14芳基、C6-C10芳基或C6芳基。芳基的实例包括但不限于苯、萘和甘菊环。芳基可以是取代的或未取代的。
如本文中使用的，“杂环基”指包含至少一个杂原子(例如，O、N、S)的环系统。这类系统可以是不饱和的，可以包括部分不饱和，或可以包含一些芳香部分，或为完全芳香的。杂环基可以是未取代的或取代的。
如本文中使用的，“杂芳基”指单环或多环的芳香环系统(环系统具有至少一个为完全离域的π电子系统的环)，其包含一个或多个杂原子，即碳以外的元素，包括但不限于氮、氧和硫，并且包含至少一个芳香环。杂芳基的环中的原子数可变。例如，在某些实施方案中，杂芳基可包含4-14个环内原子、5-10个环内原子或5-6个环内原子。此外，术语“杂芳基”包括稠环系统，其中两个环，例如至少一个芳环和至少一个杂芳环，或者至少两个杂芳环共享至少一个化学键。杂芳环的实例包括但不限于呋喃、呋咱、噻吩、苯并噻吩、酞嗪、吡咯、噁唑、苯并噁唑、1,2,3-噁二唑、1,2,4-噁二唑、噻唑、1,2,3-噻二唑、1,2,4-噻二唑、苯并噻唑、咪唑、苯并咪唑、吲哚、吲唑、吡唑、苯并吡唑、异噁唑、苯并异噁唑、异噻唑、三唑、苯并三唑、噻二唑、四唑、吡啶、哒嗪、嘧啶、吡嗪、嘌呤、蝶啶、喹啉、异喹啉、喹唑啉、喹喔啉、邻二氮杂萘和三嗪。杂芳基可以是取代的或未取代的。
如本文中使用的，“杂脂环族的”或“杂脂环基”指三、四、五、六、七、八、九、十，直至18元的单环、二环和三环的环系统，其中碳原子与1-5个杂原子一起组成所述环系统。杂环可以任选地含有一个或多个以如下这样方式定位的不饱和键，然而在遍及所有的环中不存在完全离域的π电子系统。所述杂原子独立地选自氧、硫和氮。杂环可以进一步包含一个或多个羰基或硫代羰基官能团，使本定义包括氧代系统和硫代系统，诸如内酰胺、内酯、环状酰亚胺、环状硫代酰亚胺和环状氨基甲酸酯。当由两个或更多个环组成时，这些环可以以稠合形式结合在一起。另外，在杂脂环中的任何氮可以被季铵化。杂脂环基或杂脂环族的基团可以是未取代的或取代的。这种“杂脂环族的”或“杂脂环基”基团的实例包括但不限于1,3-二噁英、1,3-二氧六环、1,4-二氧六环、1,2-二氧戊环、1,3-二氧戊环、1,4-二氧戊环、1,3-氧硫杂环己烷、1,4-氧硫杂环己二烯、1,3-氧硫杂环戊烷、1,3-二硫杂环戊二烯、1,3-二硫戊环、1,4-氧硫杂环己烷、四氢-1,4-噻嗪、2H-1,2-噁嗪、马来酰亚胺、琥珀酰亚胺、巴比妥酸、硫代巴比妥酸、二氧代哌嗪、乙内酰脲、二氢尿嘧啶、三噁烷、六氢-1,3,5-三嗪、咪唑啉、咪唑烷、异噁唑啉、异噁唑烷、噁唑啉、噁唑烷、噁唑烷酮、噻唑啉、噻唑烷、吗啉、环氧乙烷、哌啶N-氧化物、哌啶、哌嗪、吡咯烷、吡咯烷酮、吡咯烷二酮(pyrrolidione)、4-哌啶酮、吡唑啉、吡唑烷、2-氧代吡咯烷、四氢吡喃、4H-吡喃、四氢噻喃、硫吗啉、硫吗啉亚砜、硫吗啉砜，以及它们的苯并-稠合的类似物(例如，苯并咪唑啉酮、四氢喹啉、3,4-亚甲基二氧基苯基)。
如本文中使用的，“芳烷基”和“芳基(烷基)”指通过低级亚烷基连接的作为取代基的芳基。芳烷基的低级亚烷基和芳基可以是取代的或未取代的。实例包括但不限于苄基、2-苯基烷基、3-苯基烷基和萘基烷基。
如本文中使用的，“杂芳烷基”和“杂芳基(烷基)”指通过低级亚烷基连接的作为取代基的杂芳基。杂芳烷基的低级亚烷基和杂芳基可以是取代的或未取代的。实例包括但不限于2-噻吩基烷基、3-噻吩基烷基、呋喃基烷基、噻吩基烷基、吡咯基烷基、吡啶基烷基、异噁唑基烷基和咪唑基烷基，以及它们的苯并-稠合的类似物。
如本文中使用的，“烃氧基”指式–OR，其中R为上文定义的烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基或环炔基。烃氧基的非限制性实例为甲氧基、乙氧基、正丙氧基、1-甲基乙氧基(异丙氧基)、正丁氧基、异丁氧基、仲丁氧基和叔丁氧基。烃氧基可以是取代的或未取代的。
如本文中使用的，“C-酰氨基”基团指“-C(＝O)N(RaRb)”基团，其中Ra和Rb可以独立地为氢、烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基、环炔基、芳基、杂芳基、杂脂环基、芳烷基或(杂脂环基)烷基。C-酰氨基可以是取代的或未取代的。
如本文中使用的，“N-酰氨基”基团指“RC(＝O)N(Ra)-”基团，其中R和Ra可以独立地为氢、烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基、环炔基、芳基、杂芳基、杂脂环基、芳烷基或(杂脂环基)烷基。N-酰氨基可以是取代的或未取代的。
本文使用的术语“卤素原子”、“卤素”或“卤代”意为元素周期表的第七列的放射稳定原子中的任一种，诸如氟、氯、溴和碘。
本文使用的术语“胺”指–NH2基团，其中一个或多个氢可以任选地被R基团取代。R可以独立地为氢、烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基、环炔基、芳基、杂芳基、杂脂环基、芳烷基或(杂脂环基)烷基。
本文使用的术语“醛”指–Rc-C(O)H基团，其中Rc可以不存在，或独立地选自亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚环烷基、亚环烯基、亚环炔基、亚芳基、亚杂芳基、亚杂脂环基、亚芳烷基或亚(杂脂环基)烷基。
本文使用的术语“氨基”指–NH2基团。
本文使用的术语“羟基”指–OH基团。
本文使用的术语“氰基”指“-CN”基团。
本文使用的术语“叠氮基”指–N3基团。
本文使用的术语“巯基”指–SH基团。
本文使用的术语“羧酸”指–C(O)OH。
本文使用的术语“硫氰酸根”指–S-C≡N基团。
本文使用的术语“氧基胺(oxo-amine)”指–O-NH2基团，其中–NH2上的一个或多个氢可以任选地被R基团取代。R可以独立地为氢、烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基、环炔基、芳基、杂芳基、杂脂环基、芳烷基或(杂脂环基)烷基。
如本文中使用的，“核苷酸”包括含氮的杂环碱基、糖、以及一个或多个磷酸酯基团。它们是核酸序列的单体单元。在RNA中，所述糖为核糖，而在DNA中，所述糖为脱氧核糖，即，该糖缺少在核糖中存在的羟基。含氮的杂环碱基可以为嘌呤或嘧啶碱基。嘌呤碱基包括腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)，及其修饰的衍生物或类似物。嘧啶碱基包括胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)，及其修饰的衍生物或类似物。脱氧核糖的C-1原子与嘧啶的N-1或嘌呤的N-9相键合。
如本文中使用的，“核苷”与核苷酸在结构上相似，但缺少磷酸酯部分。核苷类似物的一个实例为其中标记与碱基连接且不存在与糖分子相连的磷酸酯基团的核苷类似物。本文使用的术语“核苷”为本领域技术人员所理解的一般含义。实例包括但不限于包含核糖部分的核糖核苷以及包含脱氧核糖部分的脱氧核糖核苷。修饰的戊糖部分是其中氧原子已被碳原子替换和/或碳原子已被硫或氧原子替换的戊糖部分。“核苷”是可具有被取代的碱基和/或糖部分的单体。此外，可以将核苷并入至更大的DNA和/或RNA聚合物和低聚物中。
本文使用的术语“嘌呤碱基”为本领域技术人员所理解的其一般含义，且包括其互变异构体。类似的，本文使用的术语“嘧啶碱基”为本领域技术人员所理解的其一般含义，且包括其互变异构体。任选取代的嘌呤碱基的非限制性实例包括嘌呤、腺嘌呤、鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、别黄嘌呤、7-烷基鸟嘌呤(例如，7-甲基鸟嘌呤)、可可碱、咖啡因、尿酸和异鸟嘌呤。嘧啶碱基的实例包括但不限于胞嘧啶、胸腺嘧啶、尿嘧啶、5,6-二氢尿嘧啶和5-烷基胞嘧啶(例如，5-甲基胞嘧啶)。
如本文中使用的，“衍生物”或“类似物”意为合成的具有修饰的碱基部分和/或修饰的糖部分的核苷酸或核苷。Scheit,Nucleotide Analogs(John Wiley&Son,1980)和Uhlman等人,Chemical Reviews90:543-584,1990中论述了这类衍生物和类似物。核苷酸类似物也包括修饰的磷酸二酯连接，包括硫代磷酸酯连接、二硫代磷酸酯连接、烷基磷酸酯连接、苯胺磷酸酯连接和氨基磷酸酯连接。本文中使用的“衍生物”、“类似物”和“修饰的”可互换使用，并且由本文所定义的术语“核苷酸”和“核苷”所涵盖。
如本文中使用的，术语“磷酸酯”为本领域技术人员所理解的其一般含义，并包括其质子化形式(例如)。如本文中使用的，术语“单磷酸酯”、“二磷酸酯”和“三磷酸酯”为本领域技术人员理解的其一般含义，且包括质子化形式。
本文使用的术语“保护基”指加入分子中以防止该分子中的现有基团进行不希望的化学反应的任何原子或原子组。有时“保护基”和“封闭基团”可互换使用。
如本文中使用的，前缀“光”或“光-”意为涉及光或电磁辐射。该术语可包含全部或部分的电磁光谱，包括但不限于光谱中的一个或多个通常被称为无线电部分、微波部分、红外线部分、可见光部分、紫外线部分、X射线部分或伽马射线部分的范围。光谱的所述部分可以是被表面的金属区域如本文所述的那些金属所阻挡的部分。可选择地或另外地，光谱的所述部分可以是通过表面的空隙区域如由玻璃、塑料、二氧化硅或本文所述的其它材料制成的区域的部分。在特别的实施方案中，可以使用能穿过金属的辐射。可选择地或另外地，可以使用被玻璃、塑料、二氧化硅或本文所述的其他材料遮蔽的辐射。
如本文中使用的，术语“定相(phasing)”指SBS中的现象，该现象由3’终止子和荧光团的不完全除去引起，不能通过聚合酶在给定的测序循环中将DNA链的一部分完全并入到簇中。预定相(pre-phasing)是由在不存在有效的3’终止子的情况下核苷酸的并入所引起的，并且该并入事件预先进行了1个循环。定相和预定相使特定循环的提取强度由当前循环的信号和来自先前和随后循环中的噪声组成。随着循环数的增加，受定相所影响的每簇的序列部分也会增加，妨碍正确碱基的识别。在合成法测序(SBS)过程中，痕量的未保护或未封闭的3’-OH的存在能引起预定相。在制造过程中或可能在储存过程和试剂处理过程中可以产生未保护的3’-OH核苷酸。因此，令人惊讶地发现了降低预定相的发生率的核苷酸类似物，其相比于现有的核苷酸类似物在SBS应用中提供了巨大优势。例如，所提供的核苷酸类似物能够使SBS周期加快，降低定相值和预定相值，以及延长测序读取长度。
3’-OH保护基-C(R)2N3
本文描述的某些实施方案涉及修饰的核苷酸或核苷分子，其具有可除去的3’-羟基保护基-C(R)2N3，其中R选自氢、-C(R1)m(R2)n、-C(＝O)OR3、-C(＝O)NR4R5、-C(R6)2O(CH2)pNR7R8和-C(R9)2O-Ph-C(＝O)NR10R11，其中R1、R2、R3、R4、R5、R6、R7、R8、R9、R10、R11、m、n和p由上文定义。
在某些实施方案中，一个R为氢且另一个R为-C(R1)m(R2)n。在某些这样的实施方案中，-C(R1)m(R2)n选自-CHF2、-CH2F、-CHCl2或-CH2Cl。在一个实施方案中，-C(R1)m(R2)n为-CHF2。在另一个实施方案中，-C(R1)m(R2)n为-CH2F。
在某些实施方案中，一个R为氢且另一个R为-C(＝O)OR3。在某些这样的实施方案中，R3为氢。
在某些实施方案中，一个R为氢且另一个R为-C(＝O)NR4R5。在某些这样的实施方案中，R4和R5均为氢。在另一些这样的实施方案中，R4为氢且R5为C1-6烷基。在另一些实施方案中，R4和R5均为C1-6烷基。在一个实施方案中，R5为正丁基。在另一个实施方案中，R4和R5均为甲基。
在某些实施方案中，一个R为氢且另一个R为-C(R6)2O(CH2)pNR7R8。在某些这样的实施方案中，R6均为氢。在某些这样的实施方案中，R7和R8均为氢。在某些这样的实施方案中，p为0。在另一些这样的实施方案中，p为6。
在某些实施方案中，一个R为氢且另一个R为-C(R9)2O-Ph-C(＝O)NR10R11。在某些这样的实施方案中，R9均为氢。在某些这样的实施方案中，R10和R11均为氢。在另一些这样的实施方案中，R10为氢且R11为取代的烷基。在一个实施方案中，R11为氨基取代的烷基。
3’-OH保护基的脱保护
在某些实施方案中，所述3’-OH保护基在与膦的脱保护反应中被除去。-C(R)2N3中的叠氮基团可以通过修饰的核苷酸或核苷分子与膦接触而转化为氨基。可选择地，-C(R)2N3中的叠氮基团可以通过这类分子与硫醇、特别是与诸如二硫苏糖醇(DTT)的水溶性硫醇接触而转化为氨基。在一个实施方案中，所述膦为三(羟甲基)膦(THP)。除非另外说明，对核苷酸的提及也旨在适用于核苷。
可检测标记
本文描述的某些实施方案涉及常规可检测标记的使用。可通过任何适合的方法进行检测，包括荧光光谱学或其他光学手段。优选的标记为荧光团，该荧光团在吸收能量后发出限定波长的辐射。已知许多种适合的荧光标记。例如，Welch等人(Chem.Eur.J.5(3):951-960,1999)公开了丹酰基-功能化的荧光部分，其可在本发明中使用。Zhu等人(Cytometry28:206-211,1997)描述了荧光标记Cy3和Cy5的使用，其也可以在本发明中使用。Prober等人(Science 238:336-341,1987)、Connell等人(BioTechniques 5(4):342-384,1987)、Ansorge等人(Nucl.Acids Res.15(11):4593-4602,1987)和Smith等人(Nature 321:674,1986)也公开了适合使用的标记。其他可商业购得的荧光标记包括但不限于荧光素、若丹明(包括TMR、德克萨斯红和Rox)、alexa、氟硼荧、吖啶、香豆素、芘、苯并蒽和花青苷。
本申请中也可以使用多重标记，例如双荧光团FRET盒(Tet.Let.46:8867-8871,2000)、也可以使用多荧光体树枝状系统(J.Am.Chem.Soc.123:8101-8108,2001)。虽然优选荧光标记，对于本领域的普通技术人员来说其他形式的可检测标记也明显适用。例如微颗粒，包括量子点(Empodocles等人,Nature 399:126-130,1999)、金纳米颗粒(Reichert等人,Anal.Chem.72:6025-6029,2000)和微珠(Lacoste等人,Proc.Natl.Acad.Sci USA 97(17):9461-9466,2000)也都可以使用。
本申请也可以使用多组分标记。多组分标记是依赖于与用于检测的另外化合物的相互作用的标记。在生物学中最常用的多组分标记是生物素-链霉亲和素系统。生物素用作与核苷酸碱基相连接的标记。然后单独加入链霉亲和素使检测发生。可以使用其他多组分系统。例如，二硝基苯酚具有可商业购得的可用于检测的荧光抗体。
除非另外说明，对核苷酸的提及也旨在适用于核苷。本申请也将就DNA进行进一步描述，而该描述也适用于RNA、PNA和其他核酸，除非另外指明。
连接基团
在本文描述的某些实施方案中，可以将修饰的核苷酸或核苷分子的嘌呤或嘧啶碱基与上文描述的可检测标记相连接。在某些这类实施方案中，所用的连接基团可裂解。使用可裂解的连接基团确保了在需要时所述标记能够在检测后被除去，这避免了与随后并入的任何标记的核苷酸或核苷的任何干扰信号。
在另一些实施方案中，所使用的连接基团是不可裂解的。因为在并入了本发明的标记核苷酸的每个情况中，不需要随后并入核苷酸，因此不需要将标记从核苷酸中除去。
本领域技术人员了解双脱氧核苷三磷酸酯在所谓的Sanger测序法及相关方案(Sanger型)中的效用，其依赖于在特定类型核苷酸处的随机链终止。Sanger型测序方案的一个实例是由Metzker描述的BASS方法。
通常通过实施如下实验来操作Sanger及Sanger型方法，在该实验中提供八类核苷酸，其中四类核苷酸包含3’-OH基团；四类核苷酸遗漏了OH基团且该核苷酸彼此不同地被标记。所用的遗漏了3’-OH基团的核苷酸为双脱氧核苷酸(ddNTPs)。如本领域技术人员所熟知的，当所述ddNTPs被不同地标记时，通过测定被并入的末端核苷酸的位置，并结合此信息，可以测定目标寡核苷酸的序列。
应认识到本申请中的核苷酸在Sanger法及相关方案中具有效用，因为通过使用ddNTPs实现的相同效果可以通过使用本文描述的3’-OH保护基来实现：均防止了后续核苷酸的并入。
此外，应领会到通过在连接的磷酸酯基团中使用放射性的32P，可以测定对3’-OH被保护的核苷酸的并入的监测。这些可以或者存在于ddNTPs自身中或者存在于用于延伸的引物中。
可裂解的连接基团是本领域中熟知的，并且可应用常规化学将连接基团与核苷酸碱基和标记相连。可通过任何适合的方法裂解所述连接基团，包括暴露于酸、碱、亲核试剂、亲电试剂、自由基、金属、还原剂或氧化剂、光、温度、酶等。还可以使用用于断裂3’-O-保护基键的相同催化剂裂解本文中讨论的连接基团。如Greene&Wuts,Protective Groups inOrganic Synthesis(有机合成中的保护基),John Wiley&Sons中所公开的，合适的连接基团可修改自标准的化学保护基。Guillier等人(Chem.Rev.100:2092-2157,2000)中还公开了用于固相合成的合适的可裂解的连接基团。
使用术语“可裂解的连接基团”并非意味着需要除去整个连接基团，例如，从核苷酸碱基中除去。当可检测标记与碱基相连接时，核苷裂解位点可位于连接基团上的位置，该位置能够确保在裂解后一部分的连接基团仍与所述核苷酸碱基保持连接。
当可检测标记与碱基相连接时，连接基团可以连接在核苷酸碱基上的任何位置上，只要Watson-Crick碱基配对仍然能够进行。对于嘌呤碱基，优选地，连接基团经由嘌呤或优选的脱氮杂嘌呤类似物的7位、经由8-修饰的嘌呤、经由N-6修饰的腺苷或N-2修饰的鸟嘌呤连接。对于嘧啶，优选地经由胞嘧啶、胸腺嘧啶或尿嘧啶上的5-位以及胞嘧啶上的N-4位连接。
A.亲电裂解的连接基团
亲电裂解的连接基团典型地被质子所裂解，并包括对酸敏感的裂解。合适的连接基团包括修饰的苄基系统，诸如三苯甲基、对烃氧基苄基酯和对烃氧基苄基酰胺。其他适合的连接基团包括叔丁氧羰基(Boc)基团和缩醛系统。
为制备合适的连接分子，还可以考虑在硫缩醛或其他含硫保护基的裂解中使用诸如镍、银或汞的亲硫金属。
B.亲核裂解的连接基团
在连接分子的制备中，亲核裂解也是被公认的方法。可以使用在水中不稳定的基团(即，能够在碱性pH值下简单地裂解)，例如酯类，以及对非水性亲核试剂不稳定的基团。氟离子可用于裂解诸如三异丙基硅烷(TIPS)或叔丁基二甲基硅烷(TBDMS)的基团中的硅氧键。
C.可光解的连接基团
