Les gastroentérites occupent la 2e place des infections communautaires après les infections respiratoires.
Globalement, les virus représentent l’étiologie la plus fréquente occupant les 2/3 des cas. Il ne s’agit pas des entérovirus, pour lesquels l’infection du tube digestif, constante, est asymptomatique. Il s’agit de virus longtemps méconnus, car difficiles ou impossibles à isoler en culture de cellule in vitro et reconnus initialement par examen en microscopie électronique des selles où ils sont excrétés en abondance.
Il s’agit généralement d’infections de courte durée dominées par des troubles digestifs aiguës mais le pronostic peut être sévère chez les sujets fragilisés (extrêmes d’âge).
La morbidité, le cout considérable et la mortalité qui reste élevée dans le pays en voie de développement imposent une prise en charge adaptée sur le plan médical.
2- Etiologies :
2-1- Rotavirus :
Classification : Famille : Reoviridae. Genre : Rotavirus. On distingue 7 groupes A à G sans communauté antigénique (protéine VP6).
Structure : Virus non enveloppés, capside à symétrie icosaédrique en forme de roue. Génome : ARN double brin segmenté (11 segments). Ces 11 segments du génome codent pour 6 protéines structurales (VP1 à 4 et VP 6 à 7) et 5 protéines non-structurales (NSP1 à 5) NSP4 joue un rôle important dans le mécanisme de la diarrhée. Les Rotavirus présentent une très grande diversité génétique et antigénique: réassortiment de segments entre différentes souches d’un même groupe ou réarrangement des séquences d’un même segment. Virus très résistant dans le milieu extérieur.
Points particuliers :
Rotavirus du groupe A :
Agent étiologique majeur des gastroentérites infantiles.
Epidémie hivernale dans les pays tempérés. Gastroentérites chez les enfants entre 6 et 24 mois (˃90% des enfants âgés de 3 ans ont été en contact avec le Rotavirus) et sont responsable d’infections communautaires et nosocomiale (dans les services de pédiatrie). Infections asymptomatiques chez les enfants de plus de 3 ans et les adultes. Rotavirus du groupe B : épidémies humaines rapportées en Chine. Rotavirus du groupe C: cas occasionnels.
2-2- Calicivirus :
Classification : Famille : Caliciviridae. Deux genres infectent les animaux et l’homme (gastroentérite) : Norovirus ( V.Norwalk) , Sapovirus (V.sapporo). Très grande diversité génétique: Chaque genre est divisé en plusieurs génogroupes.
Structure : Petits virus non enveloppés, capside à symétrie icosaédrique. Génome : ARN simple brin de polarité positive. Virus non cultivables, très résistants notamment aux concentrations de chlore utilisées pour traiter l’eau potable.
Points particuliers :
Les virus identifiés appartiennent surtout au genre Norovirus.
Incubation courte, touchent toutes les tranches d'âge. Nombreuses épidémies en collectivités +++ 2-3- Astrovirus:
Classification : Famille : Astroviridae. Un seul genre : Astrovirus avec 8 sérotypes humains (sérotype 1 prédominant).
Structure : Petits virus non enveloppés, capside à symétrie icosaédrique. Le génome : ARN simple brin de polarité positive. Très résistants à : PH3, chloroforme, détergents, et à la chaleur. Culture possible mais délicate.
Points particuliers : Les enfants et les sujets âgés sont les cibles principales.
2-4- Adenovirus :
Classification : Famille : Adenoviridae. Genre : Adenovirus. Environ 50 sérotypes et 7 sous-groupes (A, B1, B2, C, D, E, F). Seuls les Adenovirus 40 et 41 (appartenant au groupe F) sont responsables de gastroentérites chez l’homme. Structure : Virus non enveloppés (100 nm), capside à symétrie icosaédrique. Génome: ADN linéaire bicaténaire. Virus résistants aux solvants des lipides, détergents, variations de PH, mais inactivés par le chloroforme et le formol. Culture possible mais délicate.
Points particuliers : ces virus sont surtout décelés chez l’enfant, tout au long de la vie (sans caractère saisonniers).
2-5- Autres virus :
2-5-1- Virus Aichi: décelable par microscopie électronique ou par RT-PCR.
