Pasaja kā patstāvīga municipalitāte dibināta 1863. gadā. 1901. gadā Pasaju iekļāva jaunizveidotās Risalas provinces sastāvā. Pēc Otrā pasaules kara sākuma prezidents Kesons izdeva ārkārtas rīkojumu par Lielās Manilas pilsētas izveidi, apvienojot Manilu, Kesonsitiju, Kalookanu, Makati, Mandalujongu, Paraņaki, Pasaju un Sanhuanu. Lielā Manila bija priekštecis vēlākajam galvaspilsētas reģionam. Pēc japāņu padzīšanas 1945. gadā Lielo Manilu izformēja pirmskara sastāvdaļās. 1947. gadā Pasajai piešķīra pilsētas statusu, pārdēvējot par Risalu (Rizal; par godu filipīniešu revolucionāram Hosē Risalam), bet pēc diviem gadiem atgrieza tās vēsturisko nosaukumu. 1975. gadā izveidoja Valsts galvaspilsētas reģionu, kurā iekļāva lielāko daļu Manilas aglomerācijas pilsētas un municipalitātes, tajā skaitā Pasaju. 1979. gadā Pasajai piešķirts augsti urbanizētas pilsētas statuss.