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CN117957321A - 产品和组合物 - Google Patents

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CN117957321A
CN117957321A CN202280055021.6A CN202280055021A CN117957321A CN 117957321 A CN117957321 A CN 117957321A CN 202280055021 A CN202280055021 A CN 202280055021A CN 117957321 A CN117957321 A CN 117957321A
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CN
China
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oligomeric compound
region
nucleoside
sugar
nucleosides
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202280055021.6A
Other languages
English (en)
Inventor
D.萨马斯基
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Sirnaomics Inc
Original Assignee
Sirnaomics Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Sirnaomics Inc filed Critical Sirnaomics Inc
Priority claimed from PCT/US2022/034965 external-priority patent/WO2022272108A2/en
Publication of CN117957321A publication Critical patent/CN117957321A/zh
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  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Abstract

本发明提供了一种核酸产品和组合物及其用途。特别是提供了调节、干扰或抑制APOC3基因表达的核酸产品。所述产品可以是寡聚化合物,包括至少包含连接核苷的第一区域,该区域至少具有与APOC3基因转录的RNA至少一部分互补的第一核碱基序列,其中所述第一核碱基序列选自以下序列或其一部分:SEQ ID NOs 1至39。

Description

产品和组合物
相关专利申请的交叉引用
本申请要求于2021年6月24日提交的63/214,608和于2022年3月9日提交的63/318,287两个美国临时专利申请的权益和优先权,这两个专利的全文以引用的方式并入本文中。
技术领域
本发明提供了能够调节、特别是干扰或抑制载脂蛋白C3(APOC3)基因表达的核酸产品和组合物及其用途。具体的实施方式提供了用于减少动物体内APOC3 mRNA和蛋白质表达的方法、化合物和组合物。这种方法、化合物和组合物可用于治疗、预防或改善APOC3相关疾病,如血脂异常、高甘油三酯血症、高胆固醇血症和动脉粥样硬化性心血管疾病(ASCVD)。
背景技术
甘油三酯是甘油与三个脂肪酸形成的酯。其可储存脂肪和能量,并通过血液运输。血液中甘油三酯水平过高早已被认为是一系列疾病的直接或者间接的致病因素。最近的证据表明,在急性心血管疾病ASCVD和包含在该术语下或与之相关的疾病中,部分与胆固醇水平升高(特别是LDL胆固醇)有关。下文披露的实施方式中还给出了与甘油三酯升高水平相关的更全面的疾病列表。
载脂蛋白C3由肝脏和小肠分泌。它存在于富含甘油三酯的脂蛋白中,包括极低密度脂蛋白(VLDL)和乳糜微粒。APOC3参与负调控脂质分解,尤其是甘油三酯分解,以及VLDL、LDL和HDL脂蛋白的清除。APOC3的分子功能包括抑制脂蛋白脂肪酶和肝脂肪酶。
疾病
循环甘油三酯含量异常,也称为高三酰甘油血症,本身就是一种公认的疾病,因为这种异常含量,特别是如果持续时间较长,可能导致心血管系统和/或炎症方面的疾病。
治疗
已有的治疗方法包括使用他汀类药物,如瑞舒伐他汀和辛伐他汀,以及贝特类药物,如非诺贝特。然而,他汀类药物可能会产生副作用,而且某些患者对他汀类药物不耐受。
因此,寻求治疗APOC3相关疾病的需求仍然存在。在此,我们旨在提供用于治疗此类疾病的化合物、方法和药物组合物。
能够与表达的mRNA互补结合的双链RNA(dsRNA)已被证明能够阻断基因表达(Fire等人,1998年,《自然》,1998年2月19日;391(6669):806-11和Elbashir等人,2001年,《自然》,2001年5月24日;41 1(6836):494-8),其机制被称为RNA干扰(RNAi)。在包括脊椎动物在内的许多生物体中,短dsRNA直接导致基因特异性转录后沉默,已成为研究基因功能的有用工具。RNAi由RNA诱导的沉默复合物(RISC)介导,这是一个特异性序列的多组分核酸酶,它会破坏与装载到RISC复合物中的沉默触发器同源的信使RNA。干扰RNA(iRNA),如siRNA、反义RNA和微小RNA,是能够通过降解mRNA分子来阻止蛋白质形成的寡核苷酸,即通过基因沉默抑制蛋白质的基因翻译。基因沉默剂在医学治疗应用中变得越来越重要。Watts和Corey在《病理学杂志》(2012;Vol226,p365-379)中指出,有一些算法可用于设计核酸沉默触发器,但所有这些算法都有严重的局限性。由于算法不考虑靶点mRNA的三级结构或RNA结合蛋白的参与等因素,可能需要多种实验方法才能确定有效的siRNA。因此,发现脱靶效应最小的强效核酸沉默触发器是一个复杂的过程。对于这些高电荷分子的药物开发而言,必须以经济的方式合成这些分子,将其分配到靶向组织,进入细胞,并在可接受的毒性范围内发挥作用。因此,我们的目的是提供本文所述的用于治疗血栓栓塞性疾病的化合物、方法和药物组合物,其中包括通过RNAi调节、特别是抑制基因表达的寡聚合物。
发明内容
本发明提供了可调节,特别是干扰或抑制载脂蛋白C3(APOC3)基因表达的核酸产品,以及相关治疗用途。本文描述了具体的寡聚化合物和序列。本总结提供了一种简化形式,将在下文的详细描述中进一步说明。本总结并不旨在确定权利要求主题的关键特征或基本特征,也不是用于确定权利要求保护的主题的范围。
附图说明
图1a显示了原代人体肝细胞中候选的APOC3先导物的剂量曲线;
图1b显示了在原代人类肝细胞中进行人源化小鼠研究的APOC3先导物的剂量曲线;
图2显示了一个时间轴,其包括对小鼠施用剂量的时间点和采集样本的时间点;
图3显示了与对照组动物相比,使用APOC3靶向mxRNA构建体治疗的动物肝脏中APOC3 mRNA和血浆APOC3蛋白的剩余水平;
图4显示了与对照组(PBS)相比,用APOC3靶向mxRNA构建体治疗的动物血清中甘油三酯和总胆固醇的含量;
图5a显示了与对照组动物相比,使用免疫酶联吸附法(ELISA)测定在接受APOC3靶向mxRNA构建体(10mg/kg)处理的动物的血浆中肝脏组织剩余APOC3 mRNA的平均百分比;
图5b显示了与对照组动物相比,使用ELISA测定在接受APOC3靶向mxRNA构建体(10mg/kg)处理的动物血浆中的APOC3蛋白水平;
图6a显示了与对照组动物相比,接受APOC3靶向mxRNA构建体治疗的动物血清中甘油三酯(TG)在第2周和第6周的平均百分比;
图6b显示了与对照组动物相比,接受APOC3靶向mxRNA构建物治疗的动物血清中在第2周和第6周时总胆固醇(TC)水平;
图7是化合物A28(14-4)mF(又称STP125G)在人源化肝脏小鼠中进行的持续研究的示意图;
图8a显示了在对照组和治疗组之间的持续研究中观察到的APOC3 mRNA随时间的变化;
图8b显示了在对照组和治疗组之间进行的持续时间研究中观察到的APOC3蛋白敲除与时间的函数关系;
图9a显示了对照组和治疗组血清甘油三酯水平与时间的关系;
图9b显示了对照组和治疗组血清总胆固醇水平与时间的函数关系;以及
图10展示了用于持续时间研究的小鼠人源化肝脏。
具体实施方式
以下是非限制性方面:
方面1.一种能够抑制APOC3表达的寡聚化合物,其中该化合物至少包含连接核苷的第一区域,该区域具有至少与APOC3基因转录的RNA的至少一部分互补的第一核碱基序列,其中该第一核碱基序列选自以下序列或其一部分:SEQ ID NOs1到391的序列,优选的,其中所述部分具有至少18个核苷的长度。
特别优选的实施方式与mxRNA有关:详见下文的实施方式及其讨论。
此外,本文公开的反义和有义区可以作为针对多个靶点的化合物的构件。此类化合物ds的一般结构在WO2020/065602中有描述。
此外,如下文所述,所公开的实施方式还涉及双链RNA(dsRNA)。与具有连接正义和反义RNA链的发夹状结构的mxRNA不同,dsRNA缺少发夹环,因此,dsRNA由两条链组成。
方面2.一种组合物,包含根据方面1所述的寡聚化合物和一种生理上可接受的赋形剂。
方面3.一种药物组合物,包含根据方面1的寡聚化合物的药物组合物。
方面4.根据方面1所述的寡聚化合物,用于人类或兽类医药或治疗。
方面5.根据方面1所述的寡聚化合物,用于治疗疾病或紊乱的方法。
方面6.一种治疗疾病或紊乱的方法,包括向需要治疗的个体施用根据方面1所述的寡聚化合物。
方面7.根据方面1所述的寡聚化合物作为基因功能分析工具进行研究的应用。
方面8.根据方面1所述的寡聚合物在制备用于治疗疾病或紊乱的药物的应用。
以下仅以举例的方式描述了进一步的实施方式。这些示例代表了将所公开的组合物和方法付诸实践的方式,但本领域技术人员将认识到,它们并不是实现这一点的唯一方式。
可以理解的是,本文所述的好处和优势可能涉及一个实施方式或多个实施方式。本发明的实施方式并不局限于能解决任何或所有所述问题的实施方式,也不局限于具有任何或所有所述益处和优点的实施方式。
本文所述不同方面和实施例的特征可酌情组合,这对本领域技术人员来说是显而易见的,并可与任何其他方面相结合。
定义
以下定义与所公开的整个实施方式有关。在许多情况下,除了各自的定义外,这些定义还提供了可能实施方式的非详尽清单,这些实施方式相当于优选实施方式。
除非提供具体定义,本文所述分析化学、有机合成化学、药物化学和制药化学的术语、程序和技术均为本领域已知和常用的术语和技术。标准技术可用于化学合成和化学分析。例如,某些此类技术和程序可参见《反义研究中的碳水化合物修饰》(CarbohydrateModifications in Antisense Research),Sangvi和Cook 编辑,美国化学学会,华盛顿特区,1994年;《雷明顿制药科学》(Remington's Pharmaceutical Sciences),麦克出版公司,伊斯顿,宾夕法尼亚州,第21版,2005年;以及Stanley T.Crooke编著的"反义药物技术、原理、策略和应用",CRC Press,佛罗里达州博卡拉顿;以及Sambrook等编著的"分子克隆,实验室手册",第2版,冷泉港实验室出版社,1989年。在允许的情况下,本公开内容中提及的所有专利、申请、已发表的申请和其它出版物以及其它数据的全部内容均以引用的方式并入本文中。
除非另有说明,下列术语具有如下含义:
如本文所用,"赋形剂"是指添加到本文所提供的组合物中的适用于递送寡聚化合物的任何化合物或化合物混合物。
如本文所用,"核苷"是指包含核碱基和糖基的化合物。核苷包括但不限于天然核苷(如DNA和RNA中的核苷)和修饰核苷。核苷可与磷酸分子相连,与磷酸相连的核苷也被称为"核苷"。
如本文所用,“化学修饰”或“化学性修饰”指的是与自然产生的对应物相比,化合物中的化学差异。寡核苷酸的化学修饰包括核苷修饰(包括糖基修饰和核碱基修饰)以及核苷之间连接的修饰。就寡核苷酸而言,化学修饰不包括仅在核碱基序列中存在的差异。
如本文所用,"呋喃糖基"是指由四个碳原子和一个氧原子组成的五元环结构。
如本文所用,"天然糖基"指天然RNA中的核呋喃糖基或天然DNA中的脱氧核呋喃糖基。所述"天然糖基"也被称为"未修饰的糖基"。特别是,所述"天然糖基"或"未修饰的糖基"在糖基的2'-位上有一个-H(DNA糖基)或-OH(RNA糖基),尤其是在糖基的2'-位上有一个-H(DNA糖基)。
如本文所用,"糖基"是指天然存在的糖基或核苷的修饰糖基。如本文所用,"修饰的糖基"是指取代的糖基或糖代物。
如本文所用,"取代的糖基"是指被取代的呋喃糖基。取代的糖基包括但不限于在2'-位、3'-位、5'-位和/
或4'-位上含有取代基的呋喃糖基。在一些实施例中,取代的糖基是双环糖分子。
如本文所用,"2'-取代糖基"是指在2'-位上含有除H或OH以外的取代基的呋喃糖基。除非另有说明,2'-取代糖基不是双环糖基(即2'-取代糖基的2'-取代基不与呋喃糖基环的另一个原子形成桥)。
如本文所用,"MOE"指-OCH2CH2OCH3.
