vokEripainoksia saatavissa tekijältä. Yksikön huom.: Kirjasto Aj-kImproving Finnish malt by cross... more vokEripainoksia saatavissa tekijältä. Yksikön huom.: Kirjasto Aj-kImproving Finnish malt by crossing with wild barle
Suomessa merkittävin ohran satoa ja sadon laatua heikentävä kasvitauti on ohranverkkolaikku. Taut... more Suomessa merkittävin ohran satoa ja sadon laatua heikentävä kasvitauti on ohranverkkolaikku. Tautia torjutaan siemenen peittauksella, kasvustojen fungisidikäsittelyillä sekä viljelymenetelmillä, erityisesti maan muokkauksella. Verkkolaikun torjuntakeinoista taudinkestävien lajikkeiden käyttö on selkeästi ympäristöystävällisin sekä kustannustehokkain tapa taudinhallintaan. Lajikkeiden kestävyys pohjautuu perintötekijöiden vaikutukseen; taudinkestävyys muodostuu yhden tai useamman geenin vaikutuksesta. Taudinkestävyysgeenejä on mahdollista löytää ohran geenivaroista, joita säilytetään geenipankeissa. Verkkolaikkutaudin kestävyysgeenejä voidaan tuoda viljeltyihin ohralajikkeisiin esimerkiksi maatiais- tai villiohrasta takaisinristeytysohjelman avulla. Taudinkestävyysjalostuksen haasteena on seuloa tehokkaasti ohran geenivaroista esiin uudet, pitkäkestoisen taudinkestävyyden tuottavat kestävyysgeenit sekä nopeasti saattaa nämä geenit modernin ohralajikkeen perimään. Taudinkestävyysjalostusta voidaan huomattavasti tehostaa käyttämällä genomiikkatyökaluja. MTT:llä on tehty pitkäjänteistä työtä ohran ja ohranverkkolaikkutaudin välisen suhteen ymmärtämiseksi. MTT:llä on mm. kehitetty menetelmät verkkolaikkukestävyyden kasvihuonetestaukseen, haettu geenipankkien materiaaleista uusia resistenssilähteitä verkkolaikkutaudille yhteistyössä Boreal Kasvinjalostuksen kanssa, paikannettu ohran perimästä verkkolaikkukestävyysgeenejä sekä kehitetty geenimerkkejä, joiden avulla kestävyyden takaisinristeyttäminen jalostusohjelmassa tehostuu. Meneillään olevassa tutkimuksessa Terve ja laadukas vilja: Geeneistä ominaisuuksiin pyritään tunnistamaan DNA-tasolla etiopialaisesta maatiaisohrasta peräisin oleva verkkolaikun kestävyysgeeni. Geenin rakenteen tunteminen auttaa ymmärtämään taudinaiheuttajan ja isäntäkasvin vuorovaikutusta syvemmällä tasolla sekä kehittämään DNA-työkaluja, joilla voidaan seuloa geenivaroista esiin kestävyysgeenin eri muotoja eli alleeleita.vo
Introduction Net blotch of barley (Hordeum vulgare L.), caused by the fungal phytopathogen Pyreno... more Introduction Net blotch of barley (Hordeum vulgare L.), caused by the fungal phytopathogen Pyrenophora teres Drechs. f. teres Smedeg., constitutes one of the most serious constraints to barley production world-wide. Several barley lines with major gene resistance to net blotch have been identified. Recently a concise set of barley genotypes for differentiating virulences in Pyrenophora teres f. teres was formulated (Afanasenko et al. 2009). Here we present results from mapping the resistance genes in one of the barley genotypes included in the differential series, namely c8755 (Ethiopian landrace). Materials and Methods The doubled haploid progeny (121 plants) between Harrington (susceptible) and c-8755 (resistant) was genotyped using Barley OPA SNP markers. Linkage groups were constructed using JoinMap® (Van Ooijen and Voorrips 2001) and QTL analyses were done with NQTL (version 26-Nov-2001, Tinker and Mather 1995). Barley plants were disease tested by infecting two week old seedli...
