Herramientas
Bioinformaticas
Integrantes:
• Quispe Cutipa,Cristian
• Quirper Ccama,Brenda
• Paucar Ochoa,Jefferson
• Parisuaña Berrios,Soledad
NCBI (Centro Nacional para la Información
Biotecnológica )
¿QUÉ ES?
Importante fuente de información de biología molecular.
Almacena y constantemente actualiza la información
referente a secuencias genómicas en GenBank, un índice Dirigido por David Lipman,
uno de los autores originales
de artículos científicos referentes a biomedicina, del programa de alineación
de secuencias BLAST y una
biotecnología, bioquímica, genética y genómica en figura extensamente
respetada en bioinformática.
PubMed, una recopilación de enfermedades genéticas
humanas en OMIM, además de otros datos
biotecnológicos de relevancia en diversas bases de datos.
BLAST (Basic Local Alignmet Search Tool)
¿QUÉ ES?
Es un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local ,ya sea de ADN,ARN o de proteínas. El
programa es capaz de comparar una secuencia problema (también denominada en la literatura
secuencia query) contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una base de datos.
¿QUÉ ALGORITMO USA?
BLAST usa un algoritmo heurístico por lo que no nos puede garantizar que ha encontrado la solución correcta.
Sin embargo, BLAST es capaz de calcular la significación de sus resultados, por lo que nos provee de un
parámetro para juzgar los resultados que se obtienen.
¿QUIÉNES LO DESARROLLAN?
BLAST es desarrollado por los Institutos Nacionales de Salud del gobierno de EE. UU., por lo que es de
dominio público y puede usarse gratuitamente desde el servidor del
Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI). También está disponible para ser instalado
localmente.
ARTEMIS (Planificación de proyectos)
¿QUÉ ES?
Artemis combina la planificación de proyectos y la programación con el control de costes y
gestión de recursos. Los primeros productos se venden como sistemas llave en mano: tanto el
hardware (la serie Hewlett Packard 21) y el software integrado en un escritorio.
¿QUIÉNES LO DESARROLLAN?
Desarrollado por Sistemas de Gestión de Metier en 1978, un producto de la hermana de Apolo,
primero de Métier PERT sistema de programación de la red puso en marcha en 1977. Apolo y
Artemisa fueron los primeros sistemas de gestión de proyectos a gran escala disponibles en los
mini-ordenadores ( en contraposición a los mainframes) y el primer éxito comercial del mundo
base de datos relacional sistema.
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)
¿QUÉ ES?
Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto es una colección de
bases de datos en línea de genomas, rutas enzimáticas, y
químicos biológicos. La base de datos PATHWAY registra las KEGG mantiene cinco bases
de datos principales:
redes de interacciones moleculares dentro de las células, y KEGG Atlas
KEGG Pathway
variantes de ellas específicas a organismos particulares. KEGG Genes
KEGG Ligand
KEGG BRITE
NBCI: Una de las bases de datos más conocidas presentes en el NCBI es el GenBank. Esta base de datos consta
de 59,750,386,305 bases en 54,584,635 entradas en las divisiones más comúnes de GenBank (EST/UniGene,
STS, GSS HTGS)y 63,183,065,091 bases en 12,465,546 entradas en la división WGS (Febrero 2006).
Base
De
Datos
Buscador
Lista de
recursos
Prueba a su amplia base de datos:
Ya en el link de prueba o busqueda
referido que tenemos le damos click a la
opcion FASTA y nos arrojara como un
codigo.
Ya en FASTA
BLAST: permite seleccionar una secuencia (query) y realizar alineamientos de pares de secuencias con todas las
secuencias de base de datos entera (target)!
Realiza millones de alineamientos!
Y devuelve los más relacionados con la query.
TOMANDO EL
EJEMPLO
ANTERIOR VEMOS
QUE TAMBIEN
NOS SALE LA
OPCION BLAST
QUE NOS PERMITE
VER SU
SECUENCIA
A
CONTINUACION:
DAMOS CLICK Y
NOS DARA
RESULTADOS
HERRAMIENTA BIOINFORMATICA
ARTEMIS
El programa Artemis consiste en una herramienta para anotar y navegar en los
genomas, permitiendo la visualización de las características de la secuencia, permite
la visualización de características de secuencia, datos de la secuenciación y los
resultados de los análisis en el contexto de la secuencia, como también la traducción
en sus seis
marcos de lectura Open Reading Frame (ORF).
Se usa para la anotación de genes; es decir,
la búsqueda de los genes, asignando la
función y otras características biológicas a
una secuencia de ácido desoxirribonucleico
(ADN). Estos programas se fortalecieron a
base del progreso de la secuenciación
masiva de genomas completos.
BASE DE DATOS KEGG
Mediante esta exploracion en la pagina WEB identificando así el
contenido que ofrece esta enciclopedia
Rutas
metabólicas
o mapas
metabólicos
Tabla de Ingresamos a
contenidos y un mapa
posibilidades metabólico
que da
KEGG
Como ejemplo
ingresamos al
primero
(metabolismo)
Selecionamos
Vías
metabólicas
Como resultado tenemos su mapa metabólico.
Son mapas con un punto de inicio y aun punto a donde se llega,
pero también se ve puntos intermedios.
Modelo de
estudio Biológico
KEGG
Este programa nos da a
conocer toda la
información de la
bacteria erigida para
estudiarlo
(Pseudomonas
aeruginosa )
EL NCBI NOS LOS DATOS DEL GENOMA QUE MI
NCBI GRUPO ESTDIARA Pseudomonas aeruginosa
El NCBI nos da la secuencia
de la bacteria Pseudomonas
aeruginosa
BLAST trabaja con el NCBI ya que al ingresar la
secuencia podemos encontrar todos los datos de la
BLAST bacteria Pseudomonas aeruginosa
PUBMED
EN ESTE PROGRAMA
PODEMOS INVESTIGAR
SOBRE NUESTRA
BACTERIA (Pseudomonas
aeruginosa)
PARA LUEGO PODER
CITAR DE LA MISMA
PAGINA
