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TW202136510A - 用於抑制scn9a表現之增強型寡核苷酸 - Google Patents

用於抑制scn9a表現之增強型寡核苷酸 Download PDF

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TW202136510A
TW202136510A TW109144887A TW109144887A TW202136510A TW 202136510 A TW202136510 A TW 202136510A TW 109144887 A TW109144887 A TW 109144887A TW 109144887 A TW109144887 A TW 109144887A TW 202136510 A TW202136510 A TW 202136510A
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萊可 佩得森
蘇倫 V 萊斯繆森
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瑞士商赫孚孟拉羅股份公司
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Abstract

本發明涉及能夠調節目標細胞中 SCN9A 的表現之反義寡核苷酸。該反義寡核苷酸與 SCN9A mRNA 雜交。本發明進一步涉及該反義寡核苷酸之結合體及醫藥組成物,以及用於預防或治療如周邊疼痛等疼痛之方法。

Description

用於抑制 SCN9A 表現之增強型寡核苷酸
本發明涉及與人 SCN9A 互補的反義寡核苷酸 (ASO),用於抑制 SCN9A 核酸之表現。SCN9A 編碼電位閘控型鈉通道 Nav 1.7。SCN9A 表現之抑制可用於預防或治療疼痛。
電位閘控型鈉通道 (Nav s) 在興奮性組織中起重要作用,其活化和開啟產生動作電位的初始相位。Nav s 在整個開啟、關閉及不活化狀態下的循環以及其與其他離子通道的活性之緊密編排關係導致對細胞內離子濃度的精確控制。
Nav 1.7 為電壓活化的離子通道,幾乎只在小細胞周邊感覺神經中表達。在感覺神經元中條件式剔除 Nav 1.7 的小鼠表現出抗傷害感受性表型 (Nassar 等人,2004, Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 年 8 月 24 日;101(34):12706-11)。Nav 1.7 在人的疼痛感中之作用透過自發性疼痛綜合症遺傳性紅斑肢痛症 (IEM) (Yang 等人,J Med Genet. 2004;41(3):171–4) 與陣發性極度疼痛疾患 (PEPD) (Fertleman 等人,J Neurol Neurosurg Psychiatry.2006 年 11 月;77(11):1294-5) 和這些病患的 Nav 1.7 中之功能獲得型突變 (Cummins 等人,J Neurosci. 2004;24(38):8232–8236) 之間的相關性展示。透過識別導致先天性對疼痛不敏感之功能喪失型突變 (Cox 等人,Nature AAA.2006;7121:894–8),產生了對 Nav 1.7 的進一步支持。這些發現導致了許多用於識別 Nav 1.7 調節劑之小分子藥物發現計畫,然而,發現具有高選擇性且良好 PK/PD 特性的良好化合物似乎具有挑戰性。
US2016024208 揭示了 Nav 1.7 之人抗體。
WO02083945 意指用於治療乳腺癌的具有對 SCN5A 和隨選地 SCN9A 的特定區域的反義序列之合成寡核苷酸。
US2007/212685 意指識別鎮痛劑之方法,並提及將調節 SCN9A 細胞中的基因表現或基因轉錄水平之特定化合物包括反義核酸。
US2010273857A 意指用於透過局部投予抑制編碼 Nav 1.7 通道的胺基酸序列的表現或以其他方式抑制 Nav 1.7 通道的功能的 siRNA 分子來治療疼痛之方法、序列及核酸分子,並報告了 Nav 1.7 通道水平及/或功能的局部抑制將在背根神經節的周邊感覺神經元中發生。
WO12162732 涉及用於調節鈉通道,特別是電位閘控型鈉通道的新型篩選測定法。
KR20110087436 揭示了 SCN9A 反義寡核苷酸。
Mohan等人 揭示了標定 Nav 1.7 的反義寡核苷酸,並表徵了囓齒動物中脊髓和背根神經節 (DRG) 中 ASO 的藥效動力學活性 (Pain (2018) 第 159 卷第 1 號, 第 139 – 149 頁)。
WO18051175 揭示了標定人 SCN9A 前 mRNA 的一部分之 SCN9A 反義肽核酸寡核苷酸。肽核酸衍生物有效誘導細胞中 SCN9A mRNA 的剪接變體,並且可用於治療涉及 Nav 1.7 活性的疼痛或病症。
WO19243430 揭示了標定 SCN9A 的 LNA 缺口體反義寡核苷酸。
因此,需要有效抑制編碼如人類中的 SCN9A 等核酸的電位閘控型鈉離子通道的表現之反義寡核苷酸療法,如用於預防或治療疼痛。本發明的目的
本發明識別了新穎的寡核苷酸,其能夠抑制 SCN9A 的表現並且可以用於如預防或治療疼痛的藥品中,如鎮痛劑。本發明之化合物可以用於預防或治療周邊疼痛。
本發明提供與 SCN9A 核酸互補並能夠抑制其表現之反義寡核苷酸,及其在藥品中之用途。
本發明提供一種反義寡核苷酸,其與選自以下核苷酸之人 SCN9A 前 mRNA (如 SEQ ID NO: 1 所示) 的區域互補 (如完全互補):SEQ ID NO: 1 之核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 – 151847 及 151949 - 152006。
本發明之反義寡核苷酸的長度通常為 12 至 24 個核苷酸,並且包含至少 12 個核苷酸之連續核苷酸序列,該連續核苷酸序列與選自以下核苷酸之人 SCN9A 前 mRNA (如 SEQ ID NO: 1 所示) 的區域互補 (如完全互補):SEQ ID NO: 1 之核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 – 151847 及 151949 - 152006。
本發明提供一種長度為 10 至 30 個核苷酸之反義寡核苷酸,其包含長度為 10 至 30 個核苷酸之連續核苷酸序列,其中,該連續核苷酸序列與選自由 SEQ ID NO: 28 - SEQ ID NO: 52 所組成之群組或其至少 14 個連續核苷酸的序列 100% 相同。
本發明提供一種長度為 10 至 30 個核苷酸之反義寡核苷酸,其包含長度為 10 至 30 個核苷酸之連續核苷酸序列,其中,該連續核苷酸序列與選自由 SEQ ID NO: 28 - SEQ ID NO: 52 所組成之群組或其至少 15 個連續核苷酸的序列 100% 相同。
本發明提供一種長度為 10 至 30 個核苷酸之反義寡核苷酸,其包含長度為 10 至 30 個核苷酸之連續核苷酸序列,其中,該連續核苷酸序列與選自由 SEQ ID NO: 28 - SEQ ID NO: 52 所組成之群組或其至少 16 個連續核苷酸的序列 100% 相同。
本發明提供一種反義寡核苷酸,其包含連續核苷酸序列,該連續核苷酸序列與選自由 SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38 及 SEQ ID NO: 39 所組成之群組或其至少 14 個連續核苷酸的序列 100% 相同。
本發明提供一種反義寡核苷酸,其包含連續核苷酸序列,該連續核苷酸序列選自由 SEQ ID NO: 28、SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 30、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 32、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 34、SEQ ID NO: 35、SEQ ID NO: 36、SEQ ID NO: 37、SEQ ID NO: 38 及 SEQ ID NO: 39 所組成之群組。
本發明提供一種反義寡核苷酸,其包含連續核苷酸序列,該連續核苷酸序列與 SEQ ID NO: 29 或其至少 14 個、15 個、16 個或 17 個連續核苷酸 100% 相同。
本發明提供一種反義寡核苷酸,其包含連續核苷酸序列,該連續核苷酸序列與 SEQ ID NO: 31 或其至少 14 個、15 個、16 個、17 個或 18 個連續核苷酸 100% 相同。
本發明提供一種反義寡核苷酸,其包含連續核苷酸序列,該連續核苷酸序列與 SEQ ID NO: 33 或其至少 14 個、15 個、16 個、17 個、18 個或 19 個連續核苷酸 100% 相同。
本發明提供一種反義寡核苷酸,其包含連續核苷酸序列,該連續核苷酸序列與 SEQ ID NO: 39 或其至少 14 個、15 個、16 個、17 個或 18 個連續核苷酸 100% 相同。
本發明提供一種反義寡核苷酸,其包含連續核苷酸序列,該連續核苷酸序列與 SEQ ID NO: 47 或其至少 14 個、15 個、16 個、17 個或 18 個連續核苷酸 100% 相同。
本發明提供一種反義寡核苷酸,其包含連續核苷酸序列,該連續核苷酸序列與 SEQ ID NO: 48 或其至少 14 個、15 個、16 個、17 個或 18 個連續核苷酸 100% 相同。
本發明提供一種反義寡核苷酸,其包含化合物的連續核苷酸,該化合物選自由化合物識別號 # 29_15、29_10、29_22、39_6、39_1、39_2、39_7、31_1、31_3、31_4、31_5、33_1、33_2、33_3、47_1、48_8、29_24、29_25、29_26、39_9、39_10、48_10、29_35、29_34、39_17、39_18、39_19、39_20 及 29_11 所組成之群組。
在某些實施例中,該反義寡核苷酸不是選自由化合物識別號 29_33、39_13、48_9、29_33、39_13、48_9、29_33、39_13 及 48_9 所組成之群組之反義寡核苷酸。
本發明提供選自表 1 所列的群組中的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供選自表 3 所列的群組中的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 1 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 29_15 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 2 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 29_10 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 3 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 29_22 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 4 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 39_6 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 5 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 39_1 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 6 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 39_2 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 7 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 39_7 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 8 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 31_1 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 9 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 31_3 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 10 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 31_4 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 11 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 31_5 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 12 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 33_1 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 13 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 33_2 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 14 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 33_3 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 15 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 47_1 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 16 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 48_8 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 17 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 29_24 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 18 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 29_25 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 19 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 29_26 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 20 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 39_9 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 21 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 39_10 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 22 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 48_10 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 23 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 29_35 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 24 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 29_34 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 25 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 39_17 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 26 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 39_18 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 27 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 39_19 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 28 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 39_20 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
本發明提供圖 29 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。本發明提供化合物識別號 29_11 的反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽。
1. 化合物表 – HELM 標注格式
序列識別號 化合物識別號 # HELM 標注 寫成 5’ – 3’。 例示性化合物–見圖:
29 29_15 [LR](G)[sP].[LR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A) 1
29 29_10 [LR](G)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A) 2
29 29_22 [LR](G)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A) 3
39 39_6 [LR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](C)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR]([5meC]) 4
39 39_1 [LR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](A)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](C)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR]([5meC]) 5
39 39_2 [LR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](A)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](C)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR]([5meC]) 6
39 39_7 [LR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](C)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR]([5meC]) 7
31 31_1 [LR]([5meC])[sP].[LR](A)[sP].[dR](G)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC]) 8
31 31_3 [LR]([5meC])[sP].[LR](A)[sP].[dR](G)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC]) 9
31 31_4 [LR]([5meC])[sP].[LR](A)[sP].[dR](G)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC]) 10
31 31_5 [LR]([5meC])[sP].[LR](A)[sP].[dR](G)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC]) 11
33 33_1 [LR]([5meC])[sP].[LR](A)[sP].[dR](G)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A) 12
33 33_2 [LR]([5meC])[sP].[LR](A)[sP].[dR](G)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A) 13
33 33_3 [LR]([5meC])[sP].[LR](A)[sP].[dR](G)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[LR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A) 14
47 47_1 [LR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[dR](A)[sP].[LR]([5meC])[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](T) 15
48 48_8 [LR]([5meC])[sP].[dR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](T)[sP].[dR](G)[sP].[dR](C)[sP].[dR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](C)[sP].[dR](T)[sP].[LR](A) 16
29 29_24 [LR](G)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A) 17
29 29_25 [LR](G)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR](T)[sP].[mR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A) 18
29 29_26 [LR](G)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A) 19
39 39_9 [LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](C)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR]([5meC]) 20
39 39_10 [LR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[mR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[mR](C)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR]([5meC]) 21
48 48_10 [LR]([5meC])[sP].[dR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[mR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](T)[sP].[dR](G)[sP].[dR](C)[sP].[dR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[mR](U)[sP].[dR](C)[sP].[LR](T)[sP].[LR](A) 22
29 29_35 [LR](G)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[mR](U)[sP].[LR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A) 23
29 29_34 [LR](G)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR](A)[sP].[mR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[mR](U)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR](A) 24
39 39_17 [LR](T)[sP].[mR](U)[sP].[LR]([5meC])[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[mR](C)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR]([5meC]) 25
39 39_18 [LR](T)[sP].[mR](U)[sP].[LR]([5meC])[sP].[mR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](C)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR]([5meC]) 26
39 39_19 [LR](T)[sP].[mR](U)[sP].[LR]([5meC])[sP].[mR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[mR](C)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR]([5meC]) 27
39 39_20 [mR](U)[sP].[LR](T)[sP].[LR]([5meC])[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](C)[sP].[LR]([5meC])[sP].[LR]([5meC]) 28
