Anders Hagen hadde en ledende posisjon i norsk arkeologi og kulturminnevern i etterkrigstiden. Han deltok dessuten aktivt i utformingen av naturvernet og var en pådriver der.
Etter examen artium på Hamar 1941 begynte Hagen å studere arkeologi ved Universitetet i Oslo. Etter et studieavbrudd på grunn av krigen ble han mag.art. 1945 og dr.philos. 1954. 1946 ble han ansatt som konservator, senere førstekonservator ved Universitetets Oldsaksamling. 1961 ble han utnevnt til professor i nordisk arkeologi ved Universitetet i Bergen og styrer ved Historisk Museum. Han fratrådte stillingen 1988, men fortsatte som seniorforsker frem til 1991.
1958 tok Hagen initiativ til og organiserte de første arkeologiske undersøkelser i fjellet i forbindelse med vassdragsreguleringer i Sør-Norge. Erfaringene herfra var viktige da han senere tok initiativet til Hardangerviddaprosjektet for tverrvitenskapelig kulturforskning. Prosjektet (1970–75) gikk ut på å dokumentere Hardangerviddas kulturhistorie fra de eldste tider til vår egen tid.
Under Hagens ledelse ble Historisk Museum ved Universitetet i Bergen sterkt utbygd både som undervisningsinstitusjon og museum. Hagen var dessuten aktiv innen universitetspolitikken og var dekanus ved Det historisk-filosofiske fakultet 1977–80.
Hagen utgav en lang rekke arbeider, og hans forskning hadde stor bredde. Tre områder peker seg særlig ut. Det ene er gårdsforskningen, som startet med hans doktorarbeid, Studier i jernalderens gårdssamfunn (1953). Tidligere hadde gårdsforskningen hovedsakelig vært konsentrert om gårdens hus. Hagen var derimot opptatt av gården som driftsenhet. Derfor anså han elementer som åkrer, gjerder og rydningsrøyser som minst like viktige som hus og graver. Senere fulgte han opp temaet gjennom studier av åkerbruk og dyrkingsmetoder. Et annet hovedfelt var bergkunsten, der han utgav flere bøker. Boken om ristningsfeltet på Ausevik i Flora er en spesialstudie der bergbildene blir satt inn i en kulturhistorisk ramme. Det tredje hovedfeltet var oversiktene over Norges oldtid, fra eldre steinalder til yngre jernalder, som ble revidert med jevne mellomrom. Hagens evne til å fremstille kompliserte sammenhenger i en levende og populær form gav ham lesere langt utover den snevre fagkretsen.
Hagen var sentral både i Norges Naturvernforbund og i Statens Naturvernråd, der han var medlem/formann i tidsrommet 1967–77. Hans inntreden på den nasjonale naturvernarena skjedde da han 1963 ble valgt til formann i Norges Naturvernforbund etter reorganiseringen av det tidligere Landsforbundet for naturvern. Forbundet hadde det vanskelig, medlemstallet var beskjedne 800 personer og økonomien elendig. Reorganiseringen betydde en ny giv. Dessuten nådde den såkalte “grønne bølge” frem til Norge. Norges Naturvernforbund økte sterkt. Etter 10 år var medlemstallet over 30 000. Mesteparten av denne tiden, fra 1963 til 1969, var Hagen formann. Norges Naturvernforbund ble disse årene en slagkraftig organisasjon, som opptrådte med stor saklig tyngde. Hagen var særlig opptatt av hvordan man skulle få byråkrater, politikere og det enkelte menneske mer naturbevisste. Ifølge Olav Gjærevoll brakte Anders Hagen en ny dimensjon inn i arbeidet ved at han bedre enn noen annen kunne se vår egen situasjon i et større og lengre perspektiv. Han representerte den historiske økologi.
Hagen hadde således de beste forutsetninger også for sitt arbeid i Statens Kulturminneråd, der han var medlem fra 1979 til 1996. For sin virksomhet innenfor kultur- og naturvern ble han utnevnt til ridder av St. Olavs Orden 1989.
Hagens interesse var de store sammenhenger, og A. W. Brøgger var nok på mange områder et forbilde. Han hadde også en utpreget evne til å gripe den riktige anledning, noe som komm både organisasjoner og Historisk Museum til gode. Ved sitt personlige kjennskap til mange av nestorene innen arkeologi, hadde han også et vell av anekdoter å øse av.