Papers by Semen V A S I L E V I C H Buriachenko
Биологія тварин, Dec 1, 2019
Епізоотичний моніторинг останніх років свідчить про те, що високопатогенний вірус грипу А птахів ... more Епізоотичний моніторинг останніх років свідчить про те, що високопатогенний вірус грипу А птахів (H1N1) та (H7N9) активно циркулює на території Євразійських держав. За 2016 -2019 рр. було зафік-совано1,6 тис. випадків спалахів. З них у Європі 872 випадки. Питання моніторингу за інфікованою як перелітною так і свійською птицею в місцях перехресного контакту в Україні є актуальним для запобігання виникнення спалахів епізоотії. Мета дослідження. Розробити експрес -метод ідентифікації та визначення вірусу пташиного грипу А Н1N1 та Н7N9 штамів на основі полімеразної ланцюгової реакції з аналізом поліморфізму довжин рестрикційних фрагментів (ПЛР-ПДРФ) РНК вірусу. Результати та обговорення. Проведений аналіз in silico ампліконів генів HA, NA та NP дозволив in silico розрахувати праймери до варіабельних локусів досліджуваних генів, розрахувати умови проведення реакції, визначити сайти рестрикції до добраних рестриктаз отримати теоретичні електрофореграми ПЛР -ПДРФ аналізу. Розроблено методику експрес -методу для виявлення та ідентифікації вірусу грипу А H1N1 та H7N9 за трьома генами (HA, NA та NP) РНК H1N1 та H7N9 у полімеразній ланцюговій реакції ПЛР суміщеній з ПДРФ аналізом. Метод експрес -діагностики здатний виявляти вірус пташиного грипу А H1N1 та H7N9 і диференціювати його від зразків інших збудників вірусних інфекцій птахів і тварин. Висновки. Розроблений метод експрес -ідентифікації на основі ПЛР суміщений з ПДРФ аналізом дає можливість значно спростити метод ідентифікації за рахунок специфічної ампліфікації ділянки РНК, що має поліморфний сайт рестрикції. Тестування стану цього локуса можливе шляхом попереднього проведення ПЛР та рестрикції ампліфікованого фрагменту. Встановлено, що метод експрес -діагностики ПЛР-ПДРФ здатний виявляти РНК вірус грипу А високопатогенних штамів H1N1 та H7N9 з високими показниками чутливості (100 % чутливість) Ключові слова: високопатогенний вірус пташиного грипу А H1N1, H7N9, експрес-метод діагностики ПЛР-ПДРФ, консервативні мотиви, варіабельні локуси, поліморфізм
ScienceRise. Biological science, Jul 11, 2019
Вірус грипу А є збудником зоонозних та антропонозних захворювань. Значною мірою вірулентні та кон... more Вірус грипу А є збудником зоонозних та антропонозних захворювань. Значною мірою вірулентні та контагіозні властивості вірусу грипу обумовленні наявністю гемаглютиніну. Мембранний глікопротеїн гемаглютиніни відіграє важливу роль у адгезії та інвазії вірусу грипу у клітину, а також у формуванні до нього імунітету у організму-хазяїна. Гемаглютинін формує пандемічність штаму вірусу грипу. Систематика та характеристика штамів вірусу грипу базується зокрема й на типі гемаглютиніна. Найбільш контагіозними штамами вірусу грипу А є штами Н1N1 та Н7N9. Поліморфізм гемаглютиніну та його вплив на властивості штамів вірусу грипу робить актуальним дослідження його варіабельності. Метадослідження. Метою дослідження було визначити поліморфізм гена, що кодує гемаглютинін штамів вірусу грипу А Н1N1 та Н7N9, визначити його вплив на поліморфізм амінокислотних послідовностей гемаглютиніну та властивості штамів біоінформатичними методами дослідження. Матеріали та методи. Були аналізовані нуклеотидні послідовності гемаглютиніни штамів вірусу грипу А Н1N1 та Н7N9 та продукти його трансляції за допомогою кластерного аналізу. Властивості гемаглютиніну визначали шляхом визначення його доменів. Результати та обговорення. За результатом дослідження обраховані поліморфізм та генетичні дистанції між алелями гена, що кодує гемаглютинінивірусу грипута проведено його трансляцію. Досліджено поліморфізм і амінокислотні дистанції між продуктами його трансляції, проведено порівняльний аналіз між досліджуваними нуклеотидними та амінокислотними послідовностями. Показано роль та вплив синонімічних кодонів у нуклеотидних послідовностей алелей гена, що кодує гемаглютинін, на поліморфізм гемаглютиніну. Визначені домени досліджуваних зразків гемаглютиніну. Висновки. За результатом досліджень показано відсутність впливу поліморфізму гена, що кодує гемаглютинін, на поліморфізм гемаглютиніну. Показано відсутність впливу поліморфізму амінокислотних послідовностей гемаглютиніни штамів вірусу грипу А Н1N1 та Н7N9 надоменовий склад і, таким чином, на властивості штамів Ключові слова: поліморфізм, гемаглютинін, вірус грипу А, Н1N1, Н7N9, кластерний аналіз
ScienceRise. Biological science, Dec 31, 2018
Мета. У зв'язку з високою антигенною мінливістю та властивістю до реассортації генів вірусу грипу... more Мета. У зв'язку з високою антигенною мінливістю та властивістю до реассортації генів вірусу грипу типа А провести аналіз варіабельності генетичних маркерів двох різних антигенних підтипів штамів вірусу грипа А H1N1 та H7N9 виділених від різних хазяїв (людини та птиці). Матеріали та методи. Послідовності нуклеотидів для аналізу були взяті з бази даних (NCBI). За допомогою програми кластерного аналізу MEGA6 та обрахування генетичних дистанцій за алгоритмом ClustalW кодуючих послідовностей нуклеотидів генів HA, NA та NP-білку, були проведені визначення на вибірці штамів грипу А. Визначення однонуклеотидних замін у позиціях за наявності мутацій проводили за допомогою програми Flusurver. Побудову дендрограм здійснювали парногруповим методом кластеризації UPGM, достовірність обраховували за допомогою бут-стреп аналізу. Варіабельність генів нейромінідази, гемаглютиніна та нуклеопротеїду визначали шляхом локального вирівнювання послідовностей за алгоритмом Сміта -Уотермана програми VectorNTI-11. Результати. Були сформовані консенсусні послідовності (КП) для НА, NА та NP-генів; знайдені загальні консервативні ділянки (мотиви). Виконаний аналіз вірусних нуклеїнових кислот на варіабельність генетичних маркерів вірусу пташиного грипу HA, NA та NP, що кодують фактори вірулентності у субтипів H1N1 та H7N9 показав генетичну мінливість (варіабельність) генів гемаглютиніну та нейромінідази. Вибірка послідовностей генів показала, що гени НА вірусу пташиного грипу мають більший міжштамовий поліморфізм, ніж гени NA та NP-білку. Генетичними маркерами високої варіабельності є гени гемаглютиніну субтипу H1N1 та гени NA у субтипа H7N9. Висновки. У статті аналізуються структурні особливості генів поверхневих білків та нуклеопротеїду вірусів гриппу АH1N1 та AH7N9. Визначена степінь синонімічності нуклеотидних замін. Встановлен звязок розподілу нуклеотидного поліморфізму та показників синонімічних та несинонімічних замін. Висока варіабельність гену НА, та дещо менша -NА, обумовлює здатність вірусу пташиного грипу, зокрема його високовірулентного штаму H1N1 та менш вірулентного H7N9, долати міжвидовий бар'єр, тоді як фактор реплікації, що кодується геном NP, має менше значення для подолання міжвидового бар'єру, що обумовлює його нижчу, порівняно з НА та NА, варіабельність
Faktori eksperimentalʹnoï evolûcìï organìzmìv, Sep 1, 2020
Aim. Significant variability contributing to the formation of highly virulent variants, widesprea... more Aim. Significant variability contributing to the formation of highly virulent variants, widespread distribution in natural reservoirs, the ability to overcome interspecific barriers and the ease of the airborne pathway contribute to the development of epidemics and pandemics of respiratory infections. Determination of polymorphic sites and type of polymorphism of the investigated virus subtype gene sequences will allow to determine amino acid substitutions and to establish RNA targets for genotyping. Methods. The analysis was performed on the nucleotide sequences of genes HA, NA and NP of strains H1N1 and H7N9 of avian influenza A virus obtained from the NCBI base. Amino acid sequences of genes were obtained by translation of nucleotide gene sequences using MEGA 6. Polymorphic loci and cluster analysis were performed using MEGA 6 using the ClustalW algorithm.Results. The nucleotide sequences of HA, NA and NP genes were investigated, as well as their translation products inavian influenza A strains H1N1 and H7N9. The polymorphic regions and type of polymorphism of the sequences were determined. Conclusions. Polymorphism regions were detected on the nucleotide sequences of the HA, NA, and NP genes (H1N1 and H7N9 strains) and their translation products. The polymorphism of the HA, NA, and NP genes (strain H1N1) is shown to be higher than the polymorphism of HA, NA, and NP (strain H7N9) due to the presence in the first significant number of synonymous triplets.
Faktori eksperimentalʹnoï evolûcìï organìzmìv, Aug 30, 2019
Мета. Віруси грипу є серйозним патогеном людини, тварин та птахів, який регулярно викликає епідем... more Мета. Віруси грипу є серйозним патогеном людини, тварин та птахів, який регулярно викликає епідемії, а також пандемії з високим рівнем смертності. Вірус H7N9, апатогенний для птахів, є високовірулентним для людей. Антигенна мінливість та реасортація генів вірусів грипу типу А представляє високий рівень неонатованих даних, що не дозволяє оцінити еволюційну стабільність білків. Визначення варіабельних локусів генів HA, NA та NP двох різних антигенних підтипів вірусу грипу А H1N1 та H7N9 дозволить встановити РНК-мішені для генотипування. Методи. Проводили аналіз 8 тис. штамів вірусу грипу типу А різних антигенних підтипів виділених від різних хозяїв із бази даних вірусів NCBI GenBank за допомогою програми MEGA 6.0, визначали долю синонімічних та несинонімічних замін у кожній позиції множинних вирівнювань кодуючих областей нуклеотидних послідовностей. Використовували алгоритм BLAST. Філогенетичні гілки отримували за допомогою програми з використанням алгоритму UPGMA. Аналіз варіабельних локусів білків визначали за алгоритмом DISORDER, що предсказує внутрішні неупорядковані області білка. Результати. У варіабельних локусах досліджуваних генів виявлені різні типи мутацій. Найбільш варіабельним геном є HA, найменше NP. У послідовностях гену NP переважають синонімічні заміни нуклеотидів. У гені NA переважно делеції, менше інсерції та однонуклеотидні заміни. Висновки. Виявлена мінливість нуклеотидних послідовностей генів HA, NA та NP у субтипів пташиного грипу А H1N1 та H7N9. Встановлено, що використання варіабельних локусів цих генів дозволяє проводити внутрішньовидову диференціацію штамів збудника пташиного грипу А та визначати приналежність штамів до окремого серотипу. Ключові слова: нейромінідаза, гемаглютинін, нуклеопротеїд, вірус грипу, варіабельність, генетичні маркери, РНК -мішені, варіабельні локуси, генотипування
NEW TRENDS AND UNRESOLVED ISSUES OF PREVENTIVE AND CLINICAL MEDICINE, 2020
Aim. An unsolved and unexplored problem in molecular biology, genetics and biochemistry remains t... more Aim. An unsolved and unexplored problem in molecular biology, genetics and biochemistry remains the possibility of transferring genetic information from the amino acid sequence of a protein to DNA or RNA. The well-known central dogma of molecular biology has been put forward: information in a living cell is transferred from DNA to RNA, and from RNA to protein. The question arises from information theory: is this transmission always one-way and can a protein become a matrix? In nature, there are examples of protein-DNA and protein-RNA reverse translation. Representatives demonstrating this process in nature are polioviruses, prions and macrophages with antibodies. It was experimentally shown that on the template of a primitive protein, from the C-terminus to the N-terminus, an RNA fragment is synthesized from the 3 'to the 5' end of RNA (reverse translation) . The works of A. M. Deichman in the field of physicochemical foundations of biology show the hypothesis of variable stepwise reverse translation. Variable epitomes transfer information from the amino acid sequence of a protein through the synthesis of nucleic equivalents to guide and small nuclear RNAs, then mRNA, tRNA, rRNA with genetic information transfer, the influence and formation of genetic and protein polymorphisms, revertase activity . Many immunologists are of the opinion that the currently known mechanisms cannot provide either the required level of variability (about 10 16 antibodies and T-cell receptors and 10 18 for T-cell receptors), nor a reliable limitation in the choice
