I det første årtusen f.Kr. var området bebodd av bl.a. getere og skytere, og på svartehavskysten anla grekerne fra 600-tallet f.Kr. kolonier som drev handel med landet innenfor. Som grenseområde til den romerske provinsen Moesia Inferior var de sørlige delene av Bessarabia en periode under sterk innflytelse fra Romerriket.
Under folkevandringene ble Bessarabia med sitt åpne landskap invadert mange ganger, og ulike folk skiftet gjennom århundrene på å dominere der, bl.a. gotere, sarmater, hunnere, gepider, slavere, avarer, ungarere, petsjeneger, kumaner og mongoler (Den gylne horde fra 1200-tallet). Ved Dnestrs utløp hadde Genova befestede handelsstasjoner fra 1300-tallet. Det førte med seg kommersielle og kulturelle kontakter med det vestlige Europa.
Fra midten av 1300-tallet, trolig fra 1359, oppstod fyrstedømmet Moldova som en videreføring av tidligere mindre politiske enheter. Det skjedde etter initiativ fra den ungarske kongen Ludvig (Lajos) 1 som en buffersone mot mongolene. De første årene var fyrstedømmet under ungarsk overhøyhet, fra 1364 (eller noe tidligere) selvstendig under Bogdan 1. Bessarabia ble i tiden fra 1370-årene til rundt 1400 innlemmet i Moldova. Språket til den dominerende folkegruppen i Moldova var rumensk, dvs. at det nedstammet fra latin med sterk innflytelse fra andre språk i området, særlig slavisk. For den generelle historien til fyrstedømmet Moldova frem til avståelsen av den østlige delen (Bessarabia) til Russland i 1812, se Romania (historie).
En kortere tid på begynnelsen av 1400-tallet var Moldova under polsk overhøyhet. Men det var tyrkerne (Osmanriket) som skulle bli den største trusselen mot moldovsk selvstendighet og territoriell integritet, og deretter, fra 1700-tallet, Russland.
Den første tyrkiske erobringen skjedde i 1484 (Cetatea Albă, tyrk. Akkerman, i dag Bilhorod-Dnistrovskyy i Ukraina), og i 1538 annekterte Osmanriket den sørøstlige delen av Moldova (Bugeac, fra 1800-tallet gjerne kalt Sør-Bessarabia). Området ble lagt under direkte tyrkisk styre. Samtidig ble det som var igjen av fyrstedømmet Moldova, autonom vasallstat under sultanen.
Osmanrikets svekkelse på 1700-tallet fristet både Østerrike og Russland til å utvide sin innflytelse. Det russiske presset mot Moldova begynte tidlig på 1700-tallet. At moldovske fyrster flere ganger søkte russisk støtte mot tyrkerne, gjorde det lettere for russerne å få innflytelse. På 1700-tallet betraktet Russland Moldova som sitt naturlige innflytelsesområde, og søkte å legge det under seg i forbindelse med flere russisk-tyrkiske kriger.
Russisk herredømme
Under Napoleonskrigene provoserte Russland frem en konflikt med Osmanriket som påskudd for å okkupere Moldova og Valakia høsten 1806. I tidens hemmelige diplomati ble de to fyrstedømmene flere ganger brukt av stormaktene som lokkemat og byttemiddel i forhandlinger med andre stormakter. Men Russland måtte gradvis redusere sitt krav om avståelse av Donaufyrstedømmene. Først ble kravet på Valakia frafalt, Russland ville nøye seg med Moldova og Bugeac. Deretter godtok Russland at ikke hele Moldova skulle avstås. Det endelige resultatet, bestemt ved fredsslutningen i Bucureşti (1812), ble at Moldova skulle deles med Prut som grenseelv.
Navnet Bessarabia hadde til da bare vært brukt om dette området i sør, men bruken ble nå utvidet til å gjelde hele den russiske erobringen. Fyrstedømmet Moldova var dermed delt omtrent på midten, med en noe større og mer fruktbar del til Russland enn det den moldovske fyrsten (under fortsatt tyrkisk overhøyhet) i Iaşi kontrollerte. Moldovske protester mot delingen ble ikke tatt hensyn til. I den russiske delen var 85 % av befolkningen moldovere (rumenere). Ved freden i Adrianopel 1829 fikk Russland etter en ny russisk-tyrkisk krig skjøvet grensen sørover slik at også Donaudeltaet ble russisk.