29 29_11 [LR](G)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR](T)[sP].[LR](A)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](A)[sP].[dR](C)[sP].[dR](C)[sP].[dR](A)[sP].[dR](T)[sP].[dR](T)[sP].[LR](T)[sP].[dR](C)[sP].[LR](A) 29
Helm 註解鍵: [LR](G) 為 β-D-氧基-LNA 鳥嘌呤核苷, [LR](T) 為 β-D-氧基-LNA 胸腺嘧啶核苷, [LR](A) 為 β-D-氧基-LNA 腺嘌呤核苷, [LR]([5meC] 為 β-D-氧基-LNA 5-甲基胞嘧啶核苷, [dR](G) 為 DNA 鳥嘌呤核苷, [dR](T) 為 DNA 胸腺嘧啶核苷, [dR](A) 為 DNA 腺嘌呤核苷, [dR]([C] 為 DNA 胞嘧啶核苷, [mR](G) 為 2'-O-甲基 RNA 鳥嘌呤核苷, [mR](U) 為 2'-O-甲基 RNA DNA 尿嘧啶核苷, [mR](A) 為 2'-O-甲基 RNA DNA 腺嘌呤核苷, [mR]([C] 為 2'-O-甲基 RNA DNA 胞嘧啶核苷, [sP] 為硫代磷酸酯核苷間鍵結。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸可包含一個或多個結合體基團,即,該反義寡核苷酸可以為反義寡核苷酸結合體。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸由連續核苷酸序列組成。
本發明提供醫藥組成物,其包含本發明之反義寡核苷酸和醫藥上可接受之稀釋劑、載體、鹽及/或佐劑。
本發明提供一種本發明之反義寡核苷酸之醫藥上可接受之鹽。在某些實施例中,醫藥上可接受之鹽選自由鈉鹽、鉀鹽及銨鹽所組成之群組。
本發明提供一種本發明之反義寡核苷酸之醫藥溶液,其中,該醫藥溶液包含本發明之反義寡核苷酸和醫藥上可接受之溶劑,如磷酸鹽緩衝生理鹽水。
本發明提供固體粉末形式如凍乾粉末形式之本發明之反義寡核苷酸。
本發明提供一種結合體,其包含根據本發明之反義寡核苷酸以及至少一個共價連附於該反義寡核苷酸之結合體部分。
本發明提供一種本發明之反義寡核苷酸之醫藥上可接受之鹽或根據本發明之結合體。
本發明提供一種根據本發明之反義寡核苷酸之醫藥上可接受之鹽,其中,該醫藥上可接受之鹽為鈉鹽或鉀鹽。
本發明提供一種醫藥組成物,其包含本發明之反義寡核苷酸或本發明之結合體,或本發明之鹽以及醫藥上可接受之稀釋劑、溶劑、載體、鹽及/或佐劑。
本發明提供一種抑制在正在表現 SCN9A 的目標細胞中 SCN9A 表現之方法,該方法包含向該細胞投予有效量的本發明之反義寡核苷酸或本發明之結合體,或本發明之鹽或本發明之組成物。該方法可以為體內 方法或體外 方法。
本發明提供一種用於治療或預防正在罹患或很可能罹患疼痛的受試者 (諸如人) 的疼痛之方法,該方法包含投予治療上或預防上有效量的本發明之反義寡核苷酸、或本發明之結合體、或本發明之鹽、或本發明之組成物,以便預防或減輕該疼痛。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸、或本發明之結合體、或本發明之鹽或本發明之組成物用於治療慢性疼痛、神經性疼痛、炎性疼痛或自發性疼痛。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸、或本發明之結合體、或本發明之鹽或本發明之組成物用於治療傷害感受性疼痛。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸、或本發明之結合體、或本發明之鹽或本發明之組成物用於治療由選自糖尿病神經病變、癌症、顱神經痛、皰疹後神經痛和術後神經痛所組成之群組的疾患引起的或與之相關聯的疼痛。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸、或本發明之結合體、或本發明之鹽或本發明之組成物用於治療由遺傳性紅斑肢痛症 (EIM) 或陣發性極度疼痛疾患 (PEPD) 或三叉神經痛引起或與之相關聯的疼痛。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸、或本發明之結合體、或本發明之鹽或本發明之組成物用於治療神經性疼痛、慢性疼痛及傷害感受性疼痛 (例如神經減壓) 或神經性疼痛 (例如糖尿病神經病變)、內臟疼痛或混合性疼痛的一般治療。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸、或本發明之結合體、或本發明之鹽或本發明之組成物用於治療下腰疼痛或炎症性關節炎。
本發明提供用於藥品中之本發明之反義寡核苷酸、或本發明之結合體或本發明之組成物或鹽。
在又一方面,本發明提供藉由向正在表現 SCN9A 的目標細胞投予有效量的本發明之反義寡核苷酸或組成物來抑制該細胞中 SCN9A 的表現之方法。在又一方面,本發明提供一種藉由向正在表現 SCN9A 的目標細胞投予有效量的本發明之反義寡核苷酸或組成物而在體內或體外抑制該細胞中 SCN9A 表現之方法。該細胞可以例如為人類細胞,如神經元細胞、如周邊神經細胞或原代神經元細胞。
在又一方面,本發明提供用於治療或預防選自由如周邊疼痛等疼痛所組成之群組的疾病之方法,該方法包含向罹患或易患如周邊疼痛等疼痛的受試者投予治療上或預防上有效量的本發明之反義寡核苷酸。
在又一方面,本發明提供用於製造以治療或預防如周邊疼痛等疼痛之藥物的本發明之反義寡核苷酸、結合體或醫藥組成物。
在又一方面,本發明提供用於製造鎮痛劑的本發明之反義寡核苷酸、結合體或醫藥組成物。
本發明提供用於治療如周邊疼痛等疼痛的本發明之反義寡核苷酸。
本發明提供用作鎮痛劑的本發明之反義寡核苷酸。
在又一方面,本發明提供用於治療或預防疼痛之方法,該方法包含向罹患或易患疼痛的受試者投予治療上或預防上有效量的本發明之反義寡核苷酸。
在又一方面,本發明提供用於治療或預防周邊疼痛之方法,該方法包含向罹患或易患周邊疼痛的受試者投予治療上或預防上有效量的本發明之反義寡核苷酸。
序列表
隨本申請呈送的序列表藉由引用方式併入本文。序列表中列出的反義寡核苷酸序列基序示出為 DNA 序列。應當指出,在本文揭示的某些測試的化合物中,使用了 2’-O-甲基 RNA 核苷,在適當位置具有尿嘧啶或胸腺嘧啶鹼基。
界定
寡核苷酸
本文所用的「寡核苷酸」一詞的定義如同具有通常技術者所知,是指包含兩個或多個共價連結核苷的分子。該等共價鍵結核苷亦可稱為核酸分子或寡聚物。寡核苷酸通常是在實驗室中製作,先經固相化學合成後再加以純化和分離。提及寡核苷酸的序列時,是指共價連結核苷酸或核苷的核鹼基部分或其修飾的序列或順序。本發明之寡核苷酸為人造的,且為化學合成的,通常經過純化或分離。本發明之寡核苷酸可包含一個或多個修飾核苷,如 2’ 糖修飾核苷。本發明之寡核苷酸可包含一個或多個修飾核苷間鍵結,如一個或多個硫代磷酸酯核苷間鍵結。
反義寡核苷酸
本文所用的「反義寡核苷酸」定義為能夠藉由與目標核酸雜交,具體地與目標核酸上的連續序列雜交而調節目標基因之表現的寡核苷酸。反義寡核苷酸實質上並非雙股,因此不是 siRNA 或 shRNA。本發明之反義寡核苷酸較佳的是單股。應知,只要跨寡核苷酸全長的序列內或序列間自補程度低於 50%,本發明之單股寡核苷酸便可形成髮夾或分子間雙鏈體結構 (同一寡核苷酸的兩個分子之間的雙鏈體)。
在某些實施例中,本發明之單股反義寡核苷酸可以不包含未修飾的 RNA 核苷。
有利的是,本發明之反義寡核苷酸含有一個或多個修飾核苷或核苷酸,例如 2’ 糖修飾核苷。此外,有利的是,該未經修飾的核苷是 DNA 核苷。
連續核苷酸序列
「連續核苷酸序列」一詞意指反義寡核苷酸的與目標核酸互補的區域。在本文中,此詞可與「連續核鹼基序列」和「寡核苷酸模體序列」交替使用。在某些實施例中,該寡核苷酸的全部核苷組成該連續核苷酸序列。在某些實施例中,該寡核苷酸包含該連續核苷酸序列,如 F-G-F’ 缺口體區域,且可隨選包含一個或多個其他核苷酸,例如可用於將官能基團 (例如,結合體基團) 連附至該連續核苷酸序列之核苷酸連接子區域。該核苷酸連接子區域可與目標核酸互補或不互補。在某些實施例中,該反義寡核苷酸的該核鹼基序列為該連續核苷酸序列。
核苷酸和核苷
核苷酸和核苷為寡核苷酸及聚核苷酸的建構組元,在本發明中,包括自然產生及非自然產生核苷酸和核苷。在本質上,例如 DNA 及 RNA 核苷酸等核苷酸包含核糖部分、核鹼基部分以及一個或多個磷酸根 (核苷中則無磷酸根)。核苷及核苷酸亦可互換稱為「單元」或「單體」。
修飾核苷
本文中所用的「修飾核苷」或「核苷修飾」一詞意指藉由導入糖部分或 (核) 鹼基部分的一個或多個修飾,對照相等 DNA 或 RNA 核苷進行修飾的核苷。有利的是,本發明之反義寡核苷酸之修飾核苷中的一個或多個包含修飾糖部分。「修飾核苷」一詞在本文中亦可與「核苷類似物」或修飾「單元」或修飾「單體」等詞互換使用。本文中將具有未修飾 DNA 或 RNA 糖部分的核苷稱為 DNA 或 RNA 核苷。在 DNA 或 RNA 核苷的鹼基區域中包含修飾的核苷,若允許瓦特生克立克 (Watson Crick) 鹼基配對,則大體上仍稱為 DNA 或 RNA。
修飾核苷間鍵結
「修飾核苷間鍵結」一詞,如具有通常技術者所知之定義,是指除磷酸二酯 (PO) 鍵結以外,可將兩個核苷共價耦接在一起的鍵結。因此,本發明之寡核苷酸可包含一個或多個修飾核苷間鍵結,如一個或多個硫代磷酸酯核苷間鍵結,或一個或多個二硫代磷酸酯核苷間鍵結。
在某些實施例中,該寡核苷酸或其連續核苷酸序列中的至少 50% 的該核苷間鍵結為硫代磷酸酯,該寡核苷酸或其連續核苷酸序列中的如至少 60%,如至少 70%,如至少 75%,如至少 80% 或如至少 90% 的該核苷間鍵結為硫代磷酸酯。在某些實施例中,該寡核苷酸或其連續核苷酸序列中的所有該核苷間鍵結均為硫代磷酸酯。
在某些有利的實施例中,該寡核苷酸的該連續核苷酸序列的所有該核苷間鍵結均為硫代磷酸酯,或該寡核苷酸的所有該核苷間鍵結均為硫代磷酸酯鍵結。
應知,如 EP 2 742 135 中所揭露,反義寡核苷酸可包含其他核苷間鍵結 (磷酸二酯、硫代磷酸酯及二硫代磷酸酯除外),例如磷酸烷酯/磷酸甲酯核苷間,其依據 EP 2 742 135 可例如耐受於缺口區域中不同狀態之 DNA 硫代磷酸酯。
核鹼基
「核鹼基」一詞包括存在於核苷及核苷酸中的嘌呤 (例如腺嘌呤及鳥嘌呤) 和嘧啶 (例如脲嘧啶、胸腺嘧啶及胞嘧啶) 部分,其在核酸雜交中形成氫鍵。在本發明範圍內,核鹼基一詞亦包含與自然產生核鹼基不同但在核酸雜交過程中具有功能性的修飾核鹼基。於本說明書中,「核鹼基」意指例如腺嘌呤、鳥嘌呤、胞嘧啶、胸苷、脲嘧啶、黃嘌呤和次黃嘌呤等自然產生核鹼基以及非自然產生變體。此類變體例如是 Hirao 等人 (2012) Accounts of Chemical Research vol 45 page 2055 以及 Bergstrom (2009) Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry Suppl. 37 1.4.1 中所描述的變體。
在某些實施例中,該核鹼基部分藉由將嘌呤或嘧啶改變為修飾嘌呤或嘧啶而被修飾,如取代嘌呤或取代嘧啶,如選自異胞嘧啶、偽異胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、5-噻唑並-胞嘧啶、5-丙炔基-胞嘧啶、5-丙炔基-脲嘧啶、5-溴脲嘧啶、5-噻唑並-脲嘧啶、2-硫基-脲嘧啶、2’硫基-胸腺嘧啶、肌苷、二胺基嘌呤、6-胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、2,6-二胺基嘌呤及 2-氯-6-胺基嘌呤的核鹼基。
該核鹼基部分可用每一對應的核鹼基的字母代碼表示,例如 A、T、G、C 或 U,其中各字母可隨選包括對等功能的修飾核鹼基。例如,在例示的寡核苷酸中,該核鹼基部分選自 A、T、G、C 及 5-甲基胞嘧啶。隨選的是,5-甲基胞嘧啶 LNA 核苷可用於 LNA 缺口體。
修飾寡核苷酸
「修飾寡核苷酸」一詞描述包含一個或多個糖修飾核苷及/或修飾核苷間鍵結的寡核苷酸。「嵌合寡核苷酸」一詞在文獻中用於描述包含糖修飾核苷和DNA核苷的寡核苷酸。本發明之反義寡核苷酸有利地為嵌合寡核苷酸。
互補性
「互補性」一詞是用來形容核苷/核苷酸的瓦特生克立克 (Watson-Crick) 鹼基配對能力。瓦特生克立克 (Watson-Crick) 鹼基對是鳥嘌呤 (G) - 胞嘧啶 (C) 及腺嘌呤 (A) - 胸腺嘧啶 (T)/脲嘧啶 (U)。應知寡核苷酸可包含具有修飾核鹼基的核苷,例如 5-甲基胞嘧啶經常用來取代胞嘧啶,因此互補性一詞包括非修飾核鹼基與修飾核鹼基之間的瓦特生克立克 (Watson-Crick) 鹼基配對 (見例如 Hirao 等人 (2012) Accounts of Chemical Research vol 45 page 2055 以及 Bergstrom (2009) Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry Suppl 37 1.4.1)。
本文所用的「% 互補」一詞意指核酸分子 (例如寡核苷酸) 中的連續核苷酸序列中與參考序列 (例如目標序列或序列模體) 互補的核苷酸所佔的比例 (百分比),該核酸分子橫跨該連續核苷酸序列。互補性百分率的計算方式是先算出兩個序列間互補 (形成瓦特生克立克 (Watson-Crick) 鹼基對) 的對齊核鹼基 (當對齊於目標序列 5’-3’ 及寡核苷酸序列 3’-5’) 的數目,將該數字除以該寡核苷酸中的核苷酸總數,再乘以 100。在該等比對中,未對齊 (形成鹼基對) 的核鹼基/核苷酸稱為錯配。計算連續核苷酸序列的 % 互補性時不可進行插入和刪除。應知在判定互補性時,只要核鹼基形成瓦特生克立克 (Watson-Crick) 鹼基配對的功能留存,即可不考量核鹼基的化學修飾 (例如在計算 % 相同度時,5’-甲基胞嘧啶與胞嘧啶視為相同)。
「完全互補」意指具有 100% 互補性。
相同度
本文所用的「相同度」一詞意指核酸分子 (例如寡核苷酸) 中的連續核苷酸序列中與參考序列 (例如序列模體) 完全相同的核苷酸所佔的比例 (以百分比表達),該核酸分子橫跨該連續核苷酸序列。相同度百分比的計算方式是,算出兩個序列 (在本發明之化合物的連續核苷酸序列中及在參考序列中) 之間相同 (為一個匹配) 的對齊核鹼基的數目,將該數字除以寡核苷酸中的核苷酸總數,再乘以 100。因此,相同度百分比 = (匹配數 x 100)/對齊區域 (例如連續核苷酸序列) 長度。計算連續核苷酸序列的相同度百分比時不可對序列進行插入和刪除。應知在判定相同度時,只要核鹼基形成瓦特生克立克 (Watson-Crick) 鹼基配對的功能留存,即可不考量核鹼基的化學修飾 (例如在計算 % 相同度時,5’-甲基胞嘧啶與胞嘧啶視為相同)。
雜交
本文所用的「雜交」一詞理解為兩股核酸鏈 (例如一股寡核苷酸及一股目標核酸) 在相對股上的鹼基對之間形成氫鍵,從而形成雙鏈體 (duplex)。兩股核酸之間的結合親和力是指雜交的強度。其通常用融化溫度 (Tm ) 來描述,該融化溫度的定義是一半寡核苷酸與目標核酸形成雙鏈體時的溫度。在生理條件下,Tm 並非確實與親和力成比例 (Mergny 與 Lacroix,2003 年,Oligonucleotides 13:515–537)。標準狀態吉布斯自由能 ΔG° 更能準確代表結合親和力,並且與反應的離解常數 (Kd ) 之間具有 ΔG° = -RTln(Kd ) 的關係,其中 R 是氣體常數,而 T 是絕對溫度。因此,寡核苷酸與該目標核酸之間的反應的非常低的 ΔG° 體現該寡核苷酸與該目標核酸之間的強勢雜交。ΔG° 是與含水濃度為 1M、pH 為 7、溫度為 37℃ 的反應關聯的能量。寡核苷酸與目標核酸的雜交是自發性反應,而自發性反應的 ΔG° 小於零。ΔG° 可經由實驗來測量:例如,利用如 Hansen 等人 1965 年在 Chem.Comm.36–38 及 Holdgate 等人 2005 年在 Drug Discov Today 中所描述的等溫滴定微量熱法 (ITC)。具有通常技術者應知,市面上可購得用於測量 ΔG° 的商用設備。ΔG° 亦可透過數值方式進行估計,例如藉由利用 SantaLucia 於 1998 年在 Proc Natl Acad Sci USA. 95: 1460–1465 中所描述的最近鄰模型或利用 Sugimoto 等人於 1995 年在 Biochemistry 34:11211–11216 中及 McTigue 等人於 2004 年在 Biochemistry 43:5388–5405 中所描述的適當取得的熱動力學參數。為了能夠經由雜交調節本發明之寡核苷酸的預期核酸目標,將長度為 10-30 個核苷酸的寡核苷酸以低於 -10 千卡的估計 ΔG° 值雜交至目標核酸。在某些實施例中,雜交的程度或強度藉由標準狀態吉布斯自由能 ΔG° 來測量。長度為 8 至 30 個核苷酸的寡核苷酸可以低於 -10 千卡範圍的估計 ΔG° 值雜交至目標核酸,例如低於 -15 千卡,例如低於 -20 千卡,及例如低於 -25 千卡。在某些實施例中,該寡核苷酸以 -10 至 -60 kcal,如 -12 至 -40 kcal,如 -15 至 -30 kcal 或 -16 至 -27 kcal,如 -18 至 -25 kcal 的估計 ΔG° 值與目標核酸雜交。
目標
本文所用的「目標」一詞用於意指人類鈉電位閘控型通道 α 亞基 9 (SCN9A),以及如本文 SEQ ID NO: 1 所示的編碼人 SCN9A 的核酸。SCN9A 核酸編碼被稱為 Nav 1.7 的鈉離子離子通道的 α 亞基。
目標核酸
根據本發明,目標核酸是將人 SCN9A 編碼的核酸且可例如為基因、RNA、mRNA 及前 mRNA、成熟 mRNA 或 cDNA 序列。因此該目標可稱為 SCN9A 目標核酸。對於體外和體內使用,較佳的目標核酸是編碼 SCN9A 的前 mRNA 或 mRNA。若在研究或診斷中採用本發明之寡核苷酸,則該目標核酸可為 cDNA 或衍生自 DNA 或 RNA 的合成核酸。
較佳的目標基因是人 SCN9A,例如人 SCN9A 前 mRNA (參閱如本文 SEQ ID NO: 1 所示的表 2 中提供的遺傳坐標)。
2 : 人類及食蟹獼猴 SCN9A 目標基因的基因組及組裝資訊
         基因組學座標    例示性序列
物種 染色體 開始 結束 組裝   
2 加速 166195185 166375993 GRCh38.p12 SEQ ID NO: 1
食蟹猴 12 加速 55049339 55256120 Macaca_fascicularis_5 SEQ ID NO: 2
在某些實施例中,目標核酸是 SEQ ID NO: 1 的轉錄變體,即從人類染色體基因座 (如表 2 中識別的坐) 編碼的 SCN9A 基因轉錄的轉錄。
目標序列
本文所用的「目標序列」一詞意指存在於目標核酸中的核苷酸的序列,其包含與本發明之反義寡核苷酸互補的核鹼基序列。在某些實施例中,該目標序列由目標核酸上的區域組成,該區域的核鹼基序列與本發明之反義寡核苷酸的連續核苷酸序列互補。該目標核酸的此一區域也可互換地稱為目標核苷酸序列、目標序列或目標區域。在某些實施例中,該目標序列比單一反義寡核苷酸的互補序列更長,且可能例如代表該目標核酸的由本發明之數種反義寡核苷酸所標定的較佳的區域。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸或其連續核苷酸序列與選自由 SEQ ID NO: 1 之核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 - 151847 及 151949 - 152006 所組成之群組之目標序列互補,如完全互補。
本發明之反義寡核苷酸包含與該目標核酸互補和雜交的連續核苷酸序列,如本文所述之目標序列。
與該反義寡核苷酸互補的目標序列通常包含至少 10 個核苷酸的連續核鹼基序列。該連續核苷酸序列的長度在 10 至 30 個核苷酸之間,如 12 至 30 個核苷酸 (如 14 至 20 個),如 15 至 18 個連續核苷酸 (如 15 個、16 個、17 個連續核苷酸)。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸在反義寡核苷酸之全部長度上與目該目標序列完全互補。
目標細胞
本文所用的「目標細胞」一詞是指正在表達目標核酸的細胞。在某些實施例中,該目標細胞可以為體內或體外的。在某些實施例中,該目標細胞為哺乳動物細胞 (如囓齒動物細胞、小鼠細胞或大鼠細胞),或靈長類動物細胞 (如猴子細胞或人類細胞等)。
一般而言,該目標細胞表達 SCN9A mRNA,如 SCN9A 前 mRNA 或 SCN9A 成熟 mRNA。為了進行實驗評估,可以使用表達包含目標序列的核酸的目標細胞。
SCN9A mRNA 的複 A 尾部在反義寡核苷酸標定上通常予以忽略。
本發明之反義寡核苷酸通常能夠例如在體內體外 在正在表現 SCN9A 目標核酸 (目標細胞) 的細胞中抑製 SCN9A 目標核酸的表現。
本發明之反義寡核苷酸之核鹼基之連續序列與如在該反義寡核苷酸的長度上測量的如 SEQ ID NO: 1 的 SCN9A 目標核酸互補,如完全互補,隨選不包括可以將該反義寡核苷酸連結至隨選官能團 (如結合體) 的核苷酸基連接子區域,或其他非互補的端核苷酸 (例如區域 D’ 或 D'’)。目標核酸可以例如為編碼 SCN9A 的信使 RNA,如成熟的 mRNA 或前 mRNA。
自然產生變體
「自然產生變體」一詞意指與該目標核酸源自相同基因座但可有差異的 SCN9A 基因或轉錄的變體,該差異可例如是出於基因碼簡併造成多重密碼子編碼同一個胺基酸,或因前 mRNA 的選擇性剪接,或多態性的存在,例如單核苷酸多態性 (SNP) 及等位基因變體。在與該寡核苷酸有充分互補序列的條件下,本發明之寡核苷酸可因此標定目標核酸及其自然產生變體。
在某些實施例中,該自然產生的變體與哺乳動物 SCN9A 目標核酸具有至少 95%,如至少 98% 或至少 99% 的同源性,如選自由 SEQ ID NO: 1 所組成之群組的目標核酸。在某些實施例中,該自然產生的變體與 SEQ ID NO: 1 的人 SCN9A 目標核酸具有至少 99% 的同源性。
表現的抑制
本文所用的「表現的抑制」一詞應理解為寡核苷酸抑制目標細胞中 SCN9A 的量或活性的能力的總稱。可以藉由測量 SCN9A 前 mRNA 或 SCN9A mRNA 的水平,或藉由測量細胞中 SCN9A 或 SCN9A 活性的水平來判定活性的抑制。因此可以在體外體內 判定表現的抑制。亦可以藉由測量 Nav 1.7 活性或蛋白質水平來判定 SCN9A 表現的抑制。
一般而言,藉由比較對目標細胞施予有效量的該反義寡核苷酸而產生的活性抑制,並將該水平與不施予該反義寡核苷酸而從目標細胞獲得的參考水平或已知的參考水平 (例如在施予有效量的該反義寡核苷酸之前的表現水平或預定的或其他已知的表現水平) 進行比較 (對照實驗) 來判定表現抑制。
例如,對照實驗可以為動物或人,或用鹽水組成物或參考寡核苷酸處理的目標細胞 (通常是加擾的對照)。
抑制 (inhibition) 或抑制 (inhibit) 一詞亦可以稱為下調、減少、壓制、減輕、降低該 SCN9A 的表現。
表現的抑制可以例如藉由降解前 mRNA 或 mRNA (例如使用 RNaseH (核糖核酸酶) 招募寡核苷酸,如缺口體) 而發生。
高親和力修飾核苷
高親和力修飾核苷是一種修飾核苷酸,當併入該反義寡核苷酸中時,提昇該反義寡核苷酸對其互補目標的親和力,例如以融化溫度 (Tm) 所測定者。本發明之高親和力修飾核苷優選地導致每一修飾核苷的融化溫度增加 +0.5 至 +12℃,更優選的是 +1.5 至 +10℃,最優選的是 +3 至 +8℃。此技術領域中已有眾多已知的高親和力修飾核苷,包括例如許多 2’ 取代核苷以及鎖核酸 (LNA) (參閱例如 Freier & Altmann; Nucl. Acid Res., 1997, 25, 4429-4443 及 Uhlmann; Curr. Opinion in Drug Development, 2000, 3(2), 293-213)。
糖修飾
本發明之反義寡核苷酸可包含一個或多個具有修飾糖部分的核苷,亦即與 DNA 及 RNA 中的核糖部分相較為經過修飾的糖部分。
目前已製成了眾多包含經修飾核糖部分的核苷,主要目的為改善寡核苷酸的特定特性,例如親和力及/或核酸酶抗性。
此種修飾包括對核糖環結構的修飾,例如取代為己糖環 (HNA),或通常在核糖環 (LNA) 上的 C2 與 C4 碳原子之間具有雙自由基橋,或通常在 C2 與 C3 碳原子之間無鍵的未連結核糖環 (例如 UNA)。其他糖修飾核苷包括,例如,雙環己糖核酸 (WO2011/017521) 或三環核酸 (WO2013/154798)。修飾核苷也包括將糖部分取代為非糖部分的核苷,例如胜肽核酸 (PNA) 或嗎啉基核酸的情形。
糖修飾也包括經由將核糖環上的取代基團改變為除在 DNA 及 RNA 核苷中自然存有的氫或 2’-OH 基團以外的基團來進行修飾。取代基可例如在 2’、3’、4’ 或 5’位置導入。
2’ 糖修飾核苷
2’ 糖修飾核苷是在 2’ 位置 (2’ 取代的核苷) 具有非 H 或 –OH 的取代基的核苷或包含能夠在核糖環中的 2’ 碳與第二碳之間形成架橋的 2’ 連結雙自由基的核苷,如 LNA (2’ – 4’ 雙自由基架橋) 核苷。
更確切地,2’ 糖取代核苷的開發頗受關注,目前已發現許多 2’ 取代核苷在併入反義寡核苷酸中時具有助益特性。例如,2’ 修飾糖可加強該寡核苷酸的結合親和力及/或增加該反義寡核苷酸的核酸酶抗性。2’ 取代修飾核苷的實例包括 2’-O-烷基-RNA、2’-O-甲基-RNA、2’-烷氧基-RNA、2’-O-甲氧基乙基-RNA (MOE)、2’-胺基-DNA、2’-氟基-RNA 及 2’-F-ANA 核苷。對於進一步的實例,請參閱例如 Freier & Altmann; Nucl. Acid Res., 1997, 25, 4429-4443 及 Uhlmann; Curr. Opinion in Drug Development, 2000, 3(2), 293-213 以及 Deleavey 與 Damha, Chemistry and Biology 2012, 19, 937。以下為 2’ 取代修飾核苷的圖解。
Figure 02_image001
在本發明中,2’ 取代糖修飾核苷並不包括 2’ 橋接核苷,如 LNA。
鎖核酸核苷 (LNA 核苷 )
「LNA 核苷」是一種 2’- 修飾核苷,該 2’- 修飾核苷包含連結該核苷的核糖環之 C2’ 與 C4’ 的雙自由基 (此雙自由基亦稱為「2’ - 4’ 架橋」),其可限制或鎖定該核糖環的構造。該等核苷於文獻中也稱為橋接核酸或雙環核酸 (BNA)。鎖定核糖的構造,可在將 LNA 併入反義寡核苷酸中而產生互補 RNA 或 DNA 分子時提昇雜交親和力 (雙鏈體穩定化)。藉由測量反義寡核苷酸/補充劑雙鏈體的融化溫度,可對此進行常規的判定。
非限制性地,例示性 LNA 核苷於 WO 99/014226、WO 00/66604、WO 98/039352、WO 2004/046160、WO 00/047599、WO 2007/134181、WO 2010/077578、WO 2010/036698、WO 2007/090071、WO 2009/006478、WO 2011/156202、WO 2008/154401、WO 2009/067647、WO 2008/150729、Morita 等人,Bioorganic & Med.Chem.Lett.12, 73-76, Seth 等人 J. Org.Chem. 2010, Vol 75(5) pp. 1569-81 及 Mitsuoka 等人,Nucleic Acids Research 2009, 37(4), 1225-1238 以及 Wan 與 Seth,J. Medical Chemistry 2016, 59, 9645−9667 中揭露。
