Cette série policière met en scène une brigade de la gendarmerie nationale dirigée par une mère, Isabelle Florent, d'abord à Auxerre (1996-2000) (à environ 35 km de Noyers et environ 43 km d'Avallon selon une image du téléfilm d'introduction), puis dans le Vaucluse notamment à Beaumes-de-Venise (2001-2002) , et enfin à Grasse (2003-2007).
Sous-officier, puis officier de gendarmerie, le personnage fictif d'Isabelle Florent est titulaire de la médaille d'or de la Défense nationale avec agrafes « Gendarmerie nationale » et « Gendarmerie départementale » ainsi que de la médaille de bronze pour acte de courage et de dévouement.
La fin du trente-septième épisode, L'Ange noir, diffusé le , laisse penser qu'Isabelle Florent meurt, ce que l'actrice, Corinne Touzet dément, affirmant que son personnage finit en fait réanimé après la fin[3]. La série s'achève sur cet épisode, Corinne Touzet ayant annoncé, en , son intention de quitter la série[4].
Au départ, la série est tournée principalement à Auxerre ainsi que dans les villages alentour, comme Appoigny. La caserne est en réalité le lycée Saint-Germain, à Auxerre.
À partir de 2001 et jusqu'en 2003, l'action se situe à Beaumes-de-Venise dans le Vaucluse étant donné que l'actrice principale s'était installée dans le Luberon .
Isabelle Florent vient d'être nommée adjudant-chef dans une brigade de l'Yonne. Aussitôt arrivée, elle enquête sur le meurtre de la fille de l'un de ses collègues : cette dernière a été retrouvée violée et meurt à l'hôpital. Avant de mourir, la jeune fille n'a le temps que de prononcer un prénom : Lola. L'adjudant-chef doit faire ses preuves dans un milieu essentiellement masculin.
Une fois encore, la sortie prévue entre Nicolas et Isabelle tombe à l'eau à cause d'une femme qui arrive à la brigade, complètement déséquilibrée... Elle a agressé son voisin, persuadée que c'était un extraterrestre... Nicolas part donc furieux avec Luc, son ami, avec qui il était censé passer l'après-midi en compagnie d'Isabelle. Isabelle leur donne la consigne de rester dans l'enceinte de la caserne. Mais Luc, plus déluré encore que Nicolas, trouve une bien meilleure idée : aller explorer une vieille grotte classée de la région, encore interdite au public en attendant d'être restaurée, parce que la roche est très friable. Mais le panneau d'interdiction n'arrête pas les deux enfants qui, armés d'une torche et d'un talkie-walkie, partent à sa découverte. Alors qu'ils se sont séparés, Nicolas, apercevant celui qu'il croit être le gardien de la grotte, se cache. Quelques minutes après, une explosion se produit et les deux enfants se retrouvent coincés sous les décombres.
Sur le bord d'une route, deux hommes habillés en motards de la gendarmerie nationale arrêtent un camion. Ils invitent le chauffeur à descendre pour vérifier son chargement. Soudainement, les deux hommes l'aspergent de gaz lacrymogène et le rouent de coups avant de s'enfuir au volant du camion. Alertés, les secours arrivent trop tard : le routier est mort. Deux témoins ont assisté a la scène de crime (plus tard, Isabelle aidera la jeune femme du couple de témoins à faire cesser le père de celle-ci qui l'agresse constamment). L'adjudant-chef Isabelle Florent est chargée de l'enquête criminelle, mais peu de temps après, les bandits refont parler d'eux. Un autre routier fait les frais du duo infernal. Puis c'est au tour de deux touristes allemands. La situation devient critique, et l'adjudant-chef doit faire ses preuves, une fois de plus...
Les Trobert, exploitants agricoles, apprennent, par le biais d'une cassette vidéo envoyée par les ravisseurs, que leur fille, Marine, 20 ans, a été enlevée. Alertée par Madeleine Trobert, la mère de la jeune fille, l'adjudant-chef Isabelle Florent, à la tête d'un détachement de gendarmerie, s'installe dans la ferme des Trobert. Peu après, le ravisseur téléphone pour exiger une rançon. À la maison, le petit Nicolas est désabusé, vis-à-vis de son père qui ne viendra pas le voir en métropole. Roussillon va faire une balade à vélo dans les vignes avec Laurent Garnier, collègue et ami. À la suite d'une maladresse de Madeleine, le ravisseur apprend que la gendarmerie est sur le pied de guerre. Sur le chemin du retour, Garnier, missionné sur le dossier des voitures volées, remarque une Talbot dont l'immatriculation correspond à celle d'une voiture déclarée volée, justement. Il fait demi-tour pour s'en assurer. Alors qu'Isabelle enquête sur l'enlèvement de Marine, un homme amnésique déboule à la caserne dans un sale état. Il a dans sa main un papier où est inscrit : « Isabelle Florent. Gendarmerie ». C'est son unique moyen de découvrir qui il est. Et il compte beaucoup sur Isabelle pour l'aider. Dans le même temps, on découvre en rase campagne le corps sans vie de Laurent Garnier, l'ami de Roussillon.