如本文所用,"2'-F核苷"是指由在2'位上含氟的糖组成的核苷。除非另有说明,2'-F核苷中的氟位于核糖位置(取代天然核糖的OH)。均一修饰的2'-氟化(核糖)寡核苷酸与RNA链杂交的双链不是RNaseH底物,而ara类似物保留RNaseH活性。
如本文所用,术语“糖代物”指的是一种不包含呋喃糖基的结构,能够取代核苷中天然存在的糖基,从而使由此产生的核苷亚单位能够连接在一起,和/或,与其他核苷连接,形成一种寡聚化合物,这种寡聚化合物能够与互补的寡聚化合物杂交。。这样的结构包括含有与呋喃糖不同原子数的环(如,4、6或7个成员的环);用非氧原子(如,碳、硫或氮)替代呋喃糖的氧;或者原子数量变化和氧的替代同时发生。这样的结构还可以包括与所述取代糖基相应的取代物(如,含有额外取代基的6-成员碳环双环糖代物)相对应的取代。糖代物还包括更复杂的糖替代物(如,肽核酸的非环系统)。糖代物包括但不限于吗啉基,环己烯基和环己糖醇。
如本文所用,"双环糖分子"是指一种修饰的糖分子,该分子包含一个4至7元环(包括但不限于呋喃糖基),其中包含连接4至7元环的两个原子以形成第二个环的桥,从而形成双环结构。在一些实施方案中,4至7位环是糖环。在某些实施方案中,4至7元环是呋喃糖基。在某些这样的实施方案中,桥连接呋喃糖基的2'-碳和4'-碳。
如本文所用,"核苷酸"是指进一步包含磷酸连接基团的核苷。如本文所用,"连接的核苷"可以通过或不通过磷酸盐连接,因此包括但不限于"连接的核苷酸"。如本文所用,"连接的核苷"是指以连续序列连接的核苷(即在连接的核苷之间不存在其他核苷)。
如本文所用,"核碱基"是指可与糖基连接以产生可掺入寡核苷酸的核苷的原子团,其中原子团可与另一种寡核苷酸或核酸的互补天然存在的核碱基键合,更具体地说是氢键合。核碱基可以是天然存在的,也可以是经过修饰的。
如本文所用,术语"未修饰的核碱基"或"天然存在的核碱基"是指RNA或DNA中天然存在的杂环核碱基:嘌呤碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G),以及嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)(包括5-甲基C)和尿嘧啶(U)。
如本文所用,"修饰的核碱基"是指任何非天然存在的核碱基。
如本文所用,"修饰的核苷"是指与天然存在的RNA或DNA核苷相比包含至少一种化学修饰的核苷。修饰的核苷可包括修饰的糖基和/或修饰的核碱基。
如本文所用,"双环核苷"或"BNA"是指包含双环糖分子的核苷。
如本文所用,"锁核酸核苷"或"LNA"是指由包含4'-CH2-O-2'桥的双环糖分子组成的核苷。
如本文所用,"2'-取代核苷"是指在糖基的2'-位上含有除H或OH以外的取代基的核苷。除非另有说明,2'-取代核苷不是双环核苷。
如本文所用,"脱氧核苷"是指包含2'-H呋喃糖基的核苷,如天然存在的脱氧核苷(DNA)中的核苷。在一些实施方案中,2'-脱氧核苷可包括修饰的核碱基或包括RNA核碱基(如尿嘧啶)。
如本文所用,"寡核苷酸"是指由多个相连核苷组成的化合物。在一些实施方案中,寡核苷酸包括一种或多种未修饰的核糖核苷(RNA)和/或未修饰的脱氧核糖核苷(DNA)和/或一种或多种修饰的核苷。
如本文所用,"修饰的寡核苷酸"是指包含至少一种修饰的核苷和/或至少一种修饰的核苷间连接的寡核苷酸。与天然存在的磷酸二酯相比,优选的修饰核苷间连接具有更高的稳定性。"稳定性"主要指对水解的稳定性,包括酶催化水解、酶(包括外切核酸酶和内切核酸酶)。
这种修饰的核苷间连接的优选位置包括单链寡聚化合物的末端和发夹环。例如,从5'末端计数,连接第一个核苷和第二个核苷以及连接第二个核苷和第三个核苷的核苷之间的连接,和/或从3'末端计数,连接第一个核苷和第二个核苷以及连接第二个核苷和第三个核苷的核苷之间的连接是被修饰的。此外,连接3'末端的末端核苷与配体(如GalNAc)的连接也可能被修饰。
如上所述,优选的位置是在所述单链寡聚化合物的发夹环中。特别是,发夹环中的所有连接、除一个连接外的所有连接或大部分连接都会被修饰。本文中使用的"发夹环中的连接"指的是没有参与碱基配对的核苷之间的连接。例如,在由五个核苷组成的发夹环中,存在四个在碱基配对中没有参与的核苷之间的连接。优选地,“发夹环中的连接”这个术语也延伸到将茎与环连接起来的连接,即连接一个碱基配对的核苷与一个非碱基配对的核苷的连接。一般来说,本文所述的发夹和mxRNA中存在两个这样的位置。
最优选的,修饰的核苷间连接位于两个末端和发夹环中。如本文所用,"连接"或"连接基团"是指将两个或多个其他基团连接在一起的原子团。
如本文所用,"核苷间连接"是指寡核苷酸中相邻核苷之间的共价连接。
如本文所用,"天然核苷连接"是指3'至5'磷酸二酯连接。如本文所用,"修饰的核苷间连接"是指除天然核苷间连接以外的任何核苷间连接。特别是,本文所指的"修饰的核苷间连接"可包括修饰的磷连接基团,如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯核苷间连接。
如本文所用,“末端核苷连接"是指寡核苷酸或其定义区域的最后两个核苷之间的连接。
如本文所用,"磷连接基团"是指包含一个磷原子的连接基团,可包括存在于天然RNA或DNA中的磷连接基团,如磷酸二酯连接基团,或通常不存在于天然RNA或DNA中的修饰磷连接基团,如硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯连接基团。因此,磷连接基团可包括但不限于磷酸二酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、膦酸酯、甲基膦酸酯、磷酰胺酯、硫代烷基膦酸酯、磷酸三酯、硫代烷基磷酸三酯和硼磷酯。
如本文所用,"核苷间磷连接基团"是指直接连接两个核苷的磷连接基团。
如本文所用,"寡聚化合物"是指由两个或两个以上亚结构组成的聚合物结构。在一些实施方案中,寡聚化合物包括寡聚核苷,如修饰的寡聚核苷。在一些实施方案中,寡聚化合物还包括一个或多个共轭基团和/或末端基团和/或配体。在一些实施方案中,寡聚化合物由寡核苷酸组成。在一些实施方案中,寡聚化合物包括一个或多个连接的单糖分子的骨架,其中每个连接的单糖分子直接或间接地连接到杂环碱基基团。在一些实施方案中,寡聚化合物还可包括未与杂环碱基团的单体糖基团,从而提供消旋位点。寡聚化合物可以仅以核苷序列来定义,即指定A、G、C、U(或T)的序列。在这种情况下,糖-磷骨架的结构并无特定限制,可以包含或不包含修饰糖和/或修饰磷酸盐。另一方面,寡聚化合物的定义可以更全面,即不仅要指定核核苷序列,还要指定骨架结构,特别是糖的修饰状态(未修饰、2'-OMe修饰、2'-F修饰等)和/或磷酸盐的修饰状态。
如本文所用,"末端基团"是指连接到寡核苷酸3'端或5'端的一个或多个原子。在一些实施方案中,末端基团包括一个或多个末端基团核苷。
如本文所用,"共轭物"或"共轭基团"是指与寡核苷酸或寡聚化合物结合的原子或原子团。在一些实施方案中,共轭基团将配体与修饰的寡核苷酸或寡聚化合物连接起来。一般来说,共轭基团可改变所连接化合物的一种或多种性质,包括但不限于药效学、药代动力学、结合、吸收、细胞分布、细胞摄取、电荷和/或清除性质。如本文所用,"共轭连接体"或"连接体"在共轭基团的上下文中指共轭基团的一部分,包括任何原子或原子团,将寡核苷酸与共轭基团的另一部分共价连接。在一些实施方案中,寡聚化合物上的连接点是寡核苷酸3'末端核苷的3'-羟基的3'-氧原子。在一些实施方案中,连接到寡聚合物的点是寡核苷酸的5'末端核苷的5'羟基的5'-氧原子。在某些实施方案中,与寡聚化合物形成连接的键是可裂解键。在一些这样的实施方案中,这种可裂解键构成可裂解分子的全部或部分。
在一些实施方案中,共轭基团包括可裂解分子(如可裂解键或可裂解核苷)和配体部分,配体部分可包括一个或多个配体,如碳水化合物簇部分,如N-乙酰半乳糖(也称为"GalNAc")簇部分。在某些实施方案中,碳水化合物簇部分通过配体的编号和标识来识别。例如,在一些实施方案中,碳水化合物簇部分包括2个GalNAc基团。例如,在一些实施方案中,特别优选地,碳水化合物簇部分包括3个GalNAc基团。在一些实施方案中,碳水化合物簇部分包括4个GalNAc基团。这些配体部分通过可裂解分子(如可裂解键或可裂解核苷)连接到寡聚化合物上。配体可以以线性或分支构型排列,如双元构型或三元构型。一种优选的碳水化合物簇(也称为"牙刷")具有下式:
在上述结构式中,一个、两个或三个磷酸二酯连接也可被硫代磷酸酯连接取代。
如本文所用,"可裂解分子"是指在生理条件下能够被裂解的键或基团。在一些实施方案中,可裂解分子在细胞或亚细胞区室(如内质体或溶酶体)内被裂解。在一些实施方案中,可裂解分子是由核酸酶等内源酶裂解的。在一些实施方案中,可裂解分子包括具有一个、两个、三个、四个或四个以上可裂解键的原子团。在一些实施方案中,可裂解分子是磷酸二酯连接。
如本文所用,"可裂解键"是指任何可被裂解的化学键。
如本文所用,“碳水化合物簇”指的是具有一个或多个碳水化合物残基连接到连接基团的化合物。
如本文所用,“修饰的碳水化合物”指的是相对于天然发生的碳水化合物具有一个或多个化学修饰的任何碳水化合物。
如本文所用,"碳水化合物衍生物"是指以碳水化合物为起始原料或中间体合成的任何化合物。
如本文所用,"碳水化合物"是指天然碳水化合物、修饰碳水化合物或碳水化合物衍生物。碳水化合物是包括碳原子(C)、氢原子(H)和氧原子(O)的生物大分子。碳水化合物可包括单糖、二糖、三糖、四糖、低聚糖或多糖,如一个或多个半乳糖分子、一个或多个乳糖分子、一个或多个N-乙酰半乳糖胺分子和/或一个或多个甘露糖分子。特别优选的碳水化合物是N-乙酰-半乳糖胺。
如本文所用,“链”指的是包含连接的核苷的寡聚合物。
如本文所用,“单链”或“单链的”指的是包含连接的核苷的寡聚合物,它们以连续的序列相连而没有断裂。这种单链可包括具有足够自互补性的区域,从而能够形成发夹结构的能够稳定自身双链的区域。
如本文所用,"发夹"是指一种单链寡聚物化合物,它包括由链中自互补且方向相反的序列之间的碱基配对形成的双链。
如本文所用,"发夹环"是指发夹中连接核苷的未配对环,它是自互补序列杂交而产生的。由此产生的结构看起来像一个环或U形。
特别是短发夹核糖核酸,也称为shRNA,包括一个双链区和一个连接双链区的环。不带环的双链区末端可以是钝端,也可以带(一个)3'和/或(一个)5'垂悬。优先选择钝头结构。
如本文所用,"方向性"指的是寡核苷酸基于糖基的碳原子编号的化学方向,即糖基的5′碳定义5′端,糖基的3'碳定义3′端。在双链或双股寡核苷酸中,各链的5'至3'方向相反,以便碱基配对。
如本文所用,"双链"或缩写为"dup"是指寡核苷酸或寡核苷酸的两个或多个互补链区域,通过非共价、序列特异性相互作用杂交在一起。最常见的情况是,双链中的杂交发生在核碱基腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T),和/或(A)腺嘌呤和尿嘧啶(U),和/或鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)之间。双链可以是单链结构的一部分,其中自互补导致杂交,也可以是双链结构中各链之间杂交的结果。
如本文所用,"双链"或"双链"是指一对彼此杂交的寡聚化合物。在一些实施方案中,双链寡聚物化合物包括第一和第二寡聚物化合物。
如本文所用,"表达"是指基因最终产生蛋白质的过程。表达包括但不限于转录、转录后修饰(如剪接、多腺苷酸化、添加5'-cap)和翻译。
如本文所用,"转录"或"转录"是指基于DNA的基因表达的几个步骤中的第一个步骤,在该步骤中,DNA的目标序列被RNA聚合酶复制成RNA(尤其是mRNA)。在转录过程中,DNA序列被RNA聚合酶读取,产生互补的、反平行的RNA序列,称为主转录本。
如本文所用,"目标序列"是指寡聚化合物与之杂交以产生所需的APOC3表达活性的序列。寡核苷酸与其目的序列有足够的互补性,可在生理条件下进行杂交。
如本文所用,"核碱基互补性"或"互补性"在涉及核碱基时指能够与另一核碱基进行碱基配对的核碱基。例如,在DNA中,腺嘌呤(A)与胸腺嘧啶(T)互补。例如,在RNA中,腺嘌呤(A)与尿嘧啶(U)互补。在DNA和RNA中,鸟嘌呤(G)与胞嘧啶(C)互补。在一些实施方案中,互补核碱基是指寡聚物化合物中能与其目标序列的核碱基配对的核碱基。例如,如果寡聚化合物中某一位置的核碱基能与目标序列中某一位置的核碱基发生氢键结合,则寡聚化合物与目标序列之间的氢键结合位置被认为是该核碱基对的互补位置。包含某些修饰的核碱基可保持与对应核碱基配对的能力,因此仍具有核碱基互补性。