Sciences of Europe, 2019
The influenza virus is a serious pathogens of animals, humans and birds that regularly causes epi... more The influenza virus is a serious pathogens of animals, humans and birds that regularly causes epidemics, as well as high-mortality pandemics; therefore, an analysis of the assessment of reassortment in the hemagglutinin (HA), neurominidase (NA) and nucleoproteine (NP) genes is necessary. Reassortment causes the necessary genetic variability, which allows a virus with high efficiency to overcome the interspecies barrier. Determination of the reassortment events will allow assessing the degree of variability of the genes of the proteins responsible for the infection process in the infection of the cell.Reassortment events in HA, NA and NP genes of H1N1 and H7N9 strains of Influenza A virus were studied. To characterize the reassortant viruses that have obtained the genes for surface (HA, NA) and internal proteins (NP) from the low pathogenic avian influenza virus subtype H7, and the genes for the highly productive human influenza virus H1, the study of post-reassortment interaction of genes, optimization of the gene composition of highly productive reassortants. Materials and methods. The nucleotide sequences of the investigated genes of hemagglutinin, neurominidase, and nucleoproteine proteins for determining the reassortment events were taken from the National Center for Biotechnological Information (NCBI) GenBank (). The assessment of the reassortment was carried out by aligning nucleotide sequences using the ClustalW algorithm. Phylogenetic analysis was calculated by the method of maximum likelihood. The dendrogram was built using the MEGA6 program. The reliability of the resulting phylogenetic tree was obtained using bootstrap analysis. The level of reassortment was determined by the GiRaF program. Results. It has been shown that events of the reassortment of the HA gene on two clusters are present within and between subtypes H1N1 and H7N9. The reassortment of the NA genes of two subtlety subtypes shows that among them, each is produced by the genes of the reassortment and have sequences of genes of only one subtype of the influenza A virus. These events of the reassortment of the NA genes are present within the subtypes of H1N1 and H7N9, but not between them. It has been established that events of reassortment of NP genes are not present between subtypes H1N1 and H7N9. The absence of reassortment events in NA, NA and NP genes of the analyzed strains was shown. Conclusions. The assortment events of the HA, NA, and NA genes in subtypes of the influenza A H1N1 and H7N9 viruses show the presence of subtypes inside and not between them. This suggests that genetic polymorphism should be investigated in the subtypes by the definition of mutations, with further evaluation of the variability of the genetic markers of the genes of the proteins studied. Consequently, the absence of reassortment events in HA, NA, and NP genes of the Influenza A strain H1N1 and H7N9 was shown. The results of this research confirm previously conducted studies and explain the evolution of NA, NA and NP genes of the Influenza A virus.
ScienceRise: Biological Science, 2019
Вірус грипу А є збудником зоонозних та антропонозних захворювань. Значною мірою вірулентні та кон... more Вірус грипу А є збудником зоонозних та антропонозних захворювань. Значною мірою вірулентні та контагіозні властивості вірусу грипу обумовленні наявністю гемаглютиніну. Мембранний глікопротеїн гемаглютиніни відіграє важливу роль у адгезії та інвазії вірусу грипу у клітину, а також у формуванні до нього імунітету у організму-хазяїна. Гемаглютинін формує пандемічність штаму вірусу грипу. Систематика та характеристика штамів вірусу грипу базується зокрема й на типі гемаглютиніна. Найбільш контагіозними штамами вірусу грипу А є штами Н1N1 та Н7N9. Поліморфізм гемаглютиніну та його вплив на властивості штамів вірусу грипу робить актуальним дослідження його варіабельності. Метадослідження. Метою дослідження було визначити поліморфізм гена, що кодує гемаглютинін штамів вірусу грипу А Н1N1 та Н7N9, визначити його вплив на поліморфізм амінокислотних послідовностей гемаглютиніну та властивості штамів біоінформатичними методами дослідження. Матеріали та методи. Були аналізовані нуклеотидні послідовності гемаглютиніни штамів вірусу грипу А Н1N1 та Н7N9 та продукти його трансляції за допомогою кластерного аналізу. Властивості гемаглютиніну визначали шляхом визначення його доменів. Результати та обговорення. За результатом дослідження обраховані поліморфізм та генетичні дистанції між алелями гена, що кодує гемаглютинінивірусу грипута проведено його трансляцію. Досліджено поліморфізм і амінокислотні дистанції між продуктами його трансляції, проведено порівняльний аналіз між досліджуваними нуклеотидними та амінокислотними послідовностями. Показано роль та вплив синонімічних кодонів у нуклеотидних послідовностей алелей гена, що кодує гемаглютинін, на поліморфізм гемаглютиніну. Визначені домени досліджуваних зразків гемаглютиніну. Висновки. За результатом досліджень показано відсутність впливу поліморфізму гена, що кодує гемаглютинін, на поліморфізм гемаглютиніну. Показано відсутність впливу поліморфізму амінокислотних послідовностей гемаглютиніни штамів вірусу грипу А Н1N1 та Н7N9 надоменовий склад і, таким чином, на властивості штамів Ключові слова: поліморфізм, гемаглютинін, вірус грипу А, Н1N1, Н7N9, кластерний аналіз
