Op 4 maart 2011 maakte Pérez zijn debuut in het eerste elftal van Atlético Nacional, als invaller in de competitiewedstrijd tegen Atlético Junior. In zijn debuutjaar speelde hij 33 competitieduels. In zes seizoenen maakte de middenvelder twee doelpunten in 121 competitieduels voor Atlético Nacional. In augustus 2016 werd hij verkocht aan Boca Juniors, dat 2,5 miljoen euro veil had voor de Colombiaans international. Op 25 september 2016 debuteerde Pérez in de Argentijnse Primera División tegen Quilmes AC.[3]
Op 24 maart 2016 debuteerde Pérez voor Colombia, in een WK-kwalificatiewedstrijd tegen Bolivia. Hij startte in de basiself en werd na 62 minuten vervangen door Edwin Cardona, die in de blessuretijd het winnende doelpunt maakte.[4] Vijf dagen later maakte Pérez zijn eerste interlandtreffer, tegen Ecuador.[5]
Argentinië
· 
· 
·
26 Fernández ·
29 Briasco ·
30 Zeballos ·
31 Pavón ·
32 Almendra ·
33 Varela ·
34 Obando ·
36 Medina ·
37 Sández ·
38 Vázquez ·
Coach: Russo