方案 1 中揭露了其他非限制性例示 LNA 核苷。
方案 1:
Figure 02_image003
特定 LNA 核苷為 β-D-氧基-LNA、6’-甲基-β-D-氧基 LNA,如 (S)-6’-甲基-β-D-氧基-LNA (ScET) 及 ENA。具有特定優勢的 LNA 為 β-D-氧基-LNA。
帶有 HELM 標注的例示性核苷
DNA 核苷
Figure 02_image005
β-D-氧基-LNA 核苷
Figure 02_image007
2’-O-甲基核苷
Figure 02_image009
具有 HELM 標註的例示性硫代磷酸酯核苷間鍵結
Figure 02_image011
虛線代表每個核苷與 5’ 或 3’ 硫代磷酸酯核苷間鍵結之間的共價鍵。在 5’ 端核苷處,5’ 虛線代表與氫原子鍵結的鍵 (形成 5’ 端-OH 基)。在 3’ 端核苷處,3’ 虛線代表與氫原子鍵結的鍵 (形成 3’ 端-OH 基)。
RNase H 活性與招募
反義寡核苷酸的 RNase H 活性是指當其與互補 RNA 分子在雙鏈體中時,招募 RNase H 的能力。WO01/23613 提供用於在體外用於判定 RNase H 活性的方法,其可用於判定招募 RNase H 的能力。一般而言,若反義寡核苷酸在提供互補的目標核酸序列時,其初始速率 (以 pmol/l/分計) 至少為使用與被測的修飾寡核苷酸具有同一鹼基序列的反義寡核苷酸時判定的初始速率的 5%,如至少 10% 或 20% 以上,則被認為能夠招募 RNase H,但在反義寡核苷酸中所有單體之間僅包含具有硫代磷酸酯鍵結的 DNA 單體,並使用 WO01/23613 的實例 91 - 95 提供的方法 (藉由引用併入本文)。為了用於判定 RNase H 活性,重組人 RNase H1 (與大腸桿菌中表達的 His 標籤融合的重組人 RNASEH1) 可從 Creative Biomart® 獲得。
缺口體
本發明之反義寡核苷酸,或其連續核苷酸序列,可為一缺口體,亦稱為缺口體反義寡核苷酸或缺口體設計。缺口體常用於透過 RNase H 介導的降解來抑制目標核酸。缺口體包含至少三個有區別的結構區域, 5’-側翼、缺口和 3’-側翼,F-G-F’ 在 ‘5 -> 3’ 方向。該「缺口」區域 (G) 包含一段能夠使缺口體招募 RNase H 的連續 DNA 核苷酸。該缺口區域側接包含一或多個糖修飾核苷 (有利的是高親和力糖修飾核苷) 的 5’ 側翼區域 (F),且側接包含一或多個糖修飾核苷 (有利的是高親和力糖修飾核苷) 的 3’ 側翼區域 (F’)。區域 F 及 F’ 中的一個或多個糖修飾核苷提昇缺口體對於目標核酸的親和力 (即增加型糖修飾核苷的親和力)。在某些實施例中,區域 F 及 F’ 中的一或多個糖修飾核苷是 2’ 糖修飾核苷,例如高親和力 2’ 糖修飾,例如獨立選自 LNA 及 2’-MOE。
在缺口體設計中,缺口區域的 5’ 及 3’ 多數核苷為 DNA 核苷,且位置分別鄰近 5’ (F) 或 3’ (F’) 區域的糖修飾核苷。該側翼可進一步定義為在距離該缺口區域最遠之端具有至少一個糖修飾核苷,即在 5’ 側翼的 5’ 端及在 3’ 側翼的 3’ 端。
區域 F-G-F’ 形成一個連續核苷酸序列。本發明之反義寡核苷酸,或其連續核苷酸序列,可包含式 F-G-F’ 的缺口體 (gapmer) 區域。
該缺口體設計 F-G-F’ 的整體長度可為,例如 12 至 32 個核苷,例如 13 至 24 個,例如 14 至 22 個核苷,例如 14 至 17 個,例如 16 至 18 個核苷。
舉例而言,本發明之缺口體寡核苷酸可由下式代表: F1-8 -G5-16 -F’1-8 ,例如 F1-8 -G7-16 -F’2-8
附帶條件是該缺口體區域 F-G-F’ 的整體長度為至少 12 個,例如至少 14 個核苷酸。
在本發明之方面中,反義寡核苷酸或其連續核苷酸序列由式 5'-F-G-F'-3’ 的缺口體組成或包含該缺口體,其中區域 F 和 F’ 獨立地包含 1-8 個核苷或由其組成,其中 1-4 個核苷是經 2’ 糖修飾的,並界定了 F 和 F’ 區域的 5’端和 3’ 端,而 G 為介於能夠招募 Rnase H 的 6 至 16 個核苷之間的區域。
以下進一步定義了區域 F 、G 和 F',並且可以將其合併到 F-G-F’ 公式中。
LNA 缺口體
LNA 缺口體是指其中區域 F 及 F’ 中任一者或兩者都包含或具有 LNA 核苷的缺口體。β-D-氧基缺口體是指其中區域 F 及 F’ 中任一者或兩者都包含或具有 β-D-氧基 LNA 核苷的缺口體。
在某些實施例中,該 LNA 缺口體系如下式:[LNA]1–5 -[區域 G] -[LNA]1-5 , 其中區域 G 為或包含能夠招募 RNase H 的連續 DNA 核苷的區域。
MOE 缺口體
MOE 缺口體是其中區域 F 及 F’ 由 MOE 核苷所構成的缺口體。在某些實施例中,該 MOE 缺口體的設計為 [MOE]1-8 -[區域 G]5-16 -[MOE]1-8 ,如 [MOE]2-7 -[區域 G]6-14 -[MOE]2-7 ,如 [MOE]3-6 -[區域 G]8-12 -[MOE]3-6 ,其中區域 G 在缺口體定義中界定。具有 5-10-5 設計 (MOE-DNA-MOE) 的 MOE 缺口體已廣泛用於本技術領域中。
混合型翼缺口體
混合型翼缺口體是一種 LNA 缺口體,其中區域 F 及 F’ 中的一者或兩者包含 2’ 取代核苷,如獨立選自由 2’-O-烷基-RNA 單元、2’-O-甲基-RNA、2’-胺基-DNA 單元、2’-氟基-DNA 單元、2’-烷氧基-RNA、MOE 單元、阿糖基核酸 (ANA) 單元及 2’-氟基-ANA 單元所組成之群組的 2’ 取代核苷,如 MOE 核苷。在某些實施例中,其中區域 F 及 F’ 中的至少一個或區域 F 及 F’ 兩者均包含至少一個 LNA 核苷,區域 F 及 F’ 的其餘核苷為獨立選自由 MOE 及 LNA 所組成之群組。在某些實施例中,其中區域 F 及 F’ 中的至少一個或區域 F 及 F’ 兩者均包含至少兩個 LNA 核苷,區域 F 及 F’ 的其餘核苷為獨立選自以 MOE 及 LNA 所組成之群組。在某些混合型翼的實施例中,區域 F 及 F’ 中的一或兩者可進一步包含一或多個 DNA 核苷。
交替側翼缺口體
側翼區域可包含 LNA 及 DNA 核苷兩者,並且由於其包含 LNA-DNA-LNA 核苷的交替模體,因此稱為「交替側翼」。包含此種交替側翼的缺口體稱為「交替側翼缺口體」。因此,「選擇性側翼缺口體」是指 LNA 缺口體寡核苷酸,其中至少一個側翼 (F 或 F’) 在一個或多個 LNA 核苷之外還包含 DNA。在某些實施例中,區域 F 或 F’ 中的至少一個或兩個包含 LNA 核苷及 DNA 核苷這兩者。在該等實施例中,側翼區域 F 或 F’,或 F 和 F’ 兩者,包含至少三個核苷,其中 F 及/或 F’ 區域的 5’ 及 3’ 多數核苷為 LNA 核苷。
寡核苷酸中的區域 D’ D’’
本發明之反義寡核苷酸可在某些實施例中包含寡核苷酸的連續核苷酸序列或由該連續核苷酸序列組成,其與該目標核酸互補,如缺口體區域 F-G-F’ 以及進一步的 5’ 及/或 3’ 核苷。該進一步的 5’ 及/或 3’ 核苷可與或不與該目標核酸為完全互補。該等進一步的 5’ 及/或 3’ 核苷本文中可稱為區域 D’ 及 D’’。
區域 D’ 或 D’’ 的加入可用於將該連續核苷酸序列,例如缺口體,連接至結合體部分或另一官能基團。當用於接合該連續核苷酸序列與結合體部分時,其可做為生物可切斷型連接子。或者其可用於提供核酸外切酶保護或促進合成或製造。
區域 D’ 及 D’’ 可分別連附至區域 F 的 5’ 端或區域 F’ 的 3’ 端,以分別產生下式的設計:D’-F-G-F’、F-G-F’-D’’ 或 D’-F-G-F’-D’’。在此例子中,F-G-F’ 是該反義寡核苷酸的缺口體部位,且區域 D’ 或 D’’ 組成該反義寡核苷酸的一個分離部分。
區域 D’ 或 D’’ 可獨立包含或具有 1、2、3、4 或 5 個外加核苷酸,其可與該目標核酸為互補或不為互補。鄰接 F 或 F’ 區域的核苷酸並非糖修飾核苷酸,例如 DNA 或 RNA 或其鹼基修飾版本。D’ 或 D’’ 區域可做為對核酸酶易感的生物可切斷型連接子 (見連接子定義)。在某些實施例中,該外加 5’ 及/或 3’ 端核苷酸是與磷酸二酯鍵結連結,且為 DNA 或 RNA。適用為區域 D’ 或 D’’ 的核苷酸基生物可切斷型連接子可參照 WO2014/076195 的揭露,舉例而言可包括磷酸二酯連結 DNA 二核苷酸。生物可切斷型連接子在聚寡核苷酸構造中的使用可參照 WO2015/113922 的揭露,在該案中其為用於連結單一反義寡核苷酸中的多重反義構造 (例如缺口體區域)。
在一個實施例中,本發明之反義寡核苷酸除包含組成該缺口體的該連續核苷酸序列之外,還包含區域 D’ 及/或 D’’。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸可由下式代表: F-G-F’;特別是 F1-8 -G5-16 -F’2-8 D’-F-G-F’;特別是 D’1-3 -F1-8 -G5-16 -F’2-8 F-G-F’-D’’;特別是 F1-8 -G5-16 -F’2-8 -D’’1-3 D’-F-G-F’-D’’;特別是 D’1-3 - F1-8 -G5-16 -F’2-8 -D’’1-3
在某些實施例中,該位在區域 D’ 與區域 F 之間的核苷間鍵結是磷酸二酯鍵結。在某些實施例中,該位在區域 F’ 與區域 D’’ 之間的核苷間鍵結是磷酸二酯鍵結。
結合體
本文所用的結合體一詞意指共價連結至非核苷酸部分 (結合體部分或區域 C 或第三區域) 的反義寡核苷酸。結合體部分可以隨選透過連接子基團 (如區域 D’ 或 D’) 共價連接至反義寡核苷酸。
Manoharan 在 Antisense Drug Technology, Principles, Strategies, and Applications, S.T.  (Crooke 編輯, 第 16 章, Marcel Dekker, Inc., 2001 和 Manoharan, Antisense and Nucleic Acid Drug Development, 2002, 12, 103) 的綜合評論中亦報導了反義寡核苷酸結合體及其合成。
在某些實施例中,非核苷酸部分 (結合體部分) 選自由碳水化合物 (例如 GalNAc)、細胞表面受體配體、原料藥、荷爾蒙、親脂性物質、聚合物、蛋白質、胜肽、毒素 (例如細菌毒素)、維他命、病毒蛋白質 (例如衣殼) 或其組合所組成之群組。
連接子
鍵結或連接子是兩個原子之間的連接,用以將一個關注中的化學基團或區段經由一或多個共價鍵連結至另一個關注中的化學基團或區段。結合體部分可直接或經由連結部分 (例如連接子或繫鏈) 連附至該反義寡核苷酸。連接子將第三區域,例如結合體部分 (區域 C),共價連接至第一區域,例如與該目標核酸互補的反義寡核苷酸或連續核苷酸序列 (區域 A)。
在本發明之某些實施例中,本發明之結合體或反義寡核苷酸結合體可隨選包含連接子區域 (第二區域或區域 B 及/或區域 Y),其位在與該目標核酸互補的該反義寡核苷酸或該連續核苷酸序列 (區域 A 或第一區域) 與結合體部分 (區域 C 或第三區域) 之間。
區域 B 意指包含或具有一個生理不安定鍵的生物可切斷型連接子,該生理不安定鍵在哺乳動物體內常態存在或與之類似的條件下會成為可切斷的鍵。生理不安定連接子經歷化學轉換 (例如,切斷) 的條件包括化學條件,例如 pH、溫度、氧化或還原條件或作用劑,以及哺乳動物細胞內所常態存在或與之類似的鹽濃度。哺乳動物細胞內條件亦包括通常存在於哺乳動物細胞中的酵素活性,例如蛋白分解酶或水解酶或核酸酶的活性。在一個實施例中,生物可切斷型連接子容易受到 S1 核酸酶切斷。在某些實施例中,核酸酶敏感性連接子包含 1 至 5 個核苷,如包含至少兩個連續磷酸二酯鍵的一個或多個 DNA 核苷。在 WO 2014/076195 中更詳細地闡述了包含磷酸二酯的可生物裂解的連接子。
區域 Y 意指未必為生物可切斷型但主要功能是將結合體部分 (區域 C 或第三區域) 共價連接至反義寡核苷酸 (區域 A 或第一區域) 的連接子。區域 Y 連接子可包含鏈結構或重複單元的低聚物,如乙二醇、胺基酸單元或胺基烷基團。本發明之反義寡核苷酸結合體可由以下區域元素建構:A-C、A-B-C、A-B-Y-C、A-Y-B-C 或 A-Y-C。在某些實施例中,該連接子 (區域 Y) 為胺基烷基,如 C2 至 C36 胺基烷基團,包括,例如 C6 至 C12 胺基烷基團。在某些實施例中,該連接子 (區域 Y) 為 C6 胺基烷基團。在某些實施例中,該連接子為 NA。
治療
本文所用的「治療」一詞意指治療既有疾病 (例如本文所提及之疾病或疾患),或防範疾病,即預防。因此應知,本文中所意指的治療,於某些實施例中,是預防性的。
本發明之反義寡核苷酸
本發明之反義寡核苷酸是一種標定 SCN9A 的反義寡核苷酸。
反義寡核苷酸
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸能夠藉由抑制或下調目標而調節該目標的表現。優選的是,此種調節相較於目標的正常表現水平可產生至少 20% 的表現抑制,更優選的是相較於目標的正常表現水平產生至少 30%、至少 40%、至少 50% 的表現抑制。在某些實施例中,在將 0.031 µM、0.1 µM 和 0.4 µM 反義寡核苷酸應用於 SK-N-AS 細胞後,本發明之反義寡核苷酸可以能夠在體外將 SCN9A mRNA 的表現水平抑制至少 60% 或 70%。在某些實施例中,在將 0.031 µM、0.1 µM 和 0.4 µM 寡核苷酸應用於 SK-N-AS 細胞後,本發明之反義寡核苷酸可以能夠在體外將 SCN9A 蛋白質的表現水平抑制至少 50%。適合的是,實例提供可用於測量 SCN9A RNA 或蛋白質抑制的測定 (例如參閱實例 1 和 3)。在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸可以以不超過 1 µM,更優選地不超過 0.5 µM 的最大有效濃度的一半 (EC50) 抑制細胞中目標 RNA 或蛋白質的表現水平。例如,反義寡核苷酸可以在將寡核苷酸應用於 SK-N-AS 細胞後,以不超過 0.3 µM,如不超過 0.20 µM、不超過 0.15 µM、不超過 0.10 µM、不超過 0.08 µM、不超過 0.07 µM、不超過 0.06、0.05、0.04 或 0.03 µM 的 EC50 抑制 SCN9A mRNA (或蛋白質) 的表現水平。在某些實施例中,在 SK-N-AS 細胞中,反義寡核苷酸可以能夠以 0.03 µM 至 0.15 µM 的範圍,如 0.05 至 0.10 µM 的範圍,如約 0.07 µM,的 EC50 抑制 SCN9A mRNA 的表現水平。適合的是,這可以在實例 3 中提供的測定中進行評估。
本發明之反義寡核苷酸的特徵還在於對目標核酸 (如 SCN9A mRNA) 的高選擇性。在某些實施例中,例如當以約 50 倍於其在 SK-N-AS 細胞中 EC50 的濃度應用於目標細胞時,反義寡核苷酸可以在表現包含目標序列的核酸的目標細胞中減少少數或不減少非目標核酸的表現,如不超過 20 個非目標基因,不超過 15 個非目標基因,不超過 12 個非目標基因,不超過 10 個非目標基因,不超過 8 個、7 個、6 個、5 個、4 個、3 個、2 個或 1 個非目標基因,或無非目標基因。應知「非目標基因」包括不是 SCN9A 基因或基因轉錄的任何基因或基因轉錄,例如 mRNA,但是其表現被反義寡核苷酸減少。優選的是,當以約 3 µM 的濃度應用於人類神經元細胞,例如 人類 iCell GlutaNeuron (參閱表 10) 時,反義寡核苷酸可減少不超過 5 個標基因 (如不超過 3 個標基因、如不超過 1 個非目標基因、如無非目標基因) 的表現。實例 4 中提供用於評估反義寡核苷酸的選擇性的適合的測定。在某些實施例中,非目標基因可以被定義為當在實例 4 的測定中進行測試時相對於具有調整後的 p 值 < 0.05 的對照條件具有減少的表現,可選地亦基於結合親和力預測在預測的非目標基因的前 1% 中或能夠以 1 個錯配與對應的未剪接轉錄結合。
藉由反義寡核苷酸的連續核苷酸序列與目標核酸之間的雜交來觸發目標調節。在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸包含反義寡核苷酸與目標核酸之間的錯配。儘管存在錯配,但與目標核酸的雜交仍可能足以顯示出 SCN9A 表現的所期望的調節。可以有利地藉由增加反義寡核苷酸中核苷酸的數量及/或增加能夠增加與目標,如存在於反義寡核苷酸序列內包括 LNA 的 2’ 糖修飾核苷的結合親和力的修飾核苷的數量來補償由錯配導致的減少的結合親和力。
本發明之一方面涉及一種反義寡核苷酸,其包含長度為 10 至 30 個與 SCN9A 前 mRNA 具有至少 90% 的互補性的核苷酸的連續核苷酸序列,如 SEQ ID NO: 1,或由此衍生的轉錄變體。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含長度為 10 個至 30 個核苷酸的連續序列,該序列與該目標核酸或目標序列的區域至少 90% 互補,如至少 91%、如至少 92%、如至少 93%、如至少 94%、如至少 95%、如至少 96%、如至少 97%、如至少 98%,或 100% 互補。
有利的是,若本發明之反義寡核苷酸或其連續核苷酸序列與目標核酸之區域完全互補 (100% 互補),或者,在某些實施例中,反義寡核苷酸與目標核酸之間可包含一或兩組錯配。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含長度為 10 至 30 個核苷酸的連續核苷酸序列,與選自由 SEQ ID NO: 1 的核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 - 151847 及 151949 - 152006 所組成之群組的 SEQ ID NO: 1 中存在的目標核酸的區域至少 90% 互補,如完全 (或 100%) 互補。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含長度為 14 至 20 個核苷酸的連續核苷酸序列,與選自由 SEQ ID NO: 1 的核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 - 151847 及 151949 - 152006 所組成之群組的 SEQ ID NO: 1 中存在的目標核酸的區域完全 (或 100%) 互補。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含長度為 15 個核苷酸的連續核苷酸序列,與選自由 SEQ ID NO: 1 的核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 - 151847 及 151949 - 152006 所組成之群組的 SEQ ID NO: 1 中存在的目標核酸的區域完全 (或 100%) 互補。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含長度為 16 個核苷酸的連續核苷酸序列,與選自由 SEQ ID NO: 1 的核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 - 151847 及 151949 - 152006 所組成之群組的 SEQ ID NO: 1 中存在的目標核酸的區域完全 (或 100%) 互補。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含長度為 17 個核苷酸的連續核苷酸序列,與選自由 SEQ ID NO: 1 的核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 - 151847 及 151949 - 152006 所組成之群組的 SEQ ID NO: 1 中存在的目標核酸的區域完全 (或 100%) 互補。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含長度為 18 個核苷酸的連續核苷酸序列,與選自由 SEQ ID NO: 1 的核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 - 151847 及 151949 - 152006 所組成之群組的 SEQ ID NO: 1 中存在的目標核酸的區域完全 (或 100%) 互補。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含長度為 19 個核苷酸的連續核苷酸序列,與選自由 SEQ ID NO: 1 的核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 - 151847 及 151949 - 152006 所組成之群組的 SEQ ID NO: 1 中存在的目標核酸的區域完全 (或 100%) 互補。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含長度為 20 個核苷酸的連續核苷酸序列,與選自由 SEQ ID NO: 1 的核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 - 151847 及 151949 - 152006 所組成之群組的 SEQ ID NO: 1 中存在的目標核酸的區域完全 (或 100%) 互補。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含長度為 21 個核苷酸的連續核苷酸序列,與選自由 SEQ ID NO: 1 的核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 - 151847 及 151949 - 152006 所組成之群組的 SEQ ID NO: 1 中存在的目標核酸的區域完全 (或 100%) 互補。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含長度為 22 個核苷酸的連續核苷酸序列,與選自由 SEQ ID NO: 1 的核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 - 151847 及 151949 - 152006 所組成之群組的 SEQ ID NO: 1 中存在的目標核酸的區域完全 (或 100%) 互補。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含與選自由 SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26 及 SEQ ID NO: 27 所組成之群組之目標核酸的區域至少 90% 互補 (如至少 95% 互補) 的連續核苷酸序列。
在某些實施例中,反義寡核苷酸包含與選自由 SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6、SEQ ID NO: 7、SEQ ID NO: 8、SEQ ID NO: 9、SEQ ID NO: 10、SEQ ID NO: 11、SEQ ID NO: 12、SEQ ID NO: 13、SEQ ID NO: 14、SEQ ID NO: 15、SEQ ID NO: 16、SEQ ID NO: 17、SEQ ID NO: 18、SEQ ID NO: 19、SEQ ID NO: 20、SEQ ID NO: 21、SEQ ID NO: 22、SEQ ID NO: 23、SEQ ID NO: 24、SEQ ID NO: 25、SEQ ID NO: 26 及 SEQ ID NO: 27 所組成之群組之目標核酸的區域完全 (或 100%) 互補的連續核苷酸序列。
本發明之反義寡核苷酸包含與目標核酸的區域互補或雜交的連續核苷酸序列,如本文所述之目標序列。
與治療性反義寡核苷酸互補或雜交的目標核酸序列通常包含一段至少 10 個核苷酸的連續核鹼基。連續核苷酸序列具有 12 個至 70 個之間的核苷酸,如 12 個至 50 個連續核苷酸、如 13 個至 30 個連續核苷酸、如 14 個至 25 個連續核苷酸、如 14 個至 20 個連續核苷酸。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸或其連續核苷酸序列包含長度為 10 個至 30 個核苷酸或由其組成,如長度為 12 個至 25 個核苷酸、如 11 個至 22 個核苷酸、如 12 個至 20 個核苷酸、如 14 個至 18 個或 14 個至 16 個連續核苷酸。
在某些實施例中,反義寡核苷酸或其連續核苷酸序列包含 22 個或更少之核苷酸或由其組成,如 20 個或更少之核苷酸,如 18 個或更少之核苷酸,如 14 個、15 個、16 個或 17 個核苷酸。應知在本文中給定之所有範圍均包括範圍端點。據此,若描述反義寡核苷酸包括 10 個至 30 個核苷酸,則均包括 10 個及 30 個核苷酸。
在某些實施例中,該連續核苷酸序列在長度上包含或具有 10 個、11 個、12 個、13 個、14 個、15 個、16 個、17 個、18 個、19 個、20 個、21 個、22 個、23 個、24 個、25 個、26 個、27 個、28 個、29 個或 30 個連續核苷酸。
在某些實施例中,反義寡核苷酸或其連續核苷酸序列包含選自 SEQ ID NO: 28-52 的序列或由其組成 在某些實施例中,連續核苷酸序列的長度包含 12 個、13 個、14 個、15 個、16 個、17 個、18 個、19 個、20 個、21 個或 22 個連續核苷酸或由其組成。
在有利的實施例中,反義寡核苷酸包含一個或多個糖修飾核苷,如一個或多個 2’ 糖修飾核苷,如一個或多個獨立選自由 2'-O-烷基-RNA、2'-O-甲基-RNA、2'-烷氧基-RNA、2'-O-甲氧基乙基-RNA、2'-氨基-DNA、2'-氟-DNA、阿拉伯核酸 (ANA)、2' -氟-ANA和 LNA 核苷所組成之群組之 2'糖修飾核苷。若修飾核苷中的一個或多個為鎖核酸 (LNA),則是有利的。
在某些實施例中,連續核苷酸序列包含 LNA 核苷。
在某些實施例中,連續核苷酸序列包含 LNA 核苷和 DNA 核苷。
在某些實施例中,連續核苷酸序列包含 LNA 核苷和 DNA 核苷以及 2'-O-甲基 RNA 核苷。
在某些實施例中,連續核苷酸序列包含 LNA 核苷、DNA 核苷和 2'-O-甲基 RNA 核苷,並且連續核苷酸鍵結的每個核苷之間的核苷鍵結為硫代磷酸酯核苷鍵結。
在某些實施例中,連續核苷酸序列包含 LNA 核苷、DNA 核苷和 2'-O-甲基 RNA 核苷,並且連續核苷酸鍵結的每個核苷之間的核苷鍵結為硫代磷酸酯核苷鍵結。
在某些實施例中,連續核苷酸序列包含 2'-O-甲氧基乙基 (2'MOE) 核苷。
在某些實施例中,連續核苷酸序列包含 2'-O-甲氧基乙基 (2'MOE) 核苷和 DNA 核苷。
有利的是,反義寡核苷酸之 3' 最末端核苷或其連續核苷酸序列為 2’ 糖修飾核苷。
有利的是,反義寡核苷酸包含至少一個修飾核苷間鍵結,如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯。
