Kaudesta 1987–1988 kauteen 1999–2000 Johnson pelasi koripalloa NBA-ammattilaisliigassa. Hän aloitti ammattilaisuransa Cleveland Cavaliersissa, josta hän siirtyi helmikuussa 1988, kesken kauden 1987–1988, Phoenix Sunsiin. Hän edusti Sunsia koko loppu-uransa. Hänet nimettiin neljä kertaa, vuosina 1989, 1990, 1991 ja 1994, NBA:n toiseen tähdistökenttään ja kerran, vuonna 1992, liigan kolmanteen tähdistökenttään. Hän myös pelasi kolmesti NBA:n tähdistöottelussa. Vuonna 1994 Johnson oli voittamassa Yhdysvaltain joukkueessakoripallon maailmanmestaruutta;[2] hänet valittiin joukkueeseen täydennyksenä loukkaantuneen Isiah Thomasin tilalle.[3]