ScienceRise: Biological Science, 2018
Мета. У зв'язку з високою антигенною мінливістю та властивістю до реассортації генів вірусу грипу... more Мета. У зв'язку з високою антигенною мінливістю та властивістю до реассортації генів вірусу грипу типа А провести аналіз варіабельності генетичних маркерів двох різних антигенних підтипів штамів вірусу грипа А H1N1 та H7N9 виділених від різних хазяїв (людини та птиці). Матеріали та методи. Послідовності нуклеотидів для аналізу були взяті з бази даних (NCBI). За допомогою програми кластерного аналізу MEGA6 та обрахування генетичних дистанцій за алгоритмом ClustalW кодуючих послідовностей нуклеотидів генів HA, NA та NP-білку, були проведені визначення на вибірці штамів грипу А. Визначення однонуклеотидних замін у позиціях за наявності мутацій проводили за допомогою програми Flusurver. Побудову дендрограм здійснювали парногруповим методом кластеризації UPGM, достовірність обраховували за допомогою бут-стреп аналізу. Варіабельність генів нейромінідази, гемаглютиніна та нуклеопротеїду визначали шляхом локального вирівнювання послідовностей за алгоритмом Сміта -Уотермана програми VectorNTI-11. Результати. Були сформовані консенсусні послідовності (КП) для НА, NА та NP-генів; знайдені загальні консервативні ділянки (мотиви). Виконаний аналіз вірусних нуклеїнових кислот на варіабельність генетичних маркерів вірусу пташиного грипу HA, NA та NP, що кодують фактори вірулентності у субтипів H1N1 та H7N9 показав генетичну мінливість (варіабельність) генів гемаглютиніну та нейромінідази. Вибірка послідовностей генів показала, що гени НА вірусу пташиного грипу мають більший міжштамовий поліморфізм, ніж гени NA та NP-білку. Генетичними маркерами високої варіабельності є гени гемаглютиніну субтипу H1N1 та гени NA у субтипа H7N9. Висновки. У статті аналізуються структурні особливості генів поверхневих білків та нуклеопротеїду вірусів гриппу АH1N1 та AH7N9. Визначена степінь синонімічності нуклеотидних замін. Встановлен звязок розподілу нуклеотидного поліморфізму та показників синонімічних та несинонімічних замін. Висока варіабельність гену НА, та дещо менша -NА, обумовлює здатність вірусу пташиного грипу, зокрема його високовірулентного штаму H1N1 та менш вірулентного H7N9, долати міжвидовий бар'єр, тоді як фактор реплікації, що кодується геном NP, має менше значення для подолання міжвидового бар'єру, що обумовлює його нижчу, порівняно з НА та NА, варіабельність
ScienceRise: Biological Science, 2019
Епізоотичний моніторинг останніх років свідчить про те, що високопатогенний вірус грипу А птахів ... more Епізоотичний моніторинг останніх років свідчить про те, що високопатогенний вірус грипу А птахів (H1N1) та (H7N9) активно циркулює на території Євразійських держав. За 2016 -2019 рр. було зафік-совано1,6 тис. випадків спалахів. З них у Європі 872 випадки. Питання моніторингу за інфікованою як перелітною так і свійською птицею в місцях перехресного контакту в Україні є актуальним для запобігання виникнення спалахів епізоотії. Мета дослідження. Розробити експрес -метод ідентифікації та визначення вірусу пташиного грипу А Н1N1 та Н7N9 штамів на основі полімеразної ланцюгової реакції з аналізом поліморфізму довжин рестрикційних фрагментів (ПЛР-ПДРФ) РНК вірусу. Результати та обговорення. Проведений аналіз in silico ампліконів генів HA, NA та NP дозволив in silico розрахувати праймери до варіабельних локусів досліджуваних генів, розрахувати умови проведення реакції, визначити сайти рестрикції до добраних рестриктаз отримати теоретичні електрофореграми ПЛР -ПДРФ аналізу. Розроблено методику експрес -методу для виявлення та ідентифікації вірусу грипу А H1N1 та H7N9 за трьома генами (HA, NA та NP) РНК H1N1 та H7N9 у полімеразній ланцюговій реакції ПЛР суміщеній з ПДРФ аналізом. Метод експрес -діагностики здатний виявляти вірус пташиного грипу А H1N1 та H7N9 і диференціювати його від зразків інших збудників вірусних інфекцій птахів і тварин. Висновки. Розроблений метод експрес -ідентифікації на основі ПЛР суміщений з ПДРФ аналізом дає можливість значно спростити метод ідентифікації за рахунок специфічної ампліфікації ділянки РНК, що має поліморфний сайт рестрикції. Тестування стану цього локуса можливе шляхом попереднього проведення ПЛР та рестрикції ампліфікованого фрагменту. Встановлено, що метод експрес -діагностики ПЛР-ПДРФ здатний виявляти РНК вірус грипу А високопатогенних штамів H1N1 та H7N9 з високими показниками чутливості (100 % чутливість) Ключові слова: високопатогенний вірус пташиного грипу А H1N1, H7N9, експрес-метод діагностики ПЛР-ПДРФ, консервативні мотиви, варіабельні локуси, поліморфізм
Collection of proceedings of the conference Biological Research - 2024, 2024
Avian influenza is an infectious disease caused by influenza virus type A. In many cases, avian i... more Avian influenza is an infectious disease caused by influenza virus type A. In many cases, avian influenza can cause severe diseases in birds, as well as irreversible processes. Hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA) and nucleoprotein (NP) are important viral proteins identified in H1N1 and H7N9 strains of avian influenza. Studying the variability of genes such as hemagglutinin (HA), neuraminidase (NA), and nucleoprotein (NP) is critical to understanding the mechanisms of pathogenesis and adaptation of these viruses.