Isabelle Florent, contrainte de s'impliquer personnellement dans une enquête. Seule contre tous, parviendra-t-elle à innocenter une amie très chère, accusée du meurtre de son mari? Celui-ci, journaliste, enquêtait dans le milieu de la chasse.
Isabelle et le gendarme Cluzeau patrouillent à la recherche de braconniers lorsqu'ils sont témoins d'un feu de forêt. Ils alertent les pompiers et tentent de secourir trois jeunes filles prises au piège des flammes. Mais l'une d'elles, Paula, périt devant Cluzeau.
Au petit matin, toute la brigade de gendarmerie d'Auxerre est déjà sur le qui-vive... On vient de leur signaler un cambriolage à la voiture bélier, à quelques kilomètres de là. Isabelle, Rivière, Roussillon et Cluzeau filent sur les lieux, en empruntant une vieille DS à un civil, parce que le portail est cadenassé et qu'ils ne veulent pas perdre de temps... Puis s'ensuit une véritable fusillade et ils parviennent à blesser l'un des malfrats qui s'enfuient... La fumée d'une bombe fumigène s'estompe et ils découvrent alors une jeune femme inconsciente...
Isabelle enquête sur le meurtre d'une jeune fille qui entretenait une relation avec son professeur. Il s'agit d'ailleurs du même enseignant auquel elle a toujours voué une très grande admiration. A la caserne, une nouvelle stagiaire du nom de Virginie fait son entrée.
Bernard Florent est venu passer quelques jours chez sa fille et son petit-fils. Pendant qu'Isabelle va présenter à la presse le radar de l'an 2000, Bernard et Nicolas vont pêcher. C'est lors d'une démonstration faite à la jeune Cécile, journaliste stagiaire (celle-ci est un peu déçue de faire un reportage aussi peu intéressant, mais, reconnaît-elle : « C'est normal, je débute dans le métier »), qu'Isabelle et Rivière voient passer une BMW noire immatriculée dans le Bas-Rhin à 198 km/h. Cluzeau et un tout jeune motard sont placés un peu plus loin, en contact radio avec eux et ils sont chargés d'intercepter les chauffards éventuels pour leur rappeler les limites de vitesse, avec l'humour légendaire de Cluzeau, genre : « Question à 12 points : savez-vous à quelle vitesse vous rouliez ? »... Une sombre affaire, issue 20 ans plus tôt, du passé du père d'Isabelle, force celle-ci a parcourir la région et interroger divers intervenants, à la recherche de son père, enlevé, très brutalement. Pendant ce temps, son collègue et ami intime (Philippe Kremen) l'appuie, à partir des locaux de la brigade, puis, finalement, sur le terrain. Elle permet, tout en sauvant son père, à une mère de retrouver un fils qu'elle n'avait plus vu depuis si longtemps. Dix ans, peut-être? Quant au petit Nicolas, depuis la partie de pêche, il ne veut plus devenir gendarme. Il veut être marin !
L'enquête d'Isabelle Florent l'amène jusqu'en Guadeloupe où elle enquête sur un trafic de bébés volés. Accompagnée de son fils Nicolas, elle retrouve son ex-compagnon, Hervé, le père de Nicolas.
Conduit à l'enterrement de sa mère, un détenu, Bernard Stérin, réussit à s'enfuir. Ancien bûcheron, il s'enfonce dans une grande forêt qu'il connait bien, où un meurtre fut commis il y a 12 ans. Il est tué et une amie d'Isabelle Florent, Diane Millet, dont le père a été tué par Stérin, est accusée du crime.
En parallèle, Cluzeau enquête sur une bande de jeunes tagueurs.
Accusé de dénaturer sa production, un vieux vigneron prend en otage un inspecteur des fraudes avant de mettre fin à ses jours. Isabelle, en allant chercher Nicolas à une fête, croise une femme battue. L'affaire ce complique lorsque l'époux de celle-ci, l'inspecteur des fraudes, est retrouvé mort.
