TP No 3.

Docking
Dise no desde el Receptor

Palestro Pablo
Qu mica Medicinal Facultad Ciencias Exactas UNLP

4 de octubre de 2011
AT Esta presentaci on fue preparada con L EX en Ubuntu GNU/Linux 10.04 LTS

Docking by Pablo Palestro is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported License.

Introducci on Desarrollo del TP

Esquema

Introducci on Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring Desarrollo del TP Diagrama del TP Generaci on de archivos de entrada C alculos An alisis

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Docking Simulaci on del reconocimiento molecular entre un ligando y un receptor.

M etodo computacional:
Exploracion exhaustiva de posiciones relativas Ligando Receptor. Evaluaci on de las interacciones interm oleculares de cada posici on. Resultado = conjunto de poses Lig-Rec ordenadas por la funci on de scoring
Pose: Geometria del ligando en el sitio de uni on. Funci on de Scoring = Anidad de uni on. Complejo Ligando - Receptor

Receptor

Ligando

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Docking Simulaci on del reconocimiento molecular entre un ligando y un receptor.

M etodo computacional:
Exploracion exhaustiva de posiciones relativas Ligando Receptor. Evaluaci on de las interacciones interm oleculares de cada posici on. Resultado = conjunto de poses Lig-Rec ordenadas por la funci on de scoring
Pose: Geometria del ligando en el sitio de uni on. Funci on de Scoring = Anidad de uni on. Complejo Ligando - Receptor

Receptor

Ligando

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Docking Simulaci on del reconocimiento molecular entre un ligando y un receptor.

M etodo computacional:
Exploracion exhaustiva de posiciones relativas Ligando Receptor. Evaluaci on de las interacciones interm oleculares de cada posici on. Resultado = conjunto de poses Lig-Rec ordenadas por la funci on de scoring
Pose: Geometria del ligando en el sitio de uni on. Funci on de Scoring = Anidad de uni on. Complejo Ligando - Receptor

Receptor

Ligando

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Docking Simulaci on del reconocimiento molecular entre un ligando y un receptor.

M etodo computacional:
Exploracion exhaustiva de posiciones relativas Ligando Receptor. Evaluaci on de las interacciones interm oleculares de cada posici on. Resultado = conjunto de poses Lig-Rec ordenadas por la funci on de scoring
Pose: Geometria del ligando en el sitio de uni on. Funci on de Scoring = Anidad de uni on. Complejo Ligando - Receptor

Receptor

Ligando

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Docking Simulaci on del reconocimiento molecular entre un ligando y un receptor.

M etodo computacional:
Exploracion exhaustiva de posiciones relativas Ligando Receptor. Evaluaci on de las interacciones interm oleculares de cada posici on. Resultado = conjunto de poses Lig-Rec ordenadas por la funci on de scoring
Pose: Geometria del ligando en el sitio de uni on. Funci on de Scoring = Anidad de uni on. Complejo Ligando - Receptor

Receptor

Ligando

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Docking Simulaci on del reconocimiento molecular entre un ligando y un receptor.

M etodo computacional:
Exploracion exhaustiva de posiciones relativas Ligando Receptor. Evaluaci on de las interacciones interm oleculares de cada posici on. Resultado = conjunto de poses Lig-Rec ordenadas por la funci on de scoring
Pose: Geometria del ligando en el sitio de uni on. Funci on de Scoring = Anidad de uni on. Complejo Ligando - Receptor

Receptor

Ligando

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Docking
Programas de docking = 2 componentes que trabajan juntos Exploraci on exhaustiva (algoritmos de busqueda).
Algoritmos gen eticos Monte-Carlo Simulated Annealing

Funci on de Scoring.
Basadas en campos de fuerza (MM) Empiricas. Semiempiricas
Programas de docking disponibles: AutoDock, DOCK, e-Hits, FlexX, FRED, Glide, GOLD, LigandFit, QXP, Surex-Dock, otros
Palestro Pablo TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Docking
Programas de docking = 2 componentes que trabajan juntos Exploraci on exhaustiva (algoritmos de busqueda).
Algoritmos gen eticos Monte-Carlo Simulated Annealing