可光解的连接基团在糖化学中被广泛使用。优选地，激活裂解所需的光不影响修饰的核苷酸中的其他组分。例如，如果使用荧光团作为标记，优选地，该荧光团吸收与裂解所述连接分子所需的光不同波长的光。适合的连接基团包括那些基于O-硝基苄基化合物和硝基藜芦基化合物的连接基团。也可以使用基于安息香化学的连接基团(Lee等人,J.Org.Chem.64:3454-3460,1999)。
D.还原条件下的裂解
已知多种对还原裂解敏感的连接基团。使用基于钯催化剂的催化氢化已用于裂解苄基和苄氧羰基基团。二硫键还原也为本领域所知。
E.氧化条件下的裂解
基于氧化的方法为本领域所公知。这些方法包括对烃氧基苄基的氧化以及硫和硒连接基团的氧化。使用碘溶液(aqueous iodine)来使二硫化物和其他基于硫或硒的连接基团裂解也在本发明的范围内。
F.安全拉手型连接基团
安全拉手型连接基团(safety-catch linker)为那些在两步中裂解的连接基团。在优选的系统中，第一步是反应性亲核中心的产生，随后的第二步涉及分子内环化，这导致裂解。例如，可以用肼或光化学方法处理乙酰丙酸酯连接来释放活性的胺，然后所述胺被环化以使分子中其他位置的酯裂解(Burgess等人,J.Org.Chem.62:5165-5168,1997)。
G.经消除机理裂解
也可以使用消除反应。可以使用诸如芴甲氧羰基和氰基乙基的基团的碱催化的消除以及烯丙基系统的钯催化的还原消除。
在某些实施方案中，连接基团可包含间隔单元。连接基团的长度并不重要，只要所述标记与核苷酸保持足够的距离，以免干扰核苷酸与酶之间的相互作用。
在某些实施方案中，连接基团可由与3’-OH保护基类似的功能组成。这会使脱保护和脱保护方法更加有效，因为仅需要单一处理就除去标记和保护基。特别优选的连接基团是可通过膦裂解的含叠氮化物的连接基团。
测序方法
本文描述的修饰的核苷或核苷酸可以与各种测序技术联合使用。在某些实施方案中，测定目标核酸的核苷酸序列的过程可以是自动化过程。
本文提供的核苷酸类似物可以用于测序程序中，例如合成法测序(SBS)技术中。简单来说，可以通过将目标核酸与一种或多种标记的核苷酸、DNA聚合酶等接触来引发SBS。其中使用目标核酸作为模板延伸引物的那些特征将并入可被检测的标记的核苷酸。任选的，标记的核苷酸可以进一步包括可逆终止性质，即，一旦核苷酸已被加入到引物中，终止引物的进一步延伸。例如，可以将具有可逆终止子部分的核苷酸类似物加入到引物中，以至于不会发生后续的延伸直至递送去封闭试剂以除去所述部分。因此，对于使用可逆终止的实施方案，可以将去封闭试剂递送至流动的细胞中(在进行检测之前或之后)。在不同的递送步骤之间可以进行洗涤。然后可以将此循环重复n次，由n个核苷酸延伸所述引物，由此检测长度为n的序列。示例性的SBS程序、流体系统以及易适于与本公开的方法产生的阵列联用的检测平台描述于例如，Bentley等人,Nature 456:53-59(2008)、WO 04/018497、WO 91/06678、WO 07/123744、美国专利No 7,057,026、7,329,492、7,211,414、7,315,019或7,405,281、以及美国专利申请公开第2008/0108082A1号，各自以参考的方式并入本文。
可以使用采用循环反应的其他测序程序，例如焦磷酸测序。随着将特定的核苷酸并入初始的核酸链，焦磷酸测序检测无机焦磷酸酯(PPi)的释放(Ronaghi等人,AnalyticalBiochemistry 242(1),84-9(1996)、Ronaghi,Genome Res.11(1),3-11(2001)、Ronaghi等人Science 281(5375),363(1998)、美国专利Nos.6,210,891、6,258,568和6,274,320，各自以参考的方式并入本文)。在焦磷酸测序中，释放的PPi可以通过由ATP硫酸化酶将其转化为三磷酸腺苷(ATP)来检测，且生成的ATP可以通过荧光素酶产生的光子来检测。因此，可通过发光检测系统监测测序反应。用于基于荧光的检测系统的激发辐射源对于焦磷酸测序程序而言不是必需的。适用的流体系统、检测器以及能够用于将焦磷酸测序应用于本公开的阵列的程序描述于例如，WIPO专利申请Ser.No.PCT/US11/57111、美国专利申请公开No.2005/0191698 A1、美国专利No.7,595,883、以及美国专利No.7,244,559，各自以参考的方式并入本文。
连接法测序反应也同样适用，包括，例如，Shendure等人.Science 309:1728-1732(2005)、美国专利No.5,599,675、以及美国专利No.5,750,341所描述的连接法测序反应，各自以参考的方式并入本文。某些实施方案可包括杂交法测序程序，例如，Bains等人,Journal of Theoretical Biology 135(3),303-7(1988)、Drmanac等人,NatureBiotechnology 16,54-58(1998)、Fodor等人,Science 251(4995),767-773(1995)、以及WO1989/10977中所描述的杂交法测序程序，各自以参考的方式并入本文。在连接法测序和杂交法测序二者中，存在于含凝胶的孔(或其他的凹形特征物)中的核酸经历寡核苷酸递送和检测的重复循环。用于SBS方法的流体系统如本文阐述，或如本文所引用的参考文献所述，所述流体系统易适于递送用于连接法测序或杂交法测序程序的试剂。典型地，所述寡核苷酸被荧光标记并且能够使用荧光检测器进行检测，该荧光检测器与本文或本文所引用的参考文献中就SBS程序所描述的检测器类似。
某些实施方案可以使用涉及实时监测DNA聚合酶活性的方法。例如，核苷酸并入可以通过在带有荧光团的聚合酶与γ-磷酸酯-标记的核苷酸之间的荧光共振能量转移(FRET)相互作用来检测，或使用零级波导来检测。用于基于FRET的测序的技术和试剂描述于，例如，Levene等人Science 299,682–686(2003)、Lundquist等人Opt.Lett.33,1026–1028(2008)、Korlach et al.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 105,1176–1181(2008)，此公开内容以参考的方式并入本文。
某些SBS实施方案包括检测在核苷酸并入延伸产物时释放的质子。例如，基于检测被释放的质子的测序可以使用电检测器和可从Ion Torrent(Guilford，CT，生命科技子公司)商购的相关技术，或者使用美国专利申请公开No.2009/0026082 A1、2009/0127589 A1、2010/0137143 A1、或2010/0282617 A1中描述的测序方法和系统，各自以参考的方式并入本文。
本申请还包括以下技术方案：
1.修饰的核苷酸或核苷分子，其包含嘌呤或嘧啶碱基和核糖或脱氧核糖糖部分，所述糖部分具有可除去的3’-羟基保护基，所述可除去的3’-羟基保护基形成与所述3’-碳原子共价连接的结构-O-C(R)2N3，其中
R选自氢、-C(R1)m(R2)n、-C(＝O)OR3、C(＝O)NR4R5、-C(R6)2O(CH2)pNR7R8和-C(R9)2O-Ph-C(＝O)NR10R11；
R1和R2各自独立地选自氢、任选取代的烷基或卤素；
R3选自氢或任选取代的烷基；
R4和R5各自独立地选自氢、任选取代的烷基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基或任选取代的芳烷基；
R6和R9各自选自氢、任选取代的烷基或卤素；
R7、R8、R10和R11各自独立地选自氢、任选取代的烷基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基或任选取代的芳烷基；
m为0-3的整数；
n为0-3的整数；条件是m+n的总和等于3；以及
p为0-6的整数；条件是R1和R2不能均为卤素；以及至少一个R不为氢。
2.如技术方案1所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中一个R为氢且另一个R为-C(R1)m(R2)n。
3.如技术方案1或2所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中-C(R1)m(R2)n选自-CHF2、-CH2F、-CHCl2或-CH2Cl。
4.如技术方案1-3中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中-C(R1)m(R2)n为-CHF2。
5.如技术方案1-3中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中-C(R1)m(R2)n为-CH2F。
6.如技术方案1所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中一个R为氢且另一个R为-C(＝O)OR3。
7.如技术方案6所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中R3为氢。
8.如技术方案1所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中一个R为氢且另一个R为-C(＝O)NR4R5。
9.如技术方案1或8所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中R4和R5均为氢。
10.如技术方案1或8所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中R4为氢且R5为C1-6烷基。
11.如技术方案1或8所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中R4和R5均为C1-6烷基。
12.如技术方案1所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中一个R为氢且另一个R为-C(R6)2O(CH2)pNR7R8。
13.如技术方案1或12所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中R6均为氢。
14.如技术方案1、12和13中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中R7和R8均为氢。
15.如技术方案1和12-14中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中p为0。
16.如技术方案1和12-14中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中p为6。
17.如技术方案1所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中一个R为氢且另一个R为-C(R9)2O-Ph-C(＝O)NR10R11。
18.如技术方案1或17所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中R9均为氢。
19.如技术方案1、17和18中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中R10和R11均为氢。
20.如技术方案1、17和18中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中R10为氢且R11为氨基取代的烷基。
21.如技术方案1-14中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中在使用膦的脱保护反应中除去所述3’-羟基保护基。
22.如技术方案21所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中所述膦为三(羟甲基)膦(THP)。
23.如技术方案1-22中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中所述碱基经由可裂解的连接基团或不可裂解的连接基团与可检测标记连接。
24.如技术方案1-22中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中所述3’-羟基保护基经由可裂解的连接基团或不可裂解的连接基团与可检测标记连接。
25.如技术方案23或24所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中所述连接基团是可裂解的。
26.如技术方案23-25中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中所述可检测标记为荧光团。
27.如技术方案23-26中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子，其中所述连接基团为对酸不稳定的、对光不稳定的或含有二硫键。
28.制备在测序反应中与目标单链多核苷酸互补的生长的多核苷酸的方法，其包括将技术方案1-27中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸分子并入所述生长的互补多核苷酸，其中所述修饰的核苷酸的并入防止了任何后续的核苷酸引入所述生长的互补多核苷酸中。
29.如技术方案28所述的方法，其中所述修饰的核苷酸分子的并入通过末端转移酶、末端聚合酶或逆转录酶来实现。
30.测定目标单链多核苷酸的序列的方法，其包括
监测互补核苷酸的顺序并入，其中并入的至少一个互补核苷酸是技术方案23-27中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸分子；以及
检测所述修饰的核苷酸分子的特性。
31.如技术方案30所述的方法，其中通过检测与所述碱基连接的所述可检测标记来测定所述修饰的核苷酸的特性。
32.如技术方案30或31所述的方法，其中在引入所述下一个互补核苷酸之前，将所述3’-羟基保护基和所述可检测标记除去。
33.如技术方案32所述的方法，其中所述3’-羟基保护基和所述可检测标记在单步的化学反应中除去。
34.试剂盒，包含多个技术方案1-27中任一项技术方案所述的修饰的核苷酸或核苷分子以及用于其的包装材料。
35.如技术方案34所述的试剂盒，还包含酶和适合于所述酶的作用的缓冲液。
实施例
以下实施例中进一步详细公开另外的实施方案，所述实施例不以任何方式有意限制权利要求的范围。实施例1-3中例示了多种具有被保护的3’-羟基的修饰的核苷酸的合成。
实施例1
具有3’-OH保护基的核苷酸的合成
方案1示例性说明了用于制备具有单氟甲基取代的叠氮基甲基作为3’-OH保护基的修饰的核苷酸的合成路线。化合物1a-1f使用修饰的胸腺嘧啶(T-PA)作为碱基。可以使用的碱基的其他非限制性实例包括Cbz-PA、ADMF-PA和GPac-PA，其结构显示于上文的方案1中。
实验程序
于4℃下，向起始核苷1a(1.54g，2.5mmol)的无水CH3CN(25ml)溶液中加入2,6-二甲基吡啶(0.87mL，7.5mmol)、(2-氟乙基)(4-甲氧基苯基)硫烷(MPSF)(3.26g，17.5mmol)，然后加入Bz2O2(纯度50％，8.47g，17.5mmol)。反应混合物缓慢升温至室温。将所述混合物再搅拌6小时。TLC监测(EtOAc:DCM＝2:8v/v)至可见该起始核苷被完全消耗。然后将反应减压浓缩至油状残留物。将石油醚(500ml)加入该混合物中，并用力搅拌10分钟。将石油醚层倾倒出，将剩余物用石油醚重复处理2次。将油状残留物在DCM/NaHCO3(1:1)(300mL)之间分配。分离有机层，水层用DCM进一步萃取(2×150mL)。合并的有机层用MgSO4干燥，过滤并减压蒸除易挥发成分。通过Biotag硅胶柱(50g)，使用从石油醚到石油醚:EtOAc 1:1(v/v)的梯度来纯化粗产物1c，得到1.63g核苷1b，为浅黄色泡沫(非对映异构体，产率82％)。1H NMR(d6 DMSO,400MHz):δ,0.95(s,9H,tBu),2.16–2.28(m,2H,H-2’),3.67(s,OMe),3.65-3.85(m,2H,HH-5’),3.77(dd,J＝11.1,4.5Hz,1H,HH-5’),3.95-3.98(m,1H,H-4’),4.04(m,2H,CH2F),4.63-4.64(m,1H,H-3’),5.01-5.32(s,1H,CH),6.00(m,1H,H-1’),6.72-6.87(m,3H,Ar),7.35-7.44(m,7H,Ar),7.55-7.60(m,4H,Ar),7.88(s,1H,H-6),9.95(brt,1H,NH),11.70(s,1H,NH)。
在N2下，向带有分子筛的起始核苷1b(1.14g，1.4mmol)的无水CH2Cl2(14mL)溶液中加入环己烯(1.44mL，14mmol)。用干冰/丙酮浴将混合物冷却至-78℃。在N2下在90分钟内缓慢添加磺酰氯(580μL，7.2mmol)的DCM(14ml)溶液。20分钟后在该温度下TLC(EtOAc:石油醚＝1:1v/v)表明起始核苷被完全消耗。减压(以及25℃的室温)下蒸除易挥发成分，并迅速地将油状残留物置于高真空中经过10分钟直到其呈泡沫状。粗产物用N2吹扫，然后溶解于无水DMF(5mL)中，并立即加入NaN3(470mg，7mmol)。所得悬浮液在室温下搅拌2小时，或直到TLC表明反应完成且形成两个异构体(a和b)形式的1c。将反应混合物在EtOAc:NaHCO3(1:1)(200mL)之间分配。分离有机层，水层用EtOAc进一步萃取(2×100mL)。合并的有机萃取物用MgSO4干燥，过滤并减压蒸除易挥发成分。通过Biotag硅胶柱(25g)，使用从石油醚到石油醚:EtOAc 1:1(v/v)的梯度分离1c的两个非对映异构体(A和B)，为浅黄色泡沫。
异构体A(370mg，产率：38％)。1H NMR(d6DMSO,400MHz):δ1.02(s,9H,tBu),2.35–2.43(m,2H,H-2’),3.76-3.80(m,1H,H-5’),3.88-3.92(m,1H,H-5’),4.10-4.12(m,1H,H-4’),4.14(d,J＝4.1Hz 2H,NHCH2),4.46-4.60(m,3H,H-3’,CH2F),5.05-5.09(m,1H,CHN3),6.11(t,J＝6.1Hz,1H,H-1’),7.47-7.51(m,6H,Ar),7.64-7.68(m,4H,Ar),7.97(s,1H,H-6),10.03(bt,1H,J＝10.0Hz,NH),11.76(s,1H,NH).19F NMR:-74.3(CF3),-230.2(CH2F)。