Christian et Nathalie Vincenti, des éducateurs, se consacrent à la réinsertion de jeunes délinquants, au château de Saint-Fargeau. Ces jeunes sont d'autant plus mal acceptés que des cambriolages ont été commis dans les environs.
Trois jeunes bien éméchés, sortant d'une boîte de nuit, roulent trop vite avec leur voiture et heurtent un autre véhicule qui part dans le décor. Isabelle découvre plus tard que la conductrice a été assassinée.
Tandis qu'elle enquête sur l'enlèvement d’un nouveau-né, Isabelle est dérangée par un certain Magellan, un voyant qui lui propose ses services. Isabelle refuse mais, quelques jours plus tard, Magellan retrouve l'enfant.
Une jeune Britannique est retrouvée morte sur une voie ferrée. De toute évidence, elle a été jetée d’un train, peut-être par un de ces hooligans qui sèment la pagaille sur les stades de la région.
Isabelle assiste au mariage de Michel Durieux (entrepreneur de travaux publics) avec Davia, une jeune Roumaine qu'Isabelle aida autrefois. Pendant le mariage, l'ex-mari de Davia vient la menacer.
Des chauffeurs poids-lourds sont agressés en rase campagne par des malfaiteurs qui s'enfuient avec le camion et le chargement. Berthier, un chauffeur, apporte un fusil dans son camion pour tenir tête aux malfaiteurs, mais il se fait agresser.
À sa sortie de prison, Nathalie Vergne prend un taxi. En route, le chauffeur s'aperçoit qu'il est suivi par une mystérieuse voiture qu'il finit par semer à la demande de sa cliente. Le lendemain, Nathalie est découverte morte, assassinée dans son studio.
Pour ses 15 ans, Nicolas reçoit une guitare et il prend des cours avec la jeune et jolie Mélanie. Au même moment, la brigade a fort à faire : un assassin en série assassine des femmes en les égorgeant, sans mobile apparent. Un criminologue vient épauler Isabelle et Roussillon dans cette affaire.
Une infirmière libérale soigne à domicile un vieux monsieur. Or, celui-ci décède brusquement et l'infirmière est suspectée d'avoir pratiqué l'euthanasie sur lui. En effet, quelques années plus tôt, elle avait aidé son père gravement malade à mourir.
Une voiture abandonnée dans les vignes est signalée à la gendarmerie. Une fois sur place, Isabelle et Rivière découvrent le cadavre d'Adèle Delestrain, riche entrepreneuse qui venait de fêter ses quarante-cinq ans la veille. Au cours de la fête d'anniversaire, son fils Simon, qu'elle avait déshérité, l'avait menacée avec un pistolet en plastique avant de s'enfuir...
Julien Walmer vit en Allemagne avec son père Udo. Ce dernier et son fils se rendent en France pour les obsèques d'une grand-mère. La mère de Julien profite de ce voyage pour enlever son fils, dont elle n'a pas obtenu la garde.
Trois hommes cagoulés s'introduisent dans une villa. Ils blessent le gardien. Pourtant, peu de choses ont disparu. Un incunable a été dérobé dans la bibliothèque.
Deux jeunes filles, Charlotte et Sylvia, vont se baigner dans une rivière au beau milieu de la forêt. Peu de temps après, Sylvia est retrouvée morte étranglée tandis que Charlotte est introuvable.
Le couple Ronel ne s'entend plus. Le mari, Jean-Pierre, un enseignant plutôt antipathique, entretient une liaison avec une de ses collègues au grand dam de Nicole, son épouse, au courant de cette situation. Cette dernière semble d'ailleurs être victime d'un chantage auquel est ne compte pas se soumettre. Plus tard dans la journée, alors qu'elle sort d'un supermarché, Nicole est abattue par un motard. Isabelle Florent suspecte immédiatement son époux. Cependant, une autre femme vient demander de l'aide à la gendarmerie car on menace de dire à ses parents qu'elle se prostitue en échange d'une partie de gains et, en plus, une jeune stagiaire, Marianne, essaie de se faire bien voir à la brigade, mais Isabelle la remet dans les rails.
Un soir, alors qu'ils rentrent en voiture chez eux, Marc et Samia Blondin en sortent et se disputent. La jeune femme avoue à son époux qu'elle va le quitter pour un autre homme… Furieux, Marc abandonne sa femme (selon ses dires) à 5 kilomètres du domicile, au bord de la route et s'en va. Le lendemain, le cadavre de la malheureuse est retrouvé dans un fossé. En parallèle, Isabelle enquête sur l'évasion de trois détenus qui ont pris une religieuse en otage.