ScienceRise: Biological Science
Conflict of Interest Disclosures: All authors have completed and submitted the ICMJE Form for Dis... more Conflict of Interest Disclosures: All authors have completed and submitted the ICMJE Form for Disclosure of Potential Conflicts of Interest. Dr Esplin reported serving as a member of the scientific advisory board for Sera Prognostics and holding stock in the company; serving as a member of the scientific advisory board for Clinical Innovations; and holding a patent issued for serum markers of preterm birth. Dr Wapner reported receiving grant support to his university from Natera, Sequenom, Illumina, March of Dimes, Ariosa Diagnostics/Roche, and KellBenx; receiving speaking honoraria from Natera, Sequenom, Illumina, and Ariosa Diagnostics/ Roche; and receiving fees for serving as an expert witness for LabCorp. No other authors reported disclosures.
Державна установа «Інститут мікробіології та імунології ім. І.І. Мечникова Національної академії ... more Державна установа «Інститут мікробіології та імунології ім. І.І. Мечникова Національної академії медичних наук України», м. Харків 2 Державна установа «Харківський обласний лабораторний центр Міністерства охорони здоров'я України», м. Харків 3 Харківський Національний університет ім.В.Н. Каразина, м. Харків
Annals of Mechnikov Institute, 2020
The measles virus is still one of the main
causes of morbidity and mortality in children and adul... more The measles virus is still one of the main
causes of morbidity and mortality in children and adults
and is a threat of infectious outbreaks in many countries
around the world. The World Health Organization
(WHO), at the 2015 meeting in Europe, set out to
eliminate measles infection. To control the elimination of
this disease requires the accumulation of genotyping data
of the detected measles virus to interrupt the situation of
endemic spread. All six WHO regions have set a target for combating measles. In order to monitor and evaluate
the degree of endemic circulation of measles virus (MV),
the transmission chains of the epidemiologically relevant
variants of MV identified in Central and Western Europe
are analyzed. More systematic molecular monitoring and
recording of MV transmission data between many
countries can help to create a meaningful picture of the
process of eliminating the problem of the occurrence and
spread of measles infection. Goal. To study whether
molecular surveillance meets the challenge of eliminating
measles infection with the assurance of molecular data
quality, continuity and intensity of molecular monitoring
and analysis of transmission chains in different
geographical regions. Material & methods. Published
articles, molecular program for external WHO quality
assessment, WHO EUR central infectious disease
information system, and WHO measles surveillance
database. Results & discussion. According to the WHO
standardized nomenclature using the nucleotide (nt)
sequences of the N and H variable genes, wild-type
measles viruses are currently divided into 24 genotypes.
The most variable is the 450-nt variable coding sequence
of the C-terminal portion of the N protein (N-450 region)
and is used to differentiate detected MV for observation.
Antigenic differences between measles virus strains -
representatives of different genotypes are minimal, all
known genotypes of the virus belong to one serotype.
Since the beginning of molecular surveillance in Europe
in the early 1990s, only two genotypes of MV (C2 and
D6) have been identified, which have been spread
throughout the region and are therefore called indigenous European genotypes. Molecular observation has shown
that, over the years, the endemic genotypes C2 (IR /
Kempten.DEU / 23.00) and D6 (IR / Berlin.DEU / 47.00)
have changed rapidly with the circulating D7 genotype
(IR / Mainz.DEU / 06.00) to the beginning of 2003. The
imported measles virus of genotypes B3, D4, D5, D6, D8,
D9, H1 appeared in Germany from 2005 to 2009 - 2010.
Most cases were related to the measles virus of genotype
D4, and its several sub-variants. According to the
monitoring data, genotypes D8, B3, H1, D9, D4 have
been circulating in the world in recent years (from August
2017 to July 2018). Of the 179 measles deaths reported in
European countries during 2009-2018, 114 (64%)
occurred during 2017-2018, including 93 (82%) in four
countries: Romania (46), Ukraine ( 20), Serbia (15) and
Italy (12). EU countries report 17587 measles virus
sequences to the WHO global measles surveillance
database. The most common measles virus genotypes
were D4 (21% overall, 66% in 2009-2012), D8 (45%
overall, 76% in 2013-2016) and B3 (33% overall, 58% in
2017- 2018). Conclusion. Our research illustrates the
long-term transmission of MV in Europe. Which probably
happens because of the unvaccinated people in the various
hard-to-reach groups that transmit the infection to the
general population. This situation is, of course,
inconsistent with the purpose of the WHO and UNESCO
(WHO-UNICEF, 2002) measles elimination program
already achieved in America and Australia. In order to
address the global problem of measles infection
worldwide, additional efforts are needed to identify
deficiencies in immunization among the population. As
the elimination of MV should be a problem for all EUR
countries, similar research to ours should be expanded to
obtain comprehensive information on the circulation of
MV strains in different regions across Europe.