在某些實施例中,連續核苷酸序列中的至少一個核苷間鍵結為硫代磷酸酯核苷間鍵結。
在某些實施例中,連續核苷酸序列中的至少一個核苷間鍵結為二硫代磷酸酯核苷間鍵結。
在某些實施例中,連續核苷酸序列中的至少一個核苷間鍵結為磷酸雙酯核苷間鍵結。
在某些實施例中,連續核苷酸序列內的所有核苷間鍵結都為硫代磷酸酯核苷間鍵結。
在某些實施例中,反義寡核苷酸或其連續核苷酸序列內至少 75% 的核苷間鍵結為硫代磷酸酯核苷間鍵結。
在某些實施例中,反義寡核苷酸或其連續核苷酸序列內所有核苷間鍵結為硫代磷酸酯核苷間鍵結。
在本發明之有利的實施例中,本發明之反義寡核苷酸能夠招募 RNase H,如 RNase H1。在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸或其連續核苷酸序列是缺口體。
在某些實施例中,反義寡核苷酸或其連續核苷酸序列包含式 5’-F-G-F’-3 的缺口體或由其組成。
在某些實施例中,區域 G 由 6 至 16 個 DNA 核苷組成。
在某些實施例中,區域 F 和 F’ 各自包含至少一個 LNA 核苷。
3 本發明提供以下反義寡核苷酸化合物
SEQ ID NO: 模體 化合物 CMP 識別號 ∆G° 初始 SEQ ID NO: 1
28 CAAAGCTCGTGTAG CAAagctcgtGTAG 28_1 -18.2 82676
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTttaataccatTTCA 29_1 -19.1 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTTaataccatTTCA 29_2 -19.8 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTTAataccattTCA 29_3 -20.2 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAataccatU TCA 29_4 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtaataccatTtCA 29_5 -18.4 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTtaataccatTTCA 29_6 -18.6 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTttTaataccatTTCA 29_7 -19.0 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTtTaataccatTTCA 29_8 -19.8 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTTaataccattTCA 29_9 -19.0 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTttTAataccattTCA 29_10 -19.4 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAataccattTcA 29_11 -15.9 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtAataccattTCA 29_12 -19.2 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAataccAttTCA 29_13 -18.7 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAataccattTC A 29_14 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTtTAataccatttCA 29_15 -19.2 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTTaataccaTttCA 29_16 -18.5 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTtTaataccatTtCA 29_17 -18.3 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTTaataccatTtCA 29_18 -18.3 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtAataccatTtCA 29_19 -18.5 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTtTAataccatTtCA 29_20 -19.5 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTttTaataccaTTtCA 29_21 -18.5 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtttAataccatTTCA 29_22 -18.4 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTtAataccatTTCA 29_23 -18.7 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTtAataccattTCA 29_24 -16.3 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTA ataccattTCA 29_25 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTaataccattTCA 29_26 -17.5 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAAtaccattTCA 29_27 -19.1 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAatA ccattTCA 29_28 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAataccA ttTCA 29_29 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAataccattTCA 29_30 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAataccattTCa 29_31 -17.2 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA G TtTTAataccattTCA 29_32 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAataccattTCA 29_33 -18.6 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAA taccatU TCA 29_34 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTU AataccattTCA 29_35 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GtU TTAataccattTCA 29_36 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GtU TTAataccatU TCA 29_37 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GU tTTAataccattTCA 29_38 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GU tTTAataccatU TCA 29_39 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GUU TTAataccattTCA 29_40 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GUU TTAataccatU TCA 29_41 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTttTAataccatttCA 29_42 -18.4 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTTAataccatttCA 29_43 -19.2 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtaAtaccatttCA 29_44 -18.4 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTtTaAtaccatttCA 29_45 -18.3 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTTaAtaccatttCA 29_46 -18.3 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtAAtaccatttCA 29_47 -18.7 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTttTAAtaccatttCA 29_48 -18.9 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTtTAAtaccatttCA 29_49 -19.7 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTTAAtaccatttCA 29_50 -19.7 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTttaaTaccatttCA 29_51 -18.2 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtaaTaccatttCA 29_52 -19.0 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTttTaaTaccatttCA 29_53 -18.1 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTtTaaTaccatttCA 29_54 -18.9 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTTaaTaccatttCA 29_55 -18.9 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTttTAaTaccatttCA 29_56 -19.2 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTtTAaTaccatttCA 29_57 -20.0 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTTAaTaccatttCA 29_58 -20.0 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTttaATaccatttCA 29_59 -19.3 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTtaATaccatttCA 29_60 -18.8 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtaATaccatttCA 29_61 -20.1 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtttAATaccatttCA 29_62 -18.8 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTttAATaccatttCA 29_63 -19.6 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTttTAATaccatttCA 29_64 -20.6 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtaataccaTttCA 29_65 -18.5 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTtTaataccaTttCA 29_66 -18.5 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtaataccATttCA 29_67 -19.4 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTttTAataccatTtCA 29_68 -18.7 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtaataccAtTtCA 29_69 -18.5 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTttaataccaTTtCA 29_70 -18.5 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtaataccaTTtCA 29_71 -19.4 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTtTaataccaTTtCA 29_72 -19.3 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtaataccatTTCA 29_73 -19.9 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTttAataccatTTCA 29_74 -19.2 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtAataccatTTCA 29_75 -20.0 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTttaataccAtTTCA 29_76 -19.1 97704
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29 GTTTTAATACCATTTCA GTtttaataccATTtCA 29_79 -18.6 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTttaataccATTtCA 29_80 -19.4 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtaataccATTtCA 29_81 -20.2 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtaataccattTCA 29_82 -19.1 97704
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29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTtaAtaccattTCA 29_86 -18.1 97704
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29 GTTTTAATACCATTTCA GTttTaAtaccattTCA 29_88 -18.5 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTtTaAtaccattTCA 29_89 -19.3 97704
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29 GTTTTAATACCATTTCA GTtttAAtaccattTCA 29_91 -18.1 97704
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29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTTaataccaTtTCA 29_100 -19.4 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTtttaataccATtTCA 29_101 -18.8 97704
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29 GTTTTAATACCATTTCA GTtTtaataccATtTCA 29_103 -19.1 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GTTTtaataccATtTCA 29_104 -20.4 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA G ttTTAataccattTCA 29_105 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA gttTTAataccattTCA 29_106 -18.4 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GtttTAataccattTCA 29_107 -17.8 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAA taccattTCA 29_108 NA 97704
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29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAatAccattTCA 29_110 -18.8 97704
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29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAataccatttCA 29_113 -17.6 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAataccaU tTCA 29_114 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAA taccaU tTCA 29_115 NA 97704
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29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAaU accattTCA 29_117 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAAU accattTCA 29_118 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAaU accaU tTCA 29_119 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttTTAaU accaUU TCA 29_120 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GttU TAataccattTCA 29_121 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GtU TTAA taccattTCA 29_122 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GtU TTAA taccatU TCA 29_123 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GtU TTAataccaU tTCA 29_124 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GtU TTAA taccaU tTCA 29_125 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GtU TTAaU accattTCA 29_126 NA 97704
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29 GTTTTAATACCATTTCA GU tTTAA taccattTCA 29_128 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GU tTTAataccaU tTCA 29_129 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GU tTTAaU accattTCA 29_130 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GUU TTAA taccattTCA 29_131 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GUU TTAataccaU tTCA 29_132 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GUU TTAataccaUU TCA 29_133 NA 97704
29 GTTTTAATACCATTTCA GUU TTAaU accattTCA 29_134 NA 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGtTttaataccatTtCA 30_1 -18.1 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGttTtaataccatTtCA 30_2 -18.1 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGtTttaataccattTCA 30_3 -18.8 97704
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30 AGTTTTAATACCATTTCA AGtTtTaataccatTtCA 30_5 -18.9 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGttTtaataccattTCA 30_6 -18.8 97704
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30 AGTTTTAATACCATTTCA AGtTttaataccAttTCA 30_8 -18.9 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGtTttaataccaTttCA 30_9 -18.3 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGtTtTaataccaTttCA 30_10 -19.0 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGtTTtaataccaTttCA 30_11 -19.1 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGttTtaataccaTTtCA 30_12 -19.1 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGtTttaataccATttCA 30_13 -19.1 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGtTTtaataccatttCA 30_14 -18.6 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGttttaataccATttCA 30_15 -18.8 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGttTTaataccatttCA 30_16 -19.1 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGttTtaataccaTttCA 30_17 -18.3 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGtttTaaTaccatttCA 30_18 -19.1 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGttttAATaccatttCA 30_19 -19.8 97704
30 AGTTTTAATACCATTTCA AGtttTaATaccatttCA 30_20 -20.3 97704
31 CAGTTTTAATACCATTTC CAgtTttaataccatTTC 31_1 -18.2 97705
31 CAGTTTTAATACCATTTC CAgTtTtaataccatTTC 31_2 -18.9 97705
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31 CAGTTTTAATACCATTTC CAgTttTaataccaTtTC 31_5 -18.9 97705
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31 CAGTTTTAATACCATTTC CAgtTTtaataccatTTC 31_8 -19.0 97705
31 CAGTTTTAATACCATTTC CAGtTttaataccattTC 31_9 -18.8 97705
31 CAGTTTTAATACCATTTC CAgTtTtaataccattTC 31_10 -18.1 97705
31 CAGTTTTAATACCATTTC CAgtTTtaataccattTC 31_11 -18.2 97705
31 CAGTTTTAATACCATTTC CAGttTtaataccattTC 31_12 -18.8 97705