Deux cambrioleurs s'introduisent dans la villa de René Tillon, le ligotent et le forcent à révéler ses codes de cartes bleues. Le lendemain, son cadavre est retrouvé par sa femme de ménage. L'adjudant-chef Florent pense qu'il s'agit d'une nouvelle action du gang des Saucissonneurs.
De retour chez eux, Vincent et Nathalie surprennent leur garde d'enfant fouillant dans leurs affaires. Mise à la porte, celle-ci les menace et s'enfuit en emportant les clés de leur maison. La nuit suivante, le couple est tué...
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À la fin de l'épisode, lorsque Nicolas regarde la télé, c'est un extrait d'un épisode de la saison précédente, Mortelle Cavale, que l'on peut entendre en off. La scène choisie n'inclut aucun personnage récurrent.
Michel Deniau, directeur d'une société d'installation de piscines, est retrouvé mort dans son bureau, tué par un tireur d'élite depuis un toit voisin. Après l'avoir assassiné, le tueur lui a ôté son alliance. Isabelle se rappelle d'une affaire similaire datant d'il y a 8 ans impliquant Thomas Finckel et dont elle n'a jamais réussi à prouver la culpabilité.
Sandrine Larcher, travaillant pour une agence immobilière, est retrouvée morte dans la piscine d'une villa qu'elle devait mettre en vente. Dans la villa, toutes les pièces sont vides exceptée une.
Une jeune professeuse de français est retrouvée chez elle, tuée d'une balle à la tempe. Elle était en conflit avec ses élèves par manque d'autorité. Isabelle apprend qu'elle était battue par son mari. À la suite de la mort de cancer d'une femme qu'elle avait mise en prison, elle devient tutrice de la jeune Chloé.
Psychiatre de profession, Lisa Bourgueil anime une émission de radio nocturne durant laquelle des personnes l'appellent et lui confient leurs problèmes. Un soir, pour l'énième fois, un mystérieux auditeur passe à l'antenne et menace de mort l'animatrice, qui refuse malgré tout de porter plainte. Après l'émission, Lisa prend un taxi et se fait déposer en pleine campagne, près d'une vieille chapelle. Par peur de se faire agresser, son chauffeur démarre et abandonne la jeune femme. Le lendemain, le corps de celle-ci est découvert sur le bord de la route.
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Isabelle devient officiellement lieutenant en fin d'épisode.
Une voiture roulant à vive allure force le barrage des gendarmes Lestac et Rosen avant de sortir de route. Le corps d'une jeune fille est retrouvé dans le coffre. Pendant ce temps, à la gendarmerie, un homme vient signaler la disparition de son épouse, qui était en fait une complice de hold-up en cavale, sa fille est assassinée, et le Gendarmerie découvre une jeune femme séquestrée dans une maison de vacances d'un savonnier de Cannes .
Chloé, fille adoptive d'Isabelle Florent, est prise en otage par un homme qui a réussi à s'introduire dans la gendarmerie et qui demande à Isabelle de faire libérer Césari, un suspect dans plusieurs affaires de pédophilie. Aussitot libéré, Cesari se fait enlever et tuer, le ravisseur de Chloé accompagné de son frère et de son fils veulent tuer un complice de Césari. Cependant, c'était Roussillon, mais il possédait un gilet pare-balles.
À la suite d'une intervention qui tourne mal, Isabelle Florent se retrouve au centre d'une enquête interne médiatisée. Gilbert Marchand, qu'Isabelle avait arrêté lors de sa première enquête à Auxerre, la reconnaît à la télévision. En déposant Chloé, devant le lycée, Isabelle va faire le tour de la 205 de Gilbert Marchand. En revenant à sa voiture, Isabelle est surprise par Gilbert Marchand, caché à l'arrière de celle-ci. Celui-ci l'oblige à conduire jusqu'à sa planque, où l'attend un de ses anciens codétenus. Chloé, à sa sortie des cours, reçoit sur son téléphone un message d'Isabelle qui l'inquiète et contacte alors le capitaine Kremen. Celui-ci parvient à retrouver Isabelle qui, néanmoins, est grièvement blessée lors d'une fusillade. La fin de l'épisode laisse penser qu'elle meurt dans l'ambulance qui la conduit à l'hôpital.