Annals of Mechnikov Institute, 2020
The measles virus is still one of the main
causes of morbidity and mortality in children and adu... more The measles virus is still one of the main
causes of morbidity and mortality in children and adults
and is a threat of infectious outbreaks in many countries
around the world. The World Health Organization
(WHO), at the 2015 meeting in Europe, set out to
eliminate measles infection. To control the elimination of
this disease requires the accumulation of genotyping data
of the detected measles virus to interrupt the situation of
endemic spread. All six WHO regions have set a target for combating measles. In order to monitor and evaluate
the degree of endemic circulation of measles virus (MV),
the transmission chains of the epidemiologically relevant
variants of MV identified in Central and Western Europe
are analyzed. More systematic molecular monitoring and
recording of MV transmission data between many
countries can help to create a meaningful picture of the
process of eliminating the problem of the occurrence and
spread of measles infection. Goal. To study whether
molecular surveillance meets the challenge of eliminating
measles infection with the assurance of molecular data
quality, continuity and intensity of molecular monitoring
and analysis of transmission chains in different
geographical regions. Material & methods. Published
articles, molecular program for external WHO quality
assessment, WHO EUR central infectious disease
information system, and WHO measles surveillance
database. Results & discussion. According to the WHO
standardized nomenclature using the nucleotide (nt)
sequences of the N and H variable genes, wild-type
measles viruses are currently divided into 24 genotypes.
The most variable is the 450-nt variable coding sequence
of the C-terminal portion of the N protein (N-450 region)
and is used to differentiate detected MV for observation.
Antigenic differences between measles virus strains -
representatives of different genotypes are minimal, all
known genotypes of the virus belong to one serotype.
Since the beginning of molecular surveillance in Europe
in the early 1990s, only two genotypes of MV (C2 and
D6) have been identified, which have been spread
throughout the region and are therefore called indigenous European genotypes. Molecular observation has shown
that, over the years, the endemic genotypes C2 (IR /
Kempten.DEU / 23.00) and D6 (IR / Berlin.DEU / 47.00)
have changed rapidly with the circulating D7 genotype
(IR / Mainz.DEU / 06.00) to the beginning of 2003. The
imported measles virus of genotypes B3, D4, D5, D6, D8,
D9, H1 appeared in Germany from 2005 to 2009 - 2010.
Most cases were related to the measles virus of genotype
D4, and its several sub-variants. According to the
monitoring data, genotypes D8, B3, H1, D9, D4 have
been circulating in the world in recent years (from August
2017 to July 2018). Of the 179 measles deaths reported in
European countries during 2009-2018, 114 (64%)
occurred during 2017-2018, including 93 (82%) in four
countries: Romania (46), Ukraine ( 20), Serbia (15) and
Italy (12). EU countries report 17587 measles virus
sequences to the WHO global measles surveillance
database. The most common measles virus genotypes
were D4 (21% overall, 66% in 2009-2012), D8 (45%
overall, 76% in 2013-2016) and B3 (33% overall, 58% in
2017- 2018). Conclusion. Our research illustrates the
long-term transmission of MV in Europe. Which probably
happens because of the unvaccinated people in the various
hard-to-reach groups that transmit the infection to the
general population. This situation is, of course,
inconsistent with the purpose of the WHO and UNESCO
(WHO-UNICEF, 2002) measles elimination program
already achieved in America and Australia. In order to
address the global problem of measles infection
worldwide, additional efforts are needed to identify
deficiencies in immunization among the population. As
the elimination of MV should be a problem for all EUR
countries, similar research to ours should be expanded to
obtain comprehensive information on the circulation of
MV strains in different regions across Europe.
Uploads
Papers by Semen V A S I L E V I C H Buriachenko
causes of morbidity and mortality in children and adults
and is a threat of infectious outbreaks in many countries
around the world. The World Health Organization
(WHO), at the 2015 meeting in Europe, set out to
eliminate measles infection. To control the elimination of
this disease requires the accumulation of genotyping data
of the detected measles virus to interrupt the situation of
endemic spread. All six WHO regions have set a target for combating measles. In order to monitor and evaluate
the degree of endemic circulation of measles virus (MV),
the transmission chains of the epidemiologically relevant
variants of MV identified in Central and Western Europe
are analyzed. More systematic molecular monitoring and
recording of MV transmission data between many
countries can help to create a meaningful picture of the
process of eliminating the problem of the occurrence and
spread of measles infection. Goal. To study whether
molecular surveillance meets the challenge of eliminating
measles infection with the assurance of molecular data
quality, continuity and intensity of molecular monitoring
and analysis of transmission chains in different
geographical regions. Material & methods. Published
articles, molecular program for external WHO quality
assessment, WHO EUR central infectious disease
information system, and WHO measles surveillance
database. Results & discussion. According to the WHO
standardized nomenclature using the nucleotide (nt)
sequences of the N and H variable genes, wild-type
measles viruses are currently divided into 24 genotypes.
The most variable is the 450-nt variable coding sequence
of the C-terminal portion of the N protein (N-450 region)
and is used to differentiate detected MV for observation.
Antigenic differences between measles virus strains -
representatives of different genotypes are minimal, all
known genotypes of the virus belong to one serotype.
Since the beginning of molecular surveillance in Europe
in the early 1990s, only two genotypes of MV (C2 and
D6) have been identified, which have been spread
throughout the region and are therefore called indigenous European genotypes. Molecular observation has shown
that, over the years, the endemic genotypes C2 (IR /
Kempten.DEU / 23.00) and D6 (IR / Berlin.DEU / 47.00)
have changed rapidly with the circulating D7 genotype
(IR / Mainz.DEU / 06.00) to the beginning of 2003. The
imported measles virus of genotypes B3, D4, D5, D6, D8,
D9, H1 appeared in Germany from 2005 to 2009 - 2010.