异构体B(253mg，产率：26％)。1H NMR(d6DMSO,400MHz):δ1.01(s,9H,tBu),2.38–2.42(m,2H,H-2’),3.74-3.78(m,1H,H-5’),3.86-3.90(m,1H,H-5’),4.00-4.05(m,1H,H-4’),4.12(d,J＝4.1Hz 2H,NHCH2),4.45-4.60(m,3H,H-3’,CH2F),5.00-5.14(m,1H,CHN3),6.09(t,J＝6.1Hz,1H,H-1’),7.41-7.50(m,6H,Ar),7.63-7.66(m,4H,Ar),7.95(s,1H,H-6),10.01(bs,1H,NH),11.74(s,1H,NH).19F NMR:-74.5(CF3),-230.4(CH2F)。
将起始材料1c(异构体A)(500mg，0.71mmol)溶解于THF(3mL)中，并在冰浴中冷却至4℃。然后缓慢加入TBAF(1.0M的THF溶液，5wt.％水，1.07mL，1.07mmol)，历时5分钟。将反应混合物缓慢加热至室温。用TLC(石油醚:EtOAc 3:7(v/v))监测反应进程。反应在1小时后终止，届时通过TLC不再可见起始材料。将反应溶液溶解在EtOAc(50mL)中，并加入NaHCO3(60mL)。将两层分离，并用另外的DCM萃取水层(50mL×2)。合并有机萃取物，干燥(MgSO4)，过滤，并蒸发，得到黄色油。通过Biotag硅胶柱，使用从石油醚:EtOAc 8:2(v/v)到EtOAc的梯度来纯化粗产物1d(异构体A)，为白色固体(183mg，产率：56％)。
异构体A：1H NMR(400MHz,d6-DMSO):δ2.24-2.35(m,2H,H-2’),3.56-3.66(m,2H,H-5’),3.96-4.00(m,1H,H-4’),4.23(s,2H,CH2NH),4.33-4.37(m,1H,H-3’),4.43-4.51(m,CH2F),5.12(br.s,1H,CHN3),5.23(br.s,1H,5’-OH),6.07(t,J＝6.7Hz,1H,H-1’),8.26(s,1H,H-6),10.11(br s,1H,NH),11.72(br s,1H,NH)。19F NMR:-74.3(CF3),-230.5(CH2F)。
对于1c(异构体B)，以360mg的规模实施了相同的反应，得到了相应的产物1d(异构体B，150mg，63％)。1H NMR(400MHz,d6-DMSO):δ2.24-2.37(m,2H,H-2’),3.57-3.70(m,2H,H-5’),3.97-4.01(m,1H,H-4’),4.23(br.s,2H,CH2NH),4.33-4.37(m,1H,H-3’),4.44-4.53(m,CH2F),5.11-5.21(br.s,1H,CHN3),5.23(br.s,1H,5’-OH),6.07(t,J＝6.6Hz,1H,H-1’),8.23(s,1H,H-6),10.09(br s,1H,NH),11.70(br s,1H,NH)。19F NMR:-74.1(CF3),-230.1(CH2F)。
相应的三磷酸酯1e的制备以及进一步将染料附接至核碱基上以得到完全功能化的三磷酸核苷(ffN)1f已报导于WO 2004/018497，并通常为本领域技术人员所熟知。
实施例2
具有3’-OH保护基的核苷酸的合成
方案2示例性说明了用于制备具有C-酰氨基取代的叠氮基甲基作为3’-OH保护基的修饰的核苷酸的合成路线。化合物2a-2i使用修饰的胸腺嘧啶(T-PA)作为碱基。可以使用的碱基的其他非限制性实例包括Cbz-PA、ADMF-PA和GPac-PA，其结构显示于上文的方案1中。在实验程序中，报道了具有N,N-二甲基-C(＝O)-取代的叠氮基甲基保护基(R＝NMe2)的化合物2f和后续的反应。也制备了具有其他C-酰氨基的化合物，例如N-乙基-C(＝O)-(R＝NHEt)。
实验程序
于4℃下，向起始核苷2a(4.27g，6.9mmol)的无水CH3CN(50ml)溶液中加入2,6-二甲基吡啶(2.4mL，20.7mmol)、S(CH2CH2OAc)2(12.2g，69mmol)，然后加入Bz2O2(纯度50％，33.4g，69mmol)。反应混合物缓慢升温至室温。将所述混合物再搅拌12小时。TLC监测(EtOAc:DCM＝4:6v/v)直至可见该起始核苷被完全消耗。然后将反应减压浓缩至油状残留物。将石油醚(800ml)加入该混合物中，并用力搅拌10分钟。将石油醚层倾倒出，剩余物用石油醚重复处理2次。然后将油状残留物在DCM/NaHCO3(1:1)(1000mL)之间分配。分离有机层，水层用DCM进一步萃取(2×500mL)。合并的有机层用MgSO4干燥，过滤并减压蒸除易挥发成分。通过Biotag硅胶柱(100g)，使用从石油醚到石油醚:EtOAc 2:8(v/v)的梯度来纯化粗产物2b，得到浅黄色泡沫(4.17g，产率：74％，非对映异构体)。
在N2下，向带有分子筛的起始核苷2b(4.54g，5.56mmol)的无水CH2Cl2(56mL)溶液中加入环己烯(5.62mL，56mmol)。用冰浴将混合物冷却至4℃。在N2下缓慢添加磺酰氯(1.13mL，13.9mmol)的DCM(25ml)溶液，历时90分钟。30分钟后在该温度下，TLC(EtOAc:DCM＝4:6v/v)表明有10％的起始核苷2b剩余。向反应混合物中另外加入磺酰氯(0.1mL)。TLC表明2b完全转化。减压(以及25℃的室温)蒸除易挥发成分，并迅速地将油状残留物置于高真空中10分钟直到其呈泡沫状。粗产物用N2吹扫，然后溶解于无水DMF(5mL)中，并立即加入NaN3(1.8g，27.8mmol)。所得悬浮液在室温下搅拌2小时，或直到TLC表明反应完全并形成两种异构体(A和B)形式的2c。反应混合物在EtOAc:NaHCO3(1:1)(1000mL)之间分配。将有机层分离，水层用EtOAc进一步萃取(2×300mL)。合并的有机萃取物然后用MgSO4干燥，过滤并减压蒸除易挥发成分。通过Biotag硅胶柱(100g)，使用从石油醚到石油醚:EtOAc1:1(v/v)的梯度分离两种非对映异构体2c(异构体A和B)，为浅黄色泡沫。异构体A：1.68g，产率：40.7％，异构体B：1.79g，产率：43.2％。
向起始核苷2c(异构体A)(1.63g，2.2mmol)的MeOH/THF(1:1)(20mL)溶液中缓慢加入NaOH(1M水溶液)(2.2mL，2.2mmol)，并在4℃下搅拌。用TLC(EtOAc:DCM＝4:6v/v)监测反应进程。反应在1小时后终止，届时通过TLC不再可见起始材料。将反应混合物在DCM:NaHCO3(1:1)(150mL)之间分配。分离有机层，水层用DCM进一步萃取(2×70mL)。合并的有机萃取物用MgSO4干燥，过滤并减压蒸除易挥发物质。通过Biotag硅胶柱(10g)，使用从石油醚:EtOAc(8:2)(v/v)到EtOAc的梯度纯化粗产物2d，为浅黄色泡沫(1.1g，产率：71％)。
对于2c(异构体B，1.57g)重复相同的反应，并得到了相应的产物2d(异构体B，1.01g，69％产率)。
室温下，向起始核苷2d(异构体A)(700mg，1mmol)的CH3CN(10mL)溶液中添加TEMPO(63mg，0.4mmol)和BAIB(644mg，2mmol)。用TLC(EtOAc:DCM＝7:3v/v)监测反应进程。反应在2小时后终止，届时通过TLC不再可见起始材料。将反应混合物在DCM:Na2S2O3(1:1)(100mL)之间分配。分离有机层，水层用DCM进一步萃取(2×70mL)。然后用NaCl(饱和溶液)洗涤合并的有机萃取物。有机层在未经MgSO4干燥的情况下减压蒸发，以防止产物沉淀析出。通过Biotag硅胶柱(10g)，使用从石油醚:EtOAc(1:1)(v/v)到EtOAc再到MeOH:EtOAc(1:9)的梯度纯化粗产物2e，为浅黄色泡沫(异构体A，482mg，68％产率)。
对2d(异构体B，700mg)实施相同的反应，并得到相应的产物2e(异构体B，488mg，69％产率)。
室温下，向起始核苷2e(异构体A)(233mg，0.33mmol)的CH3CN(10mL)溶液中加入Hunig’s碱(173μL，1mmol)和BOP(165mg，0.39mmol)。搅拌5分钟后，用Me2NH(2M的THF溶液)(0.41ml，0.82mmol)处理溶液。用TLC(MeOH:DCM＝1:9v/v)监测反应进程。反应在2小时后终止，届时通过TLC不再可见起始材料。反应混合物在DCM:NaHCO3(1:1)(50mL)之间分配。分离有机层，水层用DCM进一步萃取(2×30mL)。合并的有机萃取物用MgSO4干燥，过滤并减压蒸除易挥发成分。通过Biotag硅胶柱(10g)，使用从DCM:EtOAc(8:2)(v/v)到EtOAc的梯度纯化粗产物2f(R＝NMe2)，为浅黄色泡沫(异构体A，220mg，90％产率)。
对2e(异构体B，249mg)实施相同的反应，并得到了相应的产物2f(异构体B，240mg，92％产率)。
将起始材料2f(异构体A和B的混合物)(455mg，0.61mmol)溶解于THF(2mL)中，并用冰浴冷却至4℃。然后，缓慢加入TBAF(1.0M的THF溶液，5wt.％水，1.0mL，1.0mmol)，历时5分钟。将反应混合物缓慢加热至室温。用TLC(EtOAc)监测反应进程，反应在1小时后终止，届时通过TLC不再可见起始材料。将反应溶液溶解在DCM(30mL)中，并加入NaHCO3(30mL)。将两层分离，并用另外的DCM萃取水层(30mL×2)。合并有机萃取物，干燥(MgSO4)，过滤，并蒸发，得到黄色油。通过Biotag硅胶柱(10g)，使用从DCM:EtOAc 8:2(v/v)到EtOAc再到MeOH:EtOAc(2:8)的梯度纯化粗产物2g，为白色固体(52％产率，160mg)。
相应的三磷酸酯2h的制备以及进一步将染料附接至核碱基上以得到完全功能化的三磷酸核苷(ffN)2i已报导于WO 2004/018497，并通常为本领域技术人员所熟知。
实施例3
带有3’-OH保护基的核苷酸的合成
方案3示例性说明了用于制备具有二氟甲基取代的叠氮基甲基3’-OH保护基的修饰的核苷酸的合成路线。化合物3a-3i使用修饰的胸腺嘧啶(T-PA)作为碱基。可以使用的碱基的其他非限制性实例包括Cbz-PA、ADMF-PA和GPac-PA，其结构显示于上文的方案1中。3b，3c和3d的合成程序描述于实施例2中。
实验程序
于-78℃下，将N-叔丁基苯硫腈氯化物(181mg，0.84mmol)的无水DCM(2ml)溶液缓慢添加至起始核苷3d(异构体A)(490mg，0.7mmol)与DBU(209μL，1.4mmol)的无水DCM(5mL)溶液中。反应混合物于-78℃下搅拌2小时。用TLC(EtOAc:DCM 4:6v/v)监测反应进程。反应在2小时后终止，此时TLC表明仍剩余10％的起始材料，以防止过度反应。将反应混合物在DCM:NaHCO3(1:1)(50mL)之间分配。水层用DCM进一步萃取(2×30mL)。合并有机萃取物，干燥(MgSO4)，过滤、并蒸发，得到黄色油。通过Biotag硅胶柱(10g)，使用从石油醚:EtOAc(8:2)(v/v)到石油醚:EtOAc(2:8)(v/v)的梯度纯化粗产物3e，为浅黄色泡沫(异构体A，250mg，51％产率)。
对3d(异构体B，480mg)实施相同的反应，并得到了相应的产物3e(异构体B，240mg，50％产率)。
于4℃(冰浴)下，将DAST(181mg，0.84mmol)的DCM(2.5mL)溶液缓慢添加至起始核苷3e(异构体A)(342mg，0.49mmol)、EtOH(15μL，0.25mmol)的DCM(2.5mL)溶液中。将反应混合物于4℃下搅拌1小时。用TLC(EtOAc:石油醚＝3:7v/v)监测反应进程。反应在1小时后终止。将反应混合物在DCM:NaHCO3(1:1)(50mL)之间分配。水层用DCM进一步萃取(2×30mL)。合并有机萃取物，干燥(MgSO4)，过滤，并蒸发，得到黄色油。通过Biotag硅胶柱(10g)，使用从石油醚:EtOAc(9:1)(v/v)到石油醚:EtOAc(2:8)(v/v)的梯度纯化粗产物3f，为浅黄色泡沫(异构体A，100mg，28％)。
对3e(异构体B，480mg)实施相同的反应，并得到了相应的产物3f(异构体B，240mg，50％产率)。
将起始材料3f(异构体A)(124mg，0.17mmol)溶解于THF(2mL)中，并用冰浴冷却至4℃。然后，缓慢加入TBAF(1.0M的THF溶液，5wt.％水，255μL，10.255mmol)，历时5分钟。将反应混合物缓慢加热至室温。用TLC(EtOAc)监测反应进程。反应在1小时后终止，届时通过TLC不再可见起始材料。将反应溶液溶解于DCM(30mL)中，并加入到NaHCO3(30mL)中。将两层分离，水层用另外的DCM萃取(30mL×2)。合并有机萃取物，干燥(MgSO4)，过滤，并蒸发，得到黄色油。通过Biotag硅胶柱(4g)，使用从DCM:EtOAc 8:2(v/v)到EtOAc再到MeOH:EtOAc(2:8)的梯度纯化粗产物3g，为浅黄色泡沫(异构体A，54％产率，44mg)。
异构体A：1H NMR(400MHz,d6-DMSO):δ2.24-2.35(m,2H,H-2’),3.56-3.66(m,2H,H-5’),3.96-4.00(m,1H,H-4’),4.23(s,2H,CH2NH),4.33-4.37(m,1H,H-3’),4.85(s,2H,OCH2N3),5.23(t,J＝5.1Hz,1H,5’-OH),6.07(t,J＝6.7Hz,1H,H-1’),8.19(s,1H,H-6),10.09(br s,1H,NH),11.70(br s,1H,NH)。19F NMR:-74.4(CF3),-131.6(CH2F)。
对3f(异构体B，133mg)实施相同的反应，并得到了相应的产物3g(异构体B，48mg，54％产率)。1H NMR(400MHz,d6-DMSO):δ2.27-2.44(m,2H,H-2’),3.58-3.67(m,2H,H-5’),4.00-4.02(m,1H,H-4’),4.24(d,J＝4.1Hz,2H,CH2NH),4.57-4.58(m,1H,H-3’),5.24-5.29(m,2H,5’-OH,OCHN3),6.07-6.34(m,2H,H-1’,CHF2),8.19(s,1H,H-6),10.09(br s,1H,NH),11.70(br s,1H,NH)。19F NMR:-74.2(CF3),-131.4(CH2F)。
相应的三磷酸酯3h的制备以及进一步将染料附接至核碱基上以得到完全功能化的三磷酸核苷(ffN)3i已报导于WO 2004/018497，并通常为本领域技术人员所熟知。
实施例4
3’-OH保护基的热稳定性测试
针对多种3’-OH保护基的热稳定性进行了研究(图1A)。通过在60℃下，加热0.1mM的在pH＝9缓冲液(tis-HCl 50mM，NaCl 50mM，吐温0.05％，Mg2SO4 6mM)中的每种3’-OH被保护的核苷酸来评价热稳定性。选取了多个时间点，并使用HPLC来分析未被封闭的材料的形成。发现-CH2F和-C(O)NHBu的稳定性比标准物叠氮基甲基(-CH2N3)保护基高约2倍。发现-CF2H基团的稳定性比该标准物高约10倍(图1B)。
实施例5
3’-OH保护基的脱保护
又研究了多种3’-OH保护基的脱保护反应速率。将标准物叠氮基甲基保护基的脱保护速率与-CH2F取代的叠氮基甲基和-C(O)NHBu取代的叠氮基甲基进行比较。观察到使用膦(1mM THP)作为脱保护试剂时，相比于所述标准物叠氮基甲基保护基，两种更加热稳定的3’-OH封闭基被更快地除去。见图2A。例如，-CH2F和-C(O)NHBu的半存留期(half-life)分别为8.9分钟和2.9分钟，相比之下叠氮基甲基的半存留期为20.4分钟(图2B)。
实施例6
测序实验
制备具有-CH2F(mono-F)取代的叠氮基甲基3’-OH保护基的修饰的核苷酸，并在Miseq平台上评价了其测序性能。预期3’-OH保护基的增加的稳定性会使得用于测序化学的核苷酸质量更高，并具有更少的污染的3’-未被封闭的核苷酸。在SBS测序试剂盒中3’-未被封闭的核苷酸的存在会因此导致预定相事件，将该预定相事件读为预定相值。
首先使用短的12次循环测序实验来产生定相值和预定相值。根据以下浓度使用mono-F取代的叠氮基甲基保护的ffNs：ffA-染料1(2uM)、ffT-染料2(10uM)、ffC-染料3(2uM)和ffG-染料4(5uM)。mono-F取代的叠氮基甲基基团包括异构体A和B。两种染料——染料2在标准Miseq试剂盒中，而染料5用于标记ffT。表1显示了多种具有mono-F取代的叠氮基甲基的异构体A和B的核苷酸组合，并针对定相影响和预定相影响进行了评价。在所有情况下，预定相值都大幅低于对照——使用标准V2Miseq试剂盒核苷酸作为对照(图3)。
表1
测序质量测试
在Miseq上实施了2×400bp测序，以评价这些核苷酸对于改善测序质量的潜力。根据制造商的说明书(Illumina Inc.，圣迭戈，CA)实施测序运行。标准并入缓冲液被替换为含有全部mono-F封闭的FFN的并入缓冲液，各自具有单独的染料标记：ffA-染料1(2uM)、ffT-染料2(1uM)、ffC-染料3(2uM)和ffG-染料4(5uM)。使用的DNA库由B仙人掌属基因组DNA根据标准TruSeq HT方案来制得。
在两组测序实验中(使用mono-F封闭的异构体A和B)，观察到非常低的预定相值。与低的定相值相联系，在这两组情况中，应用这些新的核苷酸产生了优异的2×400bp测序数据，且>80％的碱基在Q30以上(见图4A异构体A的Q分值，以及图4B异构体B的Q分值图)。这些结果证实了相比Miseq v2试剂盒(2×250bp，在典型的R&D测序实验中80％的碱基>Q30，或者按照规定的说明书，70％的碱基>Q30)具有显著改进。如下文所示，表2综合了当在IMX中使用全部mono-F ffNs-A-异构体时的测序数据。表3综合了在IMX中使用全部mono-FffNs-B-异构体的测序数据。
表2
表3
Claims (23)
1.修饰的核苷酸分子，其包含核碱基和核糖或脱氧核糖糖部分，所述糖部分具有可除去的3’-羟基保护基，所述可除去的3’-羟基保护基形成与所述3’-碳原子共价连接的结构-O-CH(R)N3，其中
R选自-C(R1)m(R2)n、-C(＝O)OR3、-C(＝O)NR4R5、-C(R6)2O(CH2)pNR7R8和-C(R9)2O-Ph-C(＝O)NR10R11；
R1独立地为氢或任选取代的烷基；
R2为卤素；
R3选自氢或任选取代的烷基；
R4和R5各自独立地选自氢、任选取代的烷基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基或任选取代的芳烷基；