31 CAGTTTTAATACCATTTC CAgTTttaataccaTtTC 31_13 -19.0 97705
31 CAGTTTTAATACCATTTC CAgTtttaataccatTTC 31_14 -18.6 97705
31 CAGTTTTAATACCATTTC CAgtTTtaataccaTtTC 31_15 -18.7 97705
31 CAGTTTTAATACCATTTC CAGtTttaataccAttTC 31_16 -18.9 97705
31 CAGTTTTAATACCATTTC CAgtTttaataccATtTC 31_17 -18.7 97705
31 CAGTTTTAATACCATTTC CAgttTTAAtaccattTC 31_18 -20.3 97705
32 TCAGTTTTAATACCATT TCAGttTtaataccaTT 32_1 -18.8 97707
32 TCAGTTTTAATACCATT TCaGTtTTaataccaTT 32_2 -19.1 97707
32 TCAGTTTTAATACCATT TCAGtttTaataccaTT 32_3 -19.2 97707
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32 TCAGTTTTAATACCATT TCAgttTTaataccaTT 32_5 -18.6 97707
33 CAGTTTTAATACCATTTCA CAgtTttAataccatTtCA 33_1 -20.1 97712
33 CAGTTTTAATACCATTTCA CAgTtttaataccatTtCA 33_2 -20.4 97712
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33 CAGTTTTAATACCATTTCA CAgtTttAataccatttCA 33_5 -19.8 97712
33 CAGTTTTAATACCATTTCA CAgtTttaataccaTttCA 33_6 -20.2 97712
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33 CAGTTTTAATACCATTTCA CAgtTttaataccAtttCA 33_8 -19.8 97712
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33 CAGTTTTAATACCATTTCA CAgttTtAAtaccatttCA 33_17 -20.4 97712
34 TCAGTTTTAATACCATTT TCaGTttTaataccatTT 34_1 -19.1 97714
34 TCAGTTTTAATACCATTT TCAgtTtTaataccatTT 34_2 -19.0 97714
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34 TCAGTTTTAATACCATTT TCaGttTTaataccatTT 34_5 -18.4 97714
34 TCAGTTTTAATACCATTT TCaGttTtaataccaTTT 34_6 -18.1 97714
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34 TCAGTTTTAATACCATTT TCAgttTtaataccatTT 34_17 -18.2 97714
35 ATCAGTTTTAATACCATT ATCaGttTTaataccaTT 35_1 -19.6 97715
36 CACATAATTTATTCCCTTT CAcAtaatttattcccTTT 36_1 -20.0 103232
36 CACATAATTTATTCCCTTT CAcaTaatttattccctTT 36_2 -19.8 103232
36 CACATAATTTATTCCCTTT CAcAtaatttattccCtTT 36_3 -19.9 103232
36 CACATAATTTATTCCCTTT CAcAtaatttattcCctTT 36_4 -19.7 103232
36 CACATAATTTATTCCCTTT CAcataatttattCcctTT 36_5 -19.7 103232
37 TCACATAATTTATTCCCTT TCacAtaatttattcCcTT 37_1 -19.8 103233
37 TCACATAATTTATTCCCTT TCacataatttattcCcTT 37_2 -19.8 103233
37 TCACATAATTTATTCCCTT TCacAtaatttattCccTT 37_3 -19.9 103233
37 TCACATAATTTATTCCCTT TCacataatttattCccTT 37_4 -19.9 103233
37 TCACATAATTTATTCCCTT TCaCataatttattcccTT 37_5 -19.8 103233
38 TTCACATAATTTATTCCCT TTcacataatttattCcCT 38_1 -20.2 103234
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatttATtcCC 39_1 -19.5 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatTtATtcCC 39_2 -19.8 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcAcataatttatTcCC 39_3 -18.7 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcACataatttatTcCC 39_4 -19.8 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcaCataatttattCCC 39_5 -21.2 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTCAcataatttattcCC 39_6 -21.0 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTCacataatttatTcCC 39_7 -19.8 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTCAcataatttatTcCC 39_8 -21.4 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCAcataatttatTcCC 39_9 -19.9 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCA cataatttatTC CC 39_10 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCaC ataatttatTC CC 39_11 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCAC ataatttatTcCC 39_12 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttatTcCC 39_13 -18.3 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttatTCCC 39_14 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataattU atTcCC 39_15 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacaU aatttatTcCC 39_16 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TU CacataatttatTC CC 39_17 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TU CA cataatttatTcCC 39_18 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TU CA cataatttatTC CC 39_19 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC U TCacataatttatTcCC 39_20 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTTtattcCC 39_21 -19.4 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataattTattcCC 39_22 -18.9 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcAcataattTattcCC 39_23 -19.1 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTtTattcCC 39_24 -19.4 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatTTattcCC 39_25 -19.7 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTTTattcCC 39_26 -20.7 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTttAttcCC 39_27 -18.7 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatTtAttcCC 39_28 -18.6 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTTtAttcCC 39_29 -19.5 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataattTAttcCC 39_30 -20.0 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTtTAttcCC 39_31 -20.5 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatTTAttcCC 39_32 -20.9 103235
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39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatTTaTtcCC 39_40 -20.2 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTTTaTtcCC 39_41 -21.1 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcAcataatttATtcCC 39_42 -19.7 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTttATtcCC 39_43 -20.0 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTTtATtcCC 39_44 -20.8 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataattTATtcCC 39_45 -21.3 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTttatTcCC 39_46 -19.0 103235
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39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataattTatTcCC 39_49 -19.3 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcAcataattTatTcCC 39_50 -19.4 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTtTatTcCC 39_51 -19.7 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatTTatTcCC 39_52 -20.1 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTTTatTcCC 39_53 -21.1 103235
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39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatTtAtTcCC 39_57 -19.0 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTTtAtTcCC 39_58 -19.9 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataattTAtTcCC 39_59 -20.4 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatttaTTcCC 39_60 -19.5 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcAcataatttaTTcCC 39_61 -19.7 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTttaTTcCC 39_62 -20.0 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatTtaTTcCC 39_63 -19.8 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTTtaTTcCC 39_64 -20.8 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataattTaTTcCC 39_65 -20.2 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTtTaTTcCC 39_66 -20.7 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatTTaTTcCC 39_67 -21.1 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatttATTcCC 39_68 -20.4 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTttATTcCC 39_69 -20.9 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatTtATTcCC 39_70 -20.7 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtC acataatttatTcCC 39_71 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtcacataatttatTcCC 39_72 -17.7 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTC acataatttatTcCC 39_73 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatttattCCC 39_74 -20.6 103235
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39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTttattCCC 39_76 -21.0 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatTtattCCC 39_77 -20.9 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataattTattCCC 39_78 -21.3 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatttAttCCC 39_79 -20.7 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataaTttAttCCC 39_80 -21.1 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatTtAttCCC 39_81 -21.0 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcacataatttaTtCCC 39_82 -21.0 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTcAcataatttaTtCCC 39_83 -21.1 103235
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39 TTCACATAATTTATTCCC TTcaCataatttAttcCC 39_87 -19.0 103235
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39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttatTcC C 39_95 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttatTccC 39_96 -16.1 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttatTcCC 39_97 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttatTcCc 39_98 -16.5 103235
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39 TTCACATAATTTATTCCC TTCacataattTattcCC 39_101 -20.2 103235
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39 TTCACATAATTTATTCCC TTCacataattTaTtcCC 39_108 -20.6 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTCacataatttATtcCC 39_109 -20.8 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTCacataatTtatTcCC 39_110 -20.1 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTCacataattTatTcCC 39_111 -20.6 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTCacataatttAtTcCC 39_112 -19.9 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTCacataatTtAtTcCC 39_113 -20.2 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTCacataatttaTTcCC 39_114 -20.8 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC ttCacataatttatTcCC 39_115 -18.2 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCA cataatttatTcCC 39_116 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCaC ataatttatTcCC 39_117 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacA taatttatTcCC 39_118 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacAtaatttatTcCC 39_119 -18.4 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacaTaatttatTcCC 39_120 -19.2 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataattTatTcCC 39_121 -19.1 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttA tTcCC 39_122 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttAtTcCC 39_123 -18.4 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttaTTcCC 39_124 -19.3 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttattcCC 39_125 -18.0 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttatTC CC 39_126 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacA taatttatTC CC 39_127 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttA tTC CC 39_128 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCaCA taatttatTcCC 39_129 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCA cataatttA tTcCC 39_130 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttatTCC C 39_131 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttatTCCC 39_132 -21.3 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttatU cCC 39_133 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttatU CCC 39_134 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttaU TcCC 39_135 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttaU TC CC 39_136 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatttAU TcCC 39_137 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCaC ataatttaU TcCC 39_138 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacA taatttaU TcCC 39_139 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataattUA tTcCC 39_140 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCA cataattU atTcCC 39_141 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCacataatU tatTcCC 39_142 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTCaCataatttattcCC 39_143 -20.2 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTCaCataatttaTtcCC 39_144 -20.6 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TTCaCataatttatTcCC 39_145 -20.5 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TtCaCataatttatTcCC 39_146 -19.0 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TU CacataatttatTcCC 39_147 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TU CaC ataatttatTcCC 39_148 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TU CacA taatttatTcCC 39_149 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TU CacataatttA tTcCC 39_150 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TU CacataatttaU TcCC 39_151 NA 103235
39 TTCACATAATTTATTCCC TU CacataattU atTcCC 39_152 NA 103235