如本文所用,核碱基的"非互补性"是指一对核碱基之间不形成氢键。
如本文所用,寡聚化合物(如连接核苷、寡核苷酸)的"互补性"是指此类寡聚化合物或其区域通过核碱基互补性与目标序列或寡聚化合物本身的区域杂交的能力。
互补性寡聚化合物不一定在每个核苷上都具有核碱基互补性。相反,一些错配是可以容忍的。在一些实施方案中,互补寡聚化合物或区域在70%的核碱基上互补(70%互补)。在一些实施例中,互补寡聚化合物或区域的互补性为>80%。在某些实施例中,互补寡聚物化合物或区域的互补性为>90%。在一些实施方案中,互补寡聚物化合物或区域的互补性至少达到95%。在一些实施例中,互补寡聚物化合物或区域的互补性为100%。
如本文所用,"自互补性"指的是寡聚化合物可以折叠回自身,由于内部互补链区域的核碱基杂交而形成双链的化合物。根据链区的紧密程度和/或长度,化合物可形成发夹环、连接点、隆起或内环。
如本文所用,"错配"是指当寡聚物化合物与目标序列和/或寡聚物化合物的自互补区对齐时,寡聚物化合物不能与目标序列相应位置或寡聚物化合物本身相应位置的核碱基配对。
如本文所用,"杂交"是指互补寡聚化合物(如寡聚化合物及其目标序列)的配对。虽然不限于特定的机制,但最常见的配对机制涉及互补核碱基之间的氢键,这可以是Watson-Crick、Hoogsteen或反Hoogsteen氢键。如本文所用,"特异性杂交"是指寡聚化合物与一个核酸位点杂交的亲和力大于与另一个核酸位点杂交的亲和力。
如本文所用,"完全互补"指的是寡聚化合物或其区域的每个核碱基都能与互补核酸靶序列的核碱基或寡聚化合物的自互补区域配对。因此,完全互补的寡聚化合物或其区域相对于其目标序列或寡聚化合物的自互补区域不包含错配或未杂交的核碱基。
如本文所用,"互补百分比"是指寡聚化合物中与目标核酸等长部分互补的核碱基的百分比。互补性百分比的计算方法是:寡聚化合物中与目标核酸中相应位置的核碱基互补的核碱基数目除以寡聚化合物的总长度。
如本文所用,“同一性百分比”是指第一核酸中与第二核酸中相应位置的核碱基类型相同(与化学修饰无关)的核碱基数除以第一核酸中核碱基总数。
如本文所用,“调控”是指与调控前的分子、功能或活性相比,分子、功能或活性的数量或质量发生变化的过程。例如,调控包括基因表达的变化,可以是增加(刺激或诱导)或减少(抑制或降低)。
如本文所用,"修饰类型"指核苷或核苷的"类型",是指核苷的化学修饰,包括修饰和未修饰的核苷。因此,
除非另有说明,"具有第一类修饰的核苷"可以是未修饰的核苷。
如本文所用,"不同修饰"是指不同的化学修饰或化学取代基,包括没有修饰。因此,例如,MOE核苷和未修饰的天然RNA核苷是"不同修饰"的,即使天然核苷是未修饰的。同样,DNA和RNA寡核苷酸也是"不同修饰的",尽管两者都是天然存在的未修饰核苷。由不同核碱基组成的相同核苷不属于不同修饰的核苷。例如,由2'-OMe修饰的糖基和未修饰的腺嘌呤核碱基组成的核苷和由2'-OMe修饰的糖基和未修饰的胸腺嘧啶核碱基组成的核苷并非不同修饰。
如本文所用,"相同类型的修饰"是指彼此相同的修饰,包括没有修饰。因此,举例来说,两个未经修饰的RNA核苷具有"相同类型的修饰",即使这两个RNA核苷未经修饰。具有相同类型修饰的核苷可能包含不同的核碱基。
如本文所用,"区域"或"区域",或"部分"或"部分",是指具有本文所定义的功能或特征的多个连接的核苷,特别是参照本文提供的权利要求和定义。通常,这些区域或部分包括至少10、至少11、至少12或至少13个连接的核苷。例如,此类区域可包括13至20个连接的核苷,如13至16个或18至20个连接的核苷。通常,本文定义的第一区域基本上由18至20个核苷组成,而本文定义的第二区域基本上由13至16个连接的核苷组成。
如本文所用,"药学上可接受的载体或稀释剂"是指适合用于动物使用的任何物质。在某些实施例中,药学上可接受的载体或稀释剂是无菌生理盐水。在某些实施例中,这种无菌生理盐水是药用级生理盐水。
如本文所用,"取代基"和"取代基团"是指替代母体化合物原子或基团的原子或基团。例如,修饰核苷的取代基是指与天然核苷中的原子或基团不同的任何原子或基团(例如,修饰的2'-取代基是指核苷2'-位上除H或OH以外的任何原子或基团)。取代基可以是受保护的,也可以是未受保护的。在某些实施方案中,本文所述的化合物在母体化合物的一个或多个位置上具有取代基。取代基还可被其它取代基团进一步取代,并可直接或通过连接基团(如氧或烷基或烃基)连接到母体化合物上。
这些取代基可以作为糖基的修饰存在,特别是出现在糖基2'-位上的取代基。除非另有说明,可用作取代基的基团包括但不限于卤代、羟基、烷基、烯基、炔基、酰基、羧基、烷氧基、烷氧基亚烷基和氨基中的一个或多个取代基。本文所述的某些取代基可直接连接到糖环上(如直接连接到糖环上的卤素和氟),或间接链接到糖环的一个氧连接原子上,该氧连接原子本身直接连接到糖基(如连接到氧原子上的烷氧基亚烷基和甲氧基乙烯,通过氧原子连接到糖基的2'-位置,从而在总体上在描述的寡核苷酸的糖基的2'-位置上提供所述的MOE取代基)。
如本文所用,"烷基"是指饱和的直链或支链的一价C1-6烃基,其中甲基是糖分子2'-位上最优选的烷基取代基。烷基通常连接在糖的2'位上的氧连接原子,因此,总体上,在本文所述的寡聚化合物的糖分子上,提供了一个-烷基取代基,如-OCH3取代基。本领域的技术人员对此会有很好的理解。
如本文所用,"烯烃"是指通式为-CnH2n-的饱和直链或支链二价烃基,其中n为1-6。亚甲基或乙烯基是优选的亚烷基。
如本文所用,"烯基"是指直链或支链的不饱和一价C2-6烃基,乙烯基或丙烯基是作为糖分子2'-位上的最优选的烯基。正如本领域所熟知的,烯基的不饱和程度是指至少存在一个碳碳双键。烯基通常连接到糖2'-位上的氧连接原子上,因此,总体上,在本文所述的寡聚化合物的糖分子上,提供了一个-Oalkenyl取代基,如–OCH2CH=CH2取代基。本领域的技术人员对此会有很好的理解。
如本文所用,"炔基"是指直链或支链不饱和C2-6烃基,乙炔基是糖基2'-位上最优选的炔基取代基。正如本领域所熟知的,炔基的不饱和程度是指至少存在一个碳碳三键。炔基通常连接到糖2'-位上的氧连接原子上,因此,总体上,在本文所述的寡聚化合物的糖分子上,提供了一个-炔基取代基。本领域的技术人员对此会有很好的理解。
如本文所用,"羧基"是具有通式–CO2H的基团。
如本文所用,"酰基"指从本文所定义的羧基上去除羟基而形成的基团,通式为-C(O)-X,其中X通常为C1-6烷基。
如本文所用,"烷氧基"是指烷基(如C1-6烷基)与氧原子之间形成的基团,其中氧原子用于将烷氧基连接到母体分子(如糖分子的2'-位)或另一个基团(如本文定义的亚烷基)上。烷氧基的例子包括但不限于甲氧基、乙氧基、丙氧基、异丙氧基、正丁氧基、仲丁氧基和叔丁氧基。在本文中,烷氧基可任选包括更多取代基。
如本文所用,烷氧基烷基是指本文所定义的烷氧基,该烷氧基与如本文所定义的亚烷基相连,其中烷氧基的氧原子与亚烷基相连,亚烷基与母体分子相连。亚烷基通常连接到糖2'-位的氧连接原子上,因此,总体上在本文所述寡聚化合物的糖分子上提供了-Oalkylene烷氧基取代基,如–OCH2CH2OCH3取代基。本领域的技术人员对此会有很好的理解,一般称为本文定义的MOE取代基,也是本领域已知的取代基。
如本文所用,"氨基"包括伯氨基、仲氨基和叔氨基。
如本文所用,"卤"和"卤素"指选自氟、氯、溴和碘的原子。
如本文所用,术语"mxRNA"尤其应理解为WO2020/044186A2中所定义的术语,其全文以引用方式并入本文。还可以理解的是,本文所述的寡聚化合物可以在一条或两条链的一端或两端具有一个或多个非杂交核苷(垂悬)和/或一个或多个内部非杂交核苷(错配),前提是在生理相关条件下有足够的互补性来维持杂交。另外,本文所述的寡聚化合物至少一端可以是钝端。
本文中使用的术语"包括"是指包括所确定的方法步骤或要素,但这些步骤或要素并不包括排他性列表,因此可能存在其他步骤或要素。
此外,如果在详细描述或权利要求中使用了"包括"一词,则该词的含义与权利要求中作为过渡词使用的"包括"一词的含义类似,具有包容性。
现提供以下示例性实施例(项/条款):
1.一种能够抑制APOC3表达的寡聚化合物,其中该化合物包括至少包含连接核苷的第一区域,该区域具有至少与APOC3基因转录的RNA的至少一部分互补的第一核碱基序列,其中所述第一核碱基序列选自以下序列或其一部分:表1a和2a的序列(SEQ ID NOs:1至391),优选的,其中所述部分具有至少18个核苷的长度。
所述第一区域也称为反义区,所述第二区域也称为有义区。如下文优选实施方式中所述,所述两个区域可以位于同一条链上,优选以相邻的方式,以此形成发夹分子,也称为mxRNA。另一方面,所述两个区域可以位于不同的链上,这就产生了双链RNA(dsRNA),优选地,其中最好每条链都包括相应的区域。
此外,所述区域可作为muRNA的构建模块(见上文方面1)。换句话说,根据下文对muRNA的定义,所述第一和第二区域可分别用作muRNA第一和第三区域:
核酸构建体(muRNA)至少包括:
(a)第一核酸部分:至少部分互补于从APOC3基因转录的RNA的第一部分;
(b)第二核酸部分:至少部分互补于从另一基因转录的RNA的第二部分;
(c)第三核酸部分:至少部分互补于(a)所述第一核酸部分,以形成第一核酸双链区域;及
(d)第四核酸部分:至少部分互补于(b)的所述第二核酸部分,以便与之形成第二核酸双链区。
WO2020/065602中公开了与muRNA有关的优选实施方案和更多方面。
2.根据第1项所述的寡聚化合物,其进一步包括至少包含连接核苷的第二区域,该区域具有至少与第一核碱基序列部分互补对的第二核碱基序列,所述第二核碱基序列选自以下序列或其一部分:表1c和2c的序列(SEQ ID NOs:401至791),优选的,所述部分具有至少11个核苷的长度,或所述部分优选具有至少8、9、10或11个核苷的长度,更优选至少10个核苷。
3.根据第1项或第2项所述的寡聚化合物,所述第一核碱基序列选自以下序列或其一部分:SEQ ID NOs:175,293,262,297,277,366,337,254,274,286,137,149,280,343,225,221,185,373,121,281,331,367,296,28,345,328,339,278,271,212,223,369,276,332,300,341,334,138,193,340,31,167,275,191,336,90,346,219,283,213,23,24,285,347,370,206,282,342,272,303,220,209,29,89,291,117,372,218,368,148,217,128,338,171,94,324和299。
4.根据第3项所述的寡聚化合物,所述第二核碱基序列选自以下序列或其一部分:SEQ ID NOs:575,693,662,697,677,766,737,654,674,686,537,549,680,743,625,621,585,773,521,681,731,767,696,428,745,728,739,678,671,612,623,769,676,732,700,741,734,538,593,740,431,567,675,591,736,490,746,619,683,613,423,424,685,747,770,606,682,742,672,703,620,609,429,489,691,517,772,618,768,548,617,528,738,571,494,724和699。
5.根据第1至第4项中任一项所述的寡聚化合物,所述第一核碱基序列选自以下序列或其一部分:SEQ ID NOs:277,337,28,343,369,366,274,367,336,332,293,373,280,221,334,286,149,193,328,175,262,254,185,328,271,137,225,167,297和191。
6.根据第5项所述的寡聚化合物,所述第二核碱基序列选自下列序列或其一部分:SEQ ID Nos:677,737,428,743,769,766,674,767,736,732,693,773,680,621,734,686,549,593,728,575,662,654,585,728,671,537,625,567,697和591。