R6和R9各自选自氢、任选取代的烷基或卤素；
R7、R8、R10和R11各自独立地选自氢、任选取代的烷基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基或任选取代的芳烷基；
m为0-3的整数；
n为0-3的整数；条件是m+n的总和等于3；以及
p为0-6的整数。
2.如权利要求1所述的修饰的核苷酸分子，其包含脱氧核糖糖部分。
3.如权利要求1或2所述的修饰的核苷酸分子，其中所述核碱基为脱氮嘌呤。
4.如权利要求1-3中任一项权利要求所述的修饰的核苷酸分子，其中R为-CHF2或-CH2F。
5.如权利要求1-3中任一项权利要求所述的修饰的核苷酸分子，其中R为-C(＝O)NR4R5，并且其中R4为氢且R5为C1-6烷基。
6.如权利要求1-5中任一项权利要求所述的修饰的核苷酸分子，其中所述核碱基经由可裂解的连接基团与可检测标记连接。
7.如权利要求6所述的修饰的核苷酸分子，其中所述可裂解的连接基团为对酸不稳定的、对光不稳定的或包含二硫部分。
8.如权利要求7所述的修饰的核苷酸分子，其中所述可裂解的连接基团包含二硫部分。
9.如权利要求6所述的修饰的核苷酸分子，其中所述可裂解的连接基团包含与所述3’-羟基保护基相似的部分。
10.如权利要求6-9中任一项权利要求所述的修饰的核苷酸分子，其中所述可裂解的连接基团在与所述3’-羟基保护基相同的条件下裂解。
11.如权利要求6-10中任一项权利要求所述的修饰的核苷酸分子，其中所述可检测标记为荧光团。
12.包含核苷酸残基的寡核苷酸，其中所述核苷酸残基包含如权利要求1-11中任一项权利要求所述的修饰的核苷酸。
13.如权利要求12所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸与固相载体连接。
14.制备在测序反应中与目标单链多核苷酸互补的生长的多核苷酸的方法，其包括将权利要求1-11中任一项权利要求所述的修饰的核苷酸分子并入所述生长的互补多核苷酸，其中所述修饰的核苷酸的并入防止了任何后续的核苷酸引入所述生长的互补多核苷酸中。
15.如权利要求14所述的方法，其中所述修饰的核苷酸分子的并入通过末端转移酶、末端聚合酶或逆转录酶来实现。
16.如权利要求14或15所述的方法，其中所述修饰的核苷酸分子的并入通过末端聚合酶来实现。
17.测定目标单链多核苷酸的序列的方法，其包括
监测互补核苷酸的顺序并入，其中并入的至少一个互补核苷酸是权利要求6-11中任一项权利要求所述的修饰的核苷酸分子；以及
检测所述修饰的核苷酸分子的特性。
18.如权利要求17所述的方法，其中通过检测所述可检测标记来测定所述修饰的核苷酸的特性。
19.如权利要求17或18所述的方法，其中在引入所述下一个互补核苷酸之前，将所述3’-羟基保护基和所述可检测标记除去。
20.如权利要求19所述的方法，其中所述3’-羟基保护基和所述可检测标记在单步的化学反应中除去。
21.试剂盒，包含多个权利要求1-11中任一项权利要求所述的修饰的核苷酸分子，其中各个所述修饰的核苷酸分子包含不同的可检测标记。
22.如权利要求21所述的试剂盒，包含四个修饰的核苷酸分子，其中各个所述修饰的核苷酸分子包含脱氧核糖糖部分。
23.如权利要求21或22所述的试剂盒，还包含酶和适合于所述酶的作用的缓冲液。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201810612398.2A CN108864232B (zh) | 2013-03-15 | 2013-03-15 | 修饰的核苷或核苷酸 |
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201380076386.8A CN105377869B (zh) | 2013-03-15 | 2013-03-15 | 修饰的核苷或核苷酸 |
| CN201810612398.2A CN108864232B (zh) | 2013-03-15 | 2013-03-15 | 修饰的核苷或核苷酸 |
| PCT/EP2013/055466 WO2014139596A1 (en) | 2013-03-15 | 2013-03-15 | Modified nucleosides or nucleotides |
Related Parent Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201380076386.8A Division CN105377869B (zh) | 2013-03-15 | 2013-03-15 | 修饰的核苷或核苷酸 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN108864232A true CN108864232A (zh) | 2018-11-23 |
| CN108864232B CN108864232B (zh) | 2022-01-04 |
Family
ID=47915189
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201380076386.8A Active CN105377869B (zh) | 2013-03-15 | 2013-03-15 | 修饰的核苷或核苷酸 |
| CN201810612398.2A Active CN108864232B (zh) | 2013-03-15 | 2013-03-15 | 修饰的核苷或核苷酸 |
Family Applications Before (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201380076386.8A Active CN105377869B (zh) | 2013-03-15 | 2013-03-15 | 修饰的核苷或核苷酸 |
Country Status (11)
| Country | Link |
|---|---|
| US (3) | US9593373B2 (zh) |
| EP (2) | EP2970356B1 (zh) |
| JP (1) | JP6333297B2 (zh) |
| KR (2) | KR102230831B1 (zh) |
| CN (2) | CN105377869B (zh) |
| AU (1) | AU2013382358B2 (zh) |
| BR (1) | BR112015022448B1 (zh) |
| CA (1) | CA2903095C (zh) |
| DK (1) | DK2970356T3 (zh) |
| ES (1) | ES2685549T3 (zh) |
| WO (1) | WO2014139596A1 (zh) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2021031109A1 (zh) * | 2019-08-20 | 2021-02-25 | 深圳华大智造极创科技有限公司 | 一种基于发光标记物光信号动力学及二次发光信号对多核苷酸进行测序的方法 |
| CN115867560A (zh) * | 2020-06-22 | 2023-03-28 | 伊鲁米纳剑桥有限公司 | 具有3’缩醛封端基团的核苷与核苷酸 |
Families Citing this family (71)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB0129012D0 (en) | 2001-12-04 | 2002-01-23 | Solexa Ltd | Labelled nucleotides |
| US7414116B2 (en) | 2002-08-23 | 2008-08-19 | Illumina Cambridge Limited | Labelled nucleotides |
| WO2004018497A2 (en) | 2002-08-23 | 2004-03-04 | Solexa Limited | Modified nucleotides for polynucleotide sequencing |
| US11008359B2 (en) | 2002-08-23 | 2021-05-18 | Illumina Cambridge Limited | Labelled nucleotides |
| JP6333297B2 (ja) | 2013-03-15 | 2018-05-30 | イルミナ ケンブリッジ リミテッド | 修飾ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオチド |
| CN107074904B (zh) | 2014-10-23 | 2022-12-23 | 深圳华大智造科技股份有限公司 | 信号约束测序(scs)和用于信号约束测序的核苷酸类似物 |
| CA3188941A1 (en) * | 2014-10-31 | 2016-05-06 | Illumina Cambridge Limited | Polymers and dna copolymer coatings |
| WO2017058953A1 (en) | 2015-09-28 | 2017-04-06 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Design and synthesis of novel disulfide linker based nucleotides as reversible terminators for dna sequencing by synthesis |
| EP3463381A4 (en) | 2016-05-23 | 2020-01-01 | The Trustees of Columbia University in the City of New York | NUCLEOTIDE DERIVATIVES AND THEIR METHODS OF USE |
| US10385214B2 (en) | 2016-09-30 | 2019-08-20 | Illumina Cambridge Limited | Fluorescent dyes and their uses as biomarkers |
| WO2018107350A1 (zh) * | 2016-12-13 | 2018-06-21 | 深圳华大基因研究院 | 提纯可逆阻断脱氧核糖核苷三磷酸的方法和测序方法 |
| EP4257596A3 (en) | 2016-12-22 | 2023-12-06 | Illumina Cambridge Limited | Coumarin compounds and their uses as fluorescent labels |
| CN108239669B (zh) * | 2016-12-23 | 2021-03-16 | 深圳华大智造科技股份有限公司 | 检测可逆性阻断dNTP中非阻断杂质含量的方法和试剂盒 |
| EP3596099B1 (en) | 2017-03-06 | 2024-07-24 | Singular Genomics Systems, Inc. | Nucleic acid sequencing-by-synthesis (sbs) methods that combine sbs cycle steps |
| US12018325B2 (en) | 2017-03-28 | 2024-06-25 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | 3′-O-modified nucleotide analogues with different cleavable linkers for attaching fluorescent labels to the base for DNA sequencing by synthesis |
| CN110785492B (zh) | 2017-04-23 | 2024-04-30 | 伊鲁米纳剑桥有限公司 | 用于改进编索引的核酸文库中的样品鉴定的组合物和方法 |
| CN110785497A (zh) | 2017-04-23 | 2020-02-11 | 伊鲁米纳剑桥有限公司 | 用于改进编索引的核酸文库中的样品鉴定的组合物和方法 |
| DK3615691T3 (da) | 2017-04-23 | 2021-07-26 | Illumina Inc | Sammensætninger og fremgangsmåder til forbedring af prøveidentifikation i indekserede nukleinsyrebiblioteker |
| ES2941083T3 (es) | 2017-08-01 | 2023-05-16 | Mgi Tech Co Ltd | Método de secuenciación de ácidos nucleicos |
| GB201716931D0 (en) | 2017-10-16 | 2017-11-29 | Illumina Cambridge Ltd | New fluorescent compounds and their use as biomarkers |
| WO2019164977A1 (en) * | 2018-02-21 | 2019-08-29 | Singular Genomics Systems, Inc. | Fluorinated nucleotides and uses thereof |
| EP4415355A3 (en) | 2018-03-15 | 2024-09-04 | Magic Leap, Inc. | Image correction due to deformation of components of a viewing device |
| US12188086B2 (en) | 2018-03-15 | 2025-01-07 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Nucleotide analogues and use thereof for nucleic acid sequencing and analysis preliminary class |
| BR112019027944A2 (pt) | 2018-05-15 | 2020-12-01 | Illumina, Inc. | composições e métodos para clivagem química e desproteção de oligonucleotídeos ligados à superfície |
| US12145960B2 (en) | 2018-10-25 | 2024-11-19 | Singular Genomics Systems, Inc. | Nucleotide analogues |
| JP7332235B2 (ja) | 2018-11-07 | 2023-08-23 | イージーアイ テック （シェン チェン） カンパニー， リミテッド | ポリヌクレオチドを配列決定する方法 |
| KR20210098844A (ko) | 2018-12-05 | 2021-08-11 | 일루미나, 인코포레이티드 | 중합효소, 조성물, 및 사용 방법 |
| AU2019411266B2 (en) * | 2018-12-17 | 2025-06-26 | Illumina Cambridge Limited | Compositions for use in polyunucleotide sequencing |
| JP7153140B2 (ja) * | 2018-12-19 | 2022-10-13 | エフ．ホフマン－ラ ロシュ アーゲー | ３’保護ヌクレオチド |
| US11293061B2 (en) | 2018-12-26 | 2022-04-05 | Illumina Cambridge Limited | Sequencing methods using nucleotides with 3′ AOM blocking group |
| WO2020146397A1 (en) | 2019-01-08 | 2020-07-16 | Singular Genomics Systems, Inc. | Nucleotide cleavable linkers and uses thereof |
| IL279660B2 (en) | 2019-03-01 | 2024-10-01 | Illumina Cambridge Ltd | Tertiary amine substituted coumarin compounds and their uses as fluorescent labels |
| WO2020178231A1 (en) | 2019-03-01 | 2020-09-10 | Illumina, Inc. | Multiplexed fluorescent detection of analytes |
| NL2023327B1 (en) | 2019-03-01 | 2020-09-17 | Illumina Inc | Multiplexed fluorescent detection of analytes |
| JP7587424B2 (ja) | 2019-03-01 | 2024-11-20 | イルミナ ケンブリッジ リミテッド | 環外アミン置換クマリン化合物およびそれらの蛍光標識としての使用 |
| US11421271B2 (en) | 2019-03-28 | 2022-08-23 | Illumina Cambridge Limited | Methods and compositions for nucleic acid sequencing using photoswitchable labels |
| SG11202111778YA (en) | 2019-05-15 | 2021-12-30 | Egi Tech Shen Zhen Co Limited | Single-channel sequencing method based on self-luminescence |