40 ACATAATTTATTCCCTTTTT ACataatttattccCtttTT 40_1 -19.7 103238
40 ACATAATTTATTCCCTTTTT ACataatttattccCtTtTT 40_2 -20.0 103238
40 ACATAATTTATTCCCTTTTT ACataatttattcCctttTT 40_3 -19.5 103238
40 ACATAATTTATTCCCTTTTT ACataatttattcCctTtTT 40_4 -19.8 103238
40 ACATAATTTATTCCCTTTTT ACataatttattcCcTttTT 40_5 -20.0 103238
40 ACATAATTTATTCCCTTTTT ACataatttattCcctTtTT 40_6 -19.8 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttattccctTTTT 41_1 -19.8 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaATtTattccctTtTT 41_2 -20.8 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttattccCttTTT 41_3 -19.9 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttattccCtTtTT 41_4 -19.4 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttattccCtttTT 41_5 -19.1 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttatTccCtttTT 41_6 -19.5 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttatTccCtTtTT 41_7 -19.8 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttattcCcttTTT 41_8 -19.7 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttattcCcTttTT 41_9 -19.4 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttattcCctTtTT 41_10 -19.2 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttatTcCctttTT 41_11 -19.2 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttatTcCctTtTT 41_12 -19.5 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttatTcCcTttTT 41_13 -19.8 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttattCcctTtTT 41_14 -19.3 103238
41 CATAATTTATTCCCTTTTT CAtaatttattCcCtttTT 41_15 -19.9 103238
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACAtaatttattcccTtTT 42_1 -19.7 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACAtaatttattccctTTT 42_2 -20.0 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACataatTtattcccTTTT 42_3 -19.9 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACataatttattccCtTTT 42_4 -19.5 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACataatttattccCTtTT 42_5 -19.8 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACaTaatttattccCttTT 42_6 -19.5 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACAtaatttattccCttTT 42_7 -20.1 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACAtaatttattcCcttTT 42_8 -19.9 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACataatttattcCcTtTT 42_9 -19.0 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACataatttattcCctTTT 42_10 -19.3 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACaTaatttattcCcTtTT 42_11 -19.8 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACaTaatttattcCcttTT 42_12 -19.3 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACAtaatttattCccttTT 42_13 -20.0 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACataatttattCccTtTT 42_14 -19.0 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACaTaatttattCccTtTT 42_15 -19.9 103239
42 ACATAATTTATTCCCTTTT ACataatttattCcCttTT 42_16 -19.4 103239
43 CACATAATTTATTCCCTTTT CAcAtaatttattcccttTT 43_1 -20.0 103239
43 CACATAATTTATTCCCTTTT CAcataatTtattcccttTT 43_2 -20.3 103239
43 CACATAATTTATTCCCTTTT CAcAtaatTtattcccTtTT 43_3 -20.8 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CATaatttattccctTTT 44_1 -19.7 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttattccCtTTT 44_2 -18.9 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttattccCTtTT 44_3 -19.3 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttatTccCttTT 44_4 -18.4 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CATaatttattccCttTT 44_5 -19.8 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaATttattccCtTTT 44_6 -20.5 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttattcCctTTT 44_7 -18.7 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttattcCcTTTT 44_8 -19.7 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttatTcCcttTT 44_9 -18.2 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CATaatttattcCcttTT 44_10 -19.5 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttatTcCcTtTT 44_11 -18.8 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttatTcCctTTT 44_12 -19.1 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttattCcctTTT 44_13 -18.8 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttattCccTTTT 44_14 -19.8 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttatTCccttTT 44_15 -18.9 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttattCcCttTT 44_16 -18.8 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttattCcCtTTT 44_17 -19.7 103239
44 CATAATTTATTCCCTTTT CAtaatttattCcCTtTT 44_18 -20.0 103239
45 TCACATAATTTATTCCCTTT TCacAtaatttattccctTT 45_1 -20.0 103240
46 CACATAATTTATTCCCTT CAcAtaatttattccCTT 46_1 -19.8 103241
46 CACATAATTTATTCCCTT CAcaTaatttattcCcTT 46_2 -19.7 103241
46 CACATAATTTATTCCCTT CAcaTaatttattCccTT 46_3 -19.8 103241
46 CACATAATTTATTCCCTT CACataatttattcCcTT 46_4 -19.9 103241
46 CACATAATTTATTCCCTT CACataatttattCccTT 46_5 -20.0 103241
47 TCACATAATTTATTCCCT TCaCataatttattccCT 47_1 -19.5 103242
47 TCACATAATTTATTCCCT TCacataatttaTtccCT 47_2 -19.3 103242
47 TCACATAATTTATTCCCT TCacAtaatttattCcCT 47_3 -19.7 103242
47 TCACATAATTTATTCCCT TCacataatttattCcCT 47_4 -19.6 103242
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CTcAtactgcTctttcTA 48_1 -21.7 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CTCatactgctCtttcTA 48_2 -23.3 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCAtactgctCtttcTA 48_3 -22.9 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCtttCTA 48_4 -23.1 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctctttcTA 48_5 -20.5 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactGctCtttcTA 48_6 -21.8 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCttTcTA 48_7 -21.8 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCtttctA 48_8 -19.5 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCtttcTA 48_9 -21.5 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCA tactgctCttU cTA 48_10 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA C tCatactgctCtttcTA 48_11 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA ctCatactgctCtttcTA 48_12 -20.9 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CTcatactgcTctttcTA 48_13 -21.7 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CTcAtactgctcTttcTA 48_14 -21.6 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CTcAtactgctctTtcTA 48_15 -21.4 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CTcAtactgctcttTcTA 48_16 -21.5 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtC atactgctCtttcTA 48_17 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtcatactgctCtttcTA 48_18 -20.8 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctC tttcTA 48_19 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCA tactgctCtttcTA 48_20 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCaTactgctCtttcTA 48_21 -22.3 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatA ctgctCtttcTA 48_22 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatActgctCtttcTA 48_23 -21.6 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactG ctCtttcTA 48_24 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgC tCtttcTA 48_25 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgcTCtttcTA 48_26 -22.7 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCTttcTA 48_27 -22.6 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCtTtcTA 48_28 -21.8 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCtttC TA 48_29 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCtttcTA 48_30 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCtttcTa 48_31 -20.4 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCA tactgctCtttC TA 48_32 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCtttCU A 48_33 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCttU cTA 48_34 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCtU tcTA 48_35 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCA tactgctCtU tcTA 48_36 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCtUUC TA 48_37 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCU ttcTA 48_38 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCA tactgctCU ttcTA 48_39 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCU tUC TA 48_40 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCUU tC TA 48_41 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgctCUUU cTA 48_42 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgcU CtttcTA 48_43 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCatactgCtCtttcTA 48_44 -22.6 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCaU actgctCtttcTA 48_45 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCaU actgctCtttC TA 48_46 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCaU actgctCttU cTA 48_47 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCaU actgctCtU tcTA 48_48 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CtCaU actgctCU ttcTA 48_49 NA 151831
48 CTCATACTGCTCTTTCTA CU CA tactgctCtttcTA 48_50 NA 151831
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48 CTCATACTGCTCTTTCTA CU CatactgctCtU tC TA 48_52 NA 151831
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其中無下劃線的大寫字母為 β-D-氧基 LNA 核苷,小寫字母v DNA 核苷,所有 LNA C是 5-甲基胞嘧啶,所有核苷間鍵結為硫代磷酸酯核苷間鍵結,並且帶下劃線的大寫字母為 2'-O-甲基 RNA 核苷。
醫藥上可接受之
在又一方面,本發明提供反義寡核苷酸或其結合體之醫藥上可接受之鹽,如醫藥上可接受之鈉鹽、銨鹽或鉀鹽。
製造方法
在又一方面,本發明提供用以製造本發明反義寡核苷酸之方法,該方法包含使核苷酸單元進行反應,藉此在反義寡核苷酸中形成包含共價連結的連續核苷酸單元。優選的是,該方法使用亞磷醯胺化學方法 (參閱例如 Caruthers 等人,1987 年,Methods in Enzymology vol. 154, 第 287-313 頁)。在又一實施例中,該方法進一步包含使連續核苷酸序列與一接合部分 (配體) 反應,以使結合體部分共價連附至反義寡核苷酸。在又一方面,提供一種用以製造本發明之組成物之方法,該方法包含將本發明之反義寡核苷酸或結合的反義寡核苷酸與醫藥上可接受之稀釋劑、溶劑、載體、鹽及/或佐劑混合。
醫藥 組成物
在又一方面,本發明提供醫藥組成物,其包含任一上述反義寡核苷酸及/或反義寡核苷酸結合體或其鹽以及醫藥上可接受之稀釋劑、載體、鹽及/或佐劑。醫藥上可接受之稀釋劑包括磷酸鹽緩衝生理鹽水 (PBS),而醫藥上可接受之鹽包括但不限於鈉鹽及鉀鹽。在某些實施例中,醫藥上可接受之稀釋劑為無菌磷酸鹽緩衝生理鹽水或無菌碳酸鈉緩衝液。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸為醫藥上可接受之稀釋劑中的溶液形式,例如溶解在 PBS 或碳酸鈉緩衝液中。在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸或其醫藥上可接受之鹽為固體形式,如粉末 (如凍乾粉末)。在某些實施例中,反義寡核苷酸可以在溶液中預先配製,或者在某些實施例中,可以為乾粉形式 (例如凍乾粉),其可以在給藥前溶解在醫藥上可接受之稀釋劑中。
適合的是,例如,反義寡核苷酸可以溶解在濃度為 0.1 ~ 100 mg/ml,如 1 ~ 10 mg/ml 醫藥上可接受之稀釋劑中。
在某些實施例中,本發明之寡核苷酸以 0.5 - 100 mg,如 1 mg - 50 mg 或 2 - 25 mg 之間的單位劑量配製。
在某些實施例中,反義寡核苷酸以 50 ~ 300 µM 的濃度用於醫藥上可接受之稀釋劑。
本發明之反義寡核苷酸或反義寡核苷酸結合體可與醫藥上可接受之有效或惰性物質混合,用以製備醫藥組成物或製劑。組成物及用以形成醫藥組成物製劑的方法取決於若干標準,包括但不限於,給藥途徑、疾病程度或要投予的劑量。
醫藥組成物,如溶液,可以藉由常規的滅菌技術進行滅菌,或者可以進行無菌過濾。如此製成的溶液可經包裝後直接使用,或經凍乾,使用前先將凍乾製劑與無菌水性載體結合再行給藥。製劑的 pH 通常為介於 3 和 11 之間,更佳的是介於 5 和 9 之間或是介於 6 和 8 之間,最佳的是介於 7 和 8 之間,例如 7 至 7.5。製成的固態組成物可分為單劑包裝,每劑中包含固定數量的上述作用劑,例如為藥錠或膠囊的密封包裝。也可將固態組成物裝入容器中,以利靈活調整用量,例如裝入便於局部施用乳霜或軟膏的擠壓管。
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸或反義寡核苷酸結合體為前驅藥。特別在反義寡核苷酸結合體方面,待前驅藥遞送至如目標細胞等作用位置之後,便將結合體部分自反義寡核苷酸上裂解。
應用
本發明之反義寡核苷酸可於例如診斷學、治療法及預防法等領域用作研究試劑。
在研究中,可以使用此種反義寡核苷酸來特定調節 Nav 1.7 或在某些方面 Nav 1.8 蛋白質在細胞 (例如體外 細胞培養) 及實驗動物中的合成,從而促進目標的功能分析,或評估以其做為治療介入目標的實用性。一般而言,目標調節藉由調降或抑制產生此蛋白質的 mRNA 而實現,從而預防蛋白質形成,或藉由對致使基因或 mRNA 產生此蛋白質的調節劑進行調降或抑制。
若在研究或診斷中採用本發明之反義寡核苷酸,則目標核酸可為 cDNA 或衍生自 DNA 或 RNA 的合成核酸。
本發明提供一種在體內體外 用以調節正在表現 SCN9A 的目標細胞中之 SCN9A 表現的方法,該方法包含向細胞投予有效量的本發明之反義寡核苷酸。
在某些實施例中,該目標細胞是哺乳動物細胞,特別是人類細胞。該目標細胞可為體外細胞培養或為哺乳動物組織中的體內細胞形成部分。在優選的實施例中,目標細胞存在於周邊神經系統中,如背根神經節。
在診斷學上,藉由北方墨點法、原位 雜交或類似技術,可以使用寡核苷酸偵測並定量細胞及組織內的 SCN9A 表現。
治療 應用
可向動物或人投予本發明之反義寡核苷酸或本發明之反義寡核苷酸結合體、鹽或醫藥組成物,以預防或治療疼痛,如慢性疼痛、神經性疼痛、炎性疼痛、自發性疼痛或傷害感受性疼痛。本發明之反義寡核苷酸或本發明之結合體、鹽或醫藥組成物可以用作局部鎮痛劑。
可以用本發明之反義寡核苷酸或本發明之反義寡核苷酸結合體、鹽或醫藥組成物治療的疼痛可以為周邊神經系統中的疼痛信號。與具有顯著的周邊組分的疼痛相關聯的適應症包括例如糖尿病神經病變、癌症、顱神經痛、皰疹後神經痛和術後神經痛。
使用本發明之反義寡核苷酸、反義寡核苷酸結合體、醫藥組成物或鹽可以預防、治療或緩解的疼痛可以例如選自由與遺傳性紅斑肢痛症 (EIM) 相關聯的疼痛、陣發性極度疼痛疾患 (PEPD)、三叉神經痛、神經性疼痛、慢性疼痛、以及傷害感受性疼痛 (例如神經減壓)、神經性疼痛 (例如糖尿病神經病變)、內臟痛或混合性疼痛的一般治療所組成之群組。
本發明提供用於預防或治療如慢性疼痛、神經性疼痛、炎性疼痛、自發性疼痛或傷害感受性疼痛等疼痛的本發明之反義寡核苷酸、反義寡核苷酸結合體、組成物或鹽。
本發明進一步涉及本發明之反義寡核苷酸、反義寡核苷酸結合體或醫藥組成物在製造用以治療或預防如慢性疼痛、神經性疼痛、炎性疼痛、自發性疼痛或傷害感受性疼痛等疼痛的藥物中之用途。
本發明提供用作局部鎮痛劑的本發明之反義寡核苷酸、反義寡核苷酸結合體、醫藥組成物或鹽。
本發明提供本發明之反義寡核苷酸、反義寡核苷酸結合體、醫藥組成物或鹽在製造局部鎮痛劑中之用途。
本發明提供用於預防或治療與與遺傳性紅斑肢痛症 (EIM) 相關聯的疼痛、陣發性極度疼痛疾患 (PEPD)、三叉神經痛、神經性疼痛、慢性疼痛、以及傷害感受性疼痛 (例如神經減壓)、神經性疼痛 (例如糖尿病神經病變)、內臟痛或混合性疼痛的一般治療的本發明之反義寡核苷酸、反義寡核苷酸結合體、醫藥組成物或鹽。
本發明進一步涉及本發明之反義寡核苷酸、反義寡核苷酸結合體或醫藥組成物在製造用於治療或預防與遺傳性紅斑肢痛症 (EIM) 相關聯的疼痛、陣發性極度疼痛疾患 (PEPD)、三叉神經痛、神經性疼痛、慢性疼痛、以及傷害感受性疼痛 (例如神經減壓)、神經性疼痛 (例如糖尿病神經病變)、內臟痛或混合性疼痛的一般治療的藥物中之用途。
治療 方法