Funci on de Scoring.
Basadas en campos de fuerza (MM) Empiricas. Semiempiricas
Programas de docking disponibles: AutoDock, DOCK, e-Hits, FlexX, FRED, Glide, GOLD, LigandFit, QXP, Surex-Dock, otros
Palestro Pablo TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Docking
Programas de docking = 2 componentes que trabajan juntos Exploraci on exhaustiva (algoritmos de busqueda).
Algoritmos gen eticos Monte-Carlo Simulated Annealing

Funci on de Scoring.
Basadas en campos de fuerza (MM) Empiricas. Semiempiricas
Programas de docking disponibles: AutoDock, DOCK, e-Hits, FlexX, FRED, Glide, GOLD, LigandFit, QXP, Surex-Dock, otros
Palestro Pablo TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Docking
Programas de docking = 2 componentes que trabajan juntos Exploraci on exhaustiva (algoritmos de busqueda).
Algoritmos gen eticos Monte-Carlo Simulated Annealing

Funci on de Scoring.
Basadas en campos de fuerza (MM) Empiricas. Semiempiricas
Programas de docking disponibles: AutoDock, DOCK, e-Hits, FlexX, FRED, Glide, GOLD, LigandFit, QXP, Surex-Dock, otros
Palestro Pablo TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Exploraci on exhaustiva
Algoritmos gen eticos Basados en la teoria Evolutiva Conformaci on = cromosoma Genes: Grados de libertad. Poblaci on de individuos/cromosomas. Individuos evaluados seg un funci on de scoring Seleccionados seg un aptitud y sometidos a:
Mutaciones . Entrecruzamiento . Nuevos individuos .

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Exploraci on exhaustiva
Algoritmos gen eticos Basados en la teoria Evolutiva Conformaci on = cromosoma Genes: Grados de libertad. Poblaci on de individuos/cromosomas. Individuos evaluados seg un funci on de scoring Seleccionados seg un aptitud y sometidos a:
Mutaciones . Entrecruzamiento . Nuevos individuos .

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Exploraci on exhaustiva
Algoritmos gen eticos Basados en la teoria Evolutiva Conformaci on = cromosoma Genes: Grados de libertad. Poblaci on de individuos/cromosomas. Individuos evaluados seg un funci on de scoring Seleccionados seg un aptitud y sometidos a:
Mutaciones . Entrecruzamiento . Nuevos individuos .

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Exploraci on exhaustiva
Algoritmos gen eticos Basados en la teoria Evolutiva Conformaci on = cromosoma Genes: Grados de libertad. Poblaci on de individuos/cromosomas. Individuos evaluados seg un funci on de scoring Seleccionados seg un aptitud y sometidos a:
Mutaciones . Entrecruzamiento . Nuevos individuos .

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Exploraci on exhaustiva

Algoritmos gen eticos con Minimizaci on Local

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Eventos relacionados con la asociacion Lig-Rec

Energia del sistema: Puentes de H Dipolo-Dipolo Ionicas etc. Solvataci on:

Desolvatacion del Ligando y del Receptor

Entropia: Perdida de la entropia por la uni on

Palestro Pablo TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Eventos relacionados con la asociacion Lig-Rec

Energia del sistema: Puentes de H Dipolo-Dipolo Ionicas etc. Solvataci on:

Desolvatacion del Ligando y del Receptor

Entropia: Perdida de la entropia por la uni on

Palestro Pablo TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Eventos relacionados con la asociacion Lig-Rec

Energia del sistema: Puentes de H Dipolo-Dipolo Ionicas etc. Solvataci on:

Desolvatacion del Ligando y del Receptor

Entropia: Perdida de la entropia por la uni on

Palestro Pablo TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Eventos relacionados con la asociacion Lig-Rec

Energia del sistema: Puentes de H Dipolo-Dipolo Ionicas etc. Solvataci on:

Desolvatacion del Ligando y del Receptor

Entropia: Perdida de la entropia por la uni on

Palestro Pablo TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Energia libre (G )

La union entre moleculas es impulsada por el cambio de energia libre (GB ) que esta relacionada con la cte de uni on (KB ) [P ] + [L] [PL]

GB = RTlnKB = HB + T SB

Autodock: Campo de fuerza semiempirico de E. libre. Parametrizado usando complejos ligando-proteina de estructura y cte de uni on conocida

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Energia libre (G )

La union entre moleculas es impulsada por el cambio de energia libre (GB ) que esta relacionada con la cte de uni on (KB ) [P ] + [L] [PL]