Den russiske forvaltningen var i begynnelsen relativt liberal. De gamle lovene skulle fortsatt gjelde. Tighina ble den første hovedstaden, men i 1818 overtok Chişinău som hovedstad. Under Nikolai 1 mistet Bessarabia sin delvise autonomi i 1828, og de generelle linjer i den politiske og økonomiske utviklingen frem til den første verdenskrig ble en del av Russlands historie, se Russland (historie).
Under Krimkrigen (1853–56) var Bessarabia et oppmarsjområde for de russiske styrkene som okkuperte fyrstedømmene Moldova og Valakia. Ved freden i Paris 1856 måtte Russland avstå den sørlige delen av Bessarabia (Bugeac) til Moldova. Etter den russisk-tyrkiske krig 1877–78, da Romania og Russland stod sammen mot tyrkerne, tok Russland Sør-Bessarabia tilbake.
Unionen mellom Moldova og Valakia i 1859/62, som skapte den nye staten Romania (kongedømme fra 1881), vakte interesse i Bessarabia, men førte ikke til noen nasjonal bevegelse. Først de siste tiårene under russisk styre vokste det frem en nasjonal bevegelse. Det var en reaksjon på den hardere russifiseringen som preget annen halvdel av 1800-tallet, men hadde også sammenheng med den politiske interessen som fulgte med den russiske revolusjonen i 1905 og de nye politiske organene, bl.a. valg til dumaen.
Forening med Romania
Den første verdenskrig førte med seg løsrivelse fra Russland og forening med Romania. For Bessarabia betydde krigen i første omgang mobilisering av en stor del av den mannlige befolkningen til russisk krigstjeneste. Mange ble satt inn på den felles russisk-rumenske fronten i rumensk Moldova og fikk slik nye nasjonale erfaringer om forbindelsene mellom de to moldovske områdene. Selv om sentralmaktene lokket Romania med Bessarabia, valgte Romania i 1916 å gå sammen med ententemaktene i håp om å få Transilvania og Bukovina fra Østerrike-Ungarn og ble dermed alliert med Russland.
Den russiske revolusjonen i mars 1917 førte også i Bessarabia til en hektisk politisk aktivitet. Det nasjonale moldovske partiet ble grunnlagt i april og krevde autonomi, demokratiske retter og bruk av rumensk språk. De nasjonale kravene gjaldt også moldoverne øst for Dnestr.
Tanken om en egen nasjonalforsamling fikk økende oppslutning. I desember 1917 møtte Sfatul Ţării (Landsrådet) i Chişinău. Den 15. desember utropte rådet Den demokratiske moldovske republikk og utnevnte kort tid etter en regjering. Denne republikken skulle inngå i en føderativ, demokratisk russisk republikk.
Til grunn for opprettelsen lå ikke bare generelle nasjonale selvstyrekrav, men også frykten for Ukraina, der mange nasjonalister ønsket Bessarabia lagt inn under Ukraina. Situasjonen på den moldovske landsbygda holdt dessuten på å komme ut av kontroll, spesielt etter bolsjevikenes maktovertakelse i Petrograd i november. Den nye regjeringen hadde ikke maktmidler til å gjenopprette ordnede forhold, og 18. januar 1918 inntok bolsjevikiske styrker Chişinău. Den største fraksjonen i Sfatul Ţării møttes da i hemmelighet og anmodet Romania og de allierte om å gripe inn militært mot bolsjevikene. Den 26. januar gikk rumenske styrker inn i Chişinău.
Etter sammenstøt øst i landet trakk bolsjevik-styrkene seg tilbake. Den 6. februar erklærte Sfatul Ţării Den demokratiske republikken Moldova som uavhengig stat. Den nye republikken hadde foreløpig små økonomiske muligheter til å eksistere som uavhengig stat, og følte seg truet både fra sovjetrussisk hold og fra den tysk-støttede ukrainske regjeringen.
Sfatul Ţării erklærte den 9. april 1918 union med Romania på visse betingelser (bl.a. delvis selvstyre). Betingelsene ble tatt bort i desember 1918 etter at krigen var slutt og hadde ført til dannelsen av stor-Romania. Unionen mellom Bessarabia og Romania ble internasjonalt anerkjent på fredskonferansen i Paris i oktober 1920. Men Sovjetunionen anerkjente aldri Romanias rett til provinsen, og opprettet som en påminnelse om det i 1924 Den moldavske autonome sosialistiske sovjetrepublikk på østsiden av Dnestr (rumensk Transnistria), som del av sovjetrepublikken Ukraina. Hovedstad var først Balta, fra 1929 Tiraspol.
