INFORME DE BIOLOGIA MOLECULAR LABORATORIO Nº 2

BIOINFORMATICA

LABORATORIO Nº 2

BIOINFORMATICA

Contreras Jiménez Marisol (1611233¿1∗¿ ¿, Villamizar González Marcela (1611259)2*, Toloza

Mondragón Daniel (1611267) 3*, Ardila Rico Daniela (1611260) 4*, Vanegas Parada
Wanderley (1611282¿5∗¿¿

Biología molecular, grupo 3B.

Profesora: Liliana Yaneth Suárez Contreras.

Ingeniería Biotecnológica, Facultad ciencias agrarias y del ambiente.

Universidad Francisco de Paula Santander.

RESUMEN

La bioinformática es la ciencia que utiliza los métodos matemáticos, estadísticos y

computacionales que pretenden solucionar problemas biológicos e información relacionadas
particularmente y es de gran importancia pues aporta a los investigadores técnicas y
herramientas de procesamiento y visualización. El presente informe detalla los procesos y la
utilización de medios informáticos para procesar los contenidos curriculares de las diferentes
materias, así como para aprender el manejo de bases de datos bioinformáticas básicos tales
como EMBL-EBI, NCBI, NUCLEIC ACIDS RESEARCH, DDBJ Center, UNIPRONT, entre
otros necesarios para el desarrollo del estudiante que se transformarán en recursos educativos
con los que el alumnado no solo adquirirá nociones básicas sobre el uso y manejo de estos
programas que les serán requeridos en su vida profesional como científicos, sino que les
servirá para afianzar y contextualizar conceptos relacionados con el propio proceso. Partiendo
de diferentes objetivos, el alumnado será capaz de desarrollar una estrategia que le reporte una
gran cantidad de información sobre estos usando únicamente medios informáticos.

PALABRAS CLAVES: Bioinformática, base de datos, ciencia, métodos, técnicas.

INTRODUCCION
La bioinformática es una industria 'de base', con muchas iniciativas y un sentido generalizado
de propiedad de recursos en donde las ciencias de la vida dependen en gran medida de las
tecnologías de alto rendimiento para comprender, las implicaciones funcionales de la
estructura, expresión, regulación y variación de genes sobre la salud humana, el bienestar y el
medio ambiente (1). En respuesta, existen muchas herramientas de software y bases de datos
que se han desarrollado para gestionar y analizar los datos. Esto presenta un gran desafío, no
solo para los científicos, quien debe encontrar soluciones relevantes en un océano de
posibilidades, sino también para "bioinformáticos de cuello azul" (como acuñado por Brad
Chapman, http://bcb.io) quienes deben resolver una serie de problemas técnicos, ya que
construye protocolos utilizables y flujos de trabajo de recursos técnicamente diversos (2).
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Se han realizado muchos esfuerzos que ayudan a las personas a encontrar y usar
software y bases de datos bioinformáticos. Estos incluyen colecciones proporcionado por
institutos académicos individuales y la investigación de infraestructuras, registros formales
especializados, catálogos, plataformas de software, juegos de herramientas, distribuciones de
sistemas, wikis, así como múltiples listas de programas en la Web. A pesar de que tales
iniciativas sirven bien a su público objetivo, no hay entrada única a los recursos disponibles
que proporciona (i) consistencia en el corpus de descripciones de recursos, (ii) adhesión a un
estándar de información común y no menos importante (iii) la base de un modelo de
mantenimiento sostenible que puede obtener cobertura integral en todo el ámbito científico y
espectro técnico, y proporcionar cierta garantía de calidad a largo plazo.

OBJETIVOS
 Al instruir al alumno de cómo se realiza el manejo de aplicaciones mediante
programas computarizados en las aplicaciones de biología molecular y genética. Se
enseña programas que hacen más fácil su desarrollo y sus diferentes datos biológicos
 Analizar y aprender a manipular las herramientas informáticas y bases de datos
 Participar en la búsqueda necesaria para la construcción de herramientas
bioinformáticas que permitan resolver un problema biológico dado.
 Seleccionar el uno de los programas bioinformáticos, para ejecutar las investigaciones
al tema correspondiente y así lograr obtener resultados confiables y extrapolables en
un proyecto de investigación dado.

MATERIALES Y REACTIVOS
 Cámara fotográfica por grupo de trabajo.
 Bata de laboratorio.
 Libreta de apuntes.
 Computador

PROCEDIMIENTO
 Realizar una inducción de las diferentes bases de datos implicadas en la práctica de
laboratorio de bioinformática, reconociendo así su utilidad correspondiente a cada una
de ellas, observando sus servicios y demás aportes.
 También se reconocerá el funcionamiento de cada una de ellas en base a cada tema de
interés en donde se buscara un artículo científico referente a cada tema asignado en
clase con el fin de observar y aprender el tema de bioinformática.

