Trabajo práctico Nº 2

Estructura tridimensional de
proteínas
 Introducción
Las proteínas son macromoléculas encargadas de las funciones biológicas y estructurales de las
células. Es por esto que su investigación es tan importante para comprender los procesos
biológicos ya que facilita su uso dentro de variadas áreas industriales, farmacológicas y
académicas.
Las macromoléculas biológicas son llamadas polímeros, los cuales están formados por pequeñas
unidades básicas y repetitivas llamadas monómeros. En el caso de las proteínas, los monómeros
corresponden a los aminoácidos. Son 20 los aminoácidos básicos que componen todas las
proteínas, sin embargo existe una mayor variedad de ellos dentro de las proteínas existentes.
Cada aminoácido individual está compuesto por un grupo amino, un grupo carboxilo que se
conserva en todos ellos, diferenciándose por una cadena lateral, la cual es distinta para cada
aminoácido y le confiere distintas propiedades fisicoquímicas.
Los aminoácidos se unen al reaccionar el grupo carboxilo de uno con el amino del siguiente,
formando enlaces peptídicos planos que poseen la característica de estar restringidos por el
volumen de las moléculas en base a dos ángulos diedros bien definidos entre átomos ( Φ y Ψ ) que
nos proporcionan información respecto de si la conformación del enlace o de la proteína tiene
posibilidad de existir.
Luego del contínuo enlace polipeptídico, se forma una cadena lineal de aminoácidos que
constituye la estructura primaria de la proteína, luego la proteína se va plegando mediante
interacciones entre los residuos aminoacídicos y formando puentes de hidrógeno, confiriéndole
una estructura tridimensional a la molécula. Ésto último da lugar a estructuras conocidas como α
-hélices y láminas β que junto a otras repeticiones y combinaciones de ellas mismas llamadas
motivos, conforman la estructura secundaria de las proteínas. El plegamiento de las proteínas
continúa hasta formar las estructuras terciarias y cuaternarias, las cuales se componen de
repeticiones y distintas conformaciones de las estructuras secundarias antes mencionadas,
formando un gran conglomerado formado por una o más cadenas polipeptídicas.
Es a partir de la formación de la estructura terciaria que la proteína posee su función biológica, ya
que la disposición de los residuos en el medio y flexibilidad de la molécula es vital para poder
interactuar de manera específica con su ligando. Por esta razón, dilucidar la estructura
tridimensional de una proteína es esencial para entender su función. Para este fin se han
desarrollado diversas técnicas como la difracción de rayos X, microscopía electrónica, RMN
además de la inferencia de estructuras por medio de homologías. Los resultados de la
investigación de una estructura proteica luego son compartidos para su revisión y validación en
bancos de datos digitales tales como el Protein Data Bank (PDB).
En este práctico se utilizó el programa VMD para poder visualizar y analizar la estructura
tridimensional de dos aminoácidos y de la proteína T-Rex de ​Thermus aquaticus cuyo código en
PDB corresponde a 3IKT.

Resultados y discusión

Reconociendo estructuras de los aminoácidos

Se eligieron los aminoácidos asparagina y cisteína para su visualización en el programa VMD, los
cuales se muestran en las Figuras 1 y 2.
Figura 1​. A la derecha se observa la visualización de la asparagina en el programa VMD. En azul los átomos de
nitrógeno, con el grupo amino destacado, en rojo los átomos de oxígeno con el grupo carboxilo destacado, en amarillo la
cadena lateral y en cian los átomos de carbono, destacando el carbono α . A la izquierda la asparagina visualizada de
manera equivalente a la configuración de Fisher.

El estado de protonación que se muestra para la asparagina es posible a pH 7, ya que el pKa del
grupo carboxilo es de 2,02 y el del grupo amino es de 8,80 [1]; lo que implica que teóricamente a
pH fisiológico el aminoácido estaría en su forma zwitteriónica. Es decir, con su grupo amino
protonado y su grupo carboxilo desprotonado. Tal como se muestra en la Figura 1.
Como se puede observar de igual forma en la Figura 1, al visualizar este aminoácido en estructura
de Fisher, es posible observar que corresponde a una L - Asparagina.

