Nella stagione 2005-2006 il Foggia disputa il girone B del campionato di Serie C1, con 40 punti si piazza al13º posto. Per un punto evita i Play-out il Foggia in questa stagione, gioca un campionato sempre in zona bassa, ha raccolto 20 punti sia nel girone di andata ed in quello di ritorno. Sulla panchina dei satanelli si sono alternati tre allenatori, ma almeno si è riusciti a mantenere la categoria. Miglior realizzatore rossonero di stagione l'argentino Lucas Cantoro autore di 11 reti. Nella Coppa Italia di Serie C il Foggia vince il girone G di qualificazione, eliminando la Pro Vasto, il Giulianova, il Melfi ed il Chieti, poi supera il Giugliano nel doppio confronto del secondo turno, ed esce superato dal Napoli nei sedicesimi di finale, subendo due sconfitte.