7.根据第1至第6项中任一项所述的寡聚化合物,所述第一核碱基序列选自以下序列或其一部分:SEQ ID NOs:28、277、336、337、366、367和369,优选的SEQ ID NO:28或277,更优选的SEQ ID NO:28。这些实施例定义了提供出色性能的反义核苷酸序列。为证明这一点,请参阅实施例。
8.根据第7项所述的寡聚化合物,所述第二核碱基序列选自下列序列或其一部分:SEQ ID NOs:428、677、736、737、766、767和769,优选的SEQ ID NO:428或677,更优选的SEQID NO:428。
9.根据第1至第8项中任一项所述的寡聚化合物,所述连接核苷的第一区域基本上由18至35个,优选的18至20个,更优选的18或19个,更优选的19个连接核苷组成。
10.根据第2至第9项中任一项所述的寡聚化合物,所述连接核苷的第二区域基本上由11至35个,优选的11至20个,更优选的13至16个,然而更优选的14或15个,最优选的14个连接核苷组成;或者所述连接核苷的第二区域基本上由10至35个,优选的10至20个,更优选的10至16个,而更优选的10至15个连接核苷组成。
11.根据第2至第10项中任一项所述的寡聚化合物,其包括至少一个互补双链区,所述双链区包括与第二核苷区的至少一部分直接或间接连接的第一核苷区的至少一部分。优选的,所述双链区的长度为11至19,更优选的14至19,更优选的14或15碱基对,最优选的14碱基对,其中双链区域内可以选择包含一个错配;或该化合物包括至少一个互补双链区,所述双链区包括与第二核苷区的至少一部分直接或间接连接的第一核苷区的至少一部分,其中优选双链区的长度为10至19个碱基对,更优选的12至19个碱基对,更优选的12至15个碱基对,其中优选双链区内有一个错配。
12.根据第11项所述的寡聚化合物,每个所述第一核苷区和第二核苷区中都具有5'到3'的方向性,从而分别定义它们的5'和3'区域。
13.根据第12项所述的寡聚化合物,其第一核苷区的5'区与第二核苷区的3'区直接或间接连接,例如通过互补碱基配对,和/或其中第一核苷区的3'区与第二核苷区的5'区直接或间接连接,其中优选第一核苷区的5'末端核苷与第二核苷区的3'末端核苷碱基配对;或者第一核苷区的5'区与第二核苷区的3'区直接或间接相连,例如通过互补碱基配对,其中优选第一核苷区的5'末端核苷与第二核苷区的3'末端核苷碱基配对。
14.根据第12或第13项所述的寡聚化合物,其第一核苷区的3'区直接或间接连接到第二核苷区的5'区,其中优选第一核苷区直接共价连接到第二核苷区,例如通过磷酸酯、硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯。
15.根据第1至第14项中任一项所述的寡聚化合物,其进一步包含一个或多个配体。
16.根据第15项所述的寡聚化合物,其中一个或多个配体与第二核苷区和/或第一核苷区共轭。
17.根据权利要求12条,第16项所述的寡聚化合物,其一个或多个配体在3'区共轭,优选与第二核苷区和/或第一核苷区的3'端共轭,和/或,与第二核苷区的5'端共轭。
18.根据第15至第17项中任一项所述的寡聚化合物,所述一个或多个配体是任何细胞定向分子,例如结合细胞膜或细胞表面特定靶点的脂质、碳水化合物、适配体、维生素和/或肽。
19.根据第18项所述的寡聚化合物,所述一个或多个配体包括一个或多个碳水化合物。
20.根据第19项所述的寡聚化合物,所述一种或多种碳水化合物可以是单糖、二糖、三糖、四糖、寡糖或多糖。
21.根据第20项所述的寡聚化合物,所述一种或多种碳水化合物包括或由一种或多种己糖分子组成。
22.根据第21项所述的寡聚化合物,所述一个或多个己糖分子是一个或多个半乳糖分子、一个或多个乳糖分子、一个或多个N-乙酰-半乳糖胺分子和/或一个或多个甘露糖分子。
23.根据第22项所述的寡聚化合物,所述一个或多个碳水化合物包括一个或多个N-乙酰基-半乳糖胺分子。
24.根据第23项所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物包含两个或三个N-乙酰基-半乳糖胺分子,优选的为三个。
25.根据第15至24项中任一项所述的寡聚化合物,所述一个或多个配体以线性构型或支链构型连接到寡聚化合物,优选的连接到其第二核苷区。
26.根据第25项所述的寡聚化合物,其所述一个或多个配体以二端构型或三端构型连接到寡聚化合物。
27.根据第1至26项中任一项所述的寡聚化合物,其中所述化合物由连接核苷的第一区域和连接核苷的第二区域组成。
每个所述区域可构成单独的链,从而产生双链RNA(dsRNA)。特别优选的dsRNA是第一链长度为19个核苷酸,第二区域长度为14或15个核苷酸(最好是14个核苷酸)的dsRNA。当用于定义区域或链的长度时,术语"核苷"和"核苷酸"(有时缩写为"nt")可等同使用。
28.根据第12项所述的寡聚化合物,其中寡聚化合物包括由第一核苷区和第二核苷区组成的单链,其中单链二聚,第一核苷区的至少一部分与第二核苷区的至少一部分直接或间接连接,从而形成至少部分互补的双链区。
换句话说,寡聚化合物包括由第一核苷区和第二核苷区组成的单链,其中第一核苷区的至少由一部分与第二核苷区的至少一部分直接或间接连接,从而形成至少部分互补的双链区。
29.根据第28项所述的寡聚化合物,其中第一核苷区的连接核苷数量多于第二核苷区,因此第一核苷区额外数量的连接核苷形成连接第一核苷区和第二核苷区的发夹环。
此类化合物在本文中也称为发夹或mxRNA。
30.根据权利要求12所述,第29项所述的寡聚化合物,其中发夹环存在于第一核苷区的3'区。
31.根据第29或30项所述的寡聚化合物,其发夹环包括4或5个连接的核苷。
优选的是,第一区域的长度为19个核苷,第二区域的长度为14个核苷,发夹环的长度为5个核苷,其中发夹环中的5个核苷是第一区域的5个3'末端核苷。发夹或mxRNA的这种分子结构在本文中也被称为"14-5-14"。
32.根据第28至31项中任一项所述的寡聚化合物,其中单链具有选自SEQ ID Nos:792到803的核碱基序列,优选选自SEQ ID Nos:792、793、796、800和803,最优选选自SEQ IDNos:796和803,特别是SEQ ID NO:803。
33.根据第32项所述的寡聚化合物,其中所述单链选自表3b,特别是选自构建体A28(14-4)mF和A277(12-5),其中A28(14-4)mF尤其有利。
34.根据第1至33项中任一项所述的寡聚化合物,其包含核苷间连接,其中至少一个核苷间连接是修饰的核苷间连接。
具体的修饰核苷间连接是以下实施例的主题。某些修饰的核苷间连接在本领域是已知的,例如,Hu等人,《信号转导与靶向治疗》(2020)5:101。
35.根据第34项所述的寡聚化合物,其所述修饰的核苷间连接是硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯核苷间连接。
36.根据第35项所述的寡聚化合物,其包括1至15个硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯核苷间连接。
37.根据第36项所述的寡聚化合物,其包括7、8、9或10个硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯间核苷连接。
38.根据权利要求12,第35至37项中任一项所述的寡聚化合物,其在第一个核苷区的5'区包括一个或多个硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯间核苷连接。
39.根据第12项所述,第35至38项中任一项所述的寡聚化合物,其在第二核苷区的5'区存在一个或多个硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯核苷间连接。
40.根据第28项和第35至39中任一项所述的寡聚化合物,其发夹环的至少两个、优选的至少三个、更优选的至少四个、更优选的至少五个相邻核苷之间存在硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯核苷间连接,取决于发夹环中存在的核苷数目。
41.根据第40项所述的寡聚化合物,其发夹环中存在每个相邻核苷之间的硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯核苷间连接。
42.根据第1至41项中任一项所述的寡聚化合物,其中至少一个核苷包括修饰糖。
优选的修饰糖是以下实施例的主题。某些修饰糖是本领域已知的,并在例如Hu等人,信号转导和靶向治疗(2020)5:101中进行了描述。
43.根据第42项所述的寡聚化合物,其所述修饰糖选自2'修饰糖、锁核酸(LNA)糖、(S)-限制性乙基双环核酸糖、三环-DNA糖、吗啉基、非锁核酸(UNA)糖和乙二醇核酸(GNA)糖。
44.根据第43项所述的寡聚化合物,其中所述2'修饰糖选自2'-O-甲基修饰糖、2'-O-甲氧基乙基修饰糖、2'-F修饰糖、2'-阿拉伯-氟修饰糖、2'-O-苄基修饰糖和2'-O-甲基-4-吡啶修饰糖。
45.根据第44项所述的寡聚化合物,其中至少一种修饰糖是2'-O-甲基修饰糖。
46.根据第44或45项所述的寡聚化合物,其中至少一种修饰糖是2'-F修饰糖。
47.根据第45或46项所述的寡聚化合物,其中所述糖是核糖。
48.根据第12项和第45至48项中任一项所述的寡聚化合物,其在第一核苷区域的5'区的第一核苷下游的第2位和第14位中任一个位置的核苷的糖,不包含2'-O-甲基修饰。
49.根据第12项所述,第45至48项中任一项所述的寡聚化合物,其中第二核苷区的核苷的糖,具体为第一核苷区的5'区的第一核苷下游的位置9至11的任一位上的糖,特别是序列A277(12-5)和A28(14-4)mF,不包含2'-O-甲基修饰。
50.根据第45至49项中任一项所述的寡聚化合物,其第二核苷区的3'末端位置不含2'-O-甲基修饰。
51.根据第49或第50项所述的寡聚化合物,其在第一核苷区5'区的第一核苷下游2和14位置的核苷的糖含有2'-F修饰。
52.根据第49至51项中任一项所述的寡聚化合物,其中第二核苷区的核苷的糖,具体为第一核苷区的5'区的第一核苷的下游位置9至11的任一位置上的糖,包含2'-F修饰。
53.根据第51或52项所述的寡聚化合物,其第二核苷区的3'末端位置含有2'-F修饰。
54.根据第12项所述,第47至53项中任一项所述的寡聚化合物,其从第一核苷区的5'区开始的奇数和/或偶数核苷中的一个或多个被修饰,其中偶数核苷的修饰通常是与奇数核苷的修饰不同的第二修饰。
55.根据第54项所述的寡聚化合物,其从第二核苷区的3'区开始的奇数核苷中的一个或多个被修饰,该修饰不同于第一核苷区的奇数核苷的修饰。
56.根据第54或55项所述的寡聚化合物,其从第二核苷区的3'区开始的一个或多个偶数核苷被修饰,该修饰不同于第55项的第一核苷区的偶数核苷的修饰。
57.根据第54至56项中任一项所述的寡聚化合物,其第一核苷区的至少一个或多个经修饰的偶数核苷与第一核苷区的至少一个或多个经不同修饰的奇数核苷相邻。
58.根据第54至57项中任一项所述的寡聚化合物,其第二核苷区的至少一个或多个经修饰的偶数核苷与第二核苷区的至少一个或多个经不同修饰的奇数核苷相邻。
59.根据第54至58项中任一项所述的寡聚化合物,其从第一核苷区的5'区开始的一个或多个奇数核苷的糖是2'-O-甲基修饰的糖。
60.根据第54至59项中任一项所述的寡聚化合物,其从第一核苷区的5'区开始的偶数核苷的一个或多个的糖是2'-F修饰的糖。
61.根据第54至60项中任一项所述的寡聚化合物,其从第二核苷区的3'区开始的一个或多个奇数核苷的糖是2'-F修饰的糖。
62.根据第54至61项中任一项所述的寡聚化合物,其从第二核苷区的3'区开始的偶数核苷的一个或多个的糖是2'-O-甲基修饰的糖。
63.根据第42至62项中任一项所述的寡聚化合物,其第一核苷区的多个相邻核苷的糖被共同修饰。
64.根据第42至63项中任一项所述的寡聚化合物,其中第二核苷区的多个相邻核苷的糖被共同修饰。
65.根据第31项所述,第54至64项中任一项所述的寡聚化合物,其中发夹环的多个相邻核苷的糖被共同修饰。
