Asociacija, kaip Izraelio-Palestinos futbolo asociacija, įkurta 1928 m. rugpjūčio mėn. britų mandatu. FIFA nare tapo 1929 m. birželio 6 d. Pirmoji lyga buvo surengta 1932 m. 1956 m. asociacija buvo priimta į Azijos futbolo konfederaciją. XX a. septinto dešimtmečio pirmojoje pusėje buvo išmesta iš konfederacijos dėl politinių sumetimų, nes arabai ir musulmonai atsisakydavo žaisti prieš Izraelį. Daugiau nei dvidešimt metų asociacija nepriklausė jokiai konfederacijai ir tik laikinai iki 1994 m. žaidė OFC ir UEFA varžybose. Vėliau tapo pilnaverte Europos futbolo federacijų asociacijos nare. Nors Izraelis yra Azijoje, dalyvauja įvairiose UEFA varžybose, Europos futbolo čempionate ir FIFA Pasaulio taurėje.
