Jørgen Alexander Knudtzon var en norsk språkforsker og orientalist, professor i semittiske språk ved Universitetet i Oslo 1907–1917.
Knudtzon er mest kjent som assyriolog, og utgav bl.a. Assyrische Gebete an den Sonnengott (1893). Die El-Amarna-Tafeln mit Einleitung og Erläuterungen (1905–15), som er hans utgivelse og tydning av kileskrifttavlene fra Amarna i Egypt, er et epokegjørende verk.
I Die zwei Arzawa-Briefe, die ältesten Urkunden in indogermanischer Sprache (1902) førte han bevis for at det nyoppdagede språket hettittisk måtte være et indoeuropeisk språk.