qPCR
qPCR eli kvantitatiivinen tosiaika-PCR[1] (engl. quantitative real-time PCR) on molekyylibiologian menetelmä, jossa DNA:ta monistetaan polymeraasiketjureaktiolla (PCR) ja monistuneen tuotteen määrää mitataan reaaliajassa fluoresoivalla koettimella. Menetelmällä voidaan havaita patogeeneja tutkittavasta näytteestä tai selvittää tutkittavan DNA-sekvenssin määrä.[2]
Verrattuna tavalliseen polymeraasiketjureaktioon qPCR-menetelmän etuja ovat reaktion onnistumisen reaaliaikainen seuranta ja mahdollisuus selvittää monistuneen DNA:n määrä paljon aikaisempia menetelmiä tarkemmin. Hyvien puoliensa lisäksi qPCR on menetelmänä suhteellisen yksinkertainen, joten se on otettu jokapäiväiseen käyttöön molekyylibiologiassa ja on siten muuttanut tapaa tehdä tutkimusta.[2]
Lyhenne
Vuonna 2009 ensimmäistä kertaa julkaistussa MIQE-ohjeistuksessa (engl. Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments) yhtenäistettiin PCR-menetelmistä käytettäviä lyhenteitä. Ohjeistuksen mukaan kvantitatiivinen tosiaika-PCR lyhennetään qPCR. Käänteistranskriptaasia käyttävä PCR-menetelmä, jossa RNA-mallijuoste muutetaan cDNA:ksi ennen monistusta, lyhennetään RT-PCR. Nämä kaksi edellä mainittua menetelmää yhdistävä reaaliaikainen kvantitatiivinen käänteistranskriptaasi-PCR lyhennetään RT-qPCR.[2]
Ohjeistuksesta huolimatta qPCR-lyhennettä saatetaan toisinaan käyttää RT-qPCR-menetelmästä ja RT-PCR saattaa viitata qPCR-menetelmään, jolloin RT-osa on peräisin sanasta real-time.[2]
Lähteet
- ↑ qPCR Tieteen termipankki. Viitattu 24.10.2021.
- ↑ a b c d Adams, Grace: A beginner’s guide to RT-PCR, qPCR and RT-qPCR. The Biochemist, 2020, 42. vsk, nro 3, s. 48–53. Lontoo: Portland Press. doi:10.1042/BIO20200034. Artikkelin verkkoversio. Viitattu 24.10.2021. (englanniksi)