Die Saison 1999/2000 war die 43. und letzte Spielzeit der FIBA Euroleague, die von der FIBA Europa veranstaltet und bis 1991 als FIBA Europapokal der Landesmeister sowie von 1991 bis 1996 als FIBA European Championship bezeichnet wurde.
Im Jahr 2000 traten viele der bedeutendsten Klubs der unabhängigen Vereinigung ULEB bei mit dem Ziel einen eigenen, wirtschaftlich moderneren und effizienteren Wettbewerb ins Leben zu rufen, was mit der EuroLeague auch realisiert wurde. Daraufhin stellte die FIBA ihre FIBA Euroleague ein und versuchte mit der Errichtung der FIBA Suproleague ein Gegengewicht herzustellen, was aber nach nur einer durchgeführten Saison scheiterte.
Es nahmen 24 Mannschaften am Wettbewerb teil, darunter der Titelverteidiger aus dem Vorjahr und die Meister sämtlicher nationalen Ligen. Die besten nationalen Ligen in Europa durften zudem bis zu zwei weitere Mannschaften teilnehmen lassen. Die Anzahl an Vereinen pro Nationen in der Übersicht:
Es wurden vier Gruppen mit je sechs Mannschaften gebildet. Das Format war ein Rundenturnier, jeder spielte zweimal gegen jeden, sodass ein jedes Team 10 Spiele absolvierte. Nach dieser Gruppenphase war noch keine Mannschaft ausgeschieden, stattdessen wurden alle Mannschaften in die zweite Gruppenphase mit anderen Gruppenzusammensetzungen transferiert, wobei die bisher erspielten Resultate „mitgenommen“ wurden.
Zweite Gruppenphase:
Es wurden erneut vier Gruppen mit je sechs Mannschaften gebildet. Die drei Besten einer Gruppe trafen dabei auf die drei Schlechtesten einer anderen Gruppe. Spiele gab es von nun an nur noch zwischen „neuen“ Gegner, Mannschaften die sich bereits in der ersten Gruppenphase duellierten trafen also nicht nochmal aufeinander. Die vier Gruppenbesten einer jeden Gruppe erreichten das Achtelfinale.
Achtelfinale, Viertelfinale und Final Four:
Das Achtel- und Viertelfinale wurde im „Best-of-Three“ ausgetragen. Im Achtelfinale trafen dabei die Gruppenersten auf die Gruppenvierten und die Gruppenzweiten auf die Gruppendritten aus jeweils anderen Gruppen. Das erste Spiel fand in der Halle des jeweils besser Platzierten statt, dass zweite in der Halle des Schlechterplatzierten und das falls nötig dritte Spiel wieder in der Halle des Besserplatzierten. Die vier Sieger des Viertelfinals erreichten das Final Four, aus welchem der Sieger des Wettbewerbs hervorging.
Miljan Goljović (KK Pivovarna Laško)
Panathinaikos Athen
Maccabi Tel Aviv
Željko Rebrača (Panathinaikos Athen)
Frankreich, 
Italien, 
Spanien, 
Türkei
BR Jugoslawien, 
Russland
Deutschland, 
Kroatien
Žalgiris Kaunas
Nate Huffman (Maccabi Elite Tel Aviv): 26 Punkte