GB = RTlnKB = HB + T SB

Autodock: Campo de fuerza semiempirico de E. libre. Parametrizado usando complejos ligando-proteina de estructura y cte de uni on conocida

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Energia libre (G )

La union entre moleculas es impulsada por el cambio de energia libre (GB ) que esta relacionada con la cte de uni on (KB ) [P ] + [L] [PL]

GB = RTlnKB = HB + T SB

Autodock: Campo de fuerza semiempirico de E. libre. Parametrizado usando complejos ligando-proteina de estructura y cte de uni on conocida

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Energia libre (G )

La union entre moleculas es impulsada por el cambio de energia libre (GB ) que esta relacionada con la cte de uni on (KB ) [P ] + [L] [PL]

GB = RTlnKB = HB + T SB

Autodock: Campo de fuerza semiempirico de E. libre. Parametrizado usando complejos ligando-proteina de estructura y cte de uni on conocida

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Funci on de Scoring
El campo de fuerza evalua la uni on en 2 pasos: Inicialmente Lig y Rec en estado libre 1o : E intramolecular = U. internas Lig y Rec 2o : E intermolecular = U. Lig + Rec

Incluye 6 pares de evaluaciones (V) y una estimaci on de la perdida de entropia conformacional por la uni on Sconf :
LL LL P P P P P L P L G = (VB VUB ) + (VB VUB ) + (VB VUB + Sconf )

Cada uno de los t erminos energ eticos se evalua la dispersi on/repulsi on, enlaces de hidr ogeno, electrost aticos, y desolvataci on

W=ctes de calibraci on a partir de datos experimentales, V=vol de atomos expuestos al solvente, S=parametro de solvataci on
Palestro Pablo TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Funci on de Scoring
El campo de fuerza evalua la uni on en 2 pasos: Inicialmente Lig y Rec en estado libre 1o : E intramolecular = U. internas Lig y Rec 2o : E intermolecular = U. Lig + Rec

Incluye 6 pares de evaluaciones (V) y una estimaci on de la perdida de entropia conformacional por la uni on Sconf :
LL LL P P P P P L P L G = (VB VUB ) + (VB VUB ) + (VB VUB + Sconf )

Cada uno de los t erminos energ eticos se evalua la dispersi on/repulsi on, enlaces de hidr ogeno, electrost aticos, y desolvataci on

W=ctes de calibraci on a partir de datos experimentales, V=vol de atomos expuestos al solvente, S=parametro de solvataci on
Palestro Pablo TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Funci on de Scoring
El campo de fuerza evalua la uni on en 2 pasos: Inicialmente Lig y Rec en estado libre 1o : E intramolecular = U. internas Lig y Rec 2o : E intermolecular = U. Lig + Rec

Incluye 6 pares de evaluaciones (V) y una estimaci on de la perdida de entropia conformacional por la uni on Sconf :
LL LL P P P P P L P L G = (VB VUB ) + (VB VUB ) + (VB VUB + Sconf )

Cada uno de los t erminos energ eticos se evalua la dispersi on/repulsi on, enlaces de hidr ogeno, electrost aticos, y desolvataci on

W=ctes de calibraci on a partir de datos experimentales, V=vol de atomos expuestos al solvente, S=parametro de solvataci on
Palestro Pablo TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Docking Exploraci on exhaustiva Funci on de Scoring

Funci on de Scoring
Mapas de grilla precalculados:

Son calculados por AutoGrid. 1 por tipo de atomo del ligando docking mas rapido. Red 3D de puntos espaciados regularmente, circundante y centrada en alguna region del receptor. El espaciado de puntos tipico varia de 0.2 A to 1.0 A (default 0.375 A) Cada punto = E. potencial de un atomo de prueba respecto a todos los atomos del Rc.

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Diagrama del TP Generaci on de archivos de entrada C alculos An alisis

Diagrama del TP

Etapas:
1

Generar archivos de entrada con ADT (pdbqt Rec y Lig, gpf y dpf). Generar la grilla con AutoGrid (glg, maps) Docking con Autodock (dlg). Analisis del Docking con ADT

2 3 4

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Diagrama del TP Generaci on de archivos de entrada C alculos An alisis

Generaci on de archivos de entrada

Para conseguir estos archivos identicar y preparar el Rc y el Lig.

