NeuroLex

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Schermata della pagina iniziale di NeuroLex (2014)

NeuroLex è un lessico dinamico dei concetti che correlano alle neuroscienze.[1] La sua struttura è quella di una wiki semantica, dal momento che utilizza come motore di ricerca il Semantic MediaWiki. NeuroLex è sostenuto dal progetto Neuroscience Information Framework.

Sinossi

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Lo scopo di NeuroLex è quello di aiutare a chiarire e definire i termini che i neuroscienziati utilizzano per condividere i loro dati (http://neurolex.org/wiki/Category:Data_object), in modo che i sistemi di informazione come il NIF possano trovare i dati più facilmente e fornire più potenti mezzi per l'integrazione dei dati che si trovano in risorse distribuite. Uno dei grandi ostacoli per l'integrazione dei dati nelle neuroscienze è l'utilizzo di una terminologia spesso vaga, fino all'essere inconsistente nei database e in altre risorse (http://neurolex.org/wiki/Category:Structured_knowledge_resource) come nella letteratura scientifica (http://neurolex.org/wiki/Category:Literature_corpus). Quando si utilizzano gli stessi termini per designare cose differenti, non si può rispondere facilmente agli interrogativi che necessitano di consultare molteplici risorse. Ad esempio, se tre database hanno informazioni riguardanti quali geni sono espressi nella corteccia, ma utilizzano diverse definizioni della corteccia cerebrale (http://neurolex.org/wiki/Category:Cerebellar_cortex), alla fine questi dati non si potranno confrontare facilmente.

Utilizzazione nell'ambito del Neuroscience Information Framework

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Il NIF permette la scoperta e l'accesso a dati di ricerca pubblica e strumenti disponibili a tutti in tutto il mondo grazie ad un ambiente a rete informatica open source. Finanziato dagli NIH Blueprint for Neuroscience Research,[2] il NIF consente a scienziati e studenti di scoprire risorse web globali nell'ambito delle neuroscienze che tagliano i confini tradizionali della conoscenza – andando da database di neuroscienze sperimentali, database clinici e di traduzione , fino alle basi della conoscenza, atlanti anatomici, e varie risorse di genetica/genomica.

A differenza dei motori di ricerca generali, il NIF fornisce un accesso più profondo verso un set di risorse più focalizzato che è rilevante per le neuroscienze, avvalendosi di strategie di ricerca "su misura" per le neuroscienze, e permettendo l'accesso a contenuti tradizionalmente “nascosti” dai motori di ricerca. Il Framework è un inventario dinamico dei databse in neuroscienze, annotati e integrati con un sistema unificato di terminologia biomedica (ad.es. NeuroLex). Il NIF supporta "queries" basati sui concetti poste su molteplici scale di strutture biologiche e su molti livelli di funzione biologica, rendendo più facile la ricerca e la comprensione dei risultati.

Come parte del NIF, viene fornita una semplice interfaccia di ricerca Archiviato il 1º aprile 2009 in Internet Archive. a molte diverse fonti di informazione in neuroscienze. Per renderle più efficaci, il NIF ha un sistema che costruisce ontologie per aiutare a organizzare i concetti delle neuroscienze in categorie gerarchiche, ad.es. dichiarando che un neurone è una cellula. Questo aiuta gli utenti nel eseguire ricerche più efficaci e per organizzare e capire l'informazione che viene presentata in risposta. Un'importante aggiunta a questo è quello di definire chiaramente e in modo inequivocabile, tutti i termini usati per descrivere i dati, ad.es., termini anatomici, tecniche, nomi di organismo.

Contenuto

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Le prime voci nel NeuroLex sono state costruite dalle ontologie NIFSTD che riassumevano il precedente vocabulario BIRNLex. Attualmente contengono concetti che spaziano dall'anatomia macroscopica, alle cellule del sistema nervoso (http://neurolex.org/wiki/Category:Nervous_system), alle strutture subcellulari (http://neurolex.org/wiki/Subcellular_Hierarchy), alla malattie (http://neurolex.org/wiki/Category:Disease), alle fisiologia e alle tecniche d'indagine. Il NIF sollecita alla comunità perché aggiunga ulteriori contenuti e perché corregga e aggiorni quelli presenti.