Most cases were related to the measles virus of genotype
D4, and its several sub-variants. According to the
monitoring data, genotypes D8, B3, H1, D9, D4 have
been circulating in the world in recent years (from August
2017 to July 2018). Of the 179 measles deaths reported in
European countries during 2009-2018, 114 (64%)
occurred during 2017-2018, including 93 (82%) in four
countries: Romania (46), Ukraine ( 20), Serbia (15) and
Italy (12). EU countries report 17587 measles virus
sequences to the WHO global measles surveillance
database. The most common measles virus genotypes
were D4 (21% overall, 66% in 2009-2012), D8 (45%
overall, 76% in 2013-2016) and B3 (33% overall, 58% in
2017- 2018). Conclusion. Our research illustrates the
long-term transmission of MV in Europe. Which probably
happens because of the unvaccinated people in the various
hard-to-reach groups that transmit the infection to the
general population. This situation is, of course,
inconsistent with the purpose of the WHO and UNESCO
(WHO-UNICEF, 2002) measles elimination program
already achieved in America and Australia. In order to
address the global problem of measles infection
worldwide, additional efforts are needed to identify
deficiencies in immunization among the population. As
the elimination of MV should be a problem for all EUR
countries, similar research to ours should be expanded to
obtain comprehensive information on the circulation of
MV strains in different regions across Europe.
causes of morbidity and mortality in children and adults
and is a threat of infectious outbreaks in many countries
around the world. The World Health Organization
(WHO), at the 2015 meeting in Europe, set out to
eliminate measles infection. To control the elimination of
this disease requires the accumulation of genotyping data
of the detected measles virus to interrupt the situation of
endemic spread. All six WHO regions have set a target for combating measles. In order to monitor and evaluate
the degree of endemic circulation of measles virus (MV),
the transmission chains of the epidemiologically relevant
variants of MV identified in Central and Western Europe
are analyzed. More systematic molecular monitoring and
recording of MV transmission data between many
countries can help to create a meaningful picture of the
process of eliminating the problem of the occurrence and
spread of measles infection. Goal. To study whether
molecular surveillance meets the challenge of eliminating
measles infection with the assurance of molecular data
quality, continuity and intensity of molecular monitoring
and analysis of transmission chains in different
geographical regions. Material & methods. Published
articles, molecular program for external WHO quality
assessment, WHO EUR central infectious disease
information system, and WHO measles surveillance
database. Results & discussion. According to the WHO
standardized nomenclature using the nucleotide (nt)
sequences of the N and H variable genes, wild-type
measles viruses are currently divided into 24 genotypes.
The most variable is the 450-nt variable coding sequence
of the C-terminal portion of the N protein (N-450 region)
and is used to differentiate detected MV for observation.
Antigenic differences between measles virus strains -
representatives of different genotypes are minimal, all
known genotypes of the virus belong to one serotype.
Since the beginning of molecular surveillance in Europe
in the early 1990s, only two genotypes of MV (C2 and
D6) have been identified, which have been spread
throughout the region and are therefore called indigenous European genotypes. Molecular observation has shown
that, over the years, the endemic genotypes C2 (IR /
Kempten.DEU / 23.00) and D6 (IR / Berlin.DEU / 47.00)
have changed rapidly with the circulating D7 genotype
(IR / Mainz.DEU / 06.00) to the beginning of 2003. The
imported measles virus of genotypes B3, D4, D5, D6, D8,
D9, H1 appeared in Germany from 2005 to 2009 - 2010.
Most cases were related to the measles virus of genotype
D4, and its several sub-variants. According to the
monitoring data, genotypes D8, B3, H1, D9, D4 have
been circulating in the world in recent years (from August
2017 to July 2018). Of the 179 measles deaths reported in
European countries during 2009-2018, 114 (64%)
occurred during 2017-2018, including 93 (82%) in four
countries: Romania (46), Ukraine ( 20), Serbia (15) and
Italy (12). EU countries report 17587 measles virus
sequences to the WHO global measles surveillance
database. The most common measles virus genotypes
were D4 (21% overall, 66% in 2009-2012), D8 (45%
overall, 76% in 2013-2016) and B3 (33% overall, 58% in
2017- 2018). Conclusion. Our research illustrates the
long-term transmission of MV in Europe. Which probably
happens because of the unvaccinated people in the various
hard-to-reach groups that transmit the infection to the
general population. This situation is, of course,
inconsistent with the purpose of the WHO and UNESCO
(WHO-UNICEF, 2002) measles elimination program
already achieved in America and Australia. In order to
address the global problem of measles infection
worldwide, additional efforts are needed to identify
deficiencies in immunization among the population. As
the elimination of MV should be a problem for all EUR
countries, similar research to ours should be expanded to
obtain comprehensive information on the circulation of
MV strains in different regions across Europe.
causes of morbidity and mortality in children and adults
and is a threat of infectious outbreaks in many countries
around the world. The World Health Organization
(WHO), at the 2015 meeting in Europe, set out to
eliminate measles infection. To control the elimination of
this disease requires the accumulation of genotyping data
of the detected measles virus to interrupt the situation of
endemic spread. All six WHO regions have set a target for combating measles. In order to monitor and evaluate
the degree of endemic circulation of measles virus (MV),
the transmission chains of the epidemiologically relevant
variants of MV identified in Central and Western Europe
are analyzed. More systematic molecular monitoring and
recording of MV transmission data between many
countries can help to create a meaningful picture of the
process of eliminating the problem of the occurrence and
spread of measles infection. Goal. To study whether
molecular surveillance meets the challenge of eliminating
measles infection with the assurance of molecular data
quality, continuity and intensity of molecular monitoring
and analysis of transmission chains in different
geographical regions. Material & methods. Published
articles, molecular program for external WHO quality
assessment, WHO EUR central infectious disease
information system, and WHO measles surveillance
database. Results & discussion. According to the WHO
standardized nomenclature using the nucleotide (nt)
sequences of the N and H variable genes, wild-type
measles viruses are currently divided into 24 genotypes.