Abrir el visor de Pyton (PMV) que contiene el ADT (en linux seleccionar en el cartel Autodock 4.0).

Preparaci on del receptor:

1 2 3

Cargar el receptor: File/Read Molecule hsg1.pdb Abrir Colorear atomos por tipo:Color/by atom type/All geometries. Eliminar aguas: Select/Select from string. Tipear en el cuadro residue HOH* y en atom: *.Add dismiss. Click Edit/Delete/Delete atom set Agregar hidr ogenos: Edit/hydrogens/add. Elegir add all hydrogens usando el metodo de nobondorder. Ocultar la prote na bot on gris de la parte inferior del mismo.

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Diagrama del TP Generaci on de archivos de entrada C alculos An alisis

Generaci on de archivos de entrada

Preparaci on del Ligando:
1

Cargar el ligando: Ligand/input/open ind.pdb Save. ADT asigna el tipo de cada atomo y detecta si tienen cargas o no. Sino gasteiger y chequea si la carga total es entera. Finalmente muestra un resumen del ligando. Apretar OK para cerrar el resumen. Denir los angulos de torsion: Ligand/Torsion Tree/Detect Root. ADT determina cual atomo es la mejor raiz a partir de la cual denir los angulos de torsion y la marca con una esfera verde. Luego ir a Ligand/Torsion Tree/Choose torsion. Los angulos que no pueden rotar se colorean en rojo, los que podrian rotarse pero se marcan como inactivos se colorean en lila los que se rotan se colorean en verde Presionar Done. Salvar el archivo con la informaci on de las cargas, tipos de atomos y angulos de torsi on capaces de rotar en Ligand/Output/Save as PDBQT Ocultar el ligando del visor presionando el bot on gris de la parte inferior del mismo. Ocultar la ra z de la torsi on usando Ligand/Torsion Tree/Show/Hide Root Marker
Palestro Pablo TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Diagrama del TP Generaci on de archivos de entrada C alculos An alisis

Preparaci on del Receptor para la generaci on de la grilla:

1

Ir a Grid/Macromolecule/Choose/hsg1. Inicializaci on autom atica de los siguientes pasos: Checkea si el Rec tiene carga, sino gasteiger Agrega H no polares en caso de no tenerlos Determina que tipos de atomos hay en el receptor

Clickear aceptar en la ventana de warning y guardar la macromolecula en formato pdbqt.

Generaci on de la grilla y del archivo con sus par ametros

1

Ir a Grid/set map types. El tipo de mapas depende del tipo de atomos en el ligando. Para especicar el tipo de mapas utilizamos el ligando. Ir a Grid/set map type/choose ligand/ind. Indicar el tama no de la grilla mediante Grid/Grid Box. Centrar la grilla y ajustar su tama no. Ajustar el numero de puntos en 60 (eje X), 60 (eje Y) y 60 (eje Z). Centro de la grilla Center/center on ligand (Sitio activo de la HIV proteasa). Cerrar usando File/Close saving current. Salvar el archivo de par ametros de la grilla usando Grid/Output/SaveGPF/hsg1.gpf
TP No 3. Docking

Palestro Pablo

Introducci on Desarrollo del TP

Diagrama del TP Generaci on de archivos de entrada C alculos An alisis

Generaci on de archivos de entrada

Preparaci on del archivo de par ametros para el docking:

1 2 3

Ir a docking/Macromolecule/set rigid lename/hsg1.pdbqt. Ir a Docking/ligand/choose/ind select ligand/aceptar Elegir los par ametros de busqueda de conformaciones: Docking/search parameters/Genetic Algoritm y dejar los par ametros por default. Guardar los par ametros usando Docking/Output/LamarckianGA ind.dpf

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Diagrama del TP Generaci on de archivos de entrada C alculos An alisis

C alculos

C alculo de autogrid escribir:

autogrid4 p hsg1.gpf l hsg1.glg

C alculo de autodock escribir:

autodock4 p ind.dpf l ind.dlg

Palestro Pablo

TP No 3. Docking

Introducci on Desarrollo del TP

Diagrama del TP Generaci on de archivos de entrada C alculos An alisis

An alisis de los resultados

1 2

Ir a Analize/Docking/Open/ind.dlg. Ir a Analize/Conformation/Load

Analizar los resultados obtenidos.

Palestro Pablo

TP No 3. Docking