Fra 1918 til 1940 ble de generelle linjer i den politiske og økonomiske utviklingen en del av Romanias historie, se Romania (historie). Som landsdel i Romania var Bessarabia den økonomisk svakest utviklede både i 1918 og 1940. Bessarabias økonomi og kommunikasjoner hadde vært integrert med Russlands, og landsdelens eksportvarer var til dels sammenfallende med Romanias, slik at det var vanskelig å finne nye markeder i Romania. Analfabetismen i Bessarabia var den høyeste i Romania både i 1918 og 1940, men det skjedde likevel fremskritt. Samlet sett forble Bessarabia tilbakestående, og mange rumenske politikere mistet fort interessen for landsdelen. Frykten for sovjetiske ønsker om gjenerobring virket også hemmende.
Sovjetrepublikk
I en hemmelig tilleggsavtale til den tysk-sovjetiske ikke-angrepspakten av august 1939 (Molotov-Ribbentrop-pakten) godtok Tyskland at Bessarabia skulle være sovjetisk innflytelsesområde. På den bakgrunn krevde Sovjetunionen i juni 1940 i et ultimatum at Romania skulle avstå Bessarabia og Nord-Bukovina. Romania fant det nytteløst å gjøre motstand, og 28. juni rykket sovjetiske styrker inn. I august ble den sentrale delen av Bessarabia sammen med en del av Den moldavske autonome sovjetrepublikken på den andre siden av Dnestr organisert som egen sovjetrepublikk, Den sosialistiske sovjetrepublikken Moldavia. Det nordlige Bessarabia og Nord-Bukovina ble innlemmet i sovjetrepublikken Ukraina, det samme skjedde med Sør-Bessarabia (Bugeac). Et stort antall mennesker ble arrestert eller drept, ikke minst gjaldt det den ikke-kommunistiske eliten.
Da Tyskland angrep Sovjetunionen i juni 1941, okkuperte Romania, nå som alliert med Tyskland, etter harde kamper Bessarabia. Denne okkupasjonen gikk spesielt utover jødene. Titusener ble drept av tyske spesialkommandoer og tyske og rumenske soldater, og trolig ble over 140 000 deportert til konsentrasjonsleirer i Transnistria. Over halvparten døde. Da de tyske og rumenske styrkene måtte trekke seg tilbake for den fremrykkende sovjethæren i august 1944, ble Bessarabia igjen sovjetrepublikk etter de samme grensene som i 1940.
Fra 1944 til 1990 ble de generelle linjer i den politiske og økonomiske utviklingen i Moldova en del av Sovjetunionens historie, se Sovjetunionen (historie). Tvangskollektiviseringen av jordbruket, som var påbegynt i 1940–41, ble for alvor gjenopptatt i 1947 og avsluttet i 1950. Flere hundre tusen mennesker ble deportert til Sibir. Det rumenske språket måtte kalles moldovsk og skrives med det kyrilliske alfabetet. Slik hadde det også vært forrige gang Bessarabia var under russisk styre. Forskjellen var at myndighetene nå unngikk navnet Bessarabia og i stedet innprentet at moldoverne var en egen nasjon forskjellig fra rumenere, og at moldovsk var et annet språk enn rumensk. En god del av arbeidskraften til industribyggingen ble hentet fra andre sovjetrepublikker, noe som bidrog til å øke russifiseringen i byene. Da sovjetstyret falt i 1990, var ca. 65 % av befolkningen moldovere/rumenere.
På vei mot selvstendighet
Kampen for demokrati og nasjonal selvbestemmelse i Moldova da kommunismen falt sammen i Sovjetunionen og det øvrige Øst-Europa, fulgte i hovedtrekk mønsteret fra de baltiske statene. Ofte tjente det som skjedde der, som direkte inspirasjon. Men prosessen hadde et noe mer forsiktig preg. En av grunnene var at kommunistpartiet i lengre tid enn i Baltikum forble en konservativ bastion. Ikke overraskende var den stadige innvandringen av russere og russifiseringen av samfunnet ellers blant de første sakene som ble tatt opp av opposisjonelle da Gorbatsjov begynte med sin reformpolitikk. De nasjonale manifestasjonene fikk masseomfang fra januar 1989. På en stor demonstrasjon i Chişinău ble det krevd at moldovsk skulle bli offisielt språk og skrives med det latinske alfabetet, og at det skulle betraktes som samme språk som rumensk. Andre krav gikk ut på at innvandringen fra andre sovjetrepublikker skulle bremses, at ofrene for stalinismen skulle rehabiliteres, at stengte kirker skulle åpnes. Det ble også stilt krav som gikk på miljøvern. Konservative nøkkelpersoner i parti og massemedier ble anklaget for å stå i veien for perestrojka.