Figura 2: Visualización del aminoácido L-cisteína a través del programa VMD. En la imagen de la izquierda se
encuentran identificados los grupos funcionales (grupo amino y carboxilo) además del Carbono α (Ca) y la cadena
lateral compuesta por un metilo y un átomo de azufre (amarillo). A la derecha se encuentra el aminoácido con los
átomos ordenados según la proyección de Fischer.

Los átomos que componen a este aminoácido en base a la figura 2 y el código de colores
entregado por el programa VMD corresponden: para el grupo amino, un átomo de nitrógeno (azul)
y tres de hidrógeno (blanco), lo que indica que está en su forma protonada ( N H +3 ). El grupo
carboxilo compuesto por un átomo de carbono (celeste) y dos de oxígeno (rojo), lo que señala que
se encuentra desprotonado ( C OO − ). Al centro, el carbono alfa con un átomo de hidrógeno. La
cadena lateral está constituida por un metilo y un átomo de azufre (amarillo) como se indica en la
descripción de la figura 2.

Que el grupo amino se encuentra protonado quiere decir que el átomo de nitrógeno se encuentra
enlazado con un hidrógeno (o protón H + ) extra, lo que le confiere una carga neta positiva. El
caso del grupo carboxilo desprotonado (como se observa en la figura 2) significa que el grupo
perdió un protón H + , quedando con una carga neta negativa.

Conociendo el valor del pKa de una molécula y el pH del medio, se puede saber el porcentaje
aproximado de moléculas que se encontraran en su forma protonada o desprotonada. Para
aminoácidos, los grupos que alternan entre estas formas serán, principalmente, los grupos amino
y carboxilo, ya sea los que estén unidos directamente al carbono alfa o los que se encuentren en
la cadena lateral. El pKa del grupo amino es de 9,6 mientras que el del carboxilo es de 2,3.

Para el caso concreto presentado en la figura 2, se observa que estos grupo son los que están
unidos al carbono alfa. Como se dijo anteriormente, el grupo amino está en su forma protonada y
el carboxilo desprotonada, lo que sería posible a un pH mayor que 2,3 y menor que 9,6; es decir
que a un pH fisiológico ≈ 7, esta forma de zwitterión (grupo amino: N H +3 , grupo carboxilo: C OO − )
sí sería posible.

El aminoácido representado en la figura 2 corresponde a una L-cisteína. Esto se determinó en

base a la configuración de Fisher ilustrada en la imagen de la derecha de la figura 2. Orientando el
grupo más oxidado hacia arriba, en este caso el grupo carboxilo, se puede ver que el grupo
funcional (grupo amino) se encuentra a la izquierda del carbono alfa, lo que indicaría que se trata
del enantiómero L de la cisteína.

Visualización de una estructura de proteína

Mediante el programa VMD se representó la proteína T-Rex de ​Thermus aquaticus, y se

analizaron sus distintos niveles estructurales y conformación.

Figura 3​.Visualización de la proteína T-Rex de ​Thermus aquaticus​ en VMD

Estructura secundaria y ángulos diedros

A continuación se muestran las figuras 4 y 5 donde se puede observar una estructura secundaria
de tipo alfa hélice perteneciente a la cadena A de la proteína con los ángulos diedros (Phi y Psi)
señalados.

Figura 4: Átomos de la cadena principal (sin cadenas laterales) de una estructura alfa hélice con los ángulos Phi de los
residuos Leu 15, Arg 16 e Ile 17.

Figura 5: ​Átomos de la cadena principal (sin cadenas laterales) de una estructura alfa hélice con los ángulos Psi de los
residuos Leu 15, Arg 16 e Ile 17

Tabla I​: Ángulos diedros Phi (φ) y Psi (ψ) de tres residuos consecutivos pertenecientes a una alfa hélice de la cadena A.

Para estos residuos encontrados en una estructura alfa hélice, ambos ángulos tienen valores
negativos, por lo que en un gráfico de Ramachandran, se ubicarían en el tercer cuadrante. Este
cuadrante en el gráfico de Ramachandran es donde se encuentran los residuos que constituyen
las alfa hélices dextrógiras (giro hacia la derecha).