Famille : Picornaviridae, Genre : Kobuvirus. 2-5-2- Les Torovirus appartiennent à la famille des Coronaviridae. 2-5-3- Certains sérotypes d’entérovirus (parechovirus1 anciennement echovirus22) ont notamment été ponctuellement impliqués dans les gastroentérites infantiles.
3- Epidémiologie:
3-1-Age : toutes les tranches d’âge, mais elles sont plus sévères chez le jeune enfant (˂ 3 ans).
Chez le jeune enfant (6 mois à 24 mois) : les Rotavirus sont la première cause de diarrhée. Ils provoquent souvent des épidémies hivernales. Chez l’adulte, les virus les plus souvent responsables de diarrhée sont les Norovirus (Calicivirus). Les Astrovirus sont également responsables de gastroentérites chez l’enfant et les personnes âgées.
3-2- Facteurs de gravité : La gravité des gastroentérites virales varie en fonction du niveau de développement médical du pays considéré et la situation entre les pays développés et ceux en voie de développement est très différente. Dans les pays en voie de développement: l’incidence est très élevée :
Pas de traitement des eaux usées et des eaux de boisson.
Malnutrition. morbidité et mortalité ↑ Co-infections bactérienne.
3-3- Transmission : Transmission directe : interhumaine par voie fécale-orale principalement ou par aérosols. Transmission indirecte : eau, aliments souillés (coquillages), une transmission interhumaine secondaire permet l’extension de l’infection.
3-4- Zone de diffusion : Répartition mondiales. Deux modes épidémiologiques :
Les gastroentérites survenant sur un mode endémique, avec dans les pays tempérés, une nette prédominance hivernale. Les virus les plus souvent en cause sont par ordre de fréquence : Rotavirus > Calicivirus>>>Astrovirus et Adenovirus 40 et 41. Les gastroentérites survenant par épidémies localisées : notamment dans les collectivités d’enfants ou d’adultes. Les virus en cause sont principalement : Calicivirus du genre Norovirus, Rotavirus.
4- Diagnostic virologique : Le diagnostic virologique d’une gastroentérite virale est essentiellement pratiqué pour les formes sévères de diarrhée aiguë. Le délai de résultat doit être court (au maximum quelques heures) pour avoir un intérêt dans la prise en charge du patient.
4-1- Prélèvement: Seul un prélèvement de selles est nécessaire. Il doit être effectué à la phase aiguë de la maladie.
4-2- La recherche des antigènes viraux :
Ce sont les tests de première intention. Il s'agit en général de tests d'agglutination de particules de latex sensibilisées par un anticorps spécifique, ou d'un test ELISA. Elles sont utilisées dans le diagnostic de routine pour la recherche d’antigènes de Rotavirus du groupe A et Adénovirus. La recherche d’antigènes d’Astrovirus est également possible par ELISA mais n’est pas systématique pour le diagnostic de routine.
4-3- Biologie moléculaire:
Il existe des tests diagnostiques pour l'ensemble des pathogènes cités. Le test le plus fréquemment utilisé en routine est la RT-PCR pour la détection des Calicivirus. Pour les autres pathogènes, la procédure reste lourde et coûteuse, donc réservée aux centres spécialisés et aux études épidémiologiques.
4-4- La microscopie électronique: Technique de référence.
Repose sur l’observation de la morphologie caractéristique des particules virales par une coloration négative avec du phosphotungstate (à 3%) à pH neutre, permet un diagnostic de la famille du virus (morphologie).
4-5- La culture cellulaire: Impossible ou trop délicate pour être appliquée à un diagnostic de routine. 4-6- Les examens sérologiques n’ont pas d’intérêts dans le diagnostic des gastroentérites virales.
5- Traitement-Prévention :
Il n’y a pas de traitement spécifique des gastro-entérites virales. Le traitement est uniquement symptomatique et vise essentiellement à corriger les états de déshydratation qui représentent le risque majeur de complication de la maladie. La prévention des gastroentérites virales repose surtout sur les mesures d’hygiène, A ce jour, les tentatives de vaccination pour le Rotavirus sont des échecs.