Utover vinteren og våren kom det til flere demonstrasjoner med harde sammenstøt mellom politi og demonstranter. Språkspørsmålet kom mer og mer i sentrum for protestene. I mai 1989 sluttet forskjellige opposisjonsgrupper seg sammen til Folkefronten i Moldova, etter mønster fra Baltikum. Presset fra den nasjonale bevegelsen førte til at republikkens øverste sovjet i september 1989 vedtok en språklov som langt på vei imøtekom opposisjonen. Det førte til protester, ikke bare fra russerne, men også fra gagauserne sør i landet.
I november 1989 ble den konservative partilederen Simeon Grossu byttet ut. Han hadde sittet helt siden 1980, og hadde lenge lyktes med å holde nasjonalistiske tendenser i sjakk. Hans etterfølger ble Petru Lucinschi, en innfødt moldover som hadde gjort en rask partikarriere både i sin hjemlige republikk og i andre deler av Sovjetunionen. Han fikk til oppgave å omstrukturere det «stagnerte» partiet. Men det ble fort klart for ham at det var for sent å friste folk med perestrojka. I stedet åpnet han for nasjonale krav og gav Folkefronten full bevegelsesfrihet.
Ved valgene våren 1990 fikk Folkefronten 40 % av plassene i Moldovas øverste sovjet, mens 30 % av plassene gikk til grupperinger som stod Folkefronten nær. Lucinschi administrerte den fredelige maktoverføringen fra kommunistpartiet til en regjering som var utgått fra en nasjonalforsamling dominert av Folkefronten.
Selvstendighet
Moldovas første ikke-kommunistiske nasjonalforsamling erklærte i juni 1990 landets suverenitet, halvannet år etter at Estland som det første av de baltiske landene hadde erklært sin. Etter det mislykkede kuppet mot Gorbatsjov i august 1991 erklærte Moldova, i likhet med de fleste andre sovjetrepublikker, sin uavhengighet (27. august).
Motstanden fra den slavisktalende befolkningen mot suverenitet og uavhengighet for den tidligere sovjetrepublikken gav seg sterkere utslag enn i Baltikum. Det hadde også sammenheng med en frykt for at uavhengigheten skulle bli første skritt på veien mot en gjenforening med Romania. Motstanden kom sterkest til uttrykk på østsiden av Dnestr (Transnistria), der russere og ukrainere til sammen var i flertall, men også blant de tyrkisktalende gagauserne sør i landet. Se eget avsnitt nedenfor om disse to konfliktene.
Det første parlamentsvalget i det uavhengige Moldova fant sted i februar 1994 og ble vunnet av Agrardemokratene. De fikk 43 % av stemmene og rent flertall i parlamentet. Partier som enten ønsket gjenforening med Romania eller et tett forhold til Russland, var taperne. Agrardemokratene dannet en ny regjering som tiltrådte i april, ledet av Andrei Sangheli. Like etter valget ble det holdt en folkeavstemning der 95 % støttet fortsatt uavhengighet for Moldova, både i forhold til Romania og Russland. Agrardemokratene ble sommeren 1995 splittet da president Mircea Snegur brøt med det.
Våren og høsten 1995 var det en rekke store streiker og demonstrasjoner i Chişinău, hvor særlig studentene var aktive. Ved siden av anklager mot regjeringens økonomiske politikk og den økende sosiale nøden ble språkspørsmålet tatt opp. Det påvirket trolig Snegur til å innta sitt nye standpunkt om at det eneste vitenskapelig korrekte er å kalle språket rumensk, og at navnespørsmålet må vurderes uavhengig av en mulig gjenforening med Romania. Han lyktes ikke å få med seg parlamentet i sitt nye syn, og ved presidentvalget høsten 1996 tapte han til fordel for parlamentspresident Petru Lucinschi, den tidligere kommunistlederen.
I Moldovas nye grunnlov, som ble vedtatt sommeren 1994, ble det tatt inn bestemmelser som skulle hindre en ny union med Samveldet av uavhengige stater (SUS) eller Romania. Det ble fastslått at landet skal være varig nøytralt, at fremmede styrker ikke kan stasjoneres der, og at navnet på språket skal være moldovsk, ikke rumensk. Transnistria og Gagausia ble innrømmet betydelig regionalt selvstyre. På grunn av Transnistria-konflikten har bestemmelsen bare fått virkning for Gagausia. I 2000 ble grunnloven forandret slik at presidentens makt ble redusert. Presidenten velges nå av parlamentet med 3/5 flertall.