The most variable is the 450-nt variable coding sequence
of the C-terminal portion of the N protein (N-450 region)
and is used to differentiate detected MV for observation.
Antigenic differences between measles virus strains -
representatives of different genotypes are minimal, all
known genotypes of the virus belong to one serotype.
Since the beginning of molecular surveillance in Europe
in the early 1990s, only two genotypes of MV (C2 and
D6) have been identified, which have been spread
throughout the region and are therefore called indigenous European genotypes. Molecular observation has shown
that, over the years, the endemic genotypes C2 (IR /
Kempten.DEU / 23.00) and D6 (IR / Berlin.DEU / 47.00)
have changed rapidly with the circulating D7 genotype
(IR / Mainz.DEU / 06.00) to the beginning of 2003. The
imported measles virus of genotypes B3, D4, D5, D6, D8,
D9, H1 appeared in Germany from 2005 to 2009 - 2010.
Most cases were related to the measles virus of genotype
D4, and its several sub-variants. According to the
monitoring data, genotypes D8, B3, H1, D9, D4 have
been circulating in the world in recent years (from August
2017 to July 2018). Of the 179 measles deaths reported in
European countries during 2009-2018, 114 (64%)
occurred during 2017-2018, including 93 (82%) in four
countries: Romania (46), Ukraine ( 20), Serbia (15) and
Italy (12). EU countries report 17587 measles virus
sequences to the WHO global measles surveillance
database. The most common measles virus genotypes
were D4 (21% overall, 66% in 2009-2012), D8 (45%
overall, 76% in 2013-2016) and B3 (33% overall, 58% in
2017- 2018). Conclusion. Our research illustrates the
long-term transmission of MV in Europe. Which probably
happens because of the unvaccinated people in the various
hard-to-reach groups that transmit the infection to the
general population. This situation is, of course,
inconsistent with the purpose of the WHO and UNESCO
(WHO-UNICEF, 2002) measles elimination program
already achieved in America and Australia. In order to
address the global problem of measles infection
worldwide, additional efforts are needed to identify
deficiencies in immunization among the population. As
the elimination of MV should be a problem for all EUR
countries, similar research to ours should be expanded to
obtain comprehensive information on the circulation of
MV strains in different regions across Europe.
causes of morbidity and mortality in children and adults
and is a threat of infectious outbreaks in many countries
around the world. The World Health Organization
(WHO), at the 2015 meeting in Europe, set out to
eliminate measles infection. To control the elimination of
this disease requires the accumulation of genotyping data
of the detected measles virus to interrupt the situation of
endemic spread. All six WHO regions have set a target for combating measles. In order to monitor and evaluate
the degree of endemic circulation of measles virus (MV),
the transmission chains of the epidemiologically relevant
variants of MV identified in Central and Western Europe
are analyzed. More systematic molecular monitoring and
recording of MV transmission data between many
countries can help to create a meaningful picture of the
process of eliminating the problem of the occurrence and
spread of measles infection. Goal. To study whether
molecular surveillance meets the challenge of eliminating
measles infection with the assurance of molecular data
quality, continuity and intensity of molecular monitoring
and analysis of transmission chains in different
geographical regions. Material & methods. Published
articles, molecular program for external WHO quality
assessment, WHO EUR central infectious disease
information system, and WHO measles surveillance
database. Results & discussion. According to the WHO
standardized nomenclature using the nucleotide (nt)
sequences of the N and H variable genes, wild-type
measles viruses are currently divided into 24 genotypes.
The most variable is the 450-nt variable coding sequence
of the C-terminal portion of the N protein (N-450 region)
and is used to differentiate detected MV for observation.
Antigenic differences between measles virus strains -
representatives of different genotypes are minimal, all
known genotypes of the virus belong to one serotype.
Since the beginning of molecular surveillance in Europe
in the early 1990s, only two genotypes of MV (C2 and
D6) have been identified, which have been spread
throughout the region and are therefore called indigenous European genotypes. Molecular observation has shown
that, over the years, the endemic genotypes C2 (IR /
Kempten.DEU / 23.00) and D6 (IR / Berlin.DEU / 47.00)
have changed rapidly with the circulating D7 genotype
(IR / Mainz.DEU / 06.00) to the beginning of 2003. The
imported measles virus of genotypes B3, D4, D5, D6, D8,
D9, H1 appeared in Germany from 2005 to 2009 - 2010.
Most cases were related to the measles virus of genotype
D4, and its several sub-variants. According to the
monitoring data, genotypes D8, B3, H1, D9, D4 have
been circulating in the world in recent years (from August
2017 to July 2018). Of the 179 measles deaths reported in
European countries during 2009-2018, 114 (64%)
occurred during 2017-2018, including 93 (82%) in four
countries: Romania (46), Ukraine ( 20), Serbia (15) and
Italy (12). EU countries report 17587 measles virus
sequences to the WHO global measles surveillance
database. The most common measles virus genotypes
were D4 (21% overall, 66% in 2009-2012), D8 (45%
overall, 76% in 2013-2016) and B3 (33% overall, 58% in
2017- 2018). Conclusion. Our research illustrates the
long-term transmission of MV in Europe. Which probably
happens because of the unvaccinated people in the various
hard-to-reach groups that transmit the infection to the
general population. This situation is, of course,
inconsistent with the purpose of the WHO and UNESCO
(WHO-UNICEF, 2002) measles elimination program
already achieved in America and Australia. In order to
address the global problem of measles infection
worldwide, additional efforts are needed to identify
deficiencies in immunization among the population. As
the elimination of MV should be a problem for all EUR
countries, similar research to ours should be expanded to
obtain comprehensive information on the circulation of
MV strains in different regions across Europe.