| AU2020389779A1 (en) | 2019-11-27 | 2022-05-26 | Illumina Cambridge Limited | Cyclooctatetraene containing dyes and compositions |
| WO2021216998A1 (en) | 2020-04-24 | 2021-10-28 | Singular Genomics Systems, Inc. | Modified nucleotides and uses thereof |
| US11981964B2 (en) | 2020-07-28 | 2024-05-14 | Illumina Cambridge Limited | Substituted coumarin dyes and uses as fluorescent labels |
| WO2022083686A1 (zh) * | 2020-10-21 | 2022-04-28 | 深圳华大生命科学研究院 | 修饰的核苷或核苷酸 |
| US20220195516A1 (en) | 2020-12-17 | 2022-06-23 | Illumina Cambridge Limited | Methods, systems and compositions for nucleic acid sequencing |
| US20220195196A1 (en) | 2020-12-17 | 2022-06-23 | Illumina Cambridge Limited | Alkylpyridinium coumarin dyes and uses in sequencing applications |
| US20220195517A1 (en) | 2020-12-17 | 2022-06-23 | Illumina Cambridge Limited | Long stokes shift chromenoquinoline dyes and uses in sequencing applications |
| US20220195518A1 (en) | 2020-12-22 | 2022-06-23 | Illumina Cambridge Limited | Methods and compositions for nucleic acid sequencing |
| CA3215598A1 (en) | 2021-05-05 | 2022-11-10 | Michael Callingham | Fluorescent dyes containing bis-boron fused heterocycles and uses in sequencing |
| JP2024520279A (ja) * | 2021-05-26 | 2024-05-24 | イルミナ インコーポレイテッド | ３’－ブロック化ヌクレオチドの精製及び重合 |
| WO2022272260A1 (en) | 2021-06-23 | 2022-12-29 | Illumina, Inc. | Compositions, methods, kits, cartridges, and systems for sequencing reagents |
| US12077789B2 (en) | 2021-08-14 | 2024-09-03 | Illumina, Inc. | Polymerases, compositions, and methods of use |
| WO2023035110A1 (zh) | 2021-09-07 | 2023-03-16 | 深圳华大智造科技股份有限公司 | 一种用于分析靶多核苷酸的序列的方法 |
| US20240376537A1 (en) | 2021-09-07 | 2024-11-14 | Mgi Tech Co., Ltd. | Method for analyzing sequence of target polynucleotide |
| WO2023107673A2 (en) | 2021-12-10 | 2023-06-15 | Singular Genomics Systems, Inc. | Cleavable disulfide linkers and uses thereof |
| AU2023246676A1 (en) | 2022-03-28 | 2024-01-18 | Illumina Inc. | Labeled avidin and methods for sequencing |
| EP4499872A1 (en) | 2022-03-29 | 2025-02-05 | Illumina, Inc. | Systems and methods of sequencing polynucleotides |
| AU2023246851A1 (en) | 2022-03-31 | 2024-01-18 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for improving sequencing signals |
| WO2023192900A1 (en) | 2022-03-31 | 2023-10-05 | Illumina Singapore Pte. Ltd. | Nucleosides and nucleotides with 3' vinyl blocking group useful in sequencing by synthesis |
| WO2023232829A1 (en) | 2022-05-31 | 2023-12-07 | Illumina, Inc | Compositions and methods for nucleic acid sequencing |
| CN119604513A (zh) | 2022-06-28 | 2025-03-11 | 因美纳公司 | 含有稠合四环双硼杂环的荧光染料及其在测序中的用途 |
| CN119213083A (zh) | 2022-09-30 | 2024-12-27 | 伊路米纳有限公司 | 用于减少测序期间的光损伤的组合物和方法 |
| WO2024123866A1 (en) | 2022-12-09 | 2024-06-13 | Illumina, Inc. | Nucleosides and nucleotides with 3´ blocking groups and cleavable linkers |
| AU2023419253A1 (en) | 2022-12-27 | 2024-10-03 | Illumina, Inc. | Methods of sequencing using 3´ allyl blocked nucleotides |
| AU2024247164A1 (en) | 2023-03-29 | 2024-12-12 | Illumina, Inc. | Naphthalimide dyes and uses in nucleic acid sequencing |
| CN119061122A (zh) | 2023-05-30 | 2024-12-03 | 深圳市真迈生物科技有限公司 | 单分子测序方法 |
| US20250075269A1 (en) | 2023-08-31 | 2025-03-06 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for nucleic acid sequencing |
| US20250137048A1 (en) | 2023-10-26 | 2025-05-01 | Illumina, Inc. | 4,5-substituted naphthalimide dyes and uses in nucleic acid sequencing |
| WO2025106715A1 (en) | 2023-11-17 | 2025-05-22 | Illumina, Inc. | Conjugated polymers or polymer dots as fluorescent labels |
| US20250197933A1 (en) | 2023-12-18 | 2025-06-19 | Illumina, Inc. | Hydrogel nanoparticles as labeling scaffold in sequencing |
| CN117867664B (zh) * | 2023-12-25 | 2024-11-26 | 康龙化成(宁波)科技发展有限公司 | 一种On-DNA亚磺酰亚胺类化合物及其合成方法 |
| US20250215493A1 (en) | 2023-12-28 | 2025-07-03 | Illumina, Inc. | Nucleotides with enzymatically cleavable 3'-o-glycoside blocking groups for sequencing |
| WO2025144711A1 (en) | 2023-12-29 | 2025-07-03 | Illumina, Inc. | Tricyclic polymethine dyes for nucleic acid sequencing |
| CN117886850B (zh) * | 2024-03-14 | 2024-07-05 | 深圳赛陆医疗科技有限公司 | 一种叠氮化合物的制备方法 |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN1617937A (zh) * | 2001-12-04 | 2005-05-18 | 索雷克萨有限公司 | 标记过的核苷酸 |
| WO2009054922A1 (en) * | 2007-10-19 | 2009-04-30 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Dna sequencing with non-fluorescent nucleotide reversible terminators and cleavable label modified nucleotide terminators |
| WO2012083249A2 (en) * | 2010-12-17 | 2012-06-21 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Dna sequencing by synthesis using modified nucleotides and nanopore detection |
| WO2012162429A2 (en) * | 2011-05-23 | 2012-11-29 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Dna sequencing by synthesis using raman and infrared spectroscopy detection |
Family Cites Families (174)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4711955A (en) | 1981-04-17 | 1987-12-08 | Yale University | Modified nucleotides and methods of preparing and using same |
| US5175269A (en) | 1984-01-30 | 1992-12-29 | Enzo Diagnostics, Inc. | Compound and detectable molecules having an oligo- or polynucleotide with modifiable reactive group |
| US5118605A (en) | 1984-10-16 | 1992-06-02 | Chiron Corporation | Polynucleotide determination with selectable cleavage sites |
| US4824775A (en) | 1985-01-03 | 1989-04-25 | Molecular Diagnostics, Inc. | Cells labeled with multiple Fluorophores bound to a nucleic acid carrier |
| US4772691A (en) | 1985-06-05 | 1988-09-20 | The Medical College Of Wisconsin, Inc. | Chemically cleavable nucleotides |
| US4863849A (en) | 1985-07-18 | 1989-09-05 | New York Medical College | Automatable process for sequencing nucleotide |
| US4888274A (en) | 1985-09-18 | 1989-12-19 | Yale University | RecA nucleoprotein filament and methods |
| US5047519A (en) | 1986-07-02 | 1991-09-10 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Alkynylamino-nucleotides |
| US5151507A (en) | 1986-07-02 | 1992-09-29 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Alkynylamino-nucleotides |
| US5242796A (en) | 1986-07-02 | 1993-09-07 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Method, system and reagents for DNA sequencing |
| US4900686A (en) | 1987-04-02 | 1990-02-13 | Polaroid Corporation | Fluorescent conjugates and biological diagnostic assay |
| GB8810400D0 (en) | 1988-05-03 | 1988-06-08 | Southern E | Analysing polynucleotide sequences |
| SE8801070D0 (sv) | 1988-03-23 | 1988-03-23 | Pharmacia Ab | Method for immobilizing a dna sequence on a solid support |
| US4971903A (en) | 1988-03-25 | 1990-11-20 | Edward Hyman | Pyrophosphate-based method and apparatus for sequencing nucleic acids |
| US5174962A (en) | 1988-06-20 | 1992-12-29 | Genomyx, Inc. | Apparatus for determining DNA sequences by mass spectrometry |
| GB8822228D0 (en) | 1988-09-21 | 1988-10-26 | Southern E M | Support-bound oligonucleotides |
| GB8910880D0 (en) | 1989-05-11 | 1989-06-28 | Amersham Int Plc | Sequencing method |
| US6346413B1 (en) | 1989-06-07 | 2002-02-12 | Affymetrix, Inc. | Polymer arrays |
| US5547839A (en) | 1989-06-07 | 1996-08-20 | Affymax Technologies N.V. | Sequencing of surface immobilized polymers utilizing microflourescence detection |
| US5800992A (en) | 1989-06-07 | 1998-09-01 | Fodor; Stephen P.A. | Method of detecting nucleic acids |
| DE3924454A1 (de) | 1989-07-24 | 1991-02-07 | Cornelis P Prof Dr Hollenberg | Die anwendung von dna und dna-technologie fuer die konstruktion von netzwerken zur verwendung in der chip-konstruktion und chip-produktion (dna chips) |
| US5302509A (en) | 1989-08-14 | 1994-04-12 | Beckman Instruments, Inc. | Method for sequencing polynucleotides |
| WO1991006678A1 (en) | 1989-10-26 | 1991-05-16 | Sri International | Dna sequencing |
| WO1993005183A1 (en) | 1991-09-09 | 1993-03-18 | Baylor College Of Medicine | Method and device for rapid dna or rna sequencing determination by a base addition sequencing scheme |
| ATE148889T1 (de) | 1991-09-18 | 1997-02-15 | Affymax Tech Nv | Verfahren zur synthese der verschiedenen sammlungen von oligomeren |