Ved parlamentsvalget i februar 2001 førte utbredt fattigdom og en elendig økonomisk situasjon til seier for kommunistpartiet (50,1 % av stemmene) og nok representanter til å avgjøre presidentvalget. Men allerede ved valget i 1998 var kommunistpartiet blitt det største partiet, selv om de da hadde måttet la en sentrumskoalisjon danne regjering. I april 2001 valgte det kommunistdominerte parlamentet kommunistlederen Vladimir Voronin til landets president. Kommunistene vant også valget i 2005. Men da måtte de ha hjelp fra deler av opposisjonen for å sikre gjenvalg av Voronin som president. Etter valgene i 2001 la de nye makthaverne opp til et nærmere samarbeid med Russland og forsøkte å gjøre russisk til offisielt språk ved siden av moldovsk (rumensk) med obligatorisk russiskundervisning i grunnskolen. Det var i 2002 store demonstrasjoner mot dette, og myndighetene måtte gi opp den harde linjen. Også vanskene med å finne en løsning på Transnistria-konflikten har medvirket til at kommunistene har åpnet for mer europeisk integrasjon. I 2008 fikk Moldova sin første kvinnelige statsminister, Zinaida Greceanâi fra kommunistpartiet.
To parlamentsvalg i 2009
Ved parlamentsvalget 5. april 2009 ble igjen kommunistpartiet størst med 49,5 % av stemmene og 60 av de 101 mandatene. For å avgjøre presidentvalget alene trenger et parti 61 mandater. Valgdeltakelsen var på 57,5 %. Etter offentliggjøringen av det foreløpige valgresultatet kom det til store demonstrasjoner, vesentlig av ungdom. Demonstrasjonene hadde en antikommunistisk karakter og bestred at valget var blitt avviklet korrekt. Internasjonale observatører gav valget i hovedsak bestått karakter, men hadde mange kritiske merknader når det gjaldt valgkampen og tilgangen til landets viktigste massemedier, se OSSEs endelige rapport av 16. juni om valget. Demonstrasjonene gikk etter hvert over til voldelige opptøyer, der bl.a. parlamentsbygningen ble satt i brann. President Voronin la skylden på utenlandske krefter, og den rumenske ambassadøren ble utvist. Flere rumenske og andre utenlandske journalister ble nektet innreise eller møtte andre hindringer i sitt arbeid, se protest fra Den internasjonale journalistføderasjonen. Etter noen dager gikk likevel Voronin inn for at stemmene skulle telles på nytt, noe grunnlovsdomstolen senere gjorde vedtak om. Opposisjonen boikottet den nye opptellingen og begrunnet det med at det først og fremst var valgmanntallet, ikke opptellingen, som måtte gjennomgås på nytt for å avdekke om det var valgfusk av betydning. Den nye opptellingen førte bare til minimale justeringer av resultatet og ingen forandringer av mandatfordelingen. Etter at kommunistpartiet i avstemninger i parlamentet i mai og juni bare fikk 60 stemmer for sin presidentkandidat, og ikke 61 som var nødvendig, ble det i samsvar med grunnloven skrevet ut nyvalg.
Det nye parlamentsvalget fant sted 29. juli 2009. Valgdeltakelsen var på 58,8 %, litt høyere enn ved valget i april. Internasjonale valgobservatører var i hovedsak fornøyd med gjennomføringen av selve valget, se OSSEs endelige rapport av 14. oktober. Men også ved dette valget var valgkampen preget av at kommunistene på ulike måter ble favorisert i massemediene, det gjaldt både i det statlige fjernsynet og i den største private fjernsynskanalen. Kommunistpartiet var fortsatt det overlegent største partiet med 44,7 % av stemmene. Men det var en klar tilbakegang fra april, da partiet fikk 49,5 %. Mandattallet gikk ned fra 60 til 48. De fire opposisjonspartiene som kom over sperregrensen på 5 %, fikk til sammen 53 mandater. I august forpliktet de seg til å samarbeide om regjeringsmakten ved å inngå "Alliansen for europeisk integrasjon", og i september 2009 ble Vlad Filat fra det liberal-demokratiske partiet statsminister i en koalisjonsregjering med flertall i parlamentet. Det partiet som gikk mest fram ved valget, var det sentrums/venstre-orienterte Demokratiske partiet (Partidul Democrat), som fikk 12,5 % av stemmene og ble det tredje største av de ikke-kommunistiske partiene. Ved valget i april hadde partiet bare fått 3,0 % av stemmene og kom da ikke over sperregrensen. En forklaring på den store framgangen er at Marian Lupu var blitt ny partileder. Han hadde tidligere bl.a. vært økonomiminister i en kommunistisk regjering, og fra 2005 til 2009 var han president i nasjonalforsamlingen. Sommeren 2009 gikk han ut av kommunistpartiet og sluttet seg til Det demokratiske partiet, der han straks ble valgt til leder. Lupu, som regnes som en teknokratisk orientert politiker, har kritisert kommunistene for manglende reformvilje. Da det etter valget i april 2009 ikke lyktes å få valgt ny president, fortsatte Vladimir Voronin som fungerende president. Heller ikke det parlamentet som ble valgt i juli 2009, klarte å få valgt president, siden ingen gruppering hadde tilstrekkelig flertall (3/5). Voronin sa fra seg posisjonen som fungerende president 11. september 2009. Inntil en ny president kunne velges, fungerte presidenten i den nyvalgte nasjonalforsamlingen, Mihai Ghimpu fra Det liberale partiet (Partidul Liberal), som landets midlertidige president. Det siste mulige forsøket på å velge president av dette parlamentet fant sted 7. desember 2009, uten resultat. Dermed ville det igjen bli nødvendig med nyvalg til parlamentet. Men siden grunnloven krever at det må gå minst ett år mellom hver gang parlamentet oppløses, kunne ikke et nytt parlamentsvalg skje før høsten 2010.
