Den unge Kristian Schjelderup vakte oppsikt som en radikalt kirkekritisk teolog. Fra 1940 stod han for en mer kirkelig kristendom, og 1947 ble han biskop. Fra 1953 ble han på ny kontroversiell og forsøkt marginalisert av konservative krefter i kirken gjennom den såkalte helvetesstriden. Hele livet ønsket han å overbevise seg selv og andre om at det gikk an å være kristen uten å gå på intellektuell akkord. Dette hovedmotivet brakte ham langt inn i både liberal teologi, religionspsykologi, psykoanalyse, fredssak og humanisme.
I slekten var det prester tilbake til reformasjonen. Faren var prest flere steder på Sørlandet, fra 1908 biskop. Schjelderup forklarte en gang i 1920-årene sin opposisjonslyst som et farsopprør. Kanskje sier det mest om at han da var i sin mest psykoanalytiske periode. Han omtalte ellers faren som en kirkelig, men vidsynt mann.
Schjelderup og andre embetssønner i hans generasjon av teologer møtte en religionskritisk vitenskapstro i det akademiske liv. Samtidig måtte de forholde seg til vekkelsesbevegelsenes kombinasjon av bibeltro, puritanisme og sosial oppdrift. Få levde så intenst og offentlig med i sin tids kontroverser som Schjelderup. Han tok examen artium ved Kristiansand katedralskole 1912 samtidig med sin litt yngre bror Harald, som han alltid søkte råd hos. Kristian begynte på medisinstudiet ved universitetet i Kristiania, men gikk snart over til teologi. I studietiden knyttet han seg til professor Johannes Ording, og det var en meget liberal teolog som ble uteksaminert 1918. Våren 1919 var han formann i Studentersamfundet, hvor han fikk vedtatt et forsoningsforslag om at Norge skulle gi avkall på tyske skadeserstatninger. En reise til Tyskland 1915 var med på å gjøre Schjelderup til militærnekter.
Reiser bidrog også ellers til å forme ham. Under studier i Marburg ble han venn av den kjente teologen Rudolf Otto og lot seg inspirere av ham. På kort tid skrev Schjelderup sin doktoravhandling i teologi, Religionens sandhed i lys av den relativitetsteoretiske virkelighedsopfatning, 1921. Der hevdet han at tradisjonell kristendom utfordres av nyere historieforskning, av nyere psykologi og av religionshistoriske paralleller til kristendommen. Arbeidet har sin styrke mer i det kritiske enn i det konstruktive. Schjelderups forsøk på å rydde plass for religionen ved å påpeke at relativitetsteorien rokker ved et mekanisk verdensbilde, er ganske spekulativt. Han disputerte 1923, etter et år i Kina, Japan og India for å studere Østens religioner. Her styrket han troen på at religionene har en felles erfaringskjerne som vitenskapen ikke kan nå, og at dogmer kan stivne til noe religiøst mindreverdig. Hjemme opptrådte han i aviser og foredrag med stoff fra Østen og samlet inntrykkene i en poetisk bok, Der mennesker blir Guder.
Kirkestrid fylte Schjelderups neste år. Han ble formann i Norske Studenters Kristelige Forbund høsten 1923. Da han søkte gjenvalg, foreslo noen studenter professor Hallesby ved Menighetsfakultetet som motkandidat. Schjelderup ble gjenvalgt, men de konservative meldte seg ut og dannet Norges Kristelige Studentlag. Splittelsen eksisterer ennå. Større oppsikt vakte boken Hvem Jesus var og hvad kirken har gjort ham til (1924). Her beskrev Schjelderup hvordan “Jesu religion”, en inderlig og moralsk fromhet, ble til “religionen om Jesus”, en forvansking der Jesus ble Gud. Da han samtidig kritiserte norske liberalteologer for å være feige, hjalp ikke boken ham på det teologiske arbeidsmarked. Da han konfliktlei søkte prestekall på Værøy og Røst 1928, ble han ikke utnevnt, enda han var eneste søker.
På denne tiden skrev Schjelderup noen religionspsykologiske arbeider som fikk hederlig omtale internasjonalt, og oversatte Freud til norsk. Hans folkebevegelse for “frilyndt kristendom” lyktes ikke, landslaget ble nedlagt 1933, etter seks år. Det hadde skjedd et skifte bort fra den liberale teologi. Derimot fikk hans tidsskrift Fritt Ord en viss betydning i 1930-årene. Skuffet over at kirken avviste ham, nærmet han seg en allmenn humanisme. En tid var han tiltrukket av noen tyske teologers forsøk på å lage en religion i samsvar med folkets særpreg, men da de nazistiske linjene i slike prosjekter ble tydelige for ham, advarte han mot nazismen. Fra 1936 tok han sammen med Anders Wyller opp arbeidet for et humanistisk akademi for ungdom. Nansenskolen på Lillehammer åpnet 1939, men ble stengt av tyskerne 1940.
Gradvis hadde Schjelderup åpnet for en ny forståelse av Jesus. Sliten etter krigsutbruddet og en konflikt med Anders Wyller søkte han ro i huset sitt i Ulvøysund nær Lillesand. Med hjelp av ungdomsvennen og legen Einar Lundby fikk han et nytt syn på Kristus som sin frelser. Trolig hadde han også en mystisk Kristus-opplevelse disse augustdagene 1940. Han holdt flere foredrag om at Menneskesønnen er mer enn et menneske. 1942 ble han arrestert og satt på Grini. I leiren fungerte han som prest og sjelesørger og fikk nær kontakt med kristenledere som Ole Hallesby og Ludvig Hope. Misjonslederen Hope gav ham navnet “Grini-bispen”.
Etter krigen var Schjelderup en populær mann i kirken. Da han 1947 ble viet til biskop i Hamar, kjente han det “som var jeg etter en lang reise, i tåke og ad vanskelige veier, endelig kommet hjem igjen”. Men han kunne også uttale seg slik at det skapte uro i kristenfolket. Hans forkynnelse var inderlig, men når han skulle tilrettelegge kristendom teoretisk, brukte han stadig termer fra liberal teologi. Strid ble det for alvor etter Hallesbys såkalte helvetestale i radio vinteren 1953. Da Schjelderup sa at læren om helvetesstraff for ham ikke hørte hjemme i kjærlighetens religion, ble det en tillitskrise som fikk ham til å spørre Kirkedepartementet om han hadde satt seg utenfor kirken. Departementet sa 1954 at han ikke hadde det. Årene etter var preget av kritikk fra konservative kristne, samtidig som Schjelderup fikk mye støtte fra folkekirkens brede lag. En ny runde med samme mønster av kritikk og støtte kom da han 1961 ordinerte den første kvinnelige prest i Norge, Ingrid Bjerkås. Han holdt ellers fast på pasifismen og var aktiv motstander av atomvåpen.
Schjelderup kjøpte hus i Ulvøysund 1935. Unge Nora Isaksen fra en av naboøyene ble hans husholderske. 1955 giftet de seg. Overgangen var sterk fra folkekjær biskop i Hamar til et stillferdig pensjonistliv i Kristiansand. Noen lokale prester nektet ham å preke i deres kirker. Men folkekirkens støtte viste seg blant annet da 6000 mennesker kom til friluftsgudstjeneste i naturparken Ravnedalen 1969.
Kristian Schjelderup ble utnevnt til kommandør av St. Olavs Orden 1964. Han døde 1980 og er gravlagt utenfor Oddernes kirke, bare noen meter fra den prestegården der han bodde noen år som ung og møtte både den kristne tradisjon og utfordringene fra moderniteten.