| EP0916396B1 (en) | 1991-11-22 | 2005-04-13 | Affymetrix, Inc. (a Delaware Corporation) | Combinatorial strategies for polymer synthesis |
| DE4141178A1 (de) | 1991-12-13 | 1993-06-17 | Europ Lab Molekularbiolog | Verfahren zur sequenzierung von nukleinsaeuren |
| EP0675966B1 (en) | 1992-02-19 | 2004-10-06 | The Public Health Research Institute Of The City Of New York, Inc. | Novel oligonucleotide arrays and their use for sorting, isolating, sequencing, and manipulating nucleic acids |
| GB9208733D0 (en) | 1992-04-22 | 1992-06-10 | Medical Res Council | Dna sequencing method |
| GB9210176D0 (en) | 1992-05-12 | 1992-06-24 | Cemu Bioteknik Ab | Chemical method |
| US5583211A (en) | 1992-10-29 | 1996-12-10 | Beckman Instruments, Inc. | Surface activated organic polymers useful for location - specific attachment of nucleic acids, peptides, proteins and oligosaccharides |
| US5436143A (en) | 1992-12-23 | 1995-07-25 | Hyman; Edward D. | Method for enzymatic synthesis of oligonucleotides |
| US5516664A (en) | 1992-12-23 | 1996-05-14 | Hyman; Edward D. | Enzymatic synthesis of repeat regions of oligonucleotides |
| US6074823A (en) | 1993-03-19 | 2000-06-13 | Sequenom, Inc. | DNA sequencing by mass spectrometry via exonuclease degradation |
| FR2703052B1 (fr) | 1993-03-26 | 1995-06-02 | Pasteur Institut | Nouvelle méthode de séquençage d'acides nucléiques. |
| US5959089A (en) | 1993-07-19 | 1999-09-28 | Hannessian; Stephen | Amino-cyclodextrin syntheses |
| GB9315847D0 (en) | 1993-07-30 | 1993-09-15 | Isis Innovation | Tag reagent and assay method |
| US5547859A (en) | 1993-08-02 | 1996-08-20 | Goodman; Myron F. | Chain-terminating nucleotides for DNA sequencing methods |
| US5472672A (en) | 1993-10-22 | 1995-12-05 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Apparatus and method for polymer synthesis using arrays |
| DE69433180T2 (de) | 1993-10-26 | 2004-06-24 | Affymetrix, Inc., Santa Clara | Felder von nukleinsaeuresonden auf biologischen chips |
| US6156501A (en) | 1993-10-26 | 2000-12-05 | Affymetrix, Inc. | Arrays of modified nucleic acid probes and methods of use |
| US5429807A (en) | 1993-10-28 | 1995-07-04 | Beckman Instruments, Inc. | Method and apparatus for creating biopolymer arrays on a solid support surface |
| DE69426731T2 (de) | 1993-11-17 | 2001-06-28 | Amersham Pharmacia Biotech Uk Ltd., Little Chalfont | Verfahren zur massenspektroskopischen sequenzanalyse einer nukleinsäure mittels primerverlängerung |
| US5552278A (en) | 1994-04-04 | 1996-09-03 | Spectragen, Inc. | DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage |
| US5807522A (en) | 1994-06-17 | 1998-09-15 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods for fabricating microarrays of biological samples |
| US5808045A (en) | 1994-09-02 | 1998-09-15 | Andrew C. Hiatt | Compositions for enzyme catalyzed template-independent creation of phosphodiester bonds using protected nucleotides |
| US6232465B1 (en) | 1994-09-02 | 2001-05-15 | Andrew C. Hiatt | Compositions for enzyme catalyzed template-independent creation of phosphodiester bonds using protected nucleotides |
| US5872244A (en) | 1994-09-02 | 1999-02-16 | Andrew C. Hiatt | 3' protected nucleotides for enzyme catalyzed template-independent creation of phosphodiester bonds |
| US6214987B1 (en) | 1994-09-02 | 2001-04-10 | Andrew C. Hiatt | Compositions for enzyme catalyzed template-independent formation of phosphodiester bonds using protected nucleotides |
| US5763594A (en) | 1994-09-02 | 1998-06-09 | Andrew C. Hiatt | 3' protected nucleotides for enzyme catalyzed template-independent creation of phosphodiester bonds |
| US6013445A (en) | 1996-06-06 | 2000-01-11 | Lynx Therapeutics, Inc. | Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors |
| US5604097A (en) | 1994-10-13 | 1997-02-18 | Spectragen, Inc. | Methods for sorting polynucleotides using oligonucleotide tags |
| CA2202480A1 (en) | 1994-10-14 | 1996-04-25 | Jane Charlotte Moores | Porphyrin labeling of polynucleotides |
| US5556752A (en) | 1994-10-24 | 1996-09-17 | Affymetrix, Inc. | Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA |
| US5681940A (en) | 1994-11-02 | 1997-10-28 | Icn Pharmaceuticals | Sugar modified nucleosides and oligonucleotides |
| DE4438918A1 (de) | 1994-11-04 | 1996-05-09 | Hoechst Ag | Modifizierte Oligonukleotide, deren Herstellung sowie deren Verwendung |
| SE9500342D0 (sv) | 1995-01-31 | 1995-01-31 | Marek Kwiatkowski | Novel chain terminators, the use thereof for nucleic acid sequencing and synthesis and a method of their preparation |
| AU5171696A (en) | 1995-02-27 | 1996-09-18 | Ely Michael Rabani | Device, compounds, algorithms, and methods of molecular characterization and manipulation with molecular parallelism |
| US5750341A (en) | 1995-04-17 | 1998-05-12 | Lynx Therapeutics, Inc. | DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions |
| US5624711A (en) | 1995-04-27 | 1997-04-29 | Affymax Technologies, N.V. | Derivatization of solid supports and methods for oligomer synthesis |
| EP0745686A1 (en) | 1995-06-01 | 1996-12-04 | Roche Diagnostics GmbH | The use of DNA polymerase 3'-intrinsic editing activity |
| US5545531A (en) | 1995-06-07 | 1996-08-13 | Affymax Technologies N.V. | Methods for making a device for concurrently processing multiple biological chip assays |
| US5728528A (en) | 1995-09-20 | 1998-03-17 | The Regents Of The University Of California | Universal spacer/energy transfer dyes |
| DE69638321D1 (de) | 1995-10-11 | 2011-03-03 | Luminex Corp | Gleichzeitige mehrfachanalyse klinischer proben |
| US5658734A (en) | 1995-10-17 | 1997-08-19 | International Business Machines Corporation | Process for synthesizing chemical compounds |
| EP0992511B1 (en) | 1996-01-23 | 2009-03-11 | Operon Biotechnologies, Inc. | Methods and compositions for determining the sequence of nucleic acid molecules |
| US6613508B1 (en) | 1996-01-23 | 2003-09-02 | Qiagen Genomics, Inc. | Methods and compositions for analyzing nucleic acid molecules utilizing sizing techniques |
| US6312893B1 (en) | 1996-01-23 | 2001-11-06 | Qiagen Genomics, Inc. | Methods and compositions for determining the sequence of nucleic acid molecules |
| US6458530B1 (en) | 1996-04-04 | 2002-10-01 | Affymetrix Inc. | Selecting tag nucleic acids |
| US6005125A (en) | 1996-05-06 | 1999-12-21 | Rutgers The State University Of New Jersey | Universal allyl linker for solid-phase nucleic acid synthesis |
| US5821356A (en) | 1996-08-12 | 1998-10-13 | The Perkin Elmer Corporation | Propargylethoxyamino nucleotides |
| US5921971A (en) | 1996-09-13 | 1999-07-13 | Boston Scientific Corporation | Single operator exchange biliary catheter |
| GB9620209D0 (en) | 1996-09-27 | 1996-11-13 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
| US5885775A (en) | 1996-10-04 | 1999-03-23 | Perseptive Biosystems, Inc. | Methods for determining sequences information in polynucleotides using mass spectrometry |
| GB9626815D0 (en) | 1996-12-23 | 1997-02-12 | Cemu Bioteknik Ab | Method of sequencing DNA |
| CA2277545A1 (en) | 1997-01-08 | 1998-07-16 | Proligo Llc | Bioconjugation of oligonucleotides |
| US6046005A (en) | 1997-01-15 | 2000-04-04 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid sequencing with solid phase capturable terminators comprising a cleavable linking group |
| US6297006B1 (en) | 1997-01-16 | 2001-10-02 | Hyseq, Inc. | Methods for sequencing repetitive sequences and for determining the order of sequence subfragments |
| WO1998033939A1 (fr) | 1997-01-31 | 1998-08-06 | Hitachi, Ltd. | Procede pour determiner une sequence de base d'acide nucleique et appareil correspondant |
| WO1998035012A2 (en) | 1997-02-12 | 1998-08-13 | Chan Eugene Y | Methods and products for analyzing polymers |
| US6544797B1 (en) | 1997-04-09 | 2003-04-08 | Biosite Diagnostics, Inc. | Compositions and methods for inhibiting light-induced inactivation of biological reagents |
| JP3489991B2 (ja) | 1997-07-07 | 2004-01-26 | 理化学研究所 | ３’−デオキシリボヌクレオチド誘導体 |
| BR9812270A (pt) | 1997-07-28 | 2000-07-18 | Medical Biosystems Ltd | Análise de sequência de ácido nuclêico |