Folkeavstemning og nyvalg i 2010
En annen strategi for å få valgt president var å forandre grunnloven slik at presidenten velges direkte av folket, ikke av parlamentet. Parlamentsflertallet utskrev derfor en folkeavstemning for å få endret grunnloven i denne retning. Kommunistene boikottet folkeavstemningen. Og selv om valgloven var blitt forandret så kravene til deltakelse ble redusert fra 60 til 33 % for at resultatet skulle være gyldig, ble ikke fremmøtet stort nok. Bare 30,3 % deltok. 87,8 % stemte for å forandre grunnloven, 12,2 % stemte mot. Med så lav deltakelse fikk resultatet ingen betydning utover å demonstrere kommunistenes styrke. Dermed ble det nok en gang utskrevet nyvalg. Dette parlamentsvalget fant sted 28. november 2010. Sperregrensen var nå satt ned fra 5 til 4 % (høyere for valgforbund). Valgdeltakelsen var på 63,4 %, høyere enn ved begge parlamentsvalgene i 2009. Internasjonale valgobservatører var i store trekk fornøyd med gjennomføringen av valget, se OSSEs foreløpige rapport om valget (OSSE i samarbeid med Europarådet og Europaparlamentet). Kommunistpartiet ble også ved dette valget størst med 39,3 % av stemmene. Likevel var det en tilbakegang fra de forrige valgene (april 2009: 49,5 %, juli 2009: 44,7 %). Mandattallet gikk ned fra 48 (juli 2009) til 42. I april 2009 hadde kommunistene fått 60 mandater. Størst på den ikke-kommunistiske siden ble Det liberal-demokratiske partiet ledet av statsminister Vlad Filat. Det fikk 29,4 % av stemmene og 32 mandater (juli 2009: 16,6 % og 18 mandater). Det demokratiske partiet og Det liberale partiet fikk henholdsvis 12,7 og 10,0 % av stemmene (15 og 12 mandater). Selv om de ikke-kommunistiske partiene samlet ble større enn kommunistene, fikk de heller ikke denne gangen det tilstrekkelige grunnlovsbestemte flertallet til å velge ny president. Det så en stund ut til at Marian Lupus parti (Det demokratiske partiet) skulle danne en koalisjon med kommunistene. Men heller ikke det ville gitt stort nok flertall. Etter vanskelige forhandlinger gjenoppstod i slutten av desember 2010 den ikke-kommunistiske koalisjonen mellom liberaldemokratene, demokratene og de liberale, "Alliansen for europeisk integrasjon". Marian Lupu ble valgt til parlamentspresident. Dermed ble han også fungerende president i landet (fra 30. desember 2010), i påvente av et gyldig presidentvalg. Vlad Filat fra liberaldemokratene fortsatte som statsminister. Heller ikke i 2011 lyktes det parlamentet å velge landets president, siden kommunistene med sine 42 mandater fortsatt kunne blokkere valget. Da tre av kommunistiske deputerte (deriblant tidligere statsminister Zinaida Greceanîi) i november 2011 forlot Kommunistpartiet og meldte seg inn i "Sosialistenes parti" (et lite parti som da var uten representanter i parlamentet), mistet kommunistene sin mulighet til å forhindre valget av en ikke-kommunistisk president. En løsning på den langvarige konstitusjonelle krisen kom imidlertid ikke før i mars 2012, da den ikke-kommunistiske regjeringskoalisjonen unnlot å foreslå en av partilederne i alliansen som ny president, men i stedet samlet seg om en dommer uten partitilhørighet, Nicolae Timofti, leder av Domstoladministrasjonens råd. Kommunistene boikottet valget, som fant sted 16. mars 2012. Timofti fikk 62 stemmer, og dermed var han valgt med det nødvendige 3/5 flertall. Han ble dermed den første ordinært valgte president i Moldova etter at Vladimir Voronins ordinære funksjonstid gikk ut i april 2009.