66.根据第63至65项中任一项所述的寡聚化合物,其共同的修饰是2'-F修饰糖。
67.根据第63至65项中任何一项所述的寡聚化合物,其共同修饰是2'-O-甲基修饰糖。
68.根据第67项所述的寡聚化合物,其多个相邻的2'-O-甲基修饰糖存在于第一和/或第二核苷区的至少八个相邻核苷中。
69.根据第67项所述的寡聚化合物,其多个相邻的2'-O-甲基修饰糖存在于发夹环的三个或四个相邻核苷中。
70.根据第29项所述,第42项所述的寡聚化合物,其发夹环包括至少一个具有修饰糖的核苷。
71.根据第70项所述的寡聚化合物,其至少一个核苷与具有不同修饰糖的核苷相邻。
72.根据第71项所述的寡聚化合物,其修饰糖是2'-O-甲基修饰糖,不同修饰糖是2'-F修饰糖。
73.根据第1至72项中任一项所述的寡聚化合物,其包含一个或多个具有未修饰糖分子的核苷。
74.根据第73项所述的寡聚化合物,其未修饰糖存在于第二核苷区的5'区域。
75.根据第29项所述,第73或74项所述的寡聚化合物,其未修饰的糖存在于发夹环中。
76.根据第1至75项中任一项所述的寡聚化合物,其第一核苷区和/或第二核苷区的一个或多个核苷是倒置核苷,并通过其糖的3'碳和相邻核苷的糖的3'碳连接到相邻核苷、和/或,通过其糖的5'碳和相邻核苷的糖的5'碳连接到相邻核苷上。
77.根据第1至76项中任一项所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物具有钝端。
78.根据第1至76项中任一项所述的寡聚化合物,其第一核苷区或第二核苷区具有垂悬。
79.根据前述任一项所述的寡聚化合物,其连接核苷的第一区域选自表1b或表2b,优选的选自表1b中具有第3、5或7项中任一项所定义的核碱基序列。
80.根据前述任一项所述的寡聚化合物,其连接核苷的第二区域选自表1d或表2d,优选的选自表1b中具有如第4、6或8项中任一项所定义的核碱基序列。
81.一种组合物,其包含根据第1至80项中任一项所述的寡聚化合物和生理上可接受的赋形剂。
82.一种药物组合物,其包含根据第1至80项中任一项所述的寡聚化合物。
83.根据第82项所述的药物组合物,其进一步包括药学上可接受的赋形剂、稀释剂、抗氧化剂和/或防腐剂。
84.根据第82项或第83项所述的药物组合物,寡聚化合物是其唯一的药学活性剂。
85.根据第84项所述的药物组合物,该药物组合物将用于对他汀不耐受和/或他汀禁忌症患者或个体进行治疗。
86.根据第82或83项所述的药物组合物,该药物组合物进一步包含一种或多种的药学活性剂。
87.根据第86项所述的药物组合物,进一步的,其中所述的药学活性剂是针对不同于APOC3靶点的另一种寡聚化合物,优选PCSK9;Vascepa;Vupanorsen;他汀类药物,如瑞舒伐他汀和辛伐他汀;贝特类药物,如非诺贝特;和/或降低低密度脂蛋白胆固醇的化合物,如他汀类药物和依折麦布。
88.根据第86或87项所述的药物组合物,其寡聚化合物和其他药学活性剂可以同时或以任何顺序给药。
89.根据第1至80项中任一项所述的寡聚化合物,用于人类或兽类药物或治疗。
90.根据第1至80项中任一项所述的寡聚化合物,用于治疗、改善和/或预防疾病或紊乱。
91.根据第90项所述的化合物,其中所述疾病或紊乱是与APOC3相关的疾病与紊乱,或需要降低APOC3表达水平的疾病与紊乱,所述疾病或紊乱优选的选自血脂异常,包括混合性血脂异常;高胆固醇血症,包括家族性高胆固醇血症;高甘油三酯血症,优选严重的高甘油三酯血症和/或血液中甘油三酯水平超过500毫克/分升的高甘油三酯血症;炎症,包括低级别炎症;动脉粥样硬化;动脉粥样硬化性心血管疾病(ASCVD),包括心肌梗死、中风和外周动脉疾病等主要不良心血管事件(MACE);以及胰腺炎,包括急性胰腺炎。
92.一种治疗疾病或紊乱的方法,包括向需要治疗的个体施用根据第1至80项中任一项所述的寡聚化合物。
93.根据第92项所述的方法,其寡聚化合物经皮下或静脉注射给药。
93.第1至80项中任一项所述的寡聚化合物,在研究中用作基因功能分析工具的用途。
94.第1至80项中任一项所述的寡聚化合物,在用于制造治疗疾病或紊乱的药物时,这些疾病和紊乱优选与上文第91项所述的相同。
寡聚化合物达到的效果由于使用了本文所述的寡聚化合物,可以显著降低特别是在体外或主要由人肝细胞组成的肝组织中的APOC3mRNA水平,如本文公开的实例所示。此外,通过使用本文所述的寡聚物构建体,还可以显著降低血浆中的APCO3蛋白水平,例如在主要由人类肝细胞组成肝脏的小鼠血浆中。特别是,这些效果可持续较长时间,例如在肝脏主要由人类肝细胞组成的小鼠中可持续6周。
此外,通过使用本文所述的寡聚化合物,可以显著降低血清中的甘油三酯水平,特别是对基本上由人类肝细胞组成肝脏的小鼠中,同样可以持续较长时间,如六周。一个出乎意料和令人惊讶的发现是,除了降低血清中的甘油三酯含量,特别是同一只小鼠的血清中的甘油三酯含量,还能同时在较长的时间内(如六周)显著降低血清中的胆固醇含量。
还令人惊讶的是,在某些实施方案中,与具有一系列2'-氟和2'-O-甲基交替修饰的常规shRNA分子相比,通过使用本文所述的寡聚化合物形式的shRNA构建体,在其核糖单位各自的2'位置上的氟取代数目减少,例如共5个氟取代,可以实现上述有益效果。
此外,令人惊讶的是,在某些实施方案中,通过使用如本文所述的寡聚物化合物,尤其是以shRNA构建的形式,可以实现上述效果,这些shRNA构建与传统的shRNA分子相比具有较短的长度,例如29个连接的核苷酸。同样令人惊讶的是,这种构建体的有义链长度约为10个核苷,也能达到同样的效果。
上述效果可以通过使用约10mg/kg体重至30mg/kg体重的剂量来实现,特别是对小鼠而言。
寡聚化合物的结构
下表列出了本文所述寡聚化合物反义链和有义链的核碱基序列,以及修饰的寡聚化合物反义链和有义链的定义(符号包括核碱基序列、糖修饰,当适用时,还包括修饰的磷酸盐)。
所用符号为本领域常用符号,含义如下:
A代表腺嘌呤;
U代表尿嘧啶;
C代表胞嘧啶;
G代表鸟嘌呤。
P代表末端磷酸基团,这是优选的,但并非不可或缺;
m代表基础核苷中糖的2'位置上的甲基修饰;
f代表在基础核苷的糖的2'位置的氟修饰。
r表示未修饰的(2'-OH)核糖核苷;
(ps)或#表示硫代磷酸核苷间连接;
i表示核苷间的反向连接,可以是3'-3'或5'-5';
vp代表乙烯基膦酸酯;
mvp代表乙烯基膦酸甲酯;
3xGalNAc代表三价GalNAc。
有时,为便于阅读,核苷会显示在方括号中,此时它们并不表示结构元素或修饰。
就显示的部分而言,5'-末端磷酸(“P”)的存在是可选的。反之,如果没有显示5'-末端磷酸,那么其存在也是可选的。一般而言,在供给哺乳动物细胞的化合物中,不存在对5'-末端磷酸的特定要求,因为在其缺失的情况下,哺乳动物激酶会添加5'-末端磷酸。
此外,当使用类似“A277(12-5)mF”这样的表示法时,“A277”表示适用于APOC3的RNAi的序列,其中圆括号中的第一个数字,即本例中的12,表示shRNA中双链区域中碱基对的数量,而圆括号中的第二个数字,本例中为5,表示shRNA中发夹环的核苷数量。如果在圆括号中的短横线后没有指定,这意味着发夹环由5个核苷组成。
下面的表1a到1d显示了根据实施例选择的376种构建体的反义链和正义链的碱基序列和糖-磷酸骨架修饰。从这些376构建物中选出了上述公开的30种优选寡聚化合物。表1a中的编号与序列表中相应条目的编号一致。表1c的编号规定如下:序列表中的条目编号=表中的条目编号+400。
表1a:376个示例构建体的反义链的核碱基序列:
表1b:376个示例构建体的反义链的核碱基序列和糖-磷酸骨架修饰:
表1c:376个示例构建体的正义链的核碱基序列:
表1d:376个示例构建体的正义链的核碱基序列和糖磷酸骨架修饰:
表2a到2d显示了另外15个示例构建肽的反义链和正义链的核碱基序列和糖-磷酸骨架修饰。对于序列表单中的相应条目,规定如下:表2a中的条目编号+376=序列表单中的条目编号;表2c中的条目编号+776=序列表单中的条目编号。
表2a:15个其他示例构建体的反义链的核碱基序列:
表2b:15个其他示例构建体的反义链的核碱基序列和糖-磷酸骨架修饰:
# 反义链修饰
1 [mU][#][fA][#][mA][#][fC][mU][fC][mA][fG][mA][fG][mA][fA][mC][fU][#][mU][#][fG][#][mU][#][fC][#]rC
2 [mU][#][fU][#][mG][#][fU][mC][fC][mU][fU][mA][fA][mC][fG][mG][fU][#][mG][#][fC][#][mU][#][fC][#]rC
3 [mU][#][fA][#][mA][#][fU][mC][fC][mC][fA][mG][fA][mA][fC][mU][fC][#][mA][#][fG][#][mA][#][fG][#]rA
4 [mU][#][fC][#][mC][#][fU][mU][fG][mG][fC][mG][fG][mU][fC][mU][fU][#][mG][#][fG][#][mU][#][fG][#]rG
5 [mU][#][fC][#][mU][#][fG][mA][fA][mG][fC][mC][fA][mU][fC][mG][fG][#][mU][#][fC][#][mA][#][fC][#]rC
6 [mU][#][fC][#][mA][#][fG][mA][fG][mA][fA][mC][fU][mU][fG][mU][fC][#][mC][#][fU][#][mU][#][fA][#]rA
7 [mU][#][fA][#][mC][#][fU][mC][fA][mG][fA][mG][fA][mA][fC][mU][fU][#][mG][#][fU][#][mC][#][fC][#]rU
8 [mU][#][fG][#][mA][#][fA][mC][fU][mC][fA][mG][fA][mG][fA][mA][fC][#][mU][#][fU][#][mG][#][fU][#]rC
9 [mU][#][fA][#][mC][#][fU][mU][fG][mU][fC][mC][fU][mU][fA][mA][fC][#][mG][#][fG][#][mU][#][fG][#]rC
10 [mU][#][fC][#][mU][#][fC][mA][fG][mA][fG][mA][fA][mC][fU][mU][fG][#][mU][#][fC][#][mC][#][fU][#]rU
11 [mU][#][fU][#][mU][#][fG][mU][fC][mC][fU][mU][fA][mA][fC][mG][fG][#][mU][#][fG][#][mC][#][fU][#]rC
12 [mU][#][fU][#][mC][#][fC][mU][fU][mG][fG][mC][fG][mG][fU][mC][fU][#][mU][#][fG][#][mG][#][fU][#]rG
13 [mU][#][fG][#][mC][#][fU][mC][fC][mA][fG][mU][fA][mG][fU][mC][fU][#][mU][#][fU][#][mC][#][fA][#]rG
14 [mU][#][fC][#][mA][#][fU][mC][fC][mU][fC][mG][fG][mC][fC][mU][fC][#][mU][#][fG][#][mA][#][fA][#]rG
15 [mU][#][fU][#][mG][#][fG][mU][fG][mG][fC][mG][fU][mG][fC][mU][fU][#][mC][#][fA][#][mU][#][fG][#]rU
表2c:15个其他示例构建肽的正义链的核碱基序列:
# 未修饰的正义链
1 AGUUCUCUGAGUUA
2 ACCGUUAAGGACAA
3 GAGUUCUGGGAUUA
4 AAGACCGCCAAGGA
5 CCGAUGGCUUCAGA
6 GACAAGUUCUCUGA
7 AAGUUCUCUGAGUA
8 GUUCUCUGAGUUCA
9 GUUAAGGACAAGUA
10 CAAGUUCUCUGAGA
11 CCGUUAAGGACAAA
12 AGACCGCCAAGGAA
13 AGACUACUGGAGCA
14 GAGGCCGAGGAUGA
