Ce document décrit divers habitats microbiens aquatiques et terrestres. Il détaille les caractéristiques des habitats d'eau douce comme les lacs et rivières, ainsi que les habitats marins. Il présente également certains microorganismes inhabituels qui vivent dans ces environnements.
Ce document décrit divers habitats microbiens aquatiques et terrestres. Il détaille les caractéristiques des habitats d'eau douce comme les lacs et rivières, ainsi que les habitats marins. Il présente également certains microorganismes inhabituels qui vivent dans ces environnements.
Ce document décrit divers habitats microbiens aquatiques et terrestres. Il détaille les caractéristiques des habitats d'eau douce comme les lacs et rivières, ainsi que les habitats marins. Il présente également certains microorganismes inhabituels qui vivent dans ces environnements.
Ce document décrit divers habitats microbiens aquatiques et terrestres. Il détaille les caractéristiques des habitats d'eau douce comme les lacs et rivières, ainsi que les habitats marins. Il présente également certains microorganismes inhabituels qui vivent dans ces environnements.
Les µo occupent et s'adaptent aux niches dans les habitats de la même manière que les animaux et les plantes, mais leur capacité à acquérir de nouvelles fonctions métaboliques par le transfert horizontal de gènes peut conduire à des limites de niches dynamiques. 3-1 Habitats aquatiques
Environ 71% de la surface de la Terre est occupée par l'eau, dont plus de 97% sont contenus dans les océans. Moins de 1% de l'eau se trouve dans les cours d'eau, les rivières et les lacs. Les principaux acteurs microbiens dans ces habitats comprennent les phototrophes, essentiels à la production primaire, et les hétérotrophes, qui participent au cycle du carbone dans les habitats aquatiques. Les conditions environnementales et physico-chimiques diffèrent grandement entre ces milieux aquatiques. Le mouvement de l'eau est l'un des facteurs importants. Dans les cours d'eau et les rivières l'eau coule plus rapidement que dans les lacs. Les vents engendrent le mouvement des eaux de surface dans les océans, ceci produit des courants océaniques et des zones d'upwelling. Les facteurs physico-chimiques (pH, disponibilité de l'oxygène, salinité, phosphore, azote, soufre et carbone), ainsi que la disponibilité en macro et micronutriments, peuvent varier considérablement dans ces différents habitats.
3-1-1 EAU DOUCE
Le terme habitats d'eau douce désigne généralement les rivières, les ruisseaux, les lacs, les étangs et les eaux souterraines. L'United States Geological Survey (USGS) définit l'eau douce comme de l'eau contenant moins de 1000 mg/l de solides dissous. Des groupes bactériens d'eau douce typiques comprennent des membres des β Protéobactéries, des Actinobactéries et le groupe Cytophaga / Flexibacter / Flavobacterium.
A- Lacs
1 Microbiologie Appliquée à l’Environnement ARIF Master II
Les lacs sont des bassins remplis d'eau formés à l'origine par la glaciation, le volcanisme ou la tectonique. Dans les plans d'eau, de nombreux gradients affectent la distribution des populations microbiennes. L'un des plus importants est le gradient d'oxygène. La végétation entourant les lacs fournit certains des éléments nutritifs dissous dans les lacs. Les lacs contenant de faibles quantités d'éléments nutritifs sont oligotrophes tandis que ceux qui ont des charges nutritives élevée sont eutrophes. Certains lacs sont naturellement acides, tandis que d'autres deviennent acidifiés à la suite de la transformation de polluants tels que le dioxyde de soufre et l'oxyde nitreux dans les pluies acides. Les cyanobactéries jouent le rôle principal dans l’accumulation d’éléments nutritifs, en cas d’apport de phosphore dans une eau douce oligotrophe. Plusieurs genres (Anabaena, Nostoc) fixent l’azote dans des conditions aérobies. Le genre Oscillatoria, qui utilise le sulfure d’hydrogène comme donneur d’électron pour la photosynthèse, peut fixer l’azote dans des conditions anaérobies.
B- Rivières et fleuves De grandes quantités de matériaux, de terre, d'arbres, de roches et d'autres substances sont transportées par l'eau dans les ruisseaux et les rivières. Cela signifie un apport continu de nutriments pour les communautés biotiques, mais aussi beaucoup de perturbations lors des inondations. De nombreuses rivières traversent les villes et sont soumises à l'afflux d'eaux usées humaines et d'autres polluants, qui peuvent fortement affecter les riverains. Les rivières et les cours d'eau ont tendance à contenir de nombreuses particules organiques et inorganiques, ce qui limite la pénétration de la lumière dans la colonne d'eau. La turbidité et l'ombrage limitent le niveau de photosynthèse des µo dans les cours d'eau. Ces écosystèmes varient dans leurs niveaux de salinité. Les µo chimioorganotrophes métabolisent la matière organique disponible et fournissent une énergie de base à l’écosystème.