Motstand mot Moldova som enhetsstat: Gagausia og Transnistria
Etter Moldovas suverenitetsvedtak i juni 1990 førte skepsis fra den slavisktalende befolkningen til at det i september ble utropt en autonom sovjetrepublikk på østsiden av Dnestr (Transnistria), der de slavisktalende er i flertall. De rumensktalende moldoverne utgjør 40 % i utbryterrepublikken, mens 28 % er ukrainere og 25 % russere. Samlet befolkning er på ca. 550 000.
Før Dnestr-republikken ble utropt, var det i Sør-Moldova i august 1990 blitt erklært en egen gagausisk republikk. I begge regioner kom det til væpnede sammenstøt, i Transnistria også regulære krigshandlinger. I Gagausia eksisterte det fra 1990 til 1994 en "gagausisk sosialistisk republikk" som ikke var anerkjent av noen. Etter forhandlinger kom det til en løsning som respekterer et utstrakt selvstyre for gagauserne, men innenfor Moldovas konstitusjonelle rammer. Fra desember 1994 har Gagausia dermed status som "autonom territoriell enhet" i Moldova. Hovedstaden er Comrat. Det inngår i avtalen at Gagausia skal ha rett til uavhengighet dersom Moldova skulle opphøre å være en uavhengig stat.
I Transnistria utviklet det seg fra slutten av 1991 en krigstilstand som fortsatte til sommeren 1992, da Moldova, Russland, Romania og Ukraina forhandlet fram en avtale om våpenstillstand. Rundt 700 mennesker hadde da mistet livet, titusener hadde flyktet fra sine hjem, og det var store materielle ødeleggelser. Moldovas president måtte Mircea Snegur gå med på den russiske president Jeltsins krav om at det skulle være russiske «fredsbevarende» styrker der. Utbryterrepublikken fikk dermed en foreløpig beskyttelse. I oktober 1994 inngikk Moldova og Russland en avtale om at alle russiske styrker skulle ut i løpet av tre år. De lokale myndigheter avholdt i mars 1995 en folkeavstemning som gav stort flertall mot den planlagte tilbaketrekkingen.
Nasjonalistiske russiske politikere har flere ganger engasjert seg i Transnistria-spørsmålet, og i november 1995 fikk de dumaen i Russland til å gjøre et vedtak som oppfordret president Jeltsin til å erklære at området er av strategisk interesse for Russland. Moldovas president Snegur fordømte vedtaket som en innblanding i Moldovas indre anliggender.
I mai 1997 ble det inngått en avtale i Moskva mellom utbryterrepublikken og Moldova om hvordan de fremtidige forbindelser skulle være innen Moldovas opprinnelige grenser. De russiske styrkene skulle suppleres med ukrainske i rollen som fredsbevarende styrker, og ville dermed ikke bli trukket ut i 1997, som tidligere antatt. Organisasjonen for sikkerhet og samarbeid i Europa (OSSE) har i en årrekke engasjert seg for å finne en løsning, bl.a. med et forslag i 2002 om føderalisering. I slutterklæringen fra OSSE-toppmøtet i Istanbul 1999 hadde Russland gått med på en fullstendig tilbaketrekning av de russiske styrkene innen utgangen av 2002, noe som ikke ble gjennomført. En russisk plan om føderalisering fra 2003 (Kozak-planen) forutsatte et demilitarisert Moldova kombinert med regler som ville gjøre det lett for Transnistria og gagausernes region å blokkere vedtak på republikknivå. I 2004 kom det til en alvorlig krise mellom den moldovske regjeringen i Chişinău og utbryterne i Tiraspol etter at flere skoler som hadde undervist i rumensk med bruk av det latinske alfabetet, var blitt stengt. Etter hvert har Moldova oppmuntret EU til å engasjere seg i konflikten. Fra 2004 er Russlands standpunkt om det russiske militære nærværet at soldater og utstyr allerede er trukket tilbake i nødvendig grad. De styrkene som er igjen, inngår kun i en fredsbevarende styrke, og den vil ikke bli trukket ut før det er kommet til en løsning på konflikten mellom utbryterrepublikken og de moldovske myndighetene i Chişinău.