15 AAGCACGCCACCAA
表2d:15个其他示例构建体的正义链的核碱基序列和糖-磷酸骨架修饰:
表3a和3b显示了另外12个示例构建体的核碱基序列和糖-磷酸骨架修饰。
表3a:12个其他示例构建体的链的核碱基序列:
# 未修饰链
A277(15) uuggauaggc agguggacuc accugccuau ccaa
A28(15) ucaacaagga guacccgggg guacuccuug uuga
A277(14) uuggauaggc agguggacua ccugccuauc caa
A28(14) ucaacaagga guacccgggg uacuccuugu uga
A277(12-5) uuggauaggc agguggacug ccuauccaa
A277(13-4) uuggauaggc agguggacuu gccuauccaa
A28(14-4) ucaacaagga guacccgggu acuccuuguu ga
A277(14)mF uuggauaggc agguggacua ccugccuauc caa
A28(14)mF ucaacaagga guacccgggg uacuccuugu uga
A277(12-5)mF uuggauaggc agguggacug ccuauccaa
A277(13-4)mF uuggauaggc agguggacuu gccuauccaa
A28(14-4)mF ucaacaagga guacccgggu acuccuuguu ga
表3b:12个其他示例构建体的链的核碱基序列和糖-磷酸骨架修饰:
还应注意,本文所描述的组合物和方法的范围涵盖了与上述表中的序列相对应的序列,其中反义(引导)链(本发明项中定义的第一区域)的5'核苷可以包括RNA分子中可能存在的任何核碱基,也就是腺嘌呤(A)、尿嘧啶(U)、鸟嘌呤(G)或胞嘧啶(C)中的任意一种。此外,所述组合物和方法的范围涵盖了与表1a或表1b中的序列相对应的序列,其中有义(客体)链(本发明项中定义大的第二区域)的3'核苷可以包括RNA分子中可能存在的任何核苷,也就是腺嘌呤(A)、尿嘧啶(U)、鸟嘌呤(G)或胞嘧啶(C)中的任意一种,但最好是与反义(引导)链(本发明项中定义的第一区域)的5'核苷互补的核苷。
虽然所述方法需要按照特定顺序执行的一系列步骤,但应意识到该方法并不受顺序的限制。例如,一些步骤可能以与不同于本发明描述的顺序进行。此外,某个步骤可能与另一个步骤同时发生。此外,在某些情况下,并不需要完成所有的步骤来实现本文所描述的方法。
所述方法的步骤顺序是示例性的,但可以以任何适当的顺序进行,或在适当的情况下同时进行。此外,在不脱离本文所述主题的范围的情况下,可以添加或替代步骤,或从任何方法中删除单独的步骤。上述任何示例的方面都可以与上述任何其他示例的方面结合,以形成其他的示例。
将理解,上述对优选实施例的描述仅为示例,各种修饰可以由熟练的技术人员进行。上述描述包括一种或多种实施例的示例。当然,本文表述的对上述化合物、组合物或方法的每种可能修饰和变化都无法详尽描述,但在专业领域内,技术人员有可能识别到许多其他的修饰和各种方面的排列组合。因此,上述所描述的方面旨在包括所有在附加权利要求范围内的这些改变、修饰和变化。
实施例
以下示例说明了本发明披露的某些实施方式,但并不具有限制性。此外,在提供具体实施例的情况下,可以考虑这些具体实施例中的通用性。例如,对具有具体基序或修饰模式的寡核苷酸的公开,为具有相同或相似基序或修饰模式的其他寡核苷酸提供了合理的支持。
本文所公开的RNAi构建体的合成,使用了本领域技术人员已知的合成方法,例如在
https://en.wikipedia.org/wiki/Oligonucleotide_synthesis{于2022年2月16日检索}中公开的合成方法,该网站上公开的方法通过引用的方式并入本文。与该参考文献中公开的合成方法唯一的区别在于,在第一次合成步骤中使用了固定在载体上的GalNac磷酸酰胺。
实施例1:
材料和方法
细胞培养:
HepG2(ATCC cat.85011430)细胞在EMEM培养基中每两周传代,培养,培养基包括10%FBS、20mML-谷氨酰胺、10mM HEPES pH7.2、1mM丙酮酸钠、1x MEM非必需氨基酸和1xPen/Strep(EMEM完全培养基)。
APOC3靶标识别和双链体准备:
通过对人类APOC3mRNA序列进行生物信息学分析,该序列如RefSeq序列ID NM_000040中所示,其中特别考虑了本文所述的构建体应靶向APOC3mRNA,而不考虑剪接变体和异构体。选择376个靶标作为不对称双链体(14核苷酸正义链、19核苷酸反义链)进行合成。将化合物溶解在分子生物学级水中至50uM,在95℃下加热5分钟退火,然后逐渐冷却至室温。
APOC3-初筛:
在转染当天,用胰酶消化法收集HepG2细胞通,并计数,并以每孔10,000个细胞的密度将其接种到96孔组织培养板,每孔含有50uL的20%FBS的EMEM完全培养基。细胞静置4小时,通过
RNAiMax(ThermoFisher)转染2pmols的APOC3双链,每组重复3次。简而言之,将8pmoles的双链体稀释在100uL OptiMEM中,并与0.8uLRNAiMax在100uLOptiMEM中轻轻混合,形成200uL的总复合物。将50uL RNAiMax复合物的分别添加到HepG2细胞的每组相应的三重复孔中,最终混合物中双链的浓度为20nM,体积为100uL,其中EMEM/OptiMEM为50/50,FBS为10%。
转染72小时后,收集细胞,并根据制造商的说明书,使用PureLink Pro 96总RNA纯化试剂盒(ThermoFisher,12173011A)提取分离RNA。使用Luna Universal Probe One-StepRT-qPCR试剂盒(NEB,E3006),通过TaqmanqPCR对收集的总RNA进行APOC3表达的检测。对每个样品进行了两次独立的qPCR分析,使用两个独立的APOC3-Taqman探针组与一个共同的GAPDH VIC探针(ThermoFisher,4326317E)复用。使用Applied Biosystems QuantStudio 3实时PCR系统进行热循环和数据采集。根据初步筛选的结果,选择了77个寡聚化合物的子集,这些化合物在使用任一探针进行评估时至少表现出70%的靶标敲除。这77个化合物由上述的第3和第4项(条款)定义。
APOC3-二筛:
根据初筛的数据,测试了表现最佳的30个APOC3双链RNA的剂量曲线。与之前相同,通过胰蛋白酶消化收集HepG2细胞,并以每孔10,000个细胞接种到96孔组织培养板中,每孔添加50uL含有10%FBS的EMEM完全培养基,静置4小时。通过轻轻混合每个双链的36pmoles和180uLOptiMEM中的2.16uLRNAiMax来形成转染复合物,使总复合物达到360uL。然后使用基础OptiMEM进行两倍的梯度稀释。将每个稀释液的50uL添加到HepG2细胞的各个三个重复的孔中,使最终稀释梯度为50nM到0.32nM,体积为100uL,EMEM/OptiMEM比例为50/50,含10%FBS。
转染72小时后,收集细胞,并根据制造商的说明书,使用PureLink Pro96总RNA纯化试剂盒(ThermoFisher,12173011A)分离RNA。使用Luna Universal Probe One-StepRT-qPCR试剂盒(NEB,E3006),通过TaqmanqPCR对收集的总RNA进行APOC3表达的检测。使用APOC3Taqman探针组与通用GAPDHVIC探针(ThermoFisher,4326317E)复用,对每个样本进行一次qPCR检测。使用Applied Biosystems QuantStudio 3实时PCR系统进行热循环和数据采集。
实施例2:
结果
下表4显示了实施例中的30个构建体的IC50值(以nM为单位)。
序列ID 最高浓度的k/d% IC50
AP277 93.44 3.29
AP337 93.10 4.10
AP028 90.64 4.53
AP343 93.10 4.70
AP369 90.15 4.86
AP366 95.63 5.56
AP274 89.43 5.89
AP367 88.85 5.99
AP336 92.76 6.13
AP332 90.23 6.35
AP293 84.99 6.44
AP373 89.76 6.46
AP280 78.85 6.71
AP221 92.66 6.84
AP334 90.35 6.85
AP286 83.77 6.89
AP149 90.36 7.77
AP193 91.30 7.83
AP328 87.02 7.85
AP175 94.58 8.28
AP262 84.65 8.72
AP254 90.79 9.11
AP185 88.83 9.20
AP328 88.99 9.44
AP271 78.49 9.49
AP137 86.09 9.79
AP225 81.11 10.74
AP167 84.77 11.13
AP297 84.99 13.28
AP191 84.23 14.27
IC50值在个位数到两位数纳摩尔范围内,表明本文所述的许多构建体具有出色的性能。
实施例3
材料和方法
细胞培养
将人原代肝细胞(5个供体池-Sekisui XenoTech,HPCH05+)在实验前解冻,并在1x完全Williams培养基(Gibco,A1217601)中培养,同时添加肝细胞增殖补充剂(Gibco,CM3000)。为保证化合物的稳定性,FBS浓度根据生产配方调整为最终2.5%(而不是5%)。
1x完全WEM:2.5%FBS,1μM地塞米松,青霉素/链霉素(100U/mL/100μg/mL),4μg/ml人胰岛素,2mM GlutaMAX,15mMHEPES,pH7.4)。
将肝细胞培养在含有胶原I(大鼠尾巴)涂层的96孔组织培养板(Gibco,A1142803)上。
APOC3化合物制备:
将化合物溶解在10mg/mL的PBS中,在95℃下加热5分钟退火,然后在冰上快速冷却。
APOC3复合物转染:
转染当天,将原代人类肝细胞在45ml人类OptiThaw(SekisuiXenotech,K8000)中解冻,并以200g离心5分钟。将细胞重悬于2xWEM完全培养基中并计数。然后,将细胞培养在含1型大鼠尾巴Collagen的96孔板中,细胞浓度为每孔25,000个细胞,且每孔含50uL的2x完全WEM,并在转染前静置四小时使细胞附着在96孔底板上。
化合物在基础WEM中进一步稀释至2uM。在基础WEM中从2uM到0.000128uM进行了七步稀释,共五倍稀释梯度。在100uL1x完全WEM中,将50uL的每种稀释液添加到相应的三份接种的肝细胞中,最终稀释系列为1uM至0.000064uM。
转染后72小时,收集细胞并使用PureLink Pro96全RNA纯化试剂盒(ThermoFisher,12173011A)按照制造商的说明书进行RNA提取。使用Luna UniversalProbe RT-qPCR试剂盒(NEB,E3006)对提取的RNA进行APOC3表达的检测。对每个样本使用一个APOC3Taqman探针组(Hs00906501_g1-FAM)与一个通用GAPDHVIC探针(ThermoFisher,4326317E)进行一次qPCR检测。使用Applied Biosystems QuantStudio 3/5实时PCR系统进行热循环和数据采集。
表5:用作阳性对照的构建物
注:vP=乙烯基膦酸盐;iN=2'OH倒置
结果
从图1a可以看出,A28和A277结构的几种变体都表现出了极好的活性。
从图1b可以看出,所有分子都具有极佳的活性。
实施例4
研究方案
以下题为“雄性人类肝脏uPA-SCID小鼠非GLP候选筛选研究的mxRNA引导物”的研究方案,该方案是在动物实验和研究完成之前起草的,因此使用了将来时态。然而,由于上述研究已经全部完成,在以下对研究方案的描述中,每次使用"将来时"都应被视为"过去时"。
研究目的
这项非GLP研究的目的是使用人肝uPA-SCID小鼠模型评估两种选定的mxRNA先导物对靶向APOC3的候选GalNAc siRNA构建体的剂量和持续时间反应效果。化合物经皮下注射后,小鼠存活14天和42天。
