Jmol
Jmol, kimyasal yapıların 3 boyutlu moleküler modellenmesine yönelik bir bilgisayar yazılımıdır.[2] Jmol, bir öğretim aracı olarak[3] veya örneğin kimya ve biyokimya araştırmaları için kullanılabilecek bir molekülün 3 boyutlu temsilini döndürür. Java programlama dilinde yazılmıştır, dolayısıyla Java yüklüyse Windows, MacOS, Linux ve Unix işletim sistemlerinde çalışabilir. GNU Kısıtlı Genel Kamu Lisansı (LGPL) sürüm 2.0 kapsamında yayımlanan ücretsiz ve açık kaynaklı bir yazılımdır.
 | |
 Jmol programı ile streptavidin'in 3B yapısının gösterimi | |
| Geliştirici(ler) | Jmol geliştirme takımı |
|---|---|
| İlk yayınlanma | 2001) |
| Güncel sürüm | 16.1.59  / 26 Şubat 2024) |
| Programlama dili | Java |
| İşletim sistemi | Çapraz platform |
| Platform | Java içeren sistemler ve Java içermeyen Web tarayıcılar |
| Erişilebilirlik | 16 dil |
Diller listesi Katalanca, Çince, Çekçe, Danca, Felemenkçe, İngilizce, Fransızca, Almanca, Macarca, Endonezce, İtalyanca, Korece, Portekizce, İspanyolca, Türkçe, Ukraynaca[1] | |
| Tür | Moleküler modelleme |
| Lisans | LGPL 2.0 |
| Resmî sitesi | jmol.org |
| Kod deposu | sourceforge.net/projects/jmol |
Popüler bir özellik, molekülleri çeşitli şekillerde görüntülemek için web sayfalarına entegre edilebilen bir uygulamadır. Örneğin moleküller top ve çubuk modelleri, boşluk doldurma modelleri, şerit diyagramlar vb. olarak gösterilebilir.[4]
Ekran görüntüleri
değiştir-
Pyrococcus furiosustan bir H/ACA kutusu RNP'sinin kristal yapısı. -
Hemoglobin tetramerindeki iki tuz köprüsü vurgulanmaktadır (hemo grubu sağ altta çubuklar halinde). -
Bir DNA parçasına bağlı, ardışık üç çinko parmak motifi oluşturan bir transkripsiyon faktörü TFIIIA parçası. -
Thermus thermophilustan öbakteriyel 70S Ribozom. -
Jmol üzerinde alfa-amilaz. Asp 300:camgöbeği, glu 233:macenta ve asp 197:sarı renkle gösterilmiş. -
Peptit Nükleik Asit (PNA) yapısı
Ayrıca bakınız
değiştirKaynakça
değiştir- ^ "Jmol translations". 3 Mart 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 6 Eylül 2023.
- ^ Chen, Jim X. (2008), Springer (Ed.), Guide to Graphics Software Tools, s. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
- ^ Herráez, A (2006), "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue", Biochemistry and Molecular Biology Education, 34 (4), ss. 255-61, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644
, PMID 21638687, 31 Mayıs 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi, erişim tarihi: 6 Eylül 2023
- ^ Herráez, A (2007), Lulu (Ed.), How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, s. 21, ISBN 978-1-84799-259-8, 6 Eylül 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi, erişim tarihi: 6 Eylül 2023
Dış bağlantılar
değiştir
Wikimedia Commons'ta Jmol ile ilgili ortam dosyaları bulunmaktadır.
- Resmî site
- Willighagen, Egon; Howard, Miguel (Haziran 2007). "Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D". Nature Precedings. doi:10.1038/npre.2007.50.1 .
- Jmol extension for MediaWiki
- Biomodel
- Molview