Kuomet popiežius Vigilijusimperatoriaus Justiniano I įsakymu išvyko į Konstantinopolį, Pelagijus liko Romoje ir ėmė laikinai eiti popiežiaus pareigas. Tuo metu gotų karalius Totila pradėjo Romos blokadą. Pelagijus šelpė bado užkluptus žmones savo resursais ir tuo pačiu bandė priversti karalių sudaryti paliaubas. Nors to ir napvyko padaryti, tačiau 546 m. gruodį Totilai užėmus Romą Pelagijus įkalbėjo karalių pasigailėti žmonių ir jų neišžudyti. Totila išsiuntė Pelagijų į Konstantinopolį, kur dvasininkas turėjo organizuoti taikos sutarties sudarymą, tačiau Justinianas I išsiuntė Pelagijų atgal sakydamas, kad už Italijos žemes atsakingas yra karvedys Belisarijus.
Manoma, jog Pelagijaus iniciatyva buvo pastatyta Šventųjų apaštalų bazilika Romoje. Jis taip pat švente paskelbė dieną, kuomet karvedys Narsas galutinai sutriškino ostgotus.
Pelagijų į popiežius pasiūlė imperatorius Justinianas I. Dar prieš įšventinimą į popiežius Pelagijus kritikavo Justiniano I bandymus pasmerkti „Trijų skyrių“ idėją, kuria norėta suderinti Sirijos ir Egipto ortodoksų bei likusių ortodoksų pažiūras. Visgi tapęs popiežiumi Pelagijus I parėmė imperatoriaus sprendimą. Šis žingsnis sugadino popiežiaus reputaciją Italijoje, Galijoje bei likusioje Vakarų Europoje, o Pelagijaus I pasekėjams prireikė penkiasdešimties metų tam, kad atstatytų popiežiaus įvaizdį.
Vikiteka