Nadien werd hij trainer van Flora Tallinn en de nationale jeugdelftallen van zijn vaderland. Na de 5-0 nederlaag in de WK-kwalificatiewedstrijd tegen Bosnië en Herzegovina op 6 september2016 werd de Zweedse bondscoach Magnus Pehrsson de laan uitgestuurd en Reim door de nationale bond aangewezen als diens vervanger bij de Estische nationale ploeg. In de eerste interland onder zijn leiding, op 7 oktober2016, won de nationale selectie met 4-0 van Gibraltar. In 2019 werd hij als bondscoach opgevolgd door Karel Voolaid.
Reim is recordinternational bij de Estische nationale ploeg. Hij speelde 157 interlands en scoorde veertien keer. Hij maakte zijn debuut op 3 juni1992 in een vriendschappelijke wedstrijd tegen Slovenië (1-1), net als doelman Mart Poom en collega-middenvelder Marko Kristal. Zijn 157ste en laatste interland speelde Reim op 6 juni2009 in de vriendschappelijke thuiswedstrijd tegen Equatoriaal Guinee, die de Esten met 3-0 wonnen.