Note

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  1. ^ Initial content for this article was adapted from the NeuroLex project which is licensed under a Creative Commons Attribution License.
  2. ^ The NIH Blueprint for Neuroscience Research is a cooperative effort among the 16 NIH Institutes, Centers and Offices that support neuroscience research. By pooling resources and expertise, the Blueprint supports the development of new tools, training opportunities, and other resources to assist neuroscientists in both basic and clinical research. Read more about the Blueprint Archiviato il 3 marzo 2016 in Internet Archive..

Bibliografia

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Un articolo che presenta il NIF era presente nel numero 3 (volume 6) della pubblicazione Neuroinformatics del settembre 2008:

  1. Bug WJ, Ascoli GA, Grethe JS, Gupta A, Fennema-Notestine C, Laird AR, Larson SD, Rubin D, Shepherd GM, Turner JA, Martone ME, The NIFSTD and BIRNLex vocabularies: building comprehensive ontologies for neuroscience, in Neuroinformatics, vol. 6, n. 3, settembre 2008, pp. 175–94, DOI:10.1007/s12021-008-9032-z, PMC 2743139, PMID 18975148.
  2. Gardner D, Akil H, Ascoli GA, Bowden DM, Bug W, Donohue DE, Goldberg DH, Grafstein B, Grethe JS, Gupta A, Halavi M, Kennedy DN, Marenco L, Martone ME, Miller PL, Müller HM, Robert A, Shepherd GM, Sternberg PW, Van Essen DC, Williams RW., The neuroscience information framework: a data and knowledge environment for neuroscience, in Neuroinformatics, vol. 6, n. 3, settembre 2008, pp. 149–60, DOI:10.1007/s12021-008-9024-z, PMC 2661130, PMID 18946742.
  3. Gardner D, Goldberg DH, Grafstein B, Robert A, Gardner EP, Terminology for neuroscience data discovery: multi-tree syntax and investigator-derived semantics, in Neuroinformatics, vol. 6, n. 3, settembre 2008, pp. 161–74, DOI:10.1007/s12021-008-9029-7, PMC 2663521, PMID 18958630.
  4. Gupta A, Bug W, Marenco L, Qian X, Condit C, Rangarajan A, Müller HM, Miller PL, Sanders B, Grethe JS, Astakhov V, Shepherd G, Sternberg PW, Martone ME, Federated access to heterogeneous information resources in the Neuroscience Information Framework (NIF), in Neuroinformatics, vol. 6, n. 3, settembre 2008, pp. 205–17, DOI:10.1007/s12021-008-9033-y, PMC 2689790, PMID 18958629.
  5. Halavi M, Polavaram S, Donohue DE, Hamilton G, Hoyt J, Smith KP, Ascoli GA, NeuroMorpho.Org implementation of digital neuroscience: dense coverage and integration with the NIF, in Neuroinformatics, vol. 6, n. 3, settembre 2008, pp. 241–52, DOI:10.1007/s12021-008-9030-1, PMC 2655120, PMID 18949582.
  6. Marenco L, Ascoli GA, Martone ME, Shepherd GM, Miller PL, The NIF LinkOut broker: a web resource to facilitate federated data integration using NCBI identifiers, in Neuroinformatics, vol. 6, n. 3, settembre 2008, pp. 219–27, DOI:10.1007/s12021-008-9025-y, PMC 2704600, PMID 18975149.
  7. Marenco L, Li Y, Martone ME, Sternberg PW, Shepherd GM, Miller PL, Issues in the design of a pilot concept-based query interface for the neuroinformatics information framework, in Neuroinformatics, vol. 6, n. 3, settembre 2008, pp. 229–39, DOI:10.1007/s12021-008-9035-9, PMC 2664632, PMID 18953674.
  8. Müller HM, Rangarajan A, Teal TK, Sternberg PW, Textpresso for neuroscience: searching the full text of thousands of neuroscience research papers, in Neuroinformatics, vol. 6, n. 3, settembre 2008, pp. 195–204, DOI:10.1007/s12021-008-9031-0, PMC 2666735, PMID 18949581.

Collegamenti esterni

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  Portale Anatomia
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