Ayoub Boukhari speelde in de jeugd van SBV Excelsior, Feyenoord en RKSV Leonidas. In 2016 kreeg hij geen contract bij Excelsior en sloot hij bij vv Noordwijk aan, maar hier vertrok hij in de winterstop.[3] Na een half jaar zonder club te hebben gezeten, sloot hij in 2017 aan bij Jong Sparta Rotterdam. Op 30 november 2018 debuteerde hij in het eerste elftal van Sparta, in de met 3-0 verloren uitwedstrijd tegen Helmond Sport. Boukhari kwam in de 78e minuut in het veld voor Gregor Breinburg.[4] Hij speelde verder niet voor Sparta en tot 2020 speelde hij voor Jong Sparta. Hij sloot aan bij RKAVV, maar ging ook in de zaal spelen voor FC Eindhoven.