Passato al professionismo nel 1997, si è rivelato subito un buon giocatore, specialmente sulla terra rossa, dove infatti si esprime al meglio. Mancino, dotato di un ottimo dritto e di rovescio ad una mano, l'argentino ha vinto soltanto tre tornei di singolare. La sua carriera ha subìto un primo stop nel 2001, quando per un infortunio al polso fu costretto a stare fermo per cinque mesi. Rientrato, dovette nuovamente fermarsi nel 2004: stavolta però la causa fu la positività ad un test antidoping, che lo obbligò a nove mesi di stop forzato.[1]
Dopo la "pausa", tornò a giocare ad alti livelli nel 2005 cogliendo il risultato più importante della carriera arrivando in finale al Roland Garros dove Rafael Nadal lo sconfisse in 4 set. Puerta cadde però nuovamente nella trappola del doping: proprio dopo quella finale del Roland Garros fu nuovamente trovato positivo, e dunque squalificato a vita dall'ATP (il cui regolamento prevede tale sanzione per coloro recidivi al doping).[1] Tuttavia, grazie ad uno sconto, la sua pena è stata ridotta e Puerta è tornato a giocare nell'autunno 2007 in tornei minori sudamericani.