Jones 164-szer szerepelt az amerikai válogatottban (15 gól és 22 gólpassz fűződik a nevéhez), amivel ő tartja hazája rekordját. Először a nemzeti tizenegyben 1992. szeptember 3-án, Kanada ellen játszott. Szerepelt az 1994-es, 1998-as és a 2002-es labdarúgó VB-n is. 1992-ben a barcelonai olimpián is részt vett.
Jones jelenleg az MLS-ben szereplő Los Angeles Galaxy játékosa, ahová 1996-ban, a liga indulásakor szerződött. Egyike volt azon válogatott játékosoknak, akik hazaszerződtek az új bajnokság indulásakor, ő a brazil Vasco da Gama csapatát hagyta el, ahol fél évet töltött. Korábban szerepelt az angol Coventry City csapatában a 94/95-ös szezonban.
Profi karrierjét megelőzően az UCLA egyetemi csapatában játszott, ahol 90 mérkőzésen 23 gólt lőtt.
Az amerikai bajnokságban legjobb szezonja az 1998-as volt, amikor második lett a pontlistán (19 gól+13 gólpassz), bekerült az MLS Év csapatába és őt választották az év játékosának is. 2006-ban már ő volt az egyetlen a liga történetében, aki abban a csapatban szerepelt, mint 1996-ban, a kezdetekkor. Jones MLS karrierje során 281 mérkőzésen 66 gólt lőtt, emellett 86 gólpasszt jegyez (ő a Galaxy rekordere mindhárom kategóriában). A bajnoki rájátszásban további 45 mérkőzésen szerepelt (6 gól + 13 gólpassz).