En las figuras 6 y 7 que están a continuación, se presenta una estructura secundaria de tipo beta
lámina que fue identificada de la cadena A de la proteína.
Figura 6: Átomos de la cadena principal (sin cadenas laterales) de una estructura beta lámina con los ángulos Phi de
los residuos Ile 168, Leu 169 y Asn 170.

Figura 7: Átomos de la cadena principal (sin cadenas laterales) de una estructura beta lámina con los ángulos Psi de
los residuos Ile 168, Leu 169 y Asn 170.

Tabla II: Ángulos diedros Phi (φ) y Psi (ψ) de tres residuos consecutivos pertenecientes a una beta lámina de la cadena
A.

Para el caso de estos residuos pertenecientes a una estructura beta lámina, los ángulos diedros
dieron un valor negativo para el ángulo Phi y positivo para el ángulo Psi, por lo que en un gráfico
de Ramachandran se encontrarían en el segundo cuadrante. El segundo cuadrante es donde se
ubican los residuos que constituyen las beta lámina.

Figura 8: Gráfico de Ramachandran con la posición aproximada de los residuos a los cuales se les midió los ángulos
Phi y Psi en una estructura alfa hélice (naranjo) y beta lámina (rosado). Circulos morados indican las zonas donde se
forman Beta láminas y alfa hélices.
En estos diagramas bidimensionales llamados gráficos de Ramachandran se señalan los valores
de los ángulos phi y psi que están permitidos (o prohibidos) según un criterio de interacciones
estéricas, es decir, que hay pares de estos ángulos que serán imposibles de adquirir por la
proteína pues la estructura de su cadena no lo permitirá, mientras que habrá otros que serán
completamente compatibles y estabilizadores, formando así estructuras características como las
alfa hélices y las beta lámina.

En la figura 8 se pueden visualizar las posiciones aproximadas de los residuos medidos que
tendrían en un gráfico de Ramachandran. Como se puede observar, las posiciones tanto para los
residuos pertenecientes a las alfa hélices como a los pertenecientes a las beta láminas, coinciden
con las zonas donde son posibles esas estructuras.

Residuos hidrofóbicos y polares

Las cadenas laterales son las que les confieren las propiedades polares o hidrofóbicos a los
aminoácidos. Es así como aminoácidos con cadenas laterales en donde haya grupos funcionales
que puedan adquirir cargas son considerados polares; ejemplos de estos son la serina,
asparagina y la cisteína. Estos interaccionan de buena manera con solventes polares como el
agua. Por otro lado, hay cadenas laterales que no presentan ningún tipo de carga y que consisten
básicamente cadenas hidrocarbonadas solamente, estas son consideradas hidrofóbicas y tienden
a no interaccionar con solventes u otras moléculas polares. La alanina, la leucina y la fenilalanina
son ejemplos de aminoácidos hidrofóbicos.
Estas características son de suma importancia y guardan una estrecha relación con la disposición
espacial de los aminoácidos dentro de una proteína y el plegamiento de estas mismas.

Para evaluar la disposición espacial de los aminoácidos según sus propiedades hidrofóbicas o
polares, se representó a la proteína T-Rex como VDW y se colorearon los residuos polares de
verde y los hidrofóbicos de blanco.

Figura 9: Representación VDW de la proteína T-Rex. En verde los residuos polares y en blanco los hidrofóbicos. En la
imagen de la derecha los residuos hidrofóbicos se transparentaron.

Como se logra observar en la figura --, los residuos considerados polares (verde) tienden a
ubicarse en las zonas más superficiales de la proteína, mientras que los hidrofóbicos (blanco) se
ubican en las partes más internas.
Esta conformación globular en donde residuos hidrofóbicos van al centro y residuos polares en la
superficie es sumamente habitual encontrarla cuando la proteína se encuentra en un medio polar,
como por ejemplo agua. Las moléculas de agua son altamente polar, y por lo tanto, interaccionan
de mejor manera con otras partículas polares. Por lo tanto, esta conformación que adquiere la
proteína sería la forma más estable entrópicamente al visualizar también el medio, pues habría
menor cantidad agua “ordenada” ya que los aminoácidos hidrofóbicos, aquellos que no
interaccionan bien con el agua, estarían recubiertos en gran medida por aminoácidos polares.