解剖前,收集血浆和血清。解剖时,每只动物3个肝脏活检组织(2mm)分别保存在装有RNAlater的小瓶中,速冻并在-80℃下储存。再取3个肝脏活检组织(2毫米),在同一小瓶中速冻,并在-80℃下储存。
合规性
这项非GLP研究将不按照美国食品和药物管理局的良好实验室规范(GLP)法规(21CFR第58部分)进行。
动物福利合规性
以下描述和执行的程序将按照《美国农业部动植物检疫局实验动物护理和使用指南》、《动物福利法》和/或《标准操作程序》执行。
本实验方案已经过实验设施IACUC委员会的审查和批准。
研究日程表
适应/检疫结束日期:≥5天
基线程序日期: 无基线程序,程序开始日期为第0天,暂定:12月等待测试材料。
解剖开始: 治疗后第14天和第42天。
生命周期研究结束: 治疗后第6周
初步报告: 赞助方无要求,仅提供数据
最终报告发布: 不需要
实验系统信息
动物实验
通用名称:小鼠
品种/类别:啮齿动物-人类肝脏-uPA-SCID小鼠
动物数量(按性别):36只雄性,均为幼年期
年龄范围:14-19周
体重范围:约20克
本研究中使用的小鼠是人肝-uPA-SCID小鼠。每只老鼠的肝细胞中约有80%被人类肝细胞替代。技术人员如何制造这样的老鼠;其中至少有一些方法在P.Meuleman和G.Leroux-Roels在Antiviral Res.2008年,12月;80(3):231-8中进行了说明和引用,该文献全文以引用的方式并入本文。
适应期:
持续时间:
所有动物放归前经过至少五天的适应期,期间由主治兽医评估动物的整体健康状况。未被放归的动物接受相应的治疗,并在放归前接受进一步的评估。适应期的所有记录都将保留在研究档案中。
动物识别方法和地点:
将为动物按顺序编号。将在动物耳朵上打孔,以永久识别每只动物。这种方法包括在麻醉状态下在耳廓上打孔或刻痕。或者,也可以在动物尾巴上纹身。每个动物笼子上还将贴上笼卡,标明动物编号、性别、供应商、品系、研究负责人和研究编号。
研究设计
设计细节
本研究只有一种小鼠,即36只人类肝脏-uPA-SCID小鼠。动物将按治疗类型、剂量和存活期分组。每只动物将通过皮下注射实验材料进行治疗。1A组和1B组将有四只动物接受PBS的对照剂量。2A、2B、2C、3A、3B和3C组将接受一个剂量(10或30mg/kg),每个剂量四只动物。所有动物将存活14或42天。详见下表6。
表6:研究表
在解剖之前,动物将被深度麻醉,并通过腔静脉进行一次末梢采血。每只动物要收集尽可能多的血液,最少为1.2mL,将平均分配到血清和血浆分离管中。分离后(见第14.10节),血清将平均分为两个独立的小瓶,血浆也将分为两个独立的小瓶(见下面的示例)。
·1.2mL血液=0.6mL血清和0.6mL血浆分离管
·血清(分离后0.3mL)=0.15mLx2瓶
·血浆(分离后0.3mL)=0.15mLx2瓶。
上述血清和血浆样本将贴上标签,速冻并在-80℃下储存。
超过最小1.2mL体积的额外血液将放入血清分离管中,经处理后,将血清转移到标记的小瓶中,以4℃冷藏进行啮齿动物的脂质分析。
注:血清和血浆将用于测量蛋白质,应注意避免溶血或血凝块的形成。
在解剖时,将从左、中和右肝叶各取三个为2mm的活检切片,放入不同的小瓶中,在RNAlater中浸泡15分钟,速冻并在-80℃下储存。从左、中和右肝叶再取三个2mm的活检切片,放入一个小瓶中,速冻并在-80℃下储存。其余的肝脏将被速冻并存放在10mL锥形管中,存放在-80℃。
研究设计的改变
随着研究的进展,可能会对本方案进行修改。对于可能对研究或研究对象的安全产生负面影响的方案的变更,需要获得IACUC批准。
动物纳入和排除标准
任何在兽医预检中被认为不健康的动物都将被排除在研究之外,如果有备用动物,则用备用动物代替。对于治疗后发现死亡或奄奄一息的存活动物,如果有备用动物,可以通过研究方案修正进行更换。
动物处置
研究结束时,动物将被安乐死。
给药途径
皮下注射。注射剂量为200uL。
结果
图3突出显示了,在第14天时,与对照组动物相比,不同mxRNA构建体处理的动物的肝脏组织中APOC3mRNA以及血浆中APOC3蛋白水平百分比减少的剂量-响应效应。
此外,以下是关于图3的附加说明:
A28(14-4)mF-10=A28(14-4)mF 10mg/kg剂量组
A28(14-4)mF-30=A28(14-4)mF 30mg/kg剂量组
A277(12-5)-10=A277(12-5)10mg/kg剂量组
A277(12-5)-30=A277(12-5)30mg/kg剂量组
图4突出显示了,在第14天,与对照组动物相比,不同APOC-3靶向mxRNA构建体处理的动物中,血清中甘油三酯和总胆固醇平均百分比减少的剂量-响应效应。
图5a和5b突出显示了,在第14天(第2周)和第6周,与对照组动物相比,不同APOC3靶向mxRNA(10mg/kg)构建体治疗的动物肝组织中APOC3 mRNA和血浆中APOC3蛋白水平的平均百分比减少的持续效应。此外,需要注意的是,在这些图中,A277(12-5)组的一个异常值已被排除。
图6a和6b突出显示了在第14天(第2周)和第6周,与对照组动物相比,不同APOC3靶向mxRNA(10mg/kg)构建体治疗的动物时,血清中甘油三酯(TGs)和总胆固醇(TC)平均降低百分比的持续效应。从这些图中可以看出,A277(12-5)组的一个异常值已被排除。
结果总结
A28(14-4)mF APOC3靶向mxRNA构建体:
·在第2周,与对照组相比,APOC3mRNA的抑制率为88%,在第6周保持在78%。
·在第6周,与对照组相比,血浆APOC3水平降低了90%,并在第6周保持在85%。
·在第2周,与对照组相比,血清甘油三酯水平降低32%,在第6周降低41%。
·在第2周,与对照组相比,血清总胆固醇水平降低43%,在第6周保持在33%。
A277(12-5)APOC3靶向mxRNA构建体:
·在第2周,与对照组相比,APOC3mRNA的抑制率为56%,第6周维持在42%。
·在第6周,与对照组相比,血浆APOC3水平降低83%,在第6周维持在84%。
·在第2周,与对照组相比,血清甘油三酯水平降低了8%,在第6周降低52%。
·在第2周,与对照组相比,血清总胆固醇水平降低了36%,但在第6周失去了这种降低效果。
结论
A28(14-4)mF构建体具有出色的活性,以30mg/kg的剂量服用2周后,98%的目标蛋白被下调。此外,
A28(14-4)mF构建体在剂量为10mg/kg时,在第2周和第6周都能保持极佳的活性(蛋白质下调)。
实施例5
按照实施例4中详细描述的方案,对化合物A28(14-4)mF(也称STP125G)的作用进行了更长时间的观察。这项扩展研究的概况见图7。相应的结果显示在图8a和图8b中(分别为APOC3的mRNA和蛋白敲除),以及图9a和图9b中(甘油三酯和总胆固醇水平)。
有几个方面值得注意:
·单剂量10mg/kg足以在六周内敲除mRNA和蛋白质,研究结束时会慢慢出现反弹。
·不仅甘油三酯(血液中的脂肪水平主要被认为与APOC3有关),而且总胆固醇也受到抑制。
·在评估后一项发现时,必须考虑到研究所用小鼠的特性。图10显示,人源化肝脏中估计有20%到25%的细胞仍然是鼠(小鼠)细胞。A28A(14-4)mF并不靶向小鼠APOC3。因此,未被沉默的小鼠APOC3会导致观察到的甘油三酯和总胆固醇水平升高。因此,在人类系统中对这两种血脂的下调预计会超过本研究中观察到的结果。

Claims (94)

1.一种能够抑制APOC3表达的寡聚化合物,所述化合物包括至少包含连接核苷的第一区域,该区域至少具有与APOC3基因转录的RNA至少一部分互补的第一核碱基序列,所述第一核碱基序列选自以下序列或其一部分:表1a和2a的序列(SEQ ID NOs:1至391),优选的,所述部分具有至少18个核苷酸的长度。
2.根据权利要求1所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物进一步包括至少包含连接核苷的第二区域,该区域具有至少与第一核碱基序列部分互补对的第二核碱基序列,所述第二核碱基序列选自以下序列或其一部分:表1c和2c的序列(SEQ ID NOs:401至791),优选的,所述部分具有至少8、9、10或11个核苷的长度,更优选至少10个核苷。
3.根据权利要求1或2所述的寡聚化合物,所述第一核碱基序列选自以下序列或其一部分:SEQ ID NOs:175,293,262,297,277,366,337,254,274,286,137,149,280,343,225,221,185,373,121,281,331,367,296,28,345,328,339,278,271,212,223,369,276,332,300,341,334,138,193,340,31,167,275,191,336,90,346,219,283,213,23,24,285,347,370,206,282,342,272,303,220,209,29,89,291,117,372,218,368,148,217,128,338,171,94,324和299。
4.根据权利要求3所述的寡聚化合物,所述第二核碱基序列选自以下序列或其一部分:SEQ ID NOs:575,693,662,697,677,766,737,654,674,686,537,549,680,743,625,621,585,773,521,681,731,767,696,428,745,728,739,678,671,612,623,769,676,732,700,741,734,538,593,740,431,567,675,591,736,490,746,619,683,613,423,424,685,747,770,606,682,742,672,703,620,609,429,489,691,517,772,618,768,548,617,528,738,571,494,724和699。
5.根据权利要求1-4任一项所述的寡聚化合物,所述第一核碱基序列选自以下序列或其一部分:SEQ ID Nos:277,337,28,343,369,366,274,367,336,332,293,373,280,221,334,286,149,193,328,175,262,254,185,328,271,137,225,167,297和191。
6.根据权利要求5所述的寡聚化合物,所述第二核碱基序列选自下列序列或其一部分:SEQ ID Nos:677,737,428,743,769,766,674,767,736,732,693,773,680,621,734,686,549,593,728,575,662,654,585,728,671,537,625,567,697和591。
7.根据权利要求1-6任一项所述的寡聚化合物,所述第一核碱基序列选自以下序列或其一部分:SEQ ID NOs:28、277、336、337、366、367和369。
8.根据权利要求7所述的寡聚化合物,所述第二核碱基序列选自下列序列或其一部分:SEQ ID NOs:428、677、736、737、766、767和769。
9.根据权利要求1-8任一项所述的寡聚化合物,所述连接核苷的第一区域基本上由18至35个,优选的18至20个,更优选的18或19个,更优选的19个连接核苷组成。
10.根据权利要求2-9任一项所述的寡聚化合物,所述连接核苷的第二区域基本上由10至35个,优选的10至20个,更优选的10至16个,更优选的10至15个连接核苷组成。
11.The oligomeric compound according to any of claims 2 to 10,whichcomprises at least one complementary duplex region that comprises at least aportion of said first nucleoside region directly or indirectly linked to atleast a portion of said second nucleoside region,wherein optionally saidduplex region has a length of 10 to 19,12 to 19,12 to 15 base pairs,or 14base pairs,wherein optionally there is one mismatch within said duplexregion.