Genome-Wide Association Studies (GWAS) of four Multi-parent Advanced Generation Inter-Cross (MAGI... more Genome-Wide Association Studies (GWAS) of four Multi-parent Advanced Generation Inter-Cross (MAGIC) populations identified nine regions on chromosomes 1H, 3H, 4H, 5H, 6H and 7H associated with resistance against barley scald disease. Three of these regions are putatively novel resistance Quantitative Trait Loci (QTL). Barley scald is caused by Rhynchosporium commune, one of the most important barley leaf diseases that are prevalent in most barley-growing regions. Up to 40% yield losses can occur in susceptible barley cultivars. Four MAGIC populations were generated in a Nordic Public–Private Pre-breeding of spring barley project (PPP Barley) to introduce resistance to several important diseases. Here, these MAGIC populations consisting of six to eight founders each were tested for scald resistance in field trials in Finland and Iceland. Eight different model covariate combinations were compared for GWAS studies, and the models that deviated the least from the expected p-values were ...
Blumeria graminis f. sp. hordei (Bgh), the causal agent of barley powdery mildew (PM), is one of ... more Blumeria graminis f. sp. hordei (Bgh), the causal agent of barley powdery mildew (PM), is one of the most important barley leaf diseases and is prevalent in most barley growing regions. Infection decreases grain quality and yields on average by 30%. Multi-parent advanced generation inter-cross (MAGIC) populations combine the advantages of bi-parental and association panels and offer the opportunity to incorporate exotic alleles into adapted material. Here, four barley MAGIC populations consisting of six to eight founders were tested for PM resistance in field trials in Denmark. Principle component and STRUCTURE analysis showed the populations were unstructured and genome-wide linkage disequilibrium (LD) decay varied between 14 and 38 Mbp. Genome-wide association studies (GWAS) identified 11 regions associated with PM resistance located on chromosomes 1H, 2H, 3H, 4H, 5H and 7H, of which three regions are putatively novel resistance quantitative trait locus/loci (QTL). For all regions...
vokEripainoksia saatavissa tekijältä. Yksikön huom.: Kirjasto Aj-kImproving Finnish malt by cross... more vokEripainoksia saatavissa tekijältä. Yksikön huom.: Kirjasto Aj-kImproving Finnish malt by crossing with wild barle
Suomessa merkittävin ohran satoa ja sadon laatua heikentävä kasvitauti on ohranverkkolaikku. Taut... more Suomessa merkittävin ohran satoa ja sadon laatua heikentävä kasvitauti on ohranverkkolaikku. Tautia torjutaan siemenen peittauksella, kasvustojen fungisidikäsittelyillä sekä viljelymenetelmillä, erityisesti maan muokkauksella. Verkkolaikun torjuntakeinoista taudinkestävien lajikkeiden käyttö on selkeästi ympäristöystävällisin sekä kustannustehokkain tapa taudinhallintaan. Lajikkeiden kestävyys pohjautuu perintötekijöiden vaikutukseen; taudinkestävyys muodostuu yhden tai useamman geenin vaikutuksesta. Taudinkestävyysgeenejä on mahdollista löytää ohran geenivaroista, joita säilytetään geenipankeissa. Verkkolaikkutaudin kestävyysgeenejä voidaan tuoda viljeltyihin ohralajikkeisiin esimerkiksi maatiais- tai villiohrasta takaisinristeytysohjelman avulla. Taudinkestävyysjalostuksen haasteena on seuloa tehokkaasti ohran geenivaroista esiin uudet, pitkäkestoisen taudinkestävyyden tuottavat kestävyysgeenit sekä nopeasti saattaa nämä geenit modernin ohralajikkeen perimään. Taudinkestävyysjalostusta voidaan huomattavasti tehostaa käyttämällä genomiikkatyökaluja. MTT:llä on tehty pitkäjänteistä työtä ohran ja ohranverkkolaikkutaudin välisen suhteen ymmärtämiseksi. MTT:llä on mm. kehitetty menetelmät verkkolaikkukestävyyden kasvihuonetestaukseen, haettu geenipankkien materiaaleista uusia resistenssilähteitä verkkolaikkutaudille yhteistyössä Boreal Kasvinjalostuksen kanssa, paikannettu ohran perimästä verkkolaikkukestävyysgeenejä sekä kehitetty geenimerkkejä, joiden avulla kestävyyden takaisinristeyttäminen jalostusohjelmassa tehostuu. Meneillään olevassa tutkimuksessa Terve ja laadukas vilja: Geeneistä ominaisuuksiin pyritään tunnistamaan DNA-tasolla etiopialaisesta maatiaisohrasta peräisin oleva verkkolaikun kestävyysgeeni. Geenin rakenteen tunteminen auttaa ymmärtämään taudinaiheuttajan ja isäntäkasvin vuorovaikutusta syvemmällä tasolla sekä kehittämään DNA-työkaluja, joilla voidaan seuloa geenivaroista esiin kestävyysgeenin eri muotoja eli alleeleita.vo