Visualización de la estructura cuaternaria de la proteína

La proteína T-Rex ​Thermus aquaticus ​es una proteína constituida por dos subunidades proteicas,
la cadena A y la cadena B. Ambas cadenas son similares en plegamiento y estructura, por lo tanto
se trata de un homodímero.

Figura 10: Representación de la proteína T-Rex identificando la cadena A (azul, CPK) y la cadena B (roja, CPK)
además de los residuos participan de la unión con el ligando (blanco, VDW).

Como se puede ver en la figura 10, el sitio de unión al ligando se encuentra ubicado casi
exclusivamente a la cadena A (azul), este detalle también sale más especificado en la tabla III.

Visualización de proteínas y ligando

Una gran cantidad de proteínas requiere de un ligando que interactúe específicamente con la
estructura tridimensional de la proteína para poder ser activada o desactivada. En el caso de la
proteína T-Rex anteriormente presentada, la cual corresponde a un represor transcripcional, uno
de sus ligandos es el NAD+, el cual se une a un sitio específico de la proteína, afectando su
función.
Figura 11​. Visualización en 3D View de RCSB PDB de la proteína T-Rex cristalizada junto a un fragmento de ADN y su
ligando señalizado en un círculo naranjo.

Figura 12​. Visualización en 3D View de RCSB PDB de ligando [NAD]500:A formando puentes de hidrógeno (líneas
punteadas azules) y teniendo contactos hidrofóbicos (líneas punteadas grises) con los residuos de la proteína T-Rex

Tabla III​: Residuos proteicos de T-Rex que forman puentes de hidrógeno con las respectivas estructuras del ligando

Residuo proteico Estructura del ligando

[ASP] 112:A. OD1 [NAD]500:A.02B

[ASP] 112:A. OD2 [NAD]500:A.03B

[LYS] 117:A.NZ [NAD]500:A.03B

[ARG] 90:A.N [NAD]500:A.02A

[LEU] 91:A.N [NAD]500:A.02N

[TYR] 98:B.OH [NAD]500:A.02D

[VAL] 148:A.O [NAD]500:A.03D

Mutaciones que podrían afectar la unión de la proteína a este ligando pueden ser:
1. Cambio de la tercera base para los posibles codones de tirosina (UAU ó UAC)[1] para el
residuo [TYR] 98:B.OH por una adenina o una guanina. Lo que daría como resultado un
codón de término (UAA ó UAG) en vez de uno codificante para tirosina y, en consecuencia,
que gran parte del resto de la proteína no se sintetice, disminuyendo el número de puentes
de hidrógeno con el ligando de 7 a 2.
2. De la misma forma, el cambio de la tercera base de 2 de los 6 posibles codones que
codifican para leucina (UUA ó UUG) por una citosina o un uracilo para el residuo [LEU]
91:A.N resultaría en un codón de codificación para fenilalanina (UUU ó UUC). Esto
dificultaría la unión del ligando a la proteína debido a que la fenilalanina es un residuo
aminoacídico apolar, por lo que es hidrofóbico y no podría formar un puente de hidrógeno
con el ligando.

Conclusiones

● Que una proteína adquiera una determinada estructura secundaria depende

fundamentalmente de la conformación de la cadena polipeptídica y las interacciones de
tipo estérico que puedan haber. Esto determinará los ángulos de rotación entre los átomos
de la cadena principal y por consiguiente su estructura secundaria, ya sea alfa hélice o
beta lámina.
● El plegamiento de las proteínas y la ubicación de los tipos de residuos (apolares e
hidrofóbicos) dentro de la misma está estrechamente relacionado con las propiedades
(polar o apolar) del medio en donde se encuentre la proteína. Si el medio es polar, los
residuos polares tenderán a ubicarse en la superficie y los hidrofóbicos en las zonas más
internas, si el medio es apolar sucederá lo contrario.
● El cambio de alguno de los residuos aminoacídicos de la proteína que interaccionan con el
ligando puede causar una pérdida de función e inclusive ocasionar una pérdida de
estructura, lo que de igual manera se traduce en la pérdida de la función de la proteína.

Bibliografía
1.Nelson, D y Cox, M (2009). Lehninger Principios de Bioquímica, 5a Edición, Ediciones Omega;
Barcelona, España; pp 71 – 117; 1069