Vennero vietati i visori oscurati davanti ai caschi, tranne quando necessari per ragioni mediche.
Venne vietato ai giocatori della difesa di effettuare delle finte per indurre movimenti illegali da parte degli offensive lineman.
Venne introdotta una penalità nel caso che una squadra, prima di un'azione formasse un raggruppamento di 12 o più giocatori, anche se prima dell'inizio dell'azione i giocatori in eccesso fossero usciti dal campo.
Venne stabilito che la scelta per il lancio della moneta fosse effettuato prima del lancio e non con la moneta in volo. Questa modifica venne introdotta a stagione iniziata in seguito a una controversia sorta durante la partita Detroit Lions-Pittsburgh Steelers in cui le scelte durante il lancio della monetina per l'assegnazione della palla nei tempi supplementari furono confuse e conflittuali ed in cui la decisione dell'arbitro finì per condizionare indirettamente l'esito dell'incontro.
I play-off iniziarono con il Wild Card Weekend il 2 e 3 gennaio 1999. I Divisional Playoff si giocarono il 9 e 10 gennaio e i Conference Championship Game il 17 gennaio. Il Super Bowl XXXIII si disputò il 31 gennaio al Pro Player Stadium di Miami.