RESULTADOS Y DISCUSION
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La bioinformática, en sentido amplio, se podría definir como la disciplina científica

que utiliza la tecnología de la información para organizar, analizar y distribuir información
biológica, con la finalidad de responder preguntas complejas en biología, es decir, una
disciplina que engloba métodos matemáticos, estadísticos y computacionales para solucionar
problemas biológicos usando ADN, ARN, secuencias de aminoácidos e información
relacionada (3).
Las principales aplicaciones de la bioinformática son la gestión, la simulación, la minería de
datos y el análisis de la información generada en el PGH, con aplicación también en la
predicción de estructuras proteicas, estudios de secuencias y otras actividades derivadas de la
investigación en biología.  El desarrollo de esta disciplina es cada vez más importante en el
estudio de problemas biomédicos3,4,5 . Según Kanehisa y Bork, el fin último de la
bioinformática es extraer conocimiento a partir de una gran cantidad de datos para obtener
una representación de las células y organismos así como predecir sistemas de gran
complejidad, como son las redes de interacción en los procesos celulares y el fenotipo de los
organismos.

PLATAFORMAS VIRTUALES FUNCIÓN

El Instituto Europeo de Bioinformática de EMBL
(EMBL-EBI) es una organización científica
financiada con fondos públicos que brinda servicios
datos, herramientas de software de código abierto e
infraestructura de 'big data' a la comunidad mundial
de investigación en ciencias de la vida, libre de
cargar.
El Centro Nacional para la Información
Biotecnológica o National Center for Biotechnology
Information (NCBI) es parte de la Biblioteca
Nacional de Medicina de Estados Unidos, una rama
de los Institutos Nacionales de Salud con la misión de
ser una importante fuente de información de biología
molecular. Almacena y constantemente actualiza la
información referente a secuencias genómicas en
GenBank, un índice de artículos científicos referentes
a biomedicina, biotecnología, bioquímica, genética y
genómica en PubMed, una recopilación de
enfermedades genéticas humanas en OMIM, además
de otros datos biotecnológicos de relevancia en
diversas bases de datos.
Nucleic Acids Research (NAR) publica los resultados
de investigación de vanguardia sobre los aspectos
físicos, químicos, bioquímicos y biológicos de los
ácidos nucleicos y las proteínas implicadas en el
metabolismo y/o las interacciones de los ácidos
nucleicos. Permite la publicación rápida de artículos
en las siguientes categorías: química y biología
sintética; biología computacional; regulación
genética, cromatina y epigenética; integridad,
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reparación y recopilación del genoma; genómica;

biología molecular; enzimas de ácidos nucleicos;
ARN y biología estructural.
Motor de búsqueda de libre acceso a la base de datos
MEDLINE que comprende más de 28 millones de
citas y resúmenes de artículos de investigación
biomédica. Esta tiene alrededor de 4800 revistas
publicadas en estados unidos y en más de 70 países de
todo el mundo desde 1966 hasta la actualidad.

Repositorio central de datos sobre proteínas creados

por la combinacon de swiss-prot,TrEMBL y PIRt.
Esto lo convierte en el recurso líder mundial
almacenando información sobre proteínas, que abarca
funciones, comportamientos, interacciones, beneficios
y afecciones, se encuentran desde artículos, revistas y
entre otros ensayos.
Base de datos bioinformática en línea y el repositorio
principal de datos genéticos y moleculares para la
familia Drosophilidae. Para la especie y el organismo
modelo más extensamente estudiados. La información
en flybase proviene de una variedad de fuentes que
van desde proyectos de genoma a gran escala hasta la
literatura de investigación primaria, incluyendo
fenotipos mutantes, caracterización molecular de
alelos mutantes, patrones de expresión, construcción e
inserciones transgénicas.

TABLA 1. Plataformas básicas virtuales con bases de datos destinadas para investigación
con el fin de obtener actualización de artículos, libros, revistas, entre otros a nivel mundial
de forma gratuita.

CUESTIONARIO
CONCLUSIONES
 Gracias a la bioinformática, hace que a la hora de búsqueda de datos biológicos sea
más flexible ya que permite el desarrollo con diversas herramientas que se compone
de bases de datos.
 El desarrollo de la bioinformática es necesario para la búsqueda de avances
significativos en investigación de temas
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 Con todas las indicaciones requeridas, se lleva a cabo un buen manejo en la

utilización de diferentes herramientas de búsqueda, orientadas por el maestro

BIBLIOGRAFÍAS
1. May,M. (2014) Life science technologies: Big biological impacts from big data. Science,
344, 1298–1300.
2. Parnell,L.D., Lindenbaum,P., Shameer,K., Dall’Olio,G.M., Swan,D.C., Jensen,L.J.,
Cockell,S.J., Pedersen,B.S., Mangan,M.E., Miller,C.A. et al. (2011) BioStar: an online
question & answer resource for the bioinformatics community. PLoS Comput. Biol., 7,
e1002216.
3. Baxevanis AD, Ouellette BF, Boguski M. Bioinformatics: a practical guide to the analysis
of genes and proteins. 3rd ed. New York: John Wiley and Sons, Inc., 2004; 1-2.
4. Hacen JB. The origins of bioinformatics. Nat Rev Genet 2000; 1: 231-6.
5. Collins FS, Mckusick VA. Implications of the Human Genome Project for medical
science. JAMA 2001; 285: 540-4.