根据权利要求2-10任一项所述的寡聚化合物,所述化合物包括至少一个互补双链区,所述双链区包括与第二核苷区的至少一部分直接或间接连接的第一核苷区的至少一部分,其中优选双链区的长度为10至19个碱基对,更优选的10至19个碱基对,更优选的12至15个碱基对,12-15个碱基对,或14个碱基对,其中优选双链区内有一个错配。
12.根据权利要求11所述的寡聚化合物,每个所述第一核苷区和第二核苷区中都具有5'到3'的方向性,从而分别定义它们的5'和3'区域。
13.根据权利要求12所述的寡聚化合物,其第一核苷区的5'区与第二核苷区的3'区直接或间接相连,例如通过互补碱基配对,其中优选第一核苷区的5'末端核苷与第二核苷区的3'末端核苷碱基配对。
14.根据权利要求12或13所述的寡聚化合物,其第一核苷区的3'区直接或间接连接到第二核苷区的5'区,其中优选第一核苷区直接共价连接到第二核苷区,例如通过磷酸酯、硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯。
15.根据权利要求1-14任一项所述的寡聚化合物,其进一步包含一个或多个配体。
16.根据权利要求15所述的寡聚化合物,其中一个或多个配体与第二核苷区和/或第一核苷区共轭。
17.根据权利要求12和16所述的寡聚化合物,其一个或多个配体在3'区共轭,优选与第二核苷区和/或第一核苷区的3'端共轭,和/或,与第二核苷区的5'端共轭。
18.根据权利要求15-17任一项所述的寡聚化合物,所述一个或多个配体是任何细胞定向分子,如结合细胞膜或细胞表面特定靶点的脂质、碳水化合物、适配体、维生素和/或肽。
19.根据权利要求18所述的寡聚化合物,所述一个或多个配体包括一个或多个碳水化合物。
20.根据权利要求19所述的寡聚化合物,所述一种或多种碳水化合物可以是单糖、二糖、三糖、四糖、寡糖或多糖。
21.根据权利要求20所述的寡聚化合物,所述一种或多种碳水化合物包括或由一种或多种己糖分子组成。
22.根据权利要求21所述的寡聚化合物,所述一个或多个己糖分子是一个或多个半乳糖分子、一个或多个乳糖分子、一个或多个N-乙酰-半乳糖胺分子和/或一个或多个甘露糖分子。
23.根据权利要求22所述的寡聚化合物,所述一个或多个碳水化合物包括一个或多个N-乙酰基-半乳糖胺分子。
24.根据权利要求23所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物包含两个或三个N-乙酰基-半乳糖胺分子,优选的为三个。
25.根据权利要求15-24任一项所述的寡聚化合物,所述一个或多个配体以线性构型或支链构型连接到寡聚化合物,优选的连接到其第二核苷区。
26.根据权利要求25所述的寡聚化合物,其所述一个或多个配体以二端构型或三端构型连接到寡聚化合物。
27.根据权利要求1-26任一项所述的寡聚化合物,其中所述化合物由连接核苷的第一区域和连接核苷的第二区域组成。
28.根据权利要求11所述的寡聚化合物,其中寡聚化合物包括由第一核苷区和第二核苷区组成的单链,第一核苷区的至少一部分与第二核苷区的至少一部分直接或间接连接,从而形成至少部分互补的双链区。
29.根据权利要求28所述的寡聚化合物,其中第一核苷区的连接核苷数量多于第二核苷区,因此第一核苷区额外数量的连接核苷形成连接第一核苷区和第二核苷区的发夹环。
30.根据权利要求12和29所述的寡聚化合物,其中发夹环存在于第一核苷区的3'区。
31.根据权利要求29或30所述的寡聚化合物,其发夹环包括4或5个连接的核苷。
32.根据权利要求28-31任一项所述的寡聚化合物,其中单链具有选自SEQ ID NOs:792至803,SEQ ID NOs:792、793、796、800和803,优选SEQ ID NOs:796和803,或SEQ ID
NO:803。
33.根据权利要求32所述的寡聚化合物,其中所述单链选自表3b,可选为构建体A28(14-4)mF或A277(12-5)。
34.根据权利要求1-33任一项所述的寡聚化合物,其包含核苷间连接,其中至少一个核苷间连接是修饰的核苷间连接。
35.根据权利要求34所述的寡聚化合物,其所述修饰的核苷间连接是硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯核苷间连接。
36.根据权利要求35所述的寡聚化合物,其包括1至15个硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯核苷间连接。
37.根据权利要求36所述的寡聚化合物,其包括7、8、9或10个硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯间核苷连接。
38.根据权利要求12和权利要求35-37任一项所述的寡聚化合物,其在第一个核苷区的5'区包括一个或多个硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯间核苷连接。
39.根据权利要求12和权利要求35-38任一项所述的寡聚化合物,其在第二核苷区的5'区存在一个或多个硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯核苷间连接。
40.根据权利要求29和权利要求35-39任一项所述的寡聚化合物,其发夹环的至少两个、优选的至少三个、更优选的至少四个、更优选的至少五个相邻核苷之间存在硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯核苷间连接,取决于发夹环中存在的核苷数目。
41.根据权利要求40所述的寡聚化合物,其发夹环中存在每个相邻核苷之间的硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯核苷间连接。
42.根据权利要求1-41任一项所述的寡聚化合物,其中至少一个核苷包括修饰糖。
43.根据权利要求42所述的寡聚化合物,所述修饰糖选自2'修饰糖、锁核酸(LNA)糖、(S)-限制性乙基双环核酸糖、三环-DNA糖、吗啉基、非锁核酸(UNA)糖和乙二醇核酸(GNA)糖。
44.根据权利要求42所述的寡聚化合物,其中所述2'修饰糖选自2'-O-甲基修饰糖、2'-O-甲氧基乙基修饰糖、2'-F修饰糖、2'-阿拉伯-氟修饰糖、2'-O-苄基修饰糖和2'-O-甲基-4-吡啶修饰糖。
45.根据权利要求44所述的寡聚化合物,其中至少一种修饰糖是2'-O-甲基修饰糖。
46.根据权利要求44或45所述的寡聚化合物,其中至少一种修饰糖是2'-F修饰糖。
47.根据权利要求45或46所述的寡聚化合物,所述糖是核糖。
48.根据权利要求12和权利要求45-47任一项所述的寡聚化合物,其在第一核苷区域的5'区的第一核苷下游的第2位和第14位中任一个位置的核苷的糖,不包含2'-O-甲基修饰。
49.根据权利要求12和权利要求45-48任一项所述的寡聚化合物,其中第二核苷区的核苷的糖,具体为第一核苷区的5'区的第一核苷下游的位置9至11的任一位上的糖,特别是序列A277(12-5)和A28(14-4)mF,不包含2'-O-甲基修饰。
50.根据权利要求49所述的寡聚化合物,其在第一核苷区5'区的第一核苷下游第2和第14位置的核苷的糖含有2'-F修饰。
51.根据权利要求49-51任一项所述的寡聚化合物,其中第二核苷区的核苷的糖在位置上对应于第一核苷区的5'区的第一核苷的下游第9至11位的1、2或任何核苷,含有2'-F修饰。
52.根据权利要求50或51所述的寡聚化合物,其第二核苷区的3'末端位置含有2'-F修饰。
53.根据权利要求12和权利要求47-52任一项所述的寡聚化合物,其从第一核苷区的5'区开始的奇数和/或偶数核苷中的一个或多个被修饰,其中偶数核苷的修饰通常是与奇数核苷的修饰不同的第二修饰。
54.根据权利要求53所述的寡聚化合物,其从第二核苷区的3'区开始的奇数核苷中的一个或多个被修饰,该修饰不同于第一核苷区的奇数核苷的修饰。
55.根据权利要求53或54所述的寡聚化合物,其从第二核苷区的3'区开始的一个或多个偶数核苷被修饰,该修饰不同于权利要求54的第一核苷区的偶数核苷的修饰。
56.根据权利要求53-55任一项所述的寡聚化合物,其第一核苷区的至少一个或多个经修饰的偶数核苷与第一核苷区的至少一个或多个经不同修饰的奇数核苷相邻。
57.根据权利要求53-56任一项所述的寡聚化合物,其第二核苷区的至少一个或多个经修饰的偶数核苷与第二核苷区的至少一个或多个经不同修饰的奇数核苷相邻。
58.根据权利要求53-57任一项所述的寡聚化合物,其从第一核苷区的5'区开始的一个或多个奇数核苷的糖是2'-O-甲基修饰的糖。
59.根据权利要求53-58任一项所述的寡聚化合物,其从第一核苷区的5'区开始的偶数核苷的一个或多个的糖是2'-F修饰的糖。
60.根据权利要求53-60任一项所述的寡聚化合物,其从第二核苷区的3'区开始的一个或多个奇数核苷的糖是2'-F修饰的糖。
61.据权利要求53-61任一项所述的寡聚化合物,其从第二核苷区的3'区开始的偶数核苷的一个或多个的糖是2'-O-甲基修饰的糖。
62.根据权利要求42-61任一项所述的寡聚化合物,其第一核苷区的多个相邻核苷的糖被共同修饰。
63.根据权利要求42-62任一项所述的寡聚化合物,其中第二核苷区的多个相邻核苷的糖被共同修饰。
64.根据权利要求29和权利要求53-63项中任一项所述的寡聚化合物,其中发夹环的多个相邻核苷的糖被共同修饰。
65.根据权利要求62-64任一项所述的寡聚化合物,其共同的修饰是2'-F修饰糖。
66.根据权利要求62-64任一项所述的寡聚化合物,其共同修饰是2'-O-甲基修饰糖。
67.根据权利要求66所述的寡聚化合物,其多个相邻的2'-O-甲基修饰糖存在于第一和/或第二核苷区的至少八个相邻核苷中。
68.根据权利要求66所述的寡聚化合物,其多个相邻的2'-O-甲基修饰糖存在于发夹环的三个或四个相邻核苷中。
69.根据权利要求29和权利要求42所述的寡聚化合物,其发夹环包括至少一个具有修饰糖的核苷。
70.根据权利要求69所述的寡聚化合物,其至少一个核苷与具有不同修饰糖的核苷相邻。
71.根据权利要求70所述的寡聚化合物,其修饰糖是2'-O-甲基修饰糖,不同修饰糖是2'-F修饰糖。
72.根据权利要求1-71任一项所述的寡聚化合物,其包含一个或多个具有未修饰糖分子的核苷。
73.根据权利要求72所述的寡聚化合物,其未修饰糖存在于第二核苷区的5'区域。
74.根据权利要求29和权利要求72或73所述的寡聚化合物,其未修饰的糖存在于发夹环中。
75.根据权利要求1-74任一项所述的寡聚化合物,其第一核苷区和/或第二核苷区的一个或多个核苷是倒置核苷,并通过其糖的3'碳和相邻核苷的糖的3'碳连接到相邻核苷、和/或,通过其糖的5'碳和相邻核苷的糖的5'碳连接到相邻核苷上。
76.根据权利要求1-75中任一项所述的寡聚化合物,所述寡聚化合物具有钝端。
77.根据权利要求1-75任一项所述的寡聚化合物,其第一核苷区或第二核苷区具有垂悬。
78.根据前述任一项权利要求所述的寡聚化合物,其连接核苷的第一区域选自表1b或表2b,优选的选自表1b中具有权利要求3、5或7任一项所定义的核碱基序列。
79.根据前述任一项权利要求所述的寡聚化合物,其连接核苷的第二区域选自表1d或表2d,优选的选自表1b中具有如权利要求4、6或8任一项所定义的核碱基序列。
80.一种组合物,其包含根据权利要求1-79任一项所述的寡聚化合物和生理上可接受的赋形剂。
81.一种药物组合物,其包含根据权利要求1-79任一项所述的寡聚化合物。
82.根据权利要求81所述的药物组合物,其进一步包括药学上可接受的赋形剂、稀释剂、抗氧化剂和/或防腐剂。
83.根据权利要求81或82所述的药物组合物,寡聚化合物是其唯一的药学活性剂。
84.根据权利要求83所述的药物组合物,该药物组合物将用于对他汀不耐受和/或他汀禁忌症患者或个体进行治疗。
85.根据权利要求81或82所述的药物组合物,该药物组合物进一步包含一种或多种的药学活性剂。
86.根据权利要求85所述的药物组合物,进一步的,其中所述的药学活性剂是针对不同于APOC3靶点的另一种寡聚化合物,优选PCSK9;Vascepa;Vupanorsen;他汀类药物,如瑞舒伐他汀和辛伐他汀;贝特类药物,如非诺贝特;和/或降低低密度脂蛋白胆固醇的化合物,如他汀类药物和依折麦布。
87.根据权利要求85或86所述的药物组合物,其寡聚化合物和其他药学活性剂可以同时或以任何顺序给药。
88.根据权利要求1-79任一项所述的寡聚化合物,用于人类或兽类药物或治疗。
89.根据权利要求1-79任一项所述的寡聚化合物,用于治疗、改善和/或预防疾病或紊乱。
90.根据权利要求89所述的化合物,其中所述疾病或紊乱是与APOC3相关的疾病与紊乱,或需要降低APOC3表达水平的疾病与紊乱,所述疾病或紊乱优选的选自血脂异常,包括混合性血脂异常;高胆固醇血症,包括家族性高胆固醇血症;高甘油三酯血症,优选严重的高甘油三酯血症和/或血液中甘油三酯水平超过500毫克/分升的高甘油三酯血症;炎症,包括低级别炎症;动脉粥样硬化;动脉粥样硬化性心血管疾病(ASCVD),包括心肌梗死、中风和外周动脉疾病等主要不良心血管事件(MACE);以及胰腺炎,包括急性胰腺炎。
91.一种治疗疾病或紊乱的方法,包括向需要治疗的个体施用根据权利要求1-79任一项所述的寡聚化合物。
92.根据权利要求91所述的方法,其寡聚化合物经皮下或静脉注射给药。
93.权利要求1-79任一项所述的寡聚化合物,在研究中用作基因功能分析工具的用途。
94.权利要求1-79任一项所述的寡聚化合物,在制造治疗疾病或紊乱的药物中的用途。
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