Introduction Net blotch of barley (Hordeum vulgare L.), caused by the fungal phytopathogen Pyreno... more Introduction Net blotch of barley (Hordeum vulgare L.), caused by the fungal phytopathogen Pyrenophora teres Drechs. f. teres Smedeg., constitutes one of the most serious constraints to barley production world-wide. Several barley lines with major gene resistance to net blotch have been identified. Recently a concise set of barley genotypes for differentiating virulences in Pyrenophora teres f. teres was formulated (Afanasenko et al. 2009). Here we present results from mapping the resistance genes in one of the barley genotypes included in the differential series, namely c8755 (Ethiopian landrace). Materials and Methods The doubled haploid progeny (121 plants) between Harrington (susceptible) and c-8755 (resistant) was genotyped using Barley OPA SNP markers. Linkage groups were constructed using JoinMap® (Van Ooijen and Voorrips 2001) and QTL analyses were done with NQTL (version 26-Nov-2001, Tinker and Mather 1995). Barley plants were disease tested by infecting two week old seedli...
Genome-Wide Association Studies (GWAS) of four Multi-parent Advanced Generation Inter-Cross (MAGI... more Genome-Wide Association Studies (GWAS) of four Multi-parent Advanced Generation Inter-Cross (MAGIC) populations identified nine regions on chromosomes 1H, 3H, 4H, 5H, 6H and 7H associated with resistance against barley scald disease. Three of these regions are putatively novel resistance Quantitative Trait Loci (QTL). Barley scald is caused by Rhynchosporium commune, one of the most important barley leaf diseases that are prevalent in most barley-growing regions. Up to 40% yield losses can occur in susceptible barley cultivars. Four MAGIC populations were generated in a Nordic Public–Private Pre-breeding of spring barley project (PPP Barley) to introduce resistance to several important diseases. Here, these MAGIC populations consisting of six to eight founders each were tested for scald resistance in field trials in Finland and Iceland. Eight different model covariate combinations were compared for GWAS studies, and the models that deviated the least from the expected p-values were ...
Blumeria graminis f. sp. hordei (Bgh), the causal agent of barley powdery mildew (PM), is one of ... more Blumeria graminis f. sp. hordei (Bgh), the causal agent of barley powdery mildew (PM), is one of the most important barley leaf diseases and is prevalent in most barley growing regions. Infection decreases grain quality and yields on average by 30%. Multi-parent advanced generation inter-cross (MAGIC) populations combine the advantages of bi-parental and association panels and offer the opportunity to incorporate exotic alleles into adapted material. Here, four barley MAGIC populations consisting of six to eight founders were tested for PM resistance in field trials in Denmark. Principle component and STRUCTURE analysis showed the populations were unstructured and genome-wide linkage disequilibrium (LD) decay varied between 14 and 38 Mbp. Genome-wide association studies (GWAS) identified 11 regions associated with PM resistance located on chromosomes 1H, 2H, 3H, 4H, 5H and 7H, of which three regions are putatively novel resistance quantitative trait locus/loci (QTL). For all regions...
Uploads
Papers by Outi Manninen