HYPHY
HYPHY é um pacote de software de filogenia computacional, livre, multiplataforma (Mac, Windows e UNIX) criado para realizar análises de máxima verossimilhança de dados de sequência genética e está equipado com ferramentas para testar várias hipóteses estatísticas.[1] O nome HYPHY é uma abreviação para "HYpothesis testing using PHYlogenies".[2] Em janeiro de 2009, cerca de 250 artigos revistas científicas peer-reviewed citavam HYPHY.[3]
| HYPHY | |
| Desenvolvedor | Sergei Kosakovsky Pond, Art Poon (ambos da UC San Diego), Spencer Muse(Universidade Estadual da Carolina do Norte) e Simon DW Frost (Universidade de Cambridge) |
| Lançamento | 2000 |
| Sistema operacional | Macintosh, Windows, Unix-like |
| Gênero(s) | Bioinformática |
| Licença | GPL |
| Página oficial | www.datam0nk3y.org/hyphy/doku.php |
HYPHY é desenvolvido por Sergei Kosakovsky Pond e Poon Art da UC San Diego, Spencer Muse(Universidade Estadual da Carolina do Norte) e Simon DW Frost (Universidade de Cambridge.
Principais características
editarHYPHY suporta a análise de proteínas, nucleotídeos e sequências de códon, utilizando modelos padrão predefinidos ou modelos de evolução definidos pelo usuário. O pacote suporta a interação através de uma interface gráfica de usuário, bem como uma linguagem em batch para configurar análises grandes e complicadas e processar os resultados.[1]
Hyphy inclui um conjunto versátil de métodos para detectar a evolução adaptativaem sítios de amino-ácidos individuais e/ou linhagens, incluindo generalizações de Nielsen-Yang PAML e abordagens Suzuki-Gojobori e muitos outros.
História
editarO desenvolvimento de Hyphy começou em 1997, com a primeira versão pública em 2000 A versão mais recente, a partir de janeiro 2009, é a 0.99+ beta, compilada em 8 de maio de 2008.[2]
Software/Disponibilidade de código e licença
editarHYPHY é distribuído como software do código aberto com código-fonte liberado sob a licença GPL. Binários compilados para Mac OS (9 e X) e Windows estão disponíveis para download. O código fonte está disponível para que os usuários possam compilar o aplicativo Hyphy em sistemas Unix-like.
Um subconjunto de métodos de HYPHY para a detecção de evolução adaptativa também são disponibilizados pela equipe HYPHY na UC San Diego no cluster DataMonkey.[4]
- ↑ a b Pond SL, Frost SD, Muse SV (2005). «HyPhy: hypothesis testing using phylogenies». Bioinformatics. 21 (5): 676–9. PMID 15509596. doi:10.1093/bioinformatics/bti079
- ↑ a b «HYPHY Package Page». Consultado em 22 de janeiro de 2009
- ↑ «Busca de trabalhos citando a publicação HYPHY no Google Scholar». Consultado em 22 de janeiro de 2009
- ↑ Pond SL, Frost SD (2005). «Datamonkey: rapid detection of selective pressure on individual sites of codon alignments». Bioinformatics. 21 (10). p. 2531–3. PMID 15713735. doi:10.1093/bioinformatics/bti320. Consultado em 22 de janeiro de 2009