本發明提供用於治療或預防正在罹患或很可能罹患疼痛的受試者 (諸如人) 的疼痛之方法,該方法包含向正在罹患或易患疼痛 (如慢性疼痛、神經性疼痛、炎性疼痛、自發性疼痛或傷害感受性疼痛) 的受試者投予治療上或預防上有效量的本發明之反義寡核苷酸、反義寡核苷酸結合體或醫藥組成物。
舉例而言,治療方法可以在正在罹患選自由糖尿病神經病變、癌症、顱神經痛、皰疹後神經痛和術後神經痛的適應症所組成之群組的受試者中進行。
本發明之方法可以用於治療和緩解疼痛,如與遺傳性紅斑肢痛症 (EIM) 相關聯的疼痛、陣發性極度疼痛疾患 (PEPD)、三叉神經痛、神經性疼痛、慢性疼痛、以及傷害感受性疼痛 (例如神經減壓)、神經性疼痛 (例如糖尿病神經病變)、內臟痛或混合性疼痛的一般治療。
本發明之方法優選地用於治療或預防由 Nav 1.7 介導的疼痛。
給藥
本發明之反義寡核苷酸、反義寡核苷酸結合體或醫藥組成物可以藉由腸胃外給藥來投予。
在某些實施例中,給藥途徑是皮下或靜脈內的。
在在某些實施例中,給藥途徑選自由靜脈內、皮下、肌內、腦內、硬膜外、腦室內、眼內、鞘內給藥和經椎間孔給藥。
在某些有利的實施例中,給藥為透過鞘內給藥,或硬膜外給藥或經椎間孔給藥。
有利的是,鞘內投予本發明之反義寡核苷酸、反義寡核苷酸結合體或醫藥組成物。
本發明亦提供本發明之反義寡核苷酸或其反義寡核苷結合體 (如本發明之醫藥鹽或組成物) 在製造用以預防或治療疼痛的藥物中之用途,其中藥物為用於鞘內給藥的劑型。
本發明亦提供如所述的本發明之反義寡核苷酸或反義寡核苷酸結合體在製造用以預防或治療疼痛的藥物中之用途,其中藥物為用於鞘內給藥的劑型。
本發明亦提供用作預防或治療疼痛的藥物的本發明之反義寡核苷酸或其反義寡核苷結合體 (如本發明之醫藥鹽或組成物),其中藥物為用於鞘內給藥的劑型。
本發明亦供了用作預防或治療疼痛的藥物的本發明之反義寡核苷酸或反義寡核苷酸結合體,其中藥物為用於鞘內給藥的劑型。
組合療法
在某些實施例中,本發明之反義寡核苷酸、反義寡核苷酸結合體或醫藥組成物用以與另一治療劑進行組合治療。該治療劑可例如為用以照護上述疾病或疾患的標準品。在某些實施例中,本發明之化合物與小分子鎮痛劑組合使用,該小分子鎮痛劑可以與本發明之化合物或組成物同時地或獨立於本發明之化合物或組成物之給藥而投予。本發明之化合物與小分子鎮痛劑組合治療的一個優點為,小分子鎮痛劑具有快速開始緩解疼痛的藥效,通常作用時間短 (幾小時-幾天),而本發明之化合物具有延遲發作之藥效 (通常幾天或甚至一週以上),但作用時間長 (幾週至幾個月,例如 2 +、3 + 或 4 個月+)。
實例
實例 1 :在單一濃度下測試目標 SCN9A 的反義寡核苷酸在一個或多個 SK-N-AS 細胞株中的體外 功效
根據供應商的建議,SK-N-AS 細胞已存放在潮濕的培養箱中。表 4 中報告了廠商和推薦的培養條件。
4
細胞株 廠商 培養條件 種晶密度 ( 細胞 / ) 寡核苷酸之前的孵育時間 ( 小時 ) 具有寡核苷酸的孵育時間 ( 小時 )
SK-N-AS (ECACC - 94092302) 歐洲認證細胞培養物保藏中心 (ECACC) 在主動蒸發孵育箱 (熱量 C10) 中,37°C、5% CO2 、相對濕度為 95% 在 SK-N-AS 培養基中以 95 µL 接種的 9300 個細胞 24 72
對於測定,將細胞接種到培養基中的 96 多孔板中,並按表 4 所示進行孵育,然後加入溶解在 5 µL PBS 中的反義寡核苷酸。下表 6 給出了反義寡核苷酸之最終濃度。
加入反義寡核苷酸 72 小時後收穫細胞 (參閱表 4)。根據製造商的說明,使用 PureLink™ Pro 96 RNA 純化套組 (Thermo Fisher Scientific) 提取 RNA,並在50 µL 水中洗脫。隨後用不含 DNase/RNase 的水 (Gibco) 將 RNA 稀釋 10 倍,並加熱至 90°C 1 分鐘。
對於基因表現分析,在雙工設置中使用 qScript™ XLT 一步 RT-qPCR ToughMix®, Low ROX™ (Quantabio) 進行一步 RT-qPCR。表 5 核對了用於 qPCR 的引子測定,用於目標和內源性對照。
5
內源性對照測定 內源性對照廠商 內源性對照螢光團 目標測定 目標廠商 目標螢光團
GUSB: Hs.PTv.27737538 IDT (集成 DNA 技術) HEX-ZEN SCN9A:Hs.PT.58.20989243 IDT FAM-ZEN
6 相對的人 SCN9A mRNA 表現水平示出為對照 (PBS 處理的細胞) 的百分比
CMP 識別號 對照 (µM) NAV1.7 qPCR SP 探針 1 SK-N-AS: AP011352 CMP 識別號 對照 (µM) NAV1.7 qPCR SP 探針 1 SK-N-AS: AP011352 CMP 識別號 對照 (µM) NAV1.7 qPCR SP 探針 1 SK-N-AS: AP011352 2
28_1 0.1 94.1 33_17 0.1 67.2 39_96 0.031 93
28_1 0.4 55.2 33_17 0.4 23.6 39_96 0.1 88.3
29_1 0.031 81.7 33_2 0.031 87.9 39_96 0.4 58
29_1 0.1 48.9 33_2 0.1 56.1 39_97 0.031 99.8
29_1 0.4 17.6 33_2 0.4 20.4 39_97 0.1 72.2
29_10 0.031 90.2 33_3 0.031 85.1 39_97 0.4 45.1
29_10 0.1 48.8 33_3 0.1 59.2 39_98 0.031 100
29_10 0.4 16.9 33_3 0.4 20.9 39_98 0.1 82.7
29_100 0.031 88.4 33_4 0.031 87.3 39_98 0.4 48.2
29_100 0.1 65.6 33_4 0.1 64.5 39_99 0.031 93.6
29_100 0.4 29.4 33_4 0.4 21 39_99 0.1 73.6
29_101 0.031 90.1 33_5 0.031 89.1 39_99 0.4 32.6
29_101 0.1 61.2 33_5 0.1 67.6 40_1 0.031 101
29_101 0.4 27.7 33_5 0.4 21.7 40_1 0.1 94.9
29_102 0.031 86 33_6 0.031 90.8 40_1 0.4 90.3
29_102 0.1 62.6 33_6 0.1 73.7 40_2 0.031 101
29_102 0.4 25.8 33_6 0.4 25.3 40_2 0.1 83.2
29_103 0.031 94.3 33_7 0.031 90.1 40_2 0.4 58.1
29_103 0.1 76.8 33_7 0.1 82.3 40_3 0.031 103
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29_104 0.031 88 33_8 0.031 93.1 40_3 0.4 81.9
29_104 0.1 77.5 33_8 0.1 69.5 40_4 0.031 92.6
29_104 0.4 54.5 33_8 0.4 29.2 40_4 0.1 88.1
29_105 0.031 90.3 33_9 0.031 85 40_4 0.4 62.1
29_105 0.1 72 33_9 0.1 58.2 40_5 0.031 99.2
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33_11 0.4 30.1 39_90 0.4 52.3 52_4 0.1 98.3
33_12 0.031 101 39_91 0.031 87 52_4 0.4 93.9
33_12 0.1 88.9 39_91 0.1 65.1 52_5 0.031 101
33_12 0.4 61.2 39_91 0.4 34.4 52_5 0.1 104
33_13 0.031 95.6 39_92 0.031 98 52_5 0.4 107
33_13 0.1 88.8 39_92 0.1 85.8 52_6 0.031 111
33_13 0.4 35 39_92 0.4 58.4 52_6 0.1 94.9
33_14 0.031 92.4 39_93 0.031 99.7 52_6 0.4 103
33_14 0.1 65.7 39_93 0.1 79 52_7 0.031 102
33_14 0.4 32.6 39_93 0.4 51.8 52_7 0.1 106
33_15 0.031 94.1 39_94 0.031 99.4 52_7 0.4 108
33_15 0.1 61.2 39_94 0.1 81.3 52_8 0.031 97.7
33_15 0.4 26.5 39_94 0.4 52.5 52_8 0.1 92.6
33_16 0.031 89.7 39_95 0.031 107 52_8 0.4 84.5
33_16 0.1 67.1 39_95 0.1 86.9 52_9 0.031 100
33_16 0.4 30.4 39_95 0.4 59.8 52_9 0.1 93.2
                  52_9 0.4 92.9
實例 2 對從實例 1 中所選化合物的凋亡蛋白酶分析
在 DMEM 中培養小鼠 3T3 細胞,並且在 MEM 中培養 HepG2 細胞。所有培養基補充有 10% (v/v) 胎牛血清。在 37°C 和 5% CO2 下培養細胞。轉染前一天,以導致轉染時細胞融合度達到 60% ~ 70% 的密度將細胞裝入 96 孔板中的無抗生素的 100 µL 生長培養基中。Lipofectamine® 2000 (Invitrogen) 用於 96 孔板中的轉染。將反義寡核苷酸在 Opti-MEM™ (Invitrogen) 中稀釋至總體積為 25 µL 的所需濃度,並與 25 µL 轉染複合物 (0.25 µL Lipofectamine®2000 和 24.75 µL Opti-MEM™) 混合。孵育 20 分鐘後,將 50 µL 無抗生素培養基加入至溶液中並混合。從孔中除去培養基後,將 100 µL 反義寡核苷酸:轉染劑溶液加入至細胞中,並孵育 24 小時 (LNA-ASO 轉染)。所有轉染均以三份進行。寡核苷酸轉染後 24 小時,根據 VICTOR3™ 酶標儀 (Perkin Elmer) 上的說明,使用 凋亡蛋白酶-Glo®3/7 測定法 (Promega) 判定凋亡蛋白酶-3/7 活性。凋亡蛋白酶分析結果示於表 7。
實例 3 :在濃度反應測定中在體外 測試標定 SCN9A 的反義寡核苷酸在 SK-N-AS 細胞株中的效能
根據供應商的建議,SK-N-AS 細胞保存在潮濕的孵育箱中。實例 1 的表 4 中報告了廠商和推薦的培養條件。
對於測定,將細胞接種到培養基中的 96 多孔板中,並按表 4 所示進行孵育,然後加入溶解在 5 µL PBS 中的反義寡核苷酸。對於濃度反應實驗,將表 9 中的寡核苷酸以 10 步 3.16 倍 (½log) 稀釋液稀釋至 31.6 µM 至 0.001 µM 的細胞生長培養基中的最終濃度。這允許每 96 孔板測試 8 種化合物,留下 16 孔作為 PBS 對照。
加入反義寡核苷酸 72 小時後收穫細胞 (參閱表 4)。根據製造商的說明,使用 PureLink™ Pro 96 RNA 純化套組 (Thermo Fisher Scientific) 提取 RNA,並在50 µL 水中洗脫。隨後用不含 DNase/RNase 的水 (Gibco) 將 RNA 稀釋 10 倍,並加熱至 90°C 1 分鐘。
對於基因表現分析,在雙工設置中使用 qScript™ XLT 一步 RT-qPCR ToughMix®, Low ROX™ (Quantabio) 進行一步 RT-qPCR。表 8 核對了用於 qPCR 的引子測定,用於目標和內源性對照。
8
內源性對照測定 內源性對照廠商 內源性對照螢光團 目標測定 目標廠商 目標螢光團
GUSB: Hs.PTv.27737538 IDT HEX-ZEN SCN9A: Hs.PT.5840099024 IDT FAM-ZEN
基於每個 qPCR 板上包括的標準曲線計算 SCN9A mRNA 的數量。用於標準曲線的輸入 RNA 為來自同一細胞板 (如上所述) 上經 PBS 處理的孔的 RNA。將數量標準化為在同一孔 (GUSB) 中執行的內源性對照基因測定的計算數量。相對目標數量 = 數量_目標基因 (SCN9A)/數量_內源性控制基因 (GUSB)。藉由用同一板上的所有經 PBS 處理的孔的中值相除,計算每個孔的 RNA 敲低。標準化目標數量 = (相對目標數量/[平均]相對目標數量] _pbs_孔)* 100。
為了生成表 9 中的 EC50 值,使用四參數 S 型劑量反應模型,從 SCN9A 的標準化目標量擬合曲線。
9. 在濃度反應實驗中測試的化合物的 EC50。
CMP 識別號 NAV1.7 qPCR 探針 2 SK-N-AS GMean EC50 (µM©)
29_33 0.02858
29_25 0.04035
39_9 0.04910
39_19 0.04947
31_4 0.05136
39_18 0.05207
534_1 0.05489
33_1 0.06123
39_10 0.06259
29_15 0.06407
29_22 0.06462
39_7 0.06614
29_10 0.06925
39_17 0.06998
31_1 0.07083
33_2 0.07392
29_26 0.07477
39_20 0.07490
31_3 0.07884
29_34 0.07905
29_11 0.08061
29_35 0.08138
31_5 0.08303
533_1 0.08414
29_29 0.08432
33_3 0.08799
39_13 0.09649
29_24 0.09668
39_6 0.09912
39_2 0.10601
532_1 0.10894
47_1 0.10983
39_1 0.11236
48_9 0.11620
48_10 0.13282
48_8 0.15498
517_8 0.18771
521_4 0.20459
實例 4 :測試化合物的選擇性和潛在的非目標輪廓
測試了所選化合物 (31_1、39_9 和 29_25) 影響除預期 SCN9A 目標外的其他目標的傾向。
使用以下材料: 人類 iCell GlutaNeurons, 幹細胞技術 GNC-301-030-001, Lot #101442 (R1034) RhLaminin-521、Biolamina #LN521、100 µg/mL Brainphys 神經元培養基, 幹細胞技術 #05790 iCell 神經補充劑 B #M1029 iCell 神經系統補充劑 #M1031 N2 補充劑 100x, Thermo Fisher Scientific #17502-048 24-孔培養板, Costar #3524 來自 Engelbreth-Holm-Swarm 鼠肉瘤基底膜的層粘連蛋白, Sigma #L2020, 1 mg/mL 治療化合物:31_1、39_9 和 29_25,PBS 中 5 mM 的存量,+ 4°C 具有 Ca2+/Mg2+ 的 10x HBSS, Gibco #14065-049 RLT plus 裂解緩衝液,Qiagen #1053393 + 1% b-mEtOH,Sigma #M7522
根據製造商的方案 (幹細胞技術) 藉由解凍人類 iCell GlutaNeurons 的冷凍細胞懸液,製備人類 iPSC 衍生的皮質麩胺酸能神經元 (hGNs)。將剛解凍的細胞重懸於生長培養基 (96 mL BrainPhys 神經元培養基;2 mL iCell 神經補充劑 B;1 mL iCell 神經系統補充劑;1 mL N2 補充劑,100x) 中,並接種在 24 孔板中到接種密度為 375,000 細胞/孔。藉由在每孔中加入 400 µL/孔的 1xHBSS 和 10 µg/mL 層黏連蛋白-521,將 24 孔板剛塗有層黏連蛋白,並在 37°C 下孵育 4 小時。表 10 中總結了細胞培養條件。在培養的第一週,每天更換 50% 的培養基。在開始加入化合物的第一週 (第 14 天) 之後,每兩天更換 50% 的培養基。
10
細胞株 廠商 培養條件 種晶密度 ( 細胞 / ) 寡核苷酸之前的孵育時間 ( 天數 ) 具有寡核苷酸的孵育時間 ( 小時 )
人類 iCell GlutaNeurons 幹細胞技術 GNC-301-030-001 在主動蒸發孵育箱中,37°C、5% CO2 、相對濕度為 95%。 375.000 個細胞/孔,24 孔板。剛塗有層粘連蛋白。 14 72
細胞培養 14 天後,將測試化合物 (31_1、39_9 和 29_25) 直接加入至細胞生長培養基中,達到其最終濃度:3 µM 和 30 µM。這些濃度大致相當於 SK-N-AS 細胞中 SCN9a 的 EC50 值的 50 倍和 500 倍。孵育 72 小時後,移除培養基,並將細胞溶解於 600 µL/孔的 1% b-mEtoH/RLT 緩衝液中,然後在-80°C 下存放直至總 RNA 分離。
RNA 定序分析:
使用 RNeasy 迷你套組 (Qiagen) 從 iPSC 衍生的麩胺酸能神經元中分離總 RNA,並根據製造商的說明使用 TruSeq Stranded mRNA 套組 (Illumina) 進一步加工成定序庫。在 NovaSeq 儀器 (Illumina) 上對庫定序 (2x50bp)。為了估計基因表現水平,藉由使用短閱讀比對儀 GSNAP 將配對端的 RNASeq 讀數定位到人類基因組 (hg19) 上。藉由應用 SAMtools 1.5 版和自定義的內部工具,將基因的所有 RefSeq 轉錄變體的定位讀取合併為單個值,每個基因的讀取計數。隨後,根據 Mortazavi 等人的方法 (Nat Methods 2008 年 7 月; 5(7):621-8),藉由定序庫大小和基因長度將讀取計數標準化,表示為 rpkms (每百萬定序讀數每千鹼基轉錄的定位讀數)。衍生出了負二項式迴歸模型,以校正包括協變量的潛在混雜因素。差異基因表現分析的感興趣的對比是:針對媒介物的在兩種不同的濃度 (3 µM 和 30 µM) 下的每個 LNA。每個條件重複 4 次。使用 DESeq2 包 (Love MI 等人, Genome Biology 2014;15:550 ) 在 R 中進行實施。
執行兩次分析。第一次分析考慮了與調整後的 (調整的) p 值/FDR 閾值為 0.05 的對照相比,表現發生變化的所有基因。第二次分析集中在非目標候選基因上,非目標候選基因被定義為下調的基因 (定義為 logFC < 0 且調整後的 p 值 < 0.05),並且 (i) 基於結合親和力預測在預測的非目標基因的前 1%,或 (ii) 與對應的未剪接的轉錄具有 1 個錯配。
表 11 總結了兩次分析的總體結果,而表 12 和表 13 分別示出了第一次和第二次分析結果的更多詳細資訊。數據示出了化合物 31_1 和 39_9 對 SCN9A 敲除具有很高的選擇性。在 3 uM 時,化合物 31_1 具有零個候選非目標基因。
11. 用 3 µM 或 30 µM 的化合物孵育後,下調或上調的基因總數。
CMP 識別號 候選非目標基因 * 全局轉錄組影響評估
3 uM 30 uM 3 uM 30 uM
31_1 0 11 下調:5 上調:1 下調:106 上調:70
39_9 1 8 下調:3 上調:0 下調:23 上調:5
29_25 36 80 下調:268 上調:64 下調:1719 上調:1278
* 示出與具有調整後的 p 值 < 0.05 的對照條件相比表現減少的,並且 (i) 基於結合親和力預測在預測的非目標基因中前 1%;或者 (ii) 可以以 1 個錯配與對應的未剪接轉錄結合的基因。 †示出表現水平與調整後的 p 值 < 0.05 的對照之間的差異的基因。
12 . 3 uM 指示的化合物的基因失調。
CMP 識別號 下調 上調
基因符號 % KD 基因符號 增加 %
31_1 (SCN9A) -99 GRIN2C 84
UPF2 31
IPO5 22
COPA 15
NETO2 16
39_9 (SCN9A) -96 0 -
MORC4 92
NEGR1 22
29_25 268 - 64 -
13
CMP 識別號 非目標候選基因 *
3uM 30uM
基因符號 %KD 基因符號 %KD
31_1 (SCN9A) -99 (SCN9A) -100
TBC1D23 55
CEP83 51
MDGA2 36
ZFHX4 33
PAK5 31
LYPLAL1 29
MAGI2 28
TRIM66 26
LPP 23
TMEM183A 19
LSAMP 19
39_9 (SCN9A) -96 (SCN9A) -98
MORC4 92 MORC4 98
NEGR1 22 NEGR1 68
FARS2 56
ADAMTS17 74
EXOC4 29
MUC19 59
SCN3A 17
SYT1 17
29_25 (SCN9A) -98 (SCN9A) -99
DPP6 93 NT5DC3 97
CSMD1 90 MACROD2 95
UPF2 87 CSMD1 94
PRKRIP1 78 CTNNA2 93
KCTD20 75 FAM189A1 93
CAT 70 MDGA2 93
NT5DC3 69 ATG10 93
NF2 68 UPF2 92
MACROD2 64 ADAMTS3 88
MDGA2 58 FLRT2 84
FAM189A1 53 GALNT18 84
ATG10 49 CNTNAP5 82
CLCN3 49 MAGI2 81
CTNNA2 45 CNKSR3 81
PTPRD 44 PRKRIP1 79
FLRT2 41 SLF2 72
CNTNAP5 40 CCSER1 72
TENM3 39 PRKN 72
NKAIN2 39 POLB 71
WAC 38 NTAN1 70
MAGI2 36 PCDHGB1 70
RPTOR 36 IL1RAPL1 67
SLF2 34 LTBP1 67
DPH5 31 PTPRD 66
KIAA1958 29 KIAA1958 65
EPCAM-DT 28 SPINK5 65
SPINK5 27 TENM4 62
POLB 26 TENM3 61
ICA1 26 LINC01876 56
STK38L 25 EPCAM-DT 55
STAG1 23 TTLL5 54
ZNF280D 23 ERN1 54
EDIL3 21 ERC2 52
CCSER1 21 ZNF280D 52
ASCC3 18 STAG1 50
DCLK2 17 KCTD16 50
NCKAP5 50
PTPRZ1 49
SVIL 47
MARCHF8 46
PCDHGA3 44
BZW2 41
EDIL3 40
GRB14 39
DCLK2 36
DCC 33
XDH 33
PAK5 31
STK38L 31
PER3 30
NCOA2 29
GALNT13 29
KLHL2 27
CADPS 26
WDR17 26
VRK2 26
DMD 23
MICU1 20
CDC42 19
NRCAM 18
ASCC3 17
ANKRD24 16
CDH4 14
IL11RA 14
DPP6 96
KCTD20 95
CAT 94
NF2 93
FHIT 93
NKAIN2 89
RPTOR 85
CLCN3 70
ICA1 70
WAC 67
PIP4K2A 48
DPH5 45
RARB 45
WIPF3 33
PDE4B 27
MYO19 20
*被定義為(i) 基於結合親和力預測在預測的非目標基因的前 1%,或者 (ii) 可以以 1 個錯配結合對應的未剪接轉錄的下調基因 (被定義為 logFC < 0,和調整後的 p 值 < 0.05)。
實例 5 化合物 31_1 體內 測試
本研究的目的為評估耐受性並優化化合物 31_1 向食蟹獼猴 (獼猴 ) 的背根神經節 (DRG) 的輸送,比較高沖洗量與低沖洗量 (鞘內註射劑量後) 以及在幾個時間點獲得 DRG 的藥物動力學 (PK) 和藥效動力學 (PD) 讀數。劑量水平保持「適應性」 (即,交錯劑量,並基於新出現的發現調整劑量)。選擇給藥途徑是因為這是預期的人類治療途徑,並且可以將化合物最佳遞送至 DRG 的途徑。
方法
在可以基於現有的社會群體和分層體重的情況下,將研究動物分為六個群組,分別表示為第 1 至 6 群組 (每個群組中有三隻研究動物)。
藉由鞘內團注 1.0 mL 的化合物 31_1 溶液,然後沖洗 0.5 mL/kg 體重 (第 1 組和第 2 群組) 或 0.1 mL/kg (第 3 組至第 6 組) 的人工腦脊液 (aCSF),對動物給藥。詳細資訊,請參閱表 14。在給藥前,收集至少 0.5 mL CSF (可行時達到最大劑量),並用於 CSF 分析。
第 1 群組和第 5 群組:給藥階段第 43 天的最終犧牲。第 2 群組、第 3 群組和第 4 群組:給藥階段第 15 天的最終犧牲。第 6 群組:給藥階段第 64 天的最終犧牲。
組織收集
犧牲時,從脊柱區域 (腰部、胸部、頸部) 的每個水平處的每側 (左側、右側) 收集兩對 DRG,記錄所有 DRG 樣品的確切重量。從脊髓中,從腰部、胸部和頸部區域解剖出兩個樣品 (最大 50 mg,記錄了確切的重量)。從以下大腦區域中的每個解剖出四個樣品 (最大 50 mg,記錄了確切的重量):額葉皮層、枕葉皮層、小腦、海馬迴。將所有樣品放入適當標記的 2.0 mL Precellys 均質管中,在液氮中速凍並存放在- 70°C 或更低的溫度下,直到進一步分析為止。
將樣品均質化用於生物分析。將所有組織冷凍接收在 Precellys 試管中,並將 800 µl 冰冷的細胞分裂緩衝液 (PARIS 套組,目錄 # AM1921,Life Technologies 的 Ambion) 加入至每個試管中。將樣品在 Precellys 勻漿器上勻漿 (程序取決於組織類型)。將勻漿等分,例如藉由 hELISA 進行 RNA 分離和暴露分析。
藉由 hELISA 進行的暴露分析
材料與方法
試劑和材料在表 15 中示出。使勻漿達到室溫 (RT) 並劇烈震盪,然後加入至稀釋板。作為 hELISA 的參考標準品,將化合物 31_1 從未給藥的樣品中攙入勻漿池中。製備攙入 (spike-in) 濃度,使其接近樣品的反義寡核苷酸 (ASO) 含量 (通常在 10 倍以內)。
將樣品在 5×SSCT 緩衝液中稀釋。對於 CSF 早期時間點,稀釋因子的範圍從 5 倍 (低濃度血漿) 到 10,000 倍稀釋。將組織樣品稀釋至少 10 倍。在每個板上執行匹配樣品基質和稀釋因子的合適的標準品。以所期望的設定將樣品和標準品加入至稀釋板中,並製成稀釋系列。將 300 μL 樣品/標準品加上捕獲檢測溶液加入至第一孔中,並將 150 μL 捕獲檢測溶液加入至其餘的孔中。藉由依次轉染 150 μL 液體 (6 步) 製成標準品和樣品的兩倍稀釋系列樣品。將稀釋的樣品於室溫下在稀釋板上孵育 30 分鐘。
15. 用於化合物 31_1 的 hELISA 分析的試劑。
試劑表
稀釋板:具有圓底的聚丙烯 96 孔板。
Roche StreptaWell 高結合 96 孔板孔隙:種類編號 11989685001。
5 x SSCT 緩衝液,pH 7.0: 750 mM NaCl 和 75 mM 檸檬酸鈉,包含 0.05% (v/v) Tween-20。
2 x SSCT 緩衝液,pH 7.0: 300 mM NaCl 和 30 mM 檸檬酸鈉,包含 0.05% (v/v) Tween-20。
基質 (AP): Blue Phos 基質,KPL 產品代碼 50-88-00。
抗-長葉毛地黃配質-AP,Fab 片段:Roche Applied Science, 種類編號 11 093 274 910.