C- Sources chaudes Les sources chaudes résultent d’un chauffage par géothermie des eaux souterraines en contact avec des roches chaudes, ou dans des régions volcaniques actives. Elles émergent de la croûte terrestre. Elles représentent des environnements extrêmes en termes de température et, dans certains cas, de pH. 2 Microbiologie Appliquée à l’Environnement ARIF Master II
De nombreuses sources chaudes terrestres ont de faibles concentrations d’O2, ce
qui suggère la présence de microorganismes anaérobies ou microaérophiles. Les aquifères sont des producteurs primaires dans les sources chaudes, où la température limite la photosynthèse. Les hyperthermophiles sont souvent des chimioautotrophes, utilisant le CO2 comme source de carbone et agissant comme producteurs primaires. Les sources chaudes évacuent une variété de gaz dissous, fournissant une gamme de donneurs d'électrons tels que l'hydrogène moléculaire et les composés réduits de fer et de soufre. Les espèces d'Archaea trouvent les sources chaudes comme un habitat principal.
3-1-2- Les Habitats Marins
Les mers et les océans représentent 97% de la totalité des eaux terrestres. Cette eau est en majeur partie à une température de 2 à 3°C, sans lumière et à 62% sous haute pression (>100 atm). Les nutriments organiques et inorganiques constituent l’un des facteurs majeurs qui déterminent la biomasse et la diversité microbienne dans l’eau. Les quantités et la nature chimique de la matière organique particulaire et dissoute varient énormément: de 1 à 2 mg/l dans les lacs oligotrophes et au large des océans (autochtones) et à des teneurs élevées dans des situations eutrophes (allochtone). a- Cycle des nutriments La boucle microbienne constitue une voie importante du réseau nutritionnel dans les eaux (Fig.). Ce concept est un modèle illustrant la trajectoire du carbone et des nutriments à travers les composantes microbiennes des communautés aquatiques. Le réseau alimentaire microbien joue un rôle primordial dans la transformation de la matière organique dissoute (DOM) en matière organique particulaire (POM) et ultimement dans sa dégradation en nutriments et en CO2 par la respiration. 20 à 50% de la MO est reminéralisée par les bactéries. Le compartiment microbien est un maillon essentiel dans le cycle biogéochimique du carbone des océans. Les µo peuvent soit assimiler et minéraliser directement la MOD labile et semi-labile soit dégrader la MOP en MOD via l’action d’enzymes extracellulaires. La reminéralisation de la MO est limitée à la fois par les autres éléments nutritifs nécessaires à la croissance des bactéries hétérotrophes (azote et/ou phosphore), ainsi que par la prédation par les protistes hétérotrophes (flagellés et ciliés) et la lyse virale.
3 Microbiologie Appliquée à l’Environnement ARIF Master II
b- Communauté microbienne de l’eau
La diversité microbienne dépend des nutriments disponibles, de leurs concentrations, des transitions de zones aérobies à zones anaérobies et du mélange des oxydants et des réducteurs. La pénétration de la lumière dans de nombreuses zones anaérobies crée des milieux favorables à certains types de M.O photosynthétiques. L’abondance des procaryotes est estimée à 1029 cellules dans les océans excédant ainsi la biomasse combinée du zooplancton et des poissons.
Les organismes monophylétiques (ou clade) les plus abondants sur terre sont les α- protéobactéries marines. Des membres du clade appelé SAR11 (mer de Sargasses) ont été détectés, par clonage des gènes d’ARNr, dans presque tous les échantillons prélevés dans les océans ouverts à travers le monde. Elle a été trouvée à des profondeurs de 3000 m, dans les eaux côtières et même dans certains lacs d’eau douce. Les bactériesSAR11 constituent 25 à 50% du total des bactéries et des archés, dans les eaux de surface, aussi bien près des rivages qu’en plein océan. On estime en effet que 25% de toute la vie microbienne sur la planète consiste en SAR11. Candidatus Pelagibacter ubique est le seul représentant cultivé
Magnetococcus marinus est la seule bactérie magnétotactique sphérique
cultivable. Elle possède 2 gaines de faisceaux de flagelles à un pôle (bilophotriché)
4 Microbiologie Appliquée à l’Environnement ARIF Master II
Le magnétactisme est assuré par un seul rang de cristaux de magnétite arrangés dans le cytoplasme. Elle a été isolée de l’interface oxique/anoxique d’un estuaire.