Utenrikspolitikk
Ved oppløsningen av Sovjetunionen i desember 1991 hadde Moldova sagt nei til å være med på utarbeidelsen av nye unionsplaner, men ble likevel senere med i Samveldet av uavhengige stater (SUS), dog med en rekke forbehold om hvor tett samarbeidet skulle være. Moldovas sterke økonomiske avhengighet av SUS-landene betydde mye for at SUS-avtalen omsider ble ratifisert i april 1994. Men Moldova har sagt nei til å delta i det militære samarbeidet innen SUS og er heller ikke med i den økonomiske unionen. Landet innførte sin egen myntenhet, leu (valutakode: MDL), i november 1993. Moldova har observatørstatus, men er ikke medlem av Det eurasiatiske økonomiske fellesskap, som i 2000 ble grunnlagt som en del av SUS. Det gode forholdet til Russland som den nye kommunistiske regjeringen la opp til fra 2001, ble etter hvert anstrengt pga. den stadig uløste Transnistria-konflikten, og regjeringen har i stedet lagt vekt på et nærmere forhold til EU og USA.
Ved Moldovas uavhengighetserklæring var Romania det første landet som anerkjente den nye staten. Utbredt fellesskap i språk, kultur, religion og deler av historien betyr likevel ikke at forholdet mellom de to statene er uten problemer. Mange i Moldova frykter at Romania først og fremst er interessert i en gjenforening av de to landene, og at Romania ikke respekterer at moldoverne har sin egen stat. Myndighetene i Chişinău ved flere anledninger lagt skylden på Romania ved innenrikske problemer i Moldova, som da den rumenske ambassadøren ble utvist etter urolighetene som fulgte valget i april 2009.
Moldova har kombinert sin nøytrale utenrikspolitiske status og sin økonomiske og energimessige avhengighet av Russland med et nærmere forhold til vestlige og alleuropeiske politiske institusjoner. Moldova ble medlem av Organisasjonen for sikkerhet og samarbeid i Europa (OSSE) i 1992 og av Europarådet i 1995. Selv om Moldova ikke ønsker medlemskap i NATO, ble landet medlem av NATOs Partnerskap for fred i 1994. Dette samarbeidet er senere utdypet med gjensidige besøk og handlingsplaner. Forholdet til EU ble formalisert i 1998 med en partnerskaps- og samarbeidsavtale, og fra 2005 trådte en ENP-handlingsplan (Europeisk Naboskapspolitikk) i funksjon. Den utgjør en viktig del av regjeringens reformprogram når det gjelder demokratiske og økonomiske reformer, og tilfører betydelige økonomiske bidrag fra EU. Moldova har også oppnådd toll-lettelser overfor EU. Fra 2005 har EU-kommisjonen en fast delegasjon i Chişinău. Det tettere forholdet til EU kommer også til uttrykk ved at EU har fått status som observatør i forhandlingene om Transnistria.
Økonomisk utvikling
Moldova er Europas fattigste land, og den økonomiske situasjonen har vært svært vanskelig i årene etter uavhengigheten. Bruttonasjonalproduktet (BNP) sank drastisk og nådde et minimum i 1999 med 33 % av verdien for 1989. Landet var det SUS-landet der nedgangen varte lengst. Fra 2000 har det vært økonomisk vekst, som varte til 2008. Veksten har likevel ikke vært sterk nok til å ta bort hovedinntrykket av fattigdom, og med den internasjonale finanskrisen i 2009 fikk Moldova igjen økonomisk nedgang. Det er anslått at over en fjerdedel av befolkningen i arbeidsdyktig alder arbeider i utlandet. I tillegg til de alminnelige omstillingsproblemene felles for de tidligere kommuniststatene har Moldova hatt spesielle problemer fordi økonomien har vært så tett sammenvevd med den tidligere sovjetiske. Landet har f.eks. omtrent ingen egen energiproduksjon og er helt avhengig av Russland og Ukraina. Det har gjort landet sårbart for politisk press fra Moskva. At så mye av Moldovas industri befinner seg i utbryterregionen Transnistria, har også svekket Moldovas økonomi betydelig, foruten at krigshandlingene i 1992 satte økonomien tilbake. Dessuten har alvorlig tørke og andre naturkatastrofer flere år rammet jordbrukslandet Moldova spesielt hardt.