| US6008379A (en) | 1997-10-01 | 1999-12-28 | The Perkin-Elmer Corporation | Aromatic-substituted xanthene dyes |
| US6485944B1 (en) | 1997-10-10 | 2002-11-26 | President And Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
| US6511803B1 (en) | 1997-10-10 | 2003-01-28 | President And Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
| JP2001519538A (ja) | 1997-10-10 | 2001-10-23 | プレジデント・アンド・フェローズ・オブ・ハーバード・カレッジ | 核酸アレイのレプリカ増幅 |
| GB9815163D0 (en) | 1998-07-13 | 1998-09-09 | Brax Genomics Ltd | Compounds |
| US6087102A (en) | 1998-01-07 | 2000-07-11 | Clontech Laboratories, Inc. | Polymeric arrays and methods for their use in binding assays |
| US6287776B1 (en) | 1998-02-02 | 2001-09-11 | Signature Bioscience, Inc. | Method for detecting and classifying nucleic acid hybridization |
| JP3944996B2 (ja) | 1998-03-05 | 2007-07-18 | 株式会社日立製作所 | Ｄｎａプローブアレー |
| CA2325399A1 (en) | 1998-03-23 | 1999-09-30 | Invitrogen Corporation | Modified nucleotides and methods useful for nucleic acid sequencing |
| CA2330673C (en) | 1998-05-01 | 2009-05-26 | Arizona Board Of Regents | Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and dna molecules |
| US6780591B2 (en) | 1998-05-01 | 2004-08-24 | Arizona Board Of Regents | Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules |
| US6096875A (en) | 1998-05-29 | 2000-08-01 | The Perlein-Elmer Corporation | Nucleotide compounds including a rigid linker |
| US6218530B1 (en) | 1998-06-02 | 2001-04-17 | Ambergen Inc. | Compounds and methods for detecting biomolecules |
| US6287821B1 (en) | 1998-06-11 | 2001-09-11 | Orchid Biosciences, Inc. | Nucleotide analogues with 3'-pro-fluorescent fluorophores in nucleic acid sequence analysis |
| US6031078A (en) | 1998-06-16 | 2000-02-29 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | MTbx protein and nucleic acid molecules and uses therefor |
| US6335155B1 (en) | 1998-06-26 | 2002-01-01 | Sunesis Pharmaceuticals, Inc. | Methods for rapidly identifying small organic molecule ligands for binding to biological target molecules |
| US6218118B1 (en) | 1998-07-09 | 2001-04-17 | Agilent Technologies, Inc. | Method and mixture reagents for analyzing the nucleotide sequence of nucleic acids by mass spectrometry |
| JP2002521064A (ja) | 1998-07-30 | 2002-07-16 | ソレックサ リミテッド | アレイ生体分子およびシークエンシングにおけるその使用 |
| US6787308B2 (en) | 1998-07-30 | 2004-09-07 | Solexa Ltd. | Arrayed biomolecules and their use in sequencing |
| GB0002310D0 (en) | 2000-02-01 | 2000-03-22 | Solexa Ltd | Polynucleotide sequencing |
| DE19844931C1 (de) | 1998-09-30 | 2000-06-15 | Stefan Seeger | Verfahren zur DNS- oder RNS-Sequenzierung |
| US6277628B1 (en) | 1998-10-02 | 2001-08-21 | Incyte Genomics, Inc. | Linear microarrays |
| US6221592B1 (en) | 1998-10-20 | 2001-04-24 | Wisconsin Alumi Research Foundation | Computer-based methods and systems for sequencing of individual nucleic acid molecules |
| US6451525B1 (en) | 1998-12-03 | 2002-09-17 | Pe Corporation (Ny) | Parallel sequencing method |
| US6232075B1 (en) | 1998-12-14 | 2001-05-15 | Li-Cor, Inc. | Heterogeneous assay for pyrophosphate detection |
| US6380378B1 (en) | 1998-12-24 | 2002-04-30 | Toagosei Company, Ltd. | Nucleotide compound, nucleotide block oligonucleotide, and method for producing them |
| US6087112A (en) | 1998-12-30 | 2000-07-11 | Oligos Etc. Inc. | Arrays with modified oligonucleotide and polynucleotide compositions |
| EP2177627B1 (en) | 1999-02-23 | 2012-05-02 | Caliper Life Sciences, Inc. | Manipulation of microparticles in microfluidic systems |
| WO2000053805A1 (en) | 1999-03-10 | 2000-09-14 | Asm Scientific, Inc. | A method for direct nucleic acid sequencing |
| US6355431B1 (en) | 1999-04-20 | 2002-03-12 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid amplification reactions using bead arrays |
| WO2000063437A2 (en) | 1999-04-20 | 2000-10-26 | Illumina, Inc. | Detection of nucleic acid reactions on bead arrays |
| US20050181440A1 (en) | 1999-04-20 | 2005-08-18 | Illumina, Inc. | Nucleic acid sequencing using microsphere arrays |
| US7037654B2 (en) | 1999-04-30 | 2006-05-02 | Aclara Biosciences, Inc. | Methods and compositions for enhancing detection in determinations employing cleavable electrophoretic tag reagents |
| US7056661B2 (en) | 1999-05-19 | 2006-06-06 | Cornell Research Foundation, Inc. | Method for sequencing nucleic acid molecules |
| US6750357B1 (en) | 1999-06-25 | 2004-06-15 | Syngen, Inc. | Rhodamine-based fluorophores useful as labeling reagents |
| US6818395B1 (en) | 1999-06-28 | 2004-11-16 | California Institute Of Technology | Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences |
| US6242193B1 (en) | 1999-07-30 | 2001-06-05 | Hitachi, Ltd. | Apparatus for determining base sequence of nucleic acid |
| US6982146B1 (en) | 1999-08-30 | 2006-01-03 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | High speed parallel molecular nucleic acid sequencing |
| AU7086800A (en) | 1999-08-30 | 2001-03-26 | Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services, The | High speed parallel molecular nucleic acid sequencing |
| US6274320B1 (en) | 1999-09-16 | 2001-08-14 | Curagen Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
| US7244559B2 (en) | 1999-09-16 | 2007-07-17 | 454 Life Sciences Corporation | Method of sequencing a nucleic acid |
| AU7537200A (en) | 1999-09-29 | 2001-04-30 | Solexa Ltd. | Polynucleotide sequencing |
| US6309836B1 (en) | 1999-10-05 | 2001-10-30 | Marek Kwiatkowski | Compounds for protecting hydroxyls and methods for their use |
| AU1471001A (en) | 1999-11-04 | 2001-05-14 | California Institute Of Technology | Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences |
| WO2001048184A2 (de) | 1999-12-23 | 2001-07-05 | Axaron Bioscience Ag | Verfahren zur parallelen sequenzierung eines nukleinsäuregemisches an einer oberfläche |
| GB0002389D0 (en) | 2000-02-02 | 2000-03-22 | Solexa Ltd | Molecular arrays |
| US6770441B2 (en) | 2000-02-10 | 2004-08-03 | Illumina, Inc. | Array compositions and methods of making same |
| WO2001060315A2 (en) | 2000-02-18 | 2001-08-23 | Shire Biochem Inc. | Method for the treatment or prevention of flavivirus infections using nucleoside analogues |
| WO2001073121A1 (fr) | 2000-03-30 | 2001-10-04 | Toyota Jidosha Kabushiki Kaisha | Procede pour determiner une sequence de base d'une molecule individuelle d'acide nucleique |
| GB0013276D0 (en) | 2000-06-01 | 2000-07-26 | Amersham Pharm Biotech Uk Ltd | Nucleotide analogues |
| GB0016473D0 (en) | 2000-07-05 | 2000-08-23 | Amersham Pharm Biotech Uk Ltd | Sequencing method |
| AU2001282881B2 (en) | 2000-07-07 | 2007-06-14 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Real-time sequence determination |
| DE10041539A1 (de) | 2000-08-24 | 2002-03-07 | Febit Ferrarius Biotech Gmbh | Neue Amiditderivate zur Synthese von Polymeren auf Oberflächen |
| CA2421582A1 (en) | 2000-09-11 | 2002-03-21 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Combinatorial fluorescence energy transfer tags and uses thereof |
| EP1337541B1 (en) | 2000-10-06 | 2007-03-07 | The Trustees of Columbia University in the City of New York | Massive parallel method for decoding DNA and RNA |
| WO2002047266A2 (en) | 2000-10-20 | 2002-06-13 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Transient electrical signal based methods and devices for characterizing molecular interaction and/or motion in a sample |
| AU2002227156A1 (en) | 2000-12-01 | 2002-06-11 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity |
| US7297518B2 (en) | 2001-03-12 | 2007-11-20 | California Institute Of Technology | Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences by asynchronous base extension |
| US20030027140A1 (en) | 2001-03-30 | 2003-02-06 | Jingyue Ju | High-fidelity DNA sequencing using solid phase capturable dideoxynucleotides and mass spectrometry |
| DE10120798B4 (de) | 2001-04-27 | 2005-12-29 | Genovoxx Gmbh | Verfahren zur Bestimmung der Genexpression |
| DE10120797B4 (de) | 2001-04-27 | 2005-12-22 | Genovoxx Gmbh | Verfahren zur Analyse von Nukleinsäureketten |
| US6613523B2 (en) | 2001-06-29 | 2003-09-02 | Agilent Technologies, Inc. | Method of DNA sequencing using cleavable tags |