Magnetococcus marinus
Beaucoup de groupes microbiens inhabituels sont trouvés: Thiomargarita
namibiensis (perle de soufre de Namibie) dans les zones côtières, où il y a mélange de nutriments. C’est la bactérie la plus grande dans le monde (diamètre des cellules de 100 à 300 µm et occasionnellement des cellules de 750 µm !)
Thiomargarita namibiensis
Thioploca spp. sont parmi les bactéries les plus intéressantes, qui associent des ressources très éloignées l’une de l’autre. Elles vivent en paquets, entourés d’une gaine commune (Fig. ). Elles se trouvent dans les zones de courants ascendants, le long de la côte Chilienne, où des eaux pauvres en oxygène mais riches en nitrates, viennent en contact avec les boues du fond, riches en sulfure. Les cellules ont un diamètre de 15 à 40 µm et un bon nombre de cm de long, ce qui en fait une des bactéries les plus grandes connus. Elles forment des structures filamenteuses gainées et les cellules individuelles peuvent s’insinuer à une profondeur de 5 à 15 cm dans les sédiments riches en sulfure. Ce sont « les plus grandes communautés de bactéries visibles du monde »
5 Microbiologie Appliquée à l’Environnement ARIF Master II
Thioploca la “bactérie-spaghetti” Thioploca (tresse de soufre) est un µo inhabituel qui
associe des ressources séparées l’une de l’autre : le sulfure de la boue et le nitrare de l’eau a : amas reliant la surface aérobie à la boue anaérobie sous-jacente b : Un Thioploca isolé, montrant les globules de soufre élémentaire et l’extrémité effilée
D’autres µ.o. tirent profit des surfaces des milieux aquatiques:
- µ.o sessiles des genres Sphaerotilus forme de longues chaines engainés de bâtonnets de 0,7 à 2,4 sur 3 à 10 µm. Il s’attache à des plantes submergées, des rochers ou d’autres substrats solides, souvent par un crampon. Leucothrix : chimioorganotrophe aérobie. Il Forme de longs filaments ou trichomes (400 µm de long), s’attache à des substrats solides au moyen d’un crampon.
Leucothrix
- Les bactéries bourgeonnantes des genres Caulobacter et Hyphomicrobium
- Large gamme de bactéries aérobies mobiles par glissement comme les genres Flexithrix et Flexibacter : Ces bactéries peuvent se positionner elles-mêmes à un niveau optimal d’intensité lumineuse, d’oxygène, de température et d’autres facteurs qui influencent la croissance. - Les formes bactériennes les plus fréquentes sont : les bacilles à Gram- des genres: Pseudomonas, Actinobacter, Cytophaga, Flavobacterium, Vibrio, Cellvibrio. - Les espèces Gram+ sont faiblement représentées : Bacillus, Clostridium.
6 Microbiologie Appliquée à l’Environnement ARIF Master II
- Les archées marines sont réparties dans quatre groupes (I à IV) et ont été isolées d'environnements mésophiles. Le groupe I constitue le phylum Thaumarchaeota et les autres groupes sont associés au phylum Euryarchaeota. Le groupe IV est proche des Halobacteriales, ce qui n'est pas le cas des groupes II et III. Les thaumarchées (Groupe I) sont très répandues, pourtant leur métabolisme et leur fonction ne sont pas élucidés. En 2005, la première archée de ce type, Nitrosopumilus maritimus, a pu être cultivée. C'est une chimiolithoautotrophe qui réalise l'oxydation de l'ammoniac en nitrate en conditions aérobies. Cela serait le cas de Cenarchaeum symbiosum, qui peut être maintenue en laboratoire en association avec son hôte (une éponge). Un groupe d'archées non-cultivable est celui des méthanotrophes. De grandes quantités de méthane sont présentes dans le plancher océanique, sous forme d'hydrates de gaz solides.
- Les virus sont présents dans les milieux aquatiques à des concentrations 10 fois supérieures à celle des bactéries (virioplancton). Il s’agit de la plupart de bactériophages. Ils jouent un rôle dans le contrôle de développement des cyanobactéries, le recyclage des nutriments et le contrôle de la mortalité bactérienne
7 Microbiologie Appliquée à l’Environnement ARIF Master II
- Les mycètes à zoospores sont adaptés à une existence aquatique et forment une part importante de la communauté microbienne. Ils comprennent les oomoycètes qui forment des spores reproductives asexuées mobiles pourvues de 2 flagelles et les chytrides dont les spores reproductives asexuées mobiles n’ont qu’un seul flagelle fouettant. Les chytrides peuvent provoquer des maladies chez les amphibiens et attaquer les algues avec leurs zoospores mobiles. Ils Interviennent également dans la décomposition de la matière organique morte. Les mycètes filamenteux qui peuvent sporuler sous l’eau constituent un autre groupe important.