PBST, pH 7.2: 磷酸鹽緩衝生理鹽水,包含 0.05% (v/v) Tween-20。
化合物識別號 # 31_1
5’-生物素化捕獲探針 (表 16)
3’-長葉毛地黃配質-結合檢測探針 (表 16)
捕獲檢測溶液:捕獲探針 35 nM 和偵測探針 35 nM 在 5xSSCT 緩衝液中的溶液 (表 16)。
16 .用於化合物 31_1 的 hELISA 定量的探針。
類型 修飾 鹼基序列 糖修飾
捕獲探針 5'-生物素結合的 5'-GAAATGGT-3' 完全 LNA 修飾的
檢測探針 3’-長葉毛地黃配質-結合的 5'-TAAAAETG-3' 完全 LNA 修飾的
接著,將 100 μL 液體從稀釋板轉染至抗生蛋白鏈菌素板。將板在室溫下溫和攪拌 (板搖床) 孵育 1 小時。吸孔並用 300 μL 2 x SSCT 緩衝液洗滌 3 次。向每個孔中,加入在 PBST (當天製得) 中以 1:4000 稀釋的 100 μL 抗 DIG-AP (在同一天製得),並在室溫下輕輕攪拌孵育 1 小時。
然後吸孔並用 300 μL 2 x SSCT 緩衝液洗滌 3 次。最後,將 100 μL 剛製備的基質 (AP) 溶液加入至每個孔中。
在溫和攪拌下孵育 30 分鐘後,以 615 nm 用分光光度法測量顯色反應的強度。原始數據從讀取器 (Gen5 2.0 軟體) 匯出為 excel 格式,並在 excel 中進行進一步分析。使用 GraphPad Prism 6 軟體和邏輯 4PL 迴歸模型生成標準曲線。將數據點報告為技術重複的平均值。
結果
數據示出,高沖洗量和低沖洗量兩者在所有腰部、頸部和胸部區域中的食蟹獼猴 DRG 中產生化合物 31_1 的高暴露 (圖 30)。此外,暴露與右側和左側 DRG 無顯著差異。低沖洗量導致在所有分析的大腦區域 (額葉皮層、小腦和海馬迴) 中低得多的暴露量,而高沖洗量導致在所有大腦區域中較高的暴露量(圖 30)。
在給藥時間點後的第 14 天達到最高的測量的暴露量,其中腰部 DRG 中的 C最大 超過 1000 nM (圖 31)。
藉由 RNA 定序進行表現分析
根據製造商方案,使用 PARIS 套組 (目錄 # AM1921,Life Technologies 的 Ambion) 從組織勻漿中分離 RNA。
使用核醣體耗竭方案進行定序,並獲得 2000 萬個配對端 (PE) 讀數 (2x101 bp)。在品質評估後進行數據分析,包括移除短讀 (讀數 < 50 個核苷酸) 和低於 Q30 的品質。將 PE 讀數定位到食蟹獼猴基因組 (參考序列 Macaca_fascicularis_5.0 (macFas5),可從 UCSC 基因組瀏覽器下載),並且使用軟體 CLC Genomic Workbench 20 版進行基因表現分析。
在先前的研究中已經發現了一組表現與經鹽處理的動物中 SCN9A 表現相關的基因。這組基因表示為「HK基因」,每個 HK 基因的表現與 SCN9A 的表現之間的 Pearson 相關性大於 0.95。計算經鹽處理的動物中 HK 基因的幾何平均值,並用 GMHK 表示。在每個樣品中,GMHK 用於藉由下式 (公式I) 使 SCN9A (X) 的表現標準化,其中 X 是經鹽處理的動物中 SCN9A 的表現: 標準化的 SCN9A 表現 (鹽 %) =
Figure 02_image013
鑑於腰部 DRG 的高測量暴露量以及化合物的功效,可以期望有效抑制目標。
7 凋亡蛋白酶分析結果
CMP 識別號 Caspase_Activation_Assay_BALB3T3_Clone_A31:AP013716;CASPASE_ACTIVATION_SCORE;CONCENTRATION (µM) Caspase_Activation_Assay_BALB3T3_Clone_A31:AP013716;PCT_POS_CTRL;CONCENTRATION (µM) Caspase_Activation_Assay_BALB3T3_Clone_A31:AP013716;均值;PCT_POS_CTRL Caspase_Activation_Assay_BALB3T3_Clone_A31:AP013716;均值;CASPASE_ACTIVATION_SCORE Caspase_Activation_Assay_Hep G2: AP012864;CASPASE_ACTIVATION_SCORE;CONCENTRATION (µM) Caspase_Activation_Assay_Hep G2: AP012864;均值;PCT_POS_CTRL Caspase_Activation_Assay_Hep G2: AP012864;PCT_POS_CTRL;CONCENTRATION (µM) Caspase_Activation_Assay_Hep G2: AP012864;均值;CASPASE_ACTIVATION_SCORE
29_33 0,1 0,1 18,9 0 0,1 45,6 0,1 2
48_9 0,1 0,1 8,9 0 0,1 11,3 0,1 0,25
39_13 0,1 0,1 -2,8 0 0,1 -2,2 0,1 0
39_14 0,1 0,1 -4,5 0 0,1 -3,5 0,1 0
29_11 0,1 0,1 20,8 0,5 0,1 36,2 0,1 1
29_14 0,1 0,1 14,7 0 0,1 40,4 0,1 2
48_5 0,1 0,1 1,8 0 0,1 6,3 0,1 0
39_20 0,1 0,1 -10,0 0 0,1 -4,0 0,1 0
39_19 0,1 0,1 -13,0 0 0,1 -5,2 0,1 0
39_18 0,1 0,1 -13,0 0 0,1 -5,6 0,1 0
39_17 0,1 0,1 -7,0 0 0,1 -3,9 0,1 0
39_15 0,1 0,1 -11,2 0 0,1 -4,9 0,1 0
39_16 0,1 0,1 -12,5 0 0,1 -5,3 0,1 0
29_41 0,1 0,1 2,5 0 0,1 56,4 0,1 2
29_34 0,1 0,1 7,9 0 0,1 22,8 0,1 0,5
29_37 0,1 0,1 4,5 0 0,1 46,1 0,1 2
29_39 0,1 0,1 5,7 0 0,1 51,2 0,1 2
29_40 0,1 0,1 0,3 0 0,1 57,8 0,1 2
29_4 0,1 0,1 45,8 2 0,1 81,3 0,1 3
29_35 0,1 0,1 10,1 0 0,1 38,9 0,1 1
29_36 0,1 0,1 5,9 0 0,1 51,3 0,1 2
29_38 0,1 0,1 6,0 0 0,1 50,0 0,1 2
48_10 0,1 0,1 17,8 0 0,1 2,7 0,1 0
39_12 0,1 0,1 -4,9 0 0,1 -4,3 0,1 0
39_11 0,1 0,1 -4,9 0 0,1 -3,7 0,1 0
39_10 0,1 0,1 -7,7 0 0,1 -4,1 0,1 0
39_9 0,1 0,1 -11,1 0 0,1 -5,1 0,1 0
29_32 0,1 0,1 4,5 0 0,1 53,6 0,1 2
29_31 0,1 0,1 18,7 0 0,1 45,5 0,1 2
29_30 0,1 0,1 12,9 0 0,1 47,3 0,1 2
29_13 0,1 0,1 23,7 0,5 0,1 82,8 0,1 3
29_29 0,1 0,1 16,0 0 0,1 33,5 0,1 1
29_28 0,1 0,1 7,1 0 0,1 54,6 0,1 2
29_27 0,1 0,1 12,1 0 0,1 59,6 0,1 2
29_26 0,1 0,1 4,7 0 0,1 3,7 0,1 0
29_25 0,1 0,1 3,8 0 0,1 17,6 0,1 0
29_24 0,1 0,1 1,6 0 0,1 4,8 0,1 0
48_8 0,1 0,1 4,9 0 0,1 9,6 0,1 0
48_4 0,1 0,1 21,1 0,5 0,1 20,7 0,1 0,5
48_7 0,1 0,1 13,6 0 0,1 37,3 0,1 1
48_6 0,1 0,1 8,6 0 0,1 53,3 0,1 2
48_3 0,1 0,1 30,0 1 0,1 13,2 0,1 0
48_2 0,1 0,1 32,8 1 0,1 53,9 0,1 2
47_1 0,1 0,1 -12,2 0 0,1 -4,4 0,1 0
33_3 0,1 0,1 17,2 0 0,1 21,7 0,1 0,5
33_2 0,1 0,1 23,4 0,5 0,1 38,8 0,1 1
33_1 0,1 0,1 22,1 0,5 0,1 39,0 0,1 1
31_5 0,1 0,1 4,6 0 0,1 6,7 0,1 0
31_4 0,1 0,1 5,7 0 0,1 28,0 0,1 1
31_3 0,1 0,1 16,8 0 0,1 18,0 0,1 0
31_2 0,1 0,1 12,2 0 0,1 51,2 0,1 2
31_1 0,1 0,1 14,6 0 0,1 21,4 0,1 0,5
48_1 0,1 0,1 31,1 1 0,1 19,3 0,1 0
39_5 0,1 0,1 -9,2 0 0,1 -4,7 0,1 0
39_4 0,1 0,1 -5,1 0 0,1 -3,4 0,1 0
39_8 0,1 0,1 -6,5 0 0,1 -3,2 0,1 0
39_3 0,1 0,1 -13,3 0 0,1 -5,2 0,1 0
39_7 0,1 0,1 -5,2 0 0,1 -1,8 0,1 0
39_2 0,1 0,1 4,4 0 0,1 2,3 0,1 0
39_1 0,1 0,1 -6,8 0 0,1 -3,6 0,1 0
39_6 0,1 0,1 -6,6 0 0,1 -3,4 0,1 0
29_23 0,1 0,1 8,6 0 0,1 61,8 0,1 3
29_22 0,1 0,1 18,7 0 0,1 38,6 0,1 1
29_2 0,1 0,1 49,0 2 0,1 128,6 0,1 3
29_8 0,1 0,1 32,8 1 0,1 128,8 0,1 3
29_7 0,1 0,1 33,9 1 0,1 49,3 0,1 2
29_6 0,1 0,1 37,6 1 0,1 79,1 0,1 3
29_1 0,1 0,1 76,4 3 0,1 107,9 0,1 3
29_3 0,1 0,1 42,9 2 0,1 87,0 0,1 3
29_10 0,1 0,1 36,7 1 0,1 39,4 0,1 1
29_12 0,1 0,1 24,3 0,5 0,1 101,8 0,1 3
29_9 0,1 0,1 33,5 1 0,1 82,7 0,1 3
29_21 0,1 0,1 17,0 0 0,1 43,3 0,1 2
29_20 0,1 0,1 16,0 0 0,1 59,2 0,1 2
29_19 0,1 0,1 7,9 0 0,1 90,1 0,1 3
29_18 0,1 0,1 12,5 0 0,1 74,8 0,1 3
29_17 0,1 0,1 17,3 0 0,1 63,1 0,1 3
29_5 0,1 0,1 30,9 1 0,1 82,5 0,1 3
29_16 0,1 0,1 18,7 0 0,1 55,4 0,1 2
29_15 0,1 0,1 16,9 0 0,1 18,2 0,1 0
14 .動物組和劑量。
編號 治療 編碼 * 説明 劑量水平 (mg) 劑量體積 (mL) 動物 / 以下時間後屍體剖檢
沖洗量 雌性 2 6 9
1 G1 對照 0 1 mL 0.5 mL/kg 3 - 3   
4 G2 高劑量 + 高沖洗量 16 mg 1 mL 0.5 mL/kg 3 3 -   
3 G3 高劑量 + 低沖洗量 16 mg 1 mL 0.1 mL/kg 3 3 -   
2 G4 低劑量 + 低沖洗量 8 mg 1 mL 0.1 ml/kg 3 3 -   
5 G5 高劑量 + 低沖洗量 16 mg 1 mL 0.1 ml/kg 3 - 3   
6 G6 高劑量 + 低沖洗量 16 mg 1 mL 0.1 ml/kg 3 - - 3
圖 1      化合物識別號 # 29_15 圖 2      化合物識別號 # 29_10 圖 3      化合物識別號 # 29_22 圖 4      化合物識別號 # 39_6 圖 5      化合物識別號 # 39_1 圖 6      化合物識別號 # 39_2 圖 7      化合物識別號 # 39_7 圖 8      化合物識別號 # 31_1 圖 9      化合物識別號 # 31_3 圖 10    化合物識別號 # 31_4 圖 11    化合物識別號 # 31_5 圖 12    化合物識別號 # 33_1 圖 13    化合物識別號 # 33_2 圖 14    化合物識別號 # 33_3 圖 15    化合物識別號 # 47_1 圖 16    化合物識別號 # 48_8 圖 17    化合物識別號 # 29_24 圖 18    化合物識別號 # 29_25 圖 19    化合物識別號 # 29_26 圖 20    化合物識別號 # 39_9 圖 21    化合物識別號 # 39_10 圖 22    化合物識別號 # 48_10 圖 23    化合物識別號 # 29_35 圖 24    化合物識別號 # 29_34 圖 25    化合物識別號 # 39_17 圖 26    化合物識別號 # 39_18 圖 27    化合物識別號 # 39_19 圖 28    化合物識別號 # 39_20 圖 29    化合物識別號 # 29_11 圖 30 低沖洗量與高沖洗量。圖表示出了在給藥 16 mg 化合物後,作為高 (左) 和低 (右) 沖洗量函數的暴露。每個 DRG 數據點來自一個食蟹獼猴 (N = 3) 的兩個 DRG 的合併。所有數據點均來自在單劑 16 mg 劑量的化合物識別號 # 31_1 後 14 天犧牲的食蟹獼猴。 圖 31 背根神經節的暴露量隨著給藥後天數的變化而變化。每個數據點是來自食蟹獼猴 (N = 3) 的兩個 DRG 的合併。所有數據均來自低沖洗量群組和單劑 16 mg 的化合物識別號 # 31_1。
 
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Figure 12_A0101_SEQ_0208
Figure 12_A0101_SEQ_0209
Figure 12_A0101_SEQ_0210
Figure 12_A0101_SEQ_0211
Figure 12_A0101_SEQ_0212

Claims (44)

  1. 一種長度為 10 至 30 個核苷酸之反義寡核苷酸,其包含長度為 10 至 30 個核苷酸之連續核苷酸序列,該連續核苷酸序列與選自以下核苷酸之人 SCN9A 前 mRNA 的區域完全互補:SEQ ID NO: 1 之核苷酸 97704 - 97732、103232 - 103259、151831 – 151847 及 151949 - 152006。
  2. 如請求項 1 之反義寡核苷酸,其中,該連續核苷酸序列與選自由 SEQ ID NO: 29、SEQ ID NO: 31、SEQ ID NO: 33、SEQ ID NO: 39、SEQ ID NO: 47 及 SEQ ID NO: 48 所組成之群組的序列 100% 相同。
  3. 如請求項 1 或 2 之反義寡核苷酸,其中,該連續核苷酸序列與選自由 SEQ ID NO: 28 - SEQ ID NO: 52 所組成之群組或其至少 14 個連續核苷酸的序列100% 相同。
  4. 如請求項 1 之反義寡核苷酸,其中,該反義寡核苷酸不是選自由化合物識別號 29_33、39_13、48_9、29_33、39_13、48_9、29_33、39_13 及 48_9 所組成之群組的反義寡核苷酸。
  5. 一種反義寡核苷酸,其中,該反義寡核苷酸選自表 1 或表 3 中列出的化合物。
  6. 一種如圖 1 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  7. 一種如圖 2 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  8. 一種如圖 3 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  9. 一種如圖 4 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  10. 一種如圖 5 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  11. 一種如圖 6 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  12. 一種如圖 7 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  13. 一種如圖 8 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  14. 一種如圖 9 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  15. 一種如圖 10 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  16. 一種如圖 11 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  17. 一種如圖 12 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  18. 一種如圖 13 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  19. 一種如圖 14 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  20. 一種如圖 15 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  21. 一種如圖 16 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  22. 一種如圖 17 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  23. 一種如圖 18 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  24. 一種如圖 19 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  25. 一種如圖 20 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  26. 一種如圖 21 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  27. 一種如圖 22 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  28. 一種如圖 23 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  29. 一種如圖 24 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  30. 一種如圖 25 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  31. 一種如圖 26 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  32. 一種如圖 27 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  33. 一種如圖 28 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  34. 一種如圖 29 所示之反義寡核苷酸,或其醫藥上可接受之鹽。
  35. 一種結合體,其包含如請求項 1 至 34 中任一項之反義寡核苷酸,以及至少一個共價連接至該反義寡核苷酸之結合體部分。
  36. 一種如請求項 1 至 34 中任一項之反義寡核苷酸或如請求項 35 之結合體之醫藥上可接受之鹽。
  37. 如請求項 36 之醫藥上可接受之鹽,其中,該醫藥上可接受之鹽為鈉鹽或鉀鹽。
  38. 一種醫藥組成物,其包含如請求項 1 至 34 中任一項之反義寡核苷酸,或如請求項 35 之結合體,或如請求項 36 或 37 之醫藥上可接受之鹽,以及醫藥上可接受之稀釋劑、溶劑、載劑、鹽類及/或佐劑。
  39. 一種用於抑制正在表現 SCN9A 的目標細胞中之 SCN9A 表現之體外方法,該方法包含向該細胞投予有效量之如請求項 1至34 中任一項之反義寡核苷酸、或如請求項 35 之結合體、或如請求項 36 或 37 之醫藥上可接受之鹽。
  40. 一種如請求項 1 至 34 中任一項之反義寡核苷酸、或如請求項 35 之結合體、或如請求項 36 或 37 之醫藥上可接受之鹽的用途,其用於製備供抑制 SCN9A 表現用之藥物。
  41. 一種如請求項 1 至 34 中任一項之反義寡核苷酸、或如請求項 35 之結合體、或如請求項 36 或 37 之醫藥上可接受之鹽的用途,其用於製備供治療或預防罹患或很可能罹患疼痛的個體諸如人的疼痛從而諸如預防或減輕該疼痛用之藥物。
  42. 如請求項 41 之用途,其中,該疼痛為 a. 慢性疼痛、神經性疼痛、發炎性疼痛、自發性疼痛;或 b. 傷害感受性疼痛;或 c. 由選自由糖尿病神經病變、癌症、顱神經痛、皰疹後神經痛及術後神經痛所組成之群組的疾患引起的或與之相關聯的疼痛;或 d. 由遺傳性肢端紅痛症 (EIM) 或陣發性極度疼痛疾患 (PEPD) 或三叉神經痛引起或與之相關聯的疼痛;或 e. 神經性疼痛、慢性疼痛,以及傷害感受性疼痛 (例如神經減壓)、或神經性疼痛 (例如糖尿病神經病變)、內臟疼痛、或混合性疼痛的一般治療;或 f. 下背疼痛、或發炎性關節炎。
  43. 一種如請求項 1 至 34 中任一項之反義寡核苷酸、或如請求項 35 之結合體、或如請求項 36 或 37 之醫藥上可接受之鹽的用途,其用於製備供治療、預防或減輕疼痛諸如如請求項 42 之 a、b、c、d、e 或 f 部分所限定之疼痛用之藥物。
  44. 如請求項 43 之用途,其中,該疼痛是下背疼痛、或發炎性關節炎。
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