| US7057031B2 (en) | 2001-07-13 | 2006-06-06 | Ambergen, Inc. | Nucleotide compositions comprising photocleavable markers and methods of preparation thereof |
| DE10239504A1 (de) | 2001-08-29 | 2003-04-24 | Genovoxx Gmbh | Verfahren zur Analyse von Nukleinsäurekettensequenzen und der Genexpression |
| GB0128526D0 (en) | 2001-11-29 | 2002-01-23 | Amersham Pharm Biotech Uk Ltd | Nucleotide analogues |
| GB0129012D0 (en) | 2001-12-04 | 2002-01-23 | Solexa Ltd | Labelled nucleotides |
| WO2003066812A2 (en) | 2002-02-05 | 2003-08-14 | Baylor College Of Medecine | Substituted 4,4-difluoro-4-bora-3a, 4a-diaza-s-indacene compounds for 8-color dna sequencing |
| DE60301622T2 (de) | 2002-04-04 | 2006-06-14 | Biotage Ab Uppsala | Auf primer verlängerung basierendes verfahren, das nukleotide verwendet, die über spaltbare linker markiert sind |
| US20040014096A1 (en) | 2002-04-12 | 2004-01-22 | Stratagene | Dual-labeled nucleotides |
| US7074597B2 (en) | 2002-07-12 | 2006-07-11 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Multiplex genotyping using solid phase capturable dideoxynucleotides and mass spectrometry |
| WO2004018497A2 (en) | 2002-08-23 | 2004-03-04 | Solexa Limited | Modified nucleotides for polynucleotide sequencing |
| US7414116B2 (en) | 2002-08-23 | 2008-08-19 | Illumina Cambridge Limited | Labelled nucleotides |
| AU2003259352A1 (en) | 2002-08-23 | 2004-03-11 | Solexa Limited | Labelled nucleotides |
| US7595883B1 (en) | 2002-09-16 | 2009-09-29 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Biological analysis arrangement and approach therefor |
| GB0321306D0 (en) | 2003-09-11 | 2003-10-15 | Solexa Ltd | Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues |
| US7622279B2 (en) | 2004-03-03 | 2009-11-24 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Photocleavable fluorescent nucleotides for DNA sequencing on chip constructed by site-specific coupling chemistry |
| GB2423819B (en) | 2004-09-17 | 2008-02-06 | Pacific Biosciences California | Apparatus and method for analysis of molecules |
| US7393533B1 (en) | 2004-11-08 | 2008-07-01 | La Jolla Institute For Allergy And Immunology | H3L envelope protein immunization methods and H3L envelope passive protection methods |
| GB0517097D0 (en) | 2005-08-19 | 2005-09-28 | Solexa Ltd | Modified nucleosides and nucleotides and uses thereof |
| US7405281B2 (en) | 2005-09-29 | 2008-07-29 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Fluorescent nucleotide analogs and uses therefor |
| CN101460953B (zh) | 2006-03-31 | 2012-05-30 | 索雷克萨公司 | 用于合成分析的序列的系统和装置 |
| US8343746B2 (en) | 2006-10-23 | 2013-01-01 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Polymerase enzymes and reagents for enhanced nucleic acid sequencing |
| US8349167B2 (en) | 2006-12-14 | 2013-01-08 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays |
| US8262900B2 (en) | 2006-12-14 | 2012-09-11 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
| EP2674751B1 (en) | 2006-12-14 | 2017-02-01 | Life Technologies Corporation | Apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
| US8612161B2 (en) | 2008-03-19 | 2013-12-17 | Intelligent Biosystems Inc. | Methods and compositions for base calling nucleic acids |
| US8481259B2 (en) | 2007-02-05 | 2013-07-09 | Intelligent Bio-Systems, Inc. | Methods and devices for sequencing nucleic acids in smaller batches |
| US20100137143A1 (en) | 2008-10-22 | 2010-06-03 | Ion Torrent Systems Incorporated | Methods and apparatus for measuring analytes |
| US9309569B2 (en) | 2010-08-26 | 2016-04-12 | Intelligent Bio-Systems, Inc. | Methods and compositions for sequencing nucleic acid using charge |
| CA3104322C (en) | 2011-09-23 | 2023-06-13 | Illumina, Inc. | Methods and compositions for nucleic acid sequencing |
| JP6333297B2 (ja) * | 2013-03-15 | 2018-05-30 | イルミナ ケンブリッジ リミテッド | 修飾ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオチド |
-
2013
- 2013-03-15 JP JP2015561957A patent/JP6333297B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2013-03-15 KR KR1020187018020A patent/KR102230831B1/ko active Active
- 2013-03-15 EP EP13711333.8A patent/EP2970356B1/en active Active
- 2013-03-15 BR BR112015022448-2A patent/BR112015022448B1/pt active IP Right Grant
- 2013-03-15 EP EP18174644.7A patent/EP3388442A1/en not_active Withdrawn
- 2013-03-15 ES ES13711333.8T patent/ES2685549T3/es active Active
- 2013-03-15 AU AU2013382358A patent/AU2013382358B2/en active Active
- 2013-03-15 CN CN201380076386.8A patent/CN105377869B/zh active Active
- 2013-03-15 KR KR1020157029560A patent/KR101874680B1/ko not_active Expired - Fee Related
- 2013-03-15 US US14/771,481 patent/US9593373B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2013-03-15 DK DK13711333.8T patent/DK2970356T3/en active
- 2013-03-15 CN CN201810612398.2A patent/CN108864232B/zh active Active
- 2013-03-15 CA CA2903095A patent/CA2903095C/en active Active
- 2013-03-15 WO PCT/EP2013/055466 patent/WO2014139596A1/en active Application Filing
-
2017
- 2017-02-28 US US15/444,826 patent/US10407721B2/en active Active
-
2019
- 2019-09-06 US US16/563,443 patent/US10982277B2/en not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN1617937A (zh) * | 2001-12-04 | 2005-05-18 | 索雷克萨有限公司 | 标记过的核苷酸 |
| WO2009054922A1 (en) * | 2007-10-19 | 2009-04-30 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Dna sequencing with non-fluorescent nucleotide reversible terminators and cleavable label modified nucleotide terminators |
| WO2012083249A2 (en) * | 2010-12-17 | 2012-06-21 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Dna sequencing by synthesis using modified nucleotides and nanopore detection |
| WO2012162429A2 (en) * | 2011-05-23 | 2012-11-29 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Dna sequencing by synthesis using raman and infrared spectroscopy detection |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2021031109A1 (zh) * | 2019-08-20 | 2021-02-25 | 深圳华大智造极创科技有限公司 | 一种基于发光标记物光信号动力学及二次发光信号对多核苷酸进行测序的方法 |
| CN115867560A (zh) * | 2020-06-22 | 2023-03-28 | 伊鲁米纳剑桥有限公司 | 具有3’缩醛封端基团的核苷与核苷酸 |
| CN115867560B (zh) * | 2020-06-22 | 2025-03-28 | 伊鲁米纳剑桥有限公司 | 具有3’缩醛封端基团的核苷与核苷酸 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP2970356A1 (en) | 2016-01-20 |
| US10407721B2 (en) | 2019-09-10 |
| HK1220463A1 (zh) | 2017-05-05 |
| KR101874680B1 (ko) | 2018-07-04 |
| KR102230831B1 (ko) | 2021-03-22 |
| AU2013382358B2 (en) | 2017-01-12 |
| ES2685549T3 (es) | 2018-10-09 |
| JP2016512206A (ja) | 2016-04-25 |
| BR112015022448A2 (pt) | 2017-07-18 |
| CN108864232B (zh) | 2022-01-04 |
| EP2970356B1 (en) | 2018-05-30 |
| AU2013382358A1 (en) | 2015-09-17 |
| CA2903095C (en) | 2018-02-13 |
| US10982277B2 (en) | 2021-04-20 |
| KR20180077296A (ko) | 2018-07-06 |
| EP3388442A1 (en) | 2018-10-17 |
| JP6333297B2 (ja) | 2018-05-30 |
| US20200087725A1 (en) | 2020-03-19 |
| CN105377869A (zh) | 2016-03-02 |
| DK2970356T3 (en) | 2018-08-27 |
| KR20150132474A (ko) | 2015-11-25 |
| US20170166961A1 (en) | 2017-06-15 |
| US20160002721A1 (en) | 2016-01-07 |
| CA2903095A1 (en) | 2014-09-18 |
| US9593373B2 (en) | 2017-03-14 |
| WO2014139596A1 (en) | 2014-09-18 |
| BR112015022448B1 (pt) | 2020-12-08 |
| CN105377869B (zh) | 2018-07-10 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN105377869B (zh) | 修饰的核苷或核苷酸 | |
| EP3091026B1 (en) | Disulfide-linked reversible terminators | |
| CN106604926B (zh) | 修饰的核苷酸连接基 | |
| EP3002289B1 (en) | Modified nucleotides for polynucleotide sequencing | |
| US7759470B2 (en) | Labeling reagent | |
| WO2021067970A1 (en) | Reversible terminators for dna sequencing and methods of using the same | |
| EP3856753A1 (en) | Disulfide-linked reversible terminators | |
| WO2009131805A1 (en) | Nucleic acid terminators incorporating a cationic moiety and methods for their use | |
| JP6868541B2 (ja) | 修飾ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオチド | |
| HK1256227A1 (zh) | 修饰的核苷或核苷酸 | |
| WO2024240051A1 (zh) | 一种荧光染料、其合成及其应用 | |
| HK1220463B (zh) | 修飾的核苷或核苷酸 | |
| HK40012671B (zh) | 修饰的核苷酸 | |
| HK40012671A (zh) | 修饰的核苷酸 | |
| HK1253509B (zh) | 用於多核甘酸定序的修飾的核苷酸 | |
| JP2007224013A